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太宗出于麻痹明朝、暗中积蓄力量的战略目的，积极主张和谈。在和谈毫无成效的情况下，他又举行了军事进攻。宁锦战役失败后，太宗看到这条防线坚固，一时无法突破。他遇到的对手袁崇焕是个有胆有识的人，他既叹服，又顾忌莫深。在他身后还有毛文龙扼其背。第一次进兵朝鲜，他以为后顾之忧已解除。然而毛文龙仍据守皮岛及辽东沿海各岛屿，驻军数万人，“牵制金、复、海、盖四卫，时时袭击建虏(后金)，有所斩获。”《国榷》，卷90。毛文龙原是李成梁的部下，后投到广宁巡抚王化贞，任游击之职。后金攻占辽东，他逃到沿海岛屿，招收逃散的辽民数十万，选精壮为兵，骚扰后金，牵制它不得西进，为明朝建立了功劳，屡受封赏，授总兵，提升到左都督，挂将军印，赐尚方剑，在皮岛设军镇，规制如内地。毛文龙所部散居各海岛，势力虽不算大，却如人身上的蚤虱，捕捉它无处下手，听任它吮咬皮肤则使人不得安宁《国榷》，卷90。。后金兵因不习海战，又缺乏船只，对他无可奈何。因此，前有袁崇焕，后有毛文龙，使太宗不敢大规模地进兵辽西。他决计除掉这两个人，否则，他的大事不可图。他利用袁崇焕急于求和的心理，假袁之手先除毛文龙。事情的经过是：“先是，降将李永芳献策于大清主(太宗)曰：‘兵入中国，恐文龙截后，须通书崇焕，使杀文龙，佯许还辽。’大清主从之。崇焕答书密允。”计六奇：《明季北略》，卷4。据毛文龙说，李永芳曾给他写信，劝他投降，他没干，将此事报告了朝廷。李永芳劝降无效，转而献计假手他人杀文龙《明史纪事本末补遗》，卷4。。此次袁崇焕一上任，“思杀文龙，则辽可得。”计六奇：《明季北略》，卷4。
谈迁《国榷》，卷九十载：后金“阴通款崇焕，求杀文龙，而崇焕中其计不觉也。”
《明史纪事本末补遗》，卷四载：“初，天启间，崇焕抚辽东，遣喇嘛僧镏南木座往建州主款，会罢归，未就。至是再出，无以塞五年复辽之命，乃复为讲款计。建州曰：‘果尔，其以文龙头来。’崇焕信之。”
又据《石匮书后集》，卷十“毛文龙传”：“督师袁崇焕事，适当女直主(努尔哈赤)病死，崇焕差番僧喇嘛镏南木座往吊，谋以岁币议和。女直许之，乃曰：‘无以为信，其函毛文龙首来。”
很清楚，毛文龙后来被杀，与太宗插手直接有关，也与明朝党争有关。毛文龙镇皮岛，深得魏忠贤扶持，文龙对他也极力奉承。故魏一倒台，文龙被视为其党羽。更主要的是，他久悬海外，“所上事多浮，索饷又过多”，他自报驻军二十万，每年饷银一百二十万，“朝议多疑而厌之”。崇祯即位后，“诸文臣视东江为赘旒，饷道屡绝”，“时朝议忧皮岛毛文龙难驭”《明史纪事本末补遗》，卷4，“毛帅东江”。，大学士钱龙锡主张除掉毛文龙。崇祯元年(1628年)七月，袁崇焕应召赴京，钱龙锡到他的寓所商议定计诛文龙，袁崇焕表示：文龙“可用，用之，不可用，杀之。”《袁督师遗稿遗事汇辑》，卷1，7页。袁对毛早就动了杀机。他在巡抚任上，就与毛文龙不和。他这次上任后，继续与后金搞和谈，“恶文龙扰之，乃决计斩文龙。”《明崇祯实录》，卷2，5页。袁崇焕曾给兵部尚书王洽的信中说：“建虏屡欲求款，庙堂之上，主张已有其人。文龙能协心一意，自当无嫌无猜，否则斩其首，崇焕效提刀之力。”《国榷》，卷90。崇祯二年(天聪三年，1629年)六月初，袁崇焕以犒赏吏卒的名义，来到双岛发饷。六日这天，阅兵较射，将毛文龙骗到山上，历数“十二斩”罪，命水营都司赵可怀执崇祯的尚方剑斩于帐前《明崇祯实录》，卷2，5页。。将东江善后事处理完，袁崇焕自旅顺返回宁远，给朝廷上奏，报告斩毛文龙情形，并自劾，等候处分。崇祯一听到这个消息，“意殊骇”《明史》，卷259，“袁崇焕传”。，感到十分惊讶，但考虑到毛文龙既然死了，现正倚赖袁崇焕，非但没有责备，还持赞同态度，命他“安心任事”《明崇祯实录》，卷2，5页。这不过是表面安抚，而内心深处从此对袁产生了疑忌。
袁崇焕擅杀毛文龙，是亲者痛，仇者快，客观上为清太宗消灭了一个劲敌，对明朝是一个损失。岛上失去主帅，人心立时涣散，不少将领如孔有德、尚可喜等和士兵逃归后金，有的投到山东登、莱去了。从此，坚持多年的一个抗金根据地便不复存在了。袁崇焕妄杀毛文龙是极端错误的，“天下闻之，诧为奇举。”《国榷》，卷90。人们不能理解此举的意图。明末史学家谈迁评论说：“袁氏身膺不当之罚，则杀岛帅，适所以自杀也。”《国榷》，卷90。这是很中肯的。
毛文龙被杀后，清太宗头脑里产生了一个非常大胆而冒险的想法：避开宁锦防线，绕道内蒙古，突袭京师，来个调虎离山，将袁崇焕“调”到京师，将其除掉。天聪三年(1629年)十月，距毛文龙被杀后三个多月，太宗亲率十万大军绕道进关。由喀喇沁部台吉布尔葛都做向导，出沈阳，西北行，经都尔鼻(辽宁彰武)，进入今内蒙古科尔沁地，至青城扎营。大贝勒代善、三贝勒莽古尔泰不同意深入明境，认为“劳师袭远”，处境危险，要太宗班师。争论到半夜，还没有定下来。太宗很不高兴，对诸贝勒说：“我谋既隳，又何待为？”《清太宗实录》，卷5，25页。“密谕之曰：‘我已定策……’”《清太宗实录》，卷5，25页。。太宗说的“定策”，就是利用这一迂回进攻，除掉袁崇焕魏源：《圣武记》，卷1。。后来进兵北京，施反间计都证明了这一点。
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