抗战爆发后，马寅初拥护抗战，反对国民党的不抵抗政策。1939年5月，在八路军重庆办事处担任领导工作的周恩来与王若飞在重庆会见了当时担任重庆大学商学院院长兼教授的马寅初。周恩来对这位年长自己16岁的绍兴籍学者十分尊重，对马寅初提出的为抗战征收临时财产税的主张十分支持。同时，周恩来以政治家的眼光分析了抗战的形势和中国革命该走的道路。这次会见成为马寅初人生道路上一个重要的转折点。马寅初后来在不同场合以及文章中多次说：以前是不与共产党一起的，1939年以后逐渐靠拢中国共产党，走向革命了。
多年亲历国民党的腐败之后，马寅初曾说：“为了国家的利益，我是一定跟共产党走的！”
新中国成立后，马寅初任中央人民政府常务委员、财经委员会主任、华东军政委员会副主席、浙江大学校长。1951年6月任北京大学校长。这位饱经忧患的古稀老人，对新中国无比热爱，与共产党同心同德。马寅初的儿子马本初的三个孩子都是由祖父取名，孙女命名思润，长孙命名思泽、次孙命名思东。三个名字中都包含着对毛泽东的景仰与信赖。
【识见】
在美国留学期间，马寅初撰写的论文《纽约市的财政》，轰动了当时美国的财政界和经济界，被哥伦比亚大学列为一年级新生的教材。
1927年，马寅初担任浙江省政府委员，财政委员会主席等职务。他强烈要求要禁鸦片。他写了《鸦片问题》、《关于禁烟问题之几个要点》等十多篇文章，在报刊上呼吁。他说：“今日之禁烟问题，实吾浙江之生死问题。”还说，“我在职一天，必须反对到底，毫不妥协，因为我是省政府委员，是要为浙江人民谋利益的。”马寅初还收集和编写了《戒烟歌》、《戒赌歌》。命人张贴、传唱。如戒烟歌一：“劝我民，莫吸烟；五脏六腑都熬煎。甘之如饴真鸩毒，想一想，速死由己不在天。”
近代以来调停或干预中国内政的外国人中，马歇尔是地位和声望最显赫的一位。马寅初曾说：“举国人民的目光都注视到他，寄以无穷的希望，好像中国之命运已经握在他的手中。最高领袖的地位，好像已转移给他。”
作为经济学家，马寅初自然心系民生。他认为“统筹兼顾，综合平衡”是中国社会主义经济的基本规律，也是社会主义经济建设必须遵守的一条定律，指出应该提倡计划生育，控制人口。他说：“我们的社会主义是计划经济，如果不把人口列入计划之内，不能控制人口，不能实行计划生育，那就不成其为计划经济。”而且认为人口问题“若不早为之图，难免把一切恩德变为失望和不满”。
1957年7月15日，75岁高龄的马寅初在《人民日报》发表了《新人口论》，这篇论文是经过调查研究后写成的，马寅初在文章中指出人口多、资源少是我国一个很严重的矛盾。建国以来，我国人口增长率为20％，以此推算，如不控制人口，50年后我国人口将达到16亿。他说：“人口固然是一个极大的资源，但也是一个极大的负担。”要保住这个大资源，去掉这个大负担，办法是提高人口质量，控制人口数量。他提出了控制人口生育的建议和措施。《新人口论》发表后，引起全国强烈的反响。
马寅初认为，发展中国经济最关键的是两个问题，首先是人口问题，其次是农业问题。他曾经多次说过这样的话：“除了人口问题外，农业问题应及时研究，要早为之图，要花大力气，下苦工夫！”之后不久，马寅初就着手搜集农业方面的材料，准备组织一个班子，编写一部《农书》。
【君臣】
1945年8月28日，毛泽东赴重庆谈判。9月1日下午，毛泽东由张治中、邵力子陪同前往中苏文化协会，参加庆祝《中苏友好同盟条约》签订的鸡尾酒会并参观苏联图片展览。马寅初以重庆大学商学院院长的身份应邀出席了这一酒会。这是毛泽东与马寅初初次见面。在会上，他们互致问候。会后，毛泽东邀请马寅初去他住处恳谈了2小时。
当毛泽东于1949年3月进北平的那天，马寅初也去西苑机场欢迎，并参加了毛泽东当晚特设的宴会。随后，马寅初参加了新政协会议的筹备工作，并与毛泽东同时当选为新政协常务委员会委员。10月1日，马寅初在天安门城楼上参加了开国大典，亲眼看着毛泽东把第一面五星红旗升上祖国的蓝天。
1951年6月，马寅初出任北京大学校长。是年秋，马寅初在中南海开会，遇见了毛泽东，便对他说：“要兄弟把北大办成第一流的学府，主席您就得支持我的工作。”“马老，您要我怎样的支持？”毛泽东笑容可掬地问。“不要别的，只希望主席能够批准兄弟点名邀请谁到北大讲演，就请不要拒绝！”“这个好办。”马寅初的话音刚落，毛泽东紧接着风趣地说：“我批准了！马老校长，我给你这个‘尚方宝剑’！”马寅初得到这把“尚方宝剑”后，点名邀请了不少党政领导干部到北京大学讲演，如中共中央组织部副部长安子文、中央财经委员会副主任薄一波、中国人民银行行长南汉宸，以至周恩来总理。
1951年国庆前夜，马寅初对即将参加游行的学生说：“明天游行，你们走过天安门时，我一定亲自指给毛主席看，告诉他，这就是北京大学的队伍！”马寅初说到做到。当北京大学学生游行队伍举着红楼模型通过时，他便指着队伍对毛泽东说：“主席，这就是北大的游行队伍。”毛泽东立刻点了点头，不停地向北大游行队伍挥手致意，并回头问：“马老，红楼还是原来的样子吗？”“一切还是原样，丝毫未损！”马寅初回答说，“主席与李大钊同志的工作室也对外开放了。”正谈着，突然下起了大雨。毛泽东看着游行队伍，关切地说：“马老，您的学生淋雨了，我给您派人打电话，通知学校，让食堂给大家准备姜汤！”马寅初感动不已，动情地说道：“谢谢主席关怀！”游行结束后，马寅初坐车返回学校，看见学生正在食堂里喝着姜汤，便兴奋地把天安门城楼上与毛泽东的谈话告诉大家，并鼓励学生说：“同学们今后要更加努力奋进，不要辜负毛主席的关怀。”
1957年3月2日，在毛泽东亲自到会的最高国务会议上，马寅初再次阐述了人口问题。毛泽东笑着说：“人口是不是可以搞成有计划的生产，完全可以进行研究试验。马老今天讲得很好！从前他的意见，百花齐放没有放出来。准备放，就是人家反对，就是不要他讲，今天算是畅所欲言了。”毛泽东的话使马寅初倍受鼓舞。于是在4月27日特地向全校师生作了一个“新人口论”的报告。随后又在这个报告基础上加工整理成《新人口论》一文，发表在7月5日的《人民日报》上。
此后，主席一声令下，所有的矛头全部指向马寅初。马寅初被迫辞去北大校长之职。尽管这样，马寅初对毛泽东的崇敬，仍是真挚的、纯洁的。当他看到学习毛泽东著作的形式主义和庸俗化倾向以及搞毛泽东的个人崇拜时，深感忧虑。在一次会上，有人说《毛泽东选集》四卷一千年两千年后仍可适用。马寅初听了，不禁“毛骨悚然”。他说：“对毛主席的这种恭维，是在搞个人崇拜。这种个人崇拜是毁坏毛主席的‘糖衣炮弹’。”他多次表示，毛泽东是历史上的伟大人物，要吸取斯大林生前被神化身后被指责的教训，不要搞个人迷信。他忧心忡忡地说，搞个人崇拜“是害了毛先生”，“我们要爱护毛主席”！
【论争】
建国后，马寅初就以警醒的态度审视着和平发展时期的人口问题。他将人口问题列入自己科研计划的重点项目，矢志不渝地展开攻关，并身体力行进行深入细致的调查研究，从而掌握了大量的第一手材料。他建议中央人民政府开展人口普查。根据他的建议，1953年，我国进行了第一次全国人口普查。普查结果为，截止1953年6月1日午夜，我国人口为6亿。仅仅4年时间，全国就增加了1亿多人口。这个数字让马寅初感到震惊和不安。
不久，已经年过七旬的马寅初，带领一批助手和学生，到全国各地进行人口调查。此时，中央也十分关注全国的人口问题。刘少奇召集有关人士开会，作了《提倡节育》的重要讲话。马寅初参加了这次会议，在会上疾呼：人口问题，千万千万大意不得！现在不努力，将来后悔莫及。然而，毛泽东的观点与马寅初完全相悖，表现出不以为然的态度，说，中国人口就是增加十亿又何妨？既然最高领袖的意见是多生，全国各级政府也就鼓励生育，个别地方还对生育多的妇女给予奖励。
1954年，马寅初以人大代表的身分第三次回浙江农村调查，走访了10个县的20余个农业生产合作社，围绕人口问题进行全方位的比较分析，写出了调查报告。这次调查中，他一连喊出三个不得了：“人口出生率高得不得了！人口增长速度快得不得了！这样发展下去简直不得了！”为乐唤起更多人的重视和支持，他找到老朋友邵力子、李德全、柳亚子、马叙伦、李达等商谈，言词恳切地说：“如果不采取措施，我们会犯极大的错误，会给国民经济带来极大的困难，新中国将会背上一个极其沉重不易摆脱的包袱。”后来，他又写成《控制人口与科学研究》的长篇论文，提交给1955年7月召开的第一届全国人民代表大会第二次会议。
马寅初的提案，遭到康生、陈伯达等人的围攻和批判：“人不但有一张嘴，还有一双手，可以创造世界。没有人还搞什么革命？还搞什么共产主义？”他们认为：“社会主义国家不存在人口问题。”马寅初毫不妥协地说：“我既然发现和认识了这个问题的极端重要性，就一定要坚持到底。否则作为一个经济学家和人民代表，我就没有尽到自己对国家和人民应尽的责任。”
1957年春，在最高国务会议上，马寅初当着毛泽东的面，再一次提出了人口问题。他直言不讳地说：“人口太多是我们的致命伤。1953年普查已经超过了6亿，如果按净增率千分之二十计算，15年后将达到8亿，50年后将达到15亿。这绝不是危言耸听……”他并大声呼唤，“不控制人口，不实行计划生育，后果不堪设想。”毛泽东说：“人口是不是可以搞成有计划的生产，可以进行研究和试验嘛。言人之未言，试人之未试嘛！”
1957年4月27日，马寅初在北京大学大饭厅发表人口问题的演讲。在讲演中，马寅初讲述了几年来调查研究的结果。这个演讲稿经过加工整理，成为后来的《新人口论》发言稿。
起初毛泽东对马寅初“控制人口”的主张表示赞赏。他说：“我们这个国家有这么多的人，这是世界上各国都没有的。要提倡节育，要有计划地生育。”1957年6月，马寅初将《新人口论》作为一项提案，提交一届人大四次会议，《人民日报》用整版篇幅全文刊载了《新人口论》，在国内外引起巨大反响。10月，毛泽东在党的八届三中全会上说：“抓人口问题恐怕也是三年试点，三年推广，四年普遍实行。十年不搞，将来又增加到8亿。”
随着“大跃进”的发动，毛泽东在《介绍一个合作社》一文中说：“除了党的领导之外，六亿人口是一个决定的因素，人多议论多，热气高，干劲大。”观点发生了变化。
1957年，“反右派”风暴刮起，康生等人想利用运动将马寅初打成“右派”。中央统战部许涤新为此事请示周恩来，周恩来明确指出：马寅初这个人有骨气，有正义感，是爱国的，他是我国有名的经济学家，国内外都有影响，不能划为“右派”。马寅初才得以幸免于难。但据许涤新在一篇序文中揭露，马寅初仍被打入了“内定右派”的花名册。
1958年7月，为了迎合“人多是好事”的观点，康生公开点名批判马寅初，向《新人口论》发难。1959年10月24日，他召集理论界和有关报刊负责人开会，布置批判马寅初，并指示说：“批判他的文章不一定多，分量要重，可以和他过去的理论联系起来批判。”还指示有关部门批判完了将马寅初调出北京大学。接到康生指示后，《光明日报》从1959年11月至1960年1月，共发表了10篇批判文章，《新建设》发表了4篇批判文章，批判马寅初的“资产阶级学术思想”。
于是，一个批判“马寅初反动思想”的运动在全国范围内开展起来。据现在档案资料统计，仅1958年下半年，《人民日报》等全国重要报刊发表的批判文章就达200多篇。马寅初感到个人遭批判、受委屈事小，国家的前途命运事大。要求会见毛泽东、刘少奇、周恩来三位领导人中的任何一位。然而，他的这一恳请未被批准，没有一个与他面谈。只有毛泽东派人放出话来：“马寅初先生不服输，不投降，可以继续写文章，向我们作战嘛！他是个很好的反面教员嘛！”马寅初公开表露，“为了国家和真理，我不怕孤立，不怕批斗，不怕冷水浇，不怕油锅炸，不怕撤职坐牢，更不怕死……无论在什么情况下，我都要坚持我的人口理论。”
1960年1月，马寅初在《新建设》上发表了《重申我的请求》。文中说：“《光明日报》和《新建设》所发表的批判我的文章很多。不过，过去两百多位先生所发表的意见都大同小异，新鲜的东西太少，不够我学习。11月30日《光明日报》一篇文章说过去批判我的人已经把我驳得体无完肤了，既然是体无完肤，目的已经达到，现在何必再驳呢？但在我看来，不但没有驳得‘体无完肤’，反而驳得‘心宽体胖’了。”“我个人被批判是小事，没什么，不过我想的是国家和民族的大事，我相信几十年以后，事实会说明我是对的。”
康生看到这篇文章的小样后，说：“这是猖狂进攻！他的问题已不是学术问题了，而是借学术为名，搞右派进攻。要对他进行彻底的揭发批判。”
《新建设》在发表马寅初的文章时据此加了按语，说：“他的这篇文章和其他许多文章，资产阶级谬论很多，必须进行讨论和批判。”之后，马寅初的申辩权被剥夺。1960年1月3日，马寅初被迫提出辞去北京大学校长职务的口头辞呈，翌日，递交了书面辞职报告，不久，国务院批准了他的辞职。很快他又被罢免了全国人大常委的职务。从此，中国人口盲目增加，多生了几亿人。人们常说：“错批一人，误增三亿！”
后来毛泽东看了马寅初《重述我的请求》，向秘书口授道：“马寅初向我们下战表，堪称孤胆英雄，独树一帜，也可以说是茅坑里的石头，又臭又硬。马尔萨斯姓马，他也姓马，有人要捍卫他的外国祖先到底，有什么办法？看来，马寅初不愿自己下马，我们只好采取组织措施，请他下马了。理论批判从严，生活给予出路，此事不可手软。”这以后对他的批判就升级为政治斗争和人身攻击了。一夜之间，上万张大字报贴满了北大校园，甚至连他家的院子里、书房里及卧室里，都贴满了大字报。“马寅初不投降，就叫他灭亡！”的口号声在北大校园内此起彼伏。
不久，马寅初又被免去全国人大常委的职务。还规定马寅初不得发表文章，不得公开发表讲话，不得接受新闻记者访问，不得会见外国人士和海外亲友，以戴罪之身，遭到软禁。至此，近8年的人口论争划上了句号。
马寅初辞去了北京大学校长的职务，离开了燕南园，住进了东总布胡同。世态炎凉，门可罗雀。但也不尽然，周培源、陈叔通都曾看望过马寅初。陈毅元帅不请自来，用他那宏钟般的声音对马寅初说：“你的人口理论完全正确，一定要坚持，不检讨是对的，我支持你！”
在批判马寅初的同时，科学规律毫不留情地惩罚着愚昧。中国的人口年年月月分分秒秒地猛增着，给国计民生带来极大的压力，而且难于短期克服。1974年12月29日毛泽东在审阅《关于1975年国民经济计划的报告》时批示：人口非控制不行。这句话，竟与十七年前马寅初《新人口论》中的三个小标题完全一致！
十年动乱发生时，周恩来指示对马寅初进行特殊保护，使他在身体上没有受到伤害。可是，他的大量珍贵的文稿连同书画等文物，都被当时是学生的马老的孙辈作为“四旧”烧毁了。
【执著】
马寅初常对人说：“言人之所言，那很容易，言人之所欲言，就不太容易，言人之所不敢言，就更难。我就言人之所欲言，言人之所不敢言。”
马寅初因人口理论受到批判，北大开大会批他，会议开始了很久，而马寅初的人还没到。于是派人把他“请”了过来，他到场之后，搬了张椅子坐在台前泰然自若。此时，台下有人开始喊口号，马寅初却很镇静地说：“我这个人每天洗冷水澡，不管多冷的天都不怕。现在天气不冷，给我洗热水澡，我就更不在乎了。”
1958年，在一次全校的批判大会上，马寅初高声大喊：“我没有再课堂里上课，但我要用自己的文章来教育北大学生坚持真理。”后来，马寅初又在一篇文章中写道：“我平日不教书，与学生没有直接的接触，总想以行动来教育学生，我总希望北大的一万零四百名学生在他们求学的时候和将来在世纪工作中要知难而进，不要一遇困难便低头。”
1958年4月陈伯达突然袭击马寅初，在北大的庆典上公开要求“马寅初要对他的《新人口论》作检讨！”发表在各大报刊杂志上的攻击文章像雪片一样，北大校园内批判马寅初的大字报竟达近万张。马寅初先生，表现出毫不畏惧的浩然正气。他拒不作任何无原则的检讨，与责难者公开辩论，面对那些借政治打压学术的投机分子，他说“泼冷水是不好的，但对我倒是很有好处。我最不怕的是冷水，因为我洗惯了冷水澡，已经洗了五十年了，天天洗，夜夜洗，一天洗两次，冬夏不论，对我泼冷水，我最欢迎。”同年7月，陈夫子（陈伯达）败下阵来后，“理论权威”、“整人高手”康老夫子（康生）亲自破挂上阵，在北大的批判大会上，他指责马寅初“是马尔萨斯的马”。马寅初毫不示弱，当众反击道：“我是马克思的马！谁说我是马尔萨斯主义，我就认他为教条主义者，反列宁主义者”。一时间会场哗然。
1958年5月4日，北京大学举办60周年校庆，陈伯达出席并做纪念讲话。陈伯达冲着坐在主席台上的马寅初，厉声说：“马寅初要对他的《新人口论》作出检讨！”马寅初听此言，微微仰着脸，望着陈伯达的头顶，一言不发，视若无物。
1959夏天，马寅初随人大视察团赴外地视察回到北京。周恩来代表毛泽东、党中央找他谈话。因为马寅初不服输，认准了理，谈话自然是谈不拢。最后，周恩来近乎用一种哀求的口吻说：“马老啊，你比我年长16岁，你的道德学问，我是一向尊为师长的。1938年你我在重庆相识，成了忘年之交，整整有20年了啊。人生能有几个20年呢。这次，你就应我一个请求，写一份深刻的检讨，检讨了，你好，我好，大家好，也算是过了社会主义这一关，如何？”但马寅初对周恩来说：“吾爱吾友，吾更爱真理。为了国家和真理，应该检讨的不是我马寅初！”
面对批判的声浪，马寅初再次发表声明：“我对我的理论有相当的把握，不能不坚持，学术的尊严不能不维护。我虽年近八十，明知寡不敌众，自当单枪匹马，出来应战，直到战死为止，决不向专以力压服、不以理说服的那种批判者所投降！因为我对我的理论有相当的把握，不能不坚持，学术的尊严，不能不维护。”
1959年12月到1960年1月，北大批判马寅初之风尘嚣上。面对此局面，马寅初一再声明：“我认为这不是一个政治问题，而是一个纯粹的学术问题。学术问题贵在争辩，越辩越明，不宜一遇袭击，就抱‘明哲保身、退避三舍’的念头。相反，应知难而进，决不应向困难低头。我认为在研究工作中事前要有准备，没有把握，不要乱写文章。既写之后，要勇于更正错误，但要坚持真理，即于个人私利甚至于自己宝贵的性命，有所不利，亦应担当一切后果。”他还在一次批判会上对北大学生说：“同学们，我希望你们能够战胜我，但是要用科学，而不是大棒。”
当年，北大所有的刊物和全国各地的报纸猛烈批判《新人口论》，马寅初却拒不检讨，坚决不写检讨文章，照常笑眯眯地出入北大燕南园住所，“圆圆一张脸像弥陀”。所以董桥曾撰文，让今人“学学马寅初的硬朗”。这种“硬朗”，自在北大学生的回忆中：“马校长这块硬骨头实在难啃，让他屈服，没门；逼他自杀，妄想！”
马寅初被迫辞去北大校长后，他说：“在北大政治上我是不能领导，可是，在学术上我是可以领导的吧！我的人口理论是纯粹的学术问题。可是有人硬把它扯成政治问题，我当然不服，现在北大的空气太沉闷了，学生谁也不敢发表意见，没有学术空气。”
【真理】
1979年7月中旬的一个上午，往日静悄悄地北京东总布胡同32号宅院顿时热闹了起来：中共中央统战部副部长李贵来到这里，拜访了98岁的著名经济学家马寅初先生。会见是在马老的卧室进行的。马老坐在单人沙发上，在座的还有他的夫人和儿女。李贵副部长说：“今天我受党的委托通知马老：1958年以前和1959年底以后这两次对您的批判是错误的。实践证明，您的节制生育的新人口论是正确的，组织上要为你彻底平反，恢复名誉。希望马老能精神愉快地度过晚年，还希望马老健康长寿。”马老兴奋愉快地回答说：“我很高兴。”“20多年前中国人口并不多，现在太多了。要尽快发展生产才行啊！”20多年的是非终于澄清，冤案终于平反。实践宣布了公允的裁判：真理在他一边。
1979年，面对中国人口的沉重压力，人们想到了早在20年前提出“新人口论”的马寅初，《光明日报》率先为马寅初恢复名誉。1979年8月5日，《光明日报》发表了《为马寅初先生的新人口论翻案》一文。正文前面加了大段的《编者按》，对《光明日报》当年错误批判马寅初先生一事作了深刻检查。马寅初对此感慨地说：“当年我曾说过《光明日报》不光明，《光明日报》发动那场突然袭击不光明磊落，今天《光明日报》带头呼吁为我和《新人口论》平反，把颠倒过去的理论再扳正过来，我还是很感激你们的。希望你们向广大读者转达我的谢意。”
【农书】
马寅初辞去北大校长之职后，下决心要写出一部分量不亚于历史上的《齐民要术》和《农政全书》的农业大书。他在日记中写道：“大江东流去，永远不回头！往事如烟云，奋力写新书。”1962年，马寅初还借到浙江农村视察的机会，对农业问题进行专门的调查研究，带回很多第一手材料。
据知情者介绍，马寅初写这部《农书》还真有些别样。他写文章与一般人不同，不是用钢笔写在稿纸上，而是用墨笔写在一张张白色的宣纸上，每写完一章，马寅初便把宣纸铺在地板上，等晾干后，又认真地将宣纸按顺序粘接起来，卷成一个纸卷，注明内容，放入一个藤箱里。写累的时候，马寅初便会沿着院中的水泥小径散步。
不知不觉，藤箱已满。从1963年开始写稿到1965年初稿完成，三年光阴，马寅初写出了100多万字。写完后，他又从头到尾作了一次修改，一般情况用蓝笔，特别重要的改动用红笔。为了防止手稿受潮和被虫蛀，马寅初特别嘱咐家人将放书稿的藤箱放在干燥通风的地方。写完《农书》后，马寅初已83岁，身体状况大不如前。
有一次，他以前的秘书陈玉龙前去看他。一进屋，见地上铺满了稿纸，马寅初正在看他的《农书》。见陈玉龙进来，他说：“他们不给我发表，我自己看！”言语中不免有种愤怒。
前来看望马寅初的亲朋好友婉言相劝：“马老，你还写那些招灾惹祸的东西干什么？这么大年纪了，好好养养精神吧！”马寅初回答说：“正因为我年岁大了，我才更应该把我彻悟了的真理，及时地记录下来，警告世人，不然就会烂在肚子内、带到棺材里去，那才是真正可惜呀！”
年复一年，月复一月，日复一日，多少个日日夜夜就这样悄然而过。马寅初的《农书》“长卷”已经成捆成堆了，大大小小的纸卷堆满了书柜。据说，这部《农书》初稿有百万字之巨（一说150万）。到1965年底，83岁的马寅初已经对《农书》从头到尾作了一次修改。素以治学严谨闻名的马寅初，在修改稿子的时候，仍然一丝不苟；修改文字一般用蓝笔，特别重要的改动则用红笔。
1966年春节后的一天，马寅初将全家人召集起来，说：“请你们抽时间帮我把《农书》原稿照抄一遍。这部书现在虽然不能出版，但不等于永远不能出版。它是我十几年的心血啊！”
然而，这时“文化大革命”爆发。虽然由于受到特殊的保护，马宅免于抄家之祸。但是，大“革”文化之“命”的憾事，却在家庭内部发生了。马寅初家中几个年幼无知的孩子，因担心抄家者会从马寅初的手稿中搜寻出批斗马寅初的把柄，于是乎在半是胆怯、半是盲从的情绪支配下，将马寅初珍藏多年的来往书信、文物字画，连同这部《农书》手稿以及其他经济学资料，统统当作“四旧”而付之一炬，销毁得一干二净。也有人认为是家人根据马寅初的意见将书稿焚烧殆尽的。
马寅初当初在撰写《农书》时，往往写下后便放起来，并没有跟家人细谈，以至于无人知道《农书》中详细的内容，给世人留下了永远的遗憾。
【公案】
鲁迅与马寅出是绍兴同乡，但这两人关系交恶。不知何缘由，鲁迅对于比自己年轻一岁的绍兴同乡马寅初很少好感。1926年秋，厦门大学一次请来了马寅初，为此，全校“列队欢迎，大摆宴席”。因马寅初是“北大人”，校长还发函叫“北大同人”鲁迅及沈兼士去陪。鲁迅收到公函后，除了非常愤怒与拒绝外，没有其他反应，只在公函上写了个“知”字，意为“不去可知矣”，并说：“道不同不相与谋。”
《关于鲁迅的辩护词》的作者房向东分析，厦大校长林文庆之所以对马寅初那么殷勤，主要是学校资金缺乏，希望能从马寅初这位财神爷身上捞一点油水。而鲁迅正是看到了这一点，拒绝与马寅初接触。加上马寅初是当时中国财经界的名流，是个“红人”，而鲁迅向来不喜欢趋炎附势，因此对马寅初不仅冷漠，而且热讽。房向东在《关于鲁迅的辩护词》中还说：“鲁迅不参加‘列队欢迎’的儿戏，是为了逃避无聊；鲁迅的‘骂’马寅初，与其说是‘骂’，不如说是反抗无聊。”
1926年10月20日，正在厦门大学任国文系教授的鲁迅，在写给许广平的《两地书》中提到马寅初：“这几天此地正在欢迎两位名人。一个是太虚和尚到南普陀来讲经，……一个是马寅初博士到厦门来演说，所谓‘北大同人’，正在发昏章第十一，排班欢迎。我固然是‘北大同人’之一，也非不知银行之可以发财，然而于‘铜子换毛钱，毛钱换大洋’演说，实在没有什么趣味。所以都不加入，一切由它去罢。”鲁迅所谓的“铜子换毛钱，毛钱换大洋”，指的是马寅初发表在1924年《晨报六周年纪念增刊》的《中国币制问题》，其中谈到了主币与辅币的换算问题。
1928年1月28日，鲁迅又在自己主编的《语丝》周刊4卷7期化名“楮冠”发表《拟豫言——一九二九年出现的琐事》，其中公开讽刺了马寅初：“有博士讲‘经济学精义’只用两句，云：‘铜板换角子，角子换大洋。’全世界敬服。”
另据宋运郊在《回忆我们的老校长——马寅初先生》一文中回忆，1956年秋天，北大文科同学为了纪念鲁迅逝世20周年，建议邀请许广平到北大介绍鲁迅事迹。时任北大校长的马寅初虽然同意了这件事情，却“碍于情感方面的因素”没有出面接待许广平。
【情谊】
抗战后期，马寅初被蒋介石软禁在重庆歌乐山，蒋不许马寅初教书、发表文章，段了马寅初的经济来源。周恩来获悉情况后，指示《新华日报》：马寅初是一位经得起考验的爱国主义者，有骨气，有正义感，我们必须给予支持。此后，马寅初被《中央日报》退回来的稿子都在《新华日报》上发表出来，并给予最高标准的稿酬，这使身处危难之际的马寅初终生难忘。
马寅初为新中国的诞生欢欣鼓舞，并积极投身于共和国的筹划和建设之中。1949年3月25日，在欢迎毛泽东主席、朱德总司令等中共中央领导人从西柏坡迁至北平的仪式上，马寅初竟不顾会场秩序，跑向周恩来乘坐的吉普车，大声对周恩来说：“遵照你的指示，我已平安来到北平。”喜悦心情溢于言表。
1959年，全国发起了讨伐马寅初新人口论的声浪，此时，周恩来找到马寅初，恳切地要求马寅初写一份检讨，马寅初拒绝。但拒绝后，马寅初觉得对周恩来有所歉疚。数天后，他为《新建设》杂志撰文，便特意加上一段：《对爱护我者说几句话并表示衷心的感谢》：“最后我还要对另一位好朋友表示感忱，并道歉意。我在重庆受难的时候，他千方百计来营救我；我1949年自香港北上参政，也是应他的电召而来。这些都使我感激不尽，如今还牢记在心。但是这次遇到了学术问题，我没有接受他的真心诚意的劝告，心中万分不愉快，因为我对我的理论有相当的把握，不能不坚持，学术的尊严不能不维护，只得拒绝检讨。希望我这位朋友仍然虚怀若谷，不要把我的拒绝检讨视同抗命则幸甚。”
1960年初，马寅初因为《新人口论》被迫辞去北大校长职务。这时又是周总理出面，将马寅初安排到北京市政协东城区小组。这对从政治学术舞台巅峰上被突然打落下来的马寅初是一个极大的安慰。
马寅初的儿子马本寅回忆说：像他们这样的家庭，在“文革”期间是难逃劫难的。不过，他清楚地记得：“文革”刚刚开始后某一天，辖区的一位派出所所长突然来到他家里，关照说：“根据周总理指示，你们的住宅是不允许任何人闯入、抄家的，如果有人进来可以及时通知我们。”事后，马寅初和家人才知道是总理亲自列出的民主人士的保护名单保护了他们。正是由于周总理对马寅初的关爱，使得马寅初在长达十年的“文革”动乱中免遭太多的冲击。
1971年，九十高龄的马寅初开始便血。北京医院诊断可能是直肠癌，家属和医院在手术还是化疗的问题上产生了分歧。为此马寅初的夫人就向国务院打了一个请示报告，周总理见到报告后立即批示：病人自己愿意动手术，家属也同意，医院应以手术方案为主，请天津王大夫主持会诊，以后情况还要向他本人汇报。这个批示当天就下达到北京医院。从此，卫生部专门为马寅初组织了一个专家会诊小组。1972年5月，在周恩来的亲自关心下，有关方面为马寅初安排了周密的手术方案。手术相当成功，马寅初因此又多活了十年。后来马寅初常说：“周恩来是我的救命恩人，他两次救了我，一次是1942年，一次是1972年。”前一次使他摆脱了困境，这一次使他渡过了病魔的折磨。
1975年夏天，周恩来总理在自己重病缠身的情况下依然惦记着马寅初，关心他手术后的情况和用药。周恩来还派出自己身边的两位保健大夫上门为马寅初治病。周恩来细致入微的关怀使得马寅初及家人备感温暖。
1976年1月8日，周恩来总理逝世的噩耗传来，马寅初连续数日沉默不语。1月11日，马寅初接到通知去参加周恩来遗体告别仪式，他一早起来，饭不吃，水未进，就在家人的陪同下来到吊唁大厅。当见到周恩来的遗体时，坐在轮椅上的马寅初老泪纵横，默默地向周恩来遗体鞠躬行礼。马寅初随着吊唁的人群绕遗体一圈后仍然不肯离去，工作人员只能让马老再绕一圈。走出吊唁大厅，马寅初再要子女扶着他回来，深情地向周总理的遗体鞠了三个躬。马本寅说，此时此刻父亲可能想到了所有与总理见面时的情景，或许他只有选择这样的方式才能表达自己毕生对总理的感激之情。
【仁厚】
马寅初小时候非常爱吃嵊县家乡所炸油条，它在制作上只用少许面粉，把内芯炸空，一节一节像气泡一样，吃起来特别酥脆。后来他回国当了教授，回乡发现儿时炸油条的朱师父仍在操作，因为资金有限，一次只能付3斤菜油、10斤面粉的钱，很是同情；就付了一年的油钱和面粉钱。嘱咐说当朱师父购买时，就不收钱；但每次只能取3斤菜油、10斤面粉，也不准换现钱。他知道朱爱喝酒，怕他拿去换酒喝。
1955年8月，北京大学发生一起学生死亡的意外事故。睡在上铺的一位上海籍学生黄柏松半夜从上铺摔了下来，送到医院抢救无效死亡。两天之后，黄柏松同学的父母从上海赶来，马寅出亲自接待，安慰家长。同时，学校马上给每个双层床发绳子，说是接高教部紧急通知，必须为所有没有防护装置的双层床安装防护设备，现在先用绳子临时防护。宋运郊说，从一个学生的事故，到校长关怀，再到高教部的紧急通报，不过一两天的工夫。当年没有手机没有网络，沟通传播之快，对人的关怀，令人佩服。由此可见马寅初对学生的关怀。
宋运郊回忆马寅初，刚到北大“之后一两天的下午，马老来到我们住的小饭厅逐一查看我们的床铺，这是我们第一次见到校长。他沿着走道不时翻开被褥细看，还问我们夜里冷不冷。那年我十七岁，血气方刚，连忙说不冷不冷，想不到犯了众怒，旁边连忙有人纠正我说，这么大的屋子，已经是9月了，我们从南方来的感觉是有点冷，他是北京的学生，年纪又小，还不知道什么是冷呢。这时马老说，年年增招许多学生，宿舍不够，年年建设新楼，再有不多日子新宿舍楼完工了，大家就可以进楼了。说完，马老侧过身来对随行的人说：请总务处的同志去城里租些被子来，给大家添被，千万不能冻着他们。当天傍晚就运来了一大批棉被，挨床分发，一床一条，好像也没有签字登记之类的麻烦，进楼前归还棉被时只是把它们留在空床上，也没有清点数目追查责任之类的纠葛。马老说到就做，校长言出职能部门必随，虽说有棉被一大批，人人秉公办理没有贪渎劣迹，这是我看到的马老治下的当年北大效率。”
马寅初很关心学生食堂的工作。一次宋运郊正在低头吃饭，那天吃的是肉片白菜，忽然有人伸手接他的筷子，他抬头一看是马寅初，立马递过筷子给他，心里却还疑惑他为什么要我的筷子。马寅初接过筷子就在他的碗里挑起肉片来，把肉片全都挑在一边后，大概知道了肉片的数量，然后问我：这是什么菜，多少钱？宋告诉他这是肉片炒白菜，两毛钱，他听了后微微点头说：还可以嘛。还有一次是宋运郊在食堂吃山鸡，一毛五一份，鸡肉块很多，马寅初进门后走过宋运郊他们所在的餐桌前，看见他在吃鸡肉连忙问我，你吃的是什么？宋回答说这是山鸡。马寅初不解，又问“山鸡”是什么？宋运郊解释说，山鸡就是南方人说的野鸡。他又问，那为什么不叫野鸡而叫山鸡？宋运郊感到了一种童心，连忙说，北方人不兴说野鸡，因为那是妓女的别称。他哦哦两声，这才结束了餐桌讨论，问过价格之后又问口味如何，宋运郊说还可以。他最后的问题是：哪里来的这么多野鸡呀？宋运郊告诉他可能是北大荒开垦带来的，听说整车皮地进北京呐。他点头说：这就很好，很好，不贵不贵。缓缓地离开了食堂。宋运郊不仅看到校长的关怀，还看到了一个老人的求知童心。
一次，宋运郊在小饭厅的南头吃饭，马寅初进来了，问同学们吃的什么，好吃吗，营养够不够。快考试了，吃这样的饭菜能够应付考试吗？不久就学校统一发给每个同学一大张红纸的餐卷，分30个小格，每格1角钱，这是考试期间的餐费补助。
1956年，北大学生因举办鲁迅逝世20周年活动，提议让鲁迅的夫人许广平到北大演讲。马寅初应允。但是，演讲当日，马寅初却并未出席会议。事后，学生都好奇马寅初为何失约。有人问到校长办公室主任高望之，不料得到的是当头棒喝：你们还是北大的文科学生呢！后来学生们才明白，因为三十年代马老和鲁迅先生在观念上有分歧，有过笔墨官司，故马寅初才没有到会。但为了满足同学们的要求，马寅初还是答应让许广平来北大进行演讲。
【介直】
马寅初在浙江省财政厅任职时，一日，一个陌生人找到他家。马寅初不在家，那人对在马家打杂的老潘说：“老兄，我是德清县来的，有桩事想请你帮帮忙。这300块银洋给你吸烟，这2000块银洋是送给马先生喝茶的。小弟被提名为县长。报道省里已一个多月，至今尚未批下。马先生德高望重，又与批放县长的某君是莫逆之交，望老兄在马先生面前美言几句，请他帮我在某君处催一催。倘若事成，定当重谢。”话一说完，即告辞而去。马寅初回来，老潘如实禀报。不等他讲完，马寅初已眉头紧锁，大声骂道：“真是无耻之极！这像蚊子叮菩萨——找错了人。这种人，今天用1300块银洋来打通关节，万一当上县长，一定也是一个贪官污吏。单凭这一点，他就没有资格当县长。老潘你千万牢记，今后绝不能收这种臭钱，你马上把这笔钱如数还给他。”老潘只好将钱如数归还。
马寅初特别看不起靠美国老板过日子的孔祥熙，见面总要讽刺他几句。有一年，孔祥熙做五十大寿，马寅初也接到请柬。马寅初去时，提着3斤挂面2斤肉。這点礼物，送给堂堂的国民党财政部长，实在是太寒酸了。不过，孔祥熙倒也不计较。寿宴开始，有人提议猜拳助兴。有人說猜拳助兴不文雅，还是讲笑话好，因为孔祥熙很会讲笑话，這个人是想巴结他。开始讲笑话的时候，大家知道马寅初学识渊博，口才又好，便齐声要他先讲。马寅推辞不过，便說：“我不会讲什么笑话，只会讲故事。现在讲一个故事为大家助兴。”大家拍手叫好。马寅初說：“从前有兄弟三人，老大叫年纪，老二叫学问，老三叫笑话。一天，父亲叫三兄弟一同上山砍柴，傍晚三兄弟回家，父亲看到‘年纪’砍一把，‘学问’一点都没有，只有‘笑话’砍了一担。”這个故事显然是讽刺孔祥熙“年纪一把，学问全无，笑话一担”。
解放前，马寅初在大庭广众下质问“蒋委员长”的连襟，财政部长孔祥熙的经济问题，搞得孔部长结结巴巴地说：“我是‘孔夫子’的后代，我不会贪污！”一时传为笑话。
1938年，马寅初指责孔、宋家族大发国难财。于是有人奉命来劝说马寅初，说可以将北碚立法院的好房子让他居住，想购买黄金，只要他提个数字，就可以照办，如果要去美国考察，不论长住或短期都可以，经费不成问题。对此，马寅初发表声明：
一、在此国难当头，我绝不离开重庆去美国考察；
二、为了国家和民族的利益，我要保持说话的自由，国民党政府的立法院没有多大意思，我绝不去北碚居住，并要逐渐同立法院脱离关系；
三、不搞投机生意，不买一两黄金，一元美钞。有人想要封住我的嘴，不让我说话，这办不到！
马寅初目睹官商勾结，腐败盛行，物价飞涨，民不聊生，经常点名批评当局，在社会上产生很大影响，为蒋介石政府所忌。一日，蒋介石召见了重庆大学校长叶元龙，将其大骂一通：“下周四拟陪同他（马寅初）到我这儿来，我要当面跟他谈谈。他是我的长辈，又是同乡，总要以大局为重！”叶回校后，怕碰钉子，让侄儿去找马寅初传达这个消息。马寅初听后，火冒三丈：“叫校长陪着我去见他，我不去！让宪兵来陪着我去吧！”马寅初又说：“委员长是军事长官，我是个文职，文职不去拜见军方！再说，我给委员长讲过课，他是我的学生。学生不来拜见老师，倒叫先生去拜见学生，岂有此理！假如真有话要说，叫他来找我！”蒋介石知道后，十分生气，又无可奈何，只好对叶说：“我是想同他谈谈经济问题。你回去告诉他，以后有时间，随时都可以来找我。”但马寅初始终未去见蒋。
