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统一女真的这场战争，在以赫图阿拉为中心的东西两侧进行。万历十三年（1585年）四月，努尔哈赤同其弟穆尔哈赤领兵五百，又西征浑河流域的哲陈部。这次遇到大水，只留八十人，披绵甲的五十，披铁甲的三十。加哈的首领苏库赉呼暗自告密，于是托漠河、章佳、巴尔达、萨尔浒、界藩五城知道后，联合起来抵抗。后哨章京能古德飞报努尔哈赤，走错了路，没有找到，努尔哈赤继续深入，见敌兵八百余人，布阵在浑河至南山之间。努尔哈赤五祖的孙子扎亲、桑古哩二人看到敌人耀武扬威，万分恐惧，解甲给别人，自己不敢上阵。努尔哈赤斥责他们：“你们平日在家，称王称霸，现在遇到敌人，为什么怕到这样程度？”说完，举着大旗往上冲。敌人按兵不动。努尔哈赤下马，与弟穆尔哈赤，带领两个随从，四个人步射前进，直入重围，混杀敌兵二十，敌人大败，全部渡浑河逃走。打败敌兵，回营以后，努尔哈赤高兴地说：“今天以四个人，打败敌兵八百人，真是天助我也！”《满洲实录》，卷2。当年九月，努尔哈赤又攻破了苏克素护河的安图瓜尔佳城。第二年五月，攻克浑河部的贝欢寨，七月环攻哲陈部的托漠河城。万历十六年（1588年），攻克完颜城，杀其酋长岱度墨尔根。至此，建州部所属的苏克素护河部、浑河部、完颜部、栋鄂部、哲陈部，或征服，或招徕，基本上归于统一。清代文献记载这一重要历史发展成就说：
“环满洲而居者，皆为削平，国势日盛。”《清太祖武皇帝实录》，卷1，8页。
统一建州各部，是努尔哈赤完成全部统一女真大业的第一步。这一步，他干得很出色，很成功，表现了他意志坚强，有勇有谋。他在处理诸如以下几个关于事业成败的问题上，措施得当，收效极好。
第一，建立巩固的根据地。在这一时期里，多数是就近用兵，往往是打完仗以后就收兵回营，前方后方，往来频繁，必须后方支援和配合前方。为了用兵需要和给下一步扩大战果打下基础，万历十五年（1587年），努尔哈赤在呼兰哈达山下东南约三里的二道河子建筑了费阿拉（旧老城）。这里周围群山环抱，首里河与夹哈河穿过群山流向苏子河。城建在两河之间的山坡上，山的东南西三面为断崖绝壁，只有北面平坦。初建时“筑城三层，起建楼台”《满洲实录》，卷2。。这个椭圆形的山城后来一度发展成为努尔哈赤所在地的政治、经济中心和军事行动的根据地。城本身也逐步扩大，相当宏伟。万历二十三年（1595年）朝鲜南部主簿申忠一出使建州，亲临城下，他在自己的记录中描述了这个城的规模。据他说，这个城分内城与外城，“外城周仅十里，内城周二马场许”。筑城的方法是：外城先以石筑，上数三尺许，次布椽木；又以石筑，上数三尺，又布椽木，如是而终，高可十余尺。内外皆以粘泥涂之，无雉堞、射台、隔台、壕子。外城门以木板为之，又无锁钥。门闭后，以木横张，如我国（朝鲜）将军木之制。上设敌楼，盖之以草。内城门与外城同，而无门楼。内城之筑，亦同外城，而有雉堞与隔台。自东门，过南门，至西门，城上设候望板屋，而无上盖，设梯上下。城内城外所有居民，都按亲疏贵贱加以区别：内城内，又设木栅，栅内奴酋居之。内城中，胡家百余；外城中，胡家才三百余；外城外四面，胡家四百余。内城中，亲近族类居之；外城中，诸将及族党居之；外城外居生者，皆军人云申忠一：《建州纪程图记校注》，辽宁大学历史系印本，14~17页。。努尔哈赤这时既是女真的首领，也是明朝建州左卫的都指挥使。他筑费阿拉城时，据另一名朝鲜人柳濂所说，明朝还派去了画工与瓦匠。瓦是当地烧的《李朝实录》，宣祖卷69，17页。。
第二，设法保证物资供应。努尔哈赤刚起兵时，武器少，粮饷不足。起兵第二年的五月的一天，努尔哈赤夜宿，发现有人进屋，他穿好短甲，故作外便状出去探视，在烟筒旁侧乘电光闪过看见一个敌人已经逼近。他发一箭射去，不中，再追射一箭，伤敌两腿，又用刀背击其头，把那个人打昏在地。亲族兄弟们劝努尔哈赤把他杀掉，努尔哈赤不同意。其理由就是怕那个人的主子发兵来抢粮食。努尔哈赤说，没有粮食，部属就会叛逃。同时指出，引来敌人进攻，弓箭器械不足，防御也很难《满洲实录》，卷1。。为了解决物资供应，努尔哈赤先是以明朝发给的三十道敕书，与明朝进行朝贡贸易。从万历十五年起，明朝因误杀其祖、父，又每年给银八百两，蟒缎十五匹。随着统一建州女真的成功，敕书猛增到五百道，即明朝发给建州女真的全部敕书都归努尔哈赤掌握了。此外，还努力发掘境内的土特产，与明朝互市。那时在抚顺、清河、叆阳、宽佃四处关口，拿出交易的土产计有：明珠、人参、黑狐、玄狐、红狐、貂鼠、猞狸、狲、虎、豹、海獭、水獭、青鼠、黄鼠等皮。由于广开财源，物资日益增多，努尔哈赤统治的地区“民殷国富”《清太祖武皇帝实录》，卷1，8页。。
第三，坚持同明朝和好。努尔哈赤起兵，从根本上与明朝维持封建统治的安定与统一是矛盾的。但是，努尔哈赤巧妙地避开与明朝直接冲突。他多次率兵出征，都不和明军宣战，限定在明朝的“边外”活动，使明朝一时觉察不到有害于他的存在。努尔哈赤祖、父虽死于明军兵火，而他只追究尼堪外兰的罪责，没有把矛头指向明朝。具有讽刺意味的是，努尔哈赤以更加忠诚的姿态出现在明朝统治者面前。万历十七年（1589年）九月，明朝特提升他为建州左卫都督佥事《明神宗实录》，卷215，3页。。因为他经常于抚顺诸堡送还女真所掠汉族人口，他还斩了掳掠柴河堡并杀害了明指挥刘斧的木扎河部女真酋长克五十，祖、父有殉国忠，本人又率数十部落酋长约束建州、毛怜等卫女真姚希孟：《建夷授官始末》，载《明经世文编》，卷501。。
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