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查理和国会的关系不久就因为宗教问题走到了死胡同，治下连续有十一年没有召集国会；他当然有权这样做，因为唯有国王下令，国会才能召开。只要他够小心，或许有办法永远不召开国会，但愚蠢的是，他硬要他统治的另一个王国苏格兰的人民接受他喜欢的礼拜仪式。没想到苏格兰人更虔信新教、民族性更烈，他们组织了一支军队进入了英格兰，逼迫查理打消此念，导致查理需要军队来抵御这批苏格兰人，至此不得不召开国会，寄望它通过税制以筹措军费。
此时国会的机会来了；它提出议案，一面限制国王对教会及国家的权力，一面扩张自己权力。它处决了查理的第一辅相和高教派的坎特伯雷大主教。一开始查理只能任由国会摆布，后来集结了一批保王党的支持，国会派和保王派就此开战。这场战争最后由国会取得胜利，首领克伦威尔（Oliver Cromwell）成立审判庭，于1649年处死了查理一世。克伦威尔接替了国王的统治地位，他召开国会，后来却跟国会闹翻；在他有生之年，英格兰实际上是军事独裁的局面。克伦威尔死后，他麾下一个将领重新召集查理年代的国会，并将查理流亡在外的儿子查理二世迎回接续王业。
查理二世接掌政权后，在国王和国会的权力上并没有做正式的改变，不过他父亲被处死是个鲜明的警示，要他不能过分主张自己的信仰。他对天主教抱持同情，死前正式皈依为天主教徒。虽然他跟好几个情妇生有许多子女，但与皇后并无子嗣，因此王位最后由他的弟弟、公然信奉天主教的詹姆斯二世继承。国会千方百计，希望通过立法排除詹姆斯的继位权，查理则以解散国会作为回应。然而，没有国会，他就不能加税。
对于这个难题，他的解决方法是私自收受法兰西国王路易十四（Louis ⅩⅣ）的资助。路易十四是个专制君主，为了让法国成为彻底的天主教国家，他将过去对新教徒的宽容措施一笔勾销，成千上万的新教徒只好逃往国外。1685年，以新教为主流的英国将信奉天主教的詹姆斯二世迎为新王之际，法国的新教徒正饱受攻击。
? 新教领袖拥立新教国王
尽管自知不得人望，詹姆斯二世却没有因此更加谨言慎行。他公然提倡天主教，深信它是唯一的真理。在饱受内战蹂躏和接踵而来的军事独裁后，英国很多国会成员打算对詹姆斯二世公然提倡天主教的所言所行睁只眼闭只眼，偏偏他的皇后、笃信天主教的第二任妻子，为他生下了一个儿子，眼看英国即将产生一系血脉相传的天主教国王时，国会上上下下都决定要除掉他。几个国会领袖私下邀请某个信奉新教的国王进侵英国，取得了王位。这人是个荷兰人，世称威廉三世，他的妻子是詹姆斯二世与第一任信奉新教的皇后所生的女儿玛丽。威廉三世是欧洲捍卫新教的斗士，为了保护荷兰不受路易十四的侵犯而奋战不屈。
