魏源的“先秦儒学正宗论”，是最受学界关注的一个理论。何谓“先秦儒学正宗论”？就是以先秦儒学为正宗，而以后世儒学为旁门；以关心现实之儒学为真传，而以脱离现实之儒学为歧路；崇周公孔孟之儒学，而抑孟子后之儒学。故“儒学正宗论”是希望以先秦儒学为对抗欧风美雨之最后支柱（此与明末清初西方传教士之“先秦儒学正宗论”相同）。
被称为“哲学名著”〔41〕的《默觚》，就是“先秦儒学正宗论”的代表作。该书仿《荀子》体例，以《诗经》作结，分“学篇”与“治篇”两大部，前者述“正宗”的修身之道，后者述“正宗”的治国平天下之道，以“儒学正宗”应对当时“三千年未有之变局”。
“学篇”凡十四节。第一节崇伊尹与傅说：“觉伊尹之所觉，是为尊德性；学傅说之所说，是为道问学。自周以前言学者，莫先于伊傅二圣，君子观其会通焉。”〔42〕又崇《尚书·洪范》与《丹书》：“自孔孟以前言学者，莫粹于冉、范二谟，君子体诸旦明焉。”〔43〕又崇曾皙、曾参“曾皙不禁曾参之狷，曾参不师曾皙之狂，斯圣道之所以庞”。〔44〕
然有抑孟子之言，曰：“古人言学，惟对勘于君子小人，未有勘及禽兽者。惟孟子始言人禽几希之界，又于鸡鸣善利分舜跖之界。”〔45〕又曰：“古人言学，惟自勘于旦昼，未有勘及梦寐者。惟孟子始言夜气平旦之养，好恶与人几希。”〔46〕又有抑汉儒之言，曰：“豪杰而不圣贤者有之，未有圣贤而不豪杰者也。贾生得王佐之用，董生得王佐之体，合之则汉世颜伊之俦，不善学之则为扬雄、王通之比。”〔47〕又有抑宋儒之言，曰：“宋儒矫枉过正，而不知与《六经》相违。”〔48〕
第二节有崇子夏、子张之言，曰：“求人益我者，进德之事，子夏之言近之；以我益人者，成德之事，子张之言近之。”〔49〕第三节有崇周公、文、武、孔子之言，曰：“圣其果生知乎，安行乎？孔何以发愤而忘食，姬何以夜坐而待旦，文何以忧患而作易，孔何以假年而学易乎？”〔50〕第四节有崇孔子而抑宋儒之言，曰：“凡不学之人，患莫甚于货色；学道之人，患莫甚于好名。而皆起于我见。世儒多谓孟子言寡欲，不言无欲，力排宋儒无欲之说，为出于二氏。不知孔子言无我，非无欲之极乎？”〔51〕第七节有崇尧、舜、禹、稷之言，曰：“耕苍莽之野，钓寂寞之滨，而乐尧舜之道焉，故可以达，可以穷，可以夷狄患难。故颜回、禹、稷同道。……先忧后乐之谓也。”〔52〕
第九节有崇颜渊、仲弓、曾子、子羔、子路、周公、仲尼等先儒之言，曰：“至德以为道本，颜渊、仲弓以之；敏德以为行本，孝德以知逆恶，曾子、子羔、子路之徒以之。……师以贤得民，子思、孟子当仁于齐鲁；儒以道得民，诸子身通六艺，友教于西河。……惟周公、仲尼内圣外王，以道兼艺，立师儒之大宗。”〔53〕又有崇“三代以上”而抑“三代以下”之言，曰：“三代以上，君师道一而礼乐为治法；三代以下，君师道二而礼乐为虚文。”〔54〕第十二节似有兼蓄并收之言，曰：“方隅之士，入主出奴，日相斗战，物而不化，岂知大人殊途共归，百虑一致，无不代行而错明乎？孔老异学而相敬，夷惠异德而同圣，箕比异迹而同仁，四科并出于尼山，九流同宗乎古帝。……其轨辙不同者，道之并育并行所以大。”〔55〕
然第十三节又有崇先秦儒者之言，曰：“孔子登东山而小鲁，登泰山而小天下，况君子登颜孟之东山，登周公孔子之泰山乎？牺、农、黄、唐、禹、汤、文、武，圣之高曾也；周、孔，圣之祖父也；颜、曾，圣之宗子也；孟子，圣之别子也。”〔56〕魏源所崇先秦儒者中，孟子之地位依然最低，“相比较而言，魏源不十分喜欢孟子，特别是对轲死其学不得真传深表不满。……一时性致上来，便对孟子也就大不敬”〔57〕。
孙功达分析魏源“先秦儒学正宗论”说：“从表面上看，魏源热衷于先秦儒学，实质上他试图摆脱‘游谈无根’的心学、一味考据的汉学，而去寻找有用之学。”〔58〕以心学、汉学为无用，也许是乱世与衰世之共同心理，魏源自难以外之。然心学、汉学是否真的无用，学者当三思而后言。魏源之志可嘉，之心可谅，然其学却未必尽善。
