在新文化运动的领袖们看来，要在中国引进、宣传和确立上述的新人生论，就必须首先要全盘推翻、颠覆传统的人生论。而传统人生论当然是以儒家思想为代表的。其实，在他们看来，引进、宣传和确立新人生论与全方位地推翻中国传统的人生论是一件事情的两面。正是由于这样的原因，批判儒家思想或打倒“孔家店”也就自然而然成为了新文化运动的一个主要内容。
其实，批孔并不是从新文化运动开始的，自有儒家思想以来，历史上就不断出现过批孔的运动。孔子稍后，即有杨、墨对于儒家的批判。如翻看《墨子》一书中的《兼爱》、《节用》、《明鬼》、《非乐》、《非儒》等篇，可以清楚地看到，墨子是处处与儒家唱反调的。杨朱也是将孔子的思想视为批判的靶子。在当时杨墨之言盈天下，可见他们对孔子思想的批判在当时产生了相当大的影响。这是第一次对儒家思想的批判。第二次批孔则盛行于汉晋之际，玄学家中批判儒家思想者大有人在，其主题便是“越名教而任自然”。魏晋玄学家也可称之为新道家，他们取代了儒家在一个相当长的时期内成为了社会主流。紧接着，于东汉末年传入的佛教逐渐地在中国的思想界和民间信仰上占据了支配地位。唐王朝横跨漫长的历史长河，其间思想界的纷争此起彼伏，各有消长，但佛学似乎影响最大。这是对儒家思想的第二次批判。第三次批判则在晚明至清朝。李贽公开倡导“不以孔子是非为是非”。黄宗羲也提出了“天下为主，君为客”的思想反对儒家所主张的民众与君主是绝对的隶属关系的思想立场。晚清的谭嗣同在其著作《仁学》中发出了冲决封建网罗的战斗号召。如果说，前一次的批孔运动历时最短的话，那么后两次的批孔运动则都经历了几百年的时间。虽然后两次的批孔运动对儒家思想形成了极大的冲击，但是儒家思想却可以通过整合不同的思想资源以新的形态出现，宋明理学就是如此产生的。
但与历史上历次批孔运动不一样，新文化运动对儒家思想的批判是在西方文化已经历史地对中国传统文化形成巨大的连续冲击并且社会的结构发生了全面、深入的解体的社会历史背景之下进行的，所以这样的批判自然对儒家思想有着巨大的颠覆作用。
近代历史上，批孔与尊孔是相互消长的。之所以有新文化运动的批孔运动，是因为在其前后也有着相当规模的尊孔运动。
如1912年在康有为的授意下，其弟子陈焕章等人就成立过“孔教会”。陈焕章等人曾上书参、众两院，要求奉孔教为国教。黎元洪、冯国璋、张勋等人也积极配合，通电上书，积极鼓噪要尊崇孔教，速定孔教为国教，将其载入宪法，要求所有学校一律设立崇祠，行释奠之礼。此种形势激励了社会上的守旧势力，霎时社会上各种尊孔会社如孔教会、宗圣会、孔道会、洗心会、孔社、大成社先后成立，鼓吹尊孔读经的《不忍》、《孔教会杂志》、《孔社》等刊物也相继出版、发行，春丁祀孔、秋丁祀孔、孔子诞辰纪念会和祀孟活动也在社会上推波助澜。
1915年8月14日，杨度、孙毓筠、刘师培、李燮和、胡瑛、严复六人组成“筹安会”，通电各省，发表筹安会宣言，宣称：“我国辛亥革命之时，人民激于感情，但除种族障碍，未计政治进行，仓促制定共和国体，国情适否，未及三思。”中华民国成立后“国家所历危险，人民所感痛苦，举国上下，皆能言之。长此不图，祸将不已”。他们并且指出：“美之大政治家古德诺博士即言君主实较民主为优，中国尤不能不用君主国体。”(12)这就公开打出了要求复辟帝制的旗号。
为了实现袁世凯做皇帝的美梦，保皇守旧派真是无所不用其极，在全国上下频频策划、组织各种请愿联合会。于是全国上下五花八门的请愿团陆续出现，其成员既有王公遗老、政府官僚、将军、巡按使等，也有车夫游民。甚至乞丐、妓女也纷纷被组织起来，成立了所谓的乞丐请愿团、妓女请愿团，跪呈劝进表，恳请袁世凯俯顺民意，早登皇位。
这种复辟帝制的荒唐丑陋的闹剧，自然会引起全国上下的愤怒反抗和激烈批判。
袁世凯的复辟帝制活动虽然以失败告终，但是保皇派的活动并不因此收敛。早在袁世凯的授意下，《中华民国宪法草案》第十九条中列了这样一个条目“孔子教义应为国民教育养性之基础”。1916年秋，国会在北京开会时，此一条目成了会议辩论的焦点。由于袁世凯彼时已经去世，很多议员能够自由地表达自己的意见，他们坚决反对将此一条目列入宪法之中。康有为对此深感不满，提出了强烈的抗议，当即给总统黎元洪、总理段祺瑞写了一封公开信，再次提议要将孔教定为国教。
针对康有为的尊孔言论，陈独秀马上做出激烈的反应，在1916年10月1日刊出的《新青年》第二卷第二号发表《驳康有为致总统总理书》予以批驳，坚决反对奉孔教为国教。他指出在西方宗教已由隆盛逐渐衰微，教会仪式“尤所蔑视”，中国人本不重宗教，孔子的思想“绝无宗教之实质与仪式，是教化之教，非宗教之教”，所以康有为妄图奉孔教为国教是“强欲平地生波，惑民诬孔，诚吴稚晖先生所谓‘凿孔栽须者矣’”！他并且认为，信教自由“已为近代政治之定则”，强迫信教，根本是行不通的。中国本无统一之信仰，除孔教外，尚有佛、道、耶、回之信仰，康有为奉孔教为国教，势必排斥上述各家信仰。陈独秀又进一步陈列国内大众反对袁世凯复辟帝制的种种事实以驳斥康有为。(13)
李大钊紧随其后，于1917年1月30日的《甲寅》日刊发表《孔子与宪法》一文。李大钊认为，孔子与宪法之间本来毫不相关，所以将孔子立于宪法为“怪诞之尤”的现象。
李大钊列举以下理由以说明自己的论点。
第一，孔子是数千年前的残骸枯骨，而“宪法者，现代国民之血气精神也。以数千年前之残骸枯骨，入于现代国民之血气精神所结晶之宪法，则其宪法将为陈腐死人之宪法，非我辈生人之宪法也；荒陵古墓中之宪法，非光天化日中之宪法也；护持偶像权威之宪法，非保障生民利益之宪法也”。这样的宪法是孔子的纪念碑，孔子的墓志铭，而不是真正的宪法了。
第二，孔子是历代帝王专制的护符，宪法者，现代国民自由之证券也。专制不能容于自由，即孔子不当存于宪法。所以，将孔子立于宪法，是专制复活之先声也，宪法将不是解放人权之宪法也。
第三，孔子只是国民中一部分所谓孔子之徒者的圣人，宪法者，中华民国国民全体，不问其信仰，不问其民族的共同信条。所以，将孔子立于宪法，此宪法将为一部分人之宪法，非国民全体之宪法；此为孔教徒之宪法，而不是国民全体的宪法。
第四，孔子的思想表述不是很清楚明确，是所谓“含混无界之辞也”。而宪法就不一样了，必须一文一字均有极明确清楚之意义，有“极强之效力者”。所以，将孔子之道立于宪法，不能普及于全国。将使人得不到确切的条文而遵循之。这样宪法也就自己失其效力。(14)
这一批判主要是从礼仪制度、习俗等方面入手，政治性较强，主要还不是学理方面深入的分析和研究。
李大钊虽然强烈反对将孔教立为国教，但他还是肯定了孔子在封建社会中的中枢作用，而全盘否定了孔子在现代社会中的作用。孔子或儒家传统与现代化之间的关系问题现在仍是一个热烈讨论着的问题。李大钊激烈地否定传统，是在当时切实地感觉到了儒家思想在当时社会上压制人的独立自由民主的局面，所以矫枉必须过正，在当时条件下，还不可能对儒家的学说作公正、全面、深入的学理上的探讨。
陈独秀和李大钊的反对立孔教为国教的思想在当时社会上产生了广泛的影响。
其实《新青年》发表最早的反孔文章是易白沙撰写的《孔子平议》。此文分为上、下两篇。上篇刊于《新青年》第一卷第六号（1916年2月15日），下篇刊于第二卷第一号（1916年9月1日）。
易白沙认为，当春秋之世，孔子代表的儒学虽为当时显学，也只不过是九家中的一家，诸子中的一子而已。秦始皇焚书坑儒，儒家也遭此厄运。但汉高祖刘邦却震慑于儒家之威，且鉴于秦始皇之覆辙，不再敢肆意溺乳冠，乃改弦更张开始祀孔子以太牢。汉武帝时则百尺竿头更进一步，罢黜百家、独尊儒术，“利用孔子为傀儡，垄断天下之思想，使失其自由”。此后历史上尊孔越演越烈。于是“国家之风俗、人心、学问越见退落”。易白沙指出，此种尊孔为“滑稽之尊孔也”。孔子只是此类尊孔活动的傀儡，被后世的野心家所利用。孔子不得复生，所以不能对此负责。但孔子本人仍有其不得推脱之责任。为什么呢？易白沙接着揭秘孔子为何被后世野心家利用的以下诸多原因：
第一，孔子尊君权，漫无节制，易演变为君主专制主义。所以中国言君权者，设有两种限制的力量，一是天，另一个就是法。墨家主张前者，法家则倡言后者。但孔子的君权论没有任何限制，君就是天，民不可一日无君，犹不可一日无天。又儒家言人治，不言法制。
第二，孔子讲学不许问难，所以容易演变成思想专制。易白沙指出，受诸子思想的影响，孔子弟子不免有所疑问，时有问难。然“孔子以先觉之圣，不为反复辨析是非，惟峻词拒绝其问。此不仅壅塞后学思想，即儒家自身学术，亦难阐发”。对于此点易白沙更举少正卯例子而批判孔子。少正卯曾讲学于鲁，孔子之门，曾三盈三虚，惟有颜回不去。孔子甚感威严扫地，故为大司寇仅仅七天，就利用自己的权势诛杀少正卯，“三日尸于朝，示威弟子，子贡诸人为之惶恐不安。因争教而起杀机，是诚专制之尤者矣”！
第三，孔子思想表述不明确，易为人所利用。所以孟子说：孔子圣之时者也，可以仕则仕，可以止则止，可以久则久。“其立身行道，皆抱定一‘时’字。教授门徒，亦因时、因地而异。”韩愈就指出了孔子思想的此一特点，说孔子必用墨子，墨子必用孔子。其原因在于，“孔子讲学没有绝对之主张”，所以其言“节用、爱众，颇近墨家节用、兼爱之说。虽不答鬼神之问，又尝言祭鬼、祭神，颇近明鬼之说”。儒家思想明明与道家思想背趣，但孔子亦称不言之教，无为之治。孔子主张省刑，又言重罚；提倡忠君，又言不必死节。如此等等。通过上述诸端，易白沙确认，孔子“美其名曰中行，其实滑头主义耳！骑墙主义耳！……后世暴君皆口于救国保民，侮辱天下名节，皆持是义”。
第四，孔子但重做官，不重谋食，易入民贼牢笼。君子谋道不谋食，学也禄在其中，是为儒门安身立命第一格言。儒家以道干政，不为当时君主所用。如此，孔子所谓的“禄在其中”的说道也就失去效用，忧贫生活也就在所难免。由于儒生既不屑耦耕，又不能捆屐织席，不能执守圉之器以待寇，不能制飞鸢车辖以取食，故儒家生机，全陷入危险之地，三月无君，也就惶惶不可终日。困于生计，儒生不得不落入民贼之牢笼。“流弊所趋，必演成哗世取宠，捐廉弃耻之风俗。”如因为尊叔孙通为圣人，“鲁诸生各得五百斤金”。于是，易白沙批判道：“彼去圣人之世犹未远也，贪鄙龌龊，以至于此，每况愈下，抑可知矣！”
在上篇中，易白沙是从孔子及其儒家思想本身的缺点出发，指出儒家思想所以为历代野心家利用的原由。
《孔子平议》下篇则从中国古代学术及当时世界学术潮流论说，以孔子和儒家来统一古之文明，那么各家各派必将群起反对。如以孔子思想来网罗现代文明，则“印度、欧洲，一居南海，一居西海，风马牛不相及”。孔子和儒学所以不能够统一学术，是因为各家各派思想各有自己的系统，各有自己的特点和纲领。所以，在此学术背景之下，“孔子不得称为素王，只能谓之显学”。
在易白沙看来，孔子不可称为素王，是因为他的真正意愿是成为“真王”。孔子弟子包括孔子本人，及以后的孟子、荀子皆抱有帝王思想。不但如此，孔子及儒家还具有革命思想，且频频参与谋乱之活动。需要注意的是，孔子及其弟子的革命思想和参与谋乱是公开的，因为“孔子的宏愿，诚欲统一学术、统一政治”。正因为如此，孔子及其儒家不需假借什么。因为他们处于专制积威之下，不得已而为之。后世民贼利用孔子是有悖于孔子之精神。
易白沙的批孔主要仍然是局限在中国传统思想之内，从孔子及儒家思想，从儒家思想与其他各派思想流派之间的异同出发，认为儒家思想不可能，也不应该定于一尊、一统天下。他也指出了，儒家思想本身所具有的缺点也使儒家思想频频为历代帝王所利用。从他的批孔中很难看出西方思想对批孔活动的深厚的影响，还尚未能将西方的人生论思想自觉地与儒家思想对立起来。所以他的批孔模式仍然是中国思想史上批孔活动的历史延续。这就使他的批孔活动在当时没有产生很大的社会效应。
不过他的文章却引起了四川一位学者吴虞的重视，后者将易白沙视为“同调”，从而激发起了他自己对孔子及儒家思想传统的更为激烈，更为深入的批判。
四川学者吴虞因为读了《新青年》上易白沙的文章而于1916年12月3日写信给陈独秀。在信中，他讲述了自己对于孔子为代表的儒家思想传统的强烈的批判性立场。他在信中说道：“读贵报《孔子平议》，谓自王充、李卓吾数君外，多抱孔子万能思想。不佞丙午游东京，曾有诗（题为《中夜不寐偶成》，载《饮冰室诗话》），注中多‘非儒’之说。归蜀后，常以六经、《五礼通考》、《唐律疏义》、满清律例及诸史中‘议礼’、‘议狱’之文，与老、庄、孟德斯鸠、甄克斯、穆勒·约翰、斯宾塞、久保田随诸家之著作，及欧美各国宪法，民、刑法，比较对勘。十年来，粗有所见。拙撰《辛亥杂诗》（见《甲寅》七期）、《李卓吾别传》（见《进步》九卷三、四期），略有发挥。此外尚有《家族制度为专制主义之根据论》、《儒家大同之义本于老子说》、《儒家重礼之作用》、《儒家主张阶级制度之害》、《消极革命之老庄》、《读荀子》诸篇，其主张皆出王充、李卓吾之外。暇当依次录上，以求印证。不佞常谓孔子自是当时之伟人，然欲坚执其学以笼罩天下后世，阻碍文化之发展，以扬专制之余焰，则不得不攻之者，势也。”(15)
接读吴虞来信后，陈独秀回信称吴虞为“蜀中名宿”，并希望吴虞能够将其批儒的文章“全数寄赐，分载《青年》、《甲寅》，嘉惠后学，诚盛事也”。对于吴虞的观点，陈独秀深表赞同，他申说道：“窃以无论何种学派，均不能定为一尊，以阻碍思想文化之自由发展。况儒术孔道，非无优点，而缺点则正多。尤与近世文明社会绝不相容者，其一贯伦理政治之纲常阶级说也。此不攻破，吾国之政治法律、社会道德，俱无由出黑暗而入光明。神州大气，腐秽蚀人，西望峨眉，远在天外，赞仰弗及，我劳如何。”(16)
遵陈独秀瞩，吴虞将其所写若干篇批孔文章悉数寄奉陈独秀。这些文章即是吴虞在给陈独秀信中所提及的那些文章。于是，自1917年2月1日《新青年》第二卷第六号发表吴虞的《家族制度为专制主义之根据论》文章后，《新青年》第三卷第一、二、三、四、五号连续六期发表了吴虞的《读〈荀子〉书后》、《消极革命之老庄》、《礼论》、《儒家主张阶级制度之害》、《儒家大同之义本于老子说》等文章。
《新青年》是新文化运动的指导刊物，在当时的思想界、文化界，尤其是在青年中有着巨大的影响。《新青年》连续发表吴虞批判儒家、孔子的文章，推动了对于儒家思想的批判运动，使批判儒家、孔子的运动达到了一个新的高度，在全国产生了极大的影响。吴虞本人也因此突然名噪一时，成为了当时几乎与陈独秀齐名的两名批孔“健将”中的一位。
1916年至1919年间的《新青年》是当时深入、系统批判儒家思想、孔子思想的一个重要的阵地。《新青年》的批孔、批儒家思想的文章使儒家思想传统遭遇了前所未有的重创。1919年，《新青年》又掀起了一波新的批孔浪潮，当年的《新青年》第六卷第四号发表了鲁迅的小说《狂人日记》。鲁迅借狂人之口对中国传统儒家思想做了全面而彻底的否定。他在小说中以狂人的身份说道：“古来时常吃人，我也还记得，可是不甚清楚。我翻开历史一查，这历史没有年代，歪歪斜斜的每页上都写着‘仁义道德’几个字。我横竖睡不着，仔细看了半夜，才从字缝里看出字来，满本都写着两个字是‘吃人’！”(17)仁义道德就是用来吃人的，中国是有了“四千年吃人履历”。人与人互相吃，“我未必无意中，不吃了我妹子的几片肉，现在也轮到我自己，……没有吃过人的孩子，或者还有？救救孩子……”。《狂人日记》是我国历史上第一篇猛烈抨击封建礼教的“吃人”的小说。将仁义道德看成是具有“吃人”的性质确实是鲁迅的创造。鲁迅以辛辣、幽默和夸张的笔调对儒家思想的无情而彻底的批判在当时社会上产生过巨大的影响。其实，鲁迅的抨击对象已不局限在儒家思想，而是将整个中国传统文化都看做是“吃人”的文化传统。
受《狂人日记》的影响，吴虞遂产生了灵感，于是奋笔写下《吃人与礼教》的文章，对儒家思想作进一步的抨击。吴虞此文，并不是学理的分析和批判，而是列举历史事实，表明鲁迅所谓的仁义道德是吃人的说法自有其历史的根据。
他举的第一个历史事实是关于春秋时齐桓公的。周襄王祭文王、武王之后，拿祭肉分给齐桓公，并说“齐侯年老了，就不必下拜了”，就免了那套君臣之礼了吧。齐桓公感觉如此行事恐怕不行，就退而与管子商量。管子说：“如果照着周襄王的吩咐去做，不行旧礼，就变成了君不君、臣不臣，那会酿成大乱。”于是，齐桓公出而说道：“天子如天，鉴察不远，威严常在颜面之前，不敢不拜。”看来，齐桓公是很讲究礼教的，接受那么一小块祭肉还尚且不能如此苟且，要严格按照君君臣臣的纲常名教行事。但是，我们要知道的是，这位齐桓公却是货真价实的吃人肉的。他曾对易牙说道：“惟蒸婴儿之未尝。”于是，易牙赶忙回家蒸其婴儿呈给齐桓公吃。所以，你看齐桓公表面上讲礼教，口口声声说要“诛不孝，无以妾为妻，敬老爱幼”等道德仁义的门面话，实际上却是吃人肉的。第二个历史故事是关于汉高帝刘邦的。当项羽要挟说要杀他父亲的时候，他却无耻地说：“如果你杀了我父亲，那就别忘了分一杯肉羹给我吃。”但当他当上皇帝之后，却重礼教，讲纲常，祭祀孔子。从这样两个故事，吴虞总结道：“原来我们中国吃人肉的风气，都是霸主之首、开国之君提倡下来的。你看高帝一面讲礼教，一面吃人肉，这类崇儒重道的礼教家，可怕不可怕呢？”(18)第三个故事讲的是汉朝臧洪与唐朝张巡的事。太守张超请臧洪做郡功曹。后来曹操围张超于雍丘，臧洪认为自己的兵力不够，想从袁绍请兵。袁绍不答应，张超兵败，家族灭绝。臧洪由是与袁绍结怨。于是，袁绍兴兵包围了臧洪，城中粮绝，臧洪杀其爱妾，以食兵将。吴虞指出，臧洪不过是张超的功曹，张超也不过是臧洪的郡将，按三纲的道理说起来，也没有该死的名义。如果臧洪真有知遇之感，可以自己慷慨捐躯，一死了之，也就完了。“怎么自己想做义士，想身传图像，名垂后世，却把他人的生命拿来供自己的牺牲，杀死爱妾，以享兵将，把人当成狗屠呢？这样蹂躏人道，蔑视人格的东西，史家反称他为‘壮烈’，同人反亲慕他为‘忠义’，真是是非颠倒，黑白混淆了。”(19)至于唐朝的那个张巡更是有过之而无不及，当着三军杀其爱妾，以食军士。将士皆泣下，不忍食。越是自命忠义的人，吃人的胆子也就越大。
以上三个历史故事使吴虞得出如下的看法：“孔二先生的礼教讲到极点，就非杀人不成功，真是残酷极了！一部历史里面，讲道德仁义的人，时机一到，他就直接间接的都会吃起人肉来了。就是现在的人，或者也有没做过吃人的事，但他们想吃人，想咬你几口出气的心，总未必打扫得干干净净！……什么‘文节公’呀、‘忠烈公’呀，都是那些吃人的人设的圈套来诓骗我们的！我们如今应该明白了！吃人的就是讲礼教的，讲礼教的就是吃人的呀！”(20)
吴虞就这样将仁义道德或礼教与吃人紧密地联系在一起。从此，“吃人的礼教”的说法在新文化运动时期也就不胫而走，其影响甚至扩展至海外，成为了鼓励年轻人积极投身批判儒家思想、孔子思想运动的战斗口号。
胡适曾如斯评价吴虞在“打倒孔家店”运动中所起到的重要作用，他说道：“吴先生和我的朋友陈独秀是近年来攻击孔教最有力的两位健将。”(21)他称道吴虞为中国思想界的“一个清道夫”，说：“吴又陵先生是中国思想界的一个清道夫。他站在那望不到尽头的长路上，眼睛里，嘴里，鼻子里，头颈里，都是那迷漫扑人的孔渣孔滓的尘土，他自己受不了，又不忍见那无数行人在那孔渣孔滓的尘雾里撞来撞去，撞得破头折脚。因此，他发愤做一个清道夫，常常挑着一担辛辛苦苦挑来的水，一勺一勺的洒向那孔尘迷漫的大街上。”(22)在新文化运动的领袖们看来，吴虞在批判儒家、孔子的文化运动中起了重大的作用，其功不可没。所以胡适称吴虞为“‘四川省只手打孔家店’的老英雄”。
在吴虞看来，封建礼教是与中国传统的家族制度紧密联系在一起的。礼教的吃人本质实质上讲的就是礼教的专制本质。吴虞指出，孔子的礼教在历史上演变成为了政治专制主义，两者是密切不可分的。而中国所以走上这类政治专制主义是与传统社会的宗法性、家族制度紧密相联的。这样的认识导引吴虞对孔家店的抨击集中在孔教与专制主义的关系上。
他认为，天下有两大祸患，一是君主专制，另一便是教主专制。君主专制，钳制人的言论自由；而教主专制则禁锢人的思想。他指出，这两大祸患，君主专制与教主专制，在中国古代都走向了极端。“君主之专制，极于秦始皇之焚书坑儒，汉武帝之罢黜百家；教主之专制，极于孔子之诛少正卯，孟子之距杨、墨。”(23)所以为了主张言论自由、思想自由，吴虞愿“扣衣执鞭”而“鼓舞言论思想自由之风潮也”。
中国历史上的这种极端的专制主义是与传统社会的宗法性或家族制度不可分的。吴虞对传统儒家经典《春秋》、《荀子》、《孝经》等及其他经典做了详细的考察后，指出：孔子之学说，认孝为百行之本，所以孔子立教，也就自然而然莫不以孝为起点，故而“教”字从孝。“凡人未仕在家，则以事亲为孝；出仕在朝，则以事君为孝。能事亲、事君，乃可谓之为能立身，然后可以扬名于世。自事父推之事君长，皆能忠顺，则既可扬名，又可保禄位。”(24)
吴虞进一步认为，孝既为百行之本，于是，“孝乎惟孝，是亦为政”，家与国无分也；“求忠臣必于孝子之门”，君与父无异也。“推而广之，则如《大戴记》所言：‘居处不庄，非孝也；事君不忠，非孝也；莅官不敬，非孝也；朋友无信，非孝也；战阵无勇，非孝也；’盖孝之范围，无所不包，家族制度之与专制政治，遂胶固而不可分析。而君主专制所以利用家族制度之故，则又以有子之言为最切实。有子曰：‘孝悌也者，为仁之本。其为人也孝悌，而好犯上者鲜；不好犯上而好作乱者，未之有也。’”(25)总之，儒家所主张的孝悌，在吴虞看来，是注定要导致政治上的专制主义。其结论就是“儒家以孝悌二字为两千年来专制政治与家族制度联结之根干，而不可动摇”。(26)
在此，我们必须注意到的是，吴虞虽然指出了孝悌与君主制相连，但是要进一步论定儒家所主张的家族制度就是专制主义的，他还必须提供理由说明孝悌必然导致政治上的君主专制主义。对之，吴虞论说道：“夫为人父止于慈，为人子止于孝，似平等矣；然为人子而不孝，则五刑之属三千，罪莫大于不孝；于父之不慈者，故无制裁也。君使臣以礼，臣事君以忠，似平等矣；然为人臣而不忠，则人臣无将，将而必诛；于君之无礼者，故无制裁也。是则儒家之主张，徒令宗法社会牵掣军国社会，使不完全发达也，其流毒诚不减于洪水猛兽矣。”(27)他的结论就是，儒家所主张的孝悌是“专为君亲长上而设”，专门用来压抑卑贱者。
对于家族专制主义给卑贱者带来的苦痛，吴虞有着刻骨铭心的感同身受。母亲死后，吴虞与其父亲间的矛盾日趋激烈，其父品性不端，经常苛待吴虞一家。吴虞因其父的丑恶行为而与之发生冲突，并于1910年的下半年达至极点。错误本在其父，但其父亲却托书官府，诬告吴虞。此场父子间的冲突于是演变成为了轰动成都“上流社会”的“家庭革命”的大事。虽经官府审断，输理的是他父亲，但吴虞却频频遭到社会上“欲以孔孟之道来挽救人心来维持礼教的人们”的愤怒谴责，吴虞遂被社会指责为“非理非法”的“忤逆”子。在忍无可忍之下，吴虞于1910年11月写下《家庭苦趣》一文，油印散发，着意为自己辩解。当时的《蜀报》记者在《本省纪事》栏内也刊登发表了此文。不意，吴虞因此又犯下了家丑不可外扬之罪。时任四川教育总会会长的徐炯，特地召开会议申讨，并将吴虞逐出教育界。咨议局也进行纠举，呈请四川护理总督王人文予以逮捕。不得已，吴虞逃离成都避难，直至辛亥革命后始获自由。(28)经此迫害，吴虞更清楚地认识到，其父是“魔鬼”，其“心术之坏”，“亦孔教之力使然也”。这一清醒的认识使他更坚定了对孔教和家族制度的批判。
吴虞所以对孔教或孔家店做如此猛烈的抨击，寻其原因，可以说家庭悲剧给其带来的巨大痛苦不能不说是一个重要的因素。
当然，吴虞对孔教的抨击也无疑受了西方关于民主、自由、法制等方面的思想影响。吴虞1905年秋赴日本，入东京法政大学速成科学习，前后两年。正是在这两年中，吴虞比较全面地接触了西方思想，对于西方的宪法、民法、刑法、进化论、世界史、政治学、经济学等均有一定程度的涉略。
西方思想资源是使吴虞走上抨击孔教的一个因素，但是仔细阅读吴虞和陈独秀批孔文章，我们会发现，吴虞与陈独秀的批孔教的文章之间还是有着不小的差异。陈独秀批孔教的文章可以说主要是将孔教放在与西方思想的对立面来进行抨击的。与之不同，吴虞则主要是在中国传统思想内寻找批判孔教的资源，其批判的路数总体上极其类似于墨家、道家、李卓吾等人对于孔教的批判。如他对家族专制主义与政治专制主义的批判主要仍然是停留在对儒家经典本身的分析与演绎。如此等等。
在批判儒家思想传统方面，吴虞与陈独秀之间的更大区别在于，批判儒家思想本身并不是陈独秀的终极目的，他对儒家思想批判的真正目的是想要从西方引进和确立一种全新的人生论或价值论。而吴虞则不一样，他的抨击孔教虽然客观上有利于新人生论的确立，但他本人并没有这样明确的目标，批判或颠覆孔教就是他的批判活动的全部目的。
