城里的惨状，再怎么身经百战、见惯不幸的人都想象不到。初夏外国船不再停靠、菱湖边的营垒于七月上旬遭攻破后，就再没有粮食运进城里。到了夏末，每日配给白米之事早已是明日黄花。菜园里的蔬菜和野草都已吃完。所有动物，甚至老鼠，都吃光了，没有东西可以喂饱城里饿着肚子的数千人。或者应该说几乎没有东西。九月五日进城的湘军骇然发现，安庆的市场从未关闭。人肉价格最后涨到每斤半两钱。
夏季时曾国藩就已写信给弟弟，谈到安庆投降时该如何处置。他写信告诉曾国荃：“克城以多杀为妥，不可假仁慈而误大事，弟意如何？”爱民不表示爱那些与叛军站在同一边的人民。有人认为攻破安庆时，城里总共幸存约一万六千人，其中即使不是全为平民，至少也大部分是平民。有关他们后来遭遇的种种记述，差异主要在曾国藩麾下军官是否先将女人挑出，再杀光剩下的人。
* * *
[1] 描述基于Thomas W.Blakiston，Five Months on the Yang-tsze（London：John Murray，1862），p.61；Viscount Garnet Wolseley，Narrative of the War with China in 1860，to Which Is Added the Account of a Short Residence with the Tai-ping Rebels at Nankin ...（London：Longman，Green，Longman and Roberts，1862），pp.369-372.
[2] 描画自Laurence Oliphant，Narrative of the Earl of Elgin’s Mission to China and Japan in the Years 1857，’58，’59，2 vols.（London and Edinburgh：William Blackwood and Sons，1859），vol.2，pp.363-364.
[3] Augustus F.Lindley（Lin-le），Ti-Ping Tien-Kwoh；The History of the Ti-ping Revolution（London：Day & Son，Ltd.，1866），p.345（中译本见呤唎著、王维周译，《太平天国革命亲历记》，中华书局上海编辑所，1962，第276～277页。——校注）；Wolseley，Narrative of the War with China in 1860，p.371.
[4] 张德坚：《贼情汇纂》（台北：文海出版社，1968；1855年原版影印），第173页。
[5] Lindesay Brine，The Taeping Rebellion in China：A Narrative of Its Rise and Progress（London：John Murray，1862），p.307.
[6] 朱洪章：《从戎纪略》（台北：文海出版社，1968；1890年原版影印），第68页。
[7] “Report by Mr.Parkes of Visit to Ngan-king（安庆），March 24，1861，” in Correspondence Respecting the Opening of the Yang-tze-kiang River to Foreign Trade（London：Harrison and Sons，1861），pp.25-27，see p.26.
[8] Jen Yu-wen（简又文），The Taiping Revolutionary Movement（New Haven，Conn.：Yale University Press，1973），p.412.
[9] 这与李秀成供词中所述策略稍有差异，反映了他们真正的意图。
[10] 来自官文奏折，引于茅家琦《郭著〈太平天国史事日志〉校补》（台北：台湾商务印书馆，2001），第157页。
[11] Parkes，“Report of Mr.Parkes of his Visit to the Ying Wang at Hwang-chow，March 22，1861，” in Papers Relating to the Rebellion in China，and Trade in the Yang-tze-kiangRiver（London：Harrison and Sons，1862）：53-56，see p.55.
[12] 曾国藩家书，咸丰十年七月三日（1860年8月19日），《曾国藩全集》（北京：中国致公出版社，2001），第七卷，第2400页。
[13] 曾国藩日记，咸丰十年十月十一日条（1860年11月23日），《曾国藩全集》，第十卷，第3600页。
[14] 曾国藩日记，咸丰十年十月十一日、十九日条（1860年11月23日、12月1日），《曾国藩全集》，第十卷，第3600、3602页。
[15] 朱东安：《曾国藩传》（天津：百花文艺出版社，2001），第162页。
[16] 陈昌：《霆军纪略》（上海：上海申报馆，1882），卷三，第26b页。
[17] 曾国藩家书，咸丰十年十月二十日（1860年12月2日），《曾国藩全集》，第七卷，第2430页。
[18] C.A.Curwen，Taiping Rebel：The Deposition of Li Hsiu-Ch’eng（Cambridge，England：Cambridge University Press，1977），pp.122-123.
[19] 陈昌：《霆军纪略》，卷三，第27a页。
[20] 曾国藩家书，咸丰十年十一月十四日（1860年12月25日），《曾国藩全集》，第七卷，第2436～2437页（作者原注：《曾国藩全集》排印有误，将此信列为咸丰十年十一月四日）。
[21] 曾国藩致胡林翼函，咸丰十年十一月十六日（1860年12月27日），转引于茅家琦《郭著〈太平天国史事日志〉校补》，第150页。
[22] 曾国藩家书，咸丰十年十一月十八日、二十二日、二十四日（1860年12月29日、1861年1月2日、4日），《曾国藩全集》，第七卷，第2437、2438～2439页。
[23] 曾国藩奏稿，咸丰十年十一月二十八日（1861年1月8日），《曾国藩全集》，第三卷，第887～888页。
[24] 简又文，The Taiping Revolutionary Movement，p.415；朱东安：《曾国藩传》，第163页。
[25] 曾国藩日记，咸丰十一年三月五日条（1861年4月14日），《曾国藩全集》，第十卷，第3641页；亦转引于朱东安《曾国藩传》，第164页。
[26] 曾国藩日记，咸丰十一年三月十三日条（1861年4月22日），《曾国藩全集》，第十卷，第3644页。
[27] 曾国藩家书，咸丰十一年三月十三日（1861年4月22日），《曾国藩全集》，第七卷，第2475～2476页。
[28] 曾国藩家书，咸丰十一年三月十三日（1861年4月22日），《曾国藩全集》，第七卷，第2476页。
[29] “Report of Mr.Parkes of His Visit to the Ying Wang at Hwang-chow，March 22，1861，” in Papers Relating to the Rebellion in China，and Trade in the Yang-tze-kiang River，pp.53-56，引用文字见第54页。
[30] “Report of Mr.Parkes of His Visit to the Ying Wang at Hwang-chow，March 22，1861，” in Papers Relating to the Rebellion in China，and Trade in the Yang-tze-kiang River，p.54.
[31] Lindley，Ti-Ping Tien-Kwoh，p.350（中译本见呤唎著、王维周译《太平天国革命亲历记》，第280页。——校注）。
[32] “Report by Mr.Parkes of Visit to Ngan-king（安庆），March 24，1861，” in Correspondence Respecting the Opening of the Yang-tze-kiang River to Foreign Trade，pp.25-27.
[33] “Report by Mr.Parkes on Communications with the Insurgents at Nanking，March 29 to April 2，1861，” in Papers Relating to the Rebellion in China，and Trade in the Yang-tze-kiang River，pp.10-15，see p.12.
[34] 据吴士礼（Garnet Wolseley，又译威司利，英国军人）1861年春途径汇报所述，见Wolseley，Narrative of the War with China in 1860，p.370.
[35] “Report by Mr.Parkes of Visit to Ngan-king（安庆），March 24，1861，” p.27.
[36] Curwen，Taiping Rebel，p.123.
[37] Curwen，Taiping Rebel，p.123.
[38] Curwen，Taiping Rebel，pp.124～125.
[39] 《李秀成致赖文光谆谕》，英译本自Franz Michael，The Taiping Rebellion：History and Documents，3 vols.（Seattle：University of Washington Press，1966-1971），vol.3，pp.1043-1044；此信最后落至大英博物馆（该信英译本系编者据大英博物馆原信之影印本翻译，见同书，第1043页。——校注）。
[40] 简又文，The Taiping Revolutionary Movement，pp.421-422.
[41] 夏春涛：《从塾师、基督徒到王爷：洪仁玕》（武汉：湖北教育出版社，1999），第257页。
[42] 曾国藩家书，咸丰十一年四月二十四日（1861年6月2日），《曾国藩全集》，第七卷，第2506页。
[43] 洪仁玕：《题御赐金笔》，收于扬州师范学院中文系编《洪仁玕选集》（北京：中华书局，1978），第62页；英译自Michael，The Taiping Rebellion，vol.3，p.835（该诗英译系编者据王重民自剑桥大学图书馆所辑《钦定军次实录》影印本内容翻译，见同书，第833页。——校注）。
[44] 洪仁玕：《止戈》，收于扬州师范学院中文系编《洪仁玕选集》，第67页。
[45] 夏春涛：《从塾师、基督徒到王爷：洪仁玕》，第261页。
[46] 夏春涛：《从塾师、基督徒到王爷：洪仁玕》，第248页；简又文，The Taiping Revolutionary Movement，p.423.
[47] 曾国藩家书，咸丰十一年五月四日（1861年6月11日），《曾国藩全集》，第七卷，第2514页；以及咸丰十一年五月十四日（1861年6月21日）书信，《曾国藩全集》，第七卷，第2522页。
[48] 王闿运：《湘军志》（1879年版），卷五，第8a页。
[49] 曾国藩于7月9日收到消息，见其家书，咸丰十一年六月二日（1861年7月9日），《曾国藩全集》，第七卷，第2527页。
[50] 朱洪章：《从戎纪略》，第73～74页；朱说一万人，但曾国荃报曾国藩之数字是八千（与收缴武器数目相符）。见曾国藩家书，咸丰十一年六月四日（1861年7月11日），《曾国藩全集》，第七卷，第2528页。
[51] 曾国藩家书，咸丰十一年六月四日（1861年7月11日），《曾国藩全集》，第七卷，第2528页。
[52] 曾国藩家书，咸丰十一年六月五日（1861年7月12日），《曾国藩全集》，第七卷，第2528页。
[53] 曾国藩家书，咸丰十一年六月十二日（1861年7月19日），《曾国藩全集》，第七卷，第2530页。
[54] 曾国藩家书，咸丰十一年四月二十四日（1861年6月2日），《曾国藩全集》，第七卷，第2506页。
[55] 曾国藩家书，咸丰十一年四月二十六日（1861年6月4日），《曾国藩全集》，第七卷，第2508～2509页。
[56] 曾国藩家书，咸丰十一年五月六日（1861年6月13日），《曾国藩全集》，第七卷，第2516页；这艘船卸下三千石米，一石即2.75蒲式耳或124磅（约合56公斤）。其后，曾国藩曾有估计一石米可供一百名士兵一日之需。据此，三千石可维持三万人十日正常配给所需。见曾国藩家书，同治元年九月二日（1861年10月24日），《曾国藩全集》，第七卷，第2624页。
[57] 曾国藩家书，咸丰十一年五月六日（1861年6月13日），《曾国藩全集》，第七卷，第2516页。
[58] William James Hail，Tseng Kuo-fan and the Taiping Rebellion，with a Short Sketch of His Later Career（New Haven，Conn.：Yale University Press，1927），第233页，征引名称不详奏稿。
[59] 曾国藩家书，咸丰十一年三月二十四日（1861年5月3日），《曾国藩全集》，第七卷，第2483～2484页，引用文字见第2484页。
[60] Hail，Tseng Kuo-fan，p.234.
[61] 简又文，The Taiping Revolutionary Movement，p.422；亦见曾国藩家书，咸丰十一年五月三十日（1861年7月7日），《曾国藩全集》，第七卷，第2526页。
[62] 据朱洪章《从戎纪略》第76～77页中描述写成；亦见赵烈文《能静居日记》，咸丰十一年八月十三日条（1861年9月17日），收于罗尔纲、王庆成主编《太平天国》（桂林：广西师范大学出版社，2004），第七册，第107页；龙盛运：《湘军史稿》（成都：四川人民出版社，1990），第262页；Arthur W.Hummel，ed.，Eminent Chinese of the Ch’ing Period（1644-1912）（台北：成文出版社影印本，1967），第106页论英王陈玉成条，说8月21日开战，共六天六夜。但据朱洪章说法，8月27日（农历七月二十二日）真正开战，9月3日（农历七月二十九日）夜结束。
[63] 龙盛运：《湘军史稿》，第262页，注释2；呤唎（Augustus Lindley）、朱洪章、王闿运俱说守军已离城而去（呤唎说借协议离城；朱洪章则说凭地道出城），这与曾国藩所报湘军轰塌城墙击败守军说法相忤。赵烈文说湘军挖有一条地道，直至9月上旬（农历七月底）方完工，湘军于战斗结束后才利用该地道进城。他描画了以铁链锁定的炮手，说湘军进城时未遇抵抗。见《能静居日记》，咸丰十一年八月十三日条（1861年9月17日），收于罗尔纲、王庆成主编《太平天国》，第七册，第108页。
[64] 赵烈文：《能静居日记》，咸丰十一年八月十三日条（1861年9月17日），收于罗尔纲、王庆成主编《太平天国》，第七册，第107～108页。
[65] 曾国藩家书，咸丰十一年五月十八日（1861年6月25日），《曾国藩全集》，第七卷，第2523页。
[66] 简又文：《太平天国全史》（香港：简氏猛进书屋，1962），下册，第1893页，推断城中所有人全部遇害；龙盛运说女人被掳走，男丁男童全遭屠戮，见《湘军史稿》，第262页；赵烈文说孩童得免（赵氏原句“杀贼凡一万余人，男子髻龀以上皆死”。——校注），妇女万余被兵士掠出，数十名女人自尽。见《能静居日记》，咸丰十一年八月十三日条，收于《太平天国》，第七册，第108页。
十 天与地
天文出现异象。一八六一年七月，一颗巨大彗星拖着明亮的尾巴出现于西北天空，引发北京城民恐惧。城民认为那是皇帝将离开人世的征兆。后来在九月五日拂晓，日、月一起升起，五颗已知的行星在天上排成一列，犹如一串糖葫芦。中国各地的观察者早早就起床，观看这难得一见的五星连珠奇景。有人说那是清朝将中兴再起的迹象，但至少有一位观察者对如此天象所代表的意义感到不解。赵烈文写道：“瞻仰昊天，一喜一惧。”曾国藩本人把五星连珠视为吉兆，而且湘军就将在那一天攻下安庆。但就在他思索天意的神秘不可测时，有一名从北京出发的信使正在快马南奔的路上，要将皇上驾崩的消息传给他。
咸丰帝死于一八六一年八月二十二日，享年只三十岁又一个月。直接死因可能是结核，但从较幽微的内心层面来看，逃离京城后未能再回京的他死于羞愧和耻辱。九月十四日接到这消息时，曾国藩写道：“天崩地坼”。这消息使他斗志全消。那天晚上他难以成眠，想着这位不幸天子的际遇。曾国藩省思道：“思我大行皇帝即位至今，十有二年，无日不在忧危之中。今安庆克复，长发始衰，大局似有转机，而大行皇帝竟不及闻此捷报，郁悒终古，为臣子者尤感深痛！”
咸丰帝的壮年早逝，对整个王朝来说是个凶兆，因为君王健康与长寿，代表上天满意他的统治。满清王朝的统治正当性，大部分有赖于清朝产生了中国历史上两位于位最久的皇帝，其中之一的乾隆帝，即咸丰帝的曾祖父，在位长达六十三年，史上未见。因此咸丰帝在位只十一年，在仍年轻力壮之时就病死，令人深感不安。但更令人惶惶不安的，乃是国祚的延续倚赖皇位的父死子继，而偏偏咸丰帝膝下单薄。尽管多年来在欢乐的圆明园里一直有十八位后妃在旁陪侍，但咸丰帝只生了一个能继承皇位的儿子。而一八六一年八月时，这个儿子只有五岁大。
透过一名来自上海的外国访客得悉咸丰帝已死，太平天国朝廷大喜过望。从战场回来不久的洪仁玕立即发布檄文，将皇帝的早逝归咎于失德。他在这份充满怨恨的檄文中写道：“咸丰幺幺小子，博弈酗酒，取之尽锱铢，挥之如泥沙。圆明园其醉乡也，设男院其渔色也。今则园已灰烬，身堕地狱。”至于年纪尚幼的皇位继承人，洪仁玕写道，咸丰帝“遗数龄之余孽，难继妖传”。铁正热，王朝气数已尽。他宣告道：“正可乘势顶天，无愧英雄立世。”
洪仁玕对咸丰帝的指控，并非全是他个人所杜撰，而是在转述过去一年已传得沸沸扬扬的部分流言，即肆虐中国的诸多灾祸乃是咸丰帝及其满人朝廷失德所造成，他们的失德显已触怒上天，使他们失去天命。北京英国公使馆的一名医生在咸丰帝去世的几个月前报告道，北京的精英分子似已对清朝不抱信心。与他交谈过的人都不支持叛军，但也告诉他“他们不爱当今王朝，或对当今王朝的稳定不抱信心”。他说：“他们说那曾是个好王朝，存世已两百年，但曾作为其特色的美德和勇武，已因为奢靡和淫逸的生活而消磨殆尽。”“奢靡淫逸”正是一般人对咸丰帝生活的认知——整个国家逐渐崩溃之际，他却过着无忧无虑的日子，与后妃窝在圆明园里。从这个观点来看，英法摧毁圆明园不是帝国主义行径，而是上天的审判。
但那些北京精英（像曾国藩那样）不认为王朝的覆灭必然是不幸；王朝终会走到尽头，由更强大的王朝取而代之，那是天理之必然。这位医生写道：“他们认为它大限已到，天意要它亡，它不得不亡，它现在已是一蹶不振，即使复兴也不可能长久。他们说一蹶不振纯粹是构成它的诸多成员道德败坏所致。”巴夏礼往来长江途中，也在与他交谈的几位清朝官员那儿听到类似的言论。巴夏礼说，就连武昌的湖广总督，整个清朝文官体系里最有权力的官员之一，“似乎都觉得它超乎历代王朝平均值的国祚，乃是造成它衰败的足够原因”。那位总督告诉巴夏礼：“朝廷之弊在于……体制的全然虚假，在北京未先改革之前，要在诸省追求改革，乃是徒劳。”那位总督只是长江流域里发出类似看法的诸多官员之一，而巴夏礼觉得，“这个时期的不幸迹象之一，乃是有那么多位高权重之人愿意承认局势败坏，却提不出对治之道，并且对这样的结果，除了诉诸宿命，未提出别的说法来解释”。
* * *
刚无奈接受安庆失陷的太平天国，尚无力进军北京，但满清皇帝之死，让他们在重整旗鼓之际士气复振。英王陈玉成被切断与皖北残部的联系，但李秀成部这时在东边攻城略地，几乎所向披靡。启程展开那场最终功败垂成的西征之前，李秀成已攻占上海以西和以北的江苏省大部；这时，结束经江西和湖北的征途东返，他将用兵矛头指向江苏南边的浙江。浙江是大清帝国人口第三稠密的省份（次于江苏和安徽），在面积稍小于肯塔基州的区域里，住了两千六百万人——几乎相当于当时美国全国人口。
李秀成规划攻占浙江时，愈来愈不理会洪仁玕的意见。洪仁玕身为总理，负责协调诸王意见，批可诸王的行动。但洪仁玕不想拿下浙江，至少当时还不想；他想要安庆，即使该城已经失陷，他仍坚信李秀成和陈玉成能够再次出征，将之从曾国藩手中夺回。控制长江仍是他巩固中国南方这一战略构想成败的关键，他不愿放掉长江。那年秋天，他从南京致函李秀成，求他停止攻打浙江，带兵再溯长江而上，继续与曾国藩周旋。洪仁玕在函中告诉李秀成：“夫长江者，古号为长蛇，湖北为头，安（徽）省为中，而江南为尾。今湖北未得，倘安徽有失，则蛇中既折，其尾虽生不久。”李秀成回函道，安徽首府安庆今已无望，他不愿离开浙江。洪仁玕大怒，但束手无策。
洪仁玕将长江喻为长蛇，以湖北省会武昌附近为蛇头，上海附近为蛇尾，乃是自古即有的战略原则，曾国藩也服膺此一原则。该原则不仅强调武昌与安庆居于上游的优势，而且强调应控制广大的内陆农业生产区，即在此前诸王朝眼中比海盗为患的沿海地区远更重要的地区。但这个古老原则未能说明十九世纪上海和其他沿海通商口岸前所未见的经济发展，也未能说明海上贸易在取得武器和补给物资上的新重要性。李秀成认识到如今在东部可赢得的财政和军事资源，远多于过去，因此，尽管洪仁玕力劝他再攻安徽，他仍坚守巩固富饶且人口稠密的华东诸省的计划，太平天国的整个战略重心随之移到东边。
洪仁玕败战桐城回来之后，整个变了一个人。飘飘然的统兵作战滋味、桐城战败的经验、他的运动一直未得到有力的外国支持，三者和合，促成他性格中较阴暗的一面显露于外。他的反清宣传，仇恨之意更浓，他与其他诸王更为不和。而他不在南京期间，权力结构——一如他所担心的——已有了微妙但重大的调整。他回南京时，天王已下旨，群臣的奏折不再需要干王盖印才转呈天王，因此他不再是洪秀全与外面世界之间唯一的斡旋者。天王的儿子洪天贵福这时已获擢升到仅次于其父亲之位，地位高于洪仁玕。洪仁玕仍是掌理对外关系的总理，仍主掌朝政（其他诸王前来他的王府议事，而非他去其他诸王府议事），但他不再是太平天国指挥体系里公认的第二把交椅。这一贬职，再怎么微不足道，都令他耿耿于怀，而且忠王不甩他命令一事，尽管将在外君命有所不受，但仍意味着干王在整个指挥链里的地位已不再如过去那么明确。
至少在外国人眼中，洪仁玕仍和过去一样令人激赏。富礼赐，也就是来南京搜捕英籍佣兵的英国领事馆官员，在停泊于长江上的一艘小船上度过数月，洪仁玕从战场回来后，富礼赐与他会晤。富礼赐说洪仁玕是“我所见过最有见识的中国人”，并宣称“如果整个太平天国都是这样的人，中国很快就会是他们的”。英国皇家炮兵上尉布拉基斯顿（Thomas Blakiston）记下富礼赐的话，然后以那些话为基础写成一本富有影响力的书。书于来年在伦敦出版，名叫《长江上的五个月》（Five Months on the Yang-tsze）。此书有助于英国阅读大众了解干王，让他们觉得他或许能使太平天国治下的中国步入开明之境。这本书谈不上在为太平天国本身辩护，而且富礼赐觉得南京有许多令人遗憾之处；但他也看坏清朝，称清朝的腐败是“全国性痢疾”。
富礼赐判定，英国唯一能做的事是冷眼旁观，让这场内战自己打完。英国人必须从大局着眼，从大局考虑，外贸短暂受损或传播基督教之类问题都无足轻重。他主张，中国得走过动乱期，新秩序才有可能出现，“但愿英格兰或法国不要干预打得正激烈的内战，以免局势更乱！”富礼赐未表态偏于哪一方，但他坦承令他有好感的是叛军，他待在南京期间叛军待他“客气”、“着实谦恭有礼”。他告诉布拉基斯顿：“和一群人生活在一块，必然会对他们感兴趣，而且喜欢上他们。”
但洪仁玕不在京期间，太平天国遇到几个外交挫败。最令人头痛的是何伯与巴夏礼的无理要求：在这一年结束之前，太平天国不得进入上海方圆五十公里内，或许还不得进入其他通商口岸的方圆五十公里内。但即使撇开这些官方接触不谈，传教士圈子里支持太平天国最力的人士，已有一些人在洪仁玕出征期间放弃在南京居住的计划。艾约瑟于三月第一次前来南京，也就是洪仁玕出征后不久。艾约瑟对南京的初步印象，和前一年秋天杨格非的印象一样正面。他写信给妻子艾珍道，叛军首都“居高华美”，天王似乎是“在宗教问题上可以说得动的人”。
但因为一些简直是枝微末节的原因，艾约瑟搬到南京的计划告吹。天王给他南京一栋房子供他的传教团居住，但房子稍小——挤两家人太小——艾约瑟夫妇找不到愿意和他们一起共挤在这么小间房子的另一对传教士夫妇。洪仁玕出征在外，南京城里没有人为他们争取较好的房子。艾约瑟不愿丢下年轻妻子一人在上海，但如果他们单独住在南京，没有其他传教士做伴，他出去传道时也没人陪她或保护她。“大家都觉得那样不妥，”艾珍写给老家父母的信上说，“我无法长时间落单。”而且她身体虚弱，艾约瑟（与许多传教士同僚不同）不是医生。她担心她时时需要人陪伴，“必会牵制到他工作”。
于是他们打消在南京居住的计划，决定改去天津。在那里，他们能得到仍驻守该城的英军协助，而且天津已是通商口岸，他们能租到自己中意的房子。艾珍不必担心没有英国人陪伴，而且他们希望能获准在北京附近设立传教团。但那年夏天，艾珍以二十二岁芳龄死于发烧和腹泻，这些希望终将成为泡影。艾约瑟为她换上结婚礼服，将她葬在天津。
同样在那几个月期间，杨格非也决定不住南京。他于一八六一年四月，洪仁玕与李秀成都出征在外时，第二次来到叛军首都。他觉得南京城安静到像个死城，几乎见不到老百姓。所有店铺都奉天王之命歇业，只因为他愈来愈疑神疑鬼，担心清廷间谍乔装成商人潜入南京。在杨格非眼中，人民似乎害怕他们的统治者，天王性情变得更为多变难以捉摸；晚近就有几个店铺老板不顾他的禁令开张营业，结果遭草草处死。但杨格非会晤的太平天国诸领袖仍欢迎他的到访，表示希望他留下来传道。但除了不安于南京的情况，他还担心他从上海洋人身上察觉到的对叛军的敌意。有位货运业者拒绝载杨格非的同事艾约瑟到南京，说“他绝不会帮忙送他去和这些‘匪徒’（worthless fellows）在一起”。许多洋人怪叛军干扰丝与茶的贸易，而这位货运业者正代表了他们的心声。有鉴于此，杨格非担心他若住在太平天国领地，会得不到支持或与洋人圈子断绝联系。
最后他选择到武昌对岸的汉口设立传教团，即一八六一年三月何伯和巴夏礼已开辟的通商口岸。八月他乘汽船抵达汉口时，下游打了许久的围攻安庆之役正步入尾声，汉口则牢牢掌握在清廷手中。英国在汉口派驻了领事（把李秀成的信留住未发的那个人），而且汉口有定期邮寄服务，因而他觉得长远来看汉口比南京安全。但在汉口，他未感受到在南京那种无偏见的开放和好客，毕竟在南京，天王亲自对他下了欢迎外国传教士的诏旨。汉口和武昌以曾国藩的追随者居多，他们对洋传教士似乎毫无好感，与叛军的态度截然相反。曾国藩把清朝和太平天国的战争称作本土儒家与外国基督教的战争，从这个观点来看，传教士正在宣扬叛军的教义。因此，仇视基督徒渐渐成为湖南人引以为傲的特点。杨格非在汉口与某个湘军将领共进早餐时，就体会到他的传教士同僚在曾国藩势力范围内的省份将面临的处境。那名将领吹嘘过“湖南的军事伟业和湖南人的勇武”后，向杨格非解释道：“不担心他们会相信耶稣，耶稣的宗教不可能会在那个著名省份扎下深根。”
洪仁玕等人不在南京期间，至少罗孝全继续待在那里，住在干王府二楼套房。但比起初来时，这位白发浸信会教徒更加困惑于自己的职位，而据访客所说，他仍对谒见洪秀全时不得不下跪心怀不满（事后来看，那是他唯一获准拜见天王的时期）。他也抱怨太平天国领袖不愿接受他的宗教指导。但他继续在英文报纸上为叛军辩护。一八六一年三月，即洪仁玕离京去招兵的两星期后，罗孝全投书上海《北华捷报》，驳斥某些人所谓太平天国只能打天下、无法治天下的说法。“现在不是谈和平的时候，”罗孝全写道，“在杀光‘妖朝之人’以前跟他们谈和平，就好比在杀光亚哈全家之前跟耶户谈和平。”
罗孝全为太平天国继续兴兵反清辩解，招来英语报纸主编的嘲笑，尽管随之常招来支持他的人的激烈反弹。《北华捷报》于一八六一年九月刊出一篇社论谴责他，但在收到——用那些主编的话说——“我们不得不承认比我们所认知的更大大赞同他的来信”之后，该报几乎立即又刊登一篇社论收回前述意见。《德臣西报》指罗孝全从“既不明智且站不住脚”的角度来看待叛军，指他主张他们拥有的“消灭反对者的权利和义务，就和神权统治下的犹太人所拥有的权利和义务一模一样”。但他们全文刊出他的投书，而那些投书辗转传入了英语世界。特别是在美国，他的投书引起热烈的反应，替太平天国赢来普遍的支持，因为罗孝全是他们自己人。
罗孝全的观点是《旧约圣经》的硫黄烈火观，把太平天国视为在替上帝惩罚罪人。他在一八六一年七月投书《德臣西报》说：“革命，特别是内战，不为一般人所乐见，也肯定始终不为一般人所乐见。”但在中国境内的暴力行动背后，他看到有个“更高的力量”在运作。“上帝未冷眼旁观这场（太平天国）运动，”他写道，“上帝说过，‘哪一邦哪一国不事奉你，就必灭亡。’”罗孝全表示，当前在中国进行之事，不折不扣是上帝对不愿事奉他的清帝国——甚至是中国历代王朝——的惩罚报复。罗孝全深信，一如约书亚消灭迦南人，太平天国也是在遵奉耶和华摧残满清帝国的旨意。最后，他为这场战争的发起给了极尽冷血的理由，断言：“从最崇高战争的角度来看，如果杀掉这国家一半的人，将使另一半的人得以认识何为正义，那其实不是比维持现状来得好吗？”
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清朝皇位的五岁继承人是咸丰帝妃子叶赫那拉所生。叶赫那拉是年轻貌美的满族女子，十五岁时就被咸丰帝选入宫中为妃，二十岁时生下一子。咸丰帝所生的小孩，只有两个活过一天，那个儿子是其中之一（另一人是女儿，无权继承皇位）。男孩成为皇位的当然继承人，年轻的叶赫那拉在宫中的地位，顿时由第三级妃嫔“贵妃”升格为皇太后，级别与已故皇帝的皇后相当。后来叶赫那拉以她皇太后的徽号“慈禧太后”名闻中外。日后，慈禧太后将和英国维多利亚女王并列十九世纪世界上最有权力的女人；但在此时，她身为新皇帝生母的地位，仍是有名望而无实权。
至于真正的权力转移，咸丰帝于临终时指派八名他最亲信的满人大臣——肃顺、载垣、穆荫、端华和另外四人——辅佐他的幼子。照传统做法，新皇帝太年幼而无法主政时，由一名或多名顾命大臣总摄朝政。顾命大臣通常是已故皇帝的兄弟或堂兄弟，将代幼皇帝掌理朝政，直到他成年为止。清初两位年幼皇帝就经过这样的摄政过程，但当年的经验告诉后人，必须交出大权时，顾命大臣通常不想放。清初那两位皇帝成年后，都发生险恶的权力斗争。但由于咸丰帝继承人年纪特别小，肃顺等八位顾命大臣可望掌理朝政至少十年，才会受到成年皇帝挑战。
这些大臣正是当初随咸丰帝避难承德避暑山庄的那些满人大臣，属于朝中主战派，痛恨洋人在国内出没。他们希望废除新签的条约，觉得恭亲王奕对洋人太软弱。他们主掌朝政之后，恭亲王为新设的总理各国事务衙门所拟的计划——亦即竭尽所能安抚洋人，同时集清朝仅余之力对付太平天国——能否施行，随之出现问题。但对曾国藩来说，他们掌理朝政是件好事，因为他在朝廷的最大靠山肃顺是顾命八大臣之首。事实上，立皇太子由八大臣辅政的谕旨，就是由肃顺代写；咸丰帝临终时非常虚弱（官方档案如此记载），无法提笔亲写谕旨，于是由他口述，交他最信任的大臣写下。
对顾命八大臣权力的唯一牵制乃是两位皇太后：叶赫那拉和咸丰遗孀慈安皇太后。咸丰死前给了她们各一枚代表皇权的印章。以小皇帝之名发出的任何谕旨，都必须盖上这两个印章才算合法。谕旨将由顾命大臣拟制，但两位皇太后拥有印章，实质上拥有否决权。较年长的慈安皇太后一如预期，恭顺好说话，但八大臣很快就发现，叶赫那拉不想事事照他们的意思办。随着她申明自己的独立地位，扬言撤回对他们决策的批可，清一色男性的八大臣和新皇帝生母之间的关系开始变得越来越紧张。
十月下旬，咸丰帝梓宫终于运回北京时，双方的紧张关系白热化。护送梓宫的行列浩浩荡荡，皇上遗体放在棺材架上，由一百二十人抬着。身为顾命八大臣之首，肃顺护送皇上遗体，其他大臣先行，以便梓宫抵京时迎接送葬行列。两位皇太后与先发队伍同行，在门帘紧闭的大轿里护佑小皇帝，小皇帝安稳地（且具象征意义地）坐在他生母大腿上。其他顾命大臣就在前面，伴随她们而行。先发队伍于十一月一日抵京，受到大批身穿白色丧服的文武官员和众多好奇民众迎接。那天天气很好，凉爽晴朗，万里无云。
两位皇太后比肃顺早一天抵京，迅即有所动作。她们一抵京，恭亲王就带了一支卫队前来觐见。走在两位皇太后前头的其他顾命大臣想阻止他接近小皇帝，一如先前他们阻止他觐见逃难的皇兄。但这时京城是恭亲王的地盘；与英法交战之后，他恢复了北京的秩序，很得民心，而且改组后的北京卫戍部队效忠于他。诸位顾命大臣想阻止他靠近小皇帝，恭亲王扬言谁敢阻拦，他的卫队就不客气，于是如愿见到皇帝。
在避暑山庄时，两位皇太后就已和恭亲王的弟弟秘密会晤了数星期，这时候双方——拥有皇上印章的两位皇太后和在京城有权有势的恭亲王——则照着先前谈定的计划行动。恭亲王陪她们进京，随侍在侧。那天下午，肃顺仍在护送皇上灵柩途中，恭亲王召集群臣，宣读经两位皇太后盖印、以小皇帝名义发出的圣旨，指控肃顺等大臣叛国。不久，他又拿出另一道圣旨，下令逮捕他们治罪。当天晚上，恭亲王的弟弟率领一支满人卫队驰往肃顺扎营处，在帐中将其逮捕。其他顾命大臣在各自的北京住所被捕，恭亲王将圣旨公告于京城各处。
加诸八大臣的诸多罪名，主要围绕着那场丧权辱国的对外战争来铺陈，其中一条指控八大臣以卖国建议误导咸丰帝，导致清廷与英法兵戎相向。圣旨指责他们劫持巴夏礼等特使，因而失信于英法联军，招致额尔金挥兵入侵京城。除了要他们为洋人入侵一事负责，这道圣旨还指控他们违反皇上本身的意愿，阻止皇上回京。最后，慈禧太后个人指控他们假造那道指派他们为顾命大臣的遗诏。她宣称咸丰帝死前那一天，她一直待在皇上床边，说他身子弱得无法开口讲话，更别提口述遗诏要臣子写下。
案子很快就审毕定谳。不到一星期，宗人府（审理宗室贵族案件的司法机关）就裁定顾命八大臣犯了上述所有罪行。其中五人遭革职，发配西部边疆。三位高阶成员——载垣、端华、肃顺——被判死刑。慈禧太后特赐年长的载垣和端华以绢自尽，以彰显她的仁慈，但那其实只是象征性的恩赐；他们事实上被吊死在宗人府的地牢里。对她的头号对手肃顺，她就没让他这么好过。十一月八日下午两点，在众多民众围观下，他在北京菜市口被砍头。
下令逮捕顾命八大臣的那道圣旨，还以小皇帝的口吻要求她的生母慈禧太后应亲掌朝政，应从最高阶亲王中择一或多位大学士辅政。于是，以恭亲王为首席军机大臣，慈禧成为清朝的新统治者。
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洪仁玕返回南京后，继续和来京的传教士会面，尽管他已开始厌倦于讨好他们。大部分传教士远不如杨格非与艾约瑟那样有手腕或老练。赴中国传教虽是去解救众生，却也是危险工作，投入这份工作的洋人中，狂热分子和品性可虑者占的比例特别大。在上海租界，有许多人（即使不是大部分人）瞧不起生活在他们周遭的传教士；有位年轻美国人在家书中写道，传教士“到处可见，但很抱歉，我得说他们的名声不如在国内那么好”。有位英籍海关官员参加了一场教会礼拜式，礼拜式“由为了看来较崇高的职业而放弃补鞋匠工作的某人”带领。事后他在日记里写道：“国内找不到更高尚的人来传教，实在令人遗憾。”
