但荒芜亦非全然是坏事。不管曾国藩是否积极支持焦土政策，他在大地的荒芜凋敝中，的确看到了对他平乱的助力，那是异时异地的其他人也会看到的助力。在一八六三年四月十四日的奏折中，他描述了皖南的破败。“黄茅白骨，或竟日不逢一人，”他写道。而如此荒芜惨状，最令他忧心之处乃是粮食无着落的叛军可能试图脱身，往西南窜入江西。
同时，他解释道，这种形势有许多可喜之处。叛军倚赖他们所在地区农民的支持和接纳来存活，而饥荒将引发冲突。人民将会离开太平天国控制区周边的区域，如烟一般消散，使他们失去支持者。农民如无种子，不得不弃田而去，使叛军无物可食。他写道：“贼行无民之境，犹鱼行无水之地，贼居不耕之乡，犹鸟居无木之山，实处必穷之道，岂有能久之理。”因此，他认为，这种破败凋敝最终将使叛军无法生存。
* * *
经过几个月不动声色的准备，一八六三年六月十三日，曾国荃终于在一次夜间突袭中拿下雨花台上的石造要塞。他拿下这个据点只损失少许兵力，但想方设法为弟弟表功的曾国藩上报朝廷，说有六千叛军守军死于此役。拿下这座小山之后，曾国荃就在实质上封住了南京南城门。从雨花台上曾国荃的新制高点望去，叛军首都如一只巨大的象棋盘展开于山下。包围游戏自此真正展开，而他哥哥曾国藩，在安庆的寝室里下着他乐此不疲的围棋，小心翼翼落子，筹谋接下来如何围住南京城，切断所有逃路，结束这场较量。
南京城西门和最北的城门，面向呈东北走势流经该城的长江。长江对岸，与南京城遥遥相对之处，坐落着数座巨大的太平军要塞，扼守流经南京、宽逾一·五公里的长江段。六月三十日，湘军水师猛攻这些要塞。水师利用强劲侧风，派出一波波舢板，舢板顺着水流，迎着逆风，抢风而上，然后发炮，调头，敞开船帆顺风往上游走，脱离敌军射程，如此井然有序地环行攻击。太平军岸边炮台朝着绕圈而行的舢板开炮，杀死杀伤两千多名湘军水兵，但最后要塞被攻陷，所有守军遭屠。湘军完全掌控长江与南京西北隅交会处的江面，叛军再也无法渡江到南京北边。南京城西侧诸门对他们来说已经没有用处。
江边要塞被攻陷之前最后一位渡江的太平军将领，是结束北征而于六月二十日返回南京的李秀成。他于一八六三年二月，即未能拔掉曾国荃在雨花台的营垒而退入南京的三个月后，率兵离开南京，欲突破皖北湘军，为首都开辟一条新补给线。他在荒芜的安徽四处寻觅，结果和鲍超一样徒劳无功，而在这趟征途中，他的官兵挨饿，苦不堪言。他们惨到吃草，却一再发现他们攻打的城市有补给充足的湘军部队守着。他们遭守城湘军击退，付出惨重伤亡。曾国荃在李秀成不在南京时攻下雨花台要塞的消息，则是促使他决定结束此次任务的因素。一收到这个消息，李秀成即调头直奔京城。六月二十日他回南京时，江北要塞尚未失陷，他的部队分成数个梯次，花了十天陆续渡江，而据他的估算，渡江回来的部队比二月他带离南京时少了十万。但他一回到身陷围城的天王身边，就不得不再动身离去，因为受到李鸿章部威胁的苏州和受到左宗棠部攻打的杭州，需要他去救援。要打的战场太多，而统兵官太少，资源也太少。
控制长江使湘军控制了南京西侧诸门，而由于最南边的城门被他弟弟在雨花台的营垒封锁，曾国藩转而将重心放在南京城北面和东面。一夺下江边要塞，曾国藩即派鲍超渡江到南京城下，围攻神策门，即该城北侧主要的内陆门，结果未能得手。鲍超军营暴发疫情，而且皖南和江西的湘军也派人来求援。这两地的湘军守军正与从浙江往西逃的太平军交手。曾国藩不得不将鲍超撤离南京，派他回安徽，这道城门因此得以继续通行。
一八六三年整个夏天和秋天，曾国荃部继续往外拓展，陆续攻下十个有重兵防守的桥梁和关隘，从而掌控了南京城东南边的出入道路。十一月，他派一支特遣队往东北，到南京正东边丘陵上的明陵所在地，要部队建一道约五公里长的土垒连接他的东南边阵地，借此几乎完全封锁南京往东的通路。在南京城东侧，唯一仍未被封锁的城门是太平门，出太平门往东约三公里，即是湘军设于明陵的营垒。该处城墙外，陡峭的钟山往南京城迤逶而来，山坡上有两座设了重兵的太平军要塞拱卫太平门。钟山面朝南京的那面山坡名叫龙脖子，设在龙脖子顶端的要塞是天保城，设在龙脖子底部的要塞是地保城。到了一八六三年十二月，太平门和拱卫该门的两座要塞，还有南京城北面鲍超弃攻的神策门，乃是南京全长约三十七公里的城墙上尚归叛军控制的点。
南京城内平静中透着恐惧。只剩两座城门还未遭封锁，因而只剩两条路可以出城，粮食供给因此受限，几乎没有人车进出城。城内住了约三十万人，其中三分之一是军人。十二月苏州落入李鸿章之手后，李秀成再回南京，面陈天王南京无法守住，恳求天王放弃京城，转进江西。天王不肯，愤愤指责他没有信心。天王的固执不可理喻，但李秀成不愿抗命，于是他开始动员城内居民为长期受围做准备。但这么大的城里人口这么少，这就给了一条生机。在他的命令下，城内居民开始在城内北部辟地耕种。只要辛勤干活，他们能种出足够他们吃上好一阵子的食物——如果守住城墙，或许能永远粮食无虞。但受困的社会里人心浮动。洪秀全的疑心病愈来愈严重，就连他的族弟洪仁玕都压不下他失去理智的残酷暴行。人民提心吊胆，生怕受到他没来由的怪异刑罚。与城外之人通信，就遭用石头砸死或公开活活剥皮。
要不是他们知道安庆老百姓的下场，或许会有更多人逃出城，恳求官军允许他们薙发，回到清廷那边。到了十二月下旬，他们也知道苏州投降诸王的下场。他们的判断很明智。接下来几个月，南京将数群妇女送出城，虽然她们没有立即被杀，却面临更未卜的未来，被“送”给农民当老婆。但就连那样的宽大处理都将成为绝响。一八六四年晚春，曾国藩会劝曾国荃勿再让妇孺逃出城。他解释道，迫使叛军供养城内全部居民，将使他们更快饿死。他不希望他弟弟在无意间让任何叛军家眷活命。
由于英王已死，忠王疲于应付多个战场，洪仁玕再度身不由己领兵作战。有鉴于南京城出口被一个个截断，天王要他出城到附近领土招兵，回来解南京之围，但就连作战资历浅薄的洪仁玕都察觉到形势已变。具群众魅力且能征善战的英王一死，南京即失去北边及西边安徽境内的安全屏障，失去英王，京城守不住从北方来犯的敌人，无法重新打开过江渡口和过江后往北到浦口的道路，而在前一次南京被围期间，浦口是他们最重要的出口（当年李秀成攻打杭州，借此解了南京之围，他就是从这时他们已无法控制的那个渡江口出发进向杭州）。没有将领可以替补英王之位，他在世时，庞大部队欣然跟着他四处征战，如今他已死，他的部队已经解散，或返乡，或往北加入捻军，或投降清军。洪仁玕被捕后在供状里写道：“英王一去，军势军威同时堕落，全部瓦解。”雪上加霜的是，消息传来，就连翼王石达开也在夏天率其叛离部队在四川降清，盼他前来解救南京的希望也落了空。
洪仁玕于一八六三年圣诞节隔天启程离京，留下兄长与妻儿在南京。他先到东边约八十公里处的丹阳，即一八六○年清军绿营主帅张国梁丧命之处。丹阳守城主将说没有多余的兵力可供洪仁玕带回南京，于是洪仁玕继续上路，欲前往更东边约五十公里处大运河沿岸的常州。就在这时传来常州已落入李鸿章部之手的消息，他不得不留在丹阳过冬。春天到来时，他往南进入浙江，位于省会杭州北边约八十公里的湖州城仍由太平军固守。
一八六一年洪仁玕出京招兵时，几乎不费吹灰之力就可招到兵员——只要插上他的旗子，写下他的诗，然后等，就有成千上万人前来投奔于他，跟着他上战场。但那种盛况已成过去。在丹阳和湖州，他只看到势弱，而非强大有自信。守城主将担心会遭刚攻下苏州与常州的官军攻击。士兵担心粮食不足，不愿离开较安全的驻地，跟他回京。他于是妥协，决定暂时在湖州住下，并向守城主将承诺，他会在那里跟他们一起等到九月，届时南京收割的新谷物可供养他们所有人，他们就能一起回师京城。
这个时候，新兵员的加入使湘军兵力成长到前所未有的规模。到了一八六四年一月，南京已有五万湘军。曾国藩辖下的兵力约十二万，其中约十万是陆师，其余属水师。除了他弟弟在南京统领的五万人，还有两万人守皖南，一万人守皖北，一万三千人跟着鲍超四处征伐，一万人驻守在安徽与苏州之间。而这还未计入李鸿章的淮军。淮军拿下苏州后，从东边进向南京，以秋风扫落叶之势接连攻破有城墙环绕的无锡与常州。此外也未计入浙江境内一路打向杭州，准备从南边攻向南京的左宗棠部。各路部队逐渐往南京汇集。
兵力扩大的同时，清军继续出击。一八六四年二月，曾国荃部终于拿下龙脖子顶端的要塞天保城。叛军仍据守龙脖子底部的地保城，守卫龙脖子与城墙交会之处。但拿下天保城后，清军支配了战场，他们能在神策门与太平门旁边设立营垒而未遇到什么抵抗。这最后两个尚能通行的城门一旦遭到包围，南京城就完全断绝与外界的联系。不久，三月三十一日，左宗棠部在来自宁波的法、华混编部队支援下，拿下浙江省会杭州。该城守军残部逃到北边约八十公里处的湖州，与洪仁玕一同在那里避难，直到夏天结束。散布于浙江境内各处的其他叛军部队开始放弃浙江，往西溃退，进入江西。由于失去杭州与苏州，太平天国在东部再无掌控的大城。京城失去救援管道，只能在被围中独力苦撑。
* * *
曾国荃做了个梦，梦到他攀爬一座高峰，但爬到峰顶时，找不到可再往前走的路，于是调头。但调头时，发现后面也没有路。三月底某个阴郁的雨天，他把这个梦告诉部属赵烈文，难过地说这恐是不祥之兆。他部队的粮草几乎用尽——因为事实渐渐表明，乡间的残破凋敝，不利于围城的湘军更甚于守城的敌军。尽管他们的长江补给线仍然畅通，未遭遇敌人争夺，到了一八六四年春，他们已无法从补给线得到大量食物。士兵完全靠稀饭活命。他担心他的营官会因为愧于无法给士兵更好的给养，而不再维持营中纪律。曾国荃向赵烈文透露：“目下食米将罄，采办无地。更一月不破城，必成瓦解之势。”
城内是不同的光景。四月时，南京北端的大片土地已一片新绿，守军撒下的第一批小麦种子，已从新耕土壤冒出幼苗。相较于周边方圆数百公里的荒芜，这里是丰饶与耕耘的绿洲。一名湘军水师提督透过望远镜远远看到他们辛勤耕种的成果，心中既羡慕又苦楚。就在城内叛军期盼丰收之日时，那名水师提督却担心若不尽快攻下南京，他底下的官兵会饿死。
曾国荃部苦撑到初夏，但来自北京的压力开始升级，清廷渐渐不耐于久围无成，要求拿下南京，不得再拖延。但曾国荃想独占收复南京的功劳，因此不接受调李鸿章淮军来南京助攻的建议。身为全军统帅，曾国藩既想取得胜利，又担心他弟弟一味顽拒援助，南京湘军会因补给短缺而瓦解，为此不知如何是好。他痛斥弟弟爱慕虚名，六月十九日写信给曾国荃说道：“何必全克而后为美名哉？人又何必占天下之第一美名哉？”曾国藩比弟弟更了解北京宫廷政治，毕竟他弟弟未在朝廷待过，因此他最后还是邀李鸿章前来合力攻打南京——心知若不这么做，将招来他曾家把个人野心置于国家利益之上的指责。李鸿章体谅恩师的尴尬处境，很礼貌地找了个不便前来的借口，让曾家得以继续独力攻打南京，同时化解来自朝廷的批评。
这时，曾国荃在南京的围城工事范围，已大到令人咋舌的地步。湘军建造了一条约五公里长的补给道路，从长江江岸穿过湿地抵达距曾国荃的雨花台大营不到三公里的硬质陆地。常胜军解散后，戈登以百姓身份去了雨花台拜访曾国荃，从雨花台顶上的瞭望台凝望下方南京城里悄然无声的千门万户，他看出如果攻破城墙，将不会受到什么抵抗。他指出：“城墙连绵数英里都无人防守，只在零星地方见到单单一人，而那人若要得到支援，也在数英里之外。”城里一片寂静，“死寂”笼罩这座大城市。
放眼望去，一道道壁垒围住叛军首都：木造胸墙连绵数公里，中间穿插众多营垒——共有一百多个——每个营垒里面有数百官兵。在某些地方，营垒逼近城墙，近到距离只约一百米，但没人从城墙上往这些营垒开枪。事实上，这些营垒里洋溢着宁静和休息（有人会说是无聊）的气氛。富创业心的当地人搭起简陋店铺，卖商品给军人。没有明显可见的哨兵。并不是湘军士兵懒，而是眼前除了等待，没事可做。真正的工作在地下进行，外面看不到。
湘军缺乏能击穿城墙的火炮，因而靠较古老的办法来攻破有城墙围绕的城市：挖地道通到城里。曾国荃的坑道兵在城墙周边挖了许多个坑。在护城河中断处或护城河离城墙够远而他们能在河岸内开挖之处，他们先往下挖约四五米深，然后开始横向朝城墙挖。但在有护城河保护城墙的地方，他们就得斜斜往下挖到二十七米深处，以安全绕过河底。为不让偶尔出现于城墙上的观察员发觉，他们在开挖处的前面匆匆造起围桩，但随着地道愈挖愈长，坑道兵运出的土石也愈堆愈高，最后高出用来遮住开挖口的围桩。此外还有个问题，即有些坑道距地表较近，随着这类坑道愈挖愈长，坑道上方地表的草变黄，从而留下一道泄漏坑道路线的痕迹，守军的观察员特别留意这样的痕迹。
地道宽约一·二米，高约二·一米，内部用木头和树枝搭起的架子支撑。如果上方无水，坑道兵就往上凿出通风孔，这虽可以防止坑道中的人窒息，却有可能引来敌方观察员注意。同时，太平军也在同一批观察员引导下，从城里往外慢慢挖对抗地道，一旦凿穿入城坑道的坑壁，他们即用风箱将坑道注满毒烟或灌进滚水或污水淹死敌人的坑道兵，毁掉敌方坑道。有一次，湘军坑道兵将地道挖到离城墙够近、适合引爆炸药之处，爆炸威力却不够，未能炸出足以让湘军进入的缺口。叛军随之在既有的城墙后筑了一道新墙，堵住受损的地方。
到了六月，湘军已在南京城周边三十多处挖了地道，坑道兵死了四千人，战事却毫无进展。但七月三日，湘军终于拿下南京城东侧龙脖子底部的地保城。一如南边雨花台上那座石造要塞，地保城居高临下俯瞰南京城，但位置更高更近，几乎碰到城墙墙面。拿到这座要塞之后，曾国荃部在龙脖子山坡上架设了一百多门炮，开始夜以继日不断炮轰城里。炮弹呼啸越过城墙，在城里的建筑和地面上炸开，吓得观察员和坑道兵急忙躲到安全之处。湘军开始用毛石、泥土和草束填补地保城与城墙之间的凹处，希望填到能直接走进城里的程度。在这些火炮的火力掩护下，在龙脖子底部的地底下，曾国荃最费工夫的地道愈挖愈长。
这条地道从距城墙约七十米处开始挖，主坑朝城墙直直挖去，每天前进约四·五米。接近厚近十五米的城墙时，主坑分为数支，每个分支独立开挖，每隔一段距离就在巨大的城墙底下凿出洞室。守军知道这条坑道，但龙脖子上的火炮不断发出地动山摇的炮火，使他们无法挖掘对抗坑道来反制。七月十五日午夜，李秀成率领数百名骑兵从太平门闪电出击，想攻破那条地道开口处的围桩，但被湘军逼回城里。三天后，这条地道几乎完成，曾国荃下令在城墙底下的洞室埋设炸药。这一次，由于经过多次失败而渴求成功，且担心朝廷已失去耐心，他决定炸药埋的愈多愈好，以求保险。于是他的部下在城墙底下埋了六千个布袋，共装有二十吨火药。
七月十九日正午，炸药引爆。一营四百名挑选过的精兵蹲伏在城墙旁的地上，紧握着刀，视死如归准备冲进突破口与敌人近身肉搏。他们后面一段距离处，龙脖子的山坡上，还有一千人准备跟着杀进去。导火索点燃，往下缓缓烧进坑洞，然后消失于漆黑的地道口。时间在焦急等待中一分一秒过去——先是五分钟过去，然后十分钟，然后二十分钟，三十分钟——导火索在不可见的地底缓缓往前烧，在粗糙的地道地面一路发出火花，最后像蜘蛛足般叉开变为数股，跑完最后距离，抵达多个目标。然后，一阵骇人的地动山摇，高厚的城墙被往外和往上炸开，再炸开，烟雾和石块在轰然巨响中蹿飞，先是遮蔽天空，然后落回地面，纷纷落下的花岗岩碎石，把蹲伏在城墙旁那四百人的前锋部队个个都砸成肉饼。但黑烟散去，露出他们不成人形的尸体，也露出城墙上一道将近六十米宽的缺口。
* * *
轰然爆炸声回荡至远处，列队于龙脖子上的湘军一声呐喊，开始往山下冲。他们高举着刀冲进城墙缺口，爬过碎石和死去同袍的尸体，和太平守军正面交手。第一批突破守军阻击的湘军部队，穿过城里宽阔的大街，手持地图，直奔天王宫。但李秀成抢先他们一步，先把洪秀全儿子幼天王送到别处。第一批湘军部队抵达天王宫时，发现宫里空荡荡悄无声息，非常诡异——因为天王已经归天。他在湘军攻破城墙的六个多星期前就已去世，很可能是病死，他们抵达天王宫时，洪秀全已经穿着龙袍入土（后来曾国藩开棺验尸，确定死者真的是他）。他们搞不清楚状况，向曾国荃报告幼天王已经自杀。其他部队从城内攻打各城门，赶走守军，开城门或架梯子，其他湘军部队随之从四面八方涌进南京城。
那天晚上湘军入城，到处一片混乱之际，李秀成挥泪和家人告别，带一小批部队，骑着马，领幼天王驰过南京街头，个个皆做湘军打扮。灿烂的落日余晖映于身后，他们往东冲过城墙突破口，强行闯过惊讶的岗哨，消失于暮色中。
湘军找不到李秀成，曾国荃恐慌陡升。他误以为幼天王和他父王一样已经过世，但如果李秀成逃脱，他知道他能在别处重整旗鼓，继续反抗。打了这么久的南京包围战将是白忙一场，这场战争将不知何时才会结束。但最后李秀成还是落入湘军之手。李秀成冲过城墙突破口，甩掉连夜追击的骑兵之后，把自己的上等骏马让给幼天王，自己骑驽马。驽马跑没多久就跑不动，不肯再前进。他于是要幼天王跟其他人先走，自己只带着两名骑马者在后慢行，然后在南京南边约二十公里处的一座荒山破庙里落脚。
李秀成一行人没有食物，没有计划，走一步算一步。当地一群农民在那里发现他们，得知李秀成的身份后，哭着跪在他面前求他薙发，以免被捕，同时想找地方让他躲藏。但那群农民里面也有人在弄清楚这个外地人的身份后，看准将他上缴官府可以发大财。其中两人（他称他们为“奸民”）抓住他，七月二十二日，即他逃出城只三日后，将他交给曾国荃部队。
幼天王行踪不明，但曾国荃终究抓到了忠王。他是清廷最想抓到的太平天国要员，太平天国最后一个骁将。没有他的领导，太平军残余势力或许会继续战斗、存活，甚至在帝国的偏远角落据地称王，但永远不可能卷起在他领导下太平军具有的那股气势。随着他的被俘，这场战争实质上已经结束。
南京陷落时，备受吹捧的湘军纪律完全瓦解。湘军士兵薪水微薄且只能勉强填饱肚子，离乡在外辛苦征战多年，终于拿下最后的目标之后，他们无视上级命令，肆无忌惮掠夺，使叛军首都沦为废墟。曾国荃公告禁止部队杀害百姓或掳走女人，但士兵无法无天烧杀掳掠时，统兵官视若无睹（有时候甚至帮助士兵这么做）。挡路的叛军全遭他们杀害于街头，较年轻的妇女被拖走，还活着的壮丁被强拉去当挑夫，帮他们将大批战利品——金、银、丝、裘、玉——运出城去。甚至有些进城调查劫掠情形的曾国荃个人幕僚，都遭四处为非作歹的成群湘军士兵抢劫和殴打。士兵先是放火烧王宫与王府，然后烧民宅，然后整个南京城好似全陷入火海。上升的烟雾屯结空中，成为紫红色云块，飘浮在残破的南京上空数日，直到七月二十五日下午一场暴雨，才终于将这座城市清洗干净。
曾国荃幕僚赵烈文于七月二十六日进城，瞠目结舌于城中所见。仍活着的叛军男子，似乎全在替湘军士兵搬运战利品或帮他们挖掘埋在地下的宝物。在他看来，这些人之后可能会获释或至少逃出城。但其他人不是。老人遭恣意杀害，无法替湘军士兵干重活的病人和体弱者亦然。他在日记里写道：“沿街死尸十之九皆老者，其幼孩未二三岁者亦斫戮以为戏，匍匐道上。”就他所见，城中留下的妇女无一人在四十岁以下。“老者无不负伤”。湘军士兵对他们严刑拷打，逼他们说出值钱物品的藏放处，因而身上“或十余刀，数十刀，哀号之声达于四远”。
他认为这一切无疑全是湘军所为。他在日记里列出他所知道参与屠杀和掠夺的几名曾国荃麾下统兵官的名字，怒不可遏地写道，他们“不知何以对中丞（曾国荃）？何以对皇上？何以对天地？何以对自己？”尸体腐烂于街头，臭不可闻，曾国荃下令各营至少将尸体拖到路旁，覆以碎土，这样至少城里还有路可通。
被掳出南京的数千名年轻女子下场如何，今所知无多，但至少有名女子为城陷后她个人的遭遇留下记录。她名叫黄淑华，十六岁。她说，士兵上门，“杀二兄于庭，乃入括诸室。一壮者索得予，挈以出，弟牵其衣，母跪而哀之。彼怒曰：‘从贼者，杀无赦，主帅令也。汝不闻也？’遂杀母及弟。长嫂至，又杀之。掠予行，而仲嫂则不知何往。时予悲痛哭詈，求速死。彼大笑曰：‘予爱汝，不汝杀也。’”
那名士兵把她绑起来，放上船，带她一起回湖南。他来自曾国藩的家乡湘乡，也就是曾国藩湘军乃至这整场平乱战争的发轫之地。如今，经过这么多年，曾国藩的子弟兵终于要衣锦还乡。一旦跟这个士兵回到他老家的村子，黄淑华将一辈子变成杀害他全家的仇人的妻子。有天晚上他们在客栈留宿过夜时，她把自己的遭遇写在一张纸条和一张帛上。帛贴身藏着，纸条贴在客栈墙上，然后找到机会杀了他，之后上吊自杀。
七月二十八日，曾国荃部突破南京城墙九天后，曾国藩从安庆来到南京，叛军首都终于落入他手里。对湘军的上层军官来说，虽然管不住部队，这仍是值得庆祝和品尝胜利滋味的一刻。曾国藩坐在轿子里，由曾国荃麾下军官带领绕着城墙走，向他讲述打赢的战役，带他参观遭到破坏仍在燃烧冒烟的地方。晚上是吟诗玩乐的时刻，喝酒唱歌的时刻，缅怀与遗忘交织的时刻。席开百余桌的盛宴，挤满军官、幕僚和部属，同时请人唱戏助兴。曾国藩得胜的消息一传到北京，朝廷立即以高位厚爵奖赏，京城静默，慈禧太后喜极而泣。
但慈禧太后远在异地；在南京城里，结束的是他的战争，而非朝廷的战争。曾国藩在南京攻陷报告里加了不实陈述，说有十万叛军在战场上丧命，夸大他家人和军队的功绩，掩盖他们洗劫和施暴平民的事。他细心筛滤上呈给朝廷的资讯。为此，抵达南京那一天，他就接管讯问李秀成之事。李秀成被俘一星期以来，湘军几位统兵官已从他那儿取得长长的口供，详述他的出身和这场战争的过程，说明他做过的战术决定，其中有许多决定是他们仍不清楚的。讯问之功落在曾国荃头上，他一开始就毫不掩饰自己对此事的兴致勃勃；他的主要工具是一把锥子和一把小刀。他命人从李秀成臂上割下一块肉，后来因为他人的劝阻才住手。
七月二十八日曾国藩接管讯问之事，互相闻名已久、鲍经风霜的内战双方主帅在战场交手多年，终于首度面对面：一边是肩膀高挺的曾国藩，眼神疲累的学者，长胡已转灰白，另一边是瘦而结实、戴眼镜的李秀成，木炭工出身的太平天国大将。但这里不会上演阿波马托克斯（Appomattox）的情景。两个战场对手首次照面，没有遗憾之情，没有惺惺相惜。对战败的李秀成来说，那绝不是和解的前奏，绝不是退出江湖、安度晚年的先声。这场战争不是以投降，而是以消灭画下句点。曾国藩将在接下来几个晚上花许多时间修改他对手的五万字供状，删除对湘军不利的段落，叫人誊抄全文，用线装订成书，上呈清廷，然后恣尔下令处死李秀成——尽管他知道清廷会命他将这名叛军将领活着押送北京。
* * *
洪仁玕最后一次出现于洋人面前是在湖州，时间就在南京陷落前不久。名叫内利斯（Pattick Nellis）的佣兵当时人在那里。他原是阿思本舰队的兵员，后来受诱投入太平天国军队，当时正在协助防守湖州城。那时是七月上旬，太平天国正到处显露败象，尽管湖州城一时之间还守得住。洪仁玕和另一个王在大会上向众人讲话，似乎讲了几小时。内利斯不会说中国话，不大懂他们的讲话内容，只听出几个他听得懂的地名：苏州、杭州，这是他们就要失去的地方；江西，这是他们就要逃往的地方。讲完之后，洪仁玕走下讲台，向他走过来。
他用英语和内利斯说话，但因为久未使用，说得缓慢且不顺。过去那种流利已经不见。毕竟已经很久没有传教士登门拜访，而且他很久没有用牛排跟葡萄酒款待洋人朋友，很久没有用英语对他们唱赞美诗，很久没有和他们一起回味过去在香港度过的美好时光，或令他们着迷于他对太平天国未来的美好憧憬。那个时代已成明日黄花。他的希望全都凋萎了。
他问内利斯是哪国人。
“英格兰人。”内利斯答。
“我碰过的洋人没一个是好的。”洪仁玕说。
十月上旬，他们终于追上他。李秀成于七月被俘后，洪仁玕离开湖州，接下保护幼天王的重任。在一群落魄士兵和骑兵护卫下，他们逃了将近三个月，一路逃到南京西南方超过六百五十公里远的江西省南部，距当年他初从南方往北走时越过的梅关只约两百四十公里。他们一路寻找安全的栖身之地，等到清军查出他们的逃亡路径时，他们已离广州和香港较近，离失陷的南京较远。最后，在江西石城东北方二十四公里处的偏远山区，他们结束了逃亡。当时，这支衣衫褴褛的逃难队伍由洪仁玕殿后。人困马乏，他们停下来过夜。直觉告诉他应摸黑循着乡间小径继续逃，但没有当地人能带路。近午夜时，他们突然遭到攻击。想必有个哨兵站岗时睡着了。清军突然掩至，他们来不及穿上盔甲或骑上马。洪仁玕只身徒步逃走，在夜里胡乱穿行于林间，进入漆黑的山里，最后来到两侧山壁夹峙之处，前方无路。身后也无退路。
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[1] Wilhelm Lobscheid，“The Taipings：A Visit to Nanking，and an Interview with the Kan-Wong，” letter to the Hong Kong Daily Press，dated June 10，1863；引于 Augustus Lindley（Lin-le），Ti-Ping Tien-Kwoh；The History of the Ti-ping Revolution（London：Day & Son，Ltd.，1866），pp.600-601（中译本见呤唎著、王维周译《太平天国革命亲历记》，中华书局上海编辑所，1962，第499～500页，《记太平天国的人们访问南京和会见干王（致《香港日报》编辑书）》。——校注）。
[2] 洪仁政第二份供词（洪仁政在南昌府供词，原题“南昌府提讯逆酋供”），收于罗尔纲、王庆成主编《太平天国》（桂林：广西师范大学出版社，2004），第二册，第437页；黄文英供词，英译自Franz Michael，The Taiping Rebellion：History and Documents（Seattle：University of Washington Press，1966-1971），vol.3，p.1534（英译供词内容系编者对照中文原文对《北华捷报》1865年7月22日载黄氏供词的校改版本，见同书，第1533页。——校注）。
[3] 《洪仁玕（南昌府）亲书供词》，英译自Michael，The Taiping Rebellion，vol.3，pp.1507-1530，quotation on p.1513（该供词内容系编者对《北华捷报》在1865年7月15日、8月5日、12日、19日洪氏供词英译连载的校改版本，见同书，第1510页。——校注）。
[4] 《洪天贵福亲书太平天国诸王名单》，收于罗尔纲、王庆成主编《太平天国》，第二册，第426～427页。
[5] （人肉）自每斤三十文增至一百二十文见曾国藩日记，同治二年四月二十二日条（1863年6月8日），《曾国藩全集》（北京：中国致公出版社，2001），第十卷，第3890页；Charles Gordon，letter to his mother，quoted in Demetrius Boulger，The Life of Gordon，2 vols.（London：T.Fisher Unwin，1896），vol.1，p.118.
[6] 曾国藩家书，同治二年四月十日（1863年5月27日），《曾国藩全集》，第七卷，第2702页。
[7] 曾国藩日记，同治二年四月二十二日条（1863年6月8日），《曾国藩全集》，第十卷，第3890页。
[8] 曾国藩奏稿，同治二年二月二十七日（1863年4月14日），《曾国藩全集》，第三卷，第1131页；英译引用见C.A.Curwen，Taiping Rebel：The Deposition of Li Hsiu-Ch’eng（Cambridge，England：Cambridge University Press，1977），第275页，述及对焦土战术的类似看法。
[9] 曾国藩奏稿，同治二年二月二十七日（1863年4月14日），《曾国藩全集》，第三卷，第1131页。
[10] 龙盛运：《湘军史稿》（成都：四川人民出版社，1990），第418页。
[11] 龙盛运：《湘军史稿》（成都：四川人民出版社，1990），第419页；Lindley，Ti-Ping Tien-Kwoh，第621～622页（中译本见呤唎著、王维周译《太平天国革命亲历记》，第516～517页）；郭廷以：《太平天国史事日志》（台北：台湾商务印书馆，1976），第999页，郭著所述日期为6月30日，说有两万守军遭歼。
[12] 龙盛运：《湘军史稿》，第419页；Curwen，Taiping Rebel，pp.138-140.
[13] 龙盛运：《湘军史稿》，第419页。
[14] John Lovelle Withers，“The Heavenly Capital：Nanjing Under the Taiping，1853-1864，” Ph.D.diss.，Yale University，1983，p.233；据其所述，南京城或只有守军一万余人驻防。
[15] Curwen，Taiping Rebel，p.140；李秀成自陈他于1863年12月上旬抵南京，并将李鸿章克复苏州归因于其不在城中坐镇。不过据洪仁玕南昌府第四份供词，李秀成是在苏州失陷后才返回南京。见洪仁玕《在南昌府之四——原题“南昌府提讯逆酋供”》，收于罗尔纲、王庆成主编《太平天国》，第二册，第414页。
[16] Curwen，Taiping Rebel，p.151.
[17] William James Hail，Tseng Kuo-fan and the Taiping Rebellion，with a Short Sketch of His Later Career（New Haven，Conn.：Yale University Press，1927），p.283.
[18] William James Hail，Tseng Kuo-fan and the Taiping Rebellion，with a Short Sketch of His Later Career（New Haven，Conn.：Yale University Press，1927），p.285.
[19] 曾国藩家书，同治三年三月二十四日（1864年4月29日），《曾国藩全集》，第八卷，第2800页。
[20] 《洪仁玕（南昌府）亲书供词》，英译自Michael，The Taiping Rebellion，vol.3，p.1527.
[21] 洪仁玕：《在南昌府之二——原题“南昌府提讯逆酋供”》，收于罗尔纲、王庆成主编《太平天国》，第二册，第412页。
[22] 洪仁玕：《在南昌府之四——原题“南昌府提讯逆酋供”》，收于罗尔纲、王庆成主编《太平天国》，第二册，第414页。
[23] 《洪仁玕（南昌府）亲书供词》，英译自Michael，The Taiping Rebellion，vol.3，p.1513.
[24] 洪仁玕：《在席宝田军营之二，原题“抄呈伪干王洪仁玕亲书供词”》，收于罗尔纲、王庆成主编《太平天国》，第二册，第401～405页，见第405页。
[25] 王闿运：《湘军志》，（长沙：岳麓书社，1983），第68页。
[26] 王盾：《湘军史》，（长沙：湖南大学出版社，2007），第175页。
[27] 王闿运：《湘军志》，第68页。
[28] 龙盛运：《湘军史稿》，第420页。
[29] 赵烈文：《能静居日记（选录）》，同治三年二月二十三日条（1864年3月30日），收于罗尔纲、王庆成主编《太平天国》，第七册，第227～228页；在同治三年四月十二日（1864年5月17日）某份奏稿中，曾国藩对湘军须在给养耗尽前攻克南京之必要性有几近相同的陈述。见王盾《湘军史》，第176页。
[30] 龙盛运：《湘军史稿》，第420页，引彭玉麟书函；戈登于1864年6月到访南京时，并未有关于（守军）屯田耕作的记录，但他其时在南京城南，而彭玉麟所确见耕种之事（亦由洪仁玕供词证实），必在城北端靠近长江处。戈登记述的影印版收录于Curwen，Taiping Rebel，pp.297-299，n.42.
[31] 曾国藩家书，同治三年五月十六日（1864年6月19日），《曾国藩全集》，第八卷，第2818页。
[32] Hail，Tseng Kuo-fan and the Taiping Rebellion，p.288.
[33] 常胜军解散后，戈登以私人身份造访雨花台的观感；引于Curwen，Taiping Rebel，pp.297-299，n.42.
[34] 赵烈文记述说通过雨花台护城河下的地道深七八丈（其时一丈约合3.58米），见《能静居日记（选录）》，同治二年十二月二日条（1864年1月10日），收于罗尔纲、王庆成主编《太平天国》，第七册，第212页。
[35] 王盾：《湘军史》，第176页；本段及随后相关内容亦见Jonathan Spence，God’s Chinese Son（New York：W.W.Norton，1996），p.324（中译本：史景迁著，朱庆葆、计秋枫等译《“天国之子”和他的世俗王朝：洪秀全与太平天国》，上海：上海远东出版社，2001，第509～510页。）
[36] 王盾：《湘军史》，第176页。
[37] 龙盛运：《湘军史稿》，第420～421页。
[38] 朱洪章：《从戎纪略》（台北：文海出版社，1968；1890年原版影印），第120页，说有六千布袋火药；王盾，《湘军史》，第177页，说有三万斤火药（约合18，000公斤）；至于总储备量，据同治三年五月五日（1864年6月6日）致曾国荃函，曾国藩说他刚运去火药四万斤，加上前此运去的五万斤和另外从上海运去的九万斤（总计120吨）。此信见《曾国藩全集》，第八卷，第2813页。
[39] 朱洪章：《从戎纪略》，第121～123页；王盾：《湘军史》，第177页；Curwen，Taiping Rebel，p.299.
[40] 曾国藩家书，同治三年六月二十九日（1864年8月1日），《曾国藩全集》，第八卷，第2831页。
[41] Curwen，Taiping Rebel，pp.154-155.
[42] Curwen，Taiping Rebel，pp.155～156.
[43] Jonathan Porter，Tseng Kuo-fan’s Private Bureaucracy（Berkeley：Center for Chinese Studies，University of California，1972），p.69，n.107.
[44] 紫绛色云，见赵烈文《能静居日记（选录）》，同治三年六月十七日条（1864年7月20日），收于罗尔纲、王庆成主编《太平天国》，第七册，第270页；赵烈文认为大火七成为湘军所放；下雨记载，见赵烈文《能静居日记（选录）》，同治三年六月二十二日条（1864年7月25日），第274页。
[45] 赵烈文：《能静居日记（选录）》，同治三年六月二十三日条（1864年7月26日），收于罗尔纲、王庆成主编《太平天国》，第七册，第274页。
[46] 赵烈文：《能静居日记（选录）》，同治三年六月二十一日条（1864年7月24日），收于罗尔纲、王庆成主编《太平天国》，第七册，第274页。
[47] 《象山县志》（1874年），末卷，第26页；引于朱东安《曾国藩传》（天津：百花文艺出版社，2001），第225页。
[48] 谢正光（Andrew C.K.Hsieh），“Tseng Kuo-fan，A Nineteenth Century Confucian General，” Ph.D.diss.，Yale University，1975，pp.166-167.
[49] 赵烈文：《能静居日记（选录）》，同治三年六月二十日条（1864年7月23日），收于罗尔纲、王庆成主编《太平天国》，第七册，第272页。
[50] 南军总司令李将军于阿波马托克斯向北军总司令格兰特投降，事后，李将军安度晚年，未遭迫害或清算。——译注
