光绪十七年至十九年（1891—1893），章氏肄业于杭州诂经精舍，留下读书札记若千，编为《膏兰室札记》（今存三卷），系考释儒家经籍或周秦诸子等著作中字义之书。
其考释之工具，已有源于“西学”者，如卷三《天》云：“麟按：天为积气，古人已知之。然未明言其旨趣。苟误仞为天自有气，为万物之元，则误矣。何者？果如其说，则日月行星，皆受气于天，天气当较万物为厚，而愈近天则气愈厚，愈远天则气愈薄。今何以地球以上，愈高而气愈薄耶？然则天必非万物所禀气矣。盖恒星皆日，其旁皆有行星，行星皆地。凡地球不知恒河沙数，每一地球，皆有空气。自空气中望外，不甚了了。昔人谓之蒙气，合无数地球之蒙气，望之则似苍苍者，斯所谓积气，斯所谓天，仍皆地气，非自成一气也。王育说奇字无云：天屈西地为无。夫天屈西北，即折柱之妄言耳，未为典要也。余谓无字从天而屈之，正谓天本无物。仲任徒以天意为人心，非有实物。而不知即苍苍之体，亦未尝于行星外自有一物也。天且无物，何论上帝！六经言上帝者，皆可以仲任说说之。至言天体，则犹未尽。凡施功于地球，以光热生长万物者，惟日耳。古圣知苍苍之体未尝有，而从俗称之为天，且时时称道，昭其寅畏，亦以民志未可苟违而已。然其意所尊事者，则固在日矣。故曰郊之祭也，大报天而主日。报天，从俗之言也；主日，圣人之精意也。”〔1〕
以上是引进西洋19世纪天文学之成果，并以其天体运动诸理论，重新释读中土典籍之“天”与“气”。
卷三《万物疏证》之“小引”云：“算术积世愈精，然欧几里生周末，《几何原本》遂为百世学者所宗，是算理固备于二千年前矣。中国惠施与欧几里时代相先后，其说见于《庄子》者，人第以名家缴绕亲之，不知其言算术，早与几何之理相符。间及致用，亦自算出，今录《天下》篇历物之意一节，为之疏证，以见保氏古学，固佚存于他书矣。”〔2〕明末徐光启已引介欧几里德《几何原本》入中国，但未及以其理释读中国思想。章氏以“欧氏几何”释读惠施之“历物十事”，实乃中国哲学史上之奇章，胡适、冯友兰诸辈未及也。
该章释“历物”云：“巧历亦谓巧算也，然则历物之意，即算物之意也。仅言其意，则与几何仅言其理者同，其致用者尚少也。”〔3〕
该章释“至大无外，谓之大一，至小无内，谓之小一”云：“点、线、面、体，各以形殊。然点即小体，体即大点，其为一均也。几何以点为小极，体为大极，即此理矣。体大者，至空气愈高愈薄，至不及一刹那，修不可尽，如不绝根，是为无外。点小者，至原质，以化学法分之，不可破，是为无内。”〔4〕“不可破”之说，乃西洋哲人之思维，中土哲人无此“玄想”矣。换言之，中土哲人不讲“原质”，只讲“关系”，故以为“原质”必得还原为“关系”。“原质”还原为“关系”，则“原质破矣”。
该章释“无厚，不可积也，其大千里”云：“此言极塙，试以方圆言，两者各相函也。于圆界作切线为方形，方在圆外，则圆为有，而圆界外所截皆无矣。于圆径作对角，凡四斜线而成方形，方在圆内，则方为有，而方边外所截皆无矣。然圆界方边，无论几何，其外所截，从其内而为大小，故曰其有厚，大者，其无厚，亦大。推之无穷数，其率若一，岂但千里哉！凡三角、觚棱、诸等边形，无论大小，其本形与虚线，皆有定率，理并放此。”〔5〕
该章释“天与地卑，山与泽平”云：“天与地非真齐也，圆球一大一小，度数相合。人南北行，则南北极与之高下，是曰比也。山与泽非真平也，其在地面，一坳一突，薄若橘皮，本无足数。且山高至十五里止，海亦深至十五里止。对面有火山，则本处海底必深，所谓川竭而谷虚，邱夷而渊实也。是山之突，泽之坳，相抵则均，是曰平也。”〔6〕“山高至十五里止”，是谓高于十五里则山无以承受；“海深至十五里止”，是谓深于十五里则地无以承受。如是类推，则城之中轴大于十五里，是否意味着城亦无以承受？按之果然。元大都据《周礼·考工记》有关“帝王之都”之理想布局而建，其中轴线之长为十五里（南起今天安门，北迄今健德桥）；明代南移五里而重建，北京城中轴线之长仍为十五里（南起永定门，北迄钟鼓楼）。可知中国都城之营造，乃据于天地之数也。
该章释“日方中方睨，物方生方死”云：“赤道下日中，太平洋日睨。东半球之昼，西半球之夜，故曰日方中方睨也。然则朝菌日及，同时在此则生，在彼则死，不其然乎？”〔7〕
该章释“大同而与小同异，此之谓小同异。万物毕同毕异，此之谓之大同异”云：“大同者，十百千万亿兆也。小同者，诸式方也。开平方则百万兆可得根，而十千亿为幻根。开立方则千兆可得根，而十百万亿为幻根。是为大同与小同异。线一乘方而扁为面，二乘方而高为体，三乘方而长，则反为线矣，四乘方复扁为面，五乘方复高为体，六乘方复长为线。自此以至无穷，循环不已。间三则同式，不论次之多少也，故开方同式则毕同，异式则毕异。是为万物毕同毕异。”〔8〕
该章释“南方无穷而有穷”云：“地球圆形，虽有椭势，可勿论也。然海舶航往来东西，则如环无端。南北圆线，亦周币无穷。而不能绝冰海而来往，是无穷而有穷矣。”〔9〕
该章释“今日适越而昔来”云：“东西距一百八十度，则此方日加矣，彼方子，一以为朔日，一以为晦日矣。设能速行如电气，自此至彼才数小时，则至者以为朔，而主人方以为晦也，是为今日适越而昔来。”〔10〕
该章释“连环可解也”云：“凡形圆而相错者，皆曰连环。设两摆线，其圆界轨道相交，是连环也，而未尝不可解也。”〔11〕
该章释“我知天下之中央，燕之北，越之南，是也”云：“夫以地面言之，赤道下为中，安得无定？特以地为球形，则必以辐线所凑之一点为中。而地面尚相距万四千余里也，人既不能至球心，则所立处何一得为中央？若必加以矫称，虽燕北、越南，与昆仑何异哉！”〔12〕
该章释“泛爱万物，天地一体也”云：“孰能离空气以生者？”〔13〕
以上惠施“历物十事”，除最后一项外，章氏均以“欧氏几何”释读之。很有新意，只是未必恰当。然亦可以见出章氏在19世纪末年对于“西学”了解之程度。
《膏兰室札记》卷三接下来有一章《附辩者与惠施相应光学三条》，是对上述《历物疏证》章的补充说明。此章引进的是西洋光学理论，并以此理论释读公孙龙学派的三个命题：“目不见”、“飞鸟之景未尝动也”、“镞矢之疾而有不行不止之时”。
其释“目不见”云：“人目如透光镜，若审视一物，其物形必收聚于筋网，是即物上各点光影聚于筋网上一点也。且两物离目有远近，则不能同时于筋网上成像，故于目前悬纱簾，稍远置字一幅，目视纱簾，即不能见字。目视字，即不能见纱簾。而物上有光，则光与物能两见，是非物影借光以聚于筋网乎？然必谓目不见，亦名家析过当语，实则当曰目非光不见也。”〔14〕
其释“飞鸟之景未尝动也”云：“司马云：鸟之蔽光，犹鱼之蔽水。鱼动蔽水，而水不动。鸟动影生，影生光芒。亡非往，生非来。《墨子》曰：影不徙也。按：光顺直线而行，故阻光之质能成影，质动而影不动也。”〔15〕
其释“镞矢之疾而有不行不止之时”云：“行止相反，无中立之理，此非光学无以解之。盖目能暂留光点，故以光点旋转成规，视之则成一大光圈，而不见质点之离移。试以速率极大之炮弹，于暗空中打过，忽发电光，即见炮弹在空中若有不动之状，此即镞矢之说也。夫炮弹镞矢实动，而人视之若不动，谓之行不可，谓之止不可，故曰不行不止也。”〔16〕
《膏兰室札记》卷三《青宁生程，程生马，马生人说》一章，则是引进西洋生物学，并以此理论释读庄子之说。《庄子·至乐》有言曰：“青宁生程，程生马，马生人，人又反入于机。万物皆出于机，皆入于机。”〔17〕章氏释读云：“解者或以程为豹，以马为六畜之马，殊无义。孙荣枝曰：马，野马也。余甚韪之，因而推究其说，按上文云：羊奚比乎不箰，久竹生青宁。司马云：青宁，虫名，而未言其为何虫。余谓此即微生物。以海深水一滴，用显微镜窥之，有活物二万六千五百是也。青宁生程者，《说文》云：程，品也，十发为程，十程为分。是程者，微分所积，有度可量，人目所能见，不藉于镜矣。微生物积而为可度之物，是谓青宁生程。程生马者，《逍遥游》野马，司马云：春月泽中游气也。崔云：天地间气如野马驰也。此即空气，空气即风，风字从虫，因空气中有虫也。可度之微物，积而为空气，则《逍遥游》所云：野马也，尘埃也，生物之以息相吹也。此两言生，皆谓积成，与上下文生字稍异。马生人者，人非空气不生也。人之炭气复归于空气，人之骸肉复反为微生物，故曰人又反入于机。”〔18〕
《膏兰室札记》卷三《无秋豪之微，蘆苻之原，四达无境，通于无圻》一章，又引进西洋哲学上之“原子论”与科学上之“元素论”，并以此理论释读《淮南子》之说。《淮南子·俶真训》有言曰：“夫秋豪之末，沦于无间，而复归于大矣。蘆苻之原，通于无，而复反于敦庞。若夫无秋豪之微，蘆苻之厚，四达无境，通于无圻，而莫之要御夭遏者，其袭微重妙，挺挏万物，揣丸变化，天地之间，何足以论之。”〔19〕
章氏释读云：“此即精求原质之理也。英人李提摩太云：化学积六十余原质所作。然原质又系何物？格致家则谓若干阿屯。阿屯者，其小无内之称也。若用极好之显微镜窥之，能将一分之质视为三百丈之长，则此虽至小之物，可加三十万倍，然犹未见质中之阿屯也。格物家谓将阿屯一分寸分为五千万分，可得阿屯之大小焉。又阿屯之最相近者为实质，光不能透入其间。不相近者为流质，光略能透入阿屯入内。若相隔远者为气质，日光透入，内外玲珑。故格致家常言，万物中阿屯常动，但迟速不同。若使傍火热，则近处阿屯之动速，可成流质。若冰化水然。傥再加以火热，则动更速，而化成气，如水变气然。气行之最缓者，为红光哒之气，每秒钟动四百五十八兆兆次。何谓哒？盖空气在海面则浓，在高山则淡，若去地球一二百里外，即为哒气。惟哒之气更淡，而通内外五星诸世界焉。黄光哒气，每秒钟动五百三十五兆兆次。青光哒气，动六百三十二兆兆次。紫光哒气，动七百廿七兆兆次。盖按天上虹霓而言，红一边最迟，渐速至紫光一边，可见五色胥关哒气动宕迟速次数。然欲量其迟速，其法用凸面镜置于平面玻璃上，其镜当中与玻璃紧相依处，是黑光。周外一层层，即有五色相间。推算哒气浪动宕之数，多寡可由此而知。且哒之气尤淡，玻璃虽系实质，其阿屯不能隔哒之气使之不透光也。（以上李说）。”〔20〕“阿屯”即atom之音译，今译为“原子”者。以上为章氏对西洋“原子说”与“元素说”之详尽介绍。
章氏又以此释《淮南子》之说云：“盖豪末蘆苻，即原质也。无秋豪之微，蘆苻之原，四达无境，通于无圻，即阿屯与哒也。凡原质，以同类相合，积小成巨者，若磺气凝结为磺。是以异类相合成物者，如轻气一、养气八成水，石精养气成石灰。是原质质点极小，故喻以豪末蘆苻，至成物则极大，故曰复归于大，复反于敦庞。至于阿屯，则更由原质而求原，其小无内，故曰无秋豪之微，蘆苻之原也。原质六十四，复求原，则为阿屯，而空气中养气、淡气、炭气等，亦皆原质之一。然则哒为空气之尤淡者，较淡氮尤淡焉。是虽不得比于阿屯，为原质之原，而亦原质中之至小者也。故亦以无秋豪之微、蘆苻之原喻之。哒通内外五星诸世界，是谓四达无境，通于无圻也。虽玻璃实质，其阿屯不能隔哒之气使不透光，所谓莫之要御夭遏也。然则无秋豪之微、蘆苻之厚，兼阿屯哒言也。四达无境，通于无圻，而莫要御夭遏者，专就哒言之也。”〔21〕“哒”究指何，尚待考，但不外是对西洋“科学”之引介。
上引《淮南子》一段话之前，还有另一段话，云：“有未始有有始者，天气始下，地气始上，阴阳错合，相与优游竞畅于宇宙之间。被德含和，缤纷茏蓯，欲与物接，而未成兆联。”〔22〕章氏又以西洋“原子说”、“元素说”释读之：“此原质中之空气也。空气在地极厚，层层递减，至一百五十里而极薄。凡地以上皆得言天，空气有吸力，故使天气下，亦有倒压力，故使地气上也。”〔23〕
《淮南子》再云：“有未始有夫未始有有始者，天含和而未降，地怀气而未扬，虚无寂寞，萧条霄雿，无有仿佛气遂，而大通冥冥者也。”〔24〕章氏再释云：“此阿屯也。《天文训》云：太始生虚霩，虚霩生宇宙，宇宙生气，气有涯垠，此哒也。哒可以言无穷，而通于五星，则至此轨道，亦有穷尽，故曰气有涯垠。”〔25〕
《訄书》初刻于清光绪二十五年（1899），重刊于光绪三十年，也可反映章氏在19、20世纪之交对于“西学”的知晓度。《原人》篇云：“余以所闻：名家者流，斥天下之中央，则燕之北、越之南是已。然则自大瀛海以内外，为潬洲者五，赤黑之民，冒没轻儳，不与论气类。如欧美者，则越海而皆为中国。其与吾华夏黄白之异，而皆为有德慧术知之氓。是故古者称欧洲曰大秦，明其同于中国，异于荤鬻、獂戎之残忍。彼其地非无戎狄也。处冰海者，则有哀斯基穆人。烬瑞西、普鲁士而有之者，则尝有北狄。俶扰希腊及雅典者，则尝有黑拉古利夷族。夫孰谓大地神皋之无戎狄，而特不得以是杚白人耳。戎狄之生，欧、美、亚一也。”〔26〕“冰海”，北冰洋；“哀斯基穆”，爱斯基摩；“瑞西”，瑞士；“黑拉古利”，赫刺古利，古希腊北部之主。以上反映出章氏对于当时“人种地理学”之认知程度。
《訄书》之《序种姓上》云：“凡地球之上，人种五，其色黄、白、黑、赤、流黄。画地州处，风教语言，勿能相通。其小别六十有三。（西人巴尔科所分）。然自大古生民，近者二十万岁，（近世人类学者以石层、槀骨推定生民之始，最近当距今二十万年。如《旧约》所述，不逾万年，其义非是。）丞有杂殽，则民种羯羠不均。古者民知渔猎，其次畜牧，逐水草而无封畛。重以部族战争，更相俘虏，羼处互效，各失其本。燥湿热之异而理色变，牝牡接構之异而颅骨变，社会阶级之异而风教变，号令契约之异而语言变。故今世种同者，古或异；种异者，古或同。要以有史为限断，则谓之历史民族，非其本始然也。言人种学者，一曰太初有黄、黑二民，或云白、黑，又曰生民始黄。人各异议，亡定说。”〔27〕以上反映出章氏对于当时西洋“人种学”、“民族学”之认知程度。
《序种姓上》又云：“宗国加尔特亚者，盖古所谓葛天，地直小亚细亚南。其人种初为叶开特亚，后与西米特科种合，生加尔特亚人。其《旧纪》曰：先鸿水有十王，凡四十三万二千年。鸿水后八十六王，凡三万三千九十一年。其次有米特亚僣主，八王，二百二十四年。其次十一王，其次为加尔特亚朝，四十九王，四百五十八年。其次为亚拉伯朝，九王，二百四十九年。其次四十五王，五百二十六年。（其书为巴比伦人披落沙所纪，披落沙，共和纪元五百八十年人。）然始统一加尔特亚者，为萨尔宫一世，当共和纪元以前二千九百六十年。（共和纪元与欧洲耶稣纪元相差八百四十一算。）其后至亚拉伯朝，以巴比伦为京师，当共和纪元前七百四年。其后二百五十年，为小亚细亚灭之。萨尔宫者，神农也，（或称萨尔宫为神农，古对音正合。）促其音曰石耳。（《御览》七十八引《春秋命历序》曰：有神人名石耳，号皇神农。）先萨尔宫有福巴夫者，伏戏也。后萨尔宫有尼科黄特者，黄帝也。其教授文字称苍格者，苍颉也。其他部落或王于循米尔，故曰循蜚；或王于因梯尔基，故曰因提；或王于丹通，故曰禅通。东来也，横渡昆仑。昆仑者，译言华（俗字花）土也，故建国曰华。……君长四州，故有四岳；长民十二，故有十二牧；民曰黑头，故称黔首；文字如楔，故作八卦；陶土为文，故植碑表；尊祀木星，故占得岁；异名纪月，（如《释天》‘正月为陬’以下十二名，巴比伦亦有之。）故贞孟陬。故曰：中国种姓之出加尔特亚者，此其徵也。”〔28〕此处转述欧洲学者“中国文明西源”与“华夏种族源于巴比伦”等谬说，可知章氏熟悉当时西洋学术界动态，并试图拿洋人之说重新释读中国文明史。
“中华文明西源论”或“中华文明西元论”，在19世纪与20世纪之际，蔚为西洋学术界一大思潮，有拉克伯里（Lacouperie）等名家倡之，使当时中国诸多大学者信以为真，如刘光汉之《华夏篇》、《思故国篇》，黄节之《立国篇》，蒋观云之《中国人种考》等等。章太炎此篇亦是。
《訄书》之《原变》篇云：“人谓紫脱华于层冰，其草最灵。（……案：紫宫，即北极。今北冰洋亦有浮生之草，斯即紫脱矣。本非奇卉，以致远物为奇尔。）紫脱非最灵也，其能寒过于欵冬已。鼠游于火，忍热甚也。海有象、马，嘘吸善也。物苟有志，彊力以与天地竞，此古今万物之所以变。变至于人，遂止不变乎？人之相竞也，以器。……石也，铜也，铁也，则瞻地者以其刀辨古今之期者也。……武库之兵，出之典瑞，以为聘祭之币。斯无以竞矣，竞以器。……竞以礼。竞以形……若是，人且得无变乎？浸益其智，其变也侗长硕岸而神明；浸损其智，其变也若跛鳖而愚。其变之物，吾不能知也。要之，蜕其故用而成其新用。”〔29〕此处是以达尔文之“生物进化论”（严复译为“物竞天择，适者生存”之“天演论”）讲论生物之“变”与人之“变”，“变”的原因就是“彊力以与天地竞”。
《族制》篇甚至直接引用达尔文之说，云：“是无他，大自然之洮汰与人为之洮汰，优者必胜，而劣者必败。”〔30〕《订文》篇亦有“吾闻斯宾塞尔之言曰”等语〔31〕。又，章氏译《斯宾塞文集》与严复译《天演论》几乎同时，可知章氏对西洋当时之“生物进化论”与“社会达尔文主义”等新说，是相当了解的。
《訄书》之《订文》篇云：“有通俗之言，有科学之言，此学说与常语不能不分之由。今若觕举其略：炭也，铅也，金刚石也，此三者质素相同，而成形各异，在化学家可均谓之炭。日与列宿，地与行星，在天文亦岂殊物，然施之官府民俗，则较然殊矣，夫盘盂钟镈，皆冶以金，几案杯箸，皆雕以木，而立名各异，此自然之理。然苟无新造之字，则器用之新增者，其名必彼此相借矣。即如炱煤曰煤，古树入地所化，亦因其形似而曰煤，不知此正宜作墨尔。曩令古无墨字，则必当特造矣。”〔32〕“有通俗之言”云云，论及西洋“科学语言”与“日常语言”之区分，涉及当时西洋“语言学”；“炭也，铅也”云云，涉及当时西洋之“化学”；以下并涉及当时西洋之“天文学”、“矿物学”等等。
此外，章氏还撰有《儒术真论》，认为只有“视天”，而无“真天”，以西洋天文学重释中国“天为积气”说。撰有《视天论》，依据西洋自然科学，解释宇宙万物之生物，驳斥中国“天有真形”说。撰有《谈天》，引介康德“星云假说”等西洋天文学说，并以此重释中国之“宣夜说”。〔33〕
