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筑宁远卫城是孙承宗与袁崇焕的重要建设。宁远，背靠起伏的热河丘陵，面向涛涛渤海，扼居辽西走廊咽喉，西连万里长城，东接锦州，是山海关的前卫。原来的旧城已经颓坏，孙承宗重用袁崇焕，重新修筑宁远城。经过两年的时间，筑城立竣。在袁崇焕的努力经营下，宁远商业繁荣，流民聚集，当辽东兵火之后，到处是残垣断壁，乱石废瓦，而这里成了人民向往的乐土，关外一大重镇《明史》，卷259，“袁崇焕传”。。更为重要的是，孙承宗与袁崇焕商议，以宁远为根据地，东向收复了明与后金间的空白地区锦州、松山、杏山、右屯、大凌河等城镇，在这些地区修城筑堡，派兵驻守，宁锦一带从此形成一道重要的防线。孙承宗督师蓟辽四年，几乎收复了明在辽河以西的全部失地《明史》，卷250，“孙承宗传”。。
这时明朝的政权被以魏忠贤为首的阉党集团把持，他们嫉恨孙承宗功高望重。天启五年（1625年），孙承宗手下大将马世龙在柳河（辽宁省海城县附近）被后金打败，他们以此为借口，攻击孙承宗，明朝罢了孙承宗的职，改派阉党兵部尚书高第经略辽东。高第怯懦无能，一上任就不顾袁崇焕等人的反对，尽撤锦州、杏山、松山等地防御工事。驱屯民入关，丢下大量粮食，在撤退路上，人马争先恐后，死亡载道，哭声震野，“民怨而军益不振”。高第又想并撤宁前二城，袁崇焕时已升为兵备副使、右参政，他抗拒不撤，激动地说：“我官为宁前道，在哪当官死在哪，坚决不撤！”誓与宁远共存亡。但是，由于高第把山海关外所有防务一律撤除，因此辽西一线，只有宁远城孑然仅存《明史》，卷259，“袁崇焕传”。。
努尔哈赤终于等来了可乘之机。他看透了高第的虚弱无能，于天命十一年（明天启六年，1626年）正月十四日率诸贝勒、大臣统领十三万大军号二十万远征明朝，兵锋所向，直指山海。十六日至东昌堡，十七日渡辽河，分布在南至海岸，北越广宁的河西旷野，浩浩荡荡，旌旗飞舞，剑戟如林，川流不息向西挺进。在西平堡捉到明的哨探，得知前进路上明兵甚少，右屯卫一千，大凌河五百，锦州三千，另有人民随处而居。后金兵畅行无阻，轻取辽西诸城和明军逃走丢下的粮草。二十三日，后金兵临宁远城下，越城五里，横截山海大路，安营扎寨。后金军捉获汉人，令他们入宁远城招降说：“我们二十万大军来进攻，这个城一定要被占领，众将官如果投降，就给你们高官厚禄。”守城主将袁崇焕答复说：“为什么无故发兵来？宁锦二城你们没有占领，我来恢复，当然要誓死防守，岂有降理！说什么来兵二十万，不必虚张声势，我知道你们是十三万，这我也不认为少。”袁崇焕不骄不馁，决心抵抗，誓死不降。为了提高防御战斗力，袁崇焕与大将满桂、副将左辅、朱梅及祖大寿、何可刚等把人民组织起来共同防守。袁崇焕刺血为书，激励将士，广大士兵和人民精神振奋，斗志高涨。
二十四日，后金兵发起攻城。先攻东门，以战车覆盖生牛皮，下伏勇士，用斧椎凿城。有的披铁铠二重，号“铁头子”，推双轮车进攻。当时天寒土冻，凿城数处，破坏而不堕。袁崇焕指挥军民固守，从城内放枪打炮，投掷药罐、雷石，放火烧后金战车，后金军死战不退。但是屡攻不下，伤亡惨重，暂停进攻。第二天，后金军再次发起猛攻，攻势凌厉，明军虽血战不惜，形势仍非常危险。袁崇焕临危不惧，指挥若定，满桂率将士登城，悬西洋大炮十一门于城头，循环飞击。炮击不中，用枯草硝黄松脂掺木棉垂铁绳系下烧击。后金军营终于遭到破坏，中止攻击，败下阵去，解围收兵，退到龙宫寺。进攻宁远两天，据他们自己承认，后金共伤亡将士五百余人《清太祖武皇帝实录》，卷4，9页。。
二十六日，后金统治者听说明朝关外军需粮草全部屯扎在觉华岛（菊花岛），便派遣武纳德率领八旗蒙古等数百军兵前去攻取。该岛距宁远城十二里，突出在波涛汹涌的海里。明朝守粮参将姚抚民、胡一宁等在冰上安营，凿冰十五里作壕，以战车防卫。后金军从未凿处进击，全歼明军，火烧战船两千余只，粮草千余堆，收兵返回大营。努尔哈赤经右屯，焚其粮草，至二月初九日回到沈阳《清太祖武皇帝实录》，卷4，9页。。
宁远之战是后金与明交战以来，明朝第一次打了这样一个大胜仗，时称宁远大捷。袁崇焕因力保孤城，声威大震，被提升为右佥都御史，受明熹宗玺书嘉奖。而后金攻城失败，经宁远之战，不利的影响严重。损兵折将之外，因为有宁远阻隔，后金不能在辽西继续扩大占领地区和建立稳固的统治。后金再发动新的进攻，也不能直向山海，于是皇太极统治时期多次绕过宁远、山海关，从北边几个关口深入明朝腹地进行掳掠。
努尔哈赤之死也与宁远之战有关系。努尔哈赤从万历十一年起兵，身经百战，百战百胜，而就是这次战争给他一生的光辉战史留下了少有的一次失败记录。战后不长时间他就死了。有的历史记载说他因在宁远之战攻城时被明军红夷大炮打伤，不治而死李肯翊；《燃黎室记述》，卷27，引《春坡堂日月录》。。有的历史研究者认为，努尔哈赤在宁远之战中没有受伤。因为袁崇焕等明朝参加作战的人都没有提到过打伤努尔哈赤，说打伤他的人未必亲眼看见了他受伤。努尔哈赤如果负伤，明朝举国上下都会认为是大事件，必定大肆宣扬，而事实上没有什么材料反映他们宣扬过这件事。另一方面，从清朝的文献所载看，努尔哈赤在战后到死时八个月中，仍作为后金统治者正常主持军国大事，根本不像重病在身。还有许多文献记载努尔哈赤死于背发痈疽，等等。
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