毛文龙把辽东如同水火的民众晓以大义，凭着自己精忠报国的人格和侠肝义胆终于能让他们在东江“致其死力”。
毛文龙在天启七年的时候说“但恐臣在似无益于疆场，臣死未必不足为神京虞”，这句话一语成谶，就在毛文龙刚死三个多月，面对明朝的兵锋从来没出过辽宁省的后金在皇太极率领下长驱直入，杀到北京城下，这就是“己巳之变”，后面我们会详细说。有毛文龙在，后金不敢走远，一走远就会被毛文龙端掉老窝，于是一直只是在辽东辽西进攻，袁崇焕的关宁锦防线就能起到作用；毛文龙一死，后金再无后顾之忧，于是就可以绕开关宁锦防线，经蒙古从河北西北部直扑北京，此后这种事共发生过五次。足见毛文龙之重要性。
毛文龙死后，天下冤之，《明季北略》说：“袁崇焕捏造十二条罪状，矫制杀毛文龙，与秦桧以十二道金牌矫诏杀岳飞，古今如出一辙！”《明季北略》还记载，毛文龙死后，“清主大喜，置酒高会”。
《辽海丹忠录》说毛文龙：
以忠遭疑，以忠得忌，铁铮铮一副肝肠，任是流离颠沛，不肯改移；热腾腾一点心情，任是饮刃断头，不忘君父，寸心不白，功丧垂成，一时几昧是非，事后终彰他忠荩，这又是忠之变，忠之奇。
敌未亡兮弓已藏，令人挥泪吁苍苍。驱除未竟英雄志，萋菲犹污烈士肠。驱除未竟英雄志（没写错，原文如此），变生绕柱骇秦王。素车白马东溟上，一派雄心未易降。
八载艰辛固海东，神谋所向着奇功。旗骞夜月强胡缚，马蹴春冰丑虏空。百万黔黎歌德盛，千群铁骑泣恩隆。可堪功大还招忌。血洒平原野草中。
吴惟英《挽毛大将军》：
昨夜营星色黯然，讣音忽向路人传。但嗟韩信成擒日，不见蒙恬御敌年。功业已沉沙碛雨，精灵犹锁海门烟。好收战骨鸱夷里，归葬西湖岳墓边。
佚名《毛将军歌》：
八载艰辛拥铁衣，将军百战夺城池。旌飘杀气鼋鼍徙，帜卷腥风岛屿迷。赤手擎天扶日月，丹心报国靖边陲。尘沙猎猎吹人面，钲鼓填填动马蹄。慷慨一生浑是恨，悠游千古复何悲。东来未遂吞胡志，南下那堪蹈逆机。气压苍山云敛彩，魂摇白刃日含晖。穷荒剑瘗神仍在，绝海舟焚势与摧。事业已随烟尘灭，功名都逐浪涛归。明庭四纪空肝胆，青史千秋有是非。泪雨暗滋官路草，精灵虚拂故园薇。新蒲细柳春犹在，谁为招魂吊水湄。
《表忠录》：
呜呼！自文龙宿兵岛中，敌竟岁无一骑阑入关，马牛羊驴盈满野。洎文龙为奸刃所害，不数月入喜峰口，大破，杀总兵满桂、赵率教，遂长驱薄都城，万口匈匈，皆指谓崇焕蠚我，不可以谬一时，后世顾可得欺耶？且清兴非骨肉而王者四人，其一为吴三桂，其三人皆其所故部，彼非有盖世之劳而致是，所部若然，则文龙可知矣。
清朝开国将领中封王的汉人，除了吴三桂外，尚可喜、耿仲明、孔有德都是毛文龙的部下，可见毛文龙麾下战将之勇。
袁崇焕杀毛文龙后，毛文龙麾下孔有德、耿仲明诸将哗变，拒绝再听蓟辽督师袁崇焕号令，投奔登州莱州巡抚孙元化，孙元化接受了他们，孔有德被任命为骑兵参将，耿仲明则被派往登州要塞。
崇祯四年（1631年）八月，皇太极率清兵攻大凌河（今辽宁凌海），祖大寿受困城内（详见后文）。孙元化急令孔有德以八百骑赶赴前线增援，然登州辽东兵与山东兵素来不和，孔有德抵达吴桥时，遭遇暴雨，此时部队给养不足，有一士兵抢了山东望族王象春的家仆的一只鸡，本来不是什么大事，但是这个士兵也够水的，跟了毛帅这么些年，连一只鸡都没抢过来，当场被王象春的家丁按倒在地，而后被游街。
被游街现眼的滋味不好受，尤其是偷鸡贼，名声更差，这个士兵在游街过程中血性被激发出来，他拔刀杀了家仆，跑了。作为山东望族的王家自然不干，要求查明真相，孔有德怒了，辽东战局岌岌可危，你因为一只鸡跟我的部队过不去，于是他在吴桥发动叛变，把王家灭族，在山东境内连陷临邑、商河、青城诸城，率兵直趋登州。守登州的同为东江镇老将的耿仲明打开城门，于是孔有德攻陷登州。孔有德也算念旧之人，当初孙元化收留了他们，所以他也没为难孙元化，把他放了（后崇祯因登州兵变大怒，杀孙元化）。登州是明军制造新式火炮和训练炮兵的基地，有近百名葡萄牙等国外籍炮师与工匠，以及大批经过训练的炮兵，俱为叛军所获。
崇祯得知登州兵变后大怒，派大军镇压，与此同时东江镇也发生兵变，袁崇焕派来接替毛文龙的总兵黄龙被叛军割掉耳朵和鼻子，孔有德、耿仲明率军携带登州的二十门红夷大炮、三百门西洋火炮、三千匹战马乘登州的战舰渡海来到东江镇。而后他二人写信给皇太极，信中说：“本帅现有甲兵数万，轻舟百余，大炮、火器俱全。有此武器，更与明汗同心协力，水陆并进，势如破竹，天下又谁敢与汗为敌乎？”皇太极得信大喜，亲自出郊十里迎接。至此，明朝的红衣大炮等先进武器清国也有了，明朝在武器上也不占优势了。后金还因此而拥有了海军。在孔有德、耿仲明投敌后不久，东江镇大将尚可喜也投奔了后金，至此东江旧将悉叛。皇太极封孔有德恭顺王、耿仲明怀顺王、尚可喜智顺王。
这就是袁崇焕酿下的大祸。有毛文龙在，这些勇将都能为大明效力，毛文龙一死，群龙无首，东江镇无法维持，最终导致他们投敌。
有人会问，毛文龙把努尔哈赤打得都让部下写出“今金国汗欲弃辽东之地移向本土，岂能弃其生身之地及父祖之骸骨而去耶？故我等众官商议，致书老爷乞一生路”这样的话，那为什么长期以来毛文龙一直被历史忽视呢？为什么梁启超在《袁督师传》中也说毛文龙该杀呢？（“夫以举国不能杀，不敢杀之人，而督师毅然去之，若缚一鸡而探一彀也。指挥若定，声色不惊。呜呼！非天下之大勇，其孰能与于斯？”）
梁启超笔锋之下常带感情，关于他笔下的戊戌变法，本书最后一卷将会为您用翔实的史料证明，梁启超笔下的历史与历史真相有多大差距。多年后，梁启超自己都说自己写的不是“信史”，是在自己感情支配下写的。因为他是广东人，便自然把广东人袁崇焕捧得很高，毕竟在梁启超之前，广东出过的重量级名人也就只有洪秀全了，洪秀全自然没法歌颂，所以他就歌颂袁崇焕了，既然歌颂袁崇焕那就会贬毛文龙。再比如梁启超写《王安石传》时，也是犯了这个毛病，他跟王安石都是在变法，自然他也把王安石捧上了天。
近代学术大家除了梁启超、康有为（他歌颂袁崇焕的动机与梁启超相同）外，就再无大张旗鼓讨伐毛文龙之人了。之所以毛文龙的历史长期被掩盖，从《满文老档》中的毛文龙屡战屡胜，到《清太祖高皇帝实录》中的屡战屡败，是因为如果清廷把毛文龙的真相都写出来，那就等于告诉世人，自己曾经有一段时间因为毛文龙的存在而几乎快要灭亡，等毛文龙死后才能绕开关宁锦防线进行远征，最终入关。而如果把毛文龙的事迹抹杀，与此同时拔高袁崇焕，把袁崇焕塑造成能够使明朝避免灭亡的跟岳飞、于谦一样伟大的大英雄，而崇祯却把袁崇焕杀了，等于说是崇祯自毁长城。这样的话，就既可以断了汉人反清复明的念头（因为有宋高宗那样的君主，昏君当道下“我大清”入关替天行道，为袁崇焕平反，可见我们比明朝统治者英明），使其绝望，又可以彻底在历史上抹去清朝开国最黑暗的岁月，从而彰显“我大清”从一开始就顺应历史潮流，无比强大的合法性。于是就有了袁崇焕的神话和毛文龙的“罪行”，毛文龙在《满文老档》中出现百次，是该书出现次数最多的汉人，可到了乾隆年间编修的《明史》，却连个列传都没有，足见乾隆对于历史篡改之彻底，而今人若不详查，则定然上当！
之所以毛文龙长期被掩盖，还有一个原因，毛文龙镇江大捷中生擒并处斩的人中有三个重要人物：佟养真及其子佟丰年、其侄佟松年。此三人又是何方神圣呢？佟丰年和佟养真被毛文龙干掉后，佟养真之子佟盛年继承了佟养真的爵位，不久佟盛年改名佟图赖，佟图赖的女儿嫁给了顺治皇帝，顺治跟这个女人一起生了康熙。佟图赖的次子是佟国维，佟国维的儿子正是雍正年间赫赫有名的隆科多。佟国维有两个女儿都嫁给了康熙，其中一个女儿虽没给康熙生孩子，但康熙最喜欢的却是她，后来宫中一个出身低微的女人给康熙生了孩子，这个孩子就交给佟国维的女儿抚养，后来这个孩子在康熙死后继位，年号雍正，而佟国维的女儿则成了太后。
由于佟家的赫赫声望和人丁兴旺，朝中与佟家沾亲的人非常多，有“佟半朝”之称。
由此可以说，毛文龙杀了康熙的姥爷的父亲和两个兄弟，佟家数代人为清朝征战沙场，战死者有佟养真、佟丰年、佟松年、佟国纲，这四人有三人是被毛文龙干掉的，就从血缘关系而言，清朝岂能不恨毛文龙，岂能不把毛文龙尽全力抹杀？
