无敌舰队覆灭九年后，1597年西班牙人为争夺香料，派兵与占领魔路加群岛的荷兰人交战，西班牙的菲律宾总督马特纳斯胁迫华人潘和五率两百五十人充当水手作战，他们让华人日夜不停地驾船，稍不如意就遭鞭打，潘和五说：“造反是死，被他们打死也是死，咱们还不如反了，胜则扬帆归航，败的话死也不晚。”于是他率这两百五十人起义，杀死船上的西班牙人四十名，随后驾船返航，但迷路了，他们把船开到了越南，结果货物全被越南人没收。
此事发生后马特纳斯派人与明朝交涉，要求归还战船和惩办凶手，且此时谣传日本要进攻菲律宾，西班牙人怕日本人与菲律宾的华人里应外合，于是还向明朝建议将华人全部接回国。福建巡抚许孚远将此事奏明万历皇帝，万历下令将华人接回，但有些华人不愿离开自己经营多年的菲律宾，所以只接回一部分。
西班牙人见岛上华人依然比自己多很多，为对付华人，想出条毒计，先扬言要出征他国，高价收购华人的武器，华人不知是计，将武器卖光，然后西班牙人勒令华人登记，每三百人进一个院子，进去后就被杀，华人见势不妙，发动起义，随即西班牙人炮轰华人，华人共两万人遇难，此年为1603年。西班牙人由于杀人太多，诚惶诚恐，派人向明朝请罪，此时的福建巡抚徐学聚说：“西班牙人杀华人一事不必看得太重，中国皇帝宽怀大度，对于此事，绝不兴师问罪，尔等西班牙人一贯聪慧，对于此事别害怕，在菲律宾的华人许多都不是良民，不必姑息。”西班牙人悬着的心终于落下，此事就这样结束。
三十六年后，1639年，菲律宾的华侨又达到三万三千人，西班牙殖民者对华侨极为苛刻，规定华人的商品除了跟其他居民一样缴纳3%的商税外，还要每年缴纳六十四里尔（西班牙货币单位）的居留税，五里尔的贡税，十二里尔的国库税，此外华人每年还要到菲律宾的加伦巴做苦力。于是菲律宾的华人忍无可忍，发动起义，与西班牙人血战，最终三万三千名华人中的两万余人被杀害，而此时大明风雨飘摇，崇祯无暇顾及，最终只得作罢，无法为华人复仇。
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[4]原文为：惟赖尔文武大帅，殚力竭忠，设奇制胜，扫清夷氛，用雪国耻。匪颁厚赏，何励纯忠？尔提孤军，驻穷岛，将兵时出，奇捷屡闻，使逆酋狼顾未遂鸱张，已三年矣。惟尔之庸，朕实嘉尚！
[5]功在社稷，海内之共见共闻，业已铭刻金石，无容职赘。至其身任边事，誓图恢复，枭灭逆虏，任用刘应干、陶文、纪用等，而关内外御敌之伏甲、军器、马匹、悬帘等项俱以家资置办，日逐来，又助军需。臣方一意巡缉严警，诸营将吏不敢贪懦营私，不敢馈遗隐串，改虚为实，化贾为真；易怯而勇，以有今日。从古内臣谁有出其右者？
[6]平心而论，东林中亦多败类，攻东林者间亦有清操独立之人，然其领袖之人殆天渊也。东林之持论甚高，而于筹虏制寇卒无实着。攻东林者自谓孤立任怨，然未尝为朝廷振一法纪，徒以忮刻胜耳。特可谓之聚怨哉？无济国事殆同矣。
