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崇德五年（1640年）四月，萨穆什喀、索海率大军凯旋，太宗命礼部承政满达尔汉迎至十八里台，设宴慰劳；又命他的侄儿杜度和阿巴泰迎到平鲁台，设宴款待。太宗本人也率诸贝勒大臣来到城西实胜寺北迎接。这次战役俘获壮丁二千七百零九人、妇女小孩二千九百六十四人，总共为五千六百七十三人。太宗把他们都编入八旗各牛录《清太宗实录》，卷52，12页。，赏给每人衣服布匹，还让青壮年男丁比赛射箭，选拔优胜者为牛录章京等官《清太宗实录》，卷53，13页。。不久，又有索伦部三百三十七户共壮丁四百八十一人前来投顺。太宗命理藩院官员率八旗护军将士携带大批蟒缎、素缎、布匹前去迎接，指示将他们安置在郭尔罗斯乌库玛勒等地耕种，任其选择方便之处居住《清太宗实录》，卷51，32页。。
但是，这场战役并没有最后结束。因为博穆博果尔还没有被捉到，太宗不想就此罢兵。当众贝勒大臣欢庆胜利的时候，他胸有成竹，独自定计捉拿博穆博果尔。七月，太宗命内大臣巴图鲁詹、理藩院参政尼堪等传谕科尔沁诸部，从蒙古兵中挑选身体强健、果敢、箭法精明的蒙古骑兵，经过实地较射，从中选了二百四十名，另选八旗护军四十名，组成一支精锐的轻骑兵，配备了精良的战马、骆驼、器械和充足的行粮，另派益尔公固、图哈纳、绰隆三人担任向导，以梅勒章京席特库、济席哈为将，率领他们出征。一切准备就绪，太宗向他俩面授机宜后，这支小部队就向着不为人们所知的方向飞驰而去《清太宗实录》，卷52，22页。。
同时，这位清太宗公开扬言将发大军牧马黑龙江畔，一定擒获博穆博果尔。众贝勒大臣都不解其意，他也不说明。十二月中旬，席特库派人从遥远的黑龙江送来捷报：博穆博果尔和他的家属，还有他的弟弟一家都束手就擒，俘获其部众九百五十六人，牛马八百四十头。诸贝勒大臣听到这个消息都感到惊异。太宗这才说破他的计谋：“博穆博果尔自叛后抗拒我军，这时朕已定计，欲驱使他向北逃，以便擒获。所以朕明面扬言我军将到黑龙江畔牧马，一定捉到博穆博果尔，而暗中派席特库、济席哈率外藩蒙古兵从蒙古北边追击。博穆博果尔果然中计北逃，终于被席特库追获。”《清太宗实录》，卷53，20~21页。太宗用的是声东击西的策略，在黑龙江虚张声势，放开北路，诱使博穆博果尔逃去，正好与席特库等遭遇。这支精锐的轻骑兵按照太宗的部署，穿越蒙古，疾驰两个月零十三天，先在甘地捉获了博穆博果尔的弟弟和家属。十四天后，追到齐洛台齐洛台，今俄罗斯赤塔。地方，博穆博果尔和他的妻子猝不及防，乖乖就擒。崇德六年（1641年）正月十六日，席特库、济席哈率部队并押解博穆博果尔等凯旋回到沈阳。第二天，太宗举行召见仪式，分别给席特库以下各立功人员晋级、赏赐，宴会《清太宗实录》，卷54，9页。。到五月间，索伦部蒙塞尔尾代的儿子巴尔达齐率所属二百零四人来归，又有该部一千四百七十一人投顺。整个索伦部即黑龙江上游地区重新回到清政权的统治之下。
二、三进黑龙江
天聪八年（1634年），清太宗下令进兵黑龙江上游的呼尔哈部，可称为一进黑龙江；崇德四年（1639年）平息博穆博果尔叛乱，可称为二进黑龙江；崇德八年（1643年）三月，太宗再征黑龙江上游的呼尔哈部，是第三次进兵黑龙江。第三次是他去世前不久，为进一步统一黑龙江地区，对这里进行的最后一次用兵。
在此之前，太宗对松花江呼尔哈部曾用兵。那是崇德七年（1642年）的事。那年九月，任命沙尔虎达为将，率兵征松花江呼尔哈部。该部居于呼儿哈河（牡丹江）和松花江两岸，有三大“喀喇”“喀喇”，姓氏的意思。即三大氏族：一是诺雷（又写作闹雷、拏耶勒），天聪五年（1631年）向后金朝贡；二是克宜克勒（又写作革依克勒），于崇德二年（1637年）朝贡；三是祐什哈里（又写作虎习哈礼、祐什喀里），于崇德三年（1638年）朝贡。这说明松花江呼尔哈部已经归顺清政权。那么，太宗为什么还要征讨呢？原因很简单，因为满族是一个人数很少的民族，太宗用兵的基本目的，是要进一步巩固清朝对这一地区的统治。同时，从该地区征集大批人口特别是青壮年“披甲”当兵，以保证兵源不断。然而，让一个民族从世代居住的故乡迁到千数里外陌生的地方，并不是一件轻而易举的事。所以往往靠军事暴力来实行武装逼迁。当然也不是全部迁走，总是留下来一部分。迁走的加入了满洲八旗，成为满族的成员。留下的则成为土著民族，上列三个氏族就变成赫哲族的一部分。这次沙尔虎达率军进入松花江两岸，“招降”男妇幼小一千四百余人。这里用“招降”，可以断定基本没有战斗，而是“和平”地达到了目的。
继这次征讨之后，紧接着第二年二月，太宗命护军统领阿尔津、哈宁噶等率将士往征黑龙江呼尔哈部落《清太宗实录》，卷64，16页。。史书没有明确记载参加此次远征的人数，但凯旋归来时，从皇帝大赏从征将士，因而提供了一个受赏的人数，计兵士二千七百十一人，将领自阿尔津以下，包括随征的科尔沁、托尔伯特、郭尔罗斯、扎鲁特蒙古诸部将领五十五员，总计二千七百六十六人《清太宗实录》，卷65，15~17页。，据此可以推知，此次用兵约在三千上下。阿尔津、哈尔噶率军越过黑龙江北岸，攻克波和哩（又作博和哩）、诺尔噶尔、都里三屯，招降小噶尔达苏、大噶尔达苏、绰库禅、能吉尔四屯《清太宗实录》，卷64，25页。波和哩等七屯当在江东六十四屯一带。见阿南惟敬；《清の太宗の黑龙江征讨にっぃて》。。这里是索伦部聚居的地方，因“呼尔哈”与各地部族称呼混同，所以当时索伦部就被概括在“黑龙江呼尔哈”名称之内王钟翰：《清史杂考》，“达呼尔人出于索伦部考”。。
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