2001年6月27日，普京又签发了《2020年前俄罗斯联邦海洋学说》。为了直接掌控海军建设和发展的情况，普京还下令在政府内专门组建一个海军委员会，由政府各主要部门一把手组成，以便为海军发展提供雄厚的经费和法律保证。
然而，普京重建俄军的最初努力，换来的却是对他执政最初阶段的最大打击——2001年8月俄罗斯海军北方舰队“库尔斯克”号核潜艇沉没。
“库尔斯克”号是俄罗斯海军奥斯卡级巡航导弹核潜艇，号称是“世界吨位最大、武备最强”的巡航导弹核潜艇。它由俄罗斯“红宝石”设计局设计，潜艇上许多设计方案都是世界上独一无二的。该艇由俄罗斯北德文斯克造船厂制造，1994年5月下水，1995年1月正式加入俄罗斯海军北方舰队服役，为“奥斯卡Ⅱ”级核潜艇（按北约的标准此潜艇属于949级），是俄罗斯海军最新的战略核潜艇之一，也是当时世界最大的核潜艇之一，隶属于北方舰队的第41巡航导弹核潜艇大队，舷号K141。“库尔斯克”号核潜艇艇体长154米，宽18.2米，上浮吃水9.0米，排水量1.39万吨，最大下潜深度为600米，深海航行速度可达28节，水面航行速度超过19节，续航能力为120天。编制艇员107人，其中包括48名军官，最多可载员135人。动力装置有2座380兆瓦的压水反应堆（各190兆瓦）；2台汽轮机，功率55兆瓦（75000马力），双轴，95000马力，2部七叶螺旋桨。该艇装有“花岗岩”导弹发射装置，嵌在非耐压壳体内，固定倾斜40度布置，携带24枚最新型SS-N-19超音速反舰巡航导弹，可单发，也可以齐射。SS-N-19型舰对舰导弹是SS-N-12的改进型，指令修正惯性制导，主动雷达寻的，飞行速度1.6马赫，射程20～550公里，弹头重750千克，可装载高能炸药或350吨TNT当量的核弹头。当时，世界上任何一个国家都没有对付这种导弹的有效武器。
该艇还装有4具533毫米和4具650毫米鱼雷发射管，包括鱼雷管发射的反潜导弹，总共有32枚先进的管射武器。携带53型反潜/反舰鱼雷，主/被动寻的，最大射程15公里，战雷头重250公斤。65型反舰鱼雷，主/被动尾迹寻的，射程50公里，战雷头重450公斤。该艇可以用来发射鱼雷和可控反潜导弹，从而大大提高了潜艇的自卫、攻击能力。该潜艇是俄罗斯海军最现代化的大型多用途核潜艇之一，专门用来攻击航空母舰，曾被俄罗斯媒体誉为“航母终结者”。据英国权威军事研究机构《简氏防务周刊》透露，一艘“库尔斯克”号潜艇可以击沉一艘航空母舰和航母编队的其他舰艇，顺便还可以攻击敌方的潜艇。《简氏防卫周刊》还透露，“库尔斯克”号上载有俄罗斯海军最机密的新型武器和军备，这些军备都被俄罗斯视为最高军事机密，一直未向北约和西方国家公开。
一个装备如此精良的庞然大物，竟突然于2000年8月12日在巴伦支海举行的演习中沉入了海底。
在此次演习中“库尔斯克”号核潜艇担任水下演习指挥艇。12日15时前后，“库尔斯克”号发现“敌目标”立即下潜，准备向“目标”发起攻击。15时至18时，北方舰队司令波波夫海军上将接到根纳季·利亚钦舰长关于发现“敌目标”、准备发起攻击的报告。波波夫上将同意根纳季·利亚钦的请求。此后，“库尔斯克”号便与指挥舰失去联系。指挥舰以为“库尔斯克”号核潜艇通讯设备发生了故障，下令每隔30分钟呼叫一次“库尔斯克”。12日晚或13日晨，临近的舰只和潜艇听到从“库尔斯克”号核潜艇上传来的爆炸声，还以为“库尔斯克”号在发射鱼雷。13日11时至13时，北方舰队司令波波夫上将向新闻媒体通报演习情况，高度评价俄罗斯海军官兵的作战水平和武器之精良。此时，指挥舰与“库尔斯克”号的联系尚未恢复。波波夫上将立即向海军总司令部报告，并亲自率舰寻找。
14日8时至11时，海军总司令库罗耶多夫向正在黑海度假的普京汇报了事故和寻找情况，但普京没有立即结束休假赶往现场，这使他留下了被人指责的把柄。而此时参加寻找的舰只接到命令，立即关机，保持静默，目的是为了通过海底的声音来判断“库尔斯克”号的准确位置。11时至16时，深水营救装置“警钟”号微型潜艇发现了已沉入海底的“库尔斯克”号核潜艇，并收到潜艇内敲击艇壁的信号。“警钟”号微型潜艇迅速浮出水面，向波波夫上将报告了勘察结果。勘察发现，“库尔斯克”号发射报警求救信号弹的装置严重受损。核潜艇的设计人员紧急赶往出事地点。18时至24时，海军总司令库罗耶多夫做出初步结论：在核潜艇进水舱内很可能有人员死亡，船体已不能自行浮出水面。他立即下令，尽一切可能营救艇上人员。同时他指出，舰艇和人员获救的可能性极小。
15日，俄罗斯成立由副总理克列巴诺夫任委员会主席、海军总司令库罗耶多夫任副主席的事故调查委员会，负责处理“库尔斯克”号的救援工作，北方舰队司令波波夫上将亲赴出事地点，直接指挥营救。20余艘俄罗斯海军舰艇聚集在出事海域，进行紧张的抢救。救援人员试图将救生舱沉入海底与“库尔斯克”号对接，但由于当时空中乌云密布，海面上风大浪高，海底水流湍急，能见度低，对接没有成功。
16日，普京就潜艇被困一事首次正式表态。普京承认：“目前‘库尔斯克’潜艇的情况非常危险。为了救出被困船员，我们已经尽了最大的努力。”
17日，英国救援潜艇“LR5”和挪威救援人员赶往巴伦支海，俄罗斯海军官员前往布鲁塞尔，就救援的技术性问题与北约进行协商。俄罗斯总理卡西亚诺夫在政府会议上说，迄今为止所有救援行动都没有取得进展，“库尔斯克”号面临着灾难性的形势。
18日，俄罗斯军方透露，海军救援装置首次接触到“库尔斯克”号的逃生舱口，但由于舱口遭到严重损坏，救援装置无法与潜艇对接。与此同时，对潜艇内人员已经死亡的猜测越来越多。副总理克列巴诺夫表示，只要还有一线希望，救援工作就将继续进行下去。
19日，北方舰队总参谋长莫察克发表讲话说，“库尔斯克”号的多数密封舱都已经进水，估计艇上人员都已经死亡，其中多数人是在事故发生后不久死去的。
经过两天多的海上航行，应邀而来的英国救援潜艇“LR5”及挪威深海潜水员终于抵达出事海域。但在此后两天中，“LR5”并没有派上用场。20日，挪威深海水下摄像机拍摄到了“库尔斯克”号，录像资料显示，失事潜艇的逃生舱口遭到严重破坏，估计“LR5”救援潜艇也无法与之对接。在这种情况下，身穿特殊防护服的挪威深海潜水员在海下作业数小时，试图用人工方法打开舱盖，但没有成功。与此同时，普京表示，俄罗斯将把抢救潜艇内人员的努力进行到最后一分钟。
21日格林尼治时间上午9时，挪威潜水员在几经努力之后，终于打开了“库尔斯克”号潜艇应急舱的内外两层密封舱门。人们最为担心的情况也随之出现在潜水员的眼前，潜水艇的隔离舱里早已充满了水，被困在潜水艇中的118名船员已经全部遇难，没有生存者了。
“库尔斯克”号的沉没令普京遭遇上台以来最严重的指责，更让普京重建俄军的计划横遭打击。尽管俄罗斯当局声称大多数“库尔斯克”号上的船员在事故发生的最初时分便已遇难，但家属们对当局处理危机的做法还是怨气冲天。挪威潜水员们相对快速有效的救援工作，及在抵达出事地点仅一天便将俄罗斯海军方面一直认为因损坏而无法打开的潜艇应急救生舱门打开的事实，更使得许多俄罗斯人对北方舰队的水下救援能力产生怀疑，同时也更因决策部门未能在事故刚刚发生时接受挪威及其他国家主动提出的帮助而怨声载道。调查显示，三分之二的俄罗斯人对有关部门在事发之后第一时间拒绝外界提供救援帮助的做法持批评态度，认为正是由于这种失误导致丧失了最佳的抢救时间。他们认为，这种拖延简直是在犯罪。
此前，俄罗斯《共青团真理报》已在8月17日以红色大字刊出标题——“‘库尔斯克’号的船员昨天没有发出声息。为什么总统还不说话？”该报写道：“全国上下过去五天只关注一个问题，那就是他们是否会获救，他怎么可以默不作声？”“只要普京一声令下，懒散的海军将领一定会采取行动。”俄罗斯寡头们更是乘机而起，用手中控制的媒体对普京大加冷嘲热讽。英国的《金融时报》和《每日电讯报》的社论撰写人特别不满俄罗斯迟迟没有向外国求救，导致船员未能获救。《每日电讯报》说：“过去几天所发生的事反映出该国并没有在这名年轻、精力充沛的领导人执政下复兴，而是具有和过去相同的弱点。”“隐瞒意外的严重性以及无谓的尊严，延迟了当局向外国寻求援助，这可能导致人命丧亡，两者反映出俄的最大弱点。”“普京无疑希望，只要他保持低调，就能不对这起灾难负责。”
事后俄罗斯当局公布的关于“库尔斯克”号事故原因调查报告显示，由于“库尔斯克”号上的鱼雷零件发生故障导致易燃液体泄漏，最终致使“库尔斯克”号核潜艇爆炸沉没。尽管疑点重重，但“库尔斯克”号事件——就此画上了句号。
2000年9月1日，普京在电视上承认对“库尔斯克”号事件负有责任。然后，他一直以一种忍辱负重的姿态来面对此事为他带来的压力和打击。当月，美国CNN记者向普京提问——“库尔斯克”号究竟出了什么事？
沉默中的普京做出了简短的回答：“它沉了。”
毕竟，就在“库尔斯克”号沉没的几天前，普京刚刚在波罗的海的波罗的斯克港举行的每年一度的俄罗斯海军大阅兵中表示，俄罗斯要想在新的国际秩序中发挥作用就必须扩大海军舰队的规模。不久后俄罗斯海军司令库罗耶多夫也宣布，将派遣“库兹涅佐夫海军元帅”号航空母舰与另外几艘军舰和潜艇前往地中海区域进行部署和演习，以鼓舞海军士气，这将是自前苏联解体以来俄罗斯进行的最大规模的海上军事行动。而“库尔斯克”号事件无异于迎面给了普京一记耳光。所以，俄罗斯《独立报》说：“此次在巴伦支海发生的悲剧性的事件，无疑给这位雄心勃勃的新任总统泼了一盆冷水。”对“库尔斯克”号的拯救，“不仅仅是‘库尔斯克’号战略核潜艇以及潜艇中的海军官兵本身，而且还是在拯救这支舰队，乃至俄罗斯海军的未来。”可惜，拯救失败了。“库尔斯克”号核潜艇最终沉没了，随着潜艇沉没的还有俄军的全部声望。
但普京很快从打击中挺了过来，打击和挫折不能成为阻止他重建俄罗斯海军的理由。2001年12月4日，“库尔斯克”号事件过去三个月之后，普京带领十几名高级将领来到北德文斯克市，参加新型“猎豹”号核潜艇正式服役并编入俄罗斯海军北方舰队战斗序列的剪彩仪式。这是普京就任总统以来第三次视察北方舰队。普京亲手在“猎豹”上升起了国旗，视察了建造“猎豹”的北方机械制造厂的生产车间，向参加建造潜艇的有功人员授勋，并与所有人员一起观看了文艺表演。毋庸置疑，这对于北方舰队，对于整个俄罗斯海军来说，都是一个好消息。这是俄罗斯海军自“库尔斯克”号沉没以来第一艘新投入使用的核潜艇，也是俄罗斯近六年来第一艘下水的新潜艇。
“猎豹”号核潜艇是俄罗斯海军第三代多用途核潜艇，属“鲨鱼”级系列潜艇中的一艘。此前，俄罗斯海军已经装备了13艘该级潜艇，其中在太平洋舰队服役的有7艘。北方舰队共有6艘该级潜艇，最早投入使用的是1989年12月服役的“雪豹”号，在“猎豹”之前也就是在1996年1月8日加入舰队的是“野猪”号。相比较而言，“猎豹”的性能是最先进的。其体积比“库尔斯克”号稍小，但性能却更先进。“猎豹”的主要作战用途与“库尔斯克”号一样——打击敌航母，消灭敌方岸上设施和目标。该潜艇于1991年开始在北德文斯克市的北方机械制造厂建造。但由于俄罗斯经济不景气、军费紧张，“猎豹”的建造工作一直时断时续，1996年还曾一度被迫停工。1999年9月，时任总理的普京视察了北方机械制造厂，明确指示加快“猎豹”号核潜艇的建造工作，这才促使这只“猎豹”最终能够问世。
通过接收“猎豹”号核潜艇，普京向外界宣示——“库尔斯克”号沉没带来的阴影已经散去，他依然信任，而且要继续大力加强俄罗斯海军。在接下来的两年时间中，普京完全做到了。两年后，满怀重建俄罗斯海军获得成功的成就感，普京又一次登上了俄罗斯海军核潜艇。
“安全-2004”演习——普京在水下指挥的“核战争”
时至2004年，普京重建俄军的努力初见成效，俄军在这一年进行了规模宏大的“安全-2004”战略首长—司令部核演习。整个演习由俄罗斯国防部长伊万诺夫任总指挥，俄罗斯武装力量总参谋长克瓦什宁负责直接指挥工作。除俄军六个军区参与此次演习外，俄军陆基、海基和空基核力量与航天兵也参加了演习。演习设想的情况是——核恐怖分子从四面同时向俄罗斯发起进攻，俄军在包括海、陆、空、太空在内的四条战线同时作战。参加演习的部队被要求击退在俄罗斯北部发生的恐怖分子进攻，同时还要防止在中亚出现类似威胁。按照普京的指示，此次演习的主要目的，是实际演练战略核力量和常规力量指挥机关的指挥能力。在演习过程中，俄军对常规部队人员和军备实行远距离调动，以完成相关军事训练任务。此外，俄军还探索了指挥战略核力量和常规力量的新形式和新方法，以应对俄国家安全面临的军事威胁和挑战。
普京于2月16日晚飞抵俄罗斯海军北方舰队母港摩尔曼斯克，在机场听取了先行到达北方舰队基地的国防部长伊万诺夫的报告。普京随后直接前往舰队基地北莫尔斯克，听取了北方舰队司令部关于舰队参加战略演习的力量部署及计划后，在国防部长和海军总司令库罗耶多夫海军元帅的陪同下，来到了位于第六泊位的“阿尔汉格尔斯克”号重型战略核潜艇旁。
北方舰队仪仗队为普京举行了欢迎仪式，队长向总统报告后，开始指挥演奏俄罗斯国歌。普京随后向舰队官兵致以亲切的问候，并在一个岸边营房里更换了艇员制服，穿上了水兵短呢大衣，然后详细询问为水兵准备了什么样的食品。除了新鲜蔬菜、水果、饮料、葡萄酒、鸡蛋、牛奶制品、鱼子酱、鱼、肉和鱼罐头外，普京还特别强调，谢肉节快到了，要让水兵们在节日里吃上馅饼。
普京通过浮桥登上了“阿尔汉格尔斯克”号核潜艇，亲自检查了舰艇停泊情况，然后登上中央塔板，听取艇长沃尔科夫上校关于潜艇前往巴伦支海演习水域参加演习的行程报告，之后进入潜艇内部，全面检查了潜艇，特别是核动力装置指挥操纵台。普京上艇15分钟后，潜艇开始起锚航行。普京在艇上与官兵们共进了晚餐，然后在总统专舱召开了由伊万诺夫、库罗耶多夫和总参谋部战役总局局长鲁克申等参加的会议，听取了此次潜艇进行战略司令部演习和战术行动的详细计划。夜里，潜艇开始了水下潜航，普京在潜艇上过了夜。
当普京乘“阿尔汉格尔斯克”号核潜艇出海时，随同他出海的舰艇编队由旗舰“彼得大帝”号重型核动力巡洋舰、“库兹涅佐夫海军上将”号航空母舰、“恰巴年科海军上将”号和“列夫琴科海军上将”号大型反潜舰及几艘扫雷舰和护卫舰组成。经过四年维修，如今重新服役的“库兹涅佐夫海军上将”号重型航母参加演习意义重大，尽管舰载航空兵不起飞参加演练，但它的参演表明俄罗斯海军还拥有航母，这艘航母不会被出售或销毁。演习指挥部设在“彼得大帝”号巡洋舰上，由北方舰队副司令多布罗斯科琴科中将负责具体指挥。
所有三位一体的核力量（航空兵、核潜艇和战略火箭军）都参加了此次演习第二阶段的积极演练科目。17日，普京就在“阿尔汉格尔斯克”号核潜艇上观看了北方舰队的全部演习进程，特别是观看了“诺沃莫斯科夫斯克”号核潜艇发射PCM-54弹道导弹。导弹发射后，俄罗斯空军图-95MC和图-160战略轰炸机从萨拉托夫州恩格斯空军基地起飞，前往北极地带的卡宁诺斯训练场发射巡航导弹，北方舰队战略航空兵进行积极配合。
普京随潜艇返回舰队基地，于17日夜前往普列谢茨克航天发射场，观看了演习中最壮观的一幕——战略火箭军分别从普列谢茨克、拜科努尔航天发射场发射“白杨-M”（SS-27）机动式、PC-18 （SS-19）洲际弹道导弹，攻击库拉演习场上的靶标。导弹还在飞行过程中完成机动飞行任务，展示其突破假想敌反导系统防御的能力。普列谢茨克航天发射场则使用“闪电-M”运载火箭运送一颗“宇宙”系列军事卫星进入近地轨道，完善俄罗斯轨道卫星群。
这次演习与前苏联1982年举行的代号为“七小时核战争”的演习不相上下，为前苏联解体以来所罕见。当年的“七小时核战争”演习以对美国的全面核战争为假想背景，曾经令北约国家绷紧了神经。这次演习公开后，西方国家再度陷入神经紧张，西方媒体将其与“七小时核战争”相提并论。普京却对此表示：核安全问题“过去、现在和将来都是国家政治领导人关注的对象”，“我们将保持核实力”，“其证明就是我们将于近期举行的核遏制力量演习”。他强调，这样的演习“已经有好长好长时间没有举行了”，部分原因是资金不足。他说：“我们要举行这样的演习，而且今后也将继续举行。”“我们不应当让别人怕我们，应当让世界把俄罗斯的军事实力看作安全的因素。”
的确，参加这次演习的有250名将军、2000多名校级军官，这足以证明演习规模空前。如普京所言，此次演习耗资巨大，仅发射一枚洲际导弹就需要3亿到6亿卢布。同时，俄军在演习中的表现也并非完美无缺。从“新莫斯科斯克”号核潜艇上实射的两枚RSM-54洲际弹道导弹的发射未能成功。由于发射失败，这两枚洲际弹道导弹从水下发射到达水面后提前自爆。但是，俄军能够组织起如此庞大规模且耗资巨大的演习，足见普京将俄军重建到了何种水平。2004年度俄罗斯军费为137亿美元，比上一年增长24.7%。普京力求进一步发展核力量，保持强大的战略遏制能力；优化部队结构，努力提高战略机动能力；研发新型装备，提高远程精确打击能力；发挥航天大国优势，提高空天一体作战能力。总之，普京将继续贯彻强军方针，将军事改革推行下去。
普京的强军方针随时产生着效果。2006年，挟“安全-2004”之余威，俄军第一副参谋长巴卢耶夫斯基表示，针对美国关于研发低当量核武器的决定，俄罗斯将“重新审视自己的核战略”。“核威慑”永远是俄罗斯国防战略的一张“王牌”。尽管前苏联解体后俄军总体实力已无法与当年的苏军相比，但经过普京的努力，这个昔日的军事大国仍然具备在90分钟之内摧毁整个欧洲的能力。美国退出反导条约之后，俄罗斯对自己的战略导弹部队核战略力量重新进行了有针对性的部署。2002年，俄罗斯将参加战备值勤的“白杨-M”洲际导弹的数量提高到了100枚。目前，世界上没有任何一种导弹防御体系能够对这种导弹进行有效的拦截。普京宣称：“俄罗斯拥有数量可观的陆基重型战略导弹，任何国家的导弹防御体系在他们面前都将丧失竞争力。”
提升武器装备水平是普京军事改革的另一主要方向。俄罗斯国防部长伊万诺夫表示，在国防预算开支短时间内难以提高的情况下，俄军要不断增加在购置新式武器装备和训练方面的投入。2004年，俄军用于武器装备和训练的开支约占全年军费的30%，2006年这一数字将上升至40%，2011年达到50%。随着俄罗斯经济形势的逐步好转，军事装备的研发投入逐渐加大。在武器装备的采购方面，俄罗斯也朝优先购买高精尖武器装备以及重点发展相对落后项目的方向转变。
对于普通的俄军士兵而言，他们对普京强军之路感受最深的莫过于待遇的稳定和提高。普京出任总统以来，对提高军人的待遇给予了充分的关注，军队中拖欠军饷的现象基本消失。在他的督导下，俄罗斯政府制定了《军人社会保障改革纲要》。该纲要的主要目标是，“为建立符合军事劳动的意义、复杂性和强度的军人社会保障体系创造条件。”根据该纲要，军人的薪金制度将纳入政府公务员体系，军人工资将随着国家公务员加薪而自动增长。
从2001年9月至2002年7月，俄罗斯军人的收入已经增长了1.5倍。从2003年10月1日起，俄罗斯当局对军人工资进行指数化改革，并按指数提高11%。根据俄罗斯政府2004年8月签署的第122号联邦政府命令，从2005年1月1日起，合同制军人的补贴增加70％～120%。为提高军人的实际收入水平，2005年俄罗斯政府又制订了新一轮工资上涨计划，规定从2006年起的三年时间里，使军人薪金和养老金在2005年的基础上增加67%，并使军人的实际收入增长50%。根据2005年确定的工资调整计划，俄军在2005～2008三年的时间里，先后四次提高军人工资，2006年1月1日提高了15%，2007年1月1日提高了10%，2007年11月1日提高了15%，2008年9月1日又提高了15%，四次增资最终实现了军人的工资水平在2005年的基础上增长67%的目标。此举稳定了军人队伍，成功保留了俄军中高素质的人才。
解决军人住房问题是俄罗斯军人社会保障方面最为复杂和艰巨的任务。20世纪90年代的大量欠账，导致21世纪初期急需解决大量军人的住房问题。以2002年为例，俄军中有大约16.8万名军人需要解决住房问题，其中9.4万人为无住房者。为了解决军人住房问题，普京督促俄罗斯政府采取了一系列措施，其中包括扩大国防部基建经费以增加公寓住房的建设、利用国家住房公债券资金购买住房、建立并实施军人住房保障公积金抵押贷款制度、实施“15+15”（即150亿+150亿卢布）计划，等等。在多项政策的支持下，俄罗斯在解决军人住房问题上取得了不小成绩。例如，俄罗——斯国防部2005年获得了2.84万套住房，2006年获得了4.08万套住房，2007年达到了4.2万套。至2007年底，俄罗斯国防部现役住房总量已经从2003年的底的9.8万套增加到21万多套，在至2007年的三年内，排队等候住房的军人已经减少了大约3万。根据计划，军人固定住房问题在2010年得到彻底解决，而军人现役住房问题将在2012年得到彻底解决。
另外，普京采取了一系列措施来整顿军纪，加强军队秩序。例如，加强军事侦查和检察机关工作力度，恢复拘捕及禁闭等惩戒措施，强化及严厉追究各级指挥员责任，改进军人教育工作等等。这些措施使俄军中的违法犯罪行为呈总体下降趋势。比如，在强化装备安全意识的同时，俄军及俄罗斯联邦安全局在追查军火走私案件中，还加强了对重点装备和重点人员的监控力度，尤其是加大了对备品备件仓库的管理。据俄罗斯媒体报道，莫斯科军区古宾卡空军基地的弗拉基米尔·斯托罗如克中校，伙同军士长伊万·托尔卡切夫暴露出走私军火的嫌疑之后，俄军侦查机关对他们进行了长时间的布控。最后，终于在他们试图以25万美元出售苏-27战斗机上的绝密定位仪及其识别系统时，将其当场逮捕。新西伯利亚市附近的一个军用仓库，被骗子冒用上级名义骗走24辆军用卡车和6条军用小艇。骗子们在黑市上以一辆车60万卢布、一条小艇15万卢布的价格出售赃物，俄军侦查机关很快就注意到他们，并最终侦破了此案。仅在2005年，俄军中就有1.6万人因盗卖军火被追究了各类刑事责任。至此，俄军军营附近明目张胆倒卖军火的走私商贩绝迹。
普京的目标是建立一支新型俄军。他奉行“减少数量，提高质量”的改革方针，希望建立一支“军兵种结构合理、编制体制精干高效、机动能力快速灵活、武器装备精良、与国家经济实力相适应、有充分威慑能力、能可靠保证国家安全”的现代化、职业化军队。在普京的亲自参与下，俄军出台了一系列实际改革措施。
在继续裁军的过程中，普京更加重视其方向性和计划性。裁减的主要对象是多余的后勤保障力量和重复设置的机构，保证部队指挥、战备部门和常备部队不在被裁减之列。到2007年，俄军总数裁至113万。军兵种结构也由过去的五大军种改为三军种三兵种结构，使各军兵种部队的使用效能得到提高，各军兵种的协同行动更加简化，部队指挥系统建设费用明显降低。
同时，普京加快军队的职业化进程。首先，他对兵役制度进行了大幅度调整，义务兵役期先从2年缩短至18个月，2008年进一步缩短至12个月。此举确保了征兵任务的顺利完成，使俄军保持了较高的满员率，解决了长期以来征兵难的问题。在人员补充方面，普京提高了合同制军人的比例。2006年，合同制士兵已占俄罗斯武装力量编制士兵和军士人数的44%。2008年俄格战争爆发时，俄军所有常备兵团和部队都过渡到合同制，服合同兵役的士兵达到25万人，占武装力量编制士兵与军士岗位的50%。加上军官和准尉，服合同制兵役的军人达到70%，俄军职业化目标基本完成。
2007年2月，普京任命俄罗斯联邦政府国家税务总局原局长谢尔久科夫担任国防部长，首次在俄罗斯历史上实现了国防部长的文职化。此举目的有三：一是确立文官治军制度，将军人彻底置于文职政治家的领导之下。二是明确区分军队的行政管理职能与作战指挥职能，使军人尽量摆脱与战备无关的一切职能，集中精力搞好训练，将一些职能交给政府或社会去办，其他不需要专业军事知识的职务也改由文职人员担任。三是建立军事领域的国家管理体系，使立法权力机关能够对军队建设实行文职监督，从而彻底解决军费合理分配与使用的问题。实现国防部长文职化，改变国防管理模式，这对俄军的影响极为深远。
普京在2007年的《国情咨文》中提出，要把俄军建设成“一支既能应对全球冲突又能应对地区冲突，必要时还能同时应对几场局部冲突的武装力量”。为此，俄军针对军队中训练水平普遍不高的情况和国际形势的需要，建立了多支快速反应部队，以便在出现武装冲突或局部战争时能快速投入战斗。事实证明，这样的举措在2008年的俄格战争中发挥了实际作用。
面对俄军财力不支的局面，普京在国家经济好转之后大幅增加了军——费，使国防预算从2000年的不到70亿美元猛增到2007年的374亿美元，从而扭转了国防预算捉襟见肘的局面。2009年俄罗斯军费预算更是达到450亿美元。2003年，俄罗斯空军和海军航空兵竟然没有一个航空兵团能够百分之百地符合常备部队的要求。2007年，俄罗斯空军飞行员年均飞行时数已提高到120小时，其训练水平已接近前苏联时期。2007年12月5日，俄罗斯海军恢复远洋航行，由俄罗斯海军北方舰队、黑海舰队和波罗的海舰队组成的航母编队经过两个月的航行，在大西洋东北部和地中海海域进行了远洋战斗训练，硕果仅存的航空母舰“库兹涅佐夫元帅”号同时恢复舰载机起降训练。普京提出的进一步强军计划更是惊人：2007年至2015年，俄罗斯将拿出近2000亿美元更新武器库，购买新一代的导弹、飞机，组建两个航母战斗群，每支拥有3艘航空母舰。
能驾驶远程战略轰炸机的总统——“四枚导弹全部命中”
就在此时，普京又做出一个惊人之举。他要驾驶图-160战略轰炸机去进行一次真正的战斗执勤飞行。
2005年8月16日下午，普京参加完莫斯科茹科夫斯基机场国际航空展开幕式活动后，乘直升机飞抵莫斯科近郊契卡洛夫军用机场，3架图-160战略轰炸机的全部机组人员已等候他多时。飞行员所在房间的墙壁上，挂着一张飞行示意图，详细解释普京将在近五个小时的飞行中应做些什么。
普京进来后，俄罗斯空军第37集团军司令赫沃罗夫向他详细汇报了战略轰炸机的飞行计划：“图-160应执行320KBP（秘密代码和数字）训练飞行任务，以战斗队形沿既定航线执行战斗任务。飞行过程中要进行空中加油。飞行到9000米高空时，根据机长指令，在0.82马赫速度下，机翼从35度转到65度，定中心57%。在机翼转到50度时，进入发动机加力工作模式（85），加速到0.9马赫。在机翼转到65度后，飞机爬升至11100米。在11100米高度，飞机应转入水平飞行状态，打开最大加力（115），加速到1.5马赫。”
赫沃罗夫司令提醒普京，上述所有行动都可能会导致出现预料不到的结果。不过，第37集团军司令表示，坐在副驾驶位置上的普京总统在战略轰炸机上不会感到寂寞，飞行科目丰富多彩。除飞机加速突破音障外，还将在飞过下诺夫哥多德市转弯点，飞离人口稠密的地区后，发射2枚巡航导弹，之后进行空中加油、海域侦察，并将以900公里/小时的速度在200米低空飞行。
赫沃罗夫汇报时不忘尽力鼓励普京。他表示，在超音速飞行时，总统不会遇到什么特别困难，过载系数不会超过2.5，但此时机翼绕流物理图会有明显变化，总统可能会稍感不适。在整个飞行计划中，最乐观、最详细的是着陆内容。赫沃罗夫将军汇报说：“飞机将在强制状态下带伞着陆。”
此时，坐在普京身边的俄罗斯空军总司令米哈伊洛夫大将补充说：“是减速伞。”
普京差点笑出声来：“我觉得，有点过于神经质了吧。”
国防部长伊万诺夫笑着说：“是呀，好吧，乘员就不要带伞了。”
随后，军医洛克申上校迅速为普京检查了身体，原则上对总统身体状况非常满意。他汇报说，普京总统的血压适合太空飞行：120～80。
普京开玩笑说：“可是，这次我们不准备到太空去。”
随后普京走出来，坐上汽车到跑道去登机。他头戴黑色头盔，身着飞行服，登上一架图-160战略轰炸机的驾驶舱，该机由空军少将阿纳托利·兹克哈列夫指挥驾驶，机上同时还配备了一名副驾驶、一名领航员和一名投弹手。此次飞行任务共有3架图-160战略轰炸机出航，机群除了普京的飞机之外，一名少校和一名中校各驾驶另外两架同型号的图-160负责护航。携带核手提箱的军官们乘坐图-154飞机先行升空，飞往奥列涅戈尔斯克市机场，等待几个小时后应在此机场着陆的普京。很快，3架图-160——战略轰炸机升空远去，它们起飞的时间间隔10到15秒。
普京驾驶的这架图-160战略轰炸机名为“帕维尔·塔兰”号，是为了纪念第二次世界大战中苏联飞行英雄帕维尔·塔兰而命名的。当飞临地处奥卡河与伏尔加河交汇处的下诺夫哥罗德市上空时，图-160轰炸机群突破音障，以1.5倍音速的高速飞行了10分钟左右。特别值得一提的是，当轰炸机突破音障引发“音爆”的那一刹那，对于这种一般人极难适应的巨大噪声，普京显得从容镇定。
16日晚，各路媒体记者云集奥列涅戈尔斯克市，等待普京着陆。早已乘专机先行赶到的国防部长伊万诺夫介绍说——普京总统乘坐的“帕维尔·塔兰”号图-160战略轰炸机进入超音速飞行2分钟后，发射了2枚巡航导弹，7分钟后，另外一架图-160又发射2枚导弹。此后，普京乘坐的图-160与一架伊尔-78加油机空中对接加油。
此时传来消息，前2枚巡航导弹已命中目标。又过了2分钟，第一架图-160战略轰炸机飞抵奥列涅戈尔斯克军用机场，但上面没有普京。这架飞机以900公里/小时的速度在200米空中进行了低空飞行表演，倾角30度。不久，普京乘坐的第二架图-160飞来了，没有任何倾斜，安全着陆。国防部长伊万诺夫随后宣布，所有4枚导弹已全部命中目标，整个训练飞行圆满结束。
事后俄罗斯官方透露，普京发射的4枚巡航导弹按计划从约2000公里外击中了数间小棚屋，其中两枚击中了玻璃，两枚击中了门，“其精确度超过了任何竞争者”。
“帕维尔·塔兰”号着陆后，身穿飞行服、头戴飞行帽的普京走下飞机。戴了五个小时的氧气罩，普京的脸色略显黯淡。他兴奋地说，飞行途中机长曾一度将轰炸机交给他驾驶，“这种飞行对我来说是第一次，但却是非常有趣和非常有益的”，“这是一次愉快的体验，感觉如同在梦中一样”。普京认为，此次飞行并不十分冒险，飞行员们的操作准确、协调，表现出了俄罗斯空军应有的高超的职业技能。他说，俄罗斯在一年半前曾表示，要研制新的高精度远程导弹系统，此次飞行演习中进行了试射，导弹精确地命中了目标。
这次驾机飞行，让普京对另一个重大决定充满了信心。
两年后，2007年8月17日，普京前往车里雅宾斯克州切巴尔库尔训练场观摩“和平使命-2007”上海合作组织联合反恐军事演习。演习结束后，普京突然宣布——莫斯科时间8月17日零时，包括战略轰炸机、护航战斗机及加油机在内的14架俄罗斯空军作战飞机，分别从俄罗斯境内7座机场升空，开始战斗值班。这些飞机当天将在空中飞行约20小时，中间实施空中加油并与海军配合采取行动，飞行区域包括大西洋、北冰洋、太平洋、黑海海域及北极地区上空。
这也就是说，俄罗斯已于当天开始恢复中断十五年之久的冷战时期远程战略轰炸机例行战斗值班飞行。此消息一宣布，引起世界轰动。普京说，俄罗斯于1992年单方面停止了战略轰炸机的例行战斗值班飞行，但遗憾的是，并非所有国家都效仿俄罗斯拿出相应举措，这对俄罗斯国家安全构成一定问题。因此他决定恢复俄罗斯战略轰炸机的例行战斗值班飞行。他同时呼吁其他国家对此予以理解。
从此，冷战时期的空中对峙在大西洋、北冰洋、太平洋、黑海海域及北极地区上空再度上演。俄罗斯空军远程战略轰炸机出现在公海空域，必定会有北约战机跟踪，双方对于这样的较量习以为常。尽管美国方面曾讥讽俄罗斯空军“动用冷战时期的飞机”， 但俄罗斯空军的远程战略轰炸机战斗值班飞行是制约和威慑北约及西方的重要手段，是展示俄罗斯在这些世界边缘区域军事存在的直接方式，具有不可替代的作用，美国和北约对此无法小视。俄罗斯战略轰炸机恢复飞行，这是普京通过实际行动告诉外界——俄罗斯武装力量的远程威慑能力依旧很强，俄军依然是从前那支强大的苏军的直系继承人。
最后回到这一章的开头。2003年，俄罗斯联邦国家杜马投票通过了普京提出的“关于俄罗斯武装力量军旗、海军军旗以及其他军种旗帜”的法律草案。普京提名的俄军军旗是在参考1883年的俄罗斯帝国军旗以及苏联早期军旗图案样式的基础上设计而成的。军旗正面中央是象征俄罗斯联——邦国徽的双头鹰图案，旗帜的背部有俄文“祖国”字样，旗帜下方有俄文“责任”与“光荣”字样。旗帜的四个角是红色五星图案，表明苏军的红色五星再次成为俄罗斯联邦武装力量的象征。
普京还要通过庆典找回苏军最感荣耀的记忆。2005年5月9日，俄罗斯纪念卫国战争胜利60周年盛大庆典在莫斯科举行。普京发表讲话：“我们从未把胜利区分为自己的和别人的。我们永远记住盟国的援助，美国、英国、法国和其他反法西斯联盟国家，德国和意大利反法西斯志士。今天纪念的是所有抵抗纳粹主义的欧洲人的勇敢精神。但只有我们才知道，苏联在战争年代丧失了数千万公民。在战场上牺牲的战士中，有原苏联各民族的人。”
2008年5月9日，卫国战争胜利63周年纪念日，莫斯科红场举行每年例行的胜利日阅兵式。阅兵式上，最引人注目的受阅装备是包括作为战略核力量支柱的陆基“白杨-M”机动洲际导弹在内的各种核武器装备。这是1991年苏联解体以来，俄罗斯在红场阅兵式中首次展示核武器装备。核武器、红五星，这都已是俄罗斯的国家图腾，俄罗斯人毋庸置疑的国家象征。用这次阅兵，而不用任何语言，普京告诉了世人自己内心深处的梦想——一支强大的俄罗斯联邦武装力量，一个强大的俄罗斯。
正是由于普京领导下的俄军实现了复兴与重建，这支光荣的军队才能在需要的时刻再次发挥自己应有的作用。三个月之后，2008年夏天的俄格战争，俄军像一头酣眠后醒来的熊，险些将敢于向自己挑衅的“猎人”格鲁吉亚撕得粉碎。普京让这头熊醒来，并用这头熊赢得了那场不对称的战争。这将是后面的章节中讲述的故事。
“王车易位”——普京选择了梅德韦杰夫
2004年，普京在毫无悬念中连任俄罗斯联邦总统。到2007年底，普京的总统任期将满。由于他极高的民间支持率，俄罗斯政坛内外甚至一度出现了要求修改宪法、让普京第三度连任的呼声。这当然不是一个实际的选择，但普京的确需要一个稳定的权力框架，所以普京需要事先设计好一种权力结构，目的是继续贯彻自己的政治路线，推进俄罗斯的复兴事业。这种权力结构会是一种新的执政模式，不但在俄罗斯历史上从未有过，而且在世界历史上都前所未见。
首先，在各种公开场合，普京多次非常清晰地表达自己不会违宪的决定。在2007年4月国家杜马全体会议上，普京在宣读《国情咨文》时特意强调，下一年度的总统《国情咨文》报告将由另外一个人来做。他明白无误地向全体国民传递出一个信息，他已经决意不再参加2008年度总统大选。
不久，普京宣布，他将领衔统一俄罗斯党竞选名单，参选国家杜马。普京要用自己的高威信、高支持率来保证统一俄罗斯党在杜马选举中获胜。当然，他并不是第一次使用这种政治策略。统一俄罗斯党在杜马获胜并取得控制的票数后，又能做什么呢？当然是支持普京。支持普京干什么呢？普京明确地说：“就继续执掌政府而言，（担任总理）是十分现实的建议，但是目前考虑这个问题还为时尚早。”普京谈到了他出任总理的前提条件：“必须具备两个条件，一是统一俄罗斯党赢得国家杜马选举，同时一位正派、有能力又现代的人被选为总统，我将和他组成团队并肩工作。”
由于普京在俄罗斯支持率十分高，这几乎确保不管普京选定谁作为接班人，都笃定赢得2008年3月的总统大选。现在，就看普京选择谁做那个“正派、有能力又现代的人”了。
普京最终选定的是老朋友梅德韦杰夫。
在2000年梅德韦杰夫帮助普京赢得第一次总统大选后，他就被普京任命为总统办公厅副主任。其间作为对普京打击寡头政策的支持，他还一直兼任着俄罗斯天然气工业股份有限公司董事会主席。2003年10月，由于反对普京查办俄罗斯首富霍多尔科夫斯基的决定，总统办公厅主任、叶利钦时代元老沃罗申辞职，普京立即将梅德韦杰夫任命为总统办公厅主任。2005年，普京又将梅德韦杰夫任命为俄罗斯联邦政府第一副总理。几年间普京曾几度更换政府，但梅德韦杰夫的副总理职务始终不曾变动。
