其实，剧组留下来的剧照中，还有年轻时的芹泽博士跟惠美子一起玩耍的场面。虽然这个场面因为没有采用而没留下电影底片，想当然地，惠美子口中「如同亲哥哥般的」的芹泽博士不但没有穿白袍，也没有戴上黑色眼罩。「如果不是战争的关系，就不会受到那严重的创伤」，这是尾形唯一一句透露出关于旧伤情报的台词。不过，在芹泽博士的眼罩下，还隐藏着对惠美子的思念、恐怖发明的秘密，以及跟不上战后日本的时不我与等种种烦恼。尤其是经过尾形等人的说服后，芹泽博士虽然决定将氧气破坏剂作为杀死哥吉拉的终极武器，在无言中烧掉相关研究资料的他，却散发出一股相当遗憾的氛围。
加藤典洋将哥吉拉当成是日军二战英灵的「客观性相关物」。这个词原本是用于说明哈姆雷特和父亲亡魂之间的关系。既然绝对必须成为英雄的芹泽博士等于是现代版的哈姆雷特，那么他的客观性相关物就是哥吉拉了。至于会说芹泽博士像是烦恼于复仇的哈姆雷特，其证据就在于香山滋的《G作品检讨用脚本》里，芹泽博士有一句：「到底是该用？还是不该用呢？」的台词。哥吉拉的丑恶、强大、惨况、悲戚与时不我与，这种种要素都与芹泽博士有着强烈的共鸣。
其实，芹泽博士并不是个彻底避世的人，他还是会待在研究室里默默地收看电视新闻上的灾情报导。只是他对外界产生如此灾厄，却没有避难的打算，只是照样潜伏在实验室的暗处而已。也许他只是在看着来自海底的过去亡灵代替他破坏这个世界。如果在地表上使川氧气破坏剂会如何，其可能结果就仿像是哥吉拉造成的破坏。再说哥吉拉到达东京后，在故事的要求下，让芹泽博士看起来变得更像现代版的「疯狂科学家」、「浮士德博士」。当然，以类似作品的角度来看，芹泽博士也可说是《海底两万哩》的尼莫舰长。
哥吉拉推倒电塔后遇到了江户城的护城河，便转向往大海的方向离去，引起湾内巨大的波浪，也有一说是因为芹泽博士的关系：哥吉拉确认了芹泽博士的存在之后才回头，这说法又是怎么回事呢？那是因为，芹泽博士曾在剧中走出研究室外—在式根号巡防艇前往大户岛时，亲自目送式根号即将出港。这就是他曾接近过哥吉拉的行为之一。而哥吉拉则是两度登陆，接近芹泽博士。它像是在找什么似地左右摆头，确认对方的存在。接下来，芹泽博士接近哥吉拉的时机，就是搭乘式根号巡防艇准备下水攻击哥吉拉的场面。这两个相同性质的角色同极相斥的结果，就是像核弹一样连锁反应而爆发。然而芹泽博士在实验室里，到底是发明了什么足以和哥吉拉抗衡的武器呢？
芹泽博士与日制原子弹
芹泽博士最大的秘密「氧气破坏剂」，就和战时日军研发的「原子弹」类似。不过广岛、长崎被投下原子弹后，我们日本人会以为原子弹是一种仅仅在日本以外研发出来，像是「黑船」一样突然降临日本的东西。在这样的想法延长下，也会觉得氢弹实验跟自己没有关联。不过，日本和核武器并不是只有以「被害者」的这种形式连结在一起。
报纸记者荻原根据「瑞士特派员从德国人听来的消息」而去向芹泽博士追问发明的相关讯息，可推测此发明是德国留学时代的研究之延伸。电影中的芹泽博士年纪虽然设定为二十七岁，但即使是个天才而且在战后马上到德国留学，这种年纪能有如此成就很难让观众感受到真实感。不过，在《G作品检讨用脚本》里的原始设定中，芹泽博士的年纪为四十岁，不但是战时到外国留学的知识份子，而且在人物的背景上也显得更有说服力。再说德国科学家前往瑞士大展鸿图，很容易让人联想到爱因斯坦。不过他是因为犹太人身分而躲避纳粹德国，而不得不逃到美国去的。
芹泽博士的秘密研究和战时日军研发原子弹的工作颇为类似。其实，广岛和长崎被投下原子弹前，日本并不是没有研发原子弹的资讯。而且还有科学启蒙杂志，将新武器的情报印刷成册。还有，爱因斯坦于一九二二年访日后，现代物理学的最先进理论也透过各种形式让日本加以吸收。邀请爱因斯坦的出版社是改造社，他们邀请爱因斯坦除了是业务需要，同时也是广告宣传。而且爱因斯坦在访日时，还在船上收到了诺贝尔奖的受奖通知。
这种插曲想必也更鼓动了有心科学之人吧。战前的科幻小说家，海野十三曾在创作生活的初期里，写下了《遗书播放》的小说。其中有一段描写是说氢和氦元素之间的结合引发出恐怖的核融合灾变，其中所产生的能量连锁反应，让整个星球陷入毁灭。
我的想像中，这将会成为一场严重灾难的开端。只要在短时间内、狭小的空间中，就可以产生出远远超出人力的能量，并且狠狠践踏人类的思维。第二、第三、第四、第五次原子变化会接二连三地发生，数以万计的原子变化让能量更加庞大，因此所引发雷鸣、地震、暴风开始肆虐这整个世界，结果各种灾变互相冲突、沸腾、崩毁、蒸发、消散，我相信这种让生命在瞬间消失的连锁，足以让这个球形世界毁于一旦。
这里的描述超越了实际的氢弹描写，而是想像了因为其中爆发出的能源产生连锁反应，将会为地球带来极度危险的情况。自从威尔斯在《获得自由的世界》（注41）预测了未来的核子战争之后，也开始有着「一旦解放了这种力量就无法控制」的想法。
因战争的发展取得新能源的利用技术，可以让核武成为拯救日本的秘密武器。而在立川贤的《飞越旧金山》里，描述了原子弹所带来的威胁，其中甚至有让人惊叹的内容，这篇小说是在一九四四年的《新青年》七月号中刊登（长山靖生编《明治、大正、昭和—日美虚构战争小说集锦》）。该篇小说描述日本将原子弹研发完成后，用于攻击美国本土。换句话说，即使是即将败战的日本，只要有了原子弹这个终极武器，也能轻易地逆转战局。
虽然立川的小说中使用的是核分裂而不是核聚变，不过立川的小说首先先瞄述了美国这边的情报。哥伦比亚大学的哈罗德·尤里发现氘，因此得到诺贝尔奖。一九三九年时，发现铀235可用于制作原子弹。一九四〇年时，集结于纽约的物理学家居里等人放弃研发原子弹。现实中，从爱因斯坦担心纳粹德国抢先拥有原子弹的信件开始，美国起了开发原子弹的念头，而在物理学家欧本海默主导下开始进行研发原子弹的曼哈顿计划。然而在立川的小说中，不放弃开发原子弹的那一方则换成了日本人。
在小说中，白川博士于台湾台北大学研究时，不只开发了原子弹，甚至还有更为新颖的发现。在实验过程中，也发现了大量产生铝的方式，以及将新能源作为飞行燃料的使用方式。只是后来在炸弹的研发实验中，博士本人也因为爆炸而不幸身亡。简而言之，他们开发出可以横跨太平洋的轻航机，以及充足的新能源，更有让敌人化为粉末的炸弹。这种可谓一石三鸟的剧情发展，确实是太过顺遂。毕竟现实中的日本的生产力不论是三个条件中的哪一个都无法达到。当原子弹空投旧金山后，小说有过以下的描写。
进入旧金山后，飞机一边进行大幅度的回转动作，一边提升飞行高度。当飞机升至八千米以上时，便顺势将炸弹空投下去。
虽然那在体积上并不是多大的炸弹…。
但即使是白天也会因为这颗炸弹的爆发，而在天空中看到难以言喻的青白色电光。一开始以为街道中央只是迸裂开来，但随即就产生一声惊天动地的爆炸声。接着灰蒙蒙一片的沙尘里，已经无法看见旧金山。（中略）旧金山就像大冰山……不，简直就像是糖果融化一般不见踪影。
故事里，随着这个报告的出炉后，美国总统因为受到日军原子弹的威胁而盘算着要逃到哪里去，小说便在此结束。不过，在小说作品描写旧金山因此毁灭的一年后，同样的情况便在广岛上演。B29轰炸机艾诺拉·盖号于九六〇〇公尺的高空上投下原子弹「小男孩」。只要区区一颗炸弹，就让整个广岛市灰飞烟灭。
如果哥吉拉是氢弹试爆中诞生的终极武器，那么芹泽博士的「氧气破坏剂」就是日本在二战研发原子弹的背景中延生出的产物。只是，这种设定无法从香山滋等人的口中证实。但是，「从住在瑞士的德国人」口中听到相关情报的讯息中，可以想见剧组打算让「氧气破坏剂」的制作背景和现实的历史产生若有似无的连结。在二战时，日本陆军委托理化学研究所、海军委托京都帝国大学研发原子弹。由于日本国内几乎没有出产铀矿，所以想收集到必需用量来制作原子弹有相当大的难度。不过，福岛县石川村当地还是有铀矿可采出，也可用U型潜艇从德国运来。一九四四年时，朝日新闻曾刊出一篇解说，关于「一个火柴盒大小的铀矿就能把整个伦敦夷成平地」，这句话后来也理所当然地成了谣言而广为流传（保坂正康《日本的原子弹》）。总之，原子弹完全被当成能一举挽回劣势的秘密武器。
话说回来，为何芹泽博士会在剧中制造出消灭水中氧气的东西呢？我认为关键就在于「水」。想要制造出氢弹，就要有氢的同位素——氘、氚。而氘又是比较容易从水中取出的东西。换句话说，氢弹的材料在自然界随处可得。反观天然铀矿，只有在某些专门的产地才可以采出。水是氢和生命必需的氧结合出来的东西，然而，从水中取出的氘产生了比基尼氢弹试爆，带来的却是鲔鱼的污染，还有被炸飞的珊瑚化为白灰从天而降。由此来看，芹泽博士在惠美子的面前用氧气破坏剂把鱼化为白骨，就是具体呈现氢弹试爆破坏生态的状况。重要的并不是这种武器在科学上是否能够实现。只要透过影像的比喻，就能让观众的想像力开始运作。只是，现实中能让哥吉拉苏醒的氢弹试爆，可不是在私人实验室里能进行的规模。理论的话只要写在纸上就好，基础实验多少也能实际操作，但要确认爆炸的威力，还是得在比基尼环礁这种实际的场所。核武的话，可不是像氧气破坏剂那样在水缸里简单测试就行的。
芹泽博士与化学兵器
那么，可以独自在实验室里合成、只要少量就能打倒哥吉拉的实用武器会是什么物质呢？如果从芹泽博士是精通化学的科学家身份来看，以及从「破坏水中的氧」这一点来看，显然应该是原子弹以外的东西。也许是接近因一九九五年奥姆真理教事件而声名大噪的沙林毒气之类的毒气。毒气的话，应该就不只能在实验室中进行实验，也可以生产出实用武器。
其实香山滋本身也是柯南道尔的忠实读者，而其中的科幻小说《剧毒地带》（一九一三年）香山也不可能没有读过。这部小说的剧情是想像带有毒性的乙太（注42）带通过地球时，世界会不会毁灭。当查林杰教授发现几天前印尼的苏门答腊（这刚好也是位于南洋的地区）因为毒性乙太而陷入死亡时，便在伦敦准备好氧气钢瓶等着世界末日的到来。不过，其实整个地球（不如说是整个英国）运气很好地并没有发生全面灾害（注43），而故事就在这里结束。
不过，有毒大气毁灭世界（至少乙太经过证明后，已确认是一种不存在的物质），这种概念随着时代的发展就开始出现较为具体化的产物。第一次世界大战爆发时，双方除了会使用催泪瓦斯之外，德国还开始使用含氯毒气。此外，瓦斯虽然在和平时期可用于照明、燃料，但是在战争时就会摇身一变成为具有极大杀伤力的化学武器。在《哥吉拉》剧中，氧气破坏剂开始作用时，周围的海水也开始出现大量气泡，由此可见氧气破坏剂中的药剂是属于水溶性的毒气。这样推论的话，「告诉瑞士特派员情报的德国人」若是芹泽博士的旧识，那么也有可能是将苏联战俘、犹太人关进毒气房的纳粹化学家。
虽然芹泽博士在电影中为了配合演员而设定成二十七岁的青年，不过《G作品检讨用脚本》的原始设定上其实是四十岁的科学家。而且其中还有曾待过北京大学、满州的经历，所以芹泽博士也许和七三一部队有所关联。另外，由于芹泽博士的研究所无法像山根博士靠近湾岸的家一样，能听到哥吉拉的脚步声，所以可以得知芹泽博士的居所位于东京里较为内陆的地区。基于这一点，就会让人联想起位于东京川崎的陆军登户研究所。该研究所除了发明一种名为「回天」的自杀式单人驾驶鱼雷之外，还有研发生化兵器。目前该研究所的一部分建筑物由明治大学管理，现为和平教育登户研究所资料管。
陆军开发的毒气中，最接近「氧气破坏剂」的就是以「蓝剂」为代号的窒息剂（主要成份为碳醯氯）。这种毒气在第一次世界大战时，是德国经常使用的武器。中毒特征为引发肺水肿等足以让人窒息而死的伤害，甚至还会使眼角膜失去作用进而产生失明症状。所以，芹泽博士的眼伤会严重到带上眼罩，有可能是他在研究「蓝剂」时出现意外的缘故。
香山滋曾说明原作中的芹泽博士，是被野狼袭击才会伤了一只眼。换句话说，本来的设定上，芹泽博士的伤原本是因为物理性的伤害所导致。但是在电影中则是用一句台词说明芹泽博士「要不是因为战争的，就不会受到那么严重的伤害」。因此，这一点可以解释为芹泽博士曾被毒气之类的化学武器伤害。虽然原子弹是属于物理学，不过芹泽博十专精的领域是化学，而且他的社会地位不像恩师山根博士能受国会邀请发言，他平时只能过着半地下的隐居生活。这也许可以解释为，芹泽博士因为曾经研发或生产过化学武器，所以在战争结束后遭到「公职追放（注44）」。
山根博士专精的古生物学，是专门研究已死生物的科学，虽然看起来是一门人畜无害的学问，但如果是种消灭生物的化学武器，就不可能免于俗世的索求。一九四八年发生了使用氰化物杀人夺财的「帝银事件」，精湛的手法令许多人议论是否为七三一部队的前队员，但此方面的调查却因为GHQ的指示而中止，最后嫌犯身分便锁定在画家平泽贞通身上（注45）。荻原记者采访芹泽博士时，芹泽立刻否定自己认识萩原口中的德国人，当萩原继续发问：「那么您现在又是做什么研究呢？」，芹泽博士继续顾左右而言他，回道：「不是什么值得一提的事情」。芹泽博士的这种态度反而更加引起观众的好奇，让人不禁怀疑起玄关上的「芹泽科学研究所」是个幌子，其实只是用来隐藏芹泽是专精「化学」的博士。
有很多点可以说明氧气破坏剂中的药剂是一种水溶性的毒气。电影里能看到芹泽博士不用助手也能在地下研究室制造，而且要戴上黑色手套放进鱼缸内才能设置完成，还有为了避免鱼缸内的反应会伤害到惠美子，芹泽一边抱住惠美子，一边警戒鱼缸冒出的有毒气泡。再说，既然他说氧气破坏剂是恶魔的发明物，那么在制造的难度上，也许是简单到随便一个生手都能制造出来。化学武器素来有「穷人的核武」之称，和原子弹的制造过程相比，通常只需要较小的设施就能大量制造，光从东京地铁的沙林毒气事件就能证明这个论点。比起需要出动国家级的研发计划才能制成的原子弹、氢弹，一九五四年的日本绝对有能力大量制造化学武器。
氧气破坏剂这种化学武器除了合乎原子弹所拥有的一发逆转战局能力，此外能透过一人之手来大量生产，也足以向化学武器一样至少报对手一箭之仇。而且，因为毒气这类化学兵器早在第一次世界大战就以德国为中心实战化，一方面其形象远比原子弹清晰，而且对于不得开发、实验、拥有核武的日本来说，更是比较适合的武器类别。
当然，芹泽博士就和（某种意义上）在乎求知胜过防灾的山根博士一样，也属于「疯狂科学家」的这个系谱。系谱起于制作出科学怪人的弗兰肯斯坦博士，他平时住在阴暗的房子里与研究为伴，养育着孤独。特别是芹泽博士的内心，还同时交杂着想在现世中有所贡献的奉献精神、想被社会广泛认可的认同期待，以及对自己创造物的罪恶感。然而想要斩断这些苦恼就只有一个办法，那就是为了世人公开自己不可告人的秘密并且打倒哥吉拉，最后再以自行了断的方式将秘密永远尘封在海底。芹泽博士和哥吉拉两者都有各自的主体性，但却也因此而有着深刻的连结，而变得像是弗兰肯斯坦博士和科学怪人之间的关系。而且在死亡后，两者都会因此永垂不朽。
不过，《哥吉拉》电影中所表达的涵义下不只是如此。其中所要陈述的问题是，本该是武器的模拟「实验」结果反而演变成「正式」的灾难。尤其唤醒哥吉拉的氢弹试爆，原本就是以预测未来的第三次世界大战为氢弹战争作前提，才因应而生的实验。惠美子在芹泽博士的实验室水缸所看到的鱼类死绝惨况，不过只是实验而已，要是累积实验所完成的「实作」，会带来什么后果？因此，最后哥吉拉和芹泽博士同归于尽的场面，和科学怪人杀死弗兰肯斯坦博士的结尾（注46）有着相似的氛围。此时要呈现给观众的，不只是为群体带来和平所要付出的代价，也同时呈现了作为实验结果的「实作」有多么残酷。
