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继设文馆之后，天聪五年(1631年)七月，太宗按中国历代封建王朝的行政组织，设立六部，使国家机构趋于完善。六部是：吏、户、礼、兵、刑、工。每部以一名贝勒总理部务，其下设满承政二员、蒙古承政一员、汉承政一员，承政之下各设参政八员，惟有工部参政设满人八员、蒙古二员、汉人二员。各部均设启心郎一员。做具体事务的官员笔帖式，各部“酌量事务繁简补授”《东华录》，天聪五年七月。。设立六部，明确了分工，提高了办事效率。这六部虽由贝勒主持，但他们必须对汗(皇帝)负责，这就加强了中央集权。崇德元年五月，太宗又设立都察院，与三院六部不相属，独立行使监察各部的职权。太宗授予该部院以很大的权力，上自皇帝、诸王贝勒，下至各部臣都可以劝谏、弹劾、纠察。他指示都察院的官员说：“朕如奢侈无度、误杀功臣，或者逸乐畋猎、荒耽酒色，不理政事，或者抛弃忠良人任用奸诈、升迁官员不当，你们要直说，劝谏无隐。诸贝勒若果废弃事业，偷安为乐，或朝会时轻慢懈怠，部臣隐瞒不报，你们要指名参奏。六部断事不公及审狱迟缓，你们也要察明向朕报告。明朝弊政，在你们这样的衙门往往成为贿赂之所，你们务须互相防备检查。除了挟私仇诬告好人外，凡你们所奏，说得对的，朕立即批准照办；说得不对的，朕也不加罪你们。”《东华录》，崇德元年五月。
崇德三年(1638年)七月，设理藩院。它的前身是蒙古衙门。此机构专门负责蒙古方面的事务。这样，经过几年的改革、充实，便形成了内三院、六部和都察院、理藩院一套完整的官制，合称三院八衙门。就在这年，根据大学士范文程、希福、刚林等人建议、太宗进一步更定六部、理藩院、都察院八衙门官制：每个衙门设满人承政一员，以下设左右参政、理事、副理事、启心郎、主事等官，以满、汉、蒙古人参差充任。
很明显，上述一系列机构是仿照明制建立起来的。从一定范围讲，它们是明朝官制的翻版。但它和明制又不尽相同。后金是一个少数民族建立的政权，它有本民族的创造，某些机构和名称又为明朝所没有，因而该政权的官制具有民族的特点。它吸收了大批汉官和蒙古人参加执政，这对努尔哈赤那时排斥汉人参政是一个大的突破，因而又具有满蒙汉贵族地主联合主政的性质。太宗对国家机构和体制的大幅度的改革，主要是在汉官们的建议和帮助下实现的，它是太宗实行封建化的重大成果，标志着这个政权在政治上完成了向封建国家的过渡。
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