刘因早年接受程朱的理一元论，认为天地万物从一个共同的根源产生，并且可以归结为同一个原理：“天地之间，理一而已。爰执厥中，散为万事。终焉而合，复为一理。天地，人也；人，天地也。圣贤，我也；我，圣贤也。”【220】刘因所说的“理一”或“一理”，可以理解为统一的本原和无所不包的法则。正是在这个意义上，他将天地与人，我与圣贤等而视之。这个统一的本原有时也被他径称作“一元”：“万古堂堂共一元，欲于何处觅天根。试从开闭中间看，始觉乾元独自尊。（自注：闭物之后有亥，开物之前有丑，惟子正在开闭之中，其象可见。）”【221】
刘因用这种理一元论为人可以成圣寻找依据。按照他的理解，一般人之所以有望成为圣人，是因为在本质上，一般人与圣人没有什么两样：“子受天地之中，禀健顺五常之气。子之性，圣之质；子之学，圣之功。子犹圣也，圣犹子也。”【222】
除了“性”、“质”外，刘因用来表达本质概念的词还有“材”。在对成圣何以可能的说明上可以看出，刘因奉行的仍是儒家传统的性善论与复性说，不过，他的性善论与复性观有时采取一种全材说的形式：“性无不统，心无不宰，气无不充。人以是而生，故材无不全矣。其或不全，非材之罪也，学术之差，品节之紊，异端之害，惑之也。今之去古远矣，众人之去圣人也下也，幸而不亡者，大圣大贤惠世之书也。学之者以是性与是心与是气，即书以求之，俾邪正之术，明诚伪之辨，分先后之品节，不差笃行而固守，谓其材之不能全，吾不信也。”【223】
刘因这里所说的“材”相当于传统复性论中的“性”，但意味已自有别。刘因之所以不用“性”而用“材”来表达复性论的思想，也许是因为，“性”在他看来尚不足以概括人的本质。按照他的理解，构成人之本质的不仅仅有性，还有心和气。性、心、气三者是什么关系，刘因没有做进一步说明。就其将气纳入人的本质这一点而言，他对气的看法并不尽合宋儒规矩。在张载、二程、朱熹那里，气或气质之性（有时又被称为“才”）要对人的不善负责，同时，气也是造成个体智愚不等的原因。程颐曾说：“性无不善，而有不善者，才也。性即是理，理则自尧舜至于途人一也。才禀于气，气有浊清，禀其清者为贤，禀其浊者为愚。”【224】而刘因在讨论人的材质时几乎不考虑个体所禀之气的差异。依刘因，普通人（众人）与圣人相差甚远，这不是因为普通人缺乏足够的材质，而是因为他的材质受到外界因素干扰而未能充分发挥，干扰因素包括“学术之差”（用功不够）、“品节之紊”（为学次序颠倒）、“异端之害”（错误思想的毒害）。
讨论人之材时不考虑个体气禀的差异，这是由于刘因关注的是作为类的人，而不是具体的人。刘因特别强调人在宇宙中的特殊性，强调人与物的分别。“夫人，天地之心也，心故可以帅夫气。而物则气之所为也。故物有自我而变者。”【225】其实，按照刘因，人也是“气之所为”，由上引“子受天地之中，禀健顺五常之气”可知。【226】在“气之所为”这一点上，人和物是平等的，使人比物高出一筹的是人的理性，即所谓人是天地之心。“心之官则思”，说人是天地之心，意思是人是天地之中唯一有理性的生物。因为人有理性，所以对“气”能有一种主动（“帅夫气”），不像物那样，对气完全处于被动地位。
既然人和物都是出于统一的本原并且服从于统一的法则（即所谓“理一”或“一理”），并且都是由同一种材料——“气”构成，为什么单单只有人才具有这种理性呢？对此，刘因的解释是人和物对理的接受不同：“人之所钟，乃全而通；物之所得，乃偏而塞。偏而塞者，固不可移。全而通者，苟能通之，何所不至矣。”【227】人在接受理时比较全面并且上下打通，而物则有所偏差并且往往不够通畅。上下打通，就能成圣成贤，无所不至；上下不通，则僵化凝固，无法超越自身。
从“全”“偏”、“通”“塞”的角度讲人物之别，理学一贯有之，如张载即说：“凡物莫不有是性。由通蔽开塞，所以有人物之别；由蔽有厚薄，故有智愚之别。”【228】
以受理之偏全而不以受理之有无别人、物，在理论上主要是为了避免将人与物对立。理学虽然高扬人的主体性，却没有因此走上黜物存人或损物利人的道路，相反，理学所理解的人与物、天和人总是相生相谐、一体相通的。这一思想同样贯穿于刘因有关气类的论述中。
总体而言，天地万物都由气构成，细看来，构成天地万物的气又可以分成不同的类，此即气类。刘因关于气类的思想有三点，一曰气相作用，二曰同气相通，三曰气不孤生。
一，气相作用。这又表现为同气相吸与异气相斥两个方面。所谓同气相吸，是指如果某两个事物的气属于同一类，那么，这两个事物就会相互感应，乃至相互召唤。刘因是在评论孔子获麟一事时谈到这一原理的。麟在上古是一种具有神秘意味的瑞兽，它的出现被认为是一种吉兆，孔子西狩获麟一事被后世渲染为具有重大文化意义的事件。刘因同意麟的出现不是偶然事件，但反对将这个故事过分夸大，他自己另用同气相感的原理做了说明：“夫获麟，仲尼作《春秋》所书之一事尔。而《春秋》之义非居所系于此者，欧阳氏固亦言之于前矣。然春秋之时，仲尼实天理元气之所在，而与浊乱之气数相为消长于当时。如麟者，则我之气类也。其来也，固非偶然而来也。然而，斯气之在当世者，盖无几焉。在彼之气足以害之，在此之气不足以养之。由麟可以卜我之盛衰，由我可以卜世运之盛衰，而圣人固不能恝然于其获也。谓之致麟，可也；谓之感麟，亦可也。皆理之所不无者。”【229】在刘因看来，孔子与麟的相遇是同类之气相互吸引的结果，可谓其来有自。刘因还进一步将“麟”普遍化为宇宙存在发展的本质要素：“夫麟之所以为麟者，乃天地之所以生而人之所以能为天地之心者也。在《春秋》，则圣人所赏之善也；在《易》，则圣人所指之阳也，而人之所未尝一日无者也。苟自吾身之麟而致之，则凡害人者，如长蛇，如封猪，如饕餮，如梼杌，莫不销铄荡涤于魑魅之域，而天下振振皆吾气湛行之地矣。今圣人虽不得尽其所致于当时，然其所以扶此抑彼者，而斯麟固已麟于万世矣。”【230】经过刘因的这一发挥，“麟”已超越具体之物的意义，成为类似于“善”、“阳”这样的形上概念。
所谓异气相斥，是指气不属同类的事物之间相互排斥，至少不相亲近。刘因是从反面说明这个原理的。通常，人与物的气能相互影响，所谓“心之机一动，而气亦随之。迫火而汗，近冰而慄，物之气能动人也。惟物之遇夫人之气亦然”。【231】但如果人能控制自己的气不外射，就能与物相安无事，“盖人之气不暴于外，则物之来不激之而去，其来也，如相忘；物之去不激之而来，其去也，亦如相忘。盖安静慈祥之气与物无竟，而物亦莫之撄也。”【232】善用这一点，不仅可以在与物接触时做到人不为物所伤，同时，还可以使物成为人的朋友：“平吾之心也，易吾之气也，万物之来，不但一蜂鼠而已也。”【233】刘因惟恐他所说的平心易气被人误为道家的守静坐忘，又特别加以声明：“持是说以往而不知所以致谨焉，则不流于庄周列御寇之不恭而不已也。”【234】
二，同气相通。刘因懂医学，常读医书，中医用药遵循同类原则，大为现代科学诟病，而刘因则认为这是有根据的，其根据就是同气相通的原理：“人禀是气以为五脏百骸之身者，形实相孚而气亦流通。其声色气味之接乎人之口、鼻、耳、目者，虽若泛然，其在我而同其类者，固已吻焉而相合，异其类者固已拂然而相戾，虽其人之身亦不得而相知也。如饮药者，以枯木腐骨荡为齑粉，相错合以饮之，而亦各随其气类而之焉，盖其源一也。故先儒谓木味酸，木根立地似骨，故骨以酸养之；金味辛，金之缠合异物似筋，故筋以辛养之。咸，水也，似脉；苦，火也，似气；甘，土也，似肉，其形固已与类矣，而其气安得不与之流通也。推而言之，其吉凶之于善恶，亦类也。”【235】中医根据五行之说将气分为五类。这五类气在人体和自然界中都有分布。当某一类气不足时，人体就会发生疾病，这时就需要从自然界中采集跟它属于同一类气的物事来进行补充，因为属于同一类气，人体不会产生排斥而能吸收。如果把“气”换成“元素”，气类的说法与现代的元素说在很大程度上是相通的。只是，囿于时代，刘因用来判定气类的标准主要是形似甚至主观联想，这就使他的气类说失之于浮浅粗疏。
三，气不孤生。刘因注意到，自然界中事物相互牵制形成生态平衡：“岭南多毒，而有金蛇白药以治毒；湖南多气，而有姜、橘、茱萸以治气。鱼、鳖、螺、蚬治湿气而生于水，麝香羚羊治石毒而生于山。”【236】他认为，这其中包含着气不孤生的原理：“盖不能有以胜彼之气，则不能生于其气之中。而物之与是气俱生者，夫固必使有用于是气也，犹朱子谓天将降乱必生弭乱之人以持其后。”【237】刘因正确地看到了矛盾的普遍性，虽然他对矛盾的存在做了一种目的论解释。由于刘因把矛盾理解为先天自动形成的，他因此主张人生在世应当采取安天乐命的态度：“天生此一世人，而一世事固能办也。盖亦足乎己而无待于外也。……以此观之，世固无无用之人，世固无不可处之世也。”【238】刘因相信，一个人生在什么样的气中是他自己所不能决定的，这就是他的命。不但未生之前不能选择，而且，既生之后也不能改变。一旦出现这样的例外，刘因就会感到困惑不解。文集中有一篇文章记述了一个老人在战乱年代居然得以长寿的故事：“金源贞祐迄于壬辰，河之南北，兵凶相仍，生意殆尽，而先儒所谓‘天下萧然，洪水之祸盖不至此’者，惟是时足以当之。夫天地气运坏乱若是，而人物生乎是气之中者，乃所谓命也，将何术以逃之哉？而老人居南北之冲，乃若与世变不相与也，岂气禀之异，虽天地之运，亦不得而夺之耶？抑存之深而积之久者，有以胜之耶？或偶然也。是固不可得而知之矣。”【239】对于这样的事，刘因坦率地承认它超出了自己理解的范围。
刘因所理解的气是运动不已的。沿用理学有关术语，他把这个能动的、构成事物动力因的气称为“气机”。“机”在古代汉语中本指弓弩上用以发射弓箭的机关，朱熹在说明太极动静问题时曾使用“机”的意象：“盖太极者，本然之妙也；动静者，所乘之机也。”【240】太极无动静可言，说动静是太极所附着的气有动静，为此，朱熹打了一个比方，说“理搭在阴阳上，如人跨马相似”。【241】到元代，“气机”作为一个概念已为理学家所熟知，如吴澄即说：“盖太极无动静。动静者，气机也。”【242】而刘因亦用气机来解释事物的运动变化与新陈代谢。他认识到，运动是事物的本质属性：“夫天地之理，生生不息而已矣。”【243】事物的成毁，生命的代谢可谓“理有必然，势有必至”：“成毁也，代谢也，理势相因而然也。”由于这个原因，个体生命注定是短暂的：“凡所有生，虽天地亦不能使之久存也。”生命的不能永恒，也许使人叹息，但如果没有成毁，没有代谢，宇宙的生机（生理）也将停滞。归根结底，宇宙的生机（生生不息之理）就体现在个体生命的成毁、代谢之中。既然如此，刘因认为，人就应该抱着积极乐观而不是消极甚至对抗的态度：“既成而毁，毁而复新，亦生生不息之理耳，安用叹耶？”如果造物者有见于所造之物不能久存而放弃造物，人类有见于自己的造作不能久存而放弃造作，那么，宇宙早就毁灭了：“若天地之心见其不能使之久存也，而遂不复生焉，则生理从而息矣”，“若前人虑其不能久存也，而遂不为之，后人创前人之不能久有也，而亦不复为之。如是，则天地之间化为草莽灰烬之区也久矣。若与我安得兹游之乐乎？”而实际上，天地并没有因个体生命的短暂产生怜悯而停止宇宙的运动，人也没有因此而放弃一切行动。为什么人了解生命不能永恒却依然发奋作为呢？刘因的解释是，那是因为受到客观的气机所驱使：“人非不知其然也，而为之不已者，气机使之焉耳。天地之间，凡人力之所为，皆气机之所使。”【244】
说一切人力所为“皆气机之所使”，并不意味着人只是一个被动的执行者。相反，刘因认为，人的高贵之处正在于他能自觉地实现天地赋予他的使命，从而与天地并立，即所谓参天地。因此之故，虽然人的寿命不过百年，其形体也不高大，但依然值得珍惜。这种珍惜不同于一般的贪生怕死，因为它考虑的是如何保全上天的赋予。刘因说：“人兴百年于其间，其为时无几也。其形虽微，而有可以参天地者存焉。故君子当平居无事之时，于其一身之微、百年之顷，必慎守而深惜，惟恐其或伤而去之，实非有以贪夫生也，亦将以全此而已矣。及其当大变处大节，其所以参天地者，以之而立；其所以与天地相为终始者，以之而行。而回视百年之顷、一身之微，曾何足为轻重于其间哉？其所以参天地而与之相终始者，皆天理人心之所不容已而人之所以生者也。”【245】就此，刘因还发挥出一套全生全归之说。
所谓全生全归，是指人活着的时候对生命尽量加以爱护而不使其受到损伤，这样，当他死时，他的生气就完整地回到天地之中，历经千年也不毁坏：“于此而全焉，一死之余，其生气流行于天地万物之间者，凛千载而自若也。”【246】保全生命的目的不是简单地为了延年益寿，而是为了保全天地赋予人的道义，尽到人之为人的义务。如果一个人不是出于这种考虑而惜身，那么，即使他长生不死，也不过是行尸走肉而已：“使其舍此而为区区岁月筋骸之计，而禽视鸟息于天地之间，而其心固已死矣。而其所不容者，或有时发焉，则自视其身，亦有不若死之为愈者。是欲全其生而实未尝生，欲免一死而继以百千万死。呜呼！可胜哀也哉！”【247】刘因的全生全归说提倡人应当善待生命，时刻准备着为大义献身；他要求保全的不是肉体，而是人从上天那里接受的神圣使命，即所谓“此心之天”：“呜呼！蹈斧钺而致死，犹渊冰之归全。其死者，藐焉此身之微；其全者，浩乎此心之天。”【248】按照这种理论，如果一个人在道德上做到了无愧于心，那么，即使他没有尽享天年，仍然可以认为他拥有一个完整的生命。从思想来源上看，刘因的全生全归说糅合了张载的气论和程朱的天理说。
