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次日，龙什等引导孔、耿和他们的部将官员抵达沈阳郊区，太宗率诸贝勒大臣出德盛门十里，来到浑河岸边，举行盛大的欢迎仪式：中间设一座黄色大帐篷，左右各设五座青色帐篷。太宗与大贝勒代善和诸贝勒率孔有德、耿仲明及各官首先拜天，行三跪九叩头礼，然后就座，讨论接见孔、耿的礼节。太宗想以满族最隆重的礼仪——抱见礼接见。诸贝勒提出：皇上不宜抱见，以礼相待就可以了。太宗不同意，说：“从前张飞尊上而凌下，关公敬上而爱下，今天朕以恩遇，岂不更好！元帅、总兵（指孔、耿）曾取登州，攻城略地，正当强盛而纳款输诚，三次遣使来，率其兵民，航海御敌，来归于我，此功劳没有比这更大的了。朕意应当行抱见礼，以示优隆之意。”《清太宗实录》，卷14，11页。议决后，孔有德耿仲明率各官以次序立，他们二人先行汉族礼，复至御座前叩头，双手抱太宗膝，接着，与代善和诸贝勒一一抱见。孔、耿行礼毕，各官上前行三跪九叩头礼。太宗让孔、耿坐在他的座位旁边。丰盛的宴会开始了，太宗亲自手捧金卮，向孔、耿敬酒。宴会结束，向孔、耿各官赏赐蟒袍、貂裘、撒袋、鞍马等物品，孔、耿亦献上金银及金玉诸器衣物等。回到沈阳后，太宗、代善和诸贝勒逐日设宴款待。六月十三日，太宗正式宣布封孔有德为都元帅，耿仲明为总兵官，赐给敕印，保持原有官职。其他各官也视功劳分别封赏。然后举行宴会庆贺。席间，先向孔有德宣读敕文：
朕惟任贤使能，崇功尚德，乃国家之大典；乘机会，达变通权，诚明哲之芳踪。尔元帅孔有德原系明臣，知明运之倾危，识时势之向背，遂举大众，夺据山东，战破数城，实为我助，且又携军士官民，尽载甲胄器械，航海来归，伟绩丰功，超群出类，朕深嘉尚，用赞王，给都元帅敕印，功名富贵，远期奕世之休，带砺河山，永无遗弃之义，凡有一切过犯，尽皆原宥，尔宜益励忠勤，恪共乃职，勿负朕命。钦哉！
发给耿仲明一道同一内容的敕文也当众宣读《清太宗实录》，卷14，16~17页。。
四个月后，明朝广鹿岛副将尚可喜率广鹿、长山、石城三岛数千名官兵和百姓叛明来归。尚与孔、耿都曾是毛文龙的部下，彼此交往很密切。毫无疑问，孔、耿的行动对他是个榜样，促使他接踵而至《清太宗实录》，卷16，8~16页。《尚氏宗谱》，“先王实迹”。。由于孔、耿、尚相继叛明，使明朝用以牵制后金的辽东沿海防线土崩瓦解。就在尚可喜投顺之前，孔、耿率军协同八旗满洲攻克了旅顺城。孔有德非常怨恨明朝旅顺守将黄龙，伺机报复。恰好黄龙把水师派出去进攻鸭绿江方面的敌人，旅顺空虚无备，太宗趁机今贝勒岳托、德格类率师，以孔有德为向导攻袭旅顺，黄龙屡战屡败，走投无路自杀，后金克其城。孔有德投顺后金首立大功。明朝在辽东半岛的最后一个据点丧失，其统治势力，完全被逐出辽东半岛，所剩皮岛，仅余的一点残兵也在崇德二年（1637年）被孔、耿、尚率兵攻破，明将沈志祥杀监军投顺后金。
孔、耿、尚率众来归，不仅给后金带来了巨大的政治影响，使后金在同明朝进行的改朝换代斗争中打开了更广阔的道路，而且在后金社会内开始了一个新变化。而清太宗下令孔、耿所部旗纛用皂（黑）色，军士按时演习枪炮弓箭；马和甲胄都在牌子或带子上写“满洲”二字以为识别。后来又规定孔、耿与八和硕贝勒同列一班，并派官为他们营建府第。崇德元年（1636年）太宗接受尊号为皇帝，孔有德被封为恭顺王，耿仲明封怀顺王、尚可喜封智顺王。这些措施，从命名、辨旗色，到特许孔、耿与尚独立分管这两支由汉人组成的部队，获得类同八旗旗主一样的权利，这实际上等于新设两旗汉军，他们三人处于旗主的地位。所以，可以认为，孔、耿、尚来归，也就是太宗编制汉军旗的开始。
二、正式编旗
孔、耿、尚归附后，太宗没有打乱他们的编制，而是原封不动地继续让他们统率，并且给他们以种种优待，无“低人一等”或惧怕歧视之感，因而得到广大汉兵的拥护，“故其将卒皆用命”昭梿：《啸亭杂录》，卷1，“收孔、耿二王”。。对后金来说，这比分散到满洲各旗管辖更有利。同时，太宗从孔、耿、尚率军来归的雄姿盛容中看到了汉兵是一支不可忽视的力量，他们“谙水战，习地利”谷应泰：《明史纪事本末补遗》，卷4，“毛帅东江”。，满族骑兵则望尘莫及。在同明朝的争战中，以汉兵为“前驱”，可发挥满族骑兵无所施其技的作用。不仅如此，随着战争规模不断扩大和深入，单靠满族征兵已经远远不能适应其需要。太宗看到了又一个广大的兵源，这就是他统治下的辽东汉人和归附及阵获的明朝官兵。太祖时，“俘掠辽沈之民，悉为满臣奴隶”昭梿：《啸亭杂录》，卷2，“汉军初制”。。被奴役的广大汉人不会对“满臣”贵族抱有好感，也不能激起对生产的积极性。太宗决意打破民族畛域，把汉族中的优秀人才逐步选拔出来，使其为国效力。就在孔、耿归附不久，即天聪七年（1633年）七月一日，太宗令分隶满洲各旗所属汉人壮丁，每十名抽一丁披甲入伍，共得一千五百八十人，组成一旗汉兵，由汉官马光远统领，旗帜用黑色。这是正式建汉军旗之始。
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