佛教自汉代传入中国开始，经数百年的浸润积累，至宋时已经渗透到日常生活的所有层面，这在日常生活礼仪以及士大夫精神旨趣中的体现尤为明显。在日常生活层面，以“佛礼治葬者，相沿成习，乃至若有人不用佛礼，则成为可注意之特例。如《宋史·穆修传》即特别记载穆修‘母死，自负榇以葬，日诵《孝经》、《丧记》，不饭浮屠为佛事’”。【475】而士大夫精神趣味中的佛教影响，也甚为显著。《二程集》中有这样一段议论：
昨日之会大率谈禅，使人情思不乐，归而怅恨者久之。此说，天下已成风，其何能救？古亦有释氏盛时，尚只是崇设像教，其害至小。今日之风，便先言性命道德，先驱了智者。才愈高明，则陷溺愈深。在某，则才卑德薄，无可奈何它。然居今日次第，便有数孟子亦无如之何。只看孟子时，杨墨之害能有甚？况之今日，殊不足言。此事，盖亦系时之污隆。清谈盛而晋世衰。然清谈为害，却只是闲言谈，又岂若今日之害道？【476】
在程颢看来，佛法之影响比杨墨之言为害尤甚。一方面，先将士大夫中才识卓异者引诱过去，而且往往才识越高明，陷溺就越深；另一方面，佛法又不是魏晋的清谈，魏晋清谈大率以“闲言谈”为主，不似佛法之近理而害道。二程曾感慨说：“今日卓然不为此学者，惟范景仁与君实尔，然其所执理，有出于禅学之下者。”【477】与二程同时代的儒者，极少有完全不受佛法浸染的；少数像司马光那样不为佛法陷溺的人，其所倚恃的义理基础又往往在佛法之下。在这种情形下，“惟当自明吾理，吾理自立，则彼不必与争。”【478】自立吾理，才是克服佛法之影响的根本。正是这一根本方向的建立，使得北宋道学真正有了深入开展的可能。
在程颢看来，佛教的问题根源于立心之初：
佛学只是以生死恐动人。可怪二千年来，无一人觉此，是被他恐动也。圣贤以生死为本分事，无可惧，故不论死生。佛之学为怕死生，故只管说不休。下俗之人固多惧，易以利动。至如禅学者，虽自曰异此，然要之只是此个意见，皆利心也。籲曰：“此学，不知是本来以公心求之，后有此蔽，或本只以利心上得之？”曰：“本是利心上得来，故学者亦以利心信之。”【479】
李籲怀疑佛教立教的宗旨本是出于公心，其后才渐生畏怖生死之蔽，对此程颢明确指出，佛教从一开始就是从自利之心上起见的。而之所以会有这样的自利之心，是因为没有看到“万物一体”的道理：“释氏以不知此，去它身上起意思，奈何那身不得，故却厌恶；要得去尽根尘，为心源不定，故要得如枯木死灰。……释氏其实是爱身，放不得，故说许多。”【480】而如果能将“这一个身公共放在天地万物中一般看”，【481】就不会有此弊病。正因为其根本归于“自私自利之规模”，所以才会“苦根尘”，要“免死生，齐烦恼”。而实际上，“天地之间，有生便有死，有乐便有哀”，【482】如果能本着天理自然的公心去看，顺天理而行，便不会以之为苦，从而要刻意谋个免除、解脱之道。
对于儒佛二道心同迹异的说法，【483】程颢也提出了明确的批评：
禅者曰：“此迹也，何不论其心？”曰：“心迹一也，岂有迹非而心是者也？正如两脚方行，指其心曰：‘我本不欲行，他两脚自行’。岂有此理？”【484】
心是迹的主脑，迹是心的外在表现，有其迹必有其心。因此，迹上出现问题，根本上还是心上已经错了。
从体用方面看，佛教有体而无用：
彼释氏之学，于“敬以直内”则有之矣，“义以方外”则未之有也，故滞固者入于枯槁，疏通者归于肆恣，此佛之教所以为隘也。【485】
程颢并不认为佛教的道理全无是处，在向内养心这方面，佛教颇有其殊胜之处。“他有一个觉之理”，这个“觉之理”，用在“敬以直内”上，还是有其效用的。【486】佛教之所以无“义以方外”之用，是因为“其术，大概且是绝伦类”，“不可以治天下国家”。而如此佛徒知道其理不能“周遍”，只去“自私独善，枯槁山林，自适而已”，那也“不过世上少这一个人”。但佛教偏又强要“周遍”。虽然释氏之教在“敬以直内”方面有可取之处，但“其直内者，要之其本亦不是”。【487】
由于释氏之教从自利上起见，故“于道体自不足”，并非真正普遍性的道理：
佛氏不识阴阳昼夜死生古今，安得谓形而上者与圣人同乎？【488】
在程颢看来，真正的道必是贯通形上形下、阴阳昼夜的，而释氏之教则终究是“有间断”的。“释氏谈道，非不上下一贯，观其用处，便作两截。”【489】佛教的道理在论说上是可以贯通周遍的，但到了用的层面，就分裂为两截。这说明它在根本上，还不是真正普遍的道理。这一在用的层面上打作两截的道理，强推其理以求“周遍”，遂至人物无别：“如释氏说蠢动含灵，皆有佛性，如此则不可。”【490】
佛法并不是全无所见，“释氏之学，正似用管窥天，一直便见，道他不是不得，只是却不见全体。”【491】而正因为其不无所见，且“尽极乎高深”，【492】故比申、韩、扬、墨之学危害更大：
杨、墨之害，甚于申、韩；佛、老之害，甚于杨、墨。杨氏为我，疑于仁。墨氏兼爱，疑于义。申、韩则浅陋易见。故孟子只辟杨、墨，为其惑世之甚也。佛、老其言近理，又非杨、墨之比，此所以害尤甚。【493】
因此，学者对于释氏之教，切忌深研：“今穷其说，未必能穷得也，比至穷得，自家已化而为释氏矣。”【494】二程对佛教是有深入研究的，【495】但他们在关涉佛教的讨论中，绝少正面引述其具体思想和论说，这样的姿态显然是以上述思考为基础的。学者对于释氏之教，“直须如淫声美色以远之，不尔，则骎骎然入于其中矣”。【496】
