吴澄最初为世所重，是凭他的经学修养。其实，吴澄对相对玄远的性理之学也颇有兴趣，从《年谱》“四十七岁”条的记载来看，他熟知《二程遗书》、《近思录》等理学经典，讲起性理之学，也是滔滔不绝，累至千言。性理之学的一个重要内容是关于理气、太极等宇宙基本原理的。在这方面，吴澄声称自己只是掇拾先儒陈说，个人并无太多发明，甚至到了晚年，他还奉劝学者不要在这上面多费精力。尽管如此，吴澄对理气、太极的论述还是值得我们关注，这不仅是因为这些论述是性理之学的一个必不可少的组成部分，同时，还因为吴澄实际上在若干命题上对前人的思想有所推进。
吴澄在说明天地万物、阴阳五行与气的关系过程中对气作了定位：“阴阳五行，化生万类，其用至神，然特气尔。”【289】化生万类的是阴阳五行，而阴阳五行又不过是气而已。当吴澄具体说明宇宙生成时，他采用了阴阳二元论的说法：“天地之初，混沌鸿蒙，清浊未判，莽莽荡荡，但一气尔。及其久也，其运转于外者渐渐轻清，凝聚于中者渐渐重浊，轻清者积气成象而为天，重浊者积块成形而为地，天之成象者日月星辰也，地之成形者水火土石也。”【290】“天有四象，地有四象。日月，天之用；星辰，天之体。水火，地之用；土石，地之体。立天之道曰阴与阳，立地之道曰柔与刚。”【291】
这里可以看出邵雍思想的一些影响。邵雍以为，动静阴阳刚柔是最根本之象，分化而有日月星辰、水火土石，然后又有寒暑昼夜、雨风露雷之变化。
吴澄还认为，人与自然有很多相通之处：“人禀气于天，赋形于地。耳目口鼻为首，犹天之日月星辰也；脉髓骨肉为身，犹地之水火土石也。心胆脾肾四脏属天，肺肝胃膀胱四脏属地。指节十二，合之二十四，有天之象焉；掌文后高前下，山峙水流，有地之法焉。”【292】这个说法很容易使人联想到董仲舒“人副天数”思想。人像天地的思想有一定的合理性，人本来就是自然的一部分，当然符合一定的自然规律。但是，把人完全比拟于自然，固然反映了寻求世界统一性原理的愿望，却难免牵强。吴澄以上说法就存在这个问题。不过，我们从中可以看出吴澄试图沟通自然与人文的意识。吴澄关于宇宙论的说明也因此蒙上了某种伦理学的色彩。
就深层动机而言，将《易传》的阴阳二元宇宙论与五行说结合起来，也是为了在天道与人道之间寻找结合之点。五行最初是指水火木金土，但思孟一派儒家“案往旧造说”（荀子语）发明出一种新的五行说，他们所说的五行是指仁义礼智圣。这五行，又称五德，属伦理范畴。表面看来，旧五行说与新五行说了不相干，但实际上，在儒家天人感应的观点映照下，二者又呈对应关系。在吴澄这里，五行又被称作五气，由此，阴阳与五行都被统一到气的基础上来：“本只是一气，分而言之，则曰阴阳，又就阴阳中细分之，则为五行。五气即二气，二气即一气。”【293】这段表述较前说要为清楚，“五气（五行）即二气，二气即一气”，表明吴澄所理解的五行、阴阳与气是同一关系。“本只是一气”是想说明宇宙万物具有统一的起源；而分出二五之目，则是提供一个宇宙生成的动力解释：正是通过阴阳二气的相反相成、五行的相运相生，天地万物才得以化生。
吴澄统合气、阴阳、五行，给出了一个“气——阴阳——五行——万物”的宇宙发展图式。这种一、二、五的宇宙论模式，其实并非他个人的发明，我们在理学的开山者周敦颐那里就可以找到原型。根据《通书》与《太极图说》，我们可以将周敦颐的宇宙发展图式概括为：太极——阴阳——五行——万物。相比之下，吴澄描述的宇宙发展图式与周敦颐的非常相似，唯一不同的是关于起源的称谓，在吴澄那里是“气”，而在周敦颐那里则是“太极”。进一步考察，则发现，周敦颐所说的太极其实就是元气，因此，不妨说，吴澄的宇宙论模式与周敦颐的完全相同，考虑到理学的传承关系，可以推想，吴澄的这一思想应是来自周敦颐。不过，吴澄与周敦颐对“太极”的理解并不一致，正是这种不一致导致他在周敦颐使用“太极”的地方使用了“气”。按照吴澄的理解，在天地相分、万物相判之前，世界是一团元气，这是一个实实在在的大“有”，而不是什么精神性的东西。元气内部发生分化，出现比重不同的两种气，轻清者上升，是为阳；重浊者下沉，是为阴。同时，元气里包含了形成万物的因子的五种气（即五行）。通过五行之间的不同组合，逐渐衍生出天地万物。这个过程发生在远古以前，至少从有人类开始，这样一个具备天地万物的世界就已经存在了。因此，对人而言，他面对的是一个井然有序万类森然的世界。这个世界与未有此世界之前的状态（即所谓真正的“原始”）是不同的，最根本的不同就在于：在原始时混沌不分的元气现在已经分散为万有不同之物。虽然中国古人相信生物死亡之后仍旧会化作阴阳二气。
如果世界是指天地万物，那么这个意义上的世界是有开端的，但吴澄并不认为未有这个世界之前无物存在：“自未有天地之前，至既有天地之后，只是阴阳二气而已。”【294】
虽然强调“气”的恒在，但与讲气学的张载不同，吴澄在谈“气生万物”时，总是不会忘记指出“理”的作用：“苍苍盖高，包含无际，其体至大，然特形只，形气之凝，理实主是。”【295】“气之所以能如此者，何也？以理为之主宰也。”【296】显然，在吴澄哲学中，“理”是比“气”更为根本的一个概念。
作为继承孔子“不语怪力乱神”传统的儒家学者，吴澄强调，作为主宰的理又有其顺乎自然的一面：“六合之外大无方，一气所到何渺茫。浮阳运转无停止，浊滓凝结留中央。不用安排理自然，能知其理为知天。”【297】
既要坚持“理在气先”，又要肯定“本只是一气”，这实际上是要在理本论与气本论之间作出某种调和，吴澄所采取的调和方案是：既肯定理与气同在，同时又指出理对气保持一种逻辑上的在先。理与气同在，吴澄有时将之表达为“理在气中，元不相离”。【298】关于“理在气中”，按照吴澄自己的解释，是说理不是什么独立的实体（物），而只是气的所以然（主宰）：“理者，非别有一物在气中，只是为气之主宰者即是。”【299】黄百家正确地领会了吴澄之意，指出这句话应该理解为，是说理不是别有一物，而是指气之流行有条不紊：“‘理在气中’一语，亦须善看。一气流行，往来过复，有条不紊。从其流行之体谓之气，从其有条不紊谓之理。非别有一理在气中。”【300】
由此可知，“理在气中”一语，固然是强调理气不相离，但也有理气非是二物、理非独立实体的意思。如果说，吴澄肯定理气“元不相离”是对程朱有关理气不相离的思想的继承，那么，他所提出的“理在气中”以及“理者，非别有一物在气中”等说法，则包含了理气一元论的萌芽，从而已非朱熹的理气观所能范围。其后，明代思想家如罗钦顺等人就明确提出了理气为一物的思想。【301】
吴澄所说的“理在气先”只是一种逻辑在先，从他对老子“先有理而后有气”说的批评可以确定这一点。当然，老子并没有直接使用理气这样的范畴，说老子持“先有理而后有气”论，是吴澄用理气术语对老子“有生于无”说进行改造后的结果：“老子云：天下万物生于有，有生于无。万物者，指动植之类而言；有字指阴阳之气而言；无字指无形之道体而言。此老子本旨也。”【302】“老子以为先有理而后有气，横渠诋其有生于无之非，晦庵先生诋其有无为二之非。其无字是说理字，有字是说气字。”【303】
理学家并非不讲“有生于无”，只不过认为他们与老子所讲的意义不同，前者肯定具体事物有发生、发展与灭亡的过程，但不承认整个宇宙有所谓终始。甚至在理气意义上，理学家也可以讲“无能生有”，例如朱熹就曾说过：“‘无极而太极’，言无能生有也”，【304】即是以“无能生有”喻“理能生气”。不过，这种议论在朱熹那里较为少见。朱熹更多地是强调理在气中：“太极生阴阳，理生气也。阴阳既生，太极在其中，理复在气之内也。”【305】易言之，朱熹是在理气不相离、有无不相分的前提下讲“无能生有”的。理学家认为他们与老子在有无问题上的分际正在于此：理学是以有无为一，而老子是以有无为二。如朱熹为周敦颐的儒家身份作辩护时指出，儒道之辩的关键不在于是否言“无”，而在于：“老氏之言无，以有无为二；周子之言有，以有无为一。”
以“有无为一”实际上是消无入有、以有统无，从而否定本根意义上的无。如张载即认为，只有幽明之别而无有无之别，他说：“圣人仰观俯察，但云知幽明之故，不云知有无之故。”【306】又说：“知太虚即气则无无。故圣人语性与天道之极，尽于参伍之神，变易而已。诸子浅妄，有有无之分，非穷理之学也。”【307】程颢亦谓无中有有、有中有无：“言有无，则多有字；言无无，则多无字。有无与动静同。如冬至之前天地闭，可谓静矣；而日月星辰亦自运行而不息，谓之无动可乎？但人不识有无动静尔。”【308】
与有无观的这种特点相对应，吴澄在理气观上的特点是：在坚持理气不分先后的前提下讲“理在气先”，即：虽然也说“理在气先”，但同时又强调理气不相离。他认为，与此形成对照的是老子之说，“老子谓有气之阴阳自无形之理而生，而不知理气之不可分先后。”【309】吴澄对老子有无理气观的批判直接承自宋儒。他引证说：“盖老、庄、列之意皆以为先有理而后有气，至宋朝二程、横渠出，力辟老氏自无而有之说为非，而曰：‘理气不可分先后。理是无形之物，若未有气，理在哪处顿放？’又曰：‘理与气，有则俱有，未尝相离。’非知道者，孰能识之！”【310】“今生于程张之后，而又循袭‘有理而后有气’之说，则是于本原处差了。可仔细取《近思录》、《程氏遗书》、《外书》、张子《正蒙》、朱子《语类》观之。四先生说得洞然明白，即与愚说无异。”【311】其实，二程与张载并没有明确提出过“理气不可分先后”之说，这是吴澄个人的体会。
需要指出的是，不能因为看到“理在气中”、“理不离气”这样的说法，就断言吴澄已不再坚持朱熹理优先于气的立场。其实，如前所述，吴澄并没有放弃“理在气先”的立场，而“理气不分”的思想在朱熹那里也早已存在。只不过，吴澄已不再像朱熹那样明确强调“理与气决是二物”。
