１８４０年１０月２５日夜，林则徐接吏部下达道光帝决定革林则徐职，并“折回广东，以备查问差委”的公文，改变行程，连夜寻觅寓所。从这天起，林则徐便过着一个多月“羁滞羊城，听候查问”的生活。他毫无束手待“罪”之意，仍注意了解海上的敌情和广东的防务，观察着事势的变化，不时地向护理两广总督怡良提供建议，冀望怡良在议和的气氛中维持广东的抗战局面。
怡良暂行代理两广总督，第一件要处理的公事，便是奉旨撤兵。他心感不妥，又不得不执行。整整考虑了１０天，才草出复奏折稿，但仍空着撤兵数字。
在琦善出面与英军议和的时候，浙江人民奋起对占领定海的英军展开英勇的斗争。１６日早上，当地渔民１０００余人，对抢夺一过路中国盐船的“风鸢”号英军“围而缚之 ”，活捉英军２４人。定海青岭岙附近村民包祖才等，用锄头和渔叉伏击了上山测绘地形的英军上尉安突德一行，活捉安突德，解往宁波。
义律亲自到镇海索俘，主持浙江事务的钦差大臣伊里布和琦善同乞相求，表示愿意以礼相待英俘。１１月６日，伊里布与义律达成浙江停战协定，英军便起程南返广东。这样，广东局势就更加危急了。英舰“窝拉疑”号先行抵粤，几天内接连截去８只中国盐船，９日，水师的阳右六号米艇被掳劫，船上官兵因有令不准开放枪炮，不敢回击。２０日，懿律率英军自定海返抵澳门海面，第二天派“女王”号前往虎门递送咨文，并通知说英方的谈判代表已到粤，被沙角炮台守军开炮轰跑，这件事，在广州军民中引起了极大的反响，希望再战， 怡良也气愤不已，“彼若果来犯，仍须开炮 ”。而澳门新闻也报道英侵略者的战争叫嚣，说什么琦善之来， 不过是拖延之计，“非用武不能了事 ”。林则徐敏感到“逆夷惑于谎言，恐有先下手为强之意 ”，提醒怡良：在琦善到来之前，和英军交战，对抵抗派十分不利。“贸然开一二炮， 则来者转有所借口 ”，因此建议各路官兵，加意严防，但不先下手。这个时候，虎门口外，战云密布，从２４日起，懿律带领英舰陈阵于穿鼻洋上，妄图以沙角炮台轰击送信船为借口，进行武装挑衅，叫嚷要攻打虎门，追究轰击“女王”号事件。
在这种情势不，琦善于１１月２９日进入广州城。一到广州，琦就深怪官兵妄动，破坏议和气氛，派人前往“登舟服礼 ”， 又亲自起草文稿， 向英军声明“擅先开炮，原由兵丁错误 ”，无疑给爱国官兵当头泼下一盆冰水。义律正式提出议和的１４项条件，包括讨还“烟价”、“兵费”、“引欠 ”，割地一处，开放口岸６处等等，叫嚷“如有一条不从，即攻打虎门、香山等处。
为促使英军“早就范围 ”，琦善“一切力反前任所为 ”，撤去海防兵丁，遣散林则徐招募的数千壮勇，拔除横档前后的江底暗桩。义律见琦善撤防散勇，心中暗喜，便使出讹诈的惯技，“一启口而即言打仗”，吓唬琦善，又假惺惺地作出一些“让步 ”，如同意退回所掳师船、盐船，削减“烟价”数字，给琦善一点甜头，诱引他步步就范。经过讨价还价，双方在“烟价”问题上达成一致，从２０００万逐次降为６００万。通商一项，义律坚持要定海、上海二地，声称不满足要求便打仗，形势变得十分紧张。
１８４０年１２月２６日，义律不满琦善在通商地点上的固执和拒绝面谈，发出强硬照会，限琦善２８日零时以前对议和条件作出圆满答复，否则“藉兵法办行 ”。恰好这一天，琦善发出复照，诉说他的苦衷，说明“自古君尊臣卑，中外一理 ”，“身为臣下，断不敢稍自专擅 ”，答允给予二处贸易码头。义律改变立即打仗的主意，于２９日照会琦善，坚持“予给外洋寄居一所，俾得英人竖旗自治 ”，并约他到澳门相晤，１８４１年１月２日，琦善复照，表示不能赴澳面谈，给地寄居向无此例。
１月５日，义律对琦善推托大为不满，立即照会，宣布“相战之后”“再商讲和 ”， 英军总司令伯麦也同时下了战书，并限于７日前作出答复。琦善慌了手脚，７日上午８时，义律、伯麦没有接到回文，遂对虎门发起进攻。英军兵分三路，袭击虎门第一户——沙角和大角炮台。８时半，英军陆战队从鼻湾蜂拥而上，英舰向大角、沙角炮台猛烈炮轰。攻破大角后，合力猛攻沙角炮台，清兵终因寡不敌众和武器陈旧，抵挡不住英军攻势，被迫登上山顶，占据后山，守台官兵大批阵亡，陈连升身先士卒，慷慨捐躯。其子陈长鹏惨遭破腹，含恨阵亡。经过近一天血战，沙角炮台终于陷落敌手！
１月８日，义律、伯麦提出□兵条件五款，要求“寄寓”沙角等等，９日，英军围困虎门镇远、威远、清远等炮台，义律带来口信：打平炮台，即赴省城，再与琦善商议。 战争一触即发。 １１日，琦善答应“给口外外洋寄居一所 ”，更换沙角，其余悉照原议，另行说定。义律当即回文， 提出外洋“寄居”（即割让）地点为尖沙咀、红坎即香港等处。 １３日，琦善要求义律在缴还定海后始恢复广州通商，１４日，义律同意通知定海英军撤兵，退还沙角、大角二地，换取琦善将尖沙咀、香港等处“让给英国主治，为寄居贸易之所 ”。１５日，琦善表示除尖沙咀、香港两处“止择一处地方寄寓泊船”外，一切照办。１６日，义律答应放弃尖沙咀，“以香港一岛接收 ”。 并提议将历次议妥条款，“汇写盟约一纸， 以俾两国和好永久 ”。至此，一切条件均已谈妥，只差正式手续尚未办理。
英国侵略者和中国主和派都在欢庆自己的“胜利”，然而，他们全都高兴得太早了。首先挨到当头棒的是琦善。２１日清晨，他被人从甜蜜的梦境中唤醒，跪接一道皇上严厉批斥议和的谕旨：
逆夷要求过甚，情形桀骜，既非情理可谕，即当大申挞伐。所请厦门、福州两处通商及给还烟价银两，均不准行。递夷再或投递字帖，亦不准收受，并不准遣人再向该夷理谕。现已飞调湖南、四川、贵州兵４０００名，驰赴广东，听候调度。著琦善督同林则徐、邓廷桢妥为办理，如奋勉出力，即行据实具奏。并著琦善整饬兵威，严申纪律，傥逆夷驶近口岸，即行相机剿办。朕志已定，断无游移！
道光帝突然又倾向主战，削职听候发落的林则徐、邓廷桢被请出来“协办夷务”了。
琦善接旨后，不得不请林则徐、邓廷桢出来会商。林则徐悲喜交集，百感丛生，喜的是终于有了报效的机会，悲的是两年来苦心经营的抗英设施被琦善破坏了，怕的是琦善当道，自己虽有“协办”之名，而无上奏之权，“倘以阻挠军情密劾，又安敢尝试乎 ？”而且道光帝虽表示“朕志已定，断无游移 ”，然后之果否游移，仍属难料。这使他不由感到矛盾、苦闷、□徨。２２日，是旧历岁暮，除夕欢宴，没有给他带来欢乐，他一气吟赋了四首五言律诗来表达苦闷、压抑的心情：
病骨悲残岁，归心落暮潮。正闻烽火急，休道海门遥。蜃市连云幻，鲸涛挟雨骄。旧惭持汉节，才薄负中朝。
此涕谁为设？多惭父老情。长红花尽袅，大白酒先倾。早悟鸡虫失，毋劳燕蝠争。君看沧海使，频岁几回更？
幸饮□仁水，曾无陆贾装。通江知□酱，掷井忆沈香。□结终无赖，羁縻或有方。茹茶心事苦，愧尔颂甘棠。
朝汉荒台古，登临百感生。能开三面垒，孰据万人城。杨仆空横海，终军漫请缨。南溟去天远，重镇要威名。
２７日，琦善和义律仍然私下密商“善定事宜”条款，同意割让香港，进行卖国活动。３１日，琦善酌定善后章程４条，送交义律。２月１日，义律和伯麦在香港赤柱贴出告示 ：“香港等处居民，现系归属大英国主之子民， ……” 林则徐等发起召集爱国士绅，声讨琦善，坚决要求痛剿英国侵略军，收复香港。敦促怡良终于下了决心，上奏揭露琦善擅自出卖香港的罪行。９日，琦善接到道光帝把他交吏部严加议处的谕旨，命令他统辖广东官兵，先行分布要隘，按段拒守，待大兵到粤，“奋力剿除，以图补救 ”， 但他仍与义律签约事宜，准备２０日前正式签字。１３日，琦善接到道光帝任命奕山为靖递将军，赴粤主持战事的谕旨，才感到势头不妙，有所收敛。１５日，慌忙将未签字盖用关防的条约文本退还义律。
林则徐帮助怡良揭露琦善私割香港的卖国罪行后，一面急切地等待道光帝的决定，一面担起“协办夷务”的责任，筹划防守。但是，１６日折差带回的谕旨使林则徐大失所望，道光帝一面称“昨复派奕山、隆文、杨芳带兵赴粤剿办， 势难中止 ”， 一面又同意琦善“设法羁縻 ”，说“该大臣冒重罪之名，委曲从权，朕已鉴此苦衷 ”。大兵未到，“羁縻”依旧， 在这种谬妄的政策下，岂不只有束手待毙？
这时，英军正在澳门海面紧急集结，义律已经决定发动战争，迫使琦善在《善定事宜章程》上签字。琦善不得不派刚到达的贵州兵１０００名，湖南兵９００名，会同粤省兵７００名，装出抵抗的姿态。然而，这已经太晚了！２５日，英舰１８艘顺利突入虎门，首先把横档、永安两炮台守军团团围困了，根本无法运兵增援。２６日拂晓，英舰向虎门各炮台发起总攻击。中午，横档、永安两炮台遂告失守。接着，英舰集中攻击靖远炮台及两侧的镇远、威远炮台。下午２时，守军阵亡大半，英军乘势登岸，直扑炮台。关天培不幸以身殉职。靖远、镇远、威远失陷后，大、小虎山守军不战而退。虎门保卫战悲壮地失败了。
第二天，虎门失陷，关天培、麦廷章殉国的噩耗传来，林则徐悲痛欲绝。他挥泪含痛为关天培、麦廷章撰写了一帧挽联：
六载固金汤，问何人忽坏长城，孤注空教躬尽瘁。
双忠同坎□，闻异类亦钦伟节，归魂相送面如生。
英军攻破虎门，溯珠江而入。２７日，直攻乌涌卡座，轻易地摧毁了乌涌土炮台。琦善束手无策，英军步步深入。３月１日，英军又攻占了□州炮台，广州垂危！３日，琦善急令余保纯赶到黄埔求和，竟同意义律提出的、比《善定事宜章程》还要苛刻的《□兵条款》，义律喜出望外，答应停止进攻３天， 等待琦善在卖国契约上盖用钦差大臣关防。
林则徐坚决反对琦善的乞和行径。决定出资自雇壮勇出来应敌。“督催壮勇，共得５６０人 ”， 广州爱国士绅、商人也纷纷捐资雇勇。一位爱国士绅主动代付广益行雇募壮勇３００的雇资。就在林则徐积极捐资雇勇，组织民众保卫广州的时候，３月５日，道光帝派来的参赞大臣杨芳驰至广州，义律和琦善秘密达成的《□兵条款》， 因不能如期盖用公印而失败。１２日，道光帝接到怡良揭发琦善割让香港的密奏，决定将琦善革职锁拿，押解来京，严行讯问，所有家产查抄入官的谕旨到粤。１３日，琦善及鲍鹏等卖国贼在副都统英隆押解下，离开广州进京。
林则徐反对琦善割地乞和的斗争，是他被革职之后，坚持抗英爱国活动的一个重要内容。
参赞大臣杨芳在清廷武员中算是一位“久历戎行”的宿将， 道光帝特调老将出征， 寄以莫大的期望。然而，杨芳是个“内战内行，外战外行”的屠夫，广州的危局不但没有解除，反而更加严重了。３月１４日，英军进犯香山县，炮轰县城，１６日，义律决定摧毁广州城外一切工事，进击广州。此时的林则徐，又回到琦善当道时的处境了，他再次奔走羊城，忙于战备。１８日，英军源源驶往广州，猛击两岸城厢，攻破诸多炮台，下午４时登陆占领商馆。１９日提出恢复通商为休战条件，杨芳等决定接受。２１日，英船陆续退出广州。休战后，义律通过恢复贸易大捞了便宜。休战后的半个月中， 林则徐沉默了。“身同羁绁 ”，他为杨芳没有利用休战的机会加强战守而濒于绝望，归田隐居的情绪如涛涌现，连梦中也呈现和家人一起度过庾岭还乡的情景。４月８日，正值郑夫人生辰，他想到鸾飘凤泊，家室苍茫，和自己留滞羊城的痛苦，写下了两首七律《辛丑三月十七日室人生日有感》：
敢将梁案举齐眉，家室苍茫感仳离。
度岭芒鞋浑入梦，支床蓬鬓强临歧。
剧怜草长莺飞日，正是鸾飘凤泊时。
婪尾一杯春已暮，儿曹漫献北堂卮。
偕老刚符百十龄，相期白首影随形。
无端骨肉分三地，遥比河梁隔两星。
莲子房深空见薏，桃花浪急易飘萍。
遥知手握牟尼串，犹念金刚般若经。
４月１０日，林则徐突然接到靖逆将军奕山、参赞大臣隆文的来信，约他面商大计。这时的林则徐，心中又燃起了希望，他冀望自己的抗敌主张能够打动奕山，便竭尽心思，写出了一份长达２０００余字防御粤省计划，这个计划实际上也是林则徐的抗英经验之谈。然而奕山根本没有也不可能采纳林则徐的建议，无异于对牛弹琴。
自削职以来，林则徐怀着抗敌救国的热忱，向当权者献策，一次接一次地遭到冷遇，他毅然催促怡良揭露琦善卖国行径，捐资招募壮勇，备办火船，也无补于广东时局的垂危。向奕山提出抗英方策，不顾当事者是否采纳，在他看来，这就是鞠躬尽瘁，尽了臣职。所以，当上书奕山被冷落之后，他想的还是如何以“一片赤诚”去感动这位“靖逆将军 ”。不巧因受凉感冒，身体不适，他几天都未出家门。５月１日，便接到道光帝命令他离开广州的谕旨：
著祁土贡、怡良传知林则徐，赏级四品卿衔，迅即驰驿前赴浙江省，听候谕旨！
滞居羊城的沉闷日子终于过去了，赴浙江前线效力的愿望实现了，他感到兴奋，“伏地叩头， 恭谢天恩 ”，立即打起精神，整理行装，准备北行。
１８４１年５月３日，林则徐离开广州，一路上，他注意了解浙海前线情况，“ 益愤怀于激忱 ”。也在５月３日，道光帝下令伊里布来京候旨，两江总督由裕谦接任。裕谦于１５日接旨后，即函嘱刘韵珂来镇海驻扎，以便回苏接任。下旬，刘韵珂从杭州来到镇海军营，裕谦才起程北上。这时，他还不知道林则徐奉旨赴浙一事。１８３４年至１８３６年间，裕谦和林则徐结识共事，过从往来，引为知交。林则徐对于裕谦，素来尊重，在反侵略战争中，更是肝胆相照。
６月７日，林则徐来到浙江肖山县义桥坝，这时他才知道裕谦已于半个多月前由镇海回苏接两江总督新任，而刘韵珂则从杭州至镇海驻节。省里已没有可以代奏之人，于是他临时作出决定，眷属继续前进，在杭暂住，自己取道径往镇海军营。
６月１０日，林则徐至宁波，急切地向他们询问前线铸炮备战情形，委托冯登府代为搜集铸炮的文献资料。下午，与前来迎接的巡抚刘韵珂、提督余步云等在舟上见面，并一道抵达镇海。他不因自己“悬而无薄”而置身局外，第二天便登上招宝山，察看新旧炮位，第三天即到镇海炮局“与局员议铸炮演炮事”，并把他从广东带来的《炮书》，“检讨此间炮局，以资参考 ”。
１４日，刘韵珂把裕谦请旨给林则徐差使的奏稿，交给林则徐阅看。林则徐对裕谦派给他的差使是心满意足的。虽然道光帝的旨意如何尚未可知，他还是积极地参予策划镇海的防堵事务。连日来，他“日乘竹兜，渡大浃，登高陟险，指画守御之方 ”，与刘韵珂等“将镇海口内外情形历勘详度 ”，着重考察各炮台地利形势，检查添筑防御工事。林则徐还积极参加研制大炮、战船。
６月３０日，林则徐接到裕谦来信，信中录寄一道“廷寄 ”，廷寄宣布了道光帝本月１５日的命令，这道谕令清楚地表明，道光帝虽然在抵抗派的要求下，把林则徐派到浙江，但仍无意重新起用他。尽管如此，林则徐仍一如既往，精心组织备战活动。
林则徐身在镇海军营，心里念念不忘广东的抗英斗争。到镇海的第三天，接到广东友人来信，获悉５月２１日夜，广州大获全胜，十分高兴。６月１７日，他接到怡良的来信， 才知道５月２２日以后， 英军“复肆猖獗，继仍乞和 ”，不过，由于关山的阻隔，林则徐此时不可能了解奕山指挥的清军在这次战役中大遭惨败的真相，不清楚怡良所称的英军乞和实际上是奕山投降，也不知道三元里人民奋起抗英，狠揍了英国侵略者，更想不到这个战役的结果，还会对他的前途和命运发生重大影响。
７月１３日清晨，裕谦刚刚从江苏赶回镇海，准备从容布置防剿事宜。他“意中将倚（则徐）为左右手，一到便找林则徐商议。林则徐对老朋友的到来，极为兴奋，和裕谦放怀痛叙衷肠。就在这天下午，道光帝将林则徐流放伊犁的谕旨送达镇海军营。裕谦被这突如其来的悲讯怔往了，他为老朋友的境遇痛感婉惜和同情，为自己“失谋主”而心怀惆怅。林则徐在傍晚从刘韵珂处得知这一旨意。 献身无路， 报国无门，此景此情，除了悲愤，还是悲愤！
第二天，他乘舟告别了披沥奔驰了整整３３个昼夜的镇海，结束了令人难忘的军营生活。
１８４１年７月１４日，林则徐踏上赴戍途程，１７日，到杭州，准备稍事停留，等到伏尽，再启程赴戍。
这一次，他的老战友邓廷桢也被放逐伊犁。共同的遭遇，把他俩的心紧紧地连结在一起了。他俩相互通信，倾吐心怀。约定守候秦中，同行出关。
林则徐滞留杭州，故友、旧属纷纷赠诗相送，精神上得到莫大的慰藉。
张珍臬１０年前曾被谪戍新疆，绘有《梦月听诗图》， 曾向林则徐索题， 因政事繁忙，“冗中仅题额应之 ”。此时重晤，同病相怜之感油然而生。这一次，林则徐把自己的情感溶化在题诗中：
……
诗梦俄惊梁月堕，边心遥逐塞云愁。
谁知卷里濡墨客，垂老凭君问戍楼！
林则徐还向他询问西陲的许多情况，张珍臬“以和泰庵尚书在伊犁著《三洲辑略》稿本”借予林则徐随带出关，并赠诗６章，林则徐和诗感谢，并抒发自己对国事的忧虑：
不信玉门成畏道，欲倾珠海洗边愁！
临歧极目仍南望，蜃气连云正结楼。
８月暑退伏尽，林则徐带着眷属从杭州动身，拟由江苏、河南经西安，西行出关。途经京口时，巧遇老友魏源。魏源对老朋友壮志未酬、无端被贬感到无比愤慨，在著名的《寰海》组诗中，他怒斥投降派对林则徐的诬陷、迫害：
谁奏中宵秘密章，不成荣虢不汪黄。
已闻狐鼠凭城社，安望鲸鲵戮场疆！
孰使卉皮轻节钺，只因薏苡似珠琪。
不诛夏览惩贪师，枉罢朱纨谢岛夷。
林则徐和魏源自江苏话别，已易６个寒暑。此次相见，他俩对榻叙怀，披肝沥胆地交换意见，举杯消解郁积的忧思。他们情投意合，聚精会神地交谈，直到东方发白。在依依惜别之际，魏源赋诗二首，赠给正在走向戍途的林则徐：
万感苍茫日，相逢一语无。风雷憎蠖屈，岁月笑龙屠。方术三年艾，河山两戒图。乘槎天上事，商略到鸥凫。
聚散凭今夕，欢愁并一身。与君宵对榻，三度雨翻萍。去国桃千树，忧时突再薪。不辞京口月，肝胆醉轮□。
几天之后，林则徐来到扬州。这时，他接到道光帝８月１９日的谕令，要他从遣戍途中折回开封祥符工地，襄办河工，“效力赎罪 ”。奔腾咆哮的黄河， 又制造了一次大水患！８月２日黎明，冲决了开封府城西北１０余里南厅祥符讯３１堡的堤防。滔滔洪水，一泻千里，开封府护城堤被冲溃，水发第８天，城墙坍塌，动逾数十丈，“城中万户皆哭声 ”， 消息传到京师，朝廷震惊。道光帝命林则徐折回东河效力。
新任东河河道总督王鼎没有治水经验，他顾不得林则徐日夜兼程，事事找其面商，林则徐“追随星使（王鼎），朝夕驻坝 ”，“日夜坐于士卒同畚锸 ”， 以致“奔驰成疾，既发鼻衄，又患脾泄 ”，但王鼎极需他的襄助，“遂不得不勉强支持 ”。
正当林则徐全神贯注于堵口工程的时候，英国侵略者又气势汹汹地挑起战火，前线失利的军报一次又一次传到工地。厦门、定海、镇海、宁波连连失陷。闽、浙沿海的失事，故人、僚属的阵亡，令林则徐悲痛欲绝。他多么殷切地希望能够重返抗英前线啊！但是，他也明白这只是一个空想。这年冬天，林则徐上书新任两江总督牛鉴，“ 力陈船炮水军之不可已 ”，但牛鉴仅以空言敷衍，并不采纳实行，他伤心已极，决定守口如瓶，不再言事。
然而，林则徐在东河工地的处境也是十分困难的，作为“效力赎罪”的“罪臣 ”，他的地位很低，更谈不上有决策的权力。虽然王鼎信得过他，但是工地上的贪官污吏对他的诽谤攻击有增无减，他眼巴巴地看着贪污横行而无权制止。王鼎对林则徐在祥符大工合龙工程中所起的作用，当然十分明白，他奏报道光帝：“林则徐襄办河工，深资得力 ”，希望能按往常惯例，论功行赏，重新起用，最少也可以将功折“罪 ”，赦免流放。可是，早已倒向主和派阵营的道光帝，根本不理会王鼎的奏荐。在庆贺祥符堵口河工告成的宴会上，王鼎请林则徐居首座，一起放怀痛饮。忽传旨到，“林则徐于合龙后，着仍往伊犁 ”，王鼎和其他正直的官吏都为这不公道的处置忿忿不平，林则徐镇静自若，他抱着“君恩难忘”的观点，承受了这一打击。
林则徐从祥符工地起程，王鼎相送于河干，两人依依不舍，王鼎更是老泪纵横，涕泣不已。林则徐感慨难言，赋诗两首相赠：
幸瞻巨手挽银河，休为羁臣怅荷戈！
精卫原知填海误，蚊□早愧负山多。
西行有梦随丹漆，东望何人问斧柯？
塞马米堪论得失，相公且莫涕滂沱！
元老忧时鬓已霜，吾衰亦感发苍苍。
余生岂惜投豺虎，群策当思制犬羊！
人事如棋浑不定，君恩每饭总难忘。
公身幸保千钧重，宝剑还期赐上方！
离开祥符，林则徐于４月中旬来到洛阳。他的姻亲叶申芗在洛阳任河陕汝道，肫切留住数日。
５月中旬，林则徐抵达西安。由于“河上积劳，感受时瘟，顿成疟疾 ”。 到西安后就卧床不起，“呈请病假，因就地赁屋侨居 ”。经过两个月的“缠绵医药 ”，“疟始渐止 ”。
８月１１日，天空放晴。林则徐告别妻子、家人，登程赴戍。行前，口占二首志别：
出门一笑莫心哀，浩荡襟怀到处开。
时事难从无过立，达官非自有生来。
风涛四首空三岛，尘壤从头数九垓。
休信儿童轻薄语，嗤他赵老送灯台。
力微任重久神疲，再竭衰庸定不支。
苟利国家生死以，岂因祸福避趋之。
谪居正是君恩厚，养拙刚于戍卒宜。
戏与山妻谈故事，试吟断送老头皮。
１９日，传来镇江失守的消息。几个月来，他在病中，很少得到东南的消息，战事的发展变化他一直蒙在鼓里。６月１６日，英军突破陈化成的顽强抵抗，攻陷吴淞口炮台，１９日进占上海，他竟无从得闻，镇江的失陷怎不使他大吃一惊？！道光帝把林则徐像敝屣一样的遗弃了， 他的名字在政治上消失了， 他不可能像以前那样及时掌握战情变化的情报，只有从友人私下来信中得到一点消息。９月３日，林则徐长途跋涉，来到兰州。当地官员热情慰留，他决定在兰州暂事休息数日。在兰州期间，他风闻江南议和，英国侵略者的军事行动暂时停止。但他不知道清廷已屈膝投降，签订辱国的《南京条约》， 还以为是英国侵略者战败求款呢！在《留别海帆》一诗中，他说：
慷慨论兵忠愤气，殷勤赠别解推情。
近闻江海销金革，休养资公翊太平。
９月１１日，林则徐在嘉峪关内下车，然后换骑策马出关。１３日，到玉门。他接到邓廷桢自伊犁来书，知道老友已为他的到来寻觅寓所。林则徐多么希望能早日和邓廷桢促膝谈心啊，他以诗代书，告诉邓廷桢：
与公踪迹靳从骖，绝塞仍期促膝谈。
他日韩非惭共传，即令弥勒笑同龛。
扬沙瀚海行犹滞，□雪穹庐味早谙。
知是旷怀能作达，只愁烽火照江南！
自己不幸的遭遇可以自宽自慰，可是江南被敌蹂躏又怎能忘怀呢？故又说：
中原果能销金革，两叟何妨老戍边！
假如能把英军赶出去，国内没有战事，两个老头在边疆呆一辈子也无妨。
离凉州以后，天寒地冻，偶遇飞雪。从安西州向西，更是雪飘万里，积素迷天。渺漫的雪景酷似变幻不定的时局，林则徐感触而作《途中大雪》诗：
积素迷天路渺漫，蹒跚败履独禁寒。
埋余马耳尖仍在，洒到鸟头自恐难。
空望奇军来李□，有谁穷巷访袁安？
松篁挫抑何从问，缟带银杯满眼看。
１２月１０日，林则徐走完了悲凉的赴戍途程，来到祖国西陲的伊犁惠远城。从１８４１年７月１４日离开镇海赴戍，至此历经一年又近５个月的时光。扣除折回东河效力、病疟留西安等曲折的情节不计，仅从西安出发到达伊犁一段戍程，亦走了４个月又３天，风刀霜剑的打击，病躯衰龄的缠磨，并没有把这位爱国老人难倒，在政治上消失了名字的林则徐，以诗歌和书信形式顽强地表现他以及他所代表的抵抗外国侵略的政治势力的存在，这难道不应该看作是不甘屈服于外国侵略者的中华民族反抗精神的一个象征吗？！
伊犁，我国著名的边城，西陲的重镇，战略的要地。
林则徐到达惠远城的当天，邓廷桢、庆辰等赶来迎接，陪同进城，安顿下来。伊犁将军布彦泰派给林则徐的差使是“掌粮饷处事 ”，他决心为戍边事业多做一些好事。但是，由于“衰龄病骨，风雪长征 ”，林则徐的身体十分虚弱，布彦泰关照他，让他安心调养，他深感内疚。
养病期间，林则徐密切关注国家大事，尽管布彦泰慷慨借给邸抄，获取消息，但林则徐还是感到不满足，因为“此间京报，须遇回折之便，由驿带到，大约以两月为度，而将军、参赞看毕送来，则又隔数日矣 ”。不少消息他还是先从家人及友人书信中得到的。
林则徐首要关心的是朝廷和战的动向。《 南京条约》签订后，清朝统治集团和外国资本主义侵略者从对抗走向结合， 中国社会的发展进程开始转折。“自从１８４０年的鸦片战争以后，中国一步一步地变成了一个半殖民地半封建的社会 ”。清廷逐渐起复投降派，压制抗英斗争中的抵抗派，正是清朝地主阶级和外国资本主义侵略者之间的关系变化决定的。林则徐当然不明白这一点，他从传闻中得到的仅仅是一些直观的现象。
１８４３年１月２９日，转瞬之间，林则徐在伊犁迎来了第一个除夕，有生以来第一次在北国边塞度岁，他的心情特别激动，三年来的行踪一幕幕映过脑海，他对自己的所作并没有后悔，怀念的仍是危难的祖国。有诗为证：
流光代谢岁应徂，天亦无心判菀枯。
裂碎肝肠怜爆竹，借栖门户笑桃符。
新缘幡胜如争奋，晚节冰柯也不孤。
正是中原薪胆日，谁能高枕醉屠苏？
除夕过后，大地回春，西陲伊犁也渐春意盎然，生机勃勃。林则徐的精神比旧腊强多了。在中国传统的元宵节，林则徐和邓廷桢相邀欢灯对饮，又出门步月，使他“逐客愁怀对酒消 ”。春暮时节，林则徐和邓廷桢兴致勃勃地到绥定城看花，饱尝了它的风貌，即兴作词一首：
绝塞春犹媚，看芳郊清漪漾碧，新芜铺翠，一骑穿尘鞭影瘦，夹道绿杨烟腻，听陌上黄鹂声碎，杏雨梨云纷满树，更频婆新染朝霞醉，联袂去，漫游戏。
曾在广东禁烟日子里风雨过从的老友豫□，也被贬谪来到伊犁。林则徐同他载酒游药园，心中填满无限感慨！
８月２３日，林则徐和邓廷桢、文冲在豫 的 寓所度过七夕之夜，他感时伤情，作七绝三首，其中一首是：
漫道星桥彻夕行，汉津波浪恐难平。
银潢只见填鸟鹊，壮士何年得洗兵？
抗敌不成，报国无门的悲愤，恐怕银河的波浪也难平静，鸟鹊为牛郎织女相会搭成桥，壮士重上战场杀敌报国的宿愿哪年能实现呢？
如火如荼的抗英斗争，他少有余暇，动笔不多。而如今，压抑在胸中的爱国激情，使他“诗情老来转猖狂 ”，诗歌写作进入了一个新的境界。
此时，抵抗派被完全打下去了，再也不能对议和派的卖国活动构成威胁。正是在这种背景下，８月１日，道光帝决定首先释放邓廷桢入关。９月１０日，邓廷桢起程进关，林则徐赠诗送别：
得脱穹庐似脱围，一鞭先著喜公归。
白头到此同休戚，青史凭谁定是非？
漫道识途仍骥伏，都从遵渚羡鸿飞。
灭山古雪成积水，替浣劳臣短后衣。
回首沧溟共泪痕，雷霆雨露总君恩。
魂招精卫曾忘死，病起维摩此告存。
歧路又歧空有感，客中送客转无言。
玉堂应是回翔地，不仅生还入玉门。
邓廷桢的赐还放归，触动了林则徐的思归之情。
不久，文冲也获释入关归养。“天涯同是伤心侣，目送归鸿泪满巾 ”。林则徐望着入关的人群，心潮起伏，不能自已。
１８４３年１１月３０日，张际亮客死北京，林则徐对这位力主禁烟抗英、不断寄书伊犁传递消息的知己之死，写下《哭张亨甫》一诗，表示深切的悼念：
尺素频从万里贻，吟成感事不胜悲。
谁知绝塞开缄日，正是京门易篑时！
狂态次心偏纵酒，鬼才长吉悔攻诗。
修文定写平生志，犹诉苍苍塞漏卮。
１８４４年５月２８日，王鼎暴卒。林则徐回想往事，悲恸万分，作挽联云：
各位显韩城，叹鞅掌终劳，未及平泉娱几杖。
追随思汴水，感抚膺惜别，还从绝塞恸人琴。
国事日非，林则徐的心情更加沉重。门生戴□孙先后来过几封信，附赠诗作多首。“穷荒无与共赏 ”，林则徐每每情不自禁地拿出来独自诵吟，又痛楚地放下。
林则徐到伊犁后，一直处在病中。但他并未气馁，认定“虽毡庐雪窖，心安亦可为家 ！”他借助带来的几车书籍，“摊残帙于打头屋里 ”， 研读文史，特别是新疆的边防史地。致力于研讨新疆的历史地理沿革。在祖国西陲边塞读史，林则徐具有和往昔不同的亲切感。同时，他还研究屯田备边的历史经验，着重了解清代在新疆屯田的情况。
１８４３年９月，林则徐从邸抄中获悉，前河南粮道淡春台因招募眷民１００户赴巴尔楚克屯田，道光帝于７月２０日下旨赏给六品顶戴，准予释回，觉得这是他为西陲屯田戍边效力的可行办法。林则徐经过深思熟虑，主动地向布彦泰提出捐办阿齐乌苏垦地的要求，得到布的采纳。这年冬天，林则徐组织当地民众，开始阿齐乌苏废地的初垦。
一年多来，林则徐的病体并未见复原，他抱病捐办阿齐乌苏垦地，认修龙口工程，充分体现他关切边疆开发事业的爱国热忱。这年冬天，原来特派履勘南疆各城垦地的伊犁参赞大臣达洪阿引疾开缺，恰好布彦泰报林则徐等捐办阿齐乌苏垦地完竣的奏折到京，道光帝遂下旨命布彦泰传谕林则徐赴南路阿克苏、乌什、和阗周勘。能够得到为西陲备边防边贡献余力的机会，林则徐“实为梦想不到”，使命是艰巨的，“事体既属繁重，道路又复绵长 ”，但林则徐毫不犹豫，决心“短衣携得西凉笛，吹彻龙沙万里秋 ”。
途经乌鲁木齐期间，林则徐接到关内及伊犁等地友人的来信，使他了解到许多近事。对战败赔款，朝廷经费拮据，深感忧愤。下面这首诗，表示他对当时的银贵钱贱趋势的加剧深切关注：
漫将羞涩笑羁臣，此日中原正患贫。
鸿集未闻安草泽，鹃声疑复到天津。
纷看绢树登华毂，恐少纟留流度羽巾。
海外蚨飞长不返，问谁夜气识金银？
３月下旬，林则徐会同全庆首先查勘了库车的垦地，至６月，“已将六城地亩完行勘完， 陆续呈请将军具奏”，便沿着先前来南疆的路线回头向库车进发。７月８日，林则徐到布古，与全庆会勘喀喇沙尔垦地后，便折赴吐鲁番听候谕旨。９月接旨，命续勘伊拉里克垦地。１０月１日，自吐鲁番至托克逊，６日前往查勘伊拉里克续修水渠工程。他先后亲历查勘的八城垦地，达６８．９７万亩， 行程３万余里。１０月底，他又续奉谕旨，会同全庆前往哈密查勘塔尔纳沁垦地。在勘垦过程中，林则徐目睹沿途大部分地区得不到开发，曾经十分痛惜地感叹说：南八城如一律照苏松兴修水利，广种稻田，美利不减东南。
勘垦之外，林则徐还为边疆人民做了一些好事。比如在产棉地区倡导使用纺车，把内地汉族人民的纺纱技术向少数民族推广，这对边疆一些落后地区改进棉纺生产是有积极意义的。
林则徐周勘天山南北各城垦地，虽然和削职之后在广州“协办夷务”、 在浙江镇海军营及东河祥符工地“效力赎罪”一样，无权列衔上奏，但他仍以认真求实的态度，默默无闻地实干着。
这个时候，清朝统治集团的对外投降活动，以签订一系列不平等条约成了定局，投降派人物也一个接一个地重新起用。为了缓和与抵抗派的矛盾，１８４５年１０月２９日，道光帝同意释放林则徐，回京以四五品京堂候补。
