《叙学》是刘因为保下诸生所作的一个读书指南。刘因非常强调读书的次序，作这个指南的目的就在于使学生“不至于差且紊而败其全材”。【261】刘因所制定的读书计划非常庞大，堪称通才教育，其中，经史子集无所不包，尤其值得注意的是他对读书次序的规定。刘因认为，学者读书应该循着这样一个次序：六经—《论语》、《孟子》—史—诸子—宋儒书—艺（诗文字画）。他相信，按照他指点的读书道路和读书方法，学者一定有所大成：“如是而治经、治史，如是而读诸子及宋兴诸公书，如是而为诗文，如是而为字画，大小长短，浅深迟速，各底于成，则可以为君相，可以为将帅，可以致君为尧舜，可以措天下如泰山之安。时不与志，用不与材，则可以立德，可以立言，著书垂世，可以为大儒，不与草木共朽，碌碌以偷生，孑孑以自存，非天之至善，坏己之全材也。”【262】可以看到，刘因对读书的规划，紧紧围绕如何使人全面发展（即所谓全己之材）这样一个中心任务。具体如何治经，如何治史，诸子及宋儒又如何去取，他还一一做了说明。
刘因首先解释了为何读书要从六经、《语》、《孟》开始。“先秦三代之书，六经、《语》、《孟》为大。世变既下，风俗日坏，学者与世俯仰，莫之致力，欲其材之全得乎三代之学，大小之次第，先后之品节，虽有余绪，竟亦莫之适从，惟当致力六经、《语》、《孟》耳。”【263】
程朱也非常重视读书次序的问题，相比于六经，他们更突出四书的地位，朱熹甚至有“四子，六经之阶梯”【264】这样的说法。而四书之中，程朱又特别表彰《大学》一书。程颐认为《大学》是“初学入德之门”，朱熹则提出：“于今可见古人为学次第者，独赖此篇之存，而《论》、《孟》次之。学者必由是而学焉，则庶乎其不差矣。”【265】
虽然刘因对朱熹的四书学用力甚深，但他在为学生作读书指南时，却未将四书作为一个整体单列，而是只提到其中的两部：《论语》和《孟子》，程朱讲求不已的《大学》与《中庸》皆不见录。刘因这样做，不是偶一疏忽，实是有意为之。宋代以来流行的先四书而后六经的读书法，他很不以为然：“世人往往以《语》、《孟》为问学之始，而不知《语》、《孟》圣贤之成终者，所谓‘博学而详说之，将以返诸约’者也。圣贤以是为终，学者以是为始，未说圣贤之详，遽说圣贤之约，不亦背驰乎？所谓颜状未离于婴孩，高谈已及于性命者也。”【266】刘因反对从《语》、《孟》入手的理由是，《语》、《孟》为圣人之成终。说圣人以《语》、《孟》为终，究竟有什么根据，刘因在此语焉不详。无论其成立与否，刘因的这个说法明确显示，他对宋儒热衷的高谈性命的四书之学有所保留。
关于学习六经的方法，刘因特别提出不可强作解：“句读训诂不可不通。惟当熟读，不可强解。优游讽诵涵咏，胸中虽不明了，以为先入之主可也。必欲明之不凿，则惑耳。六经既毕，反而求之，自得之矣。”【267】
至于六经内部的次序，则是先《诗》后《书》再二《礼》再《春秋》，最后《易》。“治六经必自《诗》始”，这是因为，“《诗》能导情性而开血气，使幼而常闻歌诵之声，长而不失刺美之意。”“《诗》而后《书》”，“《书》所谓圣人之情见乎辞者也，即辞以求情，情可得矣。”血气、情性决定了《诗》、《书》乃“大本”，“本立则可以征夫用。用莫大于《礼》。”“《春秋》以天道王法断天下之事业也，《春秋》既治，则圣人之用见。”对于《诗》、《书》、《礼》、《春秋》五经，他又有体用之说：“本诸《诗》以求其情，本诸《书》以求其辞，本诸《礼》以求其节，本诸《春秋》以求其断，然后以《诗》、《书》、《礼》为学之体，《春秋》为学之用，一贯本末。”最后读《易》，所谓“礼乐不明则不可以学《春秋》，五经不明则不可以学《易》，夫不知其粗者，则其精者岂能知也；迩者未尽，则其远者岂能尽也”。刘因还对时人好高骛远的研究风气做了批评：“学者多好高务远，求名而遗实，逾分而远探，躐等而力穷，故人异学，家异传，圣人之意晦而不明也。”【268】
刘因不主张抛开历代注疏直接学习六经：“六经自火于秦，传注于汉，疏释于唐，议论于宋，日起而日变，学者亦当知其先后，不以彼之言而变吾之良知也。近世学者往往舍传注、疏释，便废诸儒之议论。盖不知议论之学自传注、疏释出，特更作正大光明之论尔。传注、疏释之于经，十得其六七。宋儒用力之勤，铲伪以真补其三四而备之也。”【269】他对汉、宋之学均无偏好，主张一视同仁，按时间顺序依次学习：“故必先传注而后疏释，疏释而后议论，始终原委，推索究竟。”在学习的过程中还要结合个人体会，平心静气地进行研究：“以己意体察，为之权衡，折之于天理人情之至，勿好新奇，勿好辟异，勿好诋讦，勿生穿凿，平吾心，易吾气，充周隐微，无使亏欠，若发强弩，必常穿彻而中的；若论罪囚，棒棒见血而得情。毋惨刻，毋细碎，毋诞妄，毋临深以为高。渊实昭旷，开廓恳恻，然后为得也。”【270】
经之后是史。学史之前先当学经，其意义是“先立乎其大”：“六经既治，《语》《孟》既精，而后学史。先立乎其大者，小者弗能夺也。胸中有六经、《语》、《孟》为主，彼兴废之迹不吾欺也。”【271】刘因还提出，经是从史中衍化出来的，经过圣人删定的史成为大经大法就是经。他说：“古无经史之分，《诗》、《书》、《春秋》皆史也。因圣人删定笔削，立大经大典，即为经也。”对经史关系的这种看法，并非刘因所特有。在他之前和在他之后都有人提出，清人章学诚更进一步提出“六经皆史”。不过，与后者“销经入史”、“以史统经”的态度不同，刘因的用意在于强调史当以经为准绳。他明确说道：“学者必读全史，历代考之废兴之由、邪正之迹，国体国势制度文物，坦然明白时以六经旨要立论其间，以试己意，然后取温公之《通鉴》、宋儒之议论，校其长短是非，如是，可谓之学史矣。”【272】
史之后是诸子。刘因所说的诸子除了儒家，还包括道家、医家、兵家、法家。总的说来，他的态度比较开明，肯定各家皆有其重要性。道家，他主要列了《老》、《庄》、《列》、《阴符》四书；医家，他主要列了《素问》；兵家，他列了孙、吴、姜、黄；法家，他主要提了《管子》；儒家，他列了荀子、扬雄、贾谊、董仲舒、刘向、王通等人。“史既治，则读诸子。《老》、《庄》、《列》、《阴符》四书，皆出一律，虽云道家者流，其间有至理存。取其理而不取其寓，可也。《素问》一书，虽云医家者流，三代先秦之要典也，学者亦当致力。孙、吴、姜、黄之书，虽云兵家智术，战阵之事，亦有名言，不可弃也。荀子议论过高好奇，致有性恶之说。然其王霸之辨、仁义之言，不可废也。《管子》一书，霸者之略，虽非王道，亦当读也。扬子云《太玄》、《法言》，发孔孟遗意，后世或有异论者，以其有性善恶混之说。……虽然，取其辞而不取其节，可也。贾谊、董仲舒、刘向，皆有书，惜其有战国纵横之余习。惟董子三册明白纯正，孟轲之亚，非刘、贾所企也。文中子……亦孟轲氏之亚也。韩子……其诋斥佛老，扶持周孔，亦孟轲氏之亚也。”【273】
诸子之后是宋儒。刘因所说的宋儒不限于理学，欧阳修、苏轼、司马光亦列其中。性理并不是他唯一关心的内容，象数、经济同样占据他的视野。这既反映出他个人思想来源的广泛，也说明当时知识界对宋儒的界定还不像后世那样完全等同于理学：“诸子既治，宋兴以来诸公之书，周、程、张之性理，邵康节之象数，欧、苏、司马之经济，往往肩汉唐而踵三代，尤当致力也。”【274】
