在吴澄生活的元代，时人已将“本心之学”的头衔加诸陆学之上，吴澄认为，这种观念基本上是一个误会，心学并不独指陆学，从尧舜直到周程诸子无不以心为学。他说：“以心为学，非特陆子为然，尧、舜、禹、汤、文、武、周公、孔、颜、曾、思、孟，以逮邵、周、张、程诸子，盖莫不然。故独指陆子之学为本心学者，非知圣人之道也。”【393】
吴澄的这一见解，从直接的意义上说，是为陆学做了辩护，而在更广的意义上，则是为心学正名。他所理解的心学已非陆学可范围，陆学不过是其心学的思想资源之一，此外他更大量吸收了从周敦颐到朱熹等宋代其他理学家的心性思想，从他对“心学之妙”的如下理解可以明显看出这一点：“心学之妙，自周子、程子发其秘，学者始有所悟，以致其存存之功。周子云‘无欲故静’，程子云‘有主则虚’，此二言，万世心学之纲要也。”【394】
吴澄在自己的著作中也使用了原属孟学的“本心”概念。众所周知，“本心”是陆学标志性的概念，以往的思想史研究者据此认为吴澄的思想中有陆学成分，然而，吴澄所说的“本心”与陆九渊其实有别。吴澄将“本心”理解为“万理之所根”：“夫孟子言心而谓之本心者，以为万理之所根，犹草木之有本，而苗茎枝叶皆由是以生也。”【395】借助于生物学上“根”的意象，吴澄表达了如下思想：“本心”与“万理”是先起与后发的关系。“本心”之“本”，与孟子所说的“四端”之“端”用法相近，都是强调原初、起始之义。说本心为万理之所根，一方面是说“本心”先于万理而生；另一方面是说先起的本心对于后生的万理还有一种引导作用。在这个意义上，可以说“心具众理”。“心具众理”并不就是“心即众理”。前者强调心作为思维器官对理的一种统摄能力，而后者则强调心所包含的内容就是理。站在“心具众理”的角度看，心是认识理的主体，而理则是心所认识的对象。而站在“心即理”的角度看，心与理这种主客关系变成了同一关系。虽然从“心具众理”很容易推到“心即是理”，然而，其间的差异不可不辨，朱熹与陆九渊的分野正在于此。陆九渊只不过在“心具理”的基础上往前多迈了一小步：“人皆有是心，心皆具是理，心即理也。”【396】而朱熹则谨守“万理具于一心”的命题。【397】可以看到，吴澄坚守了朱熹的这个界定，没有像陆九渊那样从“人皆有是心，心皆具是理”而进一步推出“心即理”的结论。
关于“本心”，吴澄不限于指出它为万理之所根，他还对本心的内容作了规定。“仁者何？人之心也”，【398】“仁者，天地生生之心也，而人得之以为心”。【399】以上所说的“心”，皆是指“本心”。与陆九渊一样，吴澄有时也把本心简称为心。“仁者，人之心”，意味着吴澄把本心的内容规定为仁。当吴澄把本心的内容规定为“仁”时，这个“本心”已经接近于“天命之性”。事实上，在吴澄那里，这两个概念并没有严格的区分，“本心至善，天命之性”【400】这样的提法就是一个清楚的说明。
本心以仁义礼智为内容，这就决定了它不可能只是个体封闭孤立的精神修养。因此，要做到“不失其本心”，正确的方法就不是离却事物专守此心，而是在处事应物之际体现此心：“迎接酬酢，千变万化，无一而非本心之发见，于此而见天理之当然，是之谓不失其本心，非专离去事物寂然不动以固守其心而已也。”【401】“于其用处，各当其理，而心之体在是矣。”【402】
“见天理之当然”、“各当其理”，然后可谓“不失其本心”、“心之体在是”，由此可以推出“天理即本心之呈现”这样的命题。这个命题与陆九渊心学的著名命题“心即理也”无疑有相近之处。然而，二者由此发生的意向大相径庭：由“天理即本心之呈现”，则欲尽此心当穷天理；由“心即理”，则“所贵乎学者，为其欲穷此理，尽此心也”。【403】与此相关，陆九渊强调向内求索，即所谓“收拾精神，自作主宰”，【404】不屑于对外部事物包括古人传注进行探究；而吴澄的如上命题则肯定了穷究事物之理的必要性。
无论是言本心为万理之所根，还是讲“各当其理，心之体在是”，本心与天理（亦即事物当然之则与所以然之故）都未尝分开，由此可以看出，吴澄即使是在申述本心之说时，也始终没有忘记理的存在。对理所表现的这些关怀，更多地可以看出吴澄本心概念的朱学色彩。
由于心以仁为内容，所以吴澄又非常看重存此仁心，而存仁的主要方法则是主敬。主敬以存仁（心），这一点甚至被吴澄视为整个儒学之要：“（圣学之极）岂易至哉？期学而至之，惟当主敬以存吾心之仁，此其大概也。”【405】他还暗示，周、程之书对此有具体说明：“其悉，则有周子、程子之书在。”【406】很显然，吴澄对心学大要的如上理解，与其说是接近于陆学，倒不如说是承继了程颐、朱熹的主敬传统。
相对于以本心概念为中心的陆九渊心学而言，本心理论只能说是吴澄心学的一个重要部分，但很难说就是核心。事实上，在本心之外，吴澄还广泛讨论了心的其他问题。“本心”是一个比较接近于“性”的概念，而“心”的一般意义则是作为知觉器官，它更多地与精神活动相关。如果说“本心”主要是一个道德范畴，那么，“心”所涉及的则是认识论、心理学领域。“本心”说主要讨论的是“本心”与天理以及德性之间的关系，在理论上是性善论证明的题中应有之义。而有关“心”的各种说法涉及了“心”的属性、作用以及它的不同状态等问题。宋儒之中，以朱熹论心最为详尽，吴澄对于“心”的见解基本上未出朱学范围，主要有以下几个方面：一，心能觉知：“人心之虚灵知觉，其神明无所不通，苟能反而思之，则无不可知者。”【407】二，心为主宰：“我之所以为身者，心也”，【408】“人身心为主”，【409】“心也者，形之主宰、性之郛郭也。”【410】三，心具众理：“吾之一心，则所以具众理而应万事者也。吾心所具之理，即天下万事之理。理之散于万事者，莫不统于吾心；理之具于吾心者，足以管夫万事。天下有无穷之事，而吾心所以应之者有一定之理。”【411】四，收心与放心：“放故不放，不放故放，二者相通而不相戾，此学之全。知不放心，不知放心，二者相尚而不相同，此学之偏。”【412】
总之，与其说吴澄的心学是对陆学的继承，不如说它是对整个宋代乃至以前儒学心学思想的综合。
