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太宗得知阿敏逃归，十分震惊。他先治诸将之罪，然后追究阿敏弃城逃跑的责任。六月七日，他召集诸贝勒大臣，宣布阿敏罪状，共十六条，以丢弃永平、肆杀降民为最大，平时他违法种种事实也都揭发出来。经众议，都认为应处死。太宗不忍心，改为免死，处以幽禁。
继阿敏被贬之后，莽古尔泰也因与太宗口角而被打了下去。天聪五年（1631年）八月，当大军围攻大凌河城时，有一天，太宗离开营帐，来到城西山冈，视察城内动静。这时，他的五兄莽古尔泰走上山冈，报告说：“昨天战斗，我旗将士被杀的很多。摆牙喇兵有随阿山出哨的，也有随达尔汉额驸营的，是否应送还我旗？”太宗说：“朕听说你所部每有派差往往违误。”莽古尔泰不服，顶了一句：“我所部凡有差遣总是比别人多得多，何曾违误？”太宗见他顶撞，很生气，说：“果是如此，就是诬告，朕严加追究。如果揭发是事实，就将受差遣的人置于法。”说完，太宗的红脸膛显得更红了，带着怒气准备上马下冈。这时，莽古尔泰毫不相让，紧接着说：“皇上应从公说明白，为什么独与我为难？只因你是皇上的缘故，我才一切承顺，然而你却仍不以为足，是想杀我吗？”说着，对着太宗一手抓住腰间的佩刀柄，连连注视、抚摸……这一举动非同小可，敢在汗面前欲动刀刃，这在当时就被视为大逆不道。但站在太宗左右的侍卫无动于衷，不以为然。这一方面说明人们把他与太宗只当作兄弟争吵，没有看成是君臣关系；另一方面，莽古尔泰自恃为太宗的兄长，虽尊其弟为汗，然而内心却也没放在心上。他从本旗的利益出发，认为太宗没有关照，便借机发泄心中不满。据他事后讲，因为喝醉了酒，不免莽撞。当时在场的同母弟德格类看到其兄胡作非为，大声斥责：你这个举动大逆不道！一边说，一边举拳打去。莽古尔泰把怒气转向德格类，怒骂：“蠢物，你敢打我？”说着，竟拔刀出鞘五寸许。德格类上前把他推到一边。代善看到这情景，狠狠地说：“如此悖乱，还不如死！”太宗一句话也没说，默默坐到原位上。过了一会儿，他下冈回到营帐，愤愤地对诸贝勒将领说：“莽古尔泰幼时，父亲对他不曾与朕一体抚育，因一无所给，所以朕推食解衣待他。后来为取悦邀宠于父亲，他竟杀害自己母亲。父亲因此令抚养于德格类家，你们难道不知道吗？今天莽古尔泰为何侵犯朕？朕思人君虽甚英勇，决无自作夸诩之理。朕惟留心治国，就像乘一匹劣马，朕只有谨身自恃，为何轻视朕至如此地步？”接着，太宗怒责众侍卫：“朕恩养你们有何用？他露刀欲犯朕，你们为何不拔刀跑到朕前护卫？”……
大凌河战役胜利结束后，十月，议莽古尔泰“御前拔刃罪”，革去大贝勒爵位，降为一般贝勒，罚银一万两入官。这年底，制定朝见仪式时，参政李伯龙提出：“莽古尔泰不应当与上（太宗）并坐。”太宗说：“以前一直与朕并坐，今不与坐，恐他国闻之，不知彼过，反疑前后互异。既然李伯龙提出奏议，你们可以讨论。”《东华录》，天聪五年十二月。在这种情况下，代善颇有自知之明，忙着主动表示不再与太宗并坐，说：“我等奉上居大位，又与上并列而坐，甚非此心所安。自今以后，上南面居中坐，我与莽古尔泰侍坐于侧，外国蒙古诸贝勒坐于我等之下，方为允协。”诸贝勒群臣都表示赞成。太宗顺水推舟，立即批准《东华录》，天聪五年十二月。。这种座次重新排定，意味着太宗权威迅速上升，三大贝勒地位明显下降。第二年正月，太宗正式废除“与三大贝勒俱南坐受”的旧制，改为自己“南面独坐”《满文老档》，太宗天聪45，620~621页。。至此，太宗才真正达到了南面独尊的地位。
三大贝勒只剩下代善这一股势力，太宗也不放过，通过打击代善来进一步加强和巩固汗权。最近几年，代善已受到太宗几次批评，而天聪九年（1635年），谴责最重，迫使代善认罪听命。这年九月，太宗率诸贝勒迎接多铎征察哈尔凯旋，在返盛京的当天，代善擅自率本旗人员行猎。太宗的姐姐哈达公主与太宗关系不好，赌气先走，经代善营帐前，代善叫他的夫人把她迎入帐中，设大宴款待，临走时还赠给财帛。太宗得知这个消息，大怒，派人到代善及其子萨哈廉的住所责问：你自率本旗人任意行止，又将怨朕之人哈达公主请到营中设宴馈赠，又送给马匹回去，你这是什么用心？你萨哈廉身任礼部，你知父妄行，为何无一言劝阻？太宗怒甚，不告诉诸贝勒，先回盛京，入宫，关闭宫门，不许诸贝勒大臣进见。二十五日，太宗在内殿召见诸贝勒大臣及侍卫，当面谴责代善：自古以来，有力强而为君的，有幼小而为君的，也有为众所拥戴而为君的，不管哪种情况，都称为君主。既已为君主，则制令都统于君主，岂可分出轻重？今正红旗固山贝勒等轻视之处甚多。大贝勒（指代善）以前随朕征明，违众欲返；征察哈尔时，又固执欲回。所俘人民，令他加意恩养，他既不愿意，反埋怨朕。在赏功罚罪时，他偏护本旗；朕喜欢的人，他厌恶；朕厌恶的人，他喜爱，这岂不是有意离间上下关系吗？朕今年借巡游出去探听出征将领音耗，而代善却大肆渔猎，以致战马疲瘦。倘有缓急，将何以应援？代善诸子借名放鹰，擅杀民间牲畜，贫民何以聊生？济尔哈朗妻亡，请求娶林丹汗的苏泰太后为妻，而代善明知朕已批准，却屡次申言，欲自强娶，有此礼吗？朕曾派人告知代善可以娶囊囊太后，他认为她贫穷无财而不娶，竟拒绝朕命，类似事件，言不能尽。至于哈达公主，皇考在时，专以暴戾谗潜为事。代善与她的关系原不和睦，但她因为怨恨朕，代善却请至营中宴会，以前何尝如此相待？
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