当时，郑成功苦劝父亲不要轻信清朝的许诺，清醒地指出离家降清就好比虎离深山、鱼离深潭，等于自废武功，只能是死路一条。（虎不可离山，鱼不可离渊；离山则失其威，离渊则登时困杀。）颜思齐（1589~1625年）:海澄县人。生性豪爽，仗义疏财，身材魁梧，精熟武艺。明万历四十年（1603年），遭官宦欺辱，杀死其仆人之后逃亡日本，从事中日间海上贸易，成为著名的海商—海盗头目。明天启四年（1624年），因不满日本德川幕府统治，密谋起事造反，与郑芝龙等28人拜盟为兄弟，其为盟主。后事泄，率众分乘13艘船逃至台湾后，开始招徕漳泉移民对台湾进行大规模的有组织的拓垦，天启五年（1625年），他在一次狩猎中染了伤寒而英年早逝。颜思齐被尊为“开台王”、“第一位开拓台湾的先锋”。《台湾通史》为台湾历史人物列传，“以思齐为首”。
[清]江日升:《台湾外记》（卷2），福州:福建人民出版社，1983年，第76页。
但郑芝龙一意孤行，怎么也听不进去。其后所发生的事情证明，郑芝龙低估了满洲人的精明与狡诈。在抵达福州后，郑芝龙与博洛等人相见。双方刚开始还相谈甚欢，谁知三天之后，清军突然半夜拔营而起，返回北京，郑芝龙也被裹挟前往。此后，郑芝龙一直被清廷软禁看管在北京。郑成功兵败南京之后，郑芝龙也被清廷杀掉了。
子抗清
郑芝龙降清后，大批部将相继投降，如武毅伯施福、澄济伯郑芝豹等人即率10镇官兵降清。但郑氏集团之中仍有不少将领率领义军坚持抗清，如郑鸿逵、郑成功、郑彩、郑联、杨耿等人。在他们的带动下，各地抗清义军蜂起，仅在闽东北就有3府1州27县落入义军手中，省会福州几乎成为一座孤城。其中，郑芝龙的长子郑成功抗清尤为坚决。
郑成功出生于郑芝龙逃离日本之际，幼年时期一直生活在日本平户，7岁时被父亲接回故乡居住，取名为森，延请名师教导。他不负众望，15岁就以优异成绩考取南安生员，19岁赴福州乡试，21岁进入当时的最高学府南京太学读书，拜名儒钱谦益为师。在良好的儒家文化熏陶下，青年时代的郑成功已形成中国文人正统华夷价值观念，满汉有别的思想非常坚定，这与其父完全不同。
郑成功自幼“风仪秀整，俶傥（倜傥）有大志”，喜读《春秋》与《孙子兵法》，读书之余还舞剑骑射。郑芝龙一日带成功晋见隆武帝。隆武见他仪表堂堂，谈吐不俗，甚为激赏，说:“惜无一女配卿，卿当尽忠吾家，无相忘也。”当下赐姓朱，赐名成功，封御营中军都督，赐尚方剑，仪同驸马。
从此中外皆以“国姓爷”相称。隆武二年（1646年），隆武帝又封郑成功为忠孝伯，挂招讨大将军印。郑成功对隆武的知遇之恩极为感念，终其一生始终只用“招讨大将军”名号行事，即便后来的永历帝封他为镇远侯、漳国公、延平王，他都未曾改变。但隆武所封的忠孝伯爵名对郑成功却是一种讽刺，郑芝龙降清之后，郑成功再也无法忠孝两全。
[清]计六奇:《明季南略》（卷8•郑芝龙降清），北京:中华书局，1984年，第330页。
“镇”是明清两代的军事单位，约相当于现代的师，统辖一镇的长官为总兵。
郑鸿逵乃郑芝龙的四弟。
郑成功（画像）
郑芝龙长子，出生在日本平户岛，母亲田川氏是日本人。南明的隆武帝曾将自己的“朱”姓赐给他，因此，郑成功又被称为“国姓爷”。后来，永历帝又封他为延平王。郑成功继承了郑芝龙以海为家的传统，但因不愿降清，与父亲分道扬镳。他在东南沿海坚持抗清10余年，却在江宁之战中遗憾败走。郑成功最为后人称道的功绩，是驱逐荷兰人，收复台湾。但收复台湾后不到半年，郑成功即英年早逝，未能实现光复中原的梦想。
郑芝龙不顾郑成功再三哭谏，投降清廷，之后又来信要儿子一并降清。郑成功回信说:“从来父教子以忠，未闻教子以贰（二心）。今吾父不听儿言，后倘有不测，儿只有缟素（戴孝）而已。”之后，郑成功带着自己的儒巾、青衫来到南安文庙焚烧，在孔子像前四拜，说:“昔为孺子，今为孤臣，相背去留，各有作用。谨谢儒服，庶先师昭鉴（请先师看我的表现）！”
从此，郑成功弃文从武，从一介儒生摇身一变为统帅千军万马的大将军，他的军队也成为反清复明最具实力的一股力量。
23岁的郑成功带领父亲旧部90多人前往广东南澳招兵，数月内就有数千人响应。1647年，郑成功又在烈屿（今金门之小金门岛）用“明忠孝伯招讨大将军印”昭告勤王讨清檄文，从此在闽粤沿海展开了长达10余年的南征北讨。
起兵之初，郑成功致力于建立根据地，整合沿海各股势力，并多次大败清军的进攻。在这一系列的战役中，郑成功勇于决断，心思缜密，能在紧要关头做出果断的抉择，不惜大义灭亲等鲜明的性格特点尽显。随着郑成功势力逐渐壮大，其义师勤王的号召力与日俱增，军力不断增强。
特别是郑成功占据金厦之后，不再有人能挑战他在东南沿海反清势力中的领袖地位，各方义军归附者愈来愈多，所统兵将已达6万多人，基本完成了对沿海各股势力的整合，成为清朝在东南地区面临的最大威胁。
郑成功利用海上优势频繁进攻清军沿海防守薄弱的据点，多次得手。1648年攻克同安，1649年占领云霄（今属福建），1652年围攻漳州，1654年再攻漳州，1655年攻占舟山，1656年攻克广东揭阳、普宁、澄海（今汕头市澄海区）、闽安镇（今福州市马尾区）等地。闽、浙、粤三省海域都成了郑成功的势力范围。在军事实力不断增强的同时，郑成功不再满足于对大陆沿海浅近纵深地区的争夺，很快就将战略目标锁定为江宁。
明朝朱棣通过靖难之役夺取帝位后，把首都迁往北京，将南京定为陪都，但南京依旧保留一整套文官体系，是中国南方的政治中心。顺治二年（1645年），清军占领南京后，将明朝的“南京应天府”改名为“江宁府”。在这个改朝换代、异族入侵的特殊时刻，光复江宁有着极为特殊的意义。郑成功若拿下江宁，对于怀着故国之思的广大汉人的号召力将是不可估量的；除了巨大的政治影响之外，控制江宁即等于控制了江南富庶之地，可以为反清事业提供强大的经济支撑，同时也切断了江南对北方清政府钱粮赋税的供应，削弱其经济基础。
占领江宁，恢复东南半壁江山；尔后，再挥师北伐，直捣幽燕。这个光复大明江山的战略构想使得郑成功心潮澎湃、激动不已，很快就开始了进攻江宁的准备。
舰队杀进长江
江宁坐落在长江下游大转弯处的东南，离当时的长江入海口比较近。400多年前长江入海口也就在江阴附近，南京城到长江入海口的距离比现今近很多。从海上来的船队可直逼江宁，这就能充分发挥郑成功水上作战的优势。
三“探”长江
郑成功发起江宁战役之前，南明政权已有过攻入长江的尝试，起到了“探路”的作用。顺治十一年（1654年），南明定西侯张名振、监军张煌言曾三次率军攻入长江口，并一度逼近江宁城。是年1月，南明军以崇明岛为前进基地，乘船溯江而上，到达镇江附近的瓜州、金山等地，并在当地停留数天，在增援清军到来之前撤回崇明。
4月，南明军再次入长江，直至镇江、仪真（今江苏仪征），离江宁更近了一步，然后也是迅速撤退。此后，张名振南下厦门向郑成功求援，郑成功派部将陈辉，率大船80艘、陆军10000人、水军5000人前来助战。同年12月，张名振等人得到兵力补充后，率船400余艘第三次深入长江。
这次明军的进程更远，一直抵达江宁城北的燕子矶一带。这也是江宁被清军占领以来，第一次面临南明方面的直接军事威胁。但清军早有防备，一番激战后，明军又一次退回崇明岛。
明军三入长江虽然并未取得大的战果，但清军完全处于被动挨打的不利态势。沿海沿江众多重要据点，清军都得分兵把守，根本无法集中兵力对敌。至于渡海主动进攻明军控制的岛屿基地，对缺乏强大水师的清军来说，简直是痴人说梦，根本不现实。南明方面采取敌进我退、敌退我进的海上游击战，令清军疲于奔命，无可奈何。清军将领对此抱怨道:“当调我军会剿时，则扬帆而去，当我兵单时，突又来犯。我军为堵御而来回奔命，会剿时又无影踪。”
张名振等人三入长江之举给清政府带来了巨大的震动。为巩固江宁等地防务，顺治十二年（1655年），清朝派出固山额真（官名，为八旗中各旗的军政长官）石廷柱率八旗军驻防镇江，还重新设立江阴、靖江、孟河（属今江苏常州）等地绿营汛守兵1800名，并将储藏在江宁仓库中的“杀手锏”武器———红衣大炮搬出来安放到镇江的炮台。
当然，此时的清朝政府根本没有料到，一次更大规模的长江战役即将来临。
中国第一历史档案馆编:《清初郑成功家族满文档案译编》（1•顺治十一年十二月二十二日•张中元题为先歼郑成功后除张名振事本），收入陈支平主编《台湾文献汇刊》（第1辑），北京:九州出版社，2005年，第98页。
出师不利
顺治十五年（1658年），清军集中主力在云南、贵州一带围剿南明永历政权，东南一带防守较为空虚。郑成功料想江宁防御薄弱，突击江宁后即使各地清军来援，短时间内也不可能派出足够援兵。他决定利用这一有利战机，全力进攻江宁，并于8月率船队由舟山北上。然而，郑成功的船队长期活动于福建海域，对浙江海域并不熟悉，再加上天有不测风云，船队航行至羊山（今浙江舟山大洋山岛）海域时，遭到台风袭击。从8月9日至11日，狂风暴雨一直没有停歇。
面对陌生的海域和未能预料的台风，郑成功的船队一下子陷入了绝境。舰船在巨大的风浪中不堪一击，舟船对面亦不相见，互相撞击，大批倾覆。有的船只直接葬身鱼腹，有的四散漂流，有的则在大陆海岸搁浅，连人带船落入清军手中。郑军官兵和家眷伤亡惨重，仅溺水而死的就有8000余人。连郑成功的6位妃嫔，3个儿子也淹死了。这次猛烈的台风阻止了郑成功北上的步伐，也暂时化解了清军面临的危局。郑成功说:“今船只兵器损失，长江难进矣。须溜回舟山收拾，再做区处。”14日，他督师回到舟山整顿。但舟山群岛当时没有完全开发，一片荒芜，大军难以久留。9月初，郑军舰船退回金厦休整。
[清]夏琳:《海纪辑要》，《台湾文献丛刊》（第6辑），台北:台湾大通书局，1987年，第22页。
《明清史料》（甲编•5），第430页。
杨英:《先王实录》，转引自顾城《南明史》，北京:中国青年出版社，1997年，第934页。
攻占江岸
顺治十六年（1659年）4月，郑成功再次率领大军从浙江沿海出发北上。此时，郑军共有大小舰船3000余艘，兵马10余万。他首先攻占定海（今浙江舟山），全歼了清军定海水师，焚毁船只100余艘，基本消灭了清军的海上力量，掌握了江浙沿海的绝对制海权，也解除了进军长江的后顾之忧。
5月19日，郑军抵达吴淞口（今属上海市宝山区）。郑成功派人秘密联络守卫此地的清朝苏松提督（相当于军分区司令）马逢知，鼓动其反清。马逢知此前曾与郑成功有过秘密往来，但因形势尚不明朗，还不肯立刻倒戈，表示要等郑军到达江宁后再行动。不过，马逢知的暧昧态度和消极抵抗使得郑军船队轻松越过吴淞口，驶入长江。马逢知对清廷心怀不满，主要是因为清军的军制问题。清军主要分为八旗军和绿营军两个系统。八旗包括满洲八旗、蒙古八旗和汉军八旗，是清军的骨干力量，特别是满洲八旗与蒙古八旗，是清朝皇帝们最为信任的嫡系部队。绿营又称“绿旗”，主要由汉人士兵组成，清初的绿营军大多由是原明朝降军改编而来。绿营的人数虽然远超过八旗，但得不到清廷政府的真正信任。因此，在武器装备、军饷待遇、军官升迁等诸多方面，绿营军都不如八旗军，是不折不扣的“杂牌部队”。在这种情况下，像马逢知这样的绿营军将领自然心怀不满，虽不敢公开反水，但仍与郑成功等反清武装暗中往来，作战时消极怠工，只求保存实力。
郑成功进攻江宁示意图
6月1日，郑成功到达长江江阴水域，清军紧闭城门，不敢出战。郑成功认为江阴城小，不值得浪费时间攻打。于是，船队越过江阴继续溯江而上。15日，郑成功舰队进驻长江北岸的瓜州，斩断清军用铁链、船只设在江面的封锁线“滚江龙”。瓜州与镇江隔江相对，夹峙于长江两岸。
早前，清军为防备郑成功进攻瓜州和镇江，特地从江宁向两地调来援兵。
瓜州城中除原有的绿营军外，清朝方面又增派了由正蓝旗协领（官名）胡西木布鲁率领的八旗军400人、绿营军4320人。镇江城中除原有的绿营军外，又得到了由镶黄旗协领扎尔布巴图鲁率领的八旗军400人、绿营军3240人的支援。然而，清军的这些增援仍不足以控制局面。
16日，郑成功军进攻瓜州。清军骑兵在瓜州城东门外的高地（此地江边多滩涂，所谓高地不过是干燥一点的地方）上列阵。郑军团牌兵手持短刀和藤制盾牌，从高地四周的水田中杀奔而来，采用专砍马腿的战术，大败清军，并乘胜冲进城中。清军操江巡抚（即江防司令）朱衣佐正坐在北门附近的衙门里指挥，突然有溃兵仓皇逃来，大喊:“老爷，不好了，海贼（指郑成功军）来了！”朱衣佐还没明白是怎么回事，就被随后冲进来的郑军俘虏。瓜州城中的红衣大炮也落入郑军手中。此后，郑军又在瓜州附近的谭家洲歼灭清军2000人。
在得知瓜州失守后，江宁清军又派出镶白旗协领费雅住巴图鲁率领八旗军400人、绿营军600人前往镇江增援。加上苏州、常州等地的援兵，镇江守军达1.5万人左右。拿下瓜州后，郑军于6月22日在镇江城外的银山与清军激战。清军骑兵分5路向郑军冲击，遭到郑军“铁人”的猛烈阻挡。清军见骑兵不能奏效，又下马作战。一时间，双方弓箭、铳炮互相对射，声响震天动地。而在接下来短兵相接的肉搏战中，清军最终惨败，人马自相践踏，落荒而逃。从江宁赶来增援的提督管效忠，起初有4000兵力，战到最后只剩下140人。其他各路人马也损失惨重，各自逃散。管效忠感慨道:“吾自满洲入中国，身经十有七战，未有如此二阵死战者！”这一激烈的战况把镇江知府戴可进吓得心惊胆战，马上开城投降。郑成功大军顺利打开了通往江宁城的锁钥。
大军久顿城下
长江沿岸各郡县的归顺使郑成功信心十足，陶醉在胜利之中。他认为江宁“孤城绝援，不降何待？”认定“南都必降矣！”
《明季南略》（卷16•郑成功入镇江），第486页。
《明季南略》（卷16•郑成功入镇江），第488页。
《先王实录》（永历十三年），转引自刘伦贤《略论郑成功兵败南京之役》，见《史学月刊》编辑部、南京军区司令部编研室编《中国军事史论文集》，1989年，第233页。
攻占镇江之后，部将甘辉建议立刻派兵从陆路抄近道日夜兼程直取江宁，即使一时攻不下来，也可以封锁城池、切断外援。当时清军刚刚大败，士气低落，江宁“城大兵单”，是进攻的最佳时机。然而，郑成功这时滋长了轻敌情绪，对甘辉的建议不以为然。他对清军援兵源源不断入城竟毫不在意，仍坚持水陆并进，以舰队为核心，稳扎稳打逐步推进，并认为清军根本不堪一击，江宁早晚是自己的囊中之物。
以海为家的郑军对于战船有着强烈的依赖心理，水陆并进、稳扎稳打的战术并不适合从镇江到南京的水文条件。此处江面相对狭窄，水流湍急，江汊纵横，水文条件复杂，古时从镇江漕运至南京，在这段江面上常有运船翻覆。宋、金黄天荡之战就发生在这一段长江。而郑军的海船体型庞大，运转笨重，在江面上逆水而行，很多时候只能靠人力从岸上牵拉前进，航行速度极慢。从镇江到江宁的短短距离，他们足足用了10多天，攻取江宁的第一个战机就这样错过了。
古时进攻南京，没有水军不行，因为南京被水环绕，水系是南京的重要防御屏障；但水军强大到使攻方过于迷信水军，到离船难以陆战的地步，也很危险。早先朱元璋对陈友谅的龙湾大捷，也是陈友谅过于迷信水军所致。这回历史再次证明，郑成功成也水军，败也水军。
江边扎营
6月26日，郑成功军前锋终于进抵江宁城下。但直到7月7日，郑军主力才乘船到达江宁城北的观音门外。观音门坐落于燕子矶附近，是明代南京外廓18座城门之一，距离江宁主城尚有一段距离。9日，郑军船只进泊江宁明城西北角的仪凤门外江边。次日，郑军大队人马上岸，在仪凤门外扎营。水师大船停泊在城西江东门外与上新河一带的开阔长江江面上，装备鸟铳的“铳船”则停泊在城西的秦淮河三汊河口。
7月11日，郑成功本人来到仪凤门外。第二天，他下令各营分散部署:前锋镇余新、中冲镇萧拱柱各部驻扎仪凤门外，由左提督翁天祐部负责支援；中提督甘辉、后提督万礼、左先锋杨祖各部在前锋镇后的第二大桥头山（今暂无考）上驻扎；右提督马信、宣毅后镇吴豪率军驻扎江宁西面的汉西门教场；郑成功则亲率左武卫林胜、左虎卫陈魁、右虎卫陈鹏、五军张英等部屯驻于岳庙山（今暂无考）。
这里提到的仪凤门、汉西门等今天还在，而岳庙山究竟位于何处现在已难以考证，但可以推测，大体是在江宁城西和西北方向。郑军相继在江宁内外城廓的观音、金川、钟阜、仪凤、江东、神策、太平等门外扎营，共立83座营寨。在各处营寨，郑军都排列安设大炮，并准备了云梯、藤牌、竹筐、铁锹、凿子等攻城器械。
不难看出，以上7门外的郑军连营并没有对江宁城形成全面合围之势，顶多只是包围了江宁城的北面和西面，而江宁的东、南两个方向几乎没有郑军一兵一卒。而且，江东门和观音门都是明外廓城门，攻入之后还会受到主城垣明城墙的阻挡。出现这种局面，一方面是由于江宁城墙长达数十里，郑军难以将其四面包围。另一方面，则是由于郑成功在作战中过于依赖水师和战船，即使上岸扎营也习惯于选择离水较近的区域，便于一旦不测向船上撤退。此外，郑成功在江宁之战中犯了轻敌的兵家大忌，在他看来，孤城指日可下，根本用不着将其围死。而这也为后来清军援兵顺利进城并展开反击埋下了隐患。
坐失良机
郑军进入长江后，连战连捷，进而屯兵江宁城下。在其强大军事实力影响下，六七月间，长江两岸众多地区的汉人士绅百姓纷纷起义响应。
郑成功派张煌言前往各地招抚，先后来归附的有江浦县（今南京市浦口区）、六合县、太平府（今安徽当涂）、芜湖县、当涂县、繁昌县、宁国府（今安徽宣城）、和州（今安徽和县）、含山县、来安县、滁州、池州府、溧阳县、安庆府、徽州府（今安徽歙县）等，共计4座府城、3座州城和24座县城。就连距离遥远的江西九江等地也有原明朝官员组织义军，响应郑成功。
一时间，江宁城几乎成为一座孤城。然而，从7月10日扎营于仪凤门外到7月23日惨败撤军的10多天里，郑成功军并没有对江宁城发动进攻，着实令人匪夷所思。对此，有多种说法，其中“郑成功中计说”流传很广。据有些史料记载，江宁城中的清军提督管效忠向郑成功写信诈降，他在信中说自己早就想弃暗投明，无奈清朝军法规定，将领守城不超过30天，妻儿老小都要被杀，希望郑成功体谅自己的难处，等30天过后，一定开城投降。于是，郑成功便不再攻城，只等30天后对方主动来降。
《台湾外记》，第146页。“大师到此，即当开门延入。奈我朝有例，守城者过三十日，城失则罪不及妻孥。今各官眷口悉在北京，乞藩主宽三十日之限，即当开门迎降。”
实际上，郑成功之所以迟迟未发动攻势，恐怕还另有原因。他对自己的实力过分自信、好大喜功。面对急于攻城的将领，他反复表示:从古到今，攻城战都是吃力不讨好，伤敌一千、自损八百，不如等清军援兵到来，再与他们决战，那时取得大胜，岂不更好？到那时，管效忠等人知道我的厉害，即使不投降也逃走了。况且江宁孤城绝援，不投降还有别的出路吗？我军大炮尚未准备好，答应归降我的马逢知也还没有如约赶来，因此需要再等等。
以当时郑军的实力和气势，笔者的确不能否认，郑军有能力击败清军援兵，同时拿下江宁这座孤城。郑成功提出的围城诱援、一网打尽的策略施之巧妙的话，也能够取得意想不到的效果。但是，由于盲目乐观、懈怠无备，郑成功弄巧成拙了。先前瓜州、镇江两场大胜，加上得知江宁城内兵力空虚，使郑成功产生了严重的盲目乐观情绪，认为江宁已经是自己囊中之物，早打晚打都一样。这种轻敌情绪使得他对战场形势没有清醒的认识，缺乏紧迫感。在江宁之战中，郑成功失败的最大因素即在于举动拖沓，痛失战机，最终导致形势逆转。
此役，郑成功的军事指挥有着两个致命错误。一是没有迅速攻打江宁城，将其一举拿下；二是没有派兵占领江宁周边的所有府县，未能切断清军所有增援的通道。从清朝当时的军事力量来看，短时间内能够到达江宁的清军援兵，只可能来自东面苏州和南面杭州两个方向。从北京、荆州等地出发的清军，由于距离太远，一时难以抵达，不能对战局产生什么影响。郑成功曾截获有关江宁守军向苏州、松江等地求援的情报，对此心知肚明。郑军若要围城诱援或打援，就必须抢先控制江宁东面和南面接近地的通道，以便在有利地形上迎战清军援兵，并阻止江宁守军外逃。但郑军自始至终都只是屯驻在江宁城的北、西两面，江宁并没有被郑军彻底围死，城中与外界的联系始终畅通。郑成功不但没有派兵占领江宁附近的其他属邑，甚至对苏州、杭州等方向连起码的警戒都没有。
后来，从这些方向赶到的清军援兵一路畅通地进入江宁城中，郑军甚至一无所知。
《先王实录校注》，第210页。“自古攻城掠邑，杀伤必多。所以未即攻者，欲待援虏齐集，必卜一战，邀而杀之，管效忠必知我手段，不降亦走矣。况属邑节次归附，孤城绝援，不降何待？
且铳炮未便，又松江马提督合约未至，以故缓。”
郑军在江边屯兵城下，无所事事，战机就这样一点点逝去。到了7月19日，郑成功才下令各部准备火铳等武器，并将火炮从船上抬到岸上，用于近距离支援攻城。次日，又传令22日开始放炮攻城。然而，此刻为时已晚。就在郑军攻城行动展开之前，城中清军抢先发动了先制性的反击。郑成功的麻痹大意和犹疑不决造成战机一次次错失，最终导致兵败。
清军困于危城
顺治年间，驻守江宁的清军既有八旗军，也有绿营军。其中，江宁的八旗军主要来自左翼四旗，即镶黄旗、正白旗、镶白旗、正蓝旗，总数为2000人，基本上全部是满族和蒙古族人。绿营的人数大约在1万左右，全部由汉人组成。
城中的这些军队由满、汉分别指挥。八旗军由昂邦章京（官名，又称“总管”）率领，其下又有梅勒章京、协领、参领、佐领等大小官职。绿营军则由两江总督（辖区相当于今江苏、上海、安徽、江西全部或部分）和汉兵提督负责指挥，其下设有总兵、副将、参将、游击、都司、守备、千总、把总等各级军官。名义上，八旗军与绿营军是两支独立的军事力量，具有平等的地位，但八旗军的昂邦章京在关键时刻拥有最高决策权，可以节制绿营军，是江宁城实际上的统帅。
八旗军将领（画像）
八旗是努尔哈赤创立的一种兵民合一的社会、军事制度。被编入八旗的有满人、蒙古人、汉人、朝鲜人等等，统称“旗人”。旗人平时实行军事化管理，一遇到战事，每个旗人成年男子都必须出征作战。早期的八旗军以满族人为主体，骑兵为主要的作战力量，在野战中具有很大优势。后来，又陆续成立汉军八旗，装备先进的红衣大炮，使八旗军的攻坚能力也大为增强。
当时，江宁城中的清军满汉统帅分别是:昂邦章京喀喀木、两江总督郎廷佐、汉兵提督管效忠。守军除江宁城原有的驻军外，还有临时调来的九江镇官兵、苏松水师和濉溪、安庆、池州、徽州等各营官兵。这些调来的军队都属于绿营军系统，原本就驻守在江宁周边地区，前来增援也十分方便。不过，他们来到江宁后，直接导致其原本驻守的地区防务空虚，各地百姓趁机起义相助，响应郑成功和张煌言，使得江宁城更加孤立。
郑成功还未抵达江宁时，城中清军曾先后派出3批人马前往瓜州和镇江增援，共计八旗军1200人、绿营军8160人。结果，清军在两地先后惨败，这些援兵也损失惨重，只有少部分人逃回江宁。如此一来，江宁城中的清军在第一回合的交锋中，即损兵折将，士气低落，形势相当不妙。
6月18日夜，就在郑成功军队即将抵达江宁之际，一支八旗军从长江上游乘船而来，并迅速进入江宁城中。这支军队由梅勒章京噶褚哈、马尔赛、吐尔玛等人率领，兵力约为1000人，分乘40艘船。他们原本在贵州作战，返回北京路过江宁，正巧遇到战事，便加入防守力量。
当时张煌言率领的郑军先头部队已经出现在江宁城外的江面上，清军企图乘郑军主力未到，抢先出击。但江宁清军水师实在可怜，原本只有40条船，加上噶褚哈等人带来的船，也不过80艘而已，而且都是小船。
清军以八旗军负责此次作战，在每艘沙船上安排15名士兵，每艘箭船上安排10名士兵。7月1日，清军船只经由上新河夹江进入长江主航道，并顺流而下，向张煌言船队发起突袭。张煌言手下还不满10艘船，起初颇为被动，直到增援的船只赶到，才击退清军。这样一次不分胜负的小规模遭遇战，在清军将领口中却被夸张成“缴获船只达二十余条，五十两重镀金王印一颗、锡铸将军印一颗，及大量器械”的胜利。
不久，随着郑军主力抵达江宁，城中的清军兵少将寡，形势越发岌岌可危。
《清初郑成功家族满文档案译编》（2•顺治十六年八月十五日•噶褚哈题为水陆夹击郑军情形事本），第123页。
清廷应对
清军江宁防卫指挥官喀喀木和郎廷佐等人知道，凭自己手下这点人马，根本无法与郑成功硬拼。因此，他们一面龟缩城中，一面派人前往北京、苏州、杭州等地紧急求援。求援信中除强调江宁的危机局面外，在向朝廷的报告中，还用夸张的笔调，将郑成功军的声势描述得十分吓人:敌军共有20余万人，战船上千艘，士兵都是铁衣铁甲，刀枪不入，似乎是无敌舰队。从瓜州、镇江侥幸逃回来的清军败兵都被吓得魂飞魄散，现在没人再敢上阵送死，城池危如累卵。（海师二十余万，战船千余艘，俱全身是铁，箭射不进，刀斩不入。瓜镇二战，败回者魂魄犹惊，策战者鞠缩不前……现在攻围南都（江宁），危如垒卵。）北京的顺治皇帝接连收到瓜州、镇江失守和江宁危急的报告，这位时年22岁的年轻人顿时惊慌失措。瓜州、镇江是当时的南北交通大动脉———京杭大运河的枢纽，丢掉这两地就意味着失去了南方富庶地区对京城的运输供应。一旦江宁再失，东南将不保。接下来，很可能整个长城以南的广大汉族地区都会反清。想到这里，顺治彻底乱了方寸。在他看来，与其将来被这些汉人赶出北京，不如自己主动撤逃，回关外的东北老家去避避风头。可是，顺治刚提出这个回老家的想法，就遭到他的母亲孝庄太后痛骂，说他抛弃基业，愧对列祖列宗。被一顿臭骂给逼急了的顺治皇帝冲动之下，又嚷着叫着要御驾亲征。不过，对于清朝来说，当时的局面还没有恶化到需要皇帝亲自出马的程度。几天之后，冷静下来的顺治终于放弃了撤回老家和亲征东南的念头。
亲征的打算虽被否决，援兵还是得派。7月8日，顺治派出安南将军达素、固山额真索洪、护军统领（官名）赖塔等人率八旗军由北京南下，前往江宁增援。但因路途实在遥远，达素等人到达江宁时，已是一个月后的8月9日。此时，战事已结束多日。
7月15日，顺治又任命江西提督杨捷为随征江南左路总兵官、宁夏总兵刘芳名为随征江南右路总兵官，各率手下人马由江西、宁夏赶赴江宁，两部人马共有6000人。此外，驻守荆州的安南将军明安达礼也接令率军沿长江东下，赶来增援。
《先王实录校注》，第208页。
上述这些从北京、江西、宁夏、荆州派出的援兵，人数虽多，但对江宁城中的清军来说实在是远水难解近渴，等他们赶到，黄花菜早就凉了。
真正能指望的，还是江南和浙江两地的清军，离得近，短时间内就能赶到。不过，这些地方的清朝官员和将领在接到江宁发来的求援警报后，反应不一。驻守松江（今上海松江区）一带的苏松提督马逢知早就与郑成功暗中往来，还曾允诺起兵与郑成功共同进军江宁。江宁被围后，城中清军和郑成功同时派来使者，都希望他出兵支援自己一方。马逢知还没有胆量公开举兵反清，但也不想援助江宁清军。7月6日，他只带着少数人马装模作样地离开驻地吴淞，并于7月9日抵达苏州。此后，他便将带来的这支部队交给两个低级军官———游击徐登第、马之骧率领，让他们去江宁增援，算是向上级交差了，他本人则返回吴淞，继续摆出一副坐山观虎斗的架势。
除了这类按兵不动的人之外，还有一些清军将领畏敌如虎，故意在路上磨磨蹭蹭，拖延时间，甚至还有被吓破胆自杀的。原本驻守淮安的清朝漕运总督（负责管理京杭大运河的航运事务）亢得时也率军南下增援。谁知7月21日，畏敌如虎的他竟在高邮投水自杀身亡。这也可从反面理解“出师未捷身先死”的含义，颇有讽刺意味。
《清世祖实录》（卷127•顺治十六年七月庚辰），第984页。
苦撑待变
在郑成功兵临城下的10多天，江宁城里空气紧张。八旗指挥官喀喀木担心城中的百姓为郑成功充当内应，想要大开杀戒，以绝后患。经两江总督郎廷佐一番劝阻，他才打消了这个疯狂的念头，江宁也避免了“扬州十日”那样的屠城惨剧。
当时江宁城中家家户户紧闭门窗，连鸡鸣狗吠的声音都听不到，一片肃杀死寂。城中粮价飞涨，百姓们又不敢出门买米，甚至有人因此饿死在家中。百姓将家具劈了做柴烧，因而木柴的价格暂时还没有像米价那样飞涨。
江宁清军一边望眼欲穿地期盼各地援兵迅速赶到，一边加强城防建设，对即将到来的恶战做好了充分的准备。首先，郎廷佐下令将城外靠近城墙的房屋烧毁，扫清视野和射界，并把近城10里之内的居民全部迁入城中。其次，郎廷佐等人贴出告示，安定民心，同时强令商家出售粮食，稳定百姓情绪。允许百姓进出水西门和汉西门两座城门，购买粮食、柴草，运入城中。第三，派兵严密查访，杜绝内应，并严惩乘机盗抢作乱之徒。第四，加紧储备粮草，置办武器，搜集整修船只。郎廷佐督促江宁城中大小地方官员储备粮草，并置办火药、炮弹、滚木、藤牌、竹筐等武器和守城器械；四处搜集民船、沙船，并将城内遗留的湖广（今湖北、湖南）兵乘坐过的船只、江西省的运兵船等聚集起来，驻泊于秦淮河内。此外，增修船桨、绳索等物品，招募舵公、水手，为将来的水陆反攻做准备。
不难看出，清军的准备工作相当周密，而且一开始便不是消极防守，而是立足于“防守反击”。郎廷佐令副将冯武卿等人率军屯驻在江宁城西南和城南的石城门（汉西门，今已不存）、三山门（今水西门）、聚宝门（今中华门）之外，摆出一副御敌于城门之外的架势，并随时准备展开进攻队形，主动出击。前文已经提到，郑军只屯驻于江宁的西北面和北面，南面及秦淮河一带并未驻军，这就为清军守军内外联络留下了通道，提供了机会，使清守军进可出击，退可守城，机动余地大得多了，就此也稳定了军心。
不久，苏松总兵梁化凤率清军援兵及时赶到，给江宁战局带来了新的变数。梁化凤部起初一直驻守在崇明岛，郑成功大军绕过崇明进入长江后，梁化凤于6月28日接江宁巡抚蒋国柱命令，增援镇江等地。梁化凤立即率领所属的中、后、奇三营马步兵共3000余人出发，7月15日抵达丹阳。当天夜里，梁化凤4次收到两江总督郎廷佐的告急文书，要求他立刻前往江宁增援。梁化凤见军情紧急，不敢怠慢，连夜出发。第二天夜里，他便率军赶到江宁城东南的正阳门（今光华门）。城东没有郑军驻守，郎廷佐等人喜出望外，打开城门，将梁化凤部迎入城中。
此后几天，还陆续有几批援兵进入江宁城中。计有:游击徐登第率领的马逢知一部300人；金山营（驻守今上海金山区）参将张国俊率领的金山、柘林（属今上海奉贤区）、青村（属今上海奉贤区）、南汇、川沙（属今上海浦东新区）、宝山各营及水师右协马步兵共1000人；水师右营中军署理（即代理）守备事务王大成率领的所属营兵，以及浏河（属今江苏太仓）、福山（属今江苏常熟）两营马步兵共150人。
以上这些援兵总数近5000人，全都属于绿营军系统（相当于今天的省军区部队）。事后证明，正是这些援军成为了江宁之战发生转折的关键因素。
至此，江宁城内的八旗军和绿营军共集结了近2万人。在郑成功毫无察觉的情况下，江宁清军的防守已经得到大大加强，并具备了反击能力。双方力量的天平正在悄然发生改变。
清军反击
7月16日，清军派出少量人马，从城北仪凤门杀出，但很快就被对面郑成功军的前锋镇击败。这次试探性进攻的失败，并没有打消清军将领们的进攻积极性。随着各路援兵陆续入城，实力大为增强的喀喀木、郎廷佐等人开始筹划反攻大计。
要反攻，人已经够了，可武器方面还得费一番周折。从贵州路过江宁去北京而被留下的那批八旗官兵，由于本是打算返回北京休整的，很多士兵没有马匹，甚至没有弓箭、盔甲。对于以骑兵见长的八旗军来说，马匹是最重要的装备。一般情况下，每名士兵都有两三匹马，以便在长途奔袭中换乘。马匹一下子成了头等大事。清军在城中大肆征集官员、百姓们的马骡，还把州县驿站用的马也拨给八旗军使用。不过，这些马匹不仅数量不足，而且拉车驮重的民马也担当不了冲锋陷阵军马的使命。关键时刻，“杂牌军”绿营军又一次做出了牺牲。在喀喀木、郎廷佐的命令下，刚入城不久的梁化凤所部，从自己带来的军马中拿出1000匹调拨给八旗军使用。这样，清军主力令人头疼的战马问题算是解决了。
要反击，还必须选择一个主要突击方向。清军将领们商量一番后决定，以江宁西北方向的仪凤门外的郑成功军大营为攻击目标，另以一部兵力出钟阜门袭击江边郑军后方的船队。仪凤门外驻扎有郑军前锋镇的3座营寨。清军立足于首战必胜，一击制敌，一旦在此地得手，就能乘胜直取郑军后方大营，使对方全线崩溃。这是一个大胆的绝招，也是一个险招，只能成功，不能失败，否则不仅把老本贴上，郑军趁势反击，原本相对稳定的江宁城防将一溃而败。
就在清军在城中厉兵秣马之时，一直在城外按兵不动的郑成功也终于有了攻城的打算。前文已经提到，郑成功于7月19日下令将火炮从船上搬到城边。20日，他又传令各将，定于22日以放炮为号全面攻城。对此，他还对城外的兵力部署做了一番调整。鉴于汉西门外只有右提督马信一支人马，较为单薄，郑成功增派正兵镇将领韩英和左冲镇将领黄安所部前往助战。
江宁城—幕府山攻防示意图
21日，江宁城里的郑军密探给郑成功带来了一个惊人的消息:清军已经兵马齐备，不久就会出城突击郑军。（各处虏马调集齐备，欲来冲杀一阵，以决胜负）这个情报来得太及时太重要了，是老天给了郑成功又一次得胜的机会。郑成功得报后，判断清军可能反击出城的方向有二:一是前锋镇余新所部当面的仪凤门，一是右提督马信所部当面的汉西门。郑成功对清军反击出城的主攻方向判断十分准确，即仪凤门方向。
按说形势发展至此，郑成功已胜券在握了，按理应将计就计，重新筹划，对兵力部署和作战计划作重大调整。可惜的是，郑成功居然重视不够，只将左提督翁天祐部调往仪凤门和汉西门之间，以便随时对两个方向进行增援，其余仍按原部署不变。同时，他还放弃了原先拟定的22日攻城的计划。也就是说，郑军作战企图已由攻转防，但兵力仍按进攻态势部署，未做大的调整。这不仅对防御非常不利，而且对抓住时机防守反击也没有作深入考虑和必要部署。
《先王实录校注》，第213页。
江宁清军将领们经过商议，决定由绿营军作先锋，梁化凤部出仪凤门，管效忠部出钟阜门，两支部队出城后夹击郑军前锋镇余新营寨。郎廷佐亲自向梁化凤等将领面授机宜。梁化凤部为清军出击部队先锋的主力，以中军游击李廷栋、署（代理）后营游击周垣、左营游击徐登第（苏松提督马逢知的部下）率军走南路，以署奇营游击王龙率军走中路，出仪凤门后分两路，直冲郑军营寨。另派少量人马，由游击朱鸿祚、郝进孝等率领，潜出钟阜门（又称小东门），攻击江边郑军船队，策应管效忠部作战。管效忠部与总督郎廷佐属下游击施原的人马一道，出钟阜门，绕至郑军后方，截断其退路，与梁化凤部前后夹击。
今日仪凤门(后建)
仪凤门是明城墙13座城门之一，位于南京城西北角，紧邻长江。如果要从长江方向进攻南京，仪凤门是必争之地。在清代，仪凤门多次经历战火。郑成功与清军曾在此激战。鸦片战争中，英军舰队兵临城下，迫使清政府签订《南京条约》，当时中英双方谈判的地点，就在仪凤门外的静海寺。明清时代的老仪凤门，在上世纪五六十年代已被拆除。今日的仪凤门是2006年在原址上按原貌复建的。
7月23日，清军终于开始筹划多日的反击行动。郑成功军原成进攻部署，还未全部转入防御部署，防护较差。他们在木栅组成的防线内施放火罐、火炮等火器，全力抵抗。清军为进攻集中部署了优势炮兵兵力，以火炮集中轰击郑营，很快压制住对方的火力，郑军火炮大多被击毁。
此前，梁化凤的部下们被迫把战马送给八旗军使用，心中自然不平。
士兵们与盛气凌人的满洲兵住在一起，时常发生口角纠纷，甚至还会动起手来。每次双方闹事后，被鞭打和处罚的都是汉人士兵。梁化凤及其手下一直希望能抢先出战，在战场上展现实力，让喀喀木等满洲将领不再敢轻视自己。因此，此次出击仪凤门，绿营兵作战极其凶狠。梁化凤亲自冒着炮火箭矢，率军冲锋，部下官兵争先恐后爬过栅栏，蜂拥杀入郑军阵地。
郑成功听到炮声，知道清军已大举出动，便命令左提督翁天祐部前往救援。但为时已晚，郑军前锋镇全军覆没，主将余新被清军俘虏，中冲镇副将萧拱柱战死。
