嘉庆十三年（1808年）十一月初七，江苏省派到山阳县核查赈灾情况的李毓昌，悬挂在住所内的房梁上气绝身亡。三个长随发现后报官。经过山阳县、淮安府的勘验，又有三位长随做证说李毓昌情绪失常，于是大家认定李毓昌是悬梁自尽。案子逐级上报，就差朝廷的核准了。同时，李家亲属把李毓昌遗体运回山东老家安葬。族叔李泰清在李毓昌的书籍中发现了半张写有“山阳县冒赈”字样的纸片，李毓昌的遗孀林氏发现丈夫的衣物上有血迹。李家人开始怀疑李毓昌的死另有隐情。
之前，李泰清去山阳县为李毓昌料理后事的时候，李毓昌的遗体已经由山阳县知县王伸汉装殓了。李泰清只是草草看了一下侄子的面孔，发现遗体脸色惨白。他心中悲伤，就没有再细看。如今，李家人觉得李毓昌的死有问题，大家凑在一起商量怎么办。征得李毓昌遗孀林氏的同意后，大家决定开棺验尸。
李家人把李毓昌的棺木打开，发现尸体尚未腐烂，面色铁青。他们用银针刺进去，拔出来一看，针变黑了。显然，李毓昌生前中过剧毒，并不是简单的悬梁自尽。于是，李家决定为李毓昌申冤。
李家人一合计，都觉得李毓昌的死和他正在调查的赈灾问题有关系，也就是说这件事情和江苏的官员有莫大的关系。所以，他们不能按照传统的申冤程序，一级一级地向官府告状。那样的话，他们会受到巨大的官场阻力。最后，李家决定，由李泰清代表大家直接到北京去告御状。
清朝的司法申诉程序是允许当事人越级告状的，是允许当事人直接到北京来告状的。有一个专有名词叫作“京控”，就是指当事人对地方官府的司法公正失去了信心，直接到北京来告状。都察院和五城兵马司都可以接受京控案件。
嘉庆十四年（1809年）五月初，在李毓昌案案发半年后，李泰清到达北京。考虑到李毓昌的官员身份，李泰清选择到都察院投递诉状。都察院负责政府机构内部的监察工作，是清朝官府自我纠错的责任部门。现任官员暴毙身亡，而且有证据显示生前身中剧毒，这事，都察院的确得管。
都察院接到诉状后意识到事情很严重。几位负责人不敢轻易下决定，直接把案子递交给了嘉庆皇帝。嘉庆十四年五月十二日，都察院将此事如实具奏。
当时在位的嘉庆皇帝是一个想有一番作为的皇帝。无奈，他继承的江山已经走上了下坡路，官员办事效率低下、财政窘迫、吏治腐败，嘉庆皇帝一心要找出原因，然后寻找补救方法。他思考的结论是：朝廷法制健全，制度完善，康雍乾盛世就是在这套体制上取得的，现在之所以问题频发，是因为官员们丧失了清正廉洁的作风，缺乏实干进取的斗志，以权谋私，贪污腐化，根子出在官员的思想上。所以，嘉庆皇帝要掀起一场“反腐败运动”。他决定“抓典型”，树立几个正面典型，惩治一批腐败官员。恰好在这个时候，都察院把李毓昌案呈递了上来。嘉庆皇帝御览后，气愤之余，决定把此案树立成反腐败运动的一面旗帜！
这就意味着，李毓昌案要成为一桩震惊朝野的大案了。
嘉庆十四年五月底，嘉庆皇帝颁布圣旨，指出李毓昌案事关朝廷职官之死，“疑窦甚多，必有冤抑”。他指出了三大疑点。第一是他至今没有看到江苏候补知县李毓昌自缢身亡的官方报告，可见江苏当地官府对一个现任官员的死是多么不重视。人命关天，官府这种态度，不是丧尽天良，就是有难言之隐。第二个疑点是，如果李毓昌有自杀之心，为什么当天夜里还要参加酒宴？这在情理上说不通。第三个疑点是，李毓昌死后，山阳县知县竟然赠送给迎丧的亲属一百五十两白银，远远超过了正常人际往来的数额，令人生疑。同时，当地官府妥善安排了李毓昌的两个长随，把他们分别推荐给了江苏省内的实职官员当长随。如此厚待暴毙同僚的奴仆，也令人生疑。
嘉庆皇帝很有生活阅历，对基层情况相当了解，他直接指出李毓昌的死和山阳县的赈灾实情有莫大的关系。他说：“此案或系李毓昌奉差查赈，认真稽核，查有弊端，该山阳县畏其揭报，致死灭口，亦未可定。”
对于此案嘉庆皇帝明确指示：第一，山东巡抚吉纶速将李毓昌的尸棺运到省城济南，委派明白干练的官员详细检验，据实回奏。第二，两江总督铁保，速将李毓昌的长随李祥、顾祥、马连升传集到案，认真审讯，如果发现有问题，将山阳县知县、淮安知府一并解任严参，押解到济南，归案审理。圣旨末尾，嘉庆皇帝还警告相关官员，如果不秉公办理此案，“决不轻恕”。
有了嘉庆皇帝的高度重视和明确指示，李毓昌案的进展非常迅速。皇帝发话后，山东、江苏两省迅速行动起来。不过，一桩案子，只有得到最高层的高度重视和明确指示，才能被快速处理，这本身就是不正常的。难道，李毓昌案没有得到嘉庆皇帝的关注，就不能被公正处理了？这不能不说是该案一个令人悲哀的地方。
话说回来，嘉庆皇帝下令核查李毓昌案后，江苏省的压力是最大的。李毓昌案发生在江苏，而且江苏各级官府已经进行了审理，得出了李毓昌自缢身亡的结论并上报朝廷了。如果核查发现，李毓昌不是自缢身亡，那么相关官员都会受到严厉处分。所以，江苏省上上下下都很紧张。
当时江苏省最高长官是两江总督铁保。铁保，出身满洲正黄旗官宦世家，二十岁就考中了进士，之后顺风顺水，平步青云，历任副都统、侍郎、山东巡抚、漕运总督。年轻的时候，铁保工作很认真、很负责。李毓昌案案发的时候，铁保已经五十七岁了。对于他这样年纪的老人，成绩已经不重要了，重要的是安静地等待退休，颐养天年。所以，铁保不像原来那样认真负责了。同时，铁保是清朝著名的书法家，他把主要时间和精力放到了读书练字上，在工作方面干脆当起了甩手掌柜。最近几年来，两江地区频繁出现工作失误，铁保多次受到嘉庆皇帝批评，但铁保做了几次检讨后，依然我行我素，不思进取。
对于李毓昌，铁保其实并不陌生，因为他是铁保的门生。十三年前，铁保是山东乡试的主考官，而李毓昌就是当年他录取的举人。李毓昌到江苏候补知县，也专门持门生之礼，拜会了铁保。几个月后，铁保听说李毓昌上吊自杀了，他感到很奇怪，但也没有做进一步的调查。现在接到嘉庆皇帝的圣旨，铁保也不敢怠慢，立刻亲自赶往淮安，提审相关人员：山阳县知县王伸汉、跟差胡太、验尸仵作李标、善缘庵僧人源福。这四个人都坚持说当天看到李毓昌确实是自缢身亡，并没有服毒情形。铁保要的就是这个结论。他觉得自己实地调查了，又亲自审讯了，算是完成了皇帝交代的严查任务，于是就打道回府了。
对于李毓昌案的关键证人，那三个长随，铁保只是问了一句“三人现在何处”，旁人回答，三人已经自谋生路去了，难以寻找，铁保就懒得去找了。
铁保没有仔细、深入地复查李毓昌案的另一个重要原因是，有嫌疑的山阳县知县王伸汉、淮安知府王毂都是他举荐的官员。铁保主观上不愿意发现他们两人涉案。
清朝的淮安府、山阳县是苏北重镇，是京杭大运河和淮河的交汇处，又是漕运总督衙门、河道总督衙门的驻扎地，地位非常重要。淮安知府和山阳县知县属于“要缺”，任命程序需要两江总督从江苏现任官员中举荐品行兼优、经验丰富、成绩出众的人担任。
现任淮安知府王毂，安徽黟县人，贡生出身，宦海沉浮多年，嘉庆十三年刚刚被铁保举荐担任淮安知府。山阳县知县王伸汉，陕西渭南人，当时已经五十三岁了。王伸汉是捐纳出身，也就是花钱买的官，一开始只捐了个从九品，后来捐升知县。嘉庆十三年五月，山阳县知县出缺，两江总督铁保奏请以王伸汉署理知县，十月间正式奏报将他实授。铁保在奏折中对王伸汉的评价是：“心地明白，办事认真，自委署山阳，办理漕粮一切事务均无贻误。今以之调补，实属人地相宜。”所以说，铁保在主观上是不能够接受自己半年前刚刚大大夸奖、举荐的人才，涉嫌毒杀朝廷命官的，这不是自己打自己嘴巴吗？
就在铁保潦潦草草地复查的时候，同时展开调查的山东省方面取得了实实在在的进展。
李毓昌的棺木很快运到了济南。山东巡抚吉纶，会同山东布政使、按察使，带领济南知府、历城知县亲临现场检验尸体。但是，此时距离李毓昌死亡已经有八个月之久，尸体已经腐坏，从表面已经无法看出是毒杀还是上吊自杀。于是，吉纶等人决定做蒸骨检验。
不过，据《清稗类钞》记载，当时李毓昌的尸体虽然开始腐烂，但仵作用水银洗刷之后，还是能看到其身上有大片的青黑痕迹，显然是中过毒。但是，在圣旨下达前，江苏省的相关官员早已经开始四处活动。王伸汉派人携带银子到济南来，想买通相关官员和书吏、仵作，希望他们帮忙掩饰。一部分官吏，因为人情，也因为银子的缘故，答应为王伸汉掩饰。得到贿赂的官员就借口尸身腐烂，证据不明显，要求进一步“蒸骨”检验。他们想用这个办法来刁难李毓昌的家人。为什么说蒸骨是刁难呢？
过去没有现代法医技术，对于疑难命案，常常使用“蒸骨法”。蒸骨法是这样做的：先挖一个地窖，在地窖里堆放柴火，把四壁烧得通红，再把尸骨洗净，一般要剔除肌肉，抬进地窖里，除去里面的炭火，喷洒酒、酸，让尸骨在热气中存放一个时辰以上。这其实是一个化学作用的过程。接着，把尸骨抬到阳光底下，验尸官迎着太阳撑开一把红油伞，检验尸骨。人们很早就发现，红油伞能够过滤部分阳光，让经过了化学作用的尸骨呈现出深层次伤痕、中毒等特征。但是，中国人认为“死者为大”，很难接受对亲属的遗体进行这样的处理。
然而，为了查寻真相，李毓昌的亲人含泪同意了蒸骨检验。六月十二日，验尸开始。蒸骨以后，仵作迟迟不来报告结论。在场的按察使朱锡爵知道其中必有隐情。原来，王伸汉已经“遍贿上下”，蒸骨验尸的现场就有拿了银子、装聋作哑的官吏。尽管现场可以清楚地看到李毓昌的部分遗骨发黑，但仵作就是迟迟不报告。其他官员也装聋作哑，不表态。
朱锡爵还比较有正义感，他看到场面僵持在那里，装作生气的样子，高声大叫：“来人哪，取大木杖来！圣旨交办的大案，如果有人不据实呈报，给我立毙杖下！”
仵作被朱锡爵的架势给吓坏了，惊慌报告说：“尸体两锁子骨、肋骨全黑，余骨未全变色，是中毒后又以人力致死。”也就是说，李毓昌生前中过毒，但真正致其死亡的是外力。仵作这么一报告后，其他有心为王伸汉做掩饰的官员也没有办法了。最终，山东省把李毓昌中毒后被外力杀死的结论上奏嘉庆皇帝。
嘉庆皇帝把山东开棺验尸的结果转发给了铁保，同时下令缉捕相关涉案人员。六月底，圣旨到达江苏，命令铁保和江苏巡抚汪日章将淮安知府、山阳县知县等人解职，连同所有人犯押往北京，由刑部审讯。嘉庆皇帝对江苏本地官员并不信任，不相信他们能查清楚李毓昌案，他要直接接手了。
铁保没有办法，只好拘拿淮安知府王毂、山阳县知县王伸汉及其长随包祥、张祥、余升，王家的厨子钱升，同时抓捕李毓昌的三个长随。李祥、顾祥因为人在苏南，很快就被拘传到案；马连升不知去向，没有抓到。把他们押往北京之前，铁保对他们逐一讯问。在讯问中，李祥等人解释说，李毓昌衣服上的血迹，是上吊时口中吐出的血。对于李毓昌为什么要自寻短见，李祥等人提到李毓昌在核查灾情的时候，曾受山阳县西陈庄一位姓陈的监生邀请，到其家中吃酒。在酒席上，陈监生索取赈票数十张。赈票就是受灾证明，有了它就能够领取朝廷的救济。事后，李毓昌非常懊悔，坐立不安。铁保马上下令查办这个姓陈的监生，很快查明此人名叫陈懋。陈懋承认，经过他再三邀请，李毓昌曾来他家中喝酒。他虚报了十二户名目，请求李毓昌帮忙，但是李毓昌并没有答应。
铁保把相关人等全部押往北京。同时，他给嘉庆皇帝上了一道奏折，陈述了自己的调查情况，他认为李毓昌自杀的可能性非常大。他在奏折中专门提到了李毓昌去陈家吃酒的事情，似乎想说明李毓昌的死另有隐情。总之，铁保内心还是希望李毓昌案能够按照自缢身亡来结案，不要多生枝节。
李毓昌案发展到这一步，还有可能按照铁保的想法，以自缢身亡结案吗？这个案子的真相到底是什么，会怎么了结呢？
