清军入城之后便在那些投降的汉人带领下从一个富户进入另一个富户。清兵们先是抢银子，后来就无所不掠了。直到20日的白天，还没有人身伤害。但是夜幕降临之后，人们听到了砸门声、鞭子抽人声和受伤人发出的号叫声。那个夜晚火势蔓延开来，但有些地方的火被雨浇灭了。到5月21日，一份告示保证说，如果藏起来的人能够出来自首的话就会得到赦免，于是许多藏在自己家里的人走了出来。可他们走出来后却被分成50人或60人一堆，在三四个士兵的监督下，用绳子捆起来。然后就开始用长矛一阵猛刺，当场把他们杀死，即使扑倒在地者也不能幸免。时人王秀楚在他的《 扬州十日记 》中记载了当日的惨状：
一满兵提刀在前引导，一满兵横槊在后驱逐，一满兵居中在队伍的左右看管以防逃逸。三满兵驱赶数十人如驱如犬羊，稍有不前，即加捶挞，或立即杀掉。妇女们还被用长绳索系在脖子上，绳索拖挂，累累如贯珠，女人们由于小脚难行，不断跌倒，遍身泥土，一步一蹶。此时街上但见满地都是被弃的婴儿，或遭马蹄践踏，或被人足所踩，肝脑涂地，泣声盈野。路过一沟一池，只见里面堆尸贮积，手足相枕，血流入水中，化为五颜六色，池塘都被尸体填平了……街中尸体横陈，互相枕藉，天色昏暗无法分辨死者是谁。在尸体堆中俯身呼叫，漠漠无人声应答。远远地看到南面有数火炬蜂拥而来，我急忙躲避，沿着城墙而走。城墙脚下尸体堆积如鱼鳞般密密麻麻，我几次被尸体绊倒，跌在尸堆上与尸体相触。由于到处是尸体，无放脚之处，我只好趴下以手代步，一有风吹草动即趴在地上装做僵尸……
血腥恶臭弥漫，到处是肢体残缺的尸首。那些从城墙上跳下去企图逃跑的人不是摔断了大腿，就是落到了流氓无赖和散兵游勇手中，他们把这些人抓起来拷打，要他们交出财宝来。在城里，一些人藏到垃圾堆里，在身上涂满烂泥和脏物，希望以此躲开人们的注意，但是清兵不时地用长矛猛刺垃圾堆，直到里面的人像动物一样蠕动起来，鲜血从伤口流了出来。大火蔓延开来，那些因为藏在屋子里或地下室里仍然活着的人们，或者是被无情的大火所吞噬，或者是战战兢兢地跑到街上来，被那些仍然在屠城的清兵杀死了。甚至那些被正规的清军放过去的、赤身露体在街上游转的、孤弱无助的市民，又被成群的散兵拦住，乱棒打死。
到5月25日，即滥杀和抢劫的第6天，这场大屠杀方才结束。清军接到豫亲王的命令，就此封刀。和尚们得到命令开始收集和焚烧尸体。到5月27日，开始赈济口粮。根据焚尸簿的记载，在这次大屠杀中死难的人共有80余万人，其中还不包括落井投河，闭户自焚及在偏僻处自缢的人。
惨绝人寰的屠城使得几世繁华的扬州城在瞬间化作废墟之地，江南名镇一夜之间成了人间地狱，后人称之为"扬州十日"。
嘉定三屠
提到"嘉定三屠"，还需从"剃发令"说起。对于让汉人剃头从满制，清王朝本是相当谨慎的。弘光朝投降，豫亲王多铎进入南京之后，曾有这样的公告：
剃头一事，本朝相沿成俗。今大兵所到，剃武不剃文，剃兵不剃民，尔等毋得不道法度，自行剃之。前有无耻官先剃求见，本国已经唾骂。特示。
然而，不久之后，这项政策却发生了180度转变。这里面有两个原因：一是政局出人意料地进展迅速，江南半壁臣服，除了东南西南，满清基本已控制了整个中原，安抚之策已达到目的；二是汉人官员的推波助澜，一些业已归顺的官员们虽换了主子，倒也不甘寂寞，或自动剃发，以示忠心不二；或上书建议，以媚上谋取赏识。满清感觉名正言顺地推行满制的时机已成熟，疑虑之心消除。六月，清军再下剃发令，命令十天之内，江南人民一律剃头，"留头不留发，留发不留头"。
剃发对当时的汉人而言，心理上是难以承受的。"身体发肤受之父母，不可损伤"，这是千年以来形成的伦理观，也是一种根深蒂固的思维方式。剃发不仅有违传统，也被视为一种侮辱。因此这项政策不仅遭到了传统知识分子的抵制，也激怒了下层民众。于是，本已逐渐平静的江南又骚动起来了。乙酉年六月二十四日，各地相继骚乱，地方官和民众纷纷揭竿而起，嘉定总兵官吴志葵响应，逐走清政府派来的县令，占据了城市。当时，李成栋正在追剿占据崇明的明军残余势力，闻讯从吴淞回兵镇压，嘉定第一屠开始。
