3.平定中原
光武帝刘秀消灭赤眉军后，挥师中原，与中原各割据势力进行了残酷的战争，最后夺取了中原地区的控制权。
（1） 灭梁王刘永
更始元年（公元23年）十月，汉宗室梁王刘立之子刘永到了洛阳，刘玄仍封刘永为梁王，都城设在睢阳。
更始二年（公元24年）冬，梁王刘永在封国起兵，招集诸郡豪杰，任命周建等人为将帅，攻下了济阴、山阴、沛、楚、淮阳、汝南等二十八城，又任命佼强为横行将军，董宪为翼汉大将军，张步为辅汉大将军，统领青州、徐州的兵力，成为一股强大的割据势力。
汉光武建武元年（公元25年）十一月，刘永在睢阳称帝。此前，更始政权任命王闳为琅邪太守，张步占据琅邪郡抗拒王闳上任，王闳招降了赣、榆等六个县，与张步交战，没有取胜。后张步接受了刘永的官号，整训军队，攻占了泰山、东莱、城阳、胶东、北海、济南、齐郡。王闳敌不过张步，便去见张步，张步严阵以待，怒气冲冲地说：“你全力进攻我，我有何罪？”王闳手握剑柄说：“我奉朝廷之命，而你却拥兵抗拒，我只是进攻乱臣贼子，不能说我过分。”张步改变了态度，下跪谢罪，款待王闳，让王闳掌管郡事。
建武二年（公元26年）四月，虎牙大将军盖延率驸马都尉马武等四位将军进攻刘永，将刘永打败并围困在睢阳。这时，原更始政权的将领苏茂反叛，占据广汉而向刘永投降，刘永任命苏茂为大司马，封淮阳王。
八月，睢阳在被盖延围困了数月之后，被攻占了，刘永逃往虞，虞人造反，刘永的母亲和妻子被杀死，刘永率部下数十人逃到谯。苏茂、佼强、周建三人合军共三万多人援救刘永，在沛西与盖延交战，被盖延大败，三人退保湖陵。后苏茂又逃归广乐。盖延平定了沛、楚和临淮。
这时，光武帝派太中大夫伏隆出使青、徐二州，招降郡国，青、徐贼寇听说刘永兵败，都惊恐请降，张步派遣掾属孙昱随伏隆上书朝廷，表示臣服。十一月，光武帝任命伏隆为光禄大夫再次出使，与新任命的青州牧、守、都尉一起东去，并允伏隆可以任命县令以下官吏。
建武三年（公元27年）二月，刘永封董宪为海西王。
伏隆到达剧县，刘永听说后就派遣使者封张步为齐王。张步贪图王爵，举棋不定。伏隆解释说：“高祖曾规定，除刘姓皇族外不可以接受王爵，现在你仅能成为十万户侯而已！”张步想把伏隆留下，跟他共同据守青、徐二州，但伏隆要求返回洛阳报告情况。张步于是拘捕伏隆而接受刘永的封爵。伏隆派密使向光武帝报告：“我奉命出使，却没有完成使命，被叛逆拘捕，处于危险境地。我虽然身处艰难窘迫之中，但为完成使命，就算牺牲性命，也在所不惜。另外，官民们知道张步反叛，民心离散。愿陛下及时进军，不要顾念我。如果我还可以活着回到朝廷，就算被诛杀，我也无憾了，假如我死于叛贼之手，就把父母兄弟托付给陛下。祝福陛下和皇后、太子！”光武帝得到伏隆的奏书，召见他的父亲伏湛，流着眼泪把奏书拿给他看，说：“我恨不得暂且封给张步王爵而立刻让伏隆返回！”后来，张步还是杀了伏隆。当时，刘秀主要担心北方的渔阳和南方的梁、楚，因此张步能够有机会独霸齐地，占据十二个郡。
祭遵像
三月，涿郡太守张丰反叛，自封为无上大将军，跟彭宠的军队联合。朱浮求助于光武帝，请求光武帝亲自讨伐彭宠。光武帝下诏回答说：“去年赤眉军在长安气焰嚣张，我断定他们弹尽粮绝之后必然向东撤。现在估计这些叛逆不会存在多长时间，他们发生内讧是迟早的事情。现在我军军需还不充足，因此要等小麦收割以后才行。”朱浮部队在吃完蓟城粮食后，出现了人吃人的惨剧，要不是耿况派骑兵来救援，朱浮肯定逃不了了。彭宠自称为燕王，进攻夺取右北平、上谷的几个县。他贿赂北方的匈奴，向匈奴借兵作为援军，又向南结交张步及富平，跟他们建立了联系。
光武帝亲自征讨邓奉，抵达堵阳。邓奉逃回阳，董投降。四月，光武帝追击邓奉到小长安，邓奉被打败了。因朱从中周旋，邓奉投降。光武帝怜惜邓奉是有功的老部下，而且因吴汉所逼，想宽恕他。岑彭、耿进谏说：“邓奉背叛恩主，发动部队反叛，接连几年残暴掳掠。陛下亲征到达堵阳，他没有悔改之意，还亲自上阵和您交战，打败了才被迫投降。如果不杀邓奉，就不能惩办邪恶。”于是，斩邓奉，恢复朱的官职。
延岑大败赤眉军以后，马上稳定住当地局势，计划将关中占据。当时关中地区盗贼很猖狂，延岑、王歆、公孙守等各自割据一方。他们各称将军，多的一万余人，少的数千人，各自拥有自己的军队，各军之间相互攻击。冯异向前推进，在上林苑大败延岑和张邯、任良的联军，延岑向南阳逃跑。当时正值饥荒，一斤黄金才换五升豆子。交通被阻，运送的粮食无法到达，冯异的士兵都以野果充饥。光武帝下诏任命赵匡当右扶风，率军协助冯异，并运送粮食、绢帛。冯异的军队扭转了不利局势，日渐强盛，粮食也渐渐充足，逐步消灭了地方割据势力。冯异又褒扬奖赏归降有功劳的人，把各营寨的首领全都送到洛阳，遣散他们的部下，让他们回到各自本来的行业，冯异威振关中。除了吕鲔、张邯、蒋震投降了占据西蜀的公孙述，剩下的全部平定。
吴汉率领杜茂等七位将军在广东围攻苏茂，周建带十万大军援救苏茂。吴汉迎战周建，无法取胜，自己还受了伤。将领们对吴汉说：“大敌当前，而您现在受了伤，大家心里感到恐慌。”吴汉于是包扎伤口，强忍疼痛站了起来，杀牛犒劳战士，军中士气倍增。第二天，苏茂、周建出兵包围吴汉，吴汉大败敌军。苏茂逃回湖陵。这时，睢阳人在城内叛乱，迎接刘永进城。盖延率众将领围攻睢阳。杜茂、陈俊守卫广东，吴汉自己带兵协助包围睢阳。
盖延包围睢阳大约一百天后，刘永、苏茂、周建突围而出，准备逃跑。盖延急速追击，刘永的将领庆吾砍下刘永的首级归降。苏茂、周建逃到垂惠，拥立刘永的儿子刘纡当梁王。刘永的另一将领佼强逃到西防。
十月，耿向光武帝请求，征调上谷郡还未调动的士兵，这样就可以铲除在渔阳的彭宠，以及涿郡的张丰；返回洛阳时可以消灭富平、获索军；向东又可以攻击张步，从而平定齐地。光武帝认为他有雄心壮志，计划也很合理，答应了他的要求。
建武四年（公元28年），光武帝派遣朱、耿、祭遵、刘喜讨伐涿郡的张丰。祭遵先行到达，猛烈攻打张丰，将他活捉。起初，有个道士说张丰会做皇帝，并把一个装有石头的彩色口袋绑在张丰的肘上，说：“皇帝用的玉玺在石头中。”张丰相信道士的话，因此，在即将被砍头的时候，他还说：“我肘上的石头里有玉玺。”旁人打破石头，张丰后悔受骗。他仰天长叹说：“我应当死，死而无憾！”
刘秀命令耿进攻彭宠。耿因为种种原因，不敢单独进军，要求返回洛阳。光武帝下诏回答说：“将军全家为国效忠，功劳卓著，还有什么担心使你想回洛阳呢？”耿况听说以后，派耿的弟弟耿国前往宫廷服务。此时，祭遵驻屯良乡，刘喜驻屯阳乡。彭宠率领匈奴的军队准备袭击。耿况命他的儿子耿舒击败匈奴军，诛杀匈奴两位亲王，彭宠这才退兵。
建武四年（公元28年）七月，光武帝到谯，派马武、王霸在垂惠包围刘纡、周建。董宪部下将领贲休献兰陵城降汉，董宪听说后进军包围兰陵。盖延和庞萌在楚，请求救援兰陵，光武帝嘱咐说：“直接攻剡即可解兰陵之围。”盖延因兰陵危急，便先去救兰陵。董宪先回师迎击而后假装败退，盖延进入兰陵城。第二天，董宪率大军折回包围了兰陵，盖延等人突围而出，才去进攻剡城。光武帝责备说：“原先让你们进攻剡，敌军意想不到，现在再去攻剡，敌军计议已定，兰陵之围怎么能解呢？”果然，盖延等人攻剡没有攻取，而兰陵却被董宪攻下，杀死了贲休。
八月，光武帝到寿春县，令马成率领刘隆等三位将军，征调丹阳、会稽、六安、九江四个郡的兵力攻打李宪。九月，李宪在舒县被包围。
岑彭围攻秦丰三年，杀敌九万余人，秦丰只剩下一千人，粮食快要耗尽。十二月，光武帝到达黎丘，招降秦丰，秦丰不肯投降，就让朱等代替岑彭包围黎丘；傅俊、岑彭率军南下，攻打田戎。
建武五年（公元29年）苏茂率五校军援救周建。马武被打败，逃跑途中经过王霸营垒，大声呼救。王霸说：“贼军的士气很盛，如果我出兵，你我两军都会被打败，你只有自己努力了！”于是关闭营门，加强防守。军官们都有异议，王霸说：“苏茂的军队战斗力很强，我们的将士内心恐惧。而马武依赖我军，两支不一样的军队很难融合在一起，这是失败的原因。现在我们闭营坚守，表示我们对马武不援助，贼军必然会轻举冒进。马武得不到救兵，战斗力肯定倍增。这样，苏茂的军队就会疲劳，我们趁他疲劳的时候进攻，就能够打败他。”苏茂、周建果然出动所有的军队进攻马武，战斗持续了很长时间，王霸军中勇士割发请战。王霸打开营垒后门，派出精锐骑兵从背后袭击苏茂、周建。周建、苏茂前后受敌，败阵逃跑，不久又再次聚集起军队挑战。王霸据守不出战，大宴部下，唱歌取乐，苏茂向王霸营中放箭，射中王霸面前的酒杯，王霸安然坐着。军官们都说：“苏茂昨天已经被我们打败，现在容易打败他！”王霸道：“不是这样。苏茂的军队远道而来，粮食不足，所以频频发动攻势，想尽快取得胜利。现在我们关闭营门，军队要休整一下，正是所谓‘不用打仗就能使敌人屈服’！”苏茂、周建不能和王霸交战，只好回营。夜里，周建的侄子周诵反叛，关闭垂惠城门，不让他们进城。在逃亡途中，周建死了，苏茂逃到下邳，与董宪会合。梁王刘纡投奔佼强。
（2） 彭宠刘纡身死
彭宠的妻子多次看到不祥之兆，感到不妙，占卜师、望气先生都说要内讧。所以，彭宠的堂弟子后兰卿在洛阳做人质后归来，彭宠不肯相信他，分给他一支军队让他驻在外地，远离宫中。彭宠在便室斋戒，奴仆子密等三人趁彭宠睡觉把他绑在床上，然后对外面的官员说：“大王正在斋戒，官吏们统统放假。”又假传彭宠的命令，把男女奴仆全都捆绑囚禁起来。又用彭宠的命令叫他妻子前来，彭宠的妻子进入便室，大吃一惊，说：“反了，反了，奴才反了！”家奴们揪着她的头，狠狠地打她的耳光。彭宠急忙叫道：“赶快为将军们置办行装！”因此由两个奴仆押着彭宠妻子到后宫收取珍珠财宝，留一个奴仆看守彭宠。彭宠狡猾地对看守自己的奴仆说：“你这孩子，我向来爱护你，而今你被子密所胁迫！如果为我解开绳索，我将把女儿彭珠嫁给你，家里的财宝全都给你。”小奴仆想要解开绳索，但见子密正听他们说话，就不敢去解。后宫中的财宝衣物，被子密等人掠取了，回到彭宠所在的便室装好，备好六匹马，再叫彭宠的妻子缝制两个细绢做的口袋。天黑以后，给彭宠松绑，命他给守卫城门的将军下命令：“现在派子密等人到子后兰卿处，请放行。”写好之后，彭宠和他的妻子被子密等人斩杀了，将人头放到口袋里，拿着彭宠的手令火速出城，把人头等送到洛阳。第二天，宫门久久不开，彭宠的官属们翻墙而入，看到彭宠的尸体，惊恐万分。彭宠的尚书韩立等拥立彭宠的儿子彭午为燕王。国师韩利却砍了彭午的人头，带到祭遵处投降。祭遵诛杀彭宠全族，光武帝封子密为不义侯。
吴汉率领耿、王常等，与富平、获索贼军在平原郡激战，贼军大败。追击贼军残部到勃海郡，先后共有四万余人投降。光武帝接着颁诏令，命耿进军征讨张步。
平敌将军庞萌为人谦虚平和，光武帝经常称赞说：“庞萌是可以担当重任的人。”于是命他与盖延共同进攻董宪。当时诏书只下给了盖延而没有给庞萌，庞萌怀疑盖延在光武帝面前说了自己的坏话，于是袭击盖延，取胜后又与董宪联合，自称东平王，驻屯在桃乡之北。光武帝听后非常愤慨，亲自率军讨伐庞萌，说：“我以前说以庞萌为社稷之臣，这句话各位将军能不耻笑吗？这个老贼应当族诛，你们各人整顿军队，会师睢阳。”
六月，董宪与刘纡、苏茂、佼强回到兰陵，苏茂、佼强帮助庞萌围攻桃城。光武帝在蒙城听说后，亲自率军轻装奔赴桃城，走到亢父的时候有人建议，百官疲倦，可暂且住一宿，光武帝没有应允，又行了十里地，在任城住宿，离桃城只有六十里。第二天，诸位将领请求继续前进，庞萌等人也率军队挑战，光武帝命令不得出战，养精蓄锐，挫敌军锋芒。此时吴汉等人驻扎在东郡，光武帝又把吴汉等人叫来。庞萌等人惊慌失措地说：“汉军数百里日夜兼程，以为他们是为了交战，可是却坚守任城，想让我们到他城下，我们决不能前去。”便投入全部兵力进攻桃城。桃城守军听说光武帝御驾亲征，士气大振，庞萌等人攻城二十多天，仍不能攻下。吴汉、王常、盖延、王梁、马武、王霸等来到任城。光武帝这才率众军前去援救桃城，敌军溃败，苏茂、佼强乘夜逃遁。
七月，光武帝到达沛县，又到达湖陵。董宪和刘纡的数万兵马屯驻在昌虑县。董宪重整五校军残部，防守建阳。光武帝到达蕃县，距离董宪的营垒只有一百余里，将领们要求出击。光武帝不同意，因为他知道五校军军需不足，不久就会自己撤退。光武帝告诫各路大军坚守营垒，以逸待劳。不久，五校军果真离去。光武帝亲自上阵，四面围攻董宪。三天后，董宪的军队被打败。佼强投降，苏茂投奔张步，董宪和庞萌逃跑到郯县。八月，光武帝到达郯县，留下吴汉攻城，自己率军攻取彭城、下邳。吴汉攻下郯县，董宪、庞萌逃到朐县。刘纡被他的军士高扈所杀，高扈投降光武帝。朐县被吴汉进军包围。
耿像
建武五年（公元29年）三月，大将岑彭攻克夷陵，田戎大败，逃入蜀地，他的妻子及部众数万人被俘，荆州一地得以平定。
（3） 耿平张步
十月，光武帝到达鲁城。
张步听说耿马上要到达，命他的大将军费邑驻屯历下城；又在祝阿县部署兵力；另外在钟城、泰山排列数十个营垒，等待耿军。耿渡过黄河，开始攻打祝阿。祝阿在短短一个上午就被攻克。耿有意打开一个缺口，让城里的残兵能够跑出，投奔钟城。钟城的军队听说后，异常恐慌，于是弃城而逃。
费邑派遣弟弟费敢据守巨里。耿先威胁巨里，准备攻城工具，通告全军，三天后就要全力进攻，之后，暗中释放几名俘虏，让他们逃回，故意泄露自己的行动日期。费邑在三天后，亲自率领精锐三万余人赶来援救。耿非常高兴，对将领们说：“我准备攻城工具，就是要引诱费邑前来。不攻打他们的部队，要城岂不更好！”马上留下三千人看守巨里；自己亲自统率精兵登上山坡，占据高地，大败敌军，费邑在阵地上被斩杀。随后把费邑的人头送到巨里城中，城中恐惧。费敢率军队逃跑，投奔张步。耿又稍作休整，派兵攻取那些未归附的营寨四十余座，随后平定济南郡。
当时张步以剧县为都城。张步派弟弟张蓝率领精兵二万人驻守西安，派各郡太守集合一万余人守卫相距四十里的临县。耿率军进攻位于西安和临之间的画中。耿看到西安城防很坚固，而且张蓝的军队又很强大，临表面上看固若金汤，但实际上却容易攻取。于是，各指挥官接到命令，五天以后联合攻打西安。张蓝得知以后，日夜警戒守卫。第六天，夜半时分，耿将领们草草吃过饭。到天亮时，抵达临城。护军荀梁等认为：“攻打临，西安一定会派军队支援；攻打西安，临不能救援，不如攻打西安。”耿说：“西安方面日夜戒备，正担心自己的安全，不可能再出兵援救别人！临方面防备松弛，必定会惊慌失措。我用一天的时间，必能攻破。攻陷了临，也就切断了西安和剧县的交通，从而孤立西安，西安守军必然弃城逃跑。这正是所谓‘一举两得’。如果先攻打西安，不是很容易攻下，军队陷在那里，伤亡一定很多，就算能够攻破，张蓝将率军逃回临，合并了那里的守军。我们深入敌地，补给很困难，一个月之内，不用打仗就败了。”果然，他只用了半天就攻占临。张蓝听到消息，十分惊恐，率领军队逃回到剧县。
耿下令禁止军队掳掠，等到张步到来时再拿走财物，以此激怒张步。张步听后，大笑说：“尤来、大彤的十几万军队都不是我的对手。现在耿的军队比他们少，又十分疲惫，有何可怕的？”于是率号称二十万的大军，抵达临大城东，准备攻打耿。耿向光武帝报告军情说：“我占据临城，筑高墙，挖深壕。张步从剧县远道而来，军队饥渴疲劳。他要推进，我就引诱他；他要撤退，我就去追击他。依靠自己的营垒，精锐百倍，以实攻虚，以逸待劳，十天之内，张步的首级便能获得。”于是耿率军出营到水边，与重异遭遇。耿恐怕挫败敌军锐气，使得张步不敢前进，就有意助长对方的气焰，率军回城，在城内布防，都尉刘歆、泰山太守陈俊分别在城下布阵。张步气势汹汹，径直攻打耿军营。耿登上高台观望，查看刘歆等同张步作战的情况，然后亲自率领精锐部队在东城下横冲进张步的军队，大败敌军。一支乱箭射中耿的大腿，耿用佩刀截断箭杆，左右都无人知道。第二天早晨，故计重施，耿又率军出营。
光武帝在鲁城听说耿被张步攻击的消息，亲自率军前去援救，陈俊对耿说：“敌兵士气正盛，我们可以暂且关闭营门，休养军士，等皇上前来。”耿说：“皇上马上就到，臣子应当杀牛备酒，而不是把盗贼匪徒送给君王去灭！”因此出兵大战，一天之间，再次大败敌军，敌人死伤无数。耿料到张步受到重创以后一定会撤军，在左右两翼设下伏兵等候。深夜，张步果然率军离去。伏兵奋起攻击，一直追杀八九十里地，尸体遍野，耿缴获张步的辎重车两千余辆。张步逃回剧县，元气大伤，兄弟们各自带兵离开。
几天之后，光武帝抵达临，亲自慰劳军队，宴请文武百官。光武帝对耿说：“过去韩信攻下历下，开创了汉朝大业的基础；现在将军攻破祝阿，建立了伟大功绩，这些地方全是以前齐国的西方边界，你们二人的功劳足可以相提并论。而韩信攻击的是已经投降的军队，将军单独打败强大的敌人，又比韩信艰难了。还有，田横曾经杀害郦食其，等到田横投降刘邦，刘邦下诏卫尉郦商不要记仇。先前伏隆也被张步杀了，今天假如他来归顺，我将下诏让大司徒伏湛解除怨恨，这两件事情又特别相似。你以前在南阳时，曾提出建树这项功业的重大策略，我还总感到计划过于庞大，无法实现。”光武帝进抵剧县。
耿又追击张步。张步逃到平寿县，苏茂率领一万余人前来援救，责备张步说：“耿曾击败了勇敢善战的延岑的南阳军队精锐，大王为何靠近并攻击耿的阵地呢？您既然征召我，就不能等我一步吗？”张步说：“惭愧惭愧，我输得无话可说。”光武帝派人告诉张步、苏茂，只要能诛杀对方，投降的就能封爵。于是张步杀了苏茂，到耿军营投降。耿把张步送到光武帝驻地，自己率军到平寿城，树起十一个部的旗帜，令张步的士兵分别到本部的旗下。此时，张步军队余部还有十余万，全部遣散返回乡里，又把张步的三个弟弟囚禁在当地的监狱。光武帝下诏赦免他们，封张步为安丘侯，让他和妻子儿女住在洛阳。
当时只剩琅邪尚未平定，光武帝任命陈俊为琅邪太守，陈俊一到，盗贼全部逃散了。耿到城阳收降了五校农民军余部，齐地全部平定，便回到京城。耿共平定四十六个郡，更为难得的是，没有遭受一次挫折。
建武六年（公元30年），吴汉等攻取朐，董宪、庞萌前后被斩杀，江淮、山东地区也全部平定。诸将率军队还朝。
4.得陇望蜀
光武帝稳定中原以后，只剩关陇地区的隗嚣和蜀中的公孙述这两个割据势力了，光武帝动用数十万军队，费了十几年的时间才彻底打败他们，统一了全国。
更始二年（公元24年）二月，更始政权征调隗嚣及其叔父隗崔、隗义等人，隗嚣准备应征。方望认为更始政权未必能存，不同意隗嚣去长安，隗嚣一意孤行，方望就写了一封辞别信而去。隗嚣等人到了长安，隗嚣被任命为右将军，隗崔、隗义保留原称号。
四月，更始政权派李宝、益州刺史张忠带领一万多人经营蜀汉地区，公孙述派遣弟弟公孙恢进攻李宝和张忠，打败他们夺了绵竹。公孙述自立为蜀王，建都成都，当地臣民纷纷归服。建武元年（公元25年），公孙述又即皇帝位，以“成家”为号，改元“龙兴”，李熊为大司徒，其弟公孙光为大司马，公孙恢为大司徒。
（1） 马援出使
隗嚣等人降归后不久，隗义、隗崔想回故郡，隗嚣怕连累自己，告诉刘玄，结果刘玄杀了隗崔、隗义。刘玄认为隗嚣忠于自己，任命他为御史大夫。次年夏天，赤眉军入关，三辅地区大乱，传说光武帝在河北即帝位，隗嚣劝刘玄归政于光武帝叔父刘良，刘玄没有听从。诸将想劫持刘玄东归，隗嚣也参与了谋划。事情被刘玄知晓，派使者召隗嚣，隗嚣装病不进见，和周宗、王遵等人率军守卫府邸，刘玄派执金吾邓晓包围了隗嚣府邸。隗嚣闭门坚守，黄昏时，率数十骑突围逃归天水。隗嚣召集旧部，在旧地自称“西州上将军”。关陇避难的士大夫基本上都依归隗嚣，隗嚣也礼贤下士。他以平陵范逡为师友，任命前凉州刺史、河南人郑兴为祭酒，茂陵人申屠刚、杜林为治书，马援为绥德将军，杨广、周宗、王遵、王捷、行巡、王元皆为大将军，安陵人班彪等人为宾客。隗嚣因交结名流而名震西州。
由于几代都在河西为官，对当地风土人情相当熟悉，窦融与更始政权右大司马赵萌关系又很不错，就借助赵萌的关系请求去河西。赵萌向更始政权推荐窦融，任命他为张掖属国都尉。当时，酒泉太守梁统、张掖都尉史苞、金城太守库均、酒泉都尉竺曾、敦煌都尉辛肜，在河西地区都是英俊之士，窦融与他们交情很深。更始政权失败后，窦融与梁统等商议说：“现在形势混乱，我们一时还不能确定归附谁，河西地区身陷羌胡包围，不同心协力就将失败，权力相当就谁都不服谁，应当推举一人为大将军，统领五郡。”最后推举窦融代理河西五郡大将军，梁统为武威太守，竺曾为酒泉太守，史苞为张掖太守，辛肜为敦煌太守，窦融居住属国，兼任属国都尉，设置从事，监察五郡。
建武三年（公元27年）十一月，光武帝对太中大夫来歙说：“现在西部州郡没有归附，公孙述称帝，路途遥远，地势险要，诸将正在经略关东，经营西部的方略，一时还不知怎么办，你看应该怎样？”来歙回答说：“我在长安曾经与隗嚣相遇，这个人在刚起兵时曾以兴汉为名，我想按照您的意思写一封信给他，他一定归降，隗嚣归降，公孙述就不难对付。”光武帝认为有道理，就让来歙招降隗嚣。因对汉有功，又曾接受邓禹代表光武帝授予的官职爵位，自己的左右也有归汉的意思，隗嚣于是去长安奏事。光武帝用隆重的礼仪接待了隗嚣。
延岑自在四川失败，辗转逃亡，建武四年（公元28年）二月，又率残部进攻顺阳，光武帝派邓禹迎战，大败延岑。延岑去汉中投靠公孙述，被封为大司马、汝宁王。
十二月，公孙述聚兵数十万，广蓄粮草，又造十层楼船，刻了许多天下各地牧守的官印，派遣李育、程乌统率数十万人马到陈仓和吕鲔会师，进攻长安三辅地区。冯异大败公孙述军。程乌逃、李育回汉中，冯异转头又击败吕鲔，吕鲔手下将士投降冯异的不计其数。
隗嚣派马援前往成都刺探公孙述的情况。马援和公孙述是同乡，关系不错，他以为到达之后，公孙述必然像以前那样和他握手。然而公孙述在殿阶下排列许多卫士，戒备森严。随后马援入殿行过见面礼之后，公孙述让马援到驿站休息，又为马援准备布衣服和交让冠。在宗庙中召集百官，设旧交老友的座位。公孙述以绣着鸾鸟的旗帜、披头散发的骑士做前导，开路清道，实行警戒。他向迎候的官员屈身还礼后，进入宗庙。礼仪祭品和百官的阵容相当盛大。公孙述准备封马援侯爵，任命为大将军。马援带领的宾客们都乐意留下来，马援说：“天下胜负未定，公孙述不懂得迎接有才干的人，却只注重繁琐的小节，这种人怎能长久留住天下有志之士，跟他共图大事呢？”因此告辞。回来后他对隗嚣说：“公孙述不过是井底之蛙，却妄自尊大，我们不如一心跟刘秀往来。”
于是隗嚣派马援带着给光武帝的信到洛阳去。光武帝在宣德殿南面的廊屋里，仅戴头巾笑迎马援，对马援说：“您在两个皇帝之间游历，今天见到您，令我十分惭愧。”马援叩头辞谢，说：“现在的天下，不单君主选择臣子，臣子也选择君主。我和公孙述是同乡，从小关系很好。我前些时候到成都，公孙述让武士拿着兵器立在殿阶下，随后才接见我。今天我远道而来，您如何知道我不是刺客，而这样平易地接见我？”光武帝笑着说：“您不是刺客，仅仅是说客而已。”马援说：“天下形势，反复不定，以帝王自称的人难计其数。今天我看见您和高祖一样恢宏大度，才知道自有真正的天子。”
在冯异同公孙述军队交战时，隗嚣派兵帮了很大忙，冯异报告光武帝，光武帝写信给隗嚣，说：“我很愿意与将军结交，你南挡公孙述，北平羌人之乱，所以冯异只数千人就能在三辅地区站稳脚跟，如果没有您的帮助，咸阳则已为他人所有了。如果公孙述的军队到汉中，三辅地区要借助将军的军队，两者可谓实力相当，果真如此，实在是智士计功割地之时。管仲曾说：‘生我者父母，成我者鲍子。’以后，要常往来书信，不要听别人离间的言语。”后来，公孙述数次出击，都被隗嚣与冯异联合击败。公孙述随即拉拢隗嚣，派人把大司空、扶安王的印绶授给隗嚣。隗嚣斩杀了来使，出兵进攻。公孙述军队因此不敢向北出击。
建武五年（公元29年）正月，光武帝派来歙送马援归陇右。隗嚣向马援问起东方之事，马援说：“前一段到朝廷，光武帝接见数十次，每次都在一起促膝长谈，常常昼夜不间断。其才智勇略，任何人都不能比拟，而且为人坦诚，心胸博大，重大节，和高祖相似。熟读经书，政事文辩，前世无人所及。”隗嚣问：“你认为他和高帝不同的有哪几个方面？”马援说：“和高帝不一样，高帝无可无不可，而现在的皇上喜欢吏事，行动有节度，又不喜欢饮酒。”隗嚣心里有些不快，说：“如你所说，不是各方面都胜出高帝了吗？”
二月，岑彭攻取夷陵，田戎投靠公孙述，岑彭俘虏了田戎的家属和将士数万人。公孙述封田戎为翼江王。岑彭想进攻蜀，只是这个地区粮草太少，水流湍急难以运输，于是留威虏将军冯骏驻军江州，都尉田鸿驻夷陵，领军李玄驻夷道，自己屯军津乡，处荆州要会之处，传谕少数民族投降者，上奏皇帝封其首领。
当初，窦融等听说光武帝的威望恩德，非常向往东方，因为相隔遥远，自己无法直接联系，于是从隗嚣那里接受东汉“建武”的年号。隗嚣授给他将军印绶。隗嚣表面上顺应众望，实际上怀有二心，他派说客张玄劝说窦融等人道：“更始的大事已定，却很快又失败，这证明刘氏一姓无法再起。假如马上就认定君主，隶属于他，就会受到束缚和制约，自己也会失掉权力。如果他灭亡，我们便会随着他败亡，后悔莫及。现在英雄豪杰竞起，胜败未定。我们应当各守自己的领地，和陇西隗嚣、西蜀公孙述结成联盟。如果成功可以成为战国时代的六国之一，就算失败也可成为南海尉佗。”窦融等召集豪杰们商议，其中有远见的人都说：“现在皇帝的名字，和预言书中一样，法术大师谷子云、夏贺良等都说，汉朝有再次兴起的祥瑞征兆，因此刘歆改名为刘秀，希望应验预言书上的话。王莽末年，西门君惠策划拥立刘歆做皇帝，事情败露被杀。西门在赴刑场的途中，对围观的人说：‘预言千真万确，刘秀的确是你们将来的君主！’这些事，大家亲眼所见。况且当今号称皇帝的几个人中，刘秀拥有的土地最多，实力最强大。观察预言书上的话，考察世间的事情，除了刘秀无人可担当君主了。”大家听罢，有的赞同，有的反对。
窦融决定归顺光武帝，派长史刘钧等人带信到洛阳。与此同时，光武帝也派使者送信给窦融召他。光武帝的使者在路上遇到刘钧，一起返回洛阳。光武帝非常高兴，设宴款待刘钧，随后，让他带诏书给窦融说：“现在公孙述在益州，隗嚣在天水。公孙述和我正在相互攻打，这样将军您有着举足轻重的作用，也就是说，您计划帮助某一方时，力量不可估量！如果要创立齐桓公、晋文公一样的霸业，我们就应联合起来；假如想实现三足鼎立的局面，也应该抓住时机。天下还未统一，我和您相距遥远，不会相互吞并。现在谈及此事的人，必定有像任嚣让尉佗控制七个郡那样的计策。君王可以分封土地，却不分割百姓。所有一切也不过是自己做适合自己的事情而已。”于是任命窦融当凉州牧。
（2） 隗嚣怀二心
隗嚣时常自比周文王。他跟将领们商议称王，郑兴说：“过去天下的三分之二被周文王占领，还向商朝称臣；周武王和八百个诸侯事先没有商量而集结到一起，仍要退兵等待时机；高帝连年征战，仍用‘沛公’的名义指挥军队。您的恩德现在虽然显明，却没有周朝世代相承的王位；虽然您的威望才略高，但没有高帝的战功。如果勉强做不可能做的事，肯定会加速祸患的降临，这样做不合适！”隗嚣于是放弃自己的计划。后来隗嚣又封了官员，以示自己的高贵和尊严。郑兴说：“中郎将、太中大夫、使持节官，都是帝王的规格，这样做名义上有损，实际上也没好处，不是尊重主上的本意。”隗嚣非常不满意，但也没办法。
当时，关中将领多次上书说明可以攻打西蜀公孙述的理由。光武帝给隗嚣看这些奏书，趁势让隗嚣攻打公孙述，以证明他的信义。隗嚣却大谈三辅孤单薄弱，北方边境还有卢芳的威胁，不适合谋取西蜀。光武帝知道隗嚣见风使舵，不希望天下统一，因此对他渐渐冷淡下来。光武帝因为马援、来歙是隗嚣的好友，多次派来歙、马援前往隗嚣处，规劝他朝见，并许诺给他高官厚禄。隗嚣接连派遣使者去洛阳，谦恭地说自己没有功德，等到四方平定，就隐退回乡。光武帝又派来歙劝说隗嚣让他派长子到洛阳宫中为官。隗嚣听说刘永、彭宠已经失败，于是派遣长子隗恂到洛阳。刘秀任命隗恂当胡骑校尉，封镌羌侯。
郑兴趁隗恂到洛阳之际，要求返回故乡安葬父母，隗嚣没有答应，却让郑兴搬迁住处，增加俸禄和礼遇。郑兴说：“我请求返回家乡，只是因为父母没有安葬。假如因为增加俸禄，迁移住所，就改变主意留下来，那就是用双亲做诱饵，太无礼了！这样的人，将军不能够任用。我愿意留下妻子儿女，只身返回故乡安葬双亲，将军还有什么可猜疑的呢？”隗嚣于是允许郑兴和妻子儿女一同回故乡。马援也带着家属随同隗恂东回洛阳，因为所带的宾客太多，请求在长安上林苑垦田耕种，光武帝答应了。
隗嚣手下大将王元认为天下形势还很难说，不愿专心归服汉政权，劝隗嚣说：“过去更始政权建立之初，四方响应，万民景仰，可以说天下太平了，可是一旦分崩，将军几乎没有容身之所。现在南有公孙子阳，北有刘文伯，全国各地有实力称雄一方的有十余人，而要听从儒生之说，放弃千乘之国的基业，羁居危国而求安全，这是不安全的。天水地区丰饶富裕，兵强马壮，我请求带一支兵马守函谷关，这样形势将对我们很有利。如果不如此考虑设想，就暂时训练士卒，蓄养马匹，据守关隘，以待天下之变，纵然不能统一全国，也可称霸一方。最主要的是鱼不可离开水，神龙失势，与蚯蚓相同。”隗嚣心里赞成王元的计议，派长子到洛阳为人质后，仍打算利用地区的险要，专制一方。
申屠刚劝谏隗嚣说：“我听说，人心归向他时，上天就会成全他；人心离散时，上天就会除掉他。现在的朝廷确实是上天安排，是人力所不能及的。而今诏书不断传来，托付国土，表达信任，希望同将军同当祸福。平民相交，尚且有终身不忘承诺的信义，何况君主呢？现在您害怕什么？贪图什么？为什么长时间迟疑不决？一旦发生重大的变化，将会上违背忠孝，下愧对世人。事情没有发生时的预言，原本常被以为是虚幻的。事情发生时，又什么都来不及了。因此我用忠言恳切地规劝，真心希望您慎重考虑我这个愚昧老人的话！”隗嚣不听，因此外来的士人及长者逐渐离去。
建武六年（公元30年）正月，光武帝苦于长期战争，而隗嚣遣子入朝，公孙述又远在边陲，于是对诸将说：“这两个人的事暂且不考虑吧！”让诸将回洛阳休养，分部分军士到河内，几次写信给公孙述、隗嚣，分析祸福利弊。但事与愿违，三月，公孙述让田戎招集旧部，打算攻取荆州，没有攻下。光武帝下诏书给隗嚣，想让他从天水地区征伐蜀。隗嚣上书说：“由于白水险阻，栈阁坏绝，无法进兵。公孙述性情严酷，上下都担惊受怕，等到他恶贯满盈的时候，形成一呼百应之势才可进攻。”光武帝看出隗嚣终将不为自己所用，于是准备讨伐。
四月，光武帝巡行长安，拜谒祖宗园陵，派耿、盖延等七员大将从陇道伐蜀，先派中郎将来歙带诏书给隗嚣。隗嚣再次找了很多借口，一时不能决定。来歙愤怒地斥责隗嚣说：“皇上以为您知道得失兴亡，所以亲笔写信表示心意，您为表示忠心，派遣长子去洛阳为人质，现在又听信奸人之言，走毁家灭族的道路。”他打算上前刺杀隗嚣，隗嚣起身入内，隗嚣卫士要杀来歙，来歙不紧不慢地拿着节杖上车走了。隗嚣派牛邯率兵围堵来歙，大将王遵劝谏隗嚣说：“来歙虽只身远来出使，可他却是皇帝的表兄啊，杀死他对汉不是什么损失，可对我们来说却是灭族之祸。以前宋国杀死楚使，杀身之祸速至，小国尚且不可侮辱，何况是当今皇帝，并且更重要的是您长子的性命掌握在他们手里！”来歙为人讲信义，重视信诺，往来游说，西州的士大夫都信任尊重他，现在都替他说情，因此得以免死东归。
（3） 隗嚣叛汉
五月，隗嚣反叛，派王元据守陇坻，堵塞往来的道路。汉诸将与隗嚣交战，皆大败，各率兵撤退，隗嚣紧紧追赶，马武选精骑在后面掩护，杀死隗嚣数千人，汉军才撤回。
东汉将领兵败之后，刘秀命耿在漆县驻屯，命冯异在邑驻屯，命祭遵在县驻屯，命吴汉等返回长安驻屯。冯异还没到达邑，隗嚣乘胜派王元、行巡率领二万余人的军队下陇山，派行巡夺取邑。冯异急行军挺进，要抢先占据邑。将领们说：“敌人实力很强，又乘着胜利的锐气，不可和他们硬拼。应停止行进，在有利的地点安营，再慢慢考虑。”冯异说：“敌军压境，获取小利已经习惯，所以打算深入。如果邑失守，三辅就将难保。攻势不足时，守势就有余。我们以逸待劳，抢先占据邑，不是和敌人决高下。”为此偃旗息鼓，秘密进城，关闭城门。行巡完全不知情，急忙赶赴邑。冯异乘其不备，突然间旌旗招展，战鼓齐鸣，率军而出。行巡的军队惊慌失措，四下逃走。冯异追击，大败敌军。祭遵也在县打败王元的军队。后来诸豪强首领耿定等全都背叛隗嚣，归降东汉。刘秀下令冯异进军义渠。冯异大败卢芳的将领贾览和匈奴奥日逐王。北地郡、上郡、安定郡全都平定。
隗嚣像
此时正在和河西五群郡守训练兵马的窦融，上疏请求进攻隗嚣。又派弟弟窦友到洛阳，上书说：“我很高兴，能够成为先皇后亲属的后裔，好几代都是食禄二千石的官员。我现在又是将帅，镇守一方。因此曾派刘钧向您口头表达我的忠诚，我在内心深处对您没有丝毫隐瞒。但您的诏书却颂扬公孙述、隗嚣两位君主三分天下、形成鼎足之势的权力，提到任嚣、尉佗的谋略，我深感悲痛。我窦融纵然没有远见灼识，但在利与害之际、顺与逆之间，怎能背叛真正的主人，去事奉奸恶的人！怎能置忠贞的节操而不顾，去做颠覆国家的坏事！怎能抛弃已经成就的现实，去追求毫无希望的利益！这三个问题，就算去问一个疯子，也会解决，而我为什么偏偏会别有用心？现在派我的弟弟窦友前往，代我亲口陈述忠诚。”窦友走到高平县，正好隗嚣叛变，道路被切断，于是只好派司马席封从小路把信带到洛阳。光武帝又回信让席封带给窦融、窦友，安慰他们。窦融于是写信给隗嚣说：“当年，将军亲历艰难时世，国家蒙受不幸的时候，可以坚守节操，效忠汉朝。这就是我等钦佩您的高风亮节，愿意听从您的役使的原因。但您却在愤怒急躁之下，改变自己的节操和意图，舍弃已有的成就，去开创不现实的未来。积累百年的成果，毁于一旦，难道不可惜吗？可能是在下面管事的人贪图荣华富贵，设计密谋，才会变成这样。现在凉州地势狭窄局促，人民四处流散，辅助别人是容易的，自己单独开创局面是艰难的。倘若执迷不悟，那么，不是投向南方的公孙述，就是加入北方的卢芳罢了。依靠虚假的交情却没注意敌人的强悍，仗恃远方的援救而轻视眼前的敌人，没什么好处。自从战争发生以来，城市变成一片废墟，百姓流离失所。天运稍微有点回转，没想到将军又要重复当初的灾难。这是让旧病不能痊愈，百姓将再次流离失所，提起这些能不让人悲痛酸楚吗？庸人还都不忍心，何况仁慈的人呢？我听说做忠诚的事不难，但很难做得得当。替人过分担忧，就是用恩德换取怨恨。我知道我会因为上面所说的话而被判有罪。”隗嚣没有采纳。
窦融于是和五郡太守共同训练军队，并向光武帝上书，请求指示出兵日期。光武帝深切嘉勉赞美窦融。窦融马上和各郡太守进入金城，进攻隗嚣同党先零羌首领封何等，羌军大败。于是驻守黄河，显扬军威，恭候皇帝到来。当时大军还没有出发，窦融于是率军返回。光武帝看到窦融很讲信义，又很坚定，更加嘉奖他：下令整修窦融父亲的坟墓，用牛羊猪各一头祭祀，数次派使者送给窦融四方进贡的珍奇食物。梁统仍然担心大家犹豫不决，就派人刺杀隗嚣的使者张玄，然后跟隗嚣绝交，把隗嚣授予的将军印信绶带全都扔掉。
（4） 光武帝亲征
光武帝涉水图 明 仇英
先前，马援听说隗嚣对汉朝不太忠诚，企图背叛，几次劝说责备他。等到隗嚣反叛，马援给光武帝上书说：“我和隗嚣以前是朋友，开始派我去洛阳时，他对我说：‘我本来打算拥戴汉朝，请你前去洛阳考察，你认为行得通，我就一意拥戴汉王朝。’等我返回，据实汇报考察的情况时，的确想引导他从善，不敢用不义欺诈他。但是隗嚣性情奸恶，把怨恨全发泄在我的身上。假如我不说明，陛下就不知道。我请求前往洛阳，向您详尽地陈述消灭隗嚣的策略。”光武帝于是召马援到洛阳。马援提出了详尽的作战方案。
光武帝让马援率领骑兵五千人的突击队，前去劝说隗嚣的将领高峻、任禹等，还有羌族的首领，给他们分析利害关系，离间隗嚣的部下。马援又写信给隗嚣的将领杨广，让他劝说隗嚣，信中说：“我看到天下已经平定，万民都有同感。但是隗嚣割据一方，起兵反叛，成了人所痛恨的人物。我常害怕大家对隗嚣咬牙切齿，要争相扑杀，所以给他写信，表明我的忧虑和伤痛。然而竟听说隗嚣把所有的不是都推到我身上，并采纳王元邪恶的主意，宣称函谷关以西轻易就可以平定。从现在的局势来看，会怎样呢？
“我不久前曾到过河内，问候隗嚣的儿子隗恂。看见他的奴仆吉从凉州回来，说隗恂的小弟弟隗仲舒看见吉，本想问隗恂是否已遭意外，居然说不出口，一直在哭泣。一谈及全家悲苦忧愁的情况，难以用言语表达。有怨仇可以指责，不能用恶毒的手段报复。我听到这些事后，不知不觉流下眼泪。隗嚣以前孝顺慈爱，曾参、闵子骞也不如他。慈爱的父母，哪能不爱孩子！可有儿子身戴刑具，而父亲却飞扬跋扈、胡作非为，甚至还想分一杯用儿子的肉做成的肉羹这类事吗？
