在虎门销烟取得胜利的同时，广东全省肃清鸦片流毒的斗争也继续取得成果。自５月１３日至６月２８日，先后报获烟案１４０起，拿获贩卖、煎熬、吸食人犯１９２名，收缴烟土烟膏１８．７万余两， 烟枪２．７５万余杆，烟锅３５３口。
销烟可以说是顺利结束了，然而禁烟运动却遇到了新的困难。
早在赴虎门收缴趸船鸦片之前，林则徐就多次重申过要求外国商人出具永不夹带鸦片甘结（保证书）的命令，外商拒绝出具甘结，并宣布解散“外侨商会”，义律态度更为横蛮，当场撕碎甘结式样。林则徐驱逐１６名英国烟贩出境，义律立即以全体英商撤离广州相对抗。义律的态度助长了英国鸦片贩子拒不具结、破坏禁烟运动的嚣张气焰。他们公开在沿海走私鸦片，把大量陆续运来的鸦片贩运到“东海岸”——福建沿海。
义律和英国鸦片贩子破坏于外，反禁烟官吏和中国鸦片罪犯则捣乱于内。道光帝那道不准以收缴烟土烟枪入奏的谕旨，对全国方兴未艾的禁烟运动泼了一盆冷水。广东以外各省收缴烟土烟枪几乎陷于停顿。
林则徐从虎门返抵广州之时，面临的正是这样一种艰巨局势。他的战友邓廷桢和支持他的广州爱国士绅都深为担心。龚自珍也为此焦急忧虑：
故人横海拜将军，侧立南天未蒇勋。
我有阴符三百字，腊丸难寄惜雄文。
林则徐顽强地坚持收缴烟土烟枪是肃清鸦片流毒的主要手段，上奏力争，焦急地恳求道光帝特颁申谕，允许以收缴烟土烟花入奏。他还赋诗表达志不辱的决心：
近闻筹海盛封章，突兀班心字有芒。
谁识然犀经慧照，那容李树代桃僵！
林则徐这样说，也这样做，他和邓廷桢，观拆毁平台１７座，令广东官吏销毁收缴解省的烟土烟枪，亲临现场观煮化鸦片２万余斤。
在继续收缴和销毁烟土烟枪的同时，林则徐本着“除恶务尽”的宗旨，“督属勉益加勉， 根株一日未净，即购捕不容一日或疏 ”。林则徐接连几天亲审鸦片罪犯和知法犯法的水师官，又借“观风试”机会，向６４５名粤秀、越华和羊城书院肄业生问卷调查广州鸦片流毒情况，获得大量资料，惩办了一批官吏。
林则徐坚持采用具结措施，是建立在对外国商人“惟利是图”、“ 断不肯舍却广东马头 ”的认识基础上的，是合理可行的。从访查外国情况的过程中，他看到外商“来粤贸易，实系利市三倍，不惟以该国之货牟内地之利， 并以内地之货牟各国之利 ”，“利之所在，谁不争趋，即使此国不来，彼国岂肯不至 ？”
６月２３日，林则徐和邓廷桢颁布管理外商外船新章程，并不顾义律的再三抵赖，向外商发出甘结式样，严格执行具结贸易政策。他还用中国式的英文发布告示，重申具结贸易的主张。林则徐的行动在当时是得到一些比较客观的外国人的理解和同情的，在实行中，也在某种程度内起过孤立义律和英国鸦片贩子的作用。具结与反具结的斗争，成了虎门销烟后中英在处置鸦片贸易上争执的焦点。林则徐禁绝鸦片的事业和他对外国资本主义侵略者的认识，面临着更加严峻的考验。
跟随义律抗拒具结的英国商船，从黄埔港撤出后，和缴清烟土尚未回国的鸦片趸船一起，退泊到九龙尖沙咀一带海面，新近从印度等地开来的英国商船，也奉义律禁止具结进口贸易的命令，聚泊在这里。林则徐给予５天期限，让他们选择来去二途。善良的愿望当然不能感化奸诈的义律，５天过去了，尖沙咀一带的英船毫无驶离的迹象。半个月后，英船水手更制造了一起骇人听闻的流血事件。
７月７日，一群英船水手窜到尖沙咀村酗酒作乐，无端挑衅，借酒殴打中国居民，其中村民林维喜被英国暴徒殴打致死。事发后，义律假惺惺地给予安抚，妄图以重贿换取村民承认“命案纯由误会发生的 ”。林则徐接获报告，立即派新安县知县查办，查明确系英国水手酗酒行凶，义律给付“买口钱”显系送贿捏报。林则徐查明案情，并研究了外国法律，确信“杀人偿命，中外所同 ”，理直气壮地坚持要义律交凶，然而，义律存心践踏中国主权，对林则徐的“笔谕口传，一概不理 ”，并竟于８月３日非法宣布在中国领海设立一个“具有刑事与海上管辖权的法庭 ”，由他们自己审案，并邀中国官员到场旁听，被林则徐理所当然拒绝，并宣布义律的“审讯”为非法，严正指出；死英夷，试问义律将要凶手抵命耶？抑或可以不抵耶？
林则徐对义律拖延月余抗不交凶极为愤慨，为维护中国的独立主权，于８月１５日下令断绝对英商和澳门英商的柴米食物供应，撤其买办工人，并勒兵分布各处要口，实行戒严。义律决心退到海上，等候本国政府训令和援兵，采取战争行动。
恰在这个时候，从澳门退出的一只英船遭到３只中国海盗船的劫掠，船上水手和乘客８人下落不明。２６日，留澳英商及家属全部乘船退出。为防止义律狗急跳墙，林则徐一面采取必要的自卫措施，一面争取澳门葡萄牙当局和外商，孤立顽抗的义律和英国鸦片贩子。他认为，摈弃抗法者，接纳奉法者，在外交上占有明显的好处，美国人进口贸易，澳门葡当局遵守法度，给予区别对待，不但使义律在各国商人面前输了理，对在华其他英商也会起到分化瓦解作用。
９月１日，“窝拉疑”号和新来货船４只， 驶至尖沙咀。九龙湾巡洋师船按照林则徐命令，严格查禁食物接济，密切注视英舰动静。
４日上午９时，义律、士密等乘坐“路易莎”号，带着几只武装快艇从香港出发，开到我九龙山炮台附近海面，假装要求供应食物，向在该处防护炮台、查禁接济的大鹏营３只师船寻衅，声称半小时之后不供给食物，他就要击沉水战战船。半小时后，义律竟下令开炮轰击师船，当场击毙兵丁一名，大鹏营参将赖恩爵即令各船和九龙山炮台一齐反击，“ 展开骇人的轰击，并且打得很准 ”。九龙炮台也猛烈开火，集中打击义律的“路易莎”号，“打得顽强而相当准确”。顿时，１９发炮火打中主帆，轰得它在漩涡中滚转，英兵纷纷落水。激战两个半小时，英船败退，师船奋勇追击。下午５时，英舰“窝拉疑”号，武装鸦片走私船“威廉要塞”号等赶来援助，也被击退。６时半，英船向尖沙咀方向逃去。战斗取得胜利。接连几天，林则徐“察看该夷动静，以筹操纵机宜 ”。
正当林则徐静观动向，思索对策时，１６日，忽接澳门厅禀报义律恳求澳门葡总督代为“ 乞诚 ”的消息。抱着半信半疑的态度，林则徐开始面对和英国侵略者进行谈判桌上斗争的新形势。
义律乞求和平，实际是个阴谋。九龙海战后，中国水师的巡缉更严了，尖沙咀英船的食物供应非但未能解决，而且愈发困难了。抗拒具结、交凶、缴烟，货物卖不出去，“广东天气炎热， 各船中如洋米、洋布、棉花等，难免潮湿霉烂，业已怨怼同声 ”。黔驴技穷，义律眼看坚持对抗捞不到好处，只好侈谈和平论调，妄想取得喘息的机会，尽快卖掉那些潮湿霉烂的货物，调和内部合法商人和鸦片走私商人的矛盾。
林则徐当天就通知义律，表示可以在缴烟、交凶、驱逐烟贩和趸船的前提条件下达成和平解决。基于义律反复抗拒的教训，决定在“明有范围”的同时，做到“暗有把握 ”，即“ 临以重兵 ”，“直使该夷计穷心慑 ”，没有反复的余地。义律的确走到了谈判桌旁，并交了书面答复，表面上同意林则徐提出的三大条件，而实际上都是进行抵赖和狡辩，坚持不愿具结，只愿听候搜查，交凶呢？说是无法查清杀人凶手。
林则徐对义律求和条件的答复，当然不满意。但为了打破僵局，决定在具体问题上作些通融。关于具结，林则徐让了一步，允将“具结与搜查二事合二为一 ”，情愿遵式具结者，准予照常贸易，不必搜查；不愿具结者，应赴沙角接受搜检，果无鸦片，仍准贸易。若不遵式具结，又不肯接受搜查，限３日内回国，否则，定即驾驶火船，烧灭除害。 至于交凶，“允许再展限１０天 ”。
在等候义律答复的间歇，林则徐悠闲地为友人书扇。还写诗倾吐他禁烟到底的壮怀：
森森寒芒动星斗，光射龙穴龙为愁。
蛮烟一扫海如镜，清气长此留炎州！
为了避免义律推磨延误，并利用英国合法商人和鸦片贩子间“正不得齐心”的矛盾，打乱义律的阵脚，林则徐又将具结与搜查合二为一的新办法撰成告示，广为宣传。告示中，林、邓再次表示断绝鸦片百折不回的坚决态度，说 ：“本大臣、本部堂千言万语，无非必要断绝鸦片，若鸦片一日不断，即一日不肯歇手。此次尔等贩卖鸦片之念，直须永远断去。倘敢再图走私，定按新例正法，悔之何及。”
１０月１３日，义律表示，“此次所谕各事， 远职皆已洞晓，似不难循照，即行善妥办明 ”，并提议１５日重开澳门谈判。１４日，林则徐决定派余保纯等与义律再谈判。
然而，义律仍是玩弄花招，虽有已具结进口的英商从旁劝说，却还是毫不松口，会议三天，全无进展。到了２０日，余保纯等曲解林则徐“具结与搜查合二为一”的方针，置三个前提条件于脑后，向义律妥协，达成了在沙角搜检英船的协议。
２３日，林则徐接到余保纯等的报告，十分愤怒。义律在谈判桌上捞到便宜，气焰更嚣张，竟纠约英商数人到澳门开会，抗拒具结，并将凶犯解回本国。
２８日，林则徐得到义律宣布将杀人凶手解回本国的通知和洋商劝导英商具结经过的报告后，立即决定驱逐英商回国，动兵围拿杀人凶手。林则徐的补救措施，使义律眼看捞到手的便宜又落空。图穷匕首见，义律终于露出侵略者的魔爪，把侵略战争提到日程上来了。他立即拜会英国海军驻华司令官士密，恳求他“即行采取您认为最好的步骤，以防止英国船只落到中国政府手中 ”。 士密心领神会， 当天便率领英舰“窝拉疑”号和续到的“海阿新”号起碇驶离澳门，向虎门进发。
具结和惩凶的外交斗争并没有画上圆满句号。摆在林则徐面前的新课题将是：如何对付英国为维护鸦片贸易而进行的武力对抗。
正当中英双方围绕具结与交凶展开激烈外交战时，一个挑动侵华战争的阴谋，已在遥远的伦敦酝酿成熟。
林则徐禁烟的消息和谕令各国商人缴烟的文件以及义律的报告等都已传到或送达伦敦。
８月７日，外交大臣帕麦斯顿接见了那些和鸦片贸易有关的大亨们，给他们的印象是：预料政府要采取强硬措施，派出足量的海军，教中国感觉到海军的威胁。
但此时世界的正直舆论都认为中国禁烟有理，帕麦斯顿对此也不能不有所顾虑，而且他对中国还不了解。１７日，他要义律“获取中国沿海贸易场所和东印度群岛中诸海岛的情报 ”。２９日，义律的建议发动侵华战争的报告送达外交部。在鸦片贩子集团和纺织工业资本家集团的推波助澜下，英国政府挑动战争的意向日趋明朗化。
９月２３日，帕麦斯顿致书首相迈尔本，提出处理中英关系的６点实际问题。１０月１日，英国内阁决定，“ 对１／３的人类的主人作战 ”， １０月１６日，帕麦斯顿根据鸦片贩子们描述的作战计划，正式把英国政府发动侵华战争的决定通知义律，并说明了“纲要 ”，预定远征军于１８４０年３月到达中国海面。１１月４日，将计划通知海军部，指示义律尽量搜集军事情报。
英国伦敦战云密布，中国南海怒涛汹涌。１１月２日， 士密率英舰驶入沙角， 两次要求林则徐放弃“攻击”英船，恢复一切供应，均遭林则徐拒绝。林则徐表示：只要义律交出凶手，水师便可考虑撤回，但士密说：义律曾再三声明并不知道凶手，如已查出，他早就惩办了。抗不交凶，中国水师当然理直气壮地坚守岗位。
１１月３日中午，已遵守具结的英船准备报关入口，士密以武力横加阻挡，关天培正欲查究，士密竟下令“窝拉疑”号出其不意地炮击师船，炸毁火船一只，烧毙兵丁６名，关天培令开炮回击，英兵纷纷滚跌入海，双方激战一时许后，“窝拉疑”且御且逃。
４日夜里，英武装商船向官涌山营盘猛烈炮击，我军扎营得势，发炮反击，击退英船。８日，英船又发动进攻，有１００余人抢上山冈，击伤兵丁２名，增城营把总刘明辉率兵打伤敌人数十名，把他们赶下海。９日，英船又想夺下官涌的胡椒角，刚发炮试探，便被守军击退。１３日，１０余只英船于傍晚时分驶近官涌，伺机偷袭， 我军分５路， 一齐开火，其中“多利”号连中两炮，仓皇遁去，１只探水的划船被击翻，其余英船见势不妙，争先折退。林则徐接连收到官涌山反击战胜利的捷报，兴奋异常。
接着，林则徐向外国商人重申“以生死甘结为断”，“奉法者来之，抗法者去之”的区别对待方针，他传令慰问已遵式具结停泊黄埔的英国商船“担麻士葛”号人员，保护安全并倍加优待，又饬属查明“皇家萨克逊”号的下落，保护和带往黄埔贸易。
林则徐决定停止英国贸易，这是在承认中国有必要发展对外贸易的前提下采取的一种斗争手段。他说：“贸易一事， 该国之国计民生皆系于此， 断不肯决然舍去 ”，“而义律之勾结士密等， 虚张矫饰，玩法营私，该国以７万里之遥，其主若臣，未必围知情状，今他国通商如旧，而英国独停，若该国查察情由，系因图卖鸦片，抗违天朝新例，则内而自知理曲，外而颜面何存，彼亦不肯容义律等之诡计奸谋，以自坏２００年来之生计也 ”。停止英国贸易，牵涉到英国的国计民生，势必迫使英国答应断绝鸦片，这样一来，就不难达到永杜烟患，扫尽疮痍的目的了。１２月６日，停止英国贸易的决定开始实施。林则徐、邓廷桢遂于１０日从虎门撤回广州。
自从５月底义律宣布禁英船进口贸易，到２１日初林则徐停止英国贸易，整整半年过去了。义律拿在手上的气势汹汹地威吓中国的这块大石头，终于砸在自己的脚上。他一手造成了英国纺织工业资本家集团和鸦片贩子集团深为焦虑的结果：除“担麻士葛”号外，３３只英船不得进口，卖不出货物，买不进茶叶。贸易的利益全被美国等国商人占去了。相反，中国的对外贸易非但未被损害，而且从白银外流转成内溢，各船商人带来了２００万元的银币。
１２月１６日夜里，林则徐接到义律“求通贸易”的信件， 表示“欲仍作正经贸易， 凡事钦遵大清律例而不违本国制度 ”，企图在不具结、不交凶的情况下，含含糊糊地恢复贸易，使英商们得以重返澳门喘息。林则徐一眼看穿义律诡计 ：“此次具禀恳求，仍不过８月间伪作输诚伎俩 ”，他当即批复，揭露义律口谈“欲求承平 ”，大干侵犯中国主权的罪恶勾当，严正指出 ：“不许尔国交易，此皆由于尔之自取，并非天朝无故绝人。”“ 须知尔国制度， 亦不能出天朝律例之外，……若违天朝律例，则永远不许贸易。”
林则徐的策略是正确的，然而，它已经不可能继续执行了。１８４０年１月２日晚上，林则徐接到道光帝谕旨，具结、惩凶的正义措施被明令废止了。林则徐几个月来为挽救民族危难的努力遭到了无情的否定。
与此同时，在北京的反禁烟派官僚也加紧了破坏禁烟抗英斗争的活动。首席军机大臣穆彰阿利用道光帝急于禁烟收场的心理，奏请调邓廷桢为两江总督，以去林则徐的得力左臂。１月５日，道光帝准奏，命邓为两江总督，林则徐移作两广总督。
２月３日，即旧历正月初一，林则徐接受邓廷桢送来的关防、印信，正式就任两广总督。邓廷桢也在几天之后离开广州，北上赴任。这天应是中国人民欢度新春传统佳节的日子，可是对林、邓二人来说，这是他们忧怀国事，痛伤离别的日子。后来，邓廷桢在赴闽途中，赋词倾吐了他的愁绪：
百五佳期过也未。但笳吹，催千骑，看珠海盈盈分两地。君往也，缘何意？侬去也，缘何意？
召缓征和医并至。眼下病，肩头事，怕愁重如舂担不起。侬去也，心应碎！君往也，心应碎！１８４０年开春，随着西南季候风季节的迫近，英国发动侵华战争的准备工作日趋表面化了。１月１６日，英国女王维多利亚在国会发表演说，恬不知耻地叫嚷中国的禁烟使英商蒙受损失，触犯了英王的尊严。
２月２０日，英政府正式任命海军少将乔治・懿律和义律为侵华的正副全权公使，同一天，帕麦斯顿向懿律和义律发出第１号密训令，指示侵华机宜，提出向中国勒索权利的条约草案，并附上海军大臣发给远征军海军司令的训令和他写的致清朝皇帝钦命宰相书的副本。在“副本”中，他颠倒黑白，混淆是非，胡说中国官宪“迫害”英国侨民，“亵渎”英国女王，所以女王陛下才决定派海军前往中国沿海，要求“赔偿损失”和“昭雪冤枉 ”。还污蔑林则徐对“安分守己”的英国商民“横施强暴 ”，“ 污辱”赋有英王代表身份的商务监督义律，无理地提出赔偿烟价、“ 尊重”英国来华官员、割让岛屿给英国等三点要求，并恫吓说：英国政府决定用武力“作为这些要求的后盾”。
战争眼看就要实现了，英国纺织工业资本家们最关心的是：确保推销纺织工业品、收买茶叶的稳固而“自由”的市场，鸦片贩子们最关心的是鸦片赔偿问题。４月７日，下院经过三天的激烈辩论，以２７１票对２６２票的微弱多数，通过了对华用兵军费案和“英商在中国的损失，须达到满足的赔偿”的决议。从４月底开始，英国侵华远征军的舰艇陆续从好望角开普顿等地启程，开赴印度加尔各答集结，然后前往中国。
在广东，中英之间的武力对抗也转入一个新的阶段。
广州封港后，狡诈百端的义律，趁岁暮深冬，中国人民忙于除旧迎新之际，再次秘密潜入澳门，企图暗中买通葡当局，以澳门作为对抗中国的依托。２月４日，义律不顾警告，悍然调遣“海阿新”号驶入澳门内港。林则徐利用英葡之间矛盾，谕令澳葡当局限期把义律和英商一起驱逐出境，否则，将暂停澳门贸易，澳葡当局却借口“中立”不加干预。林则徐决定停止澳贸易。
２月１５日、２０日，义律分别接到帕麦斯顿１５、１６号密训令。在此之前，在华外商就开始传播英国进犯中国的消息，林则徐也及时得到探报，但他认为英国发动战争的传闻，“本系恫喝，固不足信”，不过，为了“防其叵测 ”，他还是积极地进行守战准备。针对双方军事力量的对比，林则徐提出了“以守为战”的方针，立足为守，即避敌之长，不与英军海上交锋。为了实现有效的防守，林则徐致力于加强敌人入侵时必经的海口、内河和山梁各要隘的防御工事，装配虎门各炮台，加强远攻火力。又在尖沙咀和官涌增设两炮台，置炮５６门。在兵力部署上，也作了适当调整。“以守为战”还必须以战助守， 针对英军远道而来，供应困难的弱点，决定采取夜袭火攻战术，翦除出海接济的汉奸船只，使敌不战而自困。考虑到可能有海上交锋，林则徐还积极筹造战船。３月间，建造了一批炮艇和许多小帆船，又仿照越南制成４只轧船。４月２５日，又按欧洲船式修建成几只双桅船。
在林则徐的号令下，广州内外，秣兵厉马，紧张练兵。林则徐盼望广东官兵能尽快剔除积习，练成劲旅，手书一副对联，悬挂于演武厅上：
小队出郊垌愿士卒功成净洗银河长不用，
偏师成壁垒看百蛮气慑烟消珠海有余清
这副对联，措词磊落，充满冲天正气，激励着校场上练武的官兵们。
林则徐暂停澳门贸易后，葡当局出于自己的利益，拒绝义律等寄居澳门的要求，林则徐遂于３月初宣布恢复澳门贸易。义律退出澳门后，英船继续散泊外洋，一面廉价拍卖货物、鸦片，一面高价收买食品，加意招徕汉奸，“啖以倍蓰之利，则一蔬一薪， 亦皆厚给其价，并以鸦片与之兑换，使之两获其利 ”。在义律的引诱下，沿海一带贪利亡命之徒，纷纷环集英船，接济英船，走私鸦片。出现这种断绝中英贸易后的私弊现象，严重影响了林则徐使敌自困的计划。针对这一情况，林则徐决定派出水勇，攻击焚烧汉奸船只，彻底断绝英国侵略者的接济来路。２月２９日夜，分４队水勇， 一举烧毁了大小船２３只， 沙滩篷寮６座，并生擒汉奸１０名。３月２日，马辰亲自到广州向林则徐禀报长沙湾夜袭战况，林则徐十分高兴，认为“此次烧毁办艇，甚为痛快，不独寒奸之心，亦已落顽夷之胆矣 ”。经过整顿后的广东水师，战斗力已有很大的加强，但林则徐心里清楚，广东水师和英国海军相比，还是很落后的，必须大加改造装备。
临战前的局势是严峻的，中英贸易的断绝，查禁措施的实行，曾一度使义律和英商陷入“以布帆兜接雨水，几于不能救渴”的窘境。然而由于奸民的接济食物加上“继而觅诸山麓，随处汲取不穷 ”，使他们很快恢复故态。经过长沙湾被袭的教训，英船行动更加诡密，以防我兵火攻。这说明英船“最畏焚烧 ”，所以仍当“以所畏者设法制之 ”。他饬令沿海兵勇，注意捕捉时机，积极开展这种朴素的海上游击。
６月１６日，英军武装汽船“马打牙士加”号抵达粤海。２１日，英国侵华远征军海军司令官伯麦乘载炮７４门的旗舰“威里士厘”号抵澳门湾外，还有一艘炮位一层的军舰。２２日，“陆续又来兵船７只，均不甚大，炮位也只一层，又先后来有车轮船３只，以火焰激动机轴，驾驶较捷 ”。这一天，伯麦从“威里士厘”号上发出公告：
现奉英女王陛下政府命令，本司令特此公告：从本月２８日起，对广州入口所有河道港口一律进行封销。
英国资产阶级蓄谋已久的鸦片战争，终于爆发了。
此时，“英舰连樯而来，或泊九洲， 或赴磨刀，或赴三角外洋，东停西窜 ”。消息传来，林则徐饬令沿海官兵，严阵以待。６月２４日，林则徐向道光帝奏报了英军来粤和备战情况。２５日，义律宣布英军对广州和珠江口的封销。为了有效地击退敌人的进犯，林则徐及时颁发了《英夷鸱张安民告示》， 激励人民斗志，２８日，英军５艘军舰一起开抵澳门港外。至此，英军在中国海面的兵力，共有军舰１６艘，载炮５４０门，武装汽船１艘，运输船２７艘，陆海军４０００人。英军本来打算在封销珠江口后，破坏江面防御工事， 进犯虎门要塞， 以及将公文送往北京，后认为林则徐不好对付，没有执行。改派“布朗底”号把信送往厦门。３０日继续封销珠江口。
７月１日，林则徐得英军离粤，赴浙、苏、津等消息，即嘱关天培：如英夷胆敢拦阻行舟，即当示以兵威，不容滋扰。并速报道光帝，咨文浙、苏、直隶等省，一体防范。
７月，广东没有发生战斗。原来，英舰自粤连樯北上，直趋定海，“布朗底”号于７月２日， 窜入厦门内港，多次放舢板小船靠岸，均被击退，英军恼羞成怒，发炮轰击，打死打伤我兵丁２０多人，击坏民房近２０间。炮台奋力反击，英舰狠狈窜遁。与此同时，英舰主力已陆续集结浙洋，４日早上，４艘英舰驶入定海内港，定海毫无战守准备，水师总兵张朝发竟说：夷船被风吹来，恒有之事， 无足惊讶。”致使英军长驱直入，登陆据关山炮台，连夜轰城。６日凌晨，定海遂失，知县姚怀祥、典史全福丧命。
定海的失守，是清朝政府腐败政治所决定了的。迷信“天朝声威 ”，可以“慑服蛮夷”的愚昧心理，长期武备不修，将不知兵，兵不知战，灯红酒绿的糜烂生活，又铸成他们对现实的麻木不仁，英寇入侵警报频传，竟毫无准备。战争爆发前，除福建由于邓廷桢的到来，作了抵抗准备，其余沿海各省在反禁烟派官吏的把持下，都对林则徐的多次建议置若罔闻。
８月４日，林则徐和怡良研究了定海失陷局势，当天起草密陈恢复定海机宜的折片，并建议道光帝允许并鼓励村民诛杀英军，收复定海。
随着英军攻占定海的消息传来，留在广东的英军也渐形猖獗。广东军民愤切同仇，６日清晨，澳门群众指引弁兵活捉了英国人士担顿，押往广州。９日，士密获悉，立即赶到澳门，叫嚷“将要采取强硬的步骤 ”，林则徐断然拒绝，并添调２０００人进澳门防堵增援，配备炮火，操练水勇。
早已蓄谋进犯的士密，果然采取“最强硬步骤”，１８日，３艘英舰窜至澳门港外，当晚，中国水师师船和运兵小船奉命纷纷驶进澳门内港，准备严加防堵。１９日中午，英军出其不意地偷袭关闸炮台，由于我兵武器低劣，“回炮多不能及 ”，关闸被占， 并攻新庙，敌强我弱，损失较大。同一天，水师官兵和水勇在狮子洋上开始大规模的联合演习，整整两天，林则徐逐一亲加校阅，对兵勇们的高昂士气大为满意。校阅期间，林则徐重新规定赏格，又颁布了《剿夷兵勇约法七章》，详细制订战术战法， 是当时条件下朴素的海上抗英游击战术的理论概括。
关闸之战的失利，大出林则徐意料。他对守军未能力战、失陷炮台又气又恼，一面札令易中孚等人对溃逃官兵“必得斩一二人以徇于军 ”，一面鼓励援兵“激发天良 ”，为国立功。关闸战后，英军放出谣言，某刻攻前山，某刻攻香山，甚至“欲犯虎门 ”，不少县、营官弁惊魂未定，纷纷求援，林则徐冷静分析局势，反对株守徒攻，主张主动出击。水师出洋，接连４日，未见敌人踪迹，“日来澳门、 前山等处绝无动静 ”，取得“稍压夷氛”的效果，与敌海战的决心更为坚定。
３１日 ， 出洋水师连连击败英军１只火轮船和“架历”号舰，将“架历”号头鼻打坏，英军纷纷滚跌落海。９月１日，把总黄者华从矾石洋赶来报捷，但“众船会攻一船，既得胜仗而未能将船夺获，殊为可惜！”中国官兵和武装群众——水勇， 虽然没有取得赫赫战功，但它雄辩地说明：中国尽管在定海战场败北，但在广东战场，有抵抗派指挥，和广大群众密切支持配合，能够和已经抗击了凶暴的英军，为捍卫祖国的尊严作出了贡献。如沿海官吏都能像林则徐已经做到的那样，英军就难得逞。
英军攻陷定海后，立即大肆屠杀掠夺，城垣炮台及近城１０数里之内，人民庐舍，无不残毁，几于鸡犬不留。７月６日，懿律和义律抵定海，接着，又宣布封锁宁波港口，并在定海城内设立伪政权。封锁宁波的英舰肆无忌惮地在甬江口劫夺沙船，且把抢劫范围扩大到其他沿海地区。１１日、１６日，英舰两次直窥镇海，均被击退。由于舟山群岛各岛居民的抵制，英军定于１４日在定海开市的计划遭破产，食物和用水都遇到困难。２８日，懿律、义律乘船先后驶离定海北犯，留下的舰船继续对甬江口和长江口实行封锁。
７月２４日，定海失陷的奏报到京，道光帝当即下令革除乌尔恭额和浙江提督祝廷彪的职务，又令邓廷桢派福建舟师赴浙会剿英军。英军攻城略地，所向披靡，大出道光帝意外，他慌忙调兵遣将。这时反禁烟派造谣说 ：“夷兵之来，系由禁烟而起 ”，也有说是因“绝其贸易”引起的，于是，道光帝对林则徐的信任发生了动摇，在派伊里布赴浙查办时，特别指示他要密行查访“致寇根由 ”。沿海督抚害怕失事受斥，群起攻击林则徐的“肇衅 ”，高唱“议和”论调，道光帝害怕战火蔓延天津 ， 于８月９日下令驰往天津“筹防”的直隶总督琦善：如该夷船驶至海口……不必遽行开枪开炮。
８月１１日，懿律等率英舰进迫大沽口，驶近口岸投书并要求购买食物，琦善害怕英军“藉词滋衅”，即满口答应代买食物。９月１日，懿律、义律复照琦善，坚持英国提出的各项勒索条件，琦善根据道光帝“随机应变，……设法劝说英军退兵”的旨意，于１３日向懿律等表示：如同意南返粤东，则中国钦派大臣到粤会谈。懿律于１５日复文琦善同意返回广州谈判。１７日，道光帝接到琦善关于英军南返的奏报，“朕心嘉悦之至 ”，当即降旨，派琦善为钦差大臣，赴广东查办事件，并飞谕沿海各省督抚，英船经过不必开放枪炮。１８日，林则徐关于择日出洋剿办英军的奏报到京，被道光帝严切指责。１９日，又令调查邓廷桢奏报厦门抗英一役军实。
随着道光帝态度的转变，主和派完全得势。为了替赴粤的议和活动打开坦道，琦善于２０日上奏道光帝，吹嘘英军船坚炮利，中国断难决胜，并千方百计诬陷林、邓二人。
这时的道光帝对琦善所陈当然完全相信，对其所请无不依从。 ２８日， 下旨谴责林则徐禁烟抗英，“内而奸民犯法，不能净尽，外而兴贩来源，并未断绝”，“办理终无实济，转致别生事端，误国病民，莫此为甚 ”，将林则徐、邓廷桢交部严加议处，林则徐即行来京听候部议，两广总督由琦善署理。琦善自天津赶回北京听训后，于１０月３日离京赴粤。同一天，道光帝以“误国病民，办理不善”的“罪名 ”，下旨将林则徐革职，并命林则徐折回，邓廷桢从福建前赴广东，以备查问原委。
形势急转直下，在军事上没有被英军的炮舰所打败的林则徐，却在政治上被主和派的谗言打倒了。
９月１４日夜，林则徐知道英舰“至天津递呈，琦善奏入，奉旨准其呈诉，并将公文等件进呈 ”，心情十分沉重，“彻夕为之不寐 ”， 担忧时局“若以一着之差，致成满盘之错， 如何维挽耶 ？”允准英军“呈诉”，不准筹计制船造炮，朝廷的用心十分显然，林则徐怎不心寒呢？但他没有斤斤计较个人的荣辱祸福，为了“无伤国体，可敬后来 ”， 打定主意， 在不得不上表辞官的同时，也要“不识事宜”地力陈制船造炮的抗敌主张。２２日起，林则徐化了两个晚上的时间写折稿，他一面自请处分，一面写了密陈夷务不能歇手的附片，大胆地陈述自己的抗英主张，理直气壮地驳斥了主和派攻击他的谬论，并建议“以通夷之银量为防夷之用 ”，从海关收入的税银中抽出一部分来制船造炮，改变军事技术和装备远远落后于英国的状况。
奏折和附片于２４日拜发后，林则徐仍专心一意地加强广东的防务。 ２９日，“午后赴箭道校射 ”，３０日，“ 清晨出往小北门永康炮台演放炮位 ”，同日，还决定拨调海珠炮台大炮加强虎门炮台的火力。这时，林则徐感冒生病，天天延医治疗。病中接到道光帝“欲盖弥彰，可称偾兵”的指责，并要他迅速驰奏水师出洋后接仗情形。９日，林则徐病愈，强忍心头郁愤，当晚提笔作复折，详细说明了广东抗英战略从“以守为战”向“出洋剿办”转变的理由，以摆事实的方式，婉转地反驳了道光帝“前后自相矛盾”的谴责。然而，道光帝以重治林、邓来换取英军退兵的议和方针早已决定，申辩是枉然的。２０日，林则徐接到吏部公文，“知奉谕旨交部严加议处， 来京听候部议，以直督琦署广督，其未到之前，以巡抚怡暂行护理 ”。当天，林则徐交卸总督、盐政两篆，移送怡良。
林则徐被黜，“宦局旋更 ”，“夷务改换局面 ”。抵抗派和人民群众联合抗英的形势被破坏了。消息传开，爱国官兵、士绅和抗英群众都极为震惊和愤慨。送行时，人们共赶置５２块颂牌，上书“民沾其惠，夷畏其威 ”，“勋留东粤，泽遍南天”、“烟销瘴海”、“德敷五岭”等赞词，表示他们对林则徐领导禁烟抗英斗争的拥护、支持和对他无理被黜的同情、惋惜。林则徐怀着激愤的心情，清理书籍，理好行装，准备于２６日动身。
快要离开广州了。紧张激烈的禁烟抗英斗争，把林则徐的心身和广州的名字紧紧地联结在一起，他是多么留恋啊！ 蒙受不白之冤， 林则徐感到莫大的耻辱，他抱着忠君的观念坐受惩罚，在行动上没有反抗，也不敢反抗。他没有因为国家民族争命遭致无过被黜而后悔，他的民族气节也不曾因红顶帽的丢失而点上瑕疵。
