依徐复观的看法，对于中国文化的研究，主要应当归结到思想史的研究。但是，在他那个时代一直没有产生过一部像样的综合性著作，他认为这主要是由方法与态度决定的。徐复观有关治学方法的文章，主要体现在由香港“现代研究辅导中心”编印的《徐复观杂文·记所思》一书中。
何谓方法？“方法是研究者向研究对象所提出的要求，及研究对象向研究者所呈现的答复，综合在一起的一种处理过程。所以真正的方法，是与被研究的对象不可分的。”(8)综观徐复观的著述，他所提出的研究方法主要有如下几点：
一、要有在分析综合中的推理能力即思考力。治学最重要的资本是思考力。“要写一部像样的中国思想史，第一必须读书读得多、读得实在，第二必须受有思想的训练，第三必须有做人的自觉。三者缺一不可。”(9)第一点强调的是治学的功力，第二点则谈的就是思考力的重要性，第三点是对治学态度的重视，即在批评一门学问之前，应当先做了解的工作，而不能一开始就以反对者的立场来看待它。思考力决定了我们在研究思想史的过程中，要遵循具体——抽象——具体的原则。“由局部积累到全体（不可由局部看全体），由全体落实到局部，反复印证，这才是治思想史的可靠方法。”(10)不过，如果仅仅停留于此，则得到的只是纸上得来的抽象东西。治思想史的人，要先由文字实物的具体达到思想的抽象，再由思想的抽象走向人生与时代的具体。思考力也决定了我们在研究思想史的过程中，要遵循变化发展的原则。“我所作的这类思想史的工作，所以容易从混乱中脱出，以清理出比较清楚的条理，主要是得力于‘动地观点’、‘发展地观点’的应用。以动地观点代替静地观点，这是今后治思想史的人所必须努力的方法。”(11)
思考力对于治思想史的人如此重要，那么究竟如何获得这样的思考力？徐复观认为，思考力的培养，通过阅读西方哲学家的著作，要比纯粹读中国线装书来得容易。当然，这并不是说要以西方某种哲学的架子来研究中国哲学思想。这正如他自己所言：
我常常想，自己的头脑好比是一把刀；西方哲人的著作好比是一块砥石，我们是要拿在西方的砥石上磨快了的刀来分解我们思想史的材料，顺着材料中的条理来构成系统，但并不要搭上西方某种哲学的架子来安排我们的材料。我们与西方的比较研究，是两种不同的剧场、两种不同的演出相互间的比较研究，而不是我们穿上西方舞台的服装，用上他们的道具比较研究。我们中国哲学思想有无世界的意义，有无现代的价值，是要深入到现代世界实际所遭遇到的各种问题中去加以衡量，而不是要在西方的哲学著作中去加以衡量。面对时代的巨变，西方玄学式的，与现实游离得太远的哲学思想，正受着严重的考验。我们“简易”的哲学思想，是要求从生命、生活中深透进去，作重新的发现，是否要假借西方玄学式的哲学架子以自重，我非常怀疑。(12)
二、要有反省力。有反省力的人，才能在探索中不断改正自己在方法上与结论上的错误，并能吸收新材料、新观点，凭新材料突破原有观念，形成切合资料的新观念；没有反省力的人，他的心灵经常在闭锁状态之中，任何方法对于他都是无效的，只能以资料增益他原有的观念，凡与他原有观念不合的，只有被删除或歪曲的命运。徐复观之所以特别强调反省的重要，是因为：“第一，一个人对材料的掌握不易完全；第二，是对材料的解释、批评更非易事。”(13)关于材料的批评、解释并非易事，这是因为要进入到材料里去批评解释它，要把材料安放在它的历史、时代背景中去批评解释它。
三、要有由省察而来的自制力。个人的哲学思想应当和研究古人的哲学思想史完全分开。尽管可以用自己的哲学思想去衡断古人的哲学思想，但是万不可以将古人的思想涂上自己的哲学。不过这里面似乎存在的一个理论上的悖论：如果没有哲学修养，如何能了解古人的哲学思想？如果有了哲学思想，便会形成自己的哲学，那么如何避免将自己的哲学与古人做某种程度的换位？徐复观的解决方案是，“在这种地方，就要求治中国哲学思想史的人，有由省察而来的自制力”。于是，对于古人的思想，只能在文字的把握上立基，而不可以先在自己的哲学思辨上立基。通过这样的自制力，可以达到原原本本地把握古人的哲学思想。
四、要有使方法发生真正作用的治学功力。方法是出自治学历程中所蓄积的经验的反省，由反省所集结出的方法，又可以引导治学中的操作过程。没有适当的方法，很难得出有意义的结论。但是悬空的谈论方法而将其概括为几句话，并不能发生什么真正作用。方法的真正作用，是与治学的功力成正比的。
徐复观既坚持方法对于思想史研究的重要意义，同时也看重方法背后的研究态度。治学的态度和方法，可以综括为“实事求是，多作反省”。对于方法与态度的关心，徐复观认为，研究方法与研究态度是不可分的。决定如何处理材料的是方法，但决定运用方法的则是研究者的态度。所谓态度，是整个社会生活的自然流露，它是由心理作用的惯性所形成的。与研究自然科学不同，研究人文科学，研究的对象与研究者现实生活的态度密切相关，因此在现实生活中的态度，常能干涉到研究时的态度。“态度问题比方法问题更重要。”(14)有了能虚、能勤、能慎、能改的态度，那么方法是在工夫中产生、修正的。研究思想史的正确态度应当是：首先要很客观地承认思想本身，要先顺着前人的思想去思想，随着前人思想的展开而展开。据此，才可以提出怀疑、评判，才能与前人思想的本身相应，否则只能算是一种猜度。
由于许多人在文史方面所谈论的科学方法，都还没有跳出清朝考据的范围，于是徐复观便对义理与考据之间的关系展开了多次详细论述，这样的论述和争鸣是围绕学术方法而展开的。在思想史的研究中，一直存在着围绕考据和义理、历史的考订和历史的解释孰轻孰重的争论。针对钱穆、毛子水、劳干、张春树等学者强调考据、忽视义理的观点，徐复观对其进行了积极的批判，并借此提出了自己的相关主张。他的有关思想主要体现在《两篇难懂的文章》、《答毛子水先生的〈再论考据与义理〉》、《考据与义理之争的插曲》、《有关思想史的若干问题》、《中国思想史工作中的考据问题——〈两汉思想史〉卷三代序》等文章当中。他认为，以段玉裁为代表的一些标榜考据的人，犯了两个毛病：一是把义理之学与研究义理之学的历史即研究思想史混而不分；一是仅靠训诂来讲思想，来满足思想史的要求，却不了解要研究思想史，除了文字训诂以外还有进一步的工作。
关于考据与义理之间的关系，徐复观认为，它们之间不存在必然的关系。如果站在现代学术上“为知识而知识”的立场，从近代以知识为主的学问来说，那么凡是知识都有其本身自足的价值，因此考据与义理没有本末可言，它们应处于平等的地位而不可偏废。但是如果站在中国传统的观念，从中国传统文化的立场上说，可以说义理是本而考据是末。
徐复观从来不否认考据在思想史研究中的作用，他认为在思想史研究中谈论考据，必须向三个层面扩展，知人论世的层面，在历史中探求思想发展演变之迹的层面，以归纳方法从全书中抽出结论的层面。(15)但是，他更为重视思想史研究中的义理阐述一面。因为治思想史的工作，当然要根据有关的文献，凡是关涉到文献而需要训诂、考据的，当然要通过训诂、考据，但是，“并非每一思想史的文献都需要做训诂、考据的工作。并且这种工作，对治思想史而言，也只是起码的初步工作，因为仅有这步工作并不能做出思想史”。(16)治思想史是在求得一种知识，凡为求得知识，都应遵守知识所得以成立的基本规定。再有，古人的思想，保存在遗留的文献里。因此，治思想史的人，自然首先必须注重文献的搜集考订，但这只是初步的文献学工作。如果工作仅仅停留在文献学的阶段，这并不是没有价值，但不能称之为思想史，紧靠训诂、考据，是难以把握到古人思想的。
围绕义理与考据关系的争辩，本质上是延续了清代“汉学”与“宋学”之争。胡适与冯友兰在二十世纪上半叶的思想交锋，其中的一点就是围绕此而展开的。徐复观有关义理与考据关系的辩证理解，是准确而合理的。这样的理解也左右了他的治思想史的方法，在他的大量思想史著作当中，都能体现出来这种方法的运用。因此，如果想去客观地了解他的思想史，首先就要把握他所提出的思想史研究方法论，以及他对于义理与考据关系的辩证理解。
