CPU系统
所有的船舰都装备着某种电脑中央处理器(CPU)以控制船舰所有方面的操作。CPU运行着基础软件包，包括联络列表汇编，能源管理，传感器解释等。CPU被设计成模块形式，并可以升级以执行更多不同的功能。这些包括附加自动导航，修理路线和掌握防御模式。CPU有着不同的级别，有着不断增长的容量。CPU的级别越高，它就越昂贵。高等级的CPU确实相当昂贵。
自动导航软件
标准的自动导航软件包允许船舰自动执行基本的操纵，而无须驾驶员涉入。标准的自动导航有：接近接近是以最佳和最快的可能性飞向目标，必要的话会以LDS避开障碍物。编队移动船舰接近目标并试图保持一种相对位置。这对于跟随一艘船或者进行编队飞行非常理想。停靠停靠船舰到目标船或者太空站点，前提是目标船允许，并且有着空余和合适的停靠港口。
集成 AI CPU
这是用钱能买到的最好的船舰电脑。此CPU核心被用作主机，以一种自主的半感知‘机器智能’使所有船上的系统一体化。
它使每一个系统都在最优化的效率下工作，使船舰更快，更容易作出响应，武器更精确，更具威力，修理更快，而传感器更灵敏。令人吃惊的昂贵并且难以取得，它是当前船舰科技的最前沿，相当于一个 5+级别的CPU。
驱动管理软件
此程序使引擎处于最优化的效率中，增加一些百分比的能源当量，可以增加更多能源却不增加驱动器所聚集的热量。此程序持续重新评估并改变反应器的操作，因此它会使处理器密集工作。此程序一旦在引擎受到损害时就会关闭，以防止阻碍维修系统，会减少引擎的效率直到驱动器被修理完毕。
CPU记忆模块
这些能给你的船舰CPU增加更多的记忆容量，允许装载额外的程序而无须升级CPU处理器。
阻碍监视软件
这是种有用的感应程序，被开发来探测高度隐秘的船舰。它持续检查附近阻碍星体的物体(障碍)。这对于定位没有太大信号的隐秘船舰很理想——因为它们依然会阻挡星体发出的光线。它需要强力的光学扫描仪和以及大量的处理能源才可能运行，它无法被电子欺骗或堵塞。唯一阻挠它的方法是得知你的目标的确切位置并移动向一个没有可以被系统所追踪的星体的太空区域。
这会增加船舰感应器在定位船舰时的效力，但无法达到任何船舰辨认效果。
追踪自动导航软件
这是有用的自动导航，匹配你与你的目标船舰的速度，然后一直跟踪其后，直到被取消。这有着足够的灵活性使你能够在自动导航试图将你和目标保持在相同速度时调节推进超驰。
修理专家系统软件
修理控制通常对所要修理的系统有一种预设的顺序，从最为关键的部分开始，只激活这一部分，一旦完成就会移动到下一个目标。使用专家修理控制，船舰将会开始使系统处于修理和多重部件修理的效果下。如果这样的效果并不能马上见效，它会比安全，标准方式更快的使船舰回复到可操作状态。
附注 4718.001:史密斯，莱缪尔:“它会切断你的安全边缘，但会使你回到可操作状态，快那么一点点。“
自我防御软件
这是一种高级的军事自动导航，当驾驶员繁忙的时候可以被切换到(比如遥控驾驶)。如果船舰遭到进攻，它将采取躲避措施，并反击进攻船舰。它已被编程拥有有限的导航能力，因此会持续留守，但它会发挥其全部能力，使用所有可用的武器。
隐秘模块软件
一系列的系统控制和优化，此程序试图尽可能减少船舰的信号，通过系统定向和重定向能源，以最小耗能和热量运行系统。当它启动时，船舰性能可能的略微低于正常水平，但也应该很难被定位到，尤其在远距离的时候。
