章太炎对于“西学”不盲从，并起而批驳之；对于“儒学”亦采取同样态度，不盲从，并起而批驳之。其“斥儒”之早、之力，均为“五四学者”所不能及。
《訄书》重订本之《订孔》篇，首先引日人远藤隆吉《支那哲学史》之斥孔言论：“孔子之出于支那，实支那之祸本也。夫差第《韶》、《武》，制为邦者四代，非守旧也。处于人表，至严高，后生自以瞻望弗及，神葆其言，革一义若有刑戮，则守旧自此始。此更八十世而无进取者，咎亡于孔氏。祸本成，其胙尽矣。”远藤氏以孔子为中华之“祸本”，对此章太炎氏的态度是：“凡说人事，固不当以禄胙应塞，惟孔氏闻望之过情有故。曰六艺者，道墨所周闻，故墨子称《诗》、《书》、《春秋》多太史中秘书。女商事魏君主也，衡说之以《诗》、《书》、《礼》、《乐》，从说之以《金版》、《六弢》。异时老墨诸公不降志于删定六艺，而孔氏擅其威。遭焚散复出，则关轴自持于孔氏，诸子欲走，职矣。”〔93〕
《订孔》篇又云：“《论语》者晻昧，《三朝记》与诸告饬、通论多自触击也。下比孟轲，博习故事则贤，而知德少歉矣。荀卿以积伪俟化治身，以隆礼合群治天下。不过三代，以绝殊瑰，不贰后王，以綦文理。百物以礼穿糓，故科条皆务进取而无自戾。其正名也，世方诸仞识论之名学，而以为在琐格拉底、亚历斯大德间（桑木严翼说）。由斯道也，虽百里而民献比肩可也。其视孔氏，长幼断可识矣。”〔94〕
《订孔》篇又云：“夫孟、荀道术皆踊绝孔氏，惟才美弗能与等比，故终身无鲁相之政，三千之化。才与道术，本各异出，而流俗多视是崇堕之。近世王守仁之名其学，亦席功伐己。曾国藩至微末，以横行为戎首，故士大夫信任其言，贵于符节章玺。况于孔氏尚有踊者！孟轲则踬矣，虽荀卿却走，亦职也。（荀卿学过孔子，尚称颂以为本师，此则如释迦初教本近灰灭，及马鸣、龙树特弘大乘之风，而犹以释迦为本师也。）夫自东周之季，以至禹，《连山》息，《汩作》废，《九共》绝，墨子支之，祇以自陨。老聃丧其征藏，而法守亡，五曹无施。惟荀卿奄于先师，不用。名辩坏，故言殽；进取失，故业堕。则其虚誉夺实以至是也。”〔95〕此为高后世儒者而低孔。
《订孔》篇又引日人白河次郎之斥孔言论：“纵横家持君主政体，所谓压制主义也。老庄派持民主政体，所谓自由主义也。孔氏旁皇二者间，以合意干系为名，以权力干系为实，此儒术所以能为奸雄利器。使百姓日用而不知，则又不如纵横家明言压制也。”对此章太炎的态度是：“所谓旁皇二者间者，本老氏之术，儒者效之，犹不若范蠡、张良为甚。庄周则于《马蹏》，《胠箧》诸论，特发老氏之覆。老、庄之为一家，亦犹输、墨皆为艺士，其攻守则正相反，二子亦不可并论也。故今不以利器之说，归曲孔氏。”〔96〕
《订孔》篇给孔子最终的定位是史学家：“虽然，孔氏，古良史也。辅以丘明，而次《春秋》，料比百家，若旋机玉斗矣。谈、迁嗣之，后有《七略》。孔子后，名实足以伉者，汉之刘歆。”〔97〕给予“古良史”之定位，表明章太炎之“订孔”只订其“独尊”，而不订其“史学”。
《訄书》重订本之《学变》篇斥儒者“苟得利禄”：“汉晋间，学术则五变。董仲舒以阴阳定法令，垂则博士，教皇也。使学者人人碎义逃难，苟得利禄，而不识远略。故杨雄变之以《法言》。”〔98〕
《訄书》重订本之《学蛊》篇斥欧阳修“不通六艺”：“修之不通六义，正义不习，而瞍以说经，持之无故，諓之以御人，辞人也。不辨于名理，比合训言，反覆其文，自以为闻道，遭大人木彊，而已得尸其名，以色取仁，居之不疑矣。”〔99〕
《訄书》重订本之《王学》篇斥王阳明“立义至单”：“王守仁南昌、桶冈之功，职其才气过人，而不本于学术。其学术在方策矣，数传而后，用者徒以济诈，其言则祇益缦简粗觕。何也？王守仁之立义，至单也。……夫浮屠不以单说成义，其末流禅宗者为之。儒者习于禅宗，虽经论亦不欲睹，其卒与禅宗偕为人鄙。义窭乏而尚辞，固薤质也。尝试最观守仁诸说，独‘致良知’为自得，其他皆采用旧闻，工为集合，而无组织经纬。”〔100〕
《訄书》重订本之《明独》篇斥儒家重“群”而扼杀个性：“不眯于独，古者谓之圣之合莫。抱蜀不言，而四海讙应，人君之独也。握其节，莫与分其祘，士卒无敢不用命，大率之独也。用心不枝，孑然与精神往来，其立言诵千人，和万人，儒、墨之独也。闭閤而省事，思凑单微，发其政教，百姓悦从如蒲苇，卿大夫之独也。总是杂术也，以一身教乡井，有贤不肖或觵之，或挞之，或具染请之，皆磬折而愿为之尸，父师之独也。”〔101〕儒家重“群”，所重只是“小群”，故上述之“独”亦只是“小独”，而“小独”同样是对个性的扼杀：“繇是言之，小群，大群之贼也；大独，大群之母也。”〔102〕“大独”与“大群”方是真正的“个性解放”。
《与人论朴学报书》斥儒学不合于现代生活：“抑自周孔以逮今兹，载祀数千，政俗迭变，凡诸法式，岂可施于輓近？故说经者，所以存古，非以是适今也。先人手泽，贻之子孙，虽汙垢佇劣者，犹见宝贵，若曰尽善，则非也。……皇汉迄今，政在专制，当代不行之礼，于今无用之仪，而欲肄之郡国，渐及乡遂，何异宁人欲变今时之语，返诸三代古音乎？……故知通经致用，特汉儒所以干禄，过崇前圣，推为万能，则适为桎梏矣。”〔103〕“于今无用”，乃是相当严厉的批评。
《驳康有为论革命书》斥儒学被清廷用为“愚民之计”：“今彼满洲者，其为归化汉人乎，其为陵制汉人乎？……徒以尊事孔子，奉行儒术，崇饰观听，斯乃不得已而为之，而即以便其南面之术，愚民之计。”〔104〕又斥儒学为无用之学：“理学诸儒，如熊赐履、魏象枢、陆陇其、朱轼辈，时有献替，而其所因革，未有关于至计者。虽曾、胡、左、李之所为，亦曰建殊勋、博高爵耳，功成而后，于其政治之盛衰、宗稷之安危，未尝有所筹画焉。”〔105〕
《大乘佛教缘起考》斥孔学与老学“一原”：“以此土成事例之，孔父绪言，著在《论语》，而《诗传》、《礼记》旁出者多。乃至庄周、韩非录其故言，或与儒家绝异。夫外道经中之录佛语，亦犹庄周、韩非之记孔说也。若在纯儒，必不信此为谛实，此为正道，亦犹小乘诸师之见也。然达者则知孔、老一原，与佛初出家时尝访阿罗、逻郁、陀罗诸仙同例。佛与外道互有通途，孔与庄、韩亦非隔绝。故录在彼书者，转可信为胜义。通儒大乘所见，亦相符矣。佛语录入外道书中，及灭度千百年后，忽录入佛经中，犹此土薛据、孙星衍辈皆去孔子千百余岁，而摭取诸子所载，以为《孔子集语》也。”〔106〕
对于章太炎批评“儒学”之举，学界有较高之评价。如张昭君《章太炎的儒学思想与五四新文化思潮》一文，就认为章氏之“订孔斥儒”对“五四”新文化思想“有直接影响”。吴虞之“反孔非儒”，得益于章氏良多；陈独秀之“批孔非儒”，与章氏之斥儒“主旨基本上相同”；鲁迅、钱玄同诸人“打倒孔家店”之论，是对章氏“订孔”思想之发展；胡适《说儒》承章氏《原儒》而来，其《论戴东原哲学》乃基于章氏《释戴》、《悲先戴》而成；等等。〔107〕总之“五四学者”之“毁儒”，当是以章太炎之“非儒”为源。
