进入六十年代之后，牟宗三研究的重点转向了中国哲学史，先后写作了《才性与玄理》、《心体与性体》、《佛性与般若》，他之所以把研究的重心由政治转向了学术是有他自己的考虑的。在《历史哲学》等三书中，牟宗三就是想由内圣之学来应对这个业已来临的文化新阶段，以疏导出文化生命的新途径。既然要本内圣之学来解决外王问题，则内圣心性之学的义理就要重新予以展现。佛家有所谓“彻法源底”之语，在牟宗三看来，内圣心性之学便是一切法的“源底”，所以必须透彻阐述之，才能见其究竟、明其归宿。因此，牟宗三五十岁之后便专心于中国哲学史的研究，进一步疏解儒释道三教的义理。
虽然这三部书主要都是哲学史研究的著作，但其价值与贡献却不仅仅是哲学史方面的，尤其是《心体与性体》，在牟宗三哲学思想的形成、发展过程中具有非常重要的意义。《心体与性体》的写作，自1961年开始，历经八年时间才完稿，共一百多万字，是牟宗三耗费生命心血最大的一部巨著。在当代的宋明理学研究中，《心体与性体》是一部里程碑似的巨著。平常大家讲宋明儒学，一般认为有程朱、陆王两系，或者分为程朱理学、陆王心学和张载气论，但牟宗三提出了另外一种三系说，即在伊川、朱子系和陆王系之外，又提出了胡五峰、刘蕺山一系，后两系可合为一系，是儒学之正宗，伊川和朱子一系是“别子为宗”。牟宗三的这些论断是大胆的、独树一帜的，虽然很多学者对牟宗三的“三系说”提出不同的意见，甚至有质疑和批评，但不能否定的是“三系说”有它独特的价值和意义。我们知道，牟宗三不仅仅是一位哲学史家，他首先是一位哲学家，他的哲学史研究和他的哲学立场是密切相关的。他已有的哲学背景和哲学观影响和决定了他的哲学史研究，他对哲学史上一些哲学家的评价、判断都是以他自己对于某些哲学问题的理解为衡准的；而在疏解往圣前贤著作的过程中，他的学养在提高，他对一些问题的理解在加深，他的哲学体系的架构也更加清晰、明确。
对于牟宗三哲学来说，《心体与性体》是一部承前启后、继往开来的著作，所谓“承前”，是指他继续了自己在五十年代提出的“道德主体”的观念，无论是心体、性体还是道体、神体等提法，都是“道德主体”这一概念的深化和不同表述，也是牟宗三判教的标准；所谓“启后”，则是指他开始有意识地将儒家的哲学和康德的道德哲学做比较，在比较中逐步完善“道德的形上学”的观念，这一思路是他哲学发展过程中的一个重要转折点，他后来在《智的直觉与中国哲学》、《现象与物自身》、《圆善论》中所做的儒家哲学与康德道德哲学的会通都是真正由此开始的。牟宗三哲学是一直在发展、完善的，虽然在精神实质上，他后期的哲学和他在五十年代的思想是一脉相承的，但在论述的方法上、建构体系的形式上，从《心体与性体》开始，产生了相当程度的转变。
《心体与性体》作为一部哲学史著作和牟宗三在五十年代与七十年代的论著有着明显的不同。在其他著作中，他可以直接论证问题、建构体系，而此书更多的是在一种理论预设之下整理哲学史，在对哲学史的评判中表达自己的哲学立场和态度，所以这种表达是间接的。我们前面提到过，牟宗三在五十年代就确立了“道德主体”这样一个观念，这成为牟宗三建构“道德的形上学”的逻辑起点。《心体与性体》不是凭空就能产生的，而是“道德主体”思想继续发展的结果，如果没有“道德主体”这一概念作为理论基点，很难想象有《心体与性体》的产生。当然，“道德主体”是最简单、凝练的概括，通过《心体与性体》中的阐释，“道德主体”的观念更加丰富、清晰、饱满起来。
在《心体与性体》的综论部分，牟宗三先生开宗明义地讨论了宋明新儒学的定位、价值与“新儒学”新之所以为新的意义。
在牟宗三看来，宋明儒学实际上也就是“心性之学”，而“心性之学”也可以称为“内圣之学”，“内圣”就是“内而在于个人自己，则自觉地作圣贤工夫（作道德实践）以发展完成其德性人格之谓也”。(18)所以“内圣之学”也可以称为“成德之教”，“成德”的最高目标就是圣、是仁者、是大人，其真实的意义就是在个人有限的生命中取得无限而圆满的意义，“成德之教”实际上也就是牟宗三所讲的“即道德即宗教”。在牟宗三看来，“成德之教”既不同于佛教，也不同于基督教，它的特点在于道德不是停在有限的范围内，而是通往无限。牟宗三说“道德行为有限，而道德行为所依据之实体以成其为道德行为者则无限。人而随时随处体现此实体以成其道德行为之‘纯亦不已’，则其个人生命虽有限，其道德行为亦有限，然而有限即无限，此即其宗教境界”。(19)牟宗三这段话非常重要，有三层含意在里面，值得我们注意：
第一，牟宗三继续强调“实体”。这个实体是道德的实体，是道德行为的根据，是孔子之“仁”、孟子之“心”。在《道德的理想主义》中，牟宗三即提出了“怵惕恻隐之仁”，“怵惕恻隐之仁”开显了价值之源，构成了人的道德主体。《心体与性体》中所讲的“实体”也就是此“怵惕恻隐之仁”，之所以称之为“体”，是因为它是道德行为的根据。把道德行为和道德根据区分开来，在孟子那里就做了很完整的说明，“孺子入于井”的比喻就清楚地说明了道德行为和道德根据的关系。见义勇为、奋不顾身地去救一个危险的孩子是一个道德行为，但此行为不是偶然的、无根的，在行为的背后有支撑和决定此行为的根据，这就是“恻隐之心”，牟宗三就把孟子说的“恻隐之心”称为道德主体、道德实体。
第二，牟宗三开始讨论“有限”与“无限”的关系。人的生命是有限的，如何在有限的生命中实现永恒，是每个哲学家所要关怀和追问的。儒家，包括牟宗三一直试图在回答这个问题。从经验主义的角度去理解，这个问题是很难回答的，因为有限就是有限，无限就是无限，如何能够虽有限而可无限，这确实是一个很难成立的问题。但牟宗三从另外一个角度来讲，他承认个人的生命是有限的，甚至道德行为本身也是有限的，这都没有问题，但有限的行为本身却可以具有无限的意义。更进一步说，道德行为所依据的道德实体却不仅仅限于个人，而是具有超越性、普遍性和永恒性，所以在这个角度上“无限”是可以成立的。“有限”和“无限”关系的提出在牟宗三哲学发展中具有非常重要的意义，他后来在《现象与物自身》中重新诠释康德的现象与物自身的关系，其中很大程度上就是借用了“有限”与“无限”的思路，用这种方法来说明“物自身”的价值意味。
第三，牟宗三把“即有限而可无限”的境界称为“宗教境界”。牟宗三的哲学具有很强的宗教性特征，或者说，他对宗教和哲学没有清楚的区分，他时常把“儒学”和“儒教”作为同义语来使用。他曾在台南神学院作过一场演讲，后来讲稿收入《中国哲学的特质》，作为此书的第十二讲，题目就是《作为宗教的儒教》。在这篇讲稿中，牟宗三提出了儒学之所以可以称为儒教是因为他具备了宗教的功能，即它能“尽日常生活轨道的责任”、“启发人的精神向上之机，指导精神生活的途径”。(20)牟宗三把儒学理解为儒教更多的是从内在的精神实质去理解，而不是从外在的形式方面来理解，他说：
宗教可自两方面看：一曰事，二曰理。自事方面看，儒教不是普通所谓宗教，因它不具备普通宗教的仪式。它将宗教仪式转化而为日常生活轨道中之礼乐。但自理方面看，它有高度的宗教性，而且是极圆成的宗教精神，它是全部以道德意识道德实践贯注于其中的宗教意识宗教精神，因为它的重点是落在如何体现天道上。(21)
用一种宗教的观点去理解“即有限而可无限”是牟宗三哲学的一个特色，牟宗三所讲的宗教有两层含义，一是他注重道德的实践性；二是注重天道性命的贯通。这种天道性命的贯通是中国哲学所特有的思维模式，也是牟宗三对传统哲学的继承，牟宗三把它定义为“宗教”，这是我们不得不留意的地方。因为既然他称之为宗教，那他哲学的前提、预设等方面就不可能不受到影响、或者说体现出宗教的特色，所以我们在研究评判牟宗三哲学时，一定要注意他的哲学观与宗教观。
对于个体与道德实体、道德行为与终极存在的关系，牟宗三也有明确的表述，他说：“宋明儒之将《论》、《孟》、《中庸》、《易传》通而一之，其主要目的是在豁醒先秦儒家之‘成德之教’，是要说明吾人之自觉的道德实践所以可能之超越的根据。此超越根据直接地说是吾人之性体，同时即通‘於穆不已’之实体而为一，由之以开道德行为之纯亦不已，以洞彻宇宙生化之不息。性外无体，宇宙秩序即是道德秩序，道德秩序即是宇宙秩序。”(22)这段话既是牟宗三对宋明儒学的总体概括，也是他自己对于道德的本质理解。这几句话层次很清楚，逻辑性也很强，首先他是说道德实践有超越的根据，然后指出这个超越的根据是人的性体，实际上也就是“道德主体”，而道德主体呢，又不仅仅限于个人，而是超越了个体存在，是通于“於穆不已”的天道创生实体，这个实体是宇宙生化之根源，天地万物生生不息正是因为有这创生实体，所以这个实体不仅是道德的超越根据，也是宇宙生化的根据。所以，牟宗三从这个角度上讲“宇宙秩序即是道德秩序，道德秩序即是宇宙秩序”，通过这样一番推导与论证，牟宗三就把道德界和存有界打通了。后来牟宗三借助康德哲学，力图建立完整的存有论体系，其形上的存有论、物自身的存有论即是道德的存有论，他建立这种存有论的方法、思路在这时已经基本形成，只是后来更加详细、完善。
当然，能否接受牟宗三这种论证方式是另外一码事，因为一旦涉及“超越”的领域就很难用经验来证明。道德行为当然是经验层面的，但道德行为背后的超越根据却不能证明，而只能是一种理解、或者说是设定。道德行为是个人的行为，道德根据、道德主体也应该是属于个人的，但牟宗三试图把属于个人的道德主体“推出去”，使道德主体与宇宙实体通而为一。很多学者不会接受这一论证，认为这种论证方式过于武断。不能接受牟宗三论证的观点更多的是从逻辑实证主义的观点来看问题的，因为用经验是没有办法来支持牟宗三的论证的，但这些学者在否定牟宗三观点的时候，他们往往忽略、或者是不认同牟宗三哲学的立场。实际上牟宗三先生做出上面的论证、做出“宇宙的秩序就是道德的秩序”这样一个结论在孟子那里说得就很清楚了，牟宗三只是用现代的语言和论证方式来诠释“尽心知性知天”、“万物皆备于我”这些命题。当然我们不是说能在古人那里找到根据就说明牟宗三的论证可以成立，我们只是揭示牟宗三哲学的精神实质和他与传统哲学的关系。理解牟宗三哲学不是一件很容易的事情，他的哲学虽然在形式上是现代的，但在精神理路上却是传统的，不理解中国传统哲学的致思方式也很难接受牟宗三哲学。
在六十年代，牟宗三对道德主体的理解和阐释主要是“心体”和“性体”，他对二者的关系有过说明，他说：“心体充其极，性体亦充其极。心即是体，故曰心体。自其为‘道德的心’而言，则性因此始又真实的道德创造之可言，则性也而心矣。是故客观地言之曰性，主观地言之曰心。自‘在其自己’而言，曰性；自其通过‘对其自己’之自觉而有真实而具体的彰显呈现而言则曰心。心而性，则尧、舜性之也。性而心，则汤、武反之也。心性为一而不二。”(23)从这段话可以看出，牟宗三所理解的心体和性体并不是两个东西，而是形上的道德实体的不同展现，或者说从不同的重点去表达道德实体，性体侧重从客观的方面讲，心体侧重从主观的方面讲。对于“心体”，牟宗三又进一步做解释：
客观地自“於穆不已”之天命实体言性，其“心”义首先是形而上的，自诚体、神体、寂感真几而表示。若更为形式地言之，此“心”义即为“活动”义，是“动而无动”之动。此实体、性体，本是“即存有即活动”者，故能妙运万物而起宇宙生化与道德创造之大用。(24)
“即存有即活动”是牟宗三对心体的形象描述，因为一旦提到“体”，大家往往容易想到的是超越的、绝对的、静止不动的存在，就好像柏拉图讲的“理念”，牟宗三尽力想改变人们对于心体的这种理解，他是想说明，心是不断跃动的、涌现的存在，当然这里的心也不是血肉之心，而是道德本心。道德本心也就是道德实体，它与天道性命通而为一。“即存有即活动”生动地表现出道德实体的存在状态，也成为牟宗三判定宋明儒学统绪的重要标准。
所谓“判教”是一佛家用语，就是以佛四十九年所说的法来判释自己的宗派是佛所说的至上的圆教经典。各宗大师都曾有教相判释，以判各宗之高下而定自宗之位次。牟宗三借用了佛家的“判教”说法，并对儒、释、道三教做一评判，认为儒教是“真实无妄、充实饱满”之圆教。牟宗三判教的前提是他认定儒家是“即道德即宗教”、或“道德宗教”，所以可以和佛、道两教一起进行比较和评判。
在对宋明儒学的研究过程中，牟宗三提出了与其他学者不同的讲法，一般认为宋明儒学可分为程朱理学和陆王心学，牟宗三却提出了与此不同的三系说，这三系分别是：一、五峰、蕺山系。此系由周濂溪、张横渠、程明道的圆教模型开出，此系的特点是客观的讲性体，以《中庸》、《易传》为主，主观的讲心体，以《论语》、《孟子》为主。二、象山、阳明系。此系是以《论》、《孟》摄《易》、《庸》，而且以《论》、《孟》为主，此系的特点是“一心之朗现，一心之伸展，一心之遍润；于工夫，亦是以‘逆觉体证’为主者”(25)。三、伊川、朱子系。此系是以《中庸》、《易传》与《大学》合，而以《大学》为主。于《中庸》、《易传》所讲之道体性体只收缩提炼而成为一本体论的存有，即“只存有而不活动”之理，把孔子之仁理解为理，把孟子的本心转为实然的心气之心，因此，在工夫上特别重视后天之涵养以及格物致知的认知作用，工夫的落实全在格物致知。
上面是牟宗三关于“三系说”的大体轮廓。他还认为一、二两系都以《论》、《孟》、《易》、《庸》为标准，可以会通为一大系，牟宗三把这一大系命名为“纵贯系统”，此系是宋明儒者之大宗，也合乎先秦儒家之古义；伊川、朱子系，牟宗三称之为“横摄系统”，横摄系统是旁支，是另开的一传统。朱子学几百年来一直被作为理学之正统，最起码也是和陆王心学相对立的儒学流派，但牟宗三却大胆地提出伊川、朱子之学是别子为宗，这是很需要勇气的。他之所以这样评判有他的理由，我们知道，牟宗三不是一般意义上的哲学史家，他首先是一位哲学家，他有着自己的哲学立场和哲学视野，所以他对哲学史上人物、流派的评判是以自己的哲学出发点为前提的。
牟宗三之所以判断朱子不是宋明儒之大宗，原因有二：第一，他认为朱子将知识问题与成德问题混在一起讲，这样阐释的道德是不纯粹的，不能说明道德之本性；对于知识来说也不能从道德中解放出来，不能显示知识之本性。之所以这样讲，是因为牟宗三认为朱子认为的把握“超越之理”的方式是通过“格物”来实现的，格物的过程中可以产生一些博学多闻的经验性知识，这些知识虽然对于道德实践有一定的作用，但作用不是根本的，而且这种知识的获得也不是伊川、朱子的主要目的，伊川、朱子的主要目的是把握、实现道德的超越根据“理”，但他们却没有把作为道德实践补充的经验知识和道德根本的“超越之理”区分开来，因此说对于确立“大本”的这种方式来讲，牟宗三是不认同的，他认为通过格物致知的方式来把握超越之理对于道德实践来说是“歧出”、是“转向”。第二，牟宗三认为朱子将超越之理与后天之心对列，心认知地摄具理，理超越地律导心，因此成德之教就成了他律道德，也是渐磨渐习的渐教。格物在把握超越之理方面和在经验知识获得方面都是本质工夫，是他律道德之渐教的决定因素，这样就很难把超越之理和经验知识区分开。
透过上面牟宗三对伊川、朱子的批评，我们可以看出，牟宗三在两个层面上与他们不同：首先对于“心”的认识，牟宗三理解的“心”本身就是超越的道德实体，心、性、天道是统一的，不是在心外别有一个超越的天或者理，所以他认为朱子将心理解成后天与理对列的存在是不可以的；其次他也不赞同朱子“格物致知”的求道方法，他认为格物得到的知识可能分为两种，一种是关于超越的天道的形上之理，一种是关于经验的现实的知识，仅仅说“格物致知”，得到的结果可能是混淆了两种知识，或者说不能确立道德心的根本性地位。所以在求道的方法上，牟宗三更推崇的是陆王的“尊德性”，而不是朱子的“道问学”。这段话还隐含着牟宗三对于知识的理解。早在五十年代，牟宗三就确立了道德主体和知性主体，与两种主体相对应的知识也可以分为两种，即关于超越的、形上的道德的知识和关于现实的、经验的理性的知识，两种知识相比较，前者更具有根本性。两种知识对应着不同的主体，处在不同的层面上，所以获得这两种知识的方式也是不同的。牟宗三之所以反对朱子的“格物致知”就是因为他觉得朱子没有区分开这两种知识，没有把“本末”问题说清楚。
简单说来，牟宗三对宋明儒的分系的标准就是宋明儒者对于道体、性体体会的不同。体会有两种，一是体会为即存有即活动，二是体会为只存有不活动。在他看来，周濂溪、张横渠、程明道等人代表了即存有即活动，所谓即存有即活动就是以一种动态的眼光视天理为本体宇宙论的，或者说道德创造之真几，会通天地万物之根源，把百理之根源而见天理之一相；而只存有不活动则是静态地看天理为本体论的存有，静态地默识天理之一相与多相。对于“即存有即活动”的具体内涵和道体、性体、心体等概念之间的关系，牟宗三做了一个总结：
一、道体性体是即活动即存有者；
二、易体、诚体、心体、神体，此四者与理体是一；
三、心与性是一；
四、心与理是一；
五、理或天理是动理，即曰天理实体，亦是即活动即存有者。(26)
五十年代，牟宗三就提出了“道德主体”的概念，道德主体是形上的实体，具有超越性和绝对性，但那时他所讲的道德主体，侧重于从孔子的“仁”、孟子的“恻隐之心”等方面讲，从仁智对显的角度来讲。与之相比较，牟宗三此时的研究呈现出一定的特色，首先他还是在讲“道德主体”，在精神实质、思想理路上没有发生根本性的改变；其次，因为他这一时期主要是研究宋明儒学，所以受宋明儒学影响较大，而且阐述的角度、重点也围绕宋明儒学的问题展开。事实上，宋明儒学就是天道性命贯通之学，对儒家道德形上学的重建有很大的贡献，牟宗三作《心体与性体》，一方面是在整理宋明儒关于道德心性、天理存在的论述，梳理他们的脉络，厘定他们的分际，给他们的理路、贡献和地位都做一个评判，另一方面，牟宗三在研究、阐释宋明儒思想学说的过程中也表达了自己的立场和思想。对于牟宗三哲学来讲，《心体与性体》不仅仅是一部哲学史著作，同时也是一部哲学著作。也有一些学者对牟宗三的宋明儒学研究提出疑问，比如对他的三系说，比如对他对朱子学的理解和判定，认为他误读和曲解了朱子。那是哲学史、或者说是朱子学研究领域的问题，不是本文关注的重点。本文的兴趣和重点在于讨论牟宗三根据宋明儒学提出的问题进行的阐发，举例子说就是：我们不讨论牟宗三是否真正理解了朱子、是否真正还原了朱子，我们只是想知道牟宗三为什么要这样理解朱子，他理解朱子所使用的标准是什么。
从一定意义上讲，牟宗三一方面是在“注六经”，另一方面也是“六经注我”。如果借用牟宗三的说法，宋明儒学的课题是“成德之教”。在“成德之教”的建构过程中，宋明儒者提出了大量的概念，比如心、性、理、道、易、诚。牟宗三在自己已经形成的“道德主体”思路的指导下，重新理解和整合这些概念。上面我们所引的牟宗三所列举的五个方面是他从不同的侧面理解道德主体，或者说他通过借用宋明儒者的概念把自己关于道德主体的思想表达得更清楚。
上面总结的五点是牟宗三对程明道等人关于道体、性体等概念的一个总结，实际上也是自己对于几个概念关系的理解，他对朱子也有一个评判，他认为伊川、朱子不是走明道、横渠、五峰及象山、阳明的“逆觉体证”之路，而是走“格物致知”的顺取之路，牟宗三认为：“伊川、朱子所以如此者，正因其对于道体性体只简化与汰滤而为‘存有’义与‘所对’义之‘理’字。此为言道体性体之根本的转向。朱子虽亦大讲太极，然太极之为‘存有’义与‘所对’义之‘理’字则一也。”(27)这句话也就是说牟宗三认为通过伊川、朱子的顺取之路只能得到一个存有论意义上的“理”，其具体的影响，牟宗三也做了细致的分析。
首先，他认为朱子理路的最大影响是“道体”、“性体”义的减杀。在他看来，“总天地万物而本体宇宙论地言之之道体（实体）原本是‘於穆不已’之天命实体、‘为物不贰生物不测’之创生之道，而今则只成静态的存有，至多是本体论的存有，而不能起妙运万物之创生之用者”。(28)牟宗三所理解的道德实体首先具有创生义，作为静态存有的“理”虽然也具有本体论的意义，却不具备创生功能，落实在现实世界中就是道德实践功能的缺乏。
其次，牟宗三认为按照朱子的思路会造成道体、性体分际的混漫。在他看来，道体性体之内容的意义虽然是一致的，但严格说来是有差别的。性体是就个体而言的，普遍的、静态的、存有的定然之理不但是对个体而为性，而且同时为一切事事物物之性，所以二者还是有着区别。
再次，牟宗三理解的道体是就“於穆不已”的天命实体言，是就“为物不贰生物不测”的创生之道言；性体则是就个体而言，是反身自证以见吾确有能自觉地作道德实践、能起道德创造之用之超越根据。而朱子的方式却只就“存在之然”推证其所以然之定然之理，这种方式在牟宗三看来是对程明道等人把握道体方式的“倒转”，他称之为“存有论的解析”。
接下来牟宗三又解释了为什么要以明道所悟为标准：
当吾人以明道所悟者为标准，说“於穆不已”之天命实体或“为物不贰生物不测”之创生之道为创造的实体时，此创造的实体就其所创造出之“存在之然”说，亦可以说它是“存在之然”之所以然的“存在之理”，在此或亦更可说是“实现之理”即实现其为一“存在之然”之理，实现之即存在之；但如此说的“存在之理”或“实现之理”是从本体上直贯说下来的，是以本体为首出而直贯地说下来是如此，不是以存在之然为首出而推证其所以然这种“存有论的解析”中之“存在之理”或“实现之理”，这是提挈宇宙之提起来说的，不是实在论式的平置地说的。就性体而言，性体是吾人能起道德创造之性能，就其所创造的道德行为之纯亦不已之存在之然说，此性体亦可以说是此等“存在之然”之所以然之存在之理或实现之理。……是以依明道所代表之一大系说，如要说存在之理或实现之理，只能从上说下来，不能从下说上去。此正是直贯系统与横摄系统之异也。(29)
其实牟宗三说来说去，就是一直在强调道德主体的“即存有即活动”。他很重视道德实体的创生性，因为在他看来不论是明道的理路还是朱子的理路都坚持了“理”的超越性与绝对性，但他认为朱子是静态地去理解“理”，“心”与“理”是二分的，这样心不能成其为体，不能具有道德的创生性，在道德实践的层面上，道德义就会减杀。而明道则把道体和心体、性体沟通起来，“存在之理”和“实现之理”是一致的、一贯的，都是从体上说下来的，是本体直贯说，不是从存在上推说，在方法就是“逆觉体证”、“尽心知性知天”，而不是“格物致知”。
牟宗三以程明道所悟为标准实际上也是解释他“判教”的标准，他判明道、五峰、象山、阳明等一系为儒学之正宗嫡传，判伊川、朱子“别子为宗”，从哲学史研究的角度来讲是确立儒学道统，从他个人哲学思想发展而言是他“道德的形上学”思想的发展和完善。
在牟宗三生活的那个年代，儒学面临着各种挑战，要想说明儒学的合理性、生存的正当性，就必须从历史的角度给予证明。所谓“道统”意识是从历史、文化的角度使中国人找到文化之根、民族之根，增强中国人的自尊心和自豪感。唐代韩愈即有道统说，孙中山先生也提出过自周公、孔子以来的道统说，“道统”代表着超越时空，代表存在的正当性和永恒性。牟宗三的判教，一方面是厘清了宋明儒学发展的脉络，交待了各宋明儒者思想的内在关联，另一方面也是承续道统，在他看来，明道、横渠、五峰、蕺山、象山、阳明一系为宋明儒学之大系，为正宗嫡传，所谓嫡传，乃是指先秦《论》、《孟》、《易》、《庸》之嫡传，而《论》、《孟》、《易》、《庸》恰恰又代表了道统，代表了儒家的真精神、真智慧。牟宗三的道统说还有一层隐含的意义，那就是他在判教的过程中认同了明道、陆王一系的标准，他的“道德的形上学”的建立也是在陆王一系的基础上完成的，既然他们代表了正宗嫡系，那么作为继承了他们思想的牟宗三哲学自然也就是儒学道统在当代的表现了。
有的学者对牟宗三的统绪意识提出质疑，认为没有必要分出所谓的“嫡系”和“旁支”，因为无论是陆王之学还是程朱之学都是儒学发展的不同分支，过多的门户之见会使儒学发展的空间更为狭窄。这种质疑也不是没有道理，因为自孔子之后，儒分为八，儒学的发展本来就是发散的，朝向不同的方向，很难判定哪一派真正继承了孔子的衣钵。但这只是纯粹哲学史研究的角度，我们前面说过，牟宗三不是纯粹的哲学史家，他首先是一位哲学家，哲学家之所以为哲学家是因为他要有自己的哲学立场和主张，牟宗三的“判教”、“道统”说是以他的哲学立场为前提的，“即存有即活动”和“只存有不活动”是他判教的标准；而“道统”一旦确立，又为他的“道德的形上学”体系寻找到了合理的依据。
通过对宋明儒学的研究，牟宗三自己的哲学体系也有了相当程度的发展与完善，他的“道德的形上学”的思路更加清晰、结构更加完整。就道德的形上学的核心概念“道德主体”来说，在五十年代，牟宗三偏重于强调道德主体和知性主体的对比，那时的“道德主体”受孔孟影响较大，重点是在于说明“道德主体”是形上实体、是价值之源。宋明儒学的概念和讨论给了牟宗三很大的启发和影响，他很好地借用了宋明儒学的概念、命题，使他的“道德主体”的思想丰富了很多，比如在描述“道德主体”的超越性的一面时，他更喜欢用“道体”、“神体”，这些词语似乎更能表达道德主体的超越、无限、永恒；在说明“道德主体”是不断创生的实体时，他更倾向于用“易体”、“诚体”这样的词语，因为《周易》上有“天地之大德曰生、生生之谓易”之说；在强调“道德主体”的内在性时，他更多是用“心体”和“性体”这样的概念，因为“心体”和“性体”更多是着眼于个体。
在给宋明儒学判教过程中，牟宗三“道德主体”的架构更加清晰、明显。我们姑且不评价他的“即存有即活动”的判教标准是否能够比较客观地给宋明儒学做出评判，但我们却可以发现牟宋三由此找到了一个清晰的、建构和完善自己“道德主体”思想的途径。应该说“道德主体”超越而内在的思路，在五十年代的“新外王三书”里已经有了，但如何将这个思路清楚表达出来？应该说《心体与性体》做出了很大贡献。“即存有即活动”是一种概括的讲法，它标示出了作为内在的道德的心、性本身就是超越的道德实体，而天命、天道也不是高高在上、外在于人、僵硬、静止的，心体、性体和天命天道在本质上是一个东西，他们是不断涌现的、具有无限创生作用的实体。至此，牟宗三关于“道德主体”的思想已经非常成熟，为他后面建立“道德的形上学”体系建立了充分的准备。
牟宗三认为儒家根据“践仁尽性”即已经接触到了“道德当身之严整而纯粹的意义”，这是他认为的道德三义中的第一义，并且此义已经能融摄康德在《道德底形上学之基本原理》中所说的一切。同时他也谈到，儒家理解的道德不止这第一义，同时还充其极至第二义与第三义，这境界是康德所不能及的。康德之所以达不到这个境界，一是因为他那步步分解建构的思考方式限制住了他，他缺乏那原始而通透的具体智慧；二是因为他无具体清澈、精诚恻怛的圣人生命境界。牟宗三认为康德这种步步分解、强探力索是向儒家这个智慧形态前进的，虽然还有很多生硬不妥帖处，还需要继续淘滤与融化，但他的分解工作之功绩是不可泯灭的。
牟宗三认为，康德之所以达不到第二义的境界就是因为他的《道德底形上学之基本原理》与《实践理性批判》只建立了“道德的神学”，却没有根据道德理性所先验供给的客观的道德法则再进一步展现出一个具体而圆熟的“道德的形上学”。牟宗三首先区分了“道德底形上学”与“道德的形上学”。他说：
前者是关于“道德”的一种形上学的研究，以形上地讨论道德本身之基本原理为主，其所研究的题材是道德，而不是“形上学”本身，形上学是借用。后者则是以形上学本身为主（包括本体论与宇宙论），而从“道德的进路”入，以由“道德性当身”所见的本源，此就是由道德而进至形上学了，但却是由“道德的进路”入，故曰“道德的形上学”，亦犹之乎康德由实践理性而接近上帝与灵魂不灭而建立其客观妥实性，因而就神学言，即名曰“道德的神学”。但康德只就其宗教的传统而建立“道德的神学”，却未能四无傍依地就其所形式地透显的实践理性而充分展现一具体的“道德的形上学”。(30)
这一段话里牟宗三先生比较清晰地界定了“道德的形上学”的概念。为了防止混淆“道德底形上学”与“道德的形上学”，他先明确说明，“道德底形上学”重点在于“道德”，也就是从形上的角度去探讨道德的问题；“道德的形上学”则是要探讨“形上学”，形上学包括宇宙论与本体论，形上学的入路有很多，比如从知识的角度，从人的认知、理性等出发去探讨形上学，牟宗三却认为儒家的形上学是以道德为入路的，所谓以道德为入路就是从道德性本身，即“道德心性”为本源进入宇宙的本源，简单说来，就是道德的本源即是宇宙的本源，由道德本源的妥实性而建立宇宙本源的妥实性，从而建立“道德的形上学”。康德在西方哲学背景之下，是不可能实现由道德向宇宙本源的跨越的，他只是从实践理性出发做出了上帝存在与灵魂不灭的设准，由上帝存在和灵魂不灭这样的设准保证了道德客观妥实性。因为康德的道德的客观性是以上帝存在为前提的，所以牟宗三称之为“道德的神学”。
至于为什么康德只有“道德的神学”而没有“道德的形上学”，牟宗三认为，康德所分解表现且批判表现的实践理性只是形式地建立，一方面未能本着一种宇宙的情怀而透至其形而上的、宇宙论的意义，一方面也未能从工夫上着重其“如何体现”这种真正实践的意义，即所谓“践仁尽性”的实践工夫，因而其实践理性、意志自由等无上的命令只是在抽象的理上的当然状态，而不是“当下呈现”的具体状态。说到底都是牟宗三的哲学来自中国传统哲学，他始终都有一个道德主体的观念，道德主体由道德实践来展现，二者是“体”与“用”，或者“本体”与“工夫”的关系。牟宗三说：“依儒家说，无论是‘尧、舜性之’或‘汤、武反之’，无论是‘即本体便是工夫’，或‘即工夫便是本体’，这无上命令，因而连带着发这无上命令的自由自主自律之意志、心性，都是随时在具体呈现的。然而这境界，康德未能至。”(31)
康德虽然没有中国哲学的“体”、“道德主体”的观念，但是却有“意志自由”、“灵魂不灭”和“上帝存在”三个设准。当然这三个设准的地位也是不一样的，康德在《实践理性批判》序言中写道：
自由概念的实在性既然已由实践理性的一条无可争辩的法则证明，它就构成了纯粹的、甚至思辨的理性体系的整个建筑的拱顶石，而所有其他概念（上帝的概念和不朽的概念）作为单纯的理念原来在思辨理性里面是没有居停的，现在依附于自由概念，与它一起并通过它得到安定和客观实在性，这就是说，这些概念的可能性已由自由是现实的这个事实得到了证明，因为这个理念通过道德法则展现了自己。(32)
康德之所以把意志自由作为设准，是因为自由意志是“实践理性的极限”，在感觉界中，一切现象都是处在因果链中，是没有自由可言的，自由是属于睿智界的一个理念。在现象界中，我们的知识是经验的知识，凡知识所在之处，都有经验直觉为知识的内容，即感性直觉为知识的材料。但意志自由不是可以由经验来直觉的，它不能呈现于经验直觉中，也不能对象化而被我们所直觉。因为它不是一个知识的对象，所以说它是一消极的概念。但此消极的概念也有积极的意义，那就是“意志自律”，通过意志自律，意志给它自身立法，所谓立法也就是建立客观普遍的道德原则。康德还认为对于睿智界的理解，我们只能知道“意志的自律”，这是“形式的条件”，除此以外，再没有别的，因为感觉界有内容，是一有感觉经验的系统，而睿智界却一无所有，只是一个形式。
对于康德关于“意志自由”的理解，牟宗三提出了一些不同的看法：
故康德云：“凡依自然之法则而有的决定停止之处即是一切说明停止之处。”“不能被说明”之意既如此，则所谓“自由不能被领会或了解”，即是不能以了解“知识对象”底方式去了解它。“说明”与“了解”既都限于经验知识底意义，则超出此知识意义的东西便是不可说明，不可了解的。理性要想去说明与了解它，便是越过了界限。说属于睿智界的自由不是经验知识方式所能说明与了解的，这本是可以的。这在现在已不成问题，凡肯认有超越实体者，皆能契此。但除经验知识方式外，岂无另一种方式的说明与了解？康德把说明与了解之标准规定得太狭、太专一，这是很有妨碍的。正因这太狭太专一的标准，故既不能有经验知识意义的说明与了解，便是无说明与了解，不必就只是已假设，这在逻辑上就可以鉴别出来的。故康德由无经验知识意义的说明与了解便推至自由只是一假设，这在逻辑上是有问题的。且不只这逻辑推理底问题，其真实问题乃在他所讲的道德真理全部落了空。(33)
这一段话给出了好几层的信息。第一，牟宗三哲学与康德哲学的差别至此比较清晰地凸现出来了。为什么康德认为意志自由只是形式，没有内容？是因为在睿智界没有感性经验的提供内容，感性经验只能提供内容给思辨理性，而不能提供给实践理性。那么有没有一种方式可以提供内容给实践理性呢？康德认为是没有的，这在前面已经反复说明。但牟宗三对康德的这一观点并不认同，他认为除感性经验内容外，还应该有其他的认知方式，康德规定人只有感性经验，是过于狭小了。第二，牟宗三哲学受康德哲学影响越来越大，他讨论问题的向度、方式完全是从康德处出发的，虽然在最基本的哲学前提、预设上他还是来自中国传统哲学，但在问题的切入点上，他是以康德为入路的，就是根据康德的框架，或者说康德提出的问题，他提出了自己的看法、观点。第三，到这一段所引康德哲学的思想，以及由牟宗三对他的评判，我们可以看出牟宗三将要产生“智的直觉”的概念。虽然“智的直觉”是他在五十年代就已经提出的一个概念，但那时这个概念的内容还比较简单，而且地位也没有那么重要。在上面所引的话中，我们看到，牟宗三不同意康德所说的人只有感性经验，可以应用于现象界，而对于睿智界则没有与之相对应的直觉方式。既然牟宗三否认了康德的观点，那么他就应该指出那样一种直觉方式是什么，虽然在《心体与性体》这部书中牟宗三没有明确指出这种直觉是什么，但从后来他思想的发展来看，这种直觉就是“智的直觉”，而“智的直觉”的提出就是要回答上面康德哲学中的这些问题。
康德认为“意志自由”因为没有感觉经验为其内容，所以是一消极性概念，这样“自由如何可能”这一问题就无法说明。在牟宗三看来，“纯粹理性是如何能是实践的”，“自由如何是可能的”，“人何以能直接感兴趣于道德法则”这三个问题是一致的。康德所说的纯粹的道德就是不附带任何其他条件，完全是根据道德法则的要求而自愿去做，这就是“纯粹理性如何自身就是实践的”、“道德法则本身即使吾人感兴趣”。但在康德看来，“要想去说明作为一法则的格准之普遍性，……如何并为何能使我们感有兴趣，这对于我们人类说，那是完全不可能的”。(34)也就是康德认为，我们人类的理性是无法说明、无法理解这个问题的。
牟宗三对康德这种说法非常不满意，他认为康德是用经验知识的形态去思考这种“特别因果性”。康德认为，此“特别因果性”的结果在经验的范围内，而原因却是超经验的纯理念，我们对之并无经验的直觉，所以对我们人类理性这种特别的因果性是难以理解的。牟宗三则认为，自由自主自律的意志连同它自给的普遍法则本来就不是经验知识所能达到的，也不是经验知识的对象，即不在经验的事件串中，因此我们不必以经验知识的标准去判定它对于我们人类完全不可理解，不可说明，我们只要说明它不是经验知识所及就足够了。因为照康德的说法，以经验知识为唯一的标准，由此表明“实践哲学之极限”，虽然我们还可以设定“自由”，但是我们的知识却不能因此设准而扩大。牟宗三认为：
理性之思辨使用在经验内有效，超出经验，则只能提出一些空理念，以此说明思辨理性的界限，这是恰当的。而当实践理性有权开辟睿智界时，还要顺经验知识去说明它的界限，那便成无意义。因为实践理性在道德上所接触到的意志自由定然命令等本已说其是超经验的，今若再依经验知识底标准判定其不可以经验知识底方式去说明，那岂不是赘词？(35)
康德严格区分了思辨理性与实践理性，思辨理性因为有感觉经验内容，所以是可靠的，而实践理性则没有具体的内容，如果要对它有所说明就会僭越理性的限度。康德实质上是认为“纯粹理性如何自身就是实践”这个问题是用思辨理性来回答的，而这个问题的内容又恰恰是思辨理性所无法进入的，所以是不能解决不能说明的。牟宗三则认为既然实践理性的问题是要由实践理性来回答的，不能因为思辨理性没法回答这个问题就说这个问题不能说明。所以在“自由如何是可能的”这个问题上，康德和牟宗三最大的分歧就在于究竟是用思辨理性解答这个问题还是用实践理性解答这个问题。康德实际上是认为虽然这个问题是属于实践理性的，但我们要想去思考这个问题、说明这个问题，使用的却只能是思辨理性，实践理性本身不能讲话、证明、呈现；牟宗三则正好相反，他认为我们的实践理性何以可能这个问题是可以用实践理性来说的，但事实上他在论证这个问题时，采用的路数和康德并不一致，他所用的证明方法是中国哲学式的。比如他讲：
