嘉庆皇帝高度重视李毓昌案，下令山东、江苏官员重新核查此案。山东省开棺验尸，发现李毓昌先是身中剧毒，然后被人以外力杀死。嘉庆皇帝随即命令江苏省缉拿相关人等，把他们押往北京，由刑部严刑审讯。江苏省把上至淮安知府，下至跟差、厨子，都缉拿到案，唯独李毓昌的三个长随之一马连升不知去向。涉案人员到了刑部后，刑部把他们分别关押审讯。
巧合的是，马连升当时正在北京跟随一位官员做长随。他得知此案已经通天，不得不到刑部自首。恰恰就是这个马连升，在刑部办案人员的讯问之下，第一个崩溃，如实招供，说明了案发当天的真相。接着，李毓昌生前的长随李祥、王伸汉的长随包祥等人，也在严刑拷打之下，对当天的真相供认不讳。根据这几个下人从不同角度陈述的事实，李毓昌案的真相可还原如下：
李毓昌生前的第一份工作也是最后一份工作是查赈。在很多官员看来，查赈就是例行公事，是找一些无关痛痒的小问题，写一份一团和气的核查报告，这样，负责赈灾的官员，银子有了，功劳也有了；负责查赈的官员，补贴有了，还能拿地方官员的一份贿赂。总之，没有人把查赈当一回事。
但是，李毓昌初出茅庐，根本不知道这回事；他饱读诗书，充满理想主义。对于分配给自己的这份工作，他非常认真。他们几个查赈官员到达淮安府山阳县后，王伸汉安排他们入住官衙，盛宴相待。李毓昌嫌官衙里繁文缛节太多，工作起来不太方便，就自己找了善缘庵，搬进去开始埋头工作。李毓昌干劲十足，他挽起裤腿，亲自跑到四乡八村，一处处地询问受灾情况，一家家地询问户口，核查救灾银的发放情况。每到一个村庄，他都亲自制作户口资料，注明老幼人数，勘验受灾程度，重点检查有没有漏赈和冒领的现象。其间，王伸汉多次邀请他赴宴并赠送他礼物，李毓昌都却而不受。很快，李毓昌就查明王伸汉大发灾难财，以救灾为名，虚报灾情，编造户口，贪污救灾银。从李毓昌掌握的不完全数据来看，王伸汉贪污的银子数以万计。
李毓昌非常气愤，认为王伸汉简直就是从灾民口中夺食。他把相关数据、情况都如实记录下来，准备上报省里。
看着自己的主人没日没夜地工作，跟随李毓昌的长随李祥、顾祥、马连升坐不住了。他们倒不是担心李毓昌工作强度太大、太劳累了，而是担心李毓昌这么做会招惹祸害，进而连累他们这些奴仆。为什么这么说呢？
长随们心甘情愿给官员们做下人、当奴仆，看中的不是合同里约定的每月那几两银子。他们甘愿为奴，看重的是官员的权力带来的额外收益。套用现在的话来说，长随们是靠灰色收入生活的，这在历史上有个专有名词，叫作“陋规”。比如，替主人去征收赋税的长随，本来征收一两银子的，他征收二两，自己贪一两；替主人处理司法刑狱的长随，可以吃完原告吃被告，向案件双方敲诈勒索；就连替主人看门的长随，也被人称为“门子大爷”，谁要见官员本人，都要给他塞红包。这些额外的收益相当可观，远远高于长随们在合同里约定的收入。一些州县衙门里的长随，每年能得好几千两银子。这些情况，官员们都看在眼里，也都默认长随们这么做。
从根本利益上来看，长随和官员主子的利益是完全一致的。主人步步高升，官越当越大，长随们能够依靠的权力就越大，能获得的实际收益也就越高。所以，长随们都为主人的前途着想，巴望着主人能够平步青云。
李毓昌的长随李祥、顾祥、马连升三人，跟随李毓昌，也是希望主人能够步步高升，自己跟着主人越来越有出息。所以，李毓昌候补没几个月，就得到了查赈的机会，李祥三人非常高兴，以为自己可以跟着主子去淮安府吃拿卡要了。想不到，李毓昌公事公办，天天带着他们下乡核查户口，调查真相，不仅劳累，而且没有任何油水。李祥他们虽然没有表现出不满来，但暗地里早就嘀咕开了。
后来，李祥又看到李毓昌把调查的情况写成材料，准备上报江苏省。他心想：“坏了！”李祥知道李毓昌这么做，会得罪一大批官员，会遇到巨大的阻力。李毓昌在江苏省并没有根基，揭发救灾真相，最后吃亏的还是他自己。李祥觉得主人犯不着为了去揭发一件事不关己的问题赌上自己的前途。所以，他多次暗示李毓昌，此举不智。但是李毓昌没有领会李祥的暗示，执意要揭发山阳冒赈事件。
李祥没有做通李毓昌的工作，转而想起了自己的一个朋友。之前，我们说过长随是一个相对成熟的行业，长随之间经常互通有无，最后形成了长随圈子。李祥有一个圈中朋友叫包祥，当时正在给山阳县知县王伸汉当长随。李祥就去找包祥商量怎么办。
两个长随一商量，商量出了事情来。到底是什么事情呢？
李祥的本意是希望包祥给出个主意，更深层次的意思是希望包祥能和主人王伸汉说一下，让王伸汉在李毓昌揭发之前，尽量把这件事情给压下来。但是，包祥知道后意识到事情非常严重，如果不及时阻止李毓昌揭发真相，自己的主人王伸汉就可能会丢官入狱，自己的利益就会大大受损。于是，包祥匆匆告别李祥，赶紧向王伸汉汇报。主仆二人一致认为，要及时向李毓昌“做工作”，想尽一切办法不让他揭发。
王伸汉想到的第一个办法就是贿赂李毓昌。他通过包祥，先拉拢了李毓昌的三个长随。他向李祥等三人许以重赏，要他们向李毓昌转达，希望能用银子交换调查材料。王伸汉放出话来，他愿意把贪污的救灾银子和李毓昌“五五分成”。李祥、顾祥、马连升三人非常配合，就替王伸汉去做主人李毓昌的思想工作。李毓昌听了三个长随转达的意思，沉默了一会儿，然后对李祥等人说：“本年，我在参加殿试的时候，皇上给我们出的考试题目是《德本钱末》。我怎么能辜负皇上，做出贪污纳贿的事情呢？”他断然拒绝和王伸汉同流合污。李祥三人碰了一鼻子灰。
一计不成，王伸汉又想出一个办法：谋取李毓昌的调查材料。他又通过包祥，买通李祥等人，让他们去谋窃李毓查的调查名册。想不到，李毓昌把辛苦得来的调查材料随身携带，即便是睡觉，也带在身边。李祥等人根本没有机会下手。第二个方法也行不通。
王伸汉无计可施了，只好去找淮安知府王毂商量，请求王毂代为疏通，向李毓昌求情。这个王毂，其实也不干净。救灾的银子虽然是王伸汉贪污的，但是王伸汉拿出了很大一部分赃银，上下打点。其中王毂就拿了王伸汉两千两银子。所以，在阻止李毓昌揭发真相这件事情上，王毂和王伸汉是同一个战壕里的战友。他很愿意帮王伸汉这个忙，于是邀请李毓昌到知府衙门来。但是，李毓昌在调查中隐隐约约发现了王毂和王伸汉贪污有莫大的关系。他知道王毂在这个时候找自己，肯定是替王伸汉求情来了。所以，李毓昌婉拒了王毂的邀请。
就这样，王伸汉能够想到的办法，全部行不通。他更加害怕了。他害怕李毓昌随时可能把揭发材料上报，自己就要锒铛下狱了。他不仅害怕，简直是恨透了李毓昌。既然李毓昌一心一意要自己的命，王伸汉决定也不给李毓昌好看，杀机涌上了王伸汉的心头。他和包祥主仆二人凑在一起商量后生出一条毒计。
包祥给了李祥、顾祥、马连升三个人一大笔银子，和他们密谋毒杀李毓昌。嘉庆十三年十一月初六，也就是案发的当天夜里。王伸汉出面宴请前来查赈的所有官员。李毓昌赴宴后，被王伸汉灌醉。
回到住处后，到了深夜，李毓昌感觉嘴里又苦又渴，非常难受，就醒了过来。他喊了一声：“来人啊，拿醒酒汤来！”很快，李祥就端着一碗汤进了房间，他扶着李毓昌，伺候他喝下去。喝完汤，李毓昌又迷迷糊糊睡了起来。没一会儿，李毓昌的肚子翻江倒海般剧烈疼痛起来，痛得他根本睡不着了，他在床上左右翻滚，大声呼叫。
在剧烈疼痛、意识模糊之间，李毓昌看到李祥等长随闻声而来，跑到床前围观，他们你看我，我看你，什么都不做。突然，跟过来看情况的包祥从李祥的身后跳出来，用双手从后面掐住了李毓昌的脖子。这时，李毓昌用尽力气，瞪目斥问他们：“你们要干什么？”一旁的李祥非但没有制止，还冷笑着说：“仆等不能事君矣。”李毓昌知道大事不好，可惜很快就失去了意识，昏死过去。李祥唯恐李毓昌不死，和包祥一人抱住李毓昌一条胳膊，马连升解下自己的腰带，把李毓昌吊在房梁上。杀死李毓昌后，他们几个人又伪造了李毓昌上吊自杀的现场。
初七一大早，李祥、顾祥和马连升跑到山阳县衙报案，声称主人李毓昌在夜间自缢身亡了。接到报案后，王伸汉赶往善缘庵查勘。到了案发现场后，他赶紧命令随从先搜索李毓昌的文稿，把搜出来的纸稿一把火销毁了。然后，王伸汉才草草看了现场，就下结论说：“可怜啊，李大人自缢身亡了。”说完，他又下令一行人把卧室清理干净，然后派人将案情报告给了淮安知府王毂。
淮安知府王毂很快也带人赶到了案发现场。淮安府的仵作李标看到李毓昌面色青紫，口鼻出血，呈现中毒症状，就如实报告：“尸口有血。”想不到王毂听到后勃然大怒，下令：“来呀，把李标推出去，杖责二十！”差役们把李标推到外面，噼里啪啦打了二十大板后架了回来。王毂对他大声喝道：“你再给我好好查验！”这一回，李标学乖了，在“尸格”上填写了“李毓昌上吊自杀”字样。
综上所述，李毓昌案案发经过可以简化为，李祥等人本来想用加入砒霜的醒酒汤毒杀李毓昌，想不到毒性发作得太快，李毓昌大声呼喊。在场的包祥临时起意，就和李祥、马连升一起，把李毓昌掐晕后吊死在了房梁上，并伪造了李毓昌上吊自尽的假象。之后，在王伸汉、王毂两级官员的配合下，李毓昌之死被当作“自缢身亡”逐级上报。
李毓昌案其实是案中案，第一案是王伸汉贪污救灾款，第二案是王伸汉指使他人杀害李毓昌。不论哪一案，王伸汉都是罪魁祸首。他的罪过最大，被押解到刑部大牢后态度也最蛮横。王伸汉开始拒不认罪，经过刑部连日熬讯，还是拒不交代。也许，王伸汉还在幻想，只要自己不认罪，不招供，就不会被判处死刑。但是，刑部对付他这样的人自有一套办法。审讯官员实行“车轮战”，轮番审讯王伸汉，不让他休息，让他一直跪着接受审讯。王伸汉毕竟五十多岁了，怎么可能熬得住？有一天，王伸汉跪了好多天，身体实在吃不消了，就向审讯官员讨水喝。审讯官员命差役递给他一杯茶，王伸汉接过茶杯后没有喝，他看着杯子里的茶水，看了很长时间。也许，他想到了当日自己授意在水中下砒霜毒杀李毓昌的情形。此后，王伸汉的心理防线崩溃了，他如实供述了自己贪污、行贿和杀人的罪行。
淮安知府王毂倒没有像王伸汉那样拒不招供，他宦海沉浮多年，知道此案已经通天，自己绝不会有什么好下场。于是，他决心自杀。之前，王毂随身携带了一面玻璃小镜子进入大牢，在刑部审讯间隙，他把镜子砸碎，用碎片划伤腹部，腹部流血不止，但没有生命危险。王毂一心求死，又划破了颈部的血脉。好在狱卒及时发现，把他救治了过来。此后，王毂整个人都垮了，把自己贪污、受贿，帮助王伸汉遮盖杀人真相的罪行交代得清清楚楚。
李毓昌案至此大白于天下。嘉庆皇帝接到刑部报告后，第一感觉是：“江南竟有此奇案，可见吏治败坏已极。”接着，嘉庆皇帝痛骂江苏各级官员：“督抚大员，毫无觉察。朕知人不明，误用汝辈，诚朕之咎，不知汝等尚有何颜上事天子，下对万民？地方偶遇偏灾……不肖州县多有捏开侵冒，私肥己橐。其查赈委员贪图分润者，即与之通同作弊，是直向垂毙之饥民，夺其口食，已属毫无人心。不意山阳县查办赈务，因委员秉持公正，不肯扶同，畏其禀揭，竟至谋命灭口，实为从来未有之事！”
一场狂风暴雨般的反腐问责运动即将在江苏省展开。嘉庆皇帝会如何处理李毓昌案的善后问题？他又会掀起怎么样的反腐风暴？
