但这种说法许多学者认为比较牵强。1911年5月，周作人夫妇归国。1912年5月16日，羽太信子分娩，得一子。其弟羽太重九携妹羽太芳子来绍兴，照顾产妇。鲁迅7月10日寄“羽太家信”，并不是寄给羽太信子的信，而是寄给日本羽太家的信。当时羽太信子在浙江绍兴，6月12日、6月29日曾两次给鲁迅来函，估计是向鲁迅要钱。鲁迅“寄羽太家信并日银十元”，显然与羽太信子来信有关。鲁迅也曾复羽太信子信，日记写明是“与二弟妇信”，而不是“寄羽太家信”。
日本人中岛长文认为，鲁迅兄弟的失和确定是因为羽太信子，但许广平的回忆文章《所谓兄弟》中所说的教育部拖欠鲁迅的工资不能成为信子“讨厌”鲁迅的理由，因为当时北大也拖欠周作人工资，且拖欠并不代表鲁迅领不到工资；而许广平的身份、回忆文章写作的年代背景等，都会造成与事实的一些偏颇。中岛认为，根据周作人提到的“蔷薇色的梦”、鲁迅1924年6月11日日记中“其妻向之述我罪状，多秽语”、许寿裳所说“作人则心地胡涂，轻信妇人之言，不加体察”、张凤举对郁达夫所言：信子“说鲁迅对她有失敬之处”、川岛说“周作人老婆造谣说鲁迅调戏她”、周作人的译著《某夫妇》、发表于《语丝》的《抱犊谷通信》等，他猜测：1923年7月14日，鲁迅和信子因为信子乱挥霍之事发生纠纷，鲁迅要求分家，当日鲁迅自己一人吃晚饭。周作人17日发现后，问信子为何大哥不和他们一起吃饭，信子便告诉周，鲁迅调戏自己。周作人联系到鲁迅与朱安的关系，便轻信信子所言，于是给大哥去函，致使兄弟失和。而信子说谎后，在以后的日子里，不知不觉就感到，自己的谎话，好像是既成事实一样，所以次年的6月11日鲁迅回八道湾取书，信子攻击鲁迅的程度，超过了周作人。
1925年，周作人发表短文《伤逝》，其中引用了一首罗马诗人的诗，中有：“兄弟，只嘱咐你一声珍重！”之句。不久，鲁迅亦发表小说《伤逝》，开篇便说：“如果我能够，我要写下我的悔恨和悲哀，为子君，为自己。”晚年，周作人在《知堂回想录》中这样写道：“《伤逝》不是普通恋爱小说，乃是假借了男女的死亡来哀悼兄弟恩情的断绝的……我也痛惜这种断绝，可是有什么办法呢，人总只有人的力量。”
两周后，鲁迅又发表小说《弟兄》，这篇文章完全是按照1917年周作人出疹子，自己惊慌失措、细心照料一事，并且向周作人表达了“鹡鸰在原”（鹡鸰亦作脊令，是一种生活在水边的小鸟，当它困处高原时，就悲鸣向同伴求救，故诗经中云“脊令在原，兄弟急难”）的意思。
鲁迅收藏的现代作家的译著中，以周作人的译著种类为最多。二人反目后，鲁迅仍搜集周作人的作品。
鲁迅时常惦念周作人，他常对周建人说：“八道湾只有一个中国人了。”
《语丝》被张作霖查封后，鲁迅担心周作人的安危，给周建人、川岛等人写信说：“他之在北，自不如来南之安全，但我对于此事，殊不敢赞一辞，因我觉八道湾之天威莫测，正不下于张作霖，倘一搭嘴，也许罪戾反而极重，好在他自有他之好友，当能相助耳。”
李大钊遇害后，周作人将李的大儿子李葆华藏在八道湾，后送其去日本留学。鲁迅得知此事后，对周作人大加赞赏，鲁迅去世后，周建人在给周作人的信中提及此事。
一次，周作人的一部译稿交给商务印书馆出版，鲁迅去时，编辑正在校勘，鲁迅说：“启孟的译稿编辑还用得着校吗？”在商务印书馆工作的周作人说：“那总还是要看一遍的吧！”鲁迅这才默不作声了。
1933年，鲁迅再次向弟弟发出求和的讯号，他在其诗《题三义塔》中写道：“度尽劫波兄弟在，相逢一笑泯恩仇。”
鲁迅知道周作人的“日本情结”，在逝世前特地让周建人转告周作人：“遇到此等重大问题时，亦不可过于后退。”
鲁迅一次次示好并没有得到周作人的响应，一直到他去世，兄弟二人都未能和解。
与鲁迅断交后，周作人依旧平静地上课、作文。但他在1923年7月25日所写的《自己的园地·旧序》中，重复了7月18日写给鲁迅字条中的话：“过去的蔷薇色的梦都是虚幻。”
1924年6月，周作人写《破脚骨》一文，据川岛说，此文是针对鲁迅，在文中，周暗示鲁迅是个“无赖子”。
舒芜在《周作人对鲁迅的影射攻击》一文中说：“周作人在公开发表的文字中，对鲁迅的人身攻击却是时时处处，一触即发，常常是非常恶毒的。”
周作人对鲁迅和许广平的结合亦有微词，他说鲁迅好色、纳妾，晚年，他的日记中仍有“兄弟皆多妻”之语。
虽然失和，但兄弟二人却没有断了联系，他们都在《语丝》写文章，有共同的朋友，周建人、川岛不止一次充当了二人沟通的桥梁。二人还一致对外，在女师大驱赶校长杨荫榆的风潮中，周作人在鲁迅起草的《关于女师大风潮的宣言》上签了字；在鲁迅与陈源的比战中，周作人毫不犹豫站在了长兄一边。
荆有麟回忆，二人失和后，还常在北大教员休息室见面，一接触便起争执。可一旦有人攻击周作人，鲁迅便用给中笔名代弟弟应战。成仿吾和鲁迅论战时，周作人也在其文章中为鲁迅帮腔。“三·一八惨案”发生后，鲁迅被列入北洋政府的缉捕名单，周作人知道后，马上托人通知鲁迅。
周作人的《五十自寿诗》发表后，友人们纷纷唱和，引发一场风波。鲁迅却能理解二弟，他在给杨霁云的信中说：“周作人之诗，其实是还藏些对于现状的不平的，但太隐晦，已为一般读者所不憭……”
1936年10月19日清晨，鲁迅逝世。第二日，周作人恰好有一堂《六朝散文》课，他没有请假，而是挟着一本《颜氏家训》缓缓走进教室。在长达一个小时的时间里，周作人始终在讲颜之推的《兄弟》篇，只字未提其他事情。第一堂课下课前几分钟，周挥一挥袖子，掸了掸粉笔灰说：“对不起，下一堂课我不讲了，我要到鲁迅的老太太那里去。”这个时候，大家发现周的脸色非常难看。柳存仁回忆：“他并没有哭，也没有流泪，可是眼圈有点红热，脸上青白的一层面色，好像化上了一块硬铅似的。这一点钟的时间，真是一分钟一秒钟的慢慢的捱过，没有一个上课的人不是望着他的脸，安静地听讲的。这个时候容易叫你想起魏晋之间的阮籍丧母的故事。”
解放后，周作人写了《鲁迅的故家》、《鲁迅小说里的人物》等作品，在谈及鲁迅时，也会称“家兄”。陈迩冬回忆，他在周作人屋中见到过鲁迅拓的汉碑，一次，周送他出门时，指着外院的丁香树说：“这是家兄种的。”
1956年，到北京出席鲁迅逝世20周年纪念活动的曹聚仁到八道湾拜访了周作人。之后，曹在《与周启明先生书》中写道：“我们那天又谈到了鲁迅的作品，鲁迅自己推荐了《孔乙已》，因为那一篇小说写得从容不迫”，“我那天说到了自己的爱好，我是最喜欢《在酒楼上》的”，“你也同意我的说法，你说，这是最富鲁迅气氛的小说”。
1958年，周作人在给曹聚仁的信中，谈及上海鲁迅墓前的塑像说：“死后随人摆布，说是纪念其实有些实是戏弄，我从照片看见上海坟头所设塑像，那实在可以真是最大的侮弄，高坐在椅上的人岂非是头戴纸冠之形象乎？假使陈西滢辈画这样一张相，作为讽刺，也很适当了。”
1957年，周作人的女儿静子在西北大学简报发表《回忆我的伯父鲁迅先生》一文。1961年10月，周作人代静子写纪念鲁迅的文章（见张铁荣、张菊香合编《周作人年谱》）。有研究者认为，1957年周静子的《回忆我的伯父鲁迅先生》行文风格完全是周作人式的，周作人也将此文收入其《鲁迅的青年时代》一书中，因此认为，《回忆我的伯父鲁迅先生》也是周作人为静子捉刀，只是周的日记并未记载。
徐淦回忆，他在与周作人日常闲谈中常提到鲁迅，“知堂很很坦率，从他的口吻中，我听出他对杰出的兄长之爱和敬，始终如一，像两人儿时、少时、青壮年、中年时的莫逆有增无减”。羽太信子一次给徐送茶时，也提到鲁迅，周作人当时翻译信子的话说：“内人告诉足下，自从足下来后，院子里的左邻右舍，都对她说，她们觉得又像过去大先生住在这里的时候，看到通宵在灯下干夜活的情形了，她们对大先生都是很敬爱、挺怀念的。”
1966年7月2日，周作人开始阅读鲁迅的杂文。周氏兄弟在离世之际，都是阅读对方的文章。
周作人不仅与长兄鲁迅失和，与三弟周建人的关系亦不睦。
据周海婴记载，羽太信子怀孕后，其妹妹芳子从日本到绍兴照顾信子。信子得到芳子无微不至的照顾后，渐渐离不开芳子了。为了把芳子长久留在身边，她便准备撮合芳子和小叔周建人。
当时周建人青梅竹马的表妹因病去世，他十分悲痛。信子便乘机灌醉了周建人，将芳子推进周建人的房间。鲁迅谈及三弟的婚姻时，说是“逼迫加诈骗成局”。
周建人与芳子婚后，信子更加肆无忌惮地使唤二人。夜深了，她不让芳子回房照顾自己的孩子；她经常使唤周建人，动作稍慢就训斥：“慢得像虫爬！”“木乎乎，木手木脚的中国人！”
据俞芳记载，在绍兴时，周建人与芳子关系尚好。周家迁到北京后，芳子看到姐姐大肆挥霍，十分羡慕，对信子言听计从，效仿信子，贪图享乐，常埋怨丈夫无能，不会赚钱。一次，周作人夫妇、芳子带着孩子去游玩，周建人准备同往，没想到，他走到车子旁边时，芳子一脸不屑地说：“你也去吗？”周建人看着妻子冰冷的表情，十分难受。
周建人到上海后，希望妻子和孩子也一同到上海居住。但信子不让妹妹离开，芳子也不愿离开，反而经常写信向周建人要钱。后来，周建人积劳成疾，患了飞机和，芳子仍拒绝到上海照顾丈夫。五年后，心灰意冷的周建人与王蕴如结合。
鲁迅去世的1936年冬天，鲁老太甜八十寿辰，周建人、王蕴如到北京为母亲祝寿。结果，信子、芳子大闹寿宴，周建人与芳子的长子周丰二更是手持军刀从屋内冲出，要砍周建人，被亲友拦下。此后，周丰二打电话到日本领事馆，要求他们扣留周建人，将其“法办”。周、王二人无奈，只能提前回到上海。时候，鲁老太甜伤心地对俞芳说：“如果大先生还在，八道湾不敢如此嚣张……”
抗战爆发前，冯雪峰认为，要让周作人接触进步势力，他隐约表示让周建人去接近周作人。也有人对周建人说，生物学家秉志由上海一家（书局）供养着，周作人只要愿意来上海，生活完全不成问题，商务印书馆或其他书局可以供养。周建人想起鲁迅生前说过的周作人不如南来安全的话，于是致信周作人，恳请其来上海，但周作人未作复。
寿宴之后，周作人不再给八道湾寄钱，唯独通过母亲给大女儿马理（周鞠子）每月二十元。抗战时期，周作人通过日本使馆，要求商务印书馆直接将周建人的一半工资，汇给周作人。兄弟关系更加恶化。
解放后，羽太芳子向法院起诉，状告周建人“重婚”。一些老友发现芳子的诉状出自周作人之手（周作人说他改了几个字），叹道：“知堂老人坐不住，又出山了。”法院经过调查，判决周建人与芳子实际离婚城里，周丰二与周建人脱离父子关系。
刘哲民记载，解放后，郑振铎、茅盾、叶圣陶（周海婴记载为叶圣陶、胡愈之）三人试图为周作人、周建人兄弟调解。他们拉着周建人到八道湾做客，周作人很客气地招待了他们，但兄弟二人却互相不搭理对方。面对此僵局，三人不知该如何劝说，只好无功而返。
周作人回忆，全国解放后不久，他在教科书编审委员会碰到周作人，二人都不由自主地停下了脚步。二人都老了，周作人颇为凄凉地说：“你曾写信劝我到上海。”
“是的。我曾经这样希望过。”周建人回答。
“我豢养了他们，他们却这样对待我。”
周建人听了这话，觉得他还不明白，还以为自己是八道湾的主人，而不明白其实他早已是一名奴隶。
这次意外相遇，成为这对兄弟的永诀。
【疏离】
周作人在《鲁迅的故家》中这样写母亲：“她没有正式读过书，却能识字看书，早年只读弹词说部，六十以后移居北京，开始阅报，日备大小报两三份，看了之后与家人好谈时事，对于段张冯蒋诸人都有批评。”周还回忆：“她是闺秀出身，可是有老百姓的坚韧性。清末天足运动兴起，她就放了脚，本家中有不第文童，绰号‘金鱼’的顽固党扬言曰：‘某人放了大脚，要去嫁给外国鬼子了。’她听到这话，并不去找‘金鱼’评理，却只冷冷说道：‘可不是么，那倒真是很难说的呀。’她晚年在北京常把这话告诉家里人听，所以有些人知道，别的事情也有可以讲的，但这一件事就很足以代表她的战斗性……”
鲁老太太搬到阜成门西三条与鲁迅同住后，周作人常常逾期给母亲生活费，鲁老太太极为不满，有时坐车到八道湾去要账。鲁迅知道后，劝母亲不要去，免得淘气（受气），并说要钱我这里有。鲁老太太说：“并不是等钱用，而是气他们的这种行为。”接着又叹道：“只当我少生了他这个儿子。”
周作人称呼母亲为“鲁迅的母亲”、“鲁迅的老太太”或“鲁老太太”。鲁迅去世的第二日，周作人给学生讲了一节课后，说：“对不起，下一堂课我不讲了，我要到鲁迅的老太太那里去。”
1936年10月，北大召开悼念鲁迅大会，会上，周作人称呼母亲为“他（鲁迅）的母亲”，与会的老舍听到后极为反感。后来老舍在一次纪念鲁迅逝世的会议上提到周作人时说，这种人连自己的母亲都不肯承认，何况国家。
常风回忆，1938年夏，叶公超回北平接家眷，并受中央研究院和北大之托敦促陈垣和周作人南下。叶向周说明来以后，周表示：“在北平如果每月有二百元就可以维持生活了，不必南行了。”然后说举家南迁的种种困难，“鲁迅的母亲和他的女人都要靠我养活，老三一家也靠我养活。”常风“听到他提到自己的母亲时竟然说是‘鲁迅的母亲’很觉着惊愕，以后和他谈话谈到南行的话题时有两三次他谈到周老太太时也是说‘鲁迅的母亲’”。谈话结束后，常风仍耿耿于怀：“我一路走着想起周作人称他们弟兄三位的母亲为‘鲁迅的母亲’，好像是在说什么不相干的人的老太太，感到十分刺耳不解。”
晚年，周作人在《鲁迅的故家》中这样写道：“鲁老太太是鲁迅的母亲，她的母家姓鲁，住在会稽的安桥头，住民差不多全是姓鲁的。”之后，再提及母亲的地方，他一律称呼为“鲁老太太”。
俞芳在《谈谈周作人》中回忆：“太师母（鲁老太太）也常谈周作人的长处。她说，老二很爱整齐，他的抽屉，总是整理的整整齐齐的，他包的东西，棱角分明，捆扎细致。他的性格和顺，遇事很好商量，对人谦和……老大（鲁迅）进三味书屋读书时，是给他买了一张有两个抽屉的书桌的。当时在三味书屋读书的学生，都是用这种书桌的。而老二（周作人）进三味书屋时，因为家用紧，没有给他买书桌，只从家里搬去一张没有抽屉的方桌供他使用，他起初有些不高兴，认为不像样子，怕别人见笑，但一经和他说明家境困窘等道理，他就没有什么意见了。”“老大去南京读书时，太师母曾借贷凑了八元钱给他，而当老二去南京时，太师母连八元钱也难筹措了。老人家鼓励他说：‘穷出山，富……’（这句原话我记不完整了，意思时：穷人家的子弟读书刻苦，有成就；富家子弟贪图享受，读书不刻苦，学不好。）他能理解家里的难处，拿了点路费，就高高兴兴地上路了。”
俞芳回忆：“太师母有时也谈周作人的不足之处，她说老二从幼小时起，一直受到大家的照顾，养成了他的依赖性，事事要依赖家里人，特别是依赖老大。他对家庭没有责任感，在他心里，家里的事，都应该由老大负责，与他无关。”这大概也是周作人称呼母亲“鲁迅的老太太”的原因之一。
鲁迅南下后，周作人很少到西三条探望自己的母亲。有时母亲身体不适，就由羽太信子或羽太芳子去看望。他们仅给鲁老太太开些阿司匹林之类的药物服用。
1932年，鲁老太太大病一场，刚开始，周作人等人并未重视，后来病情日渐严重，才请医生出诊两次。母亲病重后，周作人忙给在上海的周建人写信，告知母亲生病。鲁老太太托人给鲁迅发去电报，鲁迅便赶回北平。而鲁迅一到，周作人便放手不管了。
俞芳回忆：“鲁迅逝世的电报到达八道湾后，周作人找宋紫佩同往西三条，通知太师母。事后，太师母对俞藻说，那天，老二和宋紫佩同来，我心里已猜到不是好兆头，心想，大约老大的病更加严重了。及至得知老大已经逝世，我精神上受到沉重的打击，悲痛到了极点。只觉得全身颤抖，两腿抖得厉害，站都站不起来，只好靠在床上说话，但头脑还是清楚的。我说：‘老二，以后我全要靠你了。’老二说：‘我苦哉，我苦哉……’太师母接着对俞藻说：‘老二实在不会说话，在这种场合，他应该说，大哥不幸去世，今后家里一切事，理应由我承担，请母亲放心。这样说既安慰了我，又表明了他的责任。’太师母气愤地说：‘难道他说苦哉苦哉，就能摆脱他养活我的责任吗？’”
“七七事变”前后，鲁老太太心情沉重地堆俞藻说：“我真为老二担心，现在报纸上登载教育界开会的消息，很少有他的名字，恐怕他对抗战的态度不坚决……”
中岛长文认为，从周作人与母亲的关系有某种缺欠，因而他对母性有所希求，这是“他成为中国第一个女权主义者（真正的称呼应是‘母性主义者’），在家庭中却唯唯诺诺”的原因；也是周作人迷上这个“有着圆脸，毫无特征的最普通的女人”羽太信子的原因，因为信子身上有着“母性爱”。
另有研究者认为，鲁迅兄弟反目大概也是周作人称呼自己的母亲为“鲁迅的母亲”的原因之一。鲁老太太较为喜欢鲁迅，鲁迅搬出八道湾，她也跟随大儿子搬出去。鲁迅逝世前，母亲一直是他养活；鲁迅去厦门任教前，母亲一直是他照应。母亲对鲁迅的态度，大概也是原因之一吧。
【自由】
五四运动爆发时，周作人正在日本探亲。5月12日，他得知消息后，立即匆匆回国。6月3日，他和刘半农等人以北大代表的名义去北大第三院法科慰问因声援学生运动被捕的中小学生，为军警所阻。次日下午，他参加北大教职员回忆，讨论营救被捕学生之事。5日，他路遇大队军警包围学生演讲，是夜，写下《前门遇马队记》，对军警的行为进行谴责。14日，得知陈独秀被捕后，他和李辛白、王星拱等人以北大代表的名义到警察厅探望。
1921年，北京发生教育风潮，周作人发表《碰伤》一文，说教职员学生“这次碰伤的缘故由于请愿。……请愿的事，只有在现今的立宪国里，还暂时勉强应用，其余的地方都不通用的了。例如俄国，在一千九百零几年，曾因此而有军警在冬宫前开炮之举，碰的更厉害了。我希望中国请愿也从此停止，各自去努力吧。”
1922年3月，李大钊、陈独秀、蔡元培、汪精卫、邓中夏等人成立“非宗教大同盟”，号召反对宗教，特别是基督教。随后，周作人、钱玄同、沈兼士、马裕藻等人发表《主张信教自由者的宣言》，主张：“我们不拥护任何宗教，也不赞成挑战的反对任何宗教。我们认为人们的信仰，应当有绝对的自由，不受任何人的干涉，除去法律的制裁以外，信教自由，载在约法，知识阶级的人应首先遵守，至少也不应首先破坏。我们因此对于现在非基督教同盟的运动表示反对。”此后，周作人多次重申自己维护“信教自由”的立场。
自五四以来，周作人一直提倡思想自由。1924年，他与鲁迅、孙伏园、钱玄同、林语堂等人创办《语丝》，周作人在发刊词中说：“我们个人的思想尽自不同，但对于一切专断和卑劣之反抗则没有差异。”“我们这个周刊的主张是提倡自由思想，独立判断，和美的生活。”
1924年，周作人的《自己的园地》，与《独秀文存》、《胡适文存》等书一起被北洋政府查封。
1925年，女师大风潮爆发，周作人明确支持学生。他发表文章，批评女师大校长杨荫榆“只想开除几个学生，或用别的高压手段消除风潮，整顿学风，是所谓南辕北辙，适得其反。”他明确要求杨“能够因教育前途之棘而引咎辞职”。8月19日，教育部专门教育司司长刘百昭率武装巡警强行接收女师大，学生代表与警察发生冲突，7名学生受伤，各校、各团体声援代表14人被捕，周作人在给友人的信中愤怒地说：“北京教育部的总长司长动不动就以保安队及打手从事，……我的沉默之期或者也不很远了罢。”
“三·一八”惨案发生后，周作人撰文痛斥北洋政府，他说：“这是北京城中破天荒的大残杀，比五卅上海事件更为野蛮，其责任除政府当局段祺瑞、章士钊、贾德耀诸人直接负担，我们要求依法惩办外，对于国民军的首领也不能屈为谅解。”他对牺牲的女学生给予极高评价，称她们为“新中国的女子”。他为遇害的刘和珍、杨德群送殡，并送去挽联：“死了倒也罢了，若不想到二位有老母倚闾，亲朋盼信；活着又怎么着，无非多经几番的枪声震耳，弹雨淋头。”他挽“三·一八”惨案中遇难者的另一联云：“赤化赤化，有些学界名流和新闻记者，还在那里诬陷；白死白死，所谓革命政府与帝国主义，原是一样东西。”
周作人挽“三·一八”惨案中遇害的中法大学学生胡锡爵：“什么世界，还讲爱国？如此死法，抵得成仙！”
在女师大的复校典礼上，周作人说：“这一次本校死了两位同学，我看见她们的遗体，看见她们入殓，我很受一点感动，使我对于死有一点了解。”
“五卅惨案”发生后，周作人愤然写下《对于上海事件之感言》，随后又写下《吃烈士》一文，讽刺“五卅惨案”中镇压工人有功而“加官进爵”的官僚和借“五卅”“博得蝇头之名利”的商贾是在“吃烈士”。
“四·一二”政变发生后，周作人发表《吴公如何？——致荣甫先生》，明确表示：“要不要清党，我们局外人无从说起，但是那种割鸡似地杀人的残虐手段我总不敢赞成，白色恐怖绝不会比赤色的更好。”他在文中质问胡适道：“以我贫弱的记忆所及，《青天白日报》记者二名与逃兵一同斩决，清党委员到甬斩决共党二名，上海枪决五名姓名不宣布，又枪决十名内有共党六名，广州捕共党一百十二人其中十三名即枪决……清法着实不少，枪毙之外还有斩首，不知胡先生以为文明否？”9月，他又一次批评蔡元培、胡适二人身在上海，却对清党运动“视若无睹”。
1933年，周作人致函许寿裳，请蔡元培营救以“共产党”名义被捕的女师大学生郑德音。
【言论】
周作人在《谈虎集·北沟沿通信》中说：“我是不相信群众的，群众就只是暴君和顺民的平均罢了。”
周作人说自己的头脑像一间“杂货铺”：“托尔斯泰的无我爱与尼采的超人，共产主义与善种学，耶佛孔老的教训与科学的例证，我都一样的喜欢尊重，却又不能调和统一起来，造成一条可以行的大路。我只将各种思想，凌乱的堆在头里……”
周作人写《乾隆的恶诗》讽刺乾隆不通诗文，他在《山中杂信》中挖苦他“实在是旧诗的难做，怪不得皇帝”，“倘若他生在此刻，抛了七绝五律不做，专做较为自由的新体诗，即便做不好，也总不至于被人认为‘哥罐闻焉嫂棒伤’的蓝本罢。”
周作人曾翻译《贞操论》，他在《译者前言》中赞扬作者及谢野晶子“是现今日本第一流女批评家，极进步，极自由，极真实，极平正的大妇人”，他表示：“我确信这篇文中，纯是健全的思想”，是“治病的药”。此文发表后，胡适在《新青年》发表《贞操问题》一文，赞扬《贞操论》的发表是“东方文明史上一件极可贺的事”。鲁迅也发表《我之节烈观》声援周。
周作人说：“但是假如有干净的厕所，上厕时看点书却还是可以的，想作文则不必，书也无须分经史子集，随便看看都成。”
周作人说：“科学其实也很道德！”
周作人说，人生的季节是不能颠倒的，在青少年时期一定要为对真善美的追求打下底子。这种教育是以后任何时期的教育所无法补偿的。现在的学生是过于懂得显示，过早面对世俗丑恶，过早学会世故，这是很可怕的事。
周作人说：“我最为佩服的中国思想家只有三人：一是汉王充，二是明李贽，三是清俞正燮。”
周作人对韩愈之类的道学家怀有恶感，他说：“我对于韩退之整个的觉得不喜欢，器识文章都无可取，他可以算是古今读书人的模型，而中国的事情有许多却就坏在这班读书人手里。他们只会做文章，谈道统，虚骄顽固，而又鄙陋势利，虽然不能成大奸雄闹大乱子，而营营扰扰最是害事。”
周作人曾于1935年10月、1936年9月，两次撰文为秦桧翻案，他认为秦桧主和并不是不忠，而是“爱国”。他在文中说：和比战难，战败仍不失为民族英雄，（古时自己要牺牲性命，现在还有地方可逃）和成则是万世罪人，故主和实在更需要有政治的定见与道德的毅力也。
【立场】
章太炎反满革命，被俞樾詈为“不忠不孝”，章遂作《谢本师》一文，与俞断绝师生关系。周作人在日本听章讲学，对章执弟子之礼，后章依附孙传芳，周亦作《谢本师》与章断绝师生关系。抗战时期，周作人与其学生沈启无反目，沈作《谢本师》与周绝交。
周作人思想左倾，他拥护无政府主义思潮，并倾向社会主义。1927年，国民党清党时，周作人撰文明确表示反对国民党屠杀共产党人。他对国民党、蒋介石一向轻蔑、厌恶，认为蒋其人一无可取，不可信任。
周作人在《我最》一文中说：“我最不喜欢谈政治”，“《新青年》的同人最初相约不谈政治”，“政治我是不喜欢谈的，但也有要谈的东西。我所顶看不入眼而想批评的，是那些假道学、伪君子”。
抗战爆发前，周作人坚决反日。他抨击日本在北平办的汉文报纸《顺天时报》是日本侵略者在中国的一张机关报。他撰文批判日本帝国主义说：“日本人爱美，这在文学艺术以及衣食住行的形式上都可看出，不知道为什么在对中国的行动，却显得那么不怕丑……”
蒋梦麟回忆，一次，某日本人到北大讲演中日文化合作，周作人对其说：“谈到中日文化合作，我没有看见日本人的文化，我倒看见他们的武化，你们都是带着枪炮来的，那里有文化，只有武化。”
因为留日和妻子的缘故，周作人对日本一直存有好感，但到晚年，他说：“日本民族所喜欢的是明净直，那么这些例（指藏本失踪事件、河北自治请愿事件、成都北海上海汕头诸事件、走私事件、白面吗啡事件）使即可以证明其对中国的行动都是黑暗污秽歪曲，总之所表示出来的全是反面。日本人尽有他的好处，埘于中国却总不拿什么出来。所有只是恶意，而且又是出乎情理的离奇。这是什么缘故呢？”
“九·一八”事变后，周作人在《关于征兵》中写道：“吴公稚晖说过，他用机关枪打过来，我就用机关枪打过去，这是世界上可悲的现象，但这却是生存竞争上惟一的出路。修武备，这是现在中国最要紧的事，而其中最要紧的事则是征兵。”
耿传明在《周作人的最后22年》中写道：“抗战之前，他（周作人）对郑振铎说过这样的话：‘和日本作战是不可能的。人家有海军。没有打，人家已经登岸来了。我们的门户是洞开的，如何能抵抗人家？’……中日开战之后，他不相信退守大后方的国民党，会有有朝一日收复中原的可能。”
【附逆】
抗战爆发后，友人纷纷劝周作人南下，从日本逃回国的郭沫若发表《国难声中怀知堂》说：“我自回国以来所时时怀念着的，却是北平苦雨斋中我们的知堂。……知堂如真的可以飞到南边来，比如就像我这样的人，为了掉换他，就死上几千百个都是不算一回事的。”
但周作人还是留在了沦陷的北平，他在给陶亢德的信中说：“有同事将南行，曾嘱其向王教长蒋校长代为同人致一言，请勿视留北诸人为李陵，却当作苏武看为宜。”谈到郭沫若的之文，他说：“鼎堂先生文得读，且感且愧，但不敢不勉耳。”
1938年春夏，周作人和寺内寿一的合照在香港的报纸上刊发后，文协便开除了周的会籍。
同年8月，胡适从伦敦寄给周作人一封信，信中附白话诗一首：“臧晖先生昨夜做一个梦，梦见苦雨斋中吃茶的老僧，忽然放下茶盅出门去，飘然一杖天南行。天南万里岂不太辛苦？只为智者识得重与轻。梦醒我自披衣开窗坐，有谁知我此时一点相思情。”意在劝其南下，周作人亦回诗一首，诉说自己不南下的理由：“我谢谢你很厚的情意，可惜我行脚却不能做到，并不是出了家特别忙，因为庵里住的好些老小。我还只能关门敲木鱼念经，出门托钵募化些米面——老僧始终是老僧，希望将来见得居士的面。”
周作人拒绝南下的托词为“上有老、下有小、家累重”，俞芳认为，这只不过是他的托词，鲁老太太根本不是他的负担，而当时八道湾的孩子们都已经长大，最小的是周作人女儿静子的两个孩子，“但但是八个青壮年，带两个小孩子，问题应该是不大的”。
卢沟桥事变后，北大南迁，指定年迈且患高血压的马裕藻，以及董康、周作人三人留守，保管校产。日本人占领北平后，多次命周作人请马裕藻出山任教，马裕藻让幼子马泰将周拒之门外。次数多了，马裕藻便让马泰对周说：“我父亲说了，他不认识你。”从此，周才不再登门。
周作人并非开始就有附逆之心，张铁荣在《周作人平议》中说：“北平沦陷后不久，据一位最后逃出虎穴的北大同学透露，一天，周作人从东安市场回家，路经北大二院，下车看看学校的情形，当时任翻译的日本人小林过来用日语打招呼，此人有一种大和民族的优越感，平日对教职员毫无礼貌，周作人给他一个冷面孔，毫不理会，昂首直入，小林立即改用中国话向周致意，并连连道歉，周作人还斥责了他对教职员语势之不当云云。……人们还不知道，周作人曾和马幼渔一起痛骂过当时已附逆的原北大日文教授徐某，时间是日本侵略军占据北平之后大约半年……”
1939年元旦早晨，有人冒充学生到八道湾拜访周作人，进门便抬手给了周作人一枪，子弹打中周腹部。刺客还打上了当时在周家作客的周作人弟子沈启无，在逃走时，又打死了周家的一名车夫。
周当天穿的是新棉袍，子弹穿过棉袍打在他穿的毛衣的衣扣上，只是划伤了他的皮肤，但周坚持说子弹打进肚子里了。事后到医院做了检查，并没有发现子弹，后来周在穿毛衣时发现了变形的衣扣，又在客厅找到了子弹。但周却极为惶恐，他同意由日本人安排警署派三名便衣警卫进驻其家中。出于安全考虑，他辞去了郊区的燕京大学教席，随后出任伪北大文学院院长一职。
周作人说刺客是日本人，有人说是“抗日锄奸团”，也有人说是爱国青年学生，又有人说是周作人的侄儿周丰三因无法阻止伯父当汉奸而决定干脆杀了他，与几个志同道合的同学所为。但无论哪种说法，都没有得到证实，至今是个疑案。
鲍文蔚曾问周作人为何有人要加害于他时，周轻描淡写地说：“可能有人觉得我可恶吧。”
周作人任伪职后，文化界倾力劝周作人南下，茅盾、郁达夫、老舍、冯乃超、王平陵、胡风、胡秋原、张天翼、丁玲等18人发表公开信，希望周做“文坛苏武”，“幡然悔悟，急速离平，间道南来”。当时甚至有“城可失，池可破，周作人不能投降”的口号。
周海婴记载，周作人对日本的态度越来越暧昧时，正上中学的周建人与羽太芳子的次子周丰三多次劝说二伯父悬崖勒马，周作人并不理会。周丰三郁郁寡欢，最后竟以死相谏，但周作人仍不为所动。
1941年，周作人出任伪国民政府委员、为华北政务委员会常务委员兼教育总署督办等职务，文化界一片哗然。艾青说：“周作人，在我们最需要他的时候，背叛了我们！”
依附日本人后，周作人大兴土木，翻盖了八道湾的住宅，卧室也完全改建成日式的榻榻米，家中家具、物品都从日本商店购买，家人生病也请日本医生诊治。家人过生日、过满月都要庆贺，中日车水马龙，宴席不断。张琦翔说，八道湾苦雨斋原本是学子、教授愿意来的，推门即入，不拘形迹。当周成了伪督办，翻盖房子后，给朋友们发通知说，每周一、三、五下午四至六时会客。而逢着会客日，周家有好多官僚，于是朋友们便不大到苦雨斋了。
周作人刚开始大概还抱有“学校可伪，学生不伪，政府虽伪，教育不可使伪”的想法，于浩成在《关于周作人的二三事》中说：“1941年12月8日太平洋战争爆发后，日本当局于上午七八时即按原定计划派军队进驻燕京大学，将代校长陆志韦、张东荪、赵紫宸、邓之诚等教授聚在一起，准备解去关押……听我父亲说（董鲁安，原燕京大学教授，后为晋察冀边区参议会副议长），陆志韦先生在匆忙中低声告一位懂日语、以前经常代表燕大校方与日本当局联系、办理交涉的萧先生说：‘找周岂明！’可见周作人还是起到某种缓冲甚至‘保护’作用的。”
某日，伪新民会通知北平各校学生到天安门参加庆贺皇军占领宜昌大会，教育总署请示督办周作人，周认为学生应远离政治，参加与否，无关宏旨，教育总署便按其意思通知各校。次日，各校照例放假，无一学生到会。伪新民会顾问安腾大怒，要亲自去逮捕周作人，经人力劝才作罢。自此，各校有会必到，到必抢先，而周作人则再不敢管此类事情了。
之后，周作人这个督办便进出于各类教育会议及各类讲习班、训练班，没会必到，训词、训示也是：“现在所施行的教育方针，是以亲仁善邻为主旨”，“总之，藉着教育行政的力量，以圆满达到善邻友好、共同防共、经济提携的三种目的”等。
1941年4月，周作人与钱稻荪等人赴日本出席东亚文化协议会文学部会，据当时报纸报道：“14日，周作人一行抵东京”，“上午十时晋宫问候，询问陛下康强后，更赴大宫御所秩父官邸问候。正午出席文相官邸中桥田文相主办之午餐会。下午一时半，赴高松莒御殿问候。二时半，参拜明治神宫，其次更参拜护国英灵之靖国神社，东亚永久和平之志向相同，之一行均誓言真心，径往宿舍云”。此行，周作人还慰问了在侵华战争中受伤的日本军人。
范纪曼回忆，四十年代初，周作人到中央大学讲演，当时中大在地下党员范纪曼的领导下发生了反对伪校长樊仲云的学潮。范在讲演前找到周作人说明情况，但并没有透露自己的共产党员身份，周听罢说道：“我的演讲，你们樊校长一定会失望地。我从‘五四’到‘三一八’，也是站在学生方面的。”果然，周的讲演《中国的思想问题》赢得学生们的阵阵掌声，而坐在主席台上的樊仲云等人则显得非常狼狈。
周作人任督办期间，曾多方照顾李大钊的长女李星华，帮助李星华、李光华姐弟办“良民证”，协助他们从北平转移至延安，掩护李大钊此女李炎华及其夫侯辅庭。他还曾营救中共地下党员高炎。
周作人还与国民党方面接触，曾多次找国民党北平地下市委委员沈兼士“闲谈”。抗战胜利后周作人受审时，国民党地下工作者张怀、董洗凡等人为其作证，称周曾有掩护或联名保释被捕人员的举动。
周作人一方面附和日本人的大东亚文化理论，另一方面又希望能保持知识分子的独立，他的这种矛盾，触怒了日本人。1943年8月，日本人片冈铁兵斥责周作人为“中国反动老作家”。
任伪职期间，周作人曾对友人说：“我现在好比是站在戏台上尝门便看戏的看客。”
晚年，周作人在给鲍耀明的信中说到自己任伪职的原因：“关于督办事，既非胁迫，亦非自动（后来确有费气力自己运动的人）。当然是由日方发动，经过考虑就答应了，因为自己相信比较可靠，对于教育可以比别个人出来，少一点反动的行为也。……此处又任华北综合调查研究所副理事长，当时有人也有劝我不要干的，但由于上述的理由，遂决心接受。”
60年代，周作人对张铁铮谈及他当年任伪职之事时，张说：“这是日本人‘胁迫’的。”周说：“我当时同意了，以后担任过伪职的人，受到查处是当然的。”谈及去长春见溥仪之事，周说：“我去长春是汪精卫点的名，不过我见溥仪的兴趣远不如见罗振玉兴趣大，我见到了罗振玉。”
1986年，南京师范大学《文教资料简报》发表沈鹏年的访问记录说，周作人本不愿出任伪职，出任是共产党的意思。他任职后，执行了中共向其暗示的“积极中消极，消极中积极”的方针。
而1987年，曾为中共地下工作者的许宝骙发表《周作人出任华北教育督办伪职的经过》一文，回忆说，1940年11月初，伪华北政务委员会教育总署督办汤尔和病死，当时的继任人选有二：谬斌和周作人。许宝骙、王定南、张东荪三人研究后认为，谬斌为国民党党棍，如其继任，必推行奴化教育，对青年有害。为了抵制谬，他们决定劝说周出任督办一职，反正周已经任伪北大文学院院长，“一条腿已经下了水”。许去劝说周，告知谬斌其人其事，称：“先生若以文学院长进而出仕，只要排掉了谬斌，就是一种功德。”
许多研究者认为上述二人的说法不可信，因为周作人如果真是按照共产党的意思出任伪职，他晚年又何必写信给周恩来为自己辩解？！
据时任中共北平特委书记的王定南回忆，他们当时只是研究认为周作人继任比谬斌的危害性小，他并没有委托任何人去游说周出任伪职。
对于周作人出任伪职，林辰这样说：“周作人在担任伪职期间，志得意满，兴高采烈，他穿着军装简约伪新民会青少年团；他到南京、苏州宴饮游乐，在游南京玄武湖时，还写下了‘疲车羸马招摇过，为吃干丝到后湖’这样的诗句，表现了他招摇过市、得意忘形的神情。1943年4月，周老太太去世后，他写了一篇《先母事略》，内有‘作人蒙国民政府选任为委员，当赴首都谒见主席’等语，如果他当汉奸是迫不得已，如果还有一点羞耻心，则在关于老太太的事略里，是没有必要谈到他出任国府委员和赴南京谒见大汉奸汪精卫的，而他却津津乐道，引为光宠。他常用一颗闲章，文曰‘知惭愧’，事实说明，他是一个不知羞愧的人！”
