过了一会儿，他听到夜间打更的声音，于是他把所有的皇宫值夜班的太监和侍卫都叫来，让御膳房值夜班的太监做夜宵，所有人在一起吃一顿，吃到第二天早晨。毕竟，人多的地方总是会让人有安全感。这就是崇祯继位后的第一夜，记载在《崇祯长编》里。
魏忠贤为了让崇祯受自己摆布，于是打算用美人计，他让一个女子服侍崇祯。崇祯有洁癖，这个女子刚来，崇祯就说：“快去沐浴！”女子草草洗了一下，刚披上一件白纱浴巾，崇祯便冲了过来。
此时的女子本来就风流妩媚，加之刚沐浴后飘散的一头秀发，白里透红的肌肤以及高耸的乳峰上那若隐若现的乳晕，这一切都强烈吸引着崇祯的眼球，崇祯感到浑身在燃烧，血液犹如沸腾一般，他把女子一把抱住，放到床上，一把撕开白纱浴巾……两人很快便疾风骤雨般在龙床上颠鸾倒凤，欲死欲仙。
崇祯本来是不好色的，那么这一幕又是如何发生呢？原来在屋外有一个小太监一直在夹墙内往屋里吹迷魂香，这是一种能使男人爆发性欲的香。这个小太监最终被揪出。经审问，这个小太监是魏忠贤的人，崇祯说：“皇考和皇兄都是误在这上面呀！”崇祯在心里埋下了废掉魏忠贤的种子。
崇祯知道魏忠贤树大根深，轻举妄动无异于自取灭亡。果然，他还没行动，魏忠贤就开始行动了，九月初一，魏忠贤提出辞呈，崇祯当然明白，这是在试探自己，假如自己批准了魏忠贤的辞呈，就说明自己想让魏忠贤滚蛋，那么此时滚蛋的一定是崇祯。
崇祯亲自召见魏忠贤，说：“先帝临终前嘱托朕，国事一定要靠两个人：您和张皇后，所以爱卿怎好弃朕而去呢？”
魏忠贤听后感动不已，但老奸巨猾的他还是不敢掉以轻心，九月初三，魏忠贤让客氏试探着提出辞呈，崇祯顺水推舟批准了，魏忠贤的左膀由此离开。
魏忠贤不敢相信自己的眼睛，于是再让自己的头号死党司礼监掌印太监王体乾提出辞呈，崇祯此时虽然才十七岁，但其心理年龄四十七岁都不只，他一眼看出魏忠贤的心理，自然拒绝了王体乾的辞呈。
九月十六日，都察院御史杨所修上奏弹劾兵部尚书崔呈秀、工部尚书李养德等四人，此四人都是阉党，其中崔呈秀是魏忠贤集团第二号人物，杨所修弹劾他们的内容却是他们在父母死时都没有回家守孝。不要小看这点，当初张居正死后就因为没有回家为父守孝而被扳倒，中国古代以孝治天下，父母死后守孝三年是天经地义之举。
自从杨涟等人惨死后已经许久没有人弹劾过魏忠贤了，魏忠贤知道这一定是崇祯指使干的，可是崇祯却做出批示，否决了杨所修的奏折，而后又赐给魏忠贤的侄子魏良卿免死铁券（免死铁券并不是什么罪都能免，谋反除外），而崇祯此举就是为了给魏忠贤吃定心丸。
就在魏忠贤觉得云山雾罩之时，给事中陈尔翼上奏，大骂杨所修，并为崔呈秀辩护，说那些不回家守孝的事都是已经死了的东林党人栽赃的，请求崇祯严查。
崇祯以为陈尔翼的奏折是魏忠贤指使下写的，而魏忠贤则压根儿搞不清陈尔翼为什么写这封奏折。魏忠贤以为杨所修的奏折是崇祯指使下写的，而崇祯则压根儿搞不清杨所修为什么写这封奏折。
看起来越来越乱，事情的真相是这样的：阉党杨所修看出崇祯一定要干掉魏忠贤，他弹劾崔呈秀就是为了此时跟阉党划清界限，而且不把矛头对准魏忠贤，也可以让自己万一玩砸了还有退路。可是他这么一封奏折自然得罪了崔呈秀，同为阉党崔呈秀掌握了大量杨所修的劣迹，他便威胁杨所修，杨所修无奈，只得让陈尔翼写封奏折，把责任推给已经死去的东林党，这样就死无对证了。
就在事情被杨所修和陈尔翼搅乱了的时候，越来越多的人抱着跟杨所修一样的心理，看出崇祯城府极深，知道魏忠贤必挂，于是纷纷上奏弹劾崔呈秀，魏忠贤明白，必须牺牲崔呈秀了。他让崔呈秀提出辞呈，崇祯也顺水推舟批准了，兵部尚书被罢官，由此兵权收归崇祯己有。
见魏忠贤的手下阉党二号人物就这样被魏忠贤抛弃了，其他人纷纷上奏与魏忠贤划清界限，领导不够意思，那就休怪员工翻脸了，墙倒众人推的时刻到了。此时，已经胜券在握的崇祯夺去魏忠贤一切职务，但是保留了他的爵位，把他发配到朱元璋祖坟凤阳。可是被罢官的魏忠贤依然拥有一千名卫兵，一个待罪的宦官还如此跋扈，崇祯大怒，下令将魏忠贤缉拿回京。
魏忠贤的死党李永贞得知崇祯帝的谕旨后，连夜派心腹李朝钦飞骑追赶魏忠贤密报。李朝钦在一个名叫新店的地方赶上了魏忠贤一行。此日晚上，他们一行人到达阜城（今河北阜城，当时属京畿）投宿。魏忠贤与李朝钦两人举杯痛饮。据说两人酒至酣处，忽听窗外有人唱起一首小曲《挂枝儿》。曲云：
听初更，鼓正敲，心儿懊恼。想当初，开夜宴，何等奢豪。进羊羔，斟美酒，笙歌聒噪。如今寂寥荒店里，只好醉村醪。又怕酒淡愁浓也，怎把愁肠扫？
二更时，辗转愁，梦儿难就。想当初，睡牙床，锦绣衾裯。如今芦为帷，土为炕，寒风入牖。壁穿寒月冷，檐浅夜蛩愁。可怜满枕凄凉也，重起绕房走。
夜将中，鼓咚咚，更锣三下。梦才成，又惊觉，无限嗟呀。想当初，势倾朝，谁人不敬？九卿称晚辈，宰相谒私衙。如今势去时衰也，零落如飘草。
城楼上，鼓四敲，星移斗转。思量起，当日里，蟒玉朝天。如今别龙楼，辞凤阁，凄凄孤馆。鸡声茅店月，月影草桥烟。真个目断长途也，一望一回远。
闹嚷嚷，人催起，五更天气。正寒冬，风凛冽，霜拂征衣。更何人，效殷勤，寒温彼此。随行的是寒月影，吆喝的是马声嘶。似这般荒凉也，真个不如死！
据说这是京师一位姓白的书生所作。当时魏忠贤、李朝钦在房中喝酒时，这位白书生在外厢房彻夜吟唱，听得魏忠贤是无限感慨，万念俱灰。于是魏忠贤说道：“似这般荒凉也，真个不如死！”
魏忠贤选择了死！天启七年十一月四日（1627年12月11日）凌晨，魏忠贤在寓所上吊自杀，他的死党李朝钦也在一旁上吊。一代巨阉结束了一生。在此前几天，魏忠贤死党崔呈秀也上吊自杀。
魏忠贤死后，崇祯为被魏忠贤迫害致死的东林党人杨涟、左光斗（史可法的老师）等人平反，将客氏斩首，将魏忠贤的尸体刨出来凌迟。而后崇祯重新整理了一下最近一段时间所有与魏忠贤划清界限的奏折，本来崇祯不知道谁是阉党，这下可好，按名单抓人即可，魏忠贤手下五虎除崔呈秀已死外，其余四人斩杀，崔呈秀被从棺材里刨出来戮尸，五彪全杀，十狗、十孩儿、四十孙分别处以斩首、流放、充军、罢官的处罚，此外还有除此之外的那些上奏跟魏忠贤划清界限的，一律罢官，阉党总共有二百六十一人受到死刑到罢官不等的处罚，朝堂之上，重新见了尧天舜日。
关于魏忠贤的记载众多，本文主要参考资料为刘若愚《酌中志》和朱长祚《玉镜新谭》。
从继位到除掉魏忠贤，三个月都不到，崇祯显示出了作为一个成熟的政治家的本色，此时，内部肃清，崇祯把目光投向了辽东。
皇太极成了他的头号敌人，但如果与皇太极相比，崇祯就逊色多了。
崇祯不如皇太极的有三点：
一，崇祯即位时才十七岁，皇太极即位时三十五岁，崇祯当权时还是个孩子，而皇太极已经是成熟的中年人了，虽然崇祯在除掉魏忠贤的表现上堪称天才，但如果与久经沙场的皇太极相比，他还是有太多该学习的地方。
二，崇祯生于深宫之中，长于妇人之手，而皇太极长在马背上，沙场拼杀多年，崇祯在阅历、军事上远差于皇太极。
三，崇祯是在没有任何竞争者的情况下，喜从天降，得了皇位，而皇太极是在努尔哈赤的十六个儿子中经过激烈角逐脱颖而出的。换句话说，皇太极的皇位是竞争出来的，而崇祯的皇位是天上掉下来的，由此崇祯又输了一回。
此时大明王朝传到崇祯手里，就像一座曾经豪华美不胜收的庄园，几经风吹雨打，渐渐走向衰败腐朽，雕栏玉砌犹在，只是已经斑斑驳驳，曾经遮风避雨的房顶已经是外边小雨屋里中雨，外边中雨屋里大雨，外边大雨屋里暴雨了。
但实际上暴雨只来自东北一个方向，内部祸患魏忠贤刚刚平定，东北只是辽东被后金占据，整个中国几乎都还在大明控制范围内，此时只要有一个成熟稳重、精通战略、手腕非凡的领袖来驾驭的话，加之东北有毛文龙在，那么一定能攻灭后金，实现大明中兴。然而十七岁就显出政治天才的崇祯却最终使得那些虽然腐朽，但还能维持若干时间的梁柱加速坍塌，明朝在崇祯领导下一天不如一天，一会儿不如一会儿，一阵不如一阵，那么究竟为什么会这样？这一切都要从袁崇焕杀毛文龙说起。
