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清军刚入边，七月三日，北京全城戒严，崇祯急令中军李国辅守紫荆关、许进忠守倒马关、张元亨守龙泉关、崔良用守固关《国榷》，卷95。。这四个关口都在京城西南，与山西交界的地带。但出乎明朝廷意料之外，清军没有走山西，而是经延庆入居庸关，取昌平，直逼京师。事先，阿济格释放被招降的两千人诈称逃归，巡关太监和御史王肇坤不知是计，开城门收纳。七月七日，清军自天寿山后突现昌平城下，城内的降人做内应，立时陷落，明总兵巢丕昌投降，他是这次战争中归附清朝的惟一的明朝高级将领。城里还有户部主事王桂、赵悦、判官王禹佐、胡惟宏，提督内监王希忠等都被杀《明崇祯实录》，卷9，8页。，葬于天寿山的明德陵也被清军焚毁。接着，清军自西山南趋良乡（北京房山县），二天后，移兵沙河、清河镇，昌平的降兵也抵西直门。
崇祯皇帝十分惊慌，“命文武大臣分守都门”《明崇祯实录》，卷9，8页。，令兵部传檄山东、山西、大同、保定及关外等处明兵共五万余人入援京师，兵部尚书张凤翼自请总督各镇援兵，崇祯马上批准，赐尚方剑，发给万金、赏功牌五百，任命监视关宁太监高起潜为总监，辽东前锋总兵祖大寿为提督。崇祯和他的大臣采取固守城池、伺机出击的作战方针，京师和战事波及的地方，基本上按兵不动，即便得到出击的机会，也多不敢一战。崇祯重用太监，凡边防督兵都让这些不懂军事的内臣充任，使事权不一，文武将吏难得发挥作用。有个河南道御史金光宸，参劾镇守通州兵部侍郎仇维桢给太监叙功是别有用意，请求罢免内臣督兵。崇祯大怒，召集廷臣，厉声叱责金光宸：“仇维桢方至通州，尔即借题沽名，着锦衣卫褫冠服，下诏狱。”正巧外面狂风大作，雷声轰鸣，闪电掠过御座，吓得崇祯心惊肉跳，以为触怒天威，当即将金光宸释放，“候旨”另作议处张岱：《石匮书后集·烈帝本纪》。。上层统治集团如此腐败，难怪将士畏敌如虎，一遇清军就望风丧胆，退缩不战。
其实，清军根本无意攻打京师，也不想围困。阿济格依照太宗规定的作战方针，机动灵活，凡遇城堡估计能攻下就攻，攻不下就走，不以攻占城池为主要目的，而是在京师周围攻略城堡，不断消耗明军实力，挫败其锐气。因此清军很快离开沙河和清河，于七月十五日，攻克宝坻，杀知县赵国鼎。二十一日入定兴，下房山，战涿州，攻固安、克文安、永清（均在北京南），分兵攻漷县（北京通县）、逐安、雄县、安州、定州，趋鄚州口，不下，转攻香河，破顺义，知县上官荩自尽，其余将吏都被杀。紧接着，转向东北，至怀柔，陷西和，占河西务（香河南，大运河西岸）。到八月十九日，清兵分屯密云、平谷，在一个多月的时间里，清军紧紧围绕京师，“徧蹂畿内”谷应泰：《明史纪事本末补遗》，卷6。，凡城池堡镇无不攻击、抢掠。阿济格向太宗报告，共克十二城，五十六战皆捷，获人畜十七万九千八百二十《清太宗实录》，卷31，3页。《东华录》，崇德元年九月作：克12城，52战，俘人畜18万，今从“实录”。。这份奏疏未免夸大，例如，清军也并不总是打胜仗，刚入居庸关，明大同总兵王朴驰援，清兵被斩杀一千一百零四人，又有一百四十三人被俘；激战涿州时，清军损失了二百余人《国榷》，卷95。，等等。明朝统治集团虽说腐败透顶，却也不乏忠臣义士。清军攻定兴时，辞官居家的前光录寺少卿鹿善继毅然离家进城，与知州薛一鹗等共守，坚持了六天而城破《明史》，卷267，“鹿善继传”。。此时他正守南门，清兵持刀逼其投降，他严词拒绝，发怒的清兵对他连砍三刀，又射一箭，当即身死，时年六十二岁。这种宁死不屈的精神，在当时也称得上是民族英烈的大壮举，但“犹捧一篑以塞溃川，挽杯水以浇烈焰”计六奇：《明季北略》，卷12。，挽救不了明朝迅速崩溃的颓势。
八月三十日，阿济格率军经雄县北去，奔冷口东归。明督师兵部尚书张凤翼侦知消息，率军出京，从后面赶来；总督宣、大兵马梁廷栋也挥师北上，尾随清军，却不敢发起攻击。张军行至迁安五重安驻扎下来，“固垒自守”。当清军就要出冷口时，守关的明将崔秉德请求力守关口，堵住清军的归路。总督高起潜骗他说：等清军出关一半再进攻。
九月一日，清军携带掠取的十八万人畜及其他大批物资从容出冷口，“俱艳饰乘骑，奏乐凯归”，他们还砍下木头，在上面写了“各官免送”四个大字，扔在道上，以戏谑明朝将吏《国榷》，卷95。。浩浩荡荡的清军人马一天出口几次，“次第引归”，连续四天才全部通过《明崇祯实录》，卷9，11页。。照一般常识，在撤退时，应以精兵殿后，防止敌人追袭。阿济格一反常态，竟将辎重放在队伍后边，他自己却前行而不顾。回到盛京后，太宗知道此事，将他狠狠训了一顿，所幸当时明朝将士懦怯不敢战，眼睁睁地看着清军满载而归。高起潜和张凤翼得到侦察骑兵的报告，知道清军已撤退完毕，才装模作样地挥师前进到石门山（河北抚宁东），向崇祯报捷：斩敌三级！张凤翼和梁廷栋身负重任，“恇怯不敢战，近畿地多残破”《明史》，卷257，“梁廷栋传”。，言官把责任都算到他俩身上，累次上奏章参劾。两人更加恐惧，明知清兵退后，北京解严，他们必遭重罪，于是，每天服用大黄麻求死。二日，张凤翼先死于军营，十天以后，梁廷栋也死了。果然，不出所料，法司拟了他们的罪状，将张凤翼罢官、梁廷栋处死，幸亏已死才免除了刀斧之苦《明史》，卷257，“张凤翼传”。。
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