当彭玉麟水师还在江心洲激战之时，曾国荃不顾曾国藩一再令其暂缓进军、避免孤军深入的命令，大胆率湘军主力万余人进抵雨花台南侧，与雨花台的太平军石垒直接对峙。此地距离天京城垣已经不足4里。
自此，曾国荃部开始了直接围攻天京的战斗。
太平天国历史博物馆：《太平天国史料丛编简辑》（6），北京：中华书局，1961年，第229页。
蒲包洲：史无考，应与江心洲相距较近，或者就是江心洲的末端延伸。
曾国荃部3月下旬从安庆出发，仅2个月就兵临天京城下，似乎所向无敌，进军速度之快令人惊奇。当然，曾国荃锐意冒进，孤军深入，以致于后来太平军李秀成、李世贤部来战，湘军主力被前后夹击，差点全军覆没。其时，太平军各路援军驰援天京，已胁迫到曾国荃部，曾国荃却死活不挪其位，铁心要夺攻克天京的首功。因此，他也落得一个“曾九呆子”的诨名。曾国藩对他“呆占”天京城极不赞成，一再批评：“此等最险之着只可一试再试，岂可屡屡试之，以为兵家要诀乎？行兵最贵机局生活；弟在吉安、安庆，机局已不甚活，至金陵，则更呆矣。”他还不停点拨这个九弟：“凡行军最忌有赫赫之名，为天下所指目，为贼匪所必争……愿弟早定大计，趁势图之。莫为浮言所惑，谓金陵指日可下；株守不动，贪赫赫之名，而昧于死活之势。如弟之志必欲围攻金陵，亦不妨动一番，且去破东坝，剿溧阳，取宜兴，占住太湖西岸。然后折回，再围金陵。亦不过数月间事，未为晚也。”
但是，曾国荃对哥哥的批评并不在意，而是一反曾国藩的稳慎特点，依然我行我素、大胆行动。也正是由于曾国藩和曾国荃之间这种稳与进的调合，湘军东征才既能按计划稳扎稳打，又能把握战机突发奇兵，以致于一时间所向披靡，威逼天京。
太平军一盘散沙
自二破江南江北大营之后，天京周边安全形势反而一直下滑。1862年1月底，清江南提督李世忠部一举攻克江北天长、六合，2月初又乘势进陷江浦、浦口两城，再次直接威胁天京北部安全，牵制了天京太平军对于其他各战役方向的增援。而当时，曾国藩正在安庆筹划天京作战计划，尚未东征。待到3月下旬，曾国荃等率部东征后，天京城内太平军领导层对天京上游的清军各部动向也一直未有警觉。湘军遂一路高歌猛进，兵锋直指天京城下。
湘军兵临城下之时，太平天国的内政一片混乱，领导集团内部派系斗争剧烈。洪秀全深居简出，不理政事。洪仁玕因安庆失守和处理外事不当遭到革爵，丧失了总理朝政的权力。天国朝政实际上由天王的哥哥洪仁达负责。
《致沅弟》（同治元年九月二十一日），见《曾国藩全集•家书》（2），第877页。
《致沅弟》（同治元年十月初三日），见《曾国藩全集•家书》（2），第883页。
忠王李秀成势力强大，号称拥有百万大军，与其弟侍王李世贤互相配合，全力经营苏、浙，基本控扼了天京下游的江浙一带。李秀成很是瞧不起昏庸无能却把持朝政的洪仁发、洪仁达兄弟二人。他为警醒天王，屡次奏请改革朝政。李、洪双方相互猜忌，矛盾逐渐激化。李秀成后来自述道：“天王见我兵多将众，忌我私心，内有佞臣之弄，封陈坤书为王，分制我势。”陈坤书原为忠王李秀成的部将，但骁勇骄悍，不守法度，后与忠王决裂。他以常州为据点，与李氏兄弟一直明争暗斗。为制衡忠王李秀成，洪秀全封陈坤书为护王。李秀成满怀怨愤，只得专心经营自己的苏福省，对天京局势不闻不问。
英王陈玉成在庐州（今安徽合肥）被困后，兵力本已孤单，后又派遣扶王陈得才部远征中原，兵力更加分散。长江上游沿岸布防的各据点部队原属陈玉成辖下，但陈玉成困扼庐州，处境艰难。沿江太平军各据点处于群龙无首的状态，无法相互配合并连成一气。
顾王吴如孝部驻守江北天京上游的巢县、含山、和州一带，沿江西向长江上游警戒，防卫范围太大，兵力显得十分空虚。辅王杨辅清部在皖南宁国与清军鲍超部一直对峙，无法抽身回援天京。
显然，天京高层思想不统一，太平军缺乏统一的组织指挥和有效的制敌对策。不仅太平军兵力分散，而且各高级将领的地方主义和分散主义恶性膨胀，军威不振、士气不佳。这与湘军刚好形成鲜明对比。
面对急剧恶化的局势，太平天国领导层缺乏清醒的认识和应对的魄力，在战略高度上也拿不出有力的对策。面临湘军凌厉的东侵攻势，天京最高层并未认真筹划天京上游江东沿线敌主要进攻方向的防御，而是将战略防御重点放在江北战场。原因有：一是江北重镇天长、六合、江浦、浦口新近陷落敌手，天京江北门户丧失，直接威胁天京安全；二是陈玉成部困守在庐州，天国高层计划通过收复江北诸门户，肃清瓜洲、扬州的江北之敌，进而派兵北援庐州，解救陈玉成部。但从天京防御的战略全局看，这只是一个次要防御方向，起码还有一条长江天堑挡在清军南进天京的方向上。清军在江北的辅助进攻引发了太平军主要防御行动，清军在江南的主力还未大动，太平军就已经棋输一着。
《李秀成自述》，转引自罗尔纲《太平天国史》（3），北京：中华书局，1991年，第19页。
1862年3月27日，护王陈坤书等四王率各部从天京下关渡江北上，进攻浦口，击败江南提督李世忠部总兵李显爵，占领浦口江岸营盘3座，但对浦口攻城失利。30日，护王陈坤书发兵围攻六合，遭李显爵率部抗击。太平军构筑营盘，势以久困六合。31日，护王又率军自六合出发，兵锋直指扬州府，4月9日兵临扬州城下。太平军这一系列作战行动，引起江北清军将领恐慌。
陈坤书（塑像）
广西桂平人。因眼有斜疾，人称“陈斜眼”。一直跟随李秀成转战，曾于1858年在安徽三河镇一战中全歼湘军悍将李续宾部，1858年又参与二破江南大营。清廷称其为“江、浙之巨魁”，悬赏捉拿，生擒赏5万两，得首级赏2万两。1863年，太平天国势危，他两次拒绝李秀成要其救援苏州的命令，已藏降志。但随后得知李鸿章在苏州杀降，才决定死守常州。随后给予“常胜军”和淮军以重创，但常州最终城陷。他被俘后，凌迟处死。
江宁将军都兴阿率军多次迎战护王陈坤书部。4月29日，太平军力渐不支，撤扬州围返六合，被都兴阿派兵一路追击。5月7日，太平军退至仪征以西。在江浦一带，太平军一直未能攻下浦口与六合。5月12日，都兴阿率军进一步反扑，围追堵截。太平军无法再立足江北，撤回南岸，损失无数。
太平军护王陈坤书部这次渡江北进，四处扩展，给江北清军以极大军事压力。但太平军流动作战，攻城连连失利，没有建立稳固的立足点，北进的军事行动终归失败，并没有能够缓解天京上游的紧张战局。
太平军渡江北进，连续形成两个多月的军事攻势，但再次归于沉寂，江北门户和江北防区重新陷落。天京上游清军的主要进攻，因并未受到太平军高层的足够重视，所以轻而易举连续夺取多处关隘，进围天京。
曾国荃初围天京示意图
破围天京
1862年5月底，湘军水陆各师抵达天京城外，曾国荃以陆师18营共9000人的兵力，驻扎在天京南侧雨花台；彭玉麟统帅水师18营共9000人助战，其中8营深入秦淮河口，紧贴城西城南，卫护粮道，保证水路交通接济；曾贞干以10营5000人驻守三汊河、江东桥一带，傍水筑垒，与清军水师协调，以保西路之粮道。曾国藩原计划中，只有鲍超部被辅王杨辅清阻隔在皖南宁国一带，尚未到达。但鲍超部本为偏师，不影响大局。
至此，天京被清军密密匝匝围了个严实，最近之处已直抵城垣。
面对天京被围的危局，洪秀全一面诏令天京守军乘敌立足未稳，主动出击，试图直接解围；一面诏令李秀成等部立即回援天京。
战术反击失利
天京城东北侧。6月16日，护王陈坤书奉诏从天京城内率兵万余夜袭城东北的石埠桥湘军营盘，激战数日不克。19日，陈坤书乘大雾弥漫之际，另派一支部队奔袭东阳（今南京栖霞区东阳村）、龙潭营盘。同时，他还从常州调集大股兵力，自句容向西奔袭东阳。由于兵多势众，东西两面夹击，太平军终于夺回龙潭、东阳石垒。
王宗：指太平天国各王的亲戚，宗是太平军非正式官职的一种。李明成是李秀成弟。
但是，石埠桥战局仍然没有进展。石埠桥位于长江岸边，是苏常太平军救援天京的重要通道，也是天京江北门户九洑洲的后援通道。太平军一直锐意夺回石埠桥以打通天京东北面水陆交通，屏固天京。而清军也以石埠桥为镇、扬、皖三军进兵天京要道，派驻重兵把守。双方在此展开了持久而剧烈的激战。
石埠桥：今位于南京市栖霞区，自古以来是长江重要渡口。该渡口位于栖霞山西北麓，与六合区龙袍镇隔江相望。因其特殊的地理位置，向为兵家必争之地。
清军(湘军)围攻天京示意图
天京城南侧。7月2日，李秀成派出由“王宗”李明成等太平军各部组成救援天京的先头部队到达天京城南，直扑湘军营盘。7月12日，对王洪春元会合援军、协同天京城内守军，集合起4万强大兵力，再次猛扑湘军雨花台营盘，仍未果。7月20日，辅王杨辅清、干王洪仁玕率领2万部众，在江宁雄黄镇集结，并与城中太平军约定南北两面夹击，偷袭雨花台，又未果。城南反攻陷入僵局。
天京城长江北侧。清军江南提督李世忠部疏浚了九洑洲太平军营垒北侧淤塞的旧河道，并依河筑营将九洑洲长围逼困。7月10日，九洑洲太平军突袭敌营，发起破围反击战。不料湘军有备，破围无果。清军后来多次引诱太平军出垒决战，但守军坚守不出，双方形成僵持之势。
九洑洲太平军孤军奋战，依靠江险独挡一面，守护了天京的江北门户，在一段时间内保证了天京北面局势没有继续恶化。
1862年夏，湘军和太平军在天京外围展开了激烈的攻防作战。湘军遭受太平军环逼围攻，自知战役态势十分不利，于是构筑高墙深沟，坚守营盘，确保在天京城下的立足之地。结果，太平军虽以优势兵力数度进攻，但均以失败告终。由于太平军依托城垣的战术反击均告失利，双方在天京城下一时僵持不下，宣告了洪秀全灭敌于立足未稳的战略企图未能实现。
战役反攻受挫
1862年6月22日，忠王李秀成在苏州召开会议，与各路将领共商援天京之计。由于湘军势头甚锐，李秀成决定避其锋芒、击其惰归，暂时从苏州调运大量军火粮食和部分军队支援天京；两年之后，等到湘军精疲力竭、惰性已生，再与其决战，一举解围。洪秀全哪能等这么久，诏令一日三责，使李秀成不得不放弃苏沪战场，转战天京。
天京守军在周边的破围战失败之后，不再有大的作为，闭城专等李秀成、李世贤兄弟二人援军到来。曾国荃也乘机加紧增垒挖壕，在短时间内把野战阵地加强为坚固阵地，作好依托阵地苦战的准备。由于天京城大防坚，曾国荃急于争功，早早驻扎在雨花台，虽对天京有重大威胁，却又无力攻城，成为一支“呆兵”。曾国藩深以为虑，湘军已经无兵可调。
这时，如果太平军回援，孤军深入的曾国荃部很可能面临被困的死局。
曾国藩多次想让曾国荃部撤出，但呆弟一意孤行。曾国藩只好一方面调拨军火粮饷，源源不断供应曾国荃部，一方面要求曾国荃部加固防御工事，挖筑深沟高垒，处处皆系两层，前层拒“城贼”，后层防“援贼”，充分做好两面临敌的准备。
谁也没有料到的是，在1862年的9月，江南发生大疫，湘军各部疾疫流行。曾国藩在奏稿中说：“尸骸狼藉，无人收埋，病者无人侍药，甚至一棚之内无人炊囊，其军中著名猛将如黄庆、伍华瀚等先后物故，鲍超亦染病甚重。”其中，鲍超的霆军病者就达6670人，死者数千，鲍超本人也一直卧床休养。这场大疫迟滞了曾国藩合围天京的计划。曾国藩寄予厚望的鲍超生力军，根本就无法赴援天京与曾国荃军会师。曾国藩叹道：“噩耗频来，心胆俱碎。”孤驻天京城下的曾国荃一军同样难逃劫运，“自夏秋后疾疫流染，每营无病者不过一二成队，难以制贼。”对此，远在安庆的曾国藩忧心忡忡，奏称：“深恐病者太多，战守皆无把握，数年来千辛万苦，战争之地由尺寸而广至数百里，倘有疏虞，何堪设想（”因笔者手头资料缺乏，无法得知太平军中疫病流行的细节。但毫无疑问，传染病对太平军影响也很大。李鸿章在给曾国藩的信中写道：“忠逆（李秀成）闻金陵紧急，又已西去。……苏贼军士疫死者甚多，暂难进攻。”
9月14日，忠王李秀成经过多方努力，终于开始了解围天京的大规模战略性战役行动。李秀成调集了14个王共计60万（实约30万）大军，从各个方向奔赴天京。李秀成亲自率领主力进攻雨花台曾国荃军。辅王杨辅清部和护王陈坤书部作为侧翼力量，分别进攻皖南宁国和长江南岸的金柱关，牵制并阻击进援天京外围之清军，力图恢复天京后方基地。
李秀成亲率太平军主力从苏州出发，穿过溧阳、东坝，列营于雨花台南侧的方山、板桥一带。东自方山，西至板桥，太平军旗帜如林，层层排列，弧形环绕雨花台湘军营垒，“自前至后，处处皆扎营。”10月13日，太平军发起猛烈攻势，一部由秣陵关攻向雨花台，一部由板桥、善桥攻向天京西南清军军营。太平天国战史上一场空前规模的坚固阵地攻坚战正式打响。
《曾文正公全集•奏稿》（卷16），第80页。
《李鸿章奏》，载《钦定剿平粤匪方略》（卷323），扬州：广陵古籍刻印社，1985年，第10页。
《曾文正公全集•奏稿》（卷16），第80页。
吴汝纶：《李文忠公朋僚函稿》，第287页。
《曾国荃致曾国藩》，转引自湘乡县文献委员会《湘乡文献》，1947年，第4828页。
由于其他清军或者远在川陕剿除太平军的扶王陈得才部与捻军的张乐行部，或者在沪浙战场与李氏兄弟激战，均一时无法向天京赴援。
缺乏援军的曾国荃按照曾国藩“缩营自保”的作战思想，凭借深沟高垒和层层叠叠的防御工事，坚守顽抗，力求自保。曾国荃分所部为3支，以2支在前沿与太平军直接交锋，亲率另1支作为预备队，并且赶筑小垒无数，全力保护水陆粮道，稳固后路。
太平军以为湘军势穷力孤，不足为抗，因此，一到天京战场便发起全面攻势，硬拼硬打，急欲正面攻克湘军阵地，却连续两日激战不克。10月15日，李秀成决定分东、西两路进攻，派出强有力一部绕过雨花台西，直趋江心洲，包抄湘军后路。曾国荃、曾贞干率部分头抵御，阻挡太平军攻势，乘夜在有利地形上抢筑10多座营垒，派兵扼守，与太平军对峙于江心洲，以保粮道畅通。
10月18日，太平军围攻曾国荃部6昼夜后，攻势有所减弱。曾国荃下令阵前反击，突破太平军4座营垒。忠王李秀成也感到由于战线拉得太长，无法获得显著效果，于是又收回兵力，专攻东路。湘军挡住了太平军最初全面进攻的猛烈攻势，战局趋于相对稳定，战役转入第二阶段。
东路方山一带是曾国荃的中军所在，也是太平军的主攻方向。18日起，太平军进逼湘军营垒，洋枪洋炮不绝如缕；同时采取挖掘地道、填埋炸药的方法破坏湘军营垒。太平军集中兵力、火力，给湘军造成极大威胁。湘军拼死抵御，曾国荃亲临战场，被飞来的枪弹击伤面颊，副将倪桂阵亡。
10月23日，侍王李世贤从浙江又率三四万人来援，太平军士气大振，加强东路攻势，遂与湘军形成第一次决战高潮。湘军西路主将曾贞干也在加强江东桥、三汊河、大胜关诸营防守，确保不被攻破后，亲率强有力一部赶往东部助战曾国荃部。
由于忠王李秀成部一直在苏沪战场上与洋人交战，自购和缴获了不少洋枪洋炮，装备十分优良。曾国荃非常吃惊，大呼：“贼之火器精利于我者，百倍之多，又无日不以开花大炮子打垒内，洋枪多至二万杆。”太平军在兵力和装备上都优于湘军，湘军方山阵地岌岌可危。10月25日，曾国荃向曾国藩汇报道：“此间军事，日见日紧，路路逼近……无如前者打死，后者继进，恃其洋枪洋炮之多且利，负隅之势，更番而来，我军已经劳且惫矣。”湘军眼看有些支持不住。尽管如此，湘军仍振奋精神，抵挡住了太平军的强大攻势。太平军只得暂时停止大规模进攻，以图整军后再战。
曾国荃：《致郭昆涛书•八贤手札》，国学整理社，1936年，第248~249页。
《曾国荃致曾国藩》，见《湘乡文献》，第4829~4830页。
11月3日，李秀成、李世贤转移主攻方向，再次以全军之力猛攻雨花台南面的曾国荃指挥部大营。湘军早有准备，因为这也是湘军的主要防御方向，地形有利、阵地完备。湘军官兵守在壕内，一旦炮火停下就冲出营垒，拼命堵截。11月26日，由于曾国荃军抵抗十分顽强，“亦因八月而来，各未带冬衣，九、十月正逢天冷，兵又无粮”，李秀成军三鼓而竭，不得不下令撤围。
笔者认为太平军战略性进攻受挫的主要原因，一是主攻方向不确定。先是主攻江心洲，受挫后又转攻方山，方山攻不下又转向中路攻雨花台。在大的战略性战役进攻中，主攻方向一旦确定，如果战局没有重大变化，则不宜改变主攻方向。在雨花台之战中，湘军早有准备，野战阵地早变成坚固阵地，一时难以攻下是意料之中的事。二是各路呼应配合不够。在主攻一点时，其余各点也要辅助进攻，给当面之敌以巨大压力，不使互相救援，怎么能让西路湘军曾贞干部驰援东路呢？三是太平军战前轻敌。湘军是深壁坚垒，以逸待劳。太平军经十余日行军后，未及休整即发动猛攻，数日不克，影响了士气，将帅产生了急躁情绪，影响了对战局的判断。四是天京城内太平军没有及时出城反击，对湘军形成夹击之势，使之首尾不能相顾。
历时45天的雨花台之战带有决战性质，太平军主力面对湘军主力，发动两次进攻高潮，打死打伤湘军5000余人，曾国荃也身受枪伤，这在太平天国战争中实属罕见。忠王李秀成大军虽然没能打破湘军雨花台营垒，未达到预期作战目的，但予其打击仍十分沉重。湘军也暂时失去了进攻天京城的能力。太平军在兵力及装备均占优势的有利条件下，围攻45日不能取胜，无法突破湘军营垒，使曾国荃及其湘军避免了覆灭的命运，而太平军则丧失了最后的转机，形势急转直下。
《李秀成自述》，见于《太平天国文书汇编》，北京：中华书局，1979年，第526页。
战略图谋落空
天京破围战失败，天王洪秀全十分恼怒，严诏忠王李秀成进京，革除忠王爵位。然后令李秀成率领大军渡江北进，实行“进北攻南”的新战略，沿袭已经成功实施多次的“围魏救赵”之法，希望能够再次解救京围。
“进北攻南”的战略目的主要有以下几个：其一，李秀成率军北征，迫使城南雨花台的湘军回救北岸，以解除天京之围；其二，收复江淮之间和皖北根据地，恢复天京江淮粮道，解除日渐显露的天京粮荒；其三，联系在豫皖地区的扶王陈得才部和捻军张乐行部，重振皖北起义军力量，恢复天京上游战区，在战略层面上减轻天京的压力。
应该说，“进北攻南”的新战略有其合理和可行之处。当时湘军几乎把全部兵力集中在天京战场的第一线，兵力厚集，一时难以打破，而其西部战区兵力空虚，防守相对薄弱。曾国藩十分担心：“金陵至徽州、祁门几百余里，地段太长，贼股太众，加以皖北十余城毫无准备，臣反复筹思，实恐溃败决裂，尽隳前功。”
如果太平军能够抓住战机，积极向皖北运动，联合西北扶王陈得才部的20余万大军，再与捻军合作，将战火引向中原腹地，向北逼近京畿地区，向南威逼两湖地区，将在战略上形成有利态势。曾国藩一定会分兵救援，这样天京将压力大减，太平军也打开了新的战略局面。平心而论，洪秀全的这一考虑，是从战略层面上筹划太平天国的保存和发展，而且有一定的可行性，比李秀成在天京的战役层面上揪着湘军主力曾国荃部死缠滥打高明不少。
但李秀成对洪秀全缺乏信任，认为此计一定是天王周围的佞臣所出，目的就是“忌我之势，密中暗折我兵”。危急中将帅不同心，致使任何妙计都难于实施。李秀成的消极态度使湘军再次赢得战机，而太平军则再次错失良机。12月1日，李秀成派部将章王林绍璋等作为先头部队自天京下关渡江北上。李秀成自己却没有随军北上，而是在1863年1月11日离开天京，匆匆返回苏州根据地处理政局。当时，苏州的局面也已经相当复杂了。苏州守将正策划投降事宜，城内危机四伏，不时有人投降淮军，甚至有人想刺杀李秀成。李秀成要讨伐叛军而滞留苏州，此时西线战场又频频告急，他分身乏术，又不得不西返天京。这样来回折腾到2月27日，李秀成才亲率号称50万（实20余万）的大军自天京下关、中关渡江开始北上。从决策“进北攻南”到太平军主力北上，3个月过去了，战机已失。
《曾文正公全集•奏稿》（卷17），第70页。
罗尔纲：《李秀成自述原稿注》，北京：中华书局，1982年，第296页。
在这3个月之内，曾国藩基本摸清了太平军北上的战略意图，并从各地调集援军布局皖北，待李秀成大军北上时，基本已部署完毕，给太平军北进造成很大困难。长江下游江北战区的都兴阿也加紧在淮（安）扬（州）地区调兵遣将，在太平军北进方向的东侧严阵以待，随时准备侧击北进的太平军。清军的江北、皖北等地的防线纵深很大，要点坚固，兵力厚集，太平军要想突破曾国藩部署的战役战略防线，进入中原，再迂回两湖地区，已经十分困难了。战略机遇稍纵即逝，北伐太平军将陷重重围堵之中。
江北浦口附近的九洑洲是天京的北上门户，太平军渡江北进自然要选择此地为突破口。早在1862年12月1日，李秀成就遣章王林绍璋先头部队自天京下关强渡至九洑洲，直扑清军营垒。清军江南提督李世忠亲临前线对阵。12月8日，章王林绍璋、对王洪春元兵分两路，进攻浦口。李世忠出营督阵，拼死相抵。12日，太平军又进攻长江南岸石埠桥敌营，昼夜不息。15日，太平军大队人马渡过江浦，陆续北上。湘军出队阻击，但也无法阻止太平军主力北进的步伐。
1863年2月27日，李秀成率领大军北上后，护王陈坤书、爱王黄崇发等部在江北和州（今安徽和县）、两浦一带牵制李世忠敌军，掩护忠王主力迅速北进。3月7日，护王陈坤书带领2万余众也北上西进至安徽含山、和州。顾王吴如孝、爱王黄崇发部则进攻江浦、浦口李世忠营盘。
22日，攻克浦口；4月3日，攻克江浦。太平军攻克浦口和江浦，再次掌握了天京北面门户，打通了与江淮、皖北间的重要通道，使得皖北江淮战场和天京战场连成一气。
按预定作战计划，李秀成率部转战皖北的战略目的是占据皖鄂要冲，与扶王陈得才部会师，在长江中游荆楚地区牵制下游湘军，以解天京之围。不料，由于受到连年兵灾，安徽各地民生艰难、粮食缺乏，其时又是青黄不接之时，太平军就地取食难以维持，被迫放弃原定作战计划。
湘军一路围追堵截，步步紧逼。再加上捻军张乐行部已被清军击败，军威不振。扶王陈得才部亦立足不住，退回陕西。北进与陈得才部、张乐行部会师的第一个战略步骤基本无法实现，使太平军西进皖鄂、接通中原、回马荆楚的战略意图陷入绝境。
北部没有了后顾之忧，清军又把注意力集中到南面来。6月13日，曾国荃军在雨花台发动攻势，专攻雨花台太平军石城营垒。雨花台石城营垒及聚宝门（今中华门）外东卡、西卡和南卡九石垒全被攻破。天京局势危急，洪秀全急令各军回援天京。
从2月底至6月初，太平军北进历时3个多月，艰苦转战江淮、皖北，缺粮少衣，死者众多。北进的数十万大军，后来回京“自九洑洲过江，仅存四五万人”。李秀成大军几至全军覆没。李秀成后来在自述中写道：“此举前后失去战士十数万人，因我一人之失锐，而国之危也。”
《忠王李秀成自传原稿笺证》，第164页。
天国的终结者
合围天京
1863年6月，就在天王诏令李秀成回师渡江之时，湘军紧缩了江北包围圈，企图将江北太平军压在江边进行决战。湘军率先攻克江浦、浦口，再攻九洑洲。
九洑洲当时是天京北侧紧靠北岸的江中岛屿（现已与北岸相连），既是控制长江天京上下游水上交通的锁钥，又是天京北方门户，是天京与北方战区的陆上战略通道。九洑洲经双方多次易手，加固工事，已成为一座坚固的营垒。湘军要对天京进行合围，必须要攻占九洑洲太平军营垒。
曾国荃实地侦察九洑洲后，见九洑洲与南岸下关、草鞋峡等处互为犄角，炮火可以相互支援。他决定先取长江南岸下关、草鞋峡和燕子矶等各要点，切断其对九洑洲的炮火支援，使九洑洲失去依托后再攻。
李秀成北进大军南渡回师时，正值初夏，长江发大水。太平军南渡困难重重，死伤惨重，溺死者数以万计，未来得及过江的太平军只得栖身九洑洲。九洑洲被江水淹没，一片汪洋。太平军即使有米也无柴，饥饿难耐。湘军水陆协同，轮番攻击，于6月30日对九洑洲发起总攻。湘军水师“苦攻六昼夜，阵亡营官三员，哨官若干员，伤亡舟勇至二千余人之多”，终于攻取九洑洲。太平军在九洑洲及江上损失3万余人，北进大军已成溃亡之师，忠王李秀成的主力部队基本损失殆尽。
九洑洲一战既是天京破围战的最后绝响，也是湘军直接围攻天京的开端。至此，长江北岸太平军各要点完全为清军占领，长江南北通道和上下游江面完全被湘军控制，天京的水上粮道完全被截断，城内粮食危机越来越严重。曾国藩大喜：“今大小河道皆为官兵所有，谷米日用之需，丝毫皆须肩挑入城，故贼中大以为不便。”曾国藩判断形势，战场主动权已向清军倾斜，确信围攻天京的战机已经成熟。
此时，太平军在天京周边战役战术要点七里洲、中关、下关、紫金山、秣陵关、江东桥、上方桥等处都已构筑营垒。这些地方一般据险关要隘，筑垒如城，易守难攻。
当时曾国荃军西起江东桥，东至印子山（今方山），分布二三十里，兵力分散、力量薄弱。力主稳慎的主帅曾国藩一方面让曾国荃派人回湖南增募家乡新兵，一方面重新调整天京围城部署，突出重点。令萧（庆衍）扎“二浦”，以防李秀成部重新盘踞；令刘（连捷）扎九洑洲、中关、下关、草鞋峡长江两岸，会同水师日夜稽查，断“贼”接济；令鲍（超）扎城东孝陵卫一带，构成合围之势。
7月6日，鲍超遵令率8000人渡江而来，驻扎在幕府山，兵锋直逼孝陵卫。湘军包围天京的兵力已经达到4~5万人，攻城力量骤增，兵力调整也基本到位。
在这形势万分危急的时刻，天京城内依然无法凝聚一心以抗强敌。
6月28日，李秀成还离开天京赶往苏州。因为此时淮军已直接威胁苏州城。6月30日，九洑洲失陷，形势更加危急。洪秀全催逼李秀成返京。
李秀成不得不再度折回，苏州战事也未及部署处理。如此这般东西奔波，忠王李秀成劳累不堪，也难以集中全部精力应付危局。
《彭刚直公奏稿》（卷1•清光绪十七年），第53页。
《曾文正公全集•书札》（卷21），第14页。
《曾国藩全集•家书》（二），第991页。
7月16日，曾国荃率军开始进攻天京城东南的印子山。太平军英勇抵抗，坚守了一个多月。8月19日夜，湘军在三更时趁着夜幕进攻山顶石垒，凌晨时攻下山顶。22日，李秀成率领洋枪队万余人再次反攻印子山。曾国荃设下埋伏、佯装后撤、诱敌深入，将太平军截为两段。太平军殊死反击，双方展开激烈的肉搏战，最后太平军失利而退。湘军又趁势前出占领了七桥瓮，离通济门的城垣不足3里。
8月6日，李秀成组织天京守军再次出城反击，一路出仪凤门反击鲍超营垒，一路出太平门反击刘连捷营垒，但两路反击行动均以失败告终。
14日，李秀成再次组织太平军反击城北清军，以西瓜炸炮猛攻下关刘连捷营垒，又败。太平军的反击行动屡屡受挫，城内人心惶惶。
此时，苏州战场也频频告急。李秀成对自己的根据地忧心忡忡，要求回苏。鉴于湘军围城攻势日紧，洪秀全坚决不准离京。李秀成再三恳请之后，洪秀全要他“助饷十万”，方准东去。李秀成马上变卖天京城内自己的各项财产，凑齐了10万保证金，换得了40日“假期”。李秀成在40日之内必须回头，否则“依国法而行”。李秀成回苏之后，天京政局更为混乱，城内人心动摇。
湘军步步紧逼，逐渐缩小合围天京的包围圈，有些部队已进至城垣之下。9月2日，曾国荃命令萧庆衍部进攻天京城东南的上方桥。太平军全力抵抗，激战至12日，上方桥失守。太平军的小河运粮之路也随之而断。9月23日，曾国荃又令湘军道员陈湜部进攻天京城西南的江东桥，围攻数月之后得手。
太平军外围要点江东桥、上方桥接连失守后，赶忙加强天京城东和城南防御，坚守近郊的最后一道营垒，主要有中和桥、双桥门、七瓮桥、方山、土山、上方门、高桥门、秣陵关、博望镇等战术据点。
10月31日，湘军总兵朱南桂等部偷袭博望镇成功。11月1日，曾国荃以东路为主要进攻方向，令提督萧庆衍所部从秦淮河上、中游东渡过河，大举进攻城东、南各要隘。守垒太平军汇合城中援军予以坚决反击。
萧庆衍部一面抢筑营寨，稳住阵脚，一面挥军环进，化解了太平军的攻势，终于过河筑成东岸营垒。待到各部陆续渡河后，萧庆衍率部直取中路，攻克城东南上方门、高桥门、双桥门太平军营垒。湘军在七桥瓮遭到太平军顽强抗击，后于11月5日夜纵火偷袭成功，终于夺占七桥瓮营垒。
博望镇和七桥瓮失守后，留在湘军阵形之后的秣陵关、中和桥等太平军外围要点都成为孤立之点。湘军乘胜围逼，11月6日，秣陵关守军弃关而逃，中和桥也轻易被克。至此，湘军完全攻占天京城东南紫金山至七桥瓮近城地带，下一步就要攻城了。
为保护天京城东最后之防御要点孝陵卫，太平军紧急调兵、主动出击，由护王陈坤书等率城内守军从朝阳门（今中山门）、太平门杀出，在紫金山南、东、北三面与湘军展开激战，终因不敌，退回城内。
11月25日，曾国荃部进扎城东孝陵卫。这时，湘军已攻破天京城外的几乎所有要点，攻至天京城垣，使天京外援断绝。太平军据守的城外要点仅有位于紫金山顶的天堡城、山西侧的地堡城、城北的神策门、与紫金山地堡城互为犄角的太平门。李秀成向洪秀全建议，天京城内无粮草，外无援军，被湘军围困重重，不如放弃天京，“让城别走”。此议遭到洪秀全严厉斥责：“朕承上帝圣旨、‘天兄’耶稣圣旨下凡，做天下万国独一真主，何惧之有？不用尔奏，政事不用尔理。尔欲外去，欲在京，任由于尔。朕铁桶江山，尔不扶，有人扶（尔说无兵，朕之天兵多过于水，何惧曾妖者乎（”洪秀全完全丧失了理性，沉浸在“天国”之中不能自拔，太平天国的最后一线希望也灭绝了。
城破之日
1863年12月，苏州、无锡等城相继失守，苏南大半沦陷。天京失去东南屏藩，完全处于孤立无援的危境。1864年2月28日，湘军攻占了紫金山的天堡城。3月2日，曾国荃部进至太平门、神策门外扎营，完成对天京的最后合围。
天京城内粮食危机越演越烈，洪秀全只得号召军民以“甘露”为食。
5月30日，52岁的洪秀全因病撒手西去，据说是因为食用“甘露”慢性中毒而死。临终之时，洪秀全说：“大众安心，朕即上天堂，向天父天兄领到天兵，保固天京”，死前还说昏话。洪秀全死后，16岁的儿子洪天贵福继位，一切军政事务统归李秀成执掌。军政大权终于统一，但为时已晚，一切已经无可挽回。
《李秀成自述》，见《太平天国文书汇编》，第258页。
“甘露”：该词可能来自《圣经》，就是各种野草做成的团子。
郭廷以：《太平天国史事日志》（下），上海：上海书店（影印版），1986年，第1027页。
晚清时的天京城局部(从北向南看)
7月3日，湘军攻占天京城外最后一个制高点地堡城（龙脖子之上）。
自此，明城墙外没有了太平军的任何据点，从地堡城上能够居高临下，近距离监视城内动静。湘军在地堡城沿山麓修筑炮台数十座，对城内日夜轰击。同时，在地堡城山麓与明城墙间龙脖子处大量填塞芦苇和泥土，使之与城墙一样高，为攻城铺平道路。半个月后，湘军完成了攻城准备。
7月18日深夜，李秀成见湘军攻城在即，选派1000余人伪装湘军，从太平门冲出城去，想破坏附近清军开挖的填充炸药的地道，不料被湘军识破，只得退回城内。7月19日晨，湘军担任主攻任务的部队齐集太平门外。只听“轰”的一声，地动山摇，湘军用地道中的炸药炸开了太平门附近的一段城墙，而后蜂拥而入。城内守军与入城湘军展开巷战，大部战死，一部自焚。章王林绍璋投河自尽，顾王吴汝孝上吊自杀。
李秀成回到天王府（位于今总统府），带上幼天王从旱西门（今汉西门）突围，为湘军陈湜部所阻，只得转上清凉山。入夜后，折回太平门，伪装成湘军从城墙缺口处冲了出去，向孝陵卫方向突围，混乱中与幼天王失散。7月22日，李秀成在方山附近被俘。8月7日，他写完供词后，被曾国藩杀害。
太平天国历史博物馆(瞻园)
天京城陷后，湘军大开杀戒，大肆抢劫。“其老弱本地人民，不能挑担，又无窖可控者，尽遭杀死。”甚至老人和小孩也不放过：“沿街死尸十九皆老者，其幼孩未满二三岁者亦斫戮以为戏，匍匐道上。”而且，湘军抢劫成风，“破城之日，全军掠夺”。湘军在大肆屠杀和掠夺之后，为掩盖罪行，将天京城内的天王府和其他各王府付之一炬。一时天京城内火光冲天，血流成河。
7月28日，曾国藩从安庆赶到天京，在天王府内掘出洪秀全尸身，次日戮尸焚化，将骨灰放入火炮打向长江。很让人意外的是，从前传说天京城内“金银如海，百货充盈”，但湘军奏报除了缴获洪秀全的玉玺和金印之外，其它一无所获。曾国藩上奏道：“然克复老巢，而全无货财，实出微臣之意，亦为从来罕闻之事。”北京哪有人信，朝中一片哗然。
赵烈文：《能静居士日记》，载《太平天国史料丛编简辑》（3），北京：中华书局，1961年，第376、380页。
清廷得知天京被湘军攻破，立马赏赐曾国藩加太子太保衔，封一等侯爵，世袭罔替，并赏戴双眼花翎；浙江巡抚曾国荃赏加太子少保衔，封一等伯爵，并赏戴双眼花翎；记名提督李臣典封一等子爵，赏穿黄马褂，并赏戴双眼花翎；福建提督萧孚泗封一等男爵，赏戴双眼花翎。其余湘军下属及各路将领均有封赏。
不过，咸丰皇帝的封王遗命并没有兑现。或许这一允诺本来就是一个传闻而已；或许慈禧、恭亲王奕与朝中重臣对湘军的贪婪跋扈不满，要示惩戒；或许，曾国藩功高震主，骤然封王再增其功勋，皇室很不放心。
这些原因都有可能，但真相至今成谜。
合心，离心？
湘军围攻天京城长达3年，调动使用兵力数十万，终于大功告成。
太平军在二破江南江北大营后形势一时大好，但领导层没有抓住机会，军政一直没有起色，一片混乱，直至失去最后的翻盘机会。
从谋划全局和作战指挥上看，负责战略全局的曾国藩与具体指挥作战的曾国荃配合默契。两人虽然性格不同、军事指挥筹划的风格也相异，但曾国藩的稳慎与曾国荃的急进恰恰形成互补。曾国藩对战略全局的总体把握使苏沪战场、浙江战场、江淮的皖北战场和天京战场的相互配合，连成一气，为曾国荃围攻创造了有利的战略环境。曾国荃也能够领会曾国藩的意图，根据当面敌情、我情和地形的情势，独立自主地做出及时正确的判断，出色完成了战区指挥官应承担的任务。当曾国荃孤军深入，固守雨花台南，紧逼天京城垣时，曾国藩既看到了曾国荃部处境的危险，并劝他及时回撤；但又从中看到了巨大的战机，充分调动战区内各部力量，应援曾国荃部，或向曾部靠拢，或保护曾部后方粮道，或加拨粮饷，使曾部成为对天京威胁最大的一支力量。
曾国藩：《洪秀全逆尸验明焚化洪福瑱下落尚待查明李秀成等已凌迟处死抄送供词汇送并粗筹善后事宜折》，见《曾国藩全集》奏稿（7），岳麓书社，1994年，第496~497页。
反观太平军则不然。洪秀全和李秀成在太平军的地位和职责，有一点对应湘军中曾国藩和曾国荃的关系。他们从一开始就围绕着东线苏州战场和西线天京战场的地位产生了重大分歧。李秀成重视苏州，这也不是没有道理。太平军定都天京后一直被围，而苏州一带是饷源重地，而且从镇江、常州往苏州一线可以作为天京依托，苏州也可以作为天京东面的屏障，拱卫京城。洪秀全作为最高统帅，对李秀成理应充分信任，认真听取和研究其意见建议，吸收其长处，形成兼顾各方的战略作战方案，这一点作为最高统帅尤为重要。但洪秀全对李秀成一直采取排斥的态度，相互之间极度缺乏信任，离心离德。天国后期军事人才本就不多，他理应对李秀成、陈玉成等年轻将领充分信任和放手重用。但洪秀全不但听不进李秀成的正确意见，还把李调来调去，使李疲于奔命，两头不得兼顾。前敌诸将得不到洪秀全的直接指挥和协调，李秀成又没有指挥别部的权力，自然也难以有效协同，以致无法形成集中统一的指挥。待到洪秀全去世，指挥权自然集中到李秀成手上，但大势已去，沉疴难愈，不可救药了（当洪秀全作出“进北攻南”新的战略决策，如果太平天国上下都能充分配合，全军一心，坚决贯彻，积极行动，也不至于拖延时日，让清廷和曾国藩窥破企图，从容应对。假设这一决策实现，太平天国将会打开另一番天地。统帅和主将离心离德，都与太平天国后期政治腐败有关。政治腐败导致军事腐败的战例，在中国历史上比比皆是，这只是其中的一例。对当今的军队建设和战争准备，都是值得我们警醒的。
在最后关头，洪秀全消极保守，拒绝李秀成“让城别走”的建议，以一城一地之得失而度整个天国之兴亡，放弃了保存有生力量以图再举的最后机会。更为可怜又可笑的是，洪秀全已经深陷自己炮制的迷雾之中，一心想让“多过于水”的天兵天将来扶住其铁桶江山，痴人说梦，已没有了健全的心智直面危局。如此这般，面对一心想夺天京首功的凶悍湘军，又岂能不败！
