在明末清初的学术界，儒、西关系或儒学与西学之关系，也已得到相当程度的处理，据何兆武先生考察，耶稣会会士来华传教时处理耶、儒关系的方式，不外“合儒”、“补儒”、“益儒”、“超儒”等几种，同样是以中世纪经院哲学对中国原有哲学进行“新的解释或改造”，是“企图以一种更彻底经院哲学来代替中国原有的经院哲学”〔19〕。中国原来有没有“经院哲学”，此处不论，至少何先生已经发现，儒、西关系在明末清初不仅已得到关注，而且已出现不同的处理方式。
何先生提到了四种方式：（一）把儒教之“天”改造成天主教之上帝；（二）以西洋哲学的“形式—质料”学说释读中国哲学之“理—气”学说；（三）以希腊哲学中之“潜能”与“现实”释读中国哲学中之“性”与“德”；（四）糅合中国传统政治社会道德观念与天主教中古政治社会道德观念。〔20〕
第二、三种做法最具学理性。如利玛窦《天主实义》说：“试论物之所以然有四焉（物之所以然有四）。四者维何？有作者，有模者，有质者，有为者。夫作者造其物，而施之为物也；模者状其物，置之于本伦，别之于他类也；质者物之本来体质，所以受模者也；为者定物之所向所用也。”〔21〕这是对亚里士多德“形式—质料”学说、“四因”学说的一个完整介绍。又说：“试以物之所以然观之，既谓之空无，则不能为物之作者、模者、质者、为者，此于物尚有何着欤？”〔22〕这是以亚里士多德之“形式—质料”学说、“四因”学说否定中国哲学中之“空无”观念。
孙璋《性理真诠》说：“后儒恐其乱靡底止，执定理气以为造化之根原，……不知理也者，乃依赖之品，非自立之体，所谓规矩法度者是也。至于气，更属顽然，并无知觉。试问有何灵明，有何自主，而能肇造乾坤人物，主人生死，赏善罚恶，毫发不爽耶？”〔23〕这是以西洋哲学中之“形式—质科”、“实体—属性”等学说，释读中国哲学中之“理—气”学说。
除了何先生提到的四种方式外，明末清初处理儒、西关系的方式还有如下一些：
（一）以西洋哲学中之“实体—属性”学说释读中国哲学中之“性”，或以西方哲学中之“属性依赖于实体”、“属性依附于实体”之学说，释读中国哲学中之“仁义礼智”。利玛窦《天主实义》为之。
（二）以西洋哲学中之“体—用关系”学说，释读中国哲学中“善”（体）与“德”（用）之关系。利玛窦《天主实义》为之。
（三）以西洋哲学中之“属性依赖于实体”、“属性依附于实体”学说，释读中国哲学中“白”与“马”之关系、“理”与“物”之关系、“太极”与“物”之关系等等。利玛窦《天主实义》为之。
（四）以西洋哲学中之“物质”观念，界定中国哲学中之“物”，并由此否定中国哲学中之“理”。利玛窦《天主实义》为之。
（五）以西洋之“人类中心论”观念，否定中国哲学中之“以天地万物为一体”观念，或以西洋哲学中之“实体—属性”学说以及亚里士多德形式逻辑中之“属—种”学说，否定中国哲学中之“天地万物一体之论”。利玛窦《天主实义》及孙璋《性理真诠》为之。
（六）以西洋哲学中之“形式—质料”学说，释读中国哲学中之“理”与“物”，并以“形式—质料”关系界定“理—物”关系。艾儒略《三山论学记》为之。
（七）以西洋哲学中之“造物”观念、“制造而后成”观念，否定中国哲学中之“无有主之者”、“能自造自成”观念，换言之，否定中国哲学中之“自然”观念。艾儒略《三山论学记》为之。
（八）以西洋哲学中之“形式—质料”观念释读中国哲学中之“太极”，并将“太极”规定为“质料”。艾儒略《三山论学记》为之。
（九）以柏拉图之“善的理念”界定“天主”，并以其为超出中国哲学之“理气”之上。艾儒略《三山论学记》为之。
（十）以西洋哲学中之“实体—属性”观念，释读中国哲学中之“体—用”关系。艾儒略《三山论学记》为之。
（十一）以西洋哲学中之“形式—质料”观念，释读“万物”之生成，并把中国哲学中之“太极”界定为“原质”（纯质料），相对的另一端“纯形式”则被称为“作者”。艾儒略《三山论学记》为之。
（十二）以西洋哲学中之“实在论”观念，释读中国哲学中之“火、气、水、土”等概念。艾儒略《三山论学记》为之。
（十三）以亚里士多德之“形式—质料”学说，释读中国哲学之“天”与“理”的关系。孙璋《性理真诠》为之。
（十四）以西洋哲学中之“形式—质料”学说，否定周敦颐之“太极图说”，并于“太极”之上另行添加“上主”。孙璋《性理真诠》为之。
总之中西哲学第一次深层次的交锋、实质的交锋，是发生在明末清初，它已完全超出了“技术”、“科学”的层面，而深入到了中、西哲学的核心。儒、西关系已经得到广泛而深入的探讨，此种探讨正是“中国近代儒学”的任务与职责。可惜它没有进入龚自珍的视野，也被后世撰写中国近代儒学史的专家，忽略了。
我们读三百年后冯友兰先生撰写的《新理学》、金岳霖先生撰写的《论道》等“现代”著作，依然发现其根本思维方式，并没有超出明末清初的那场讨论，顶多只是那场讨论的延续与“重版”。《新理学》就是“形式—质料”、“本体—现象”等观念下的“中国哲学”，《论道》就是“潜能—现实”、“本体—现象”等观念下的“中国哲学”。三百余年间中国哲学的“近代化”与“现代化”路线，就是从利玛窦、艾儒略等人到冯友兰、金岳霖等人的那条线，就是以西洋哲学中之“本体论式思维”重构中国本土哲学的那条线。抓住这条线，方能在中国近代儒学史上找到自己的一席之地。
卒于鸦片战争期间的龚自珍，刚好处于这条路线的中段，理应对儒、西关系做出更深层的处理。可惜他没有。蒋大椿先生谓：“龚自珍所生活的嘉庆和道光前期，中国与西方思想界还是基本隔绝的，他还不可能从西方理论工具中找到研究问题的逻辑起点。”〔24〕试图为龚自珍找到推脱责任的理由，显然是不可行的。
