公元一三九三年（洪武二十六年），全国的户数约为1065万，人口约为6054万（此数字统计时不含贵州）。
公元一四九一年（弘治四年），全国的户数约为911万，人口约为5328万。
公元一五七八年（万历六年），全国的户数约为1062万，人口约为6069万。
这三项数字颇为吊诡，连当年修《明史》的清朝史官也禁不住发问：“太祖当年刚刚经历战乱，人口为什么看起来那么多？其后承平日久，人口为什么反而不如当年？”
按照一般的看法，明朝大致可以分为四个发展阶段：
第一阶段，从朱元璋开国（公元一三六八年），到宣德十年（公元一四三五年），为发展兴盛期，共历五帝，约有六七十年光景。
第二阶段，自正统元年（公元一四三六年）至弘治十八年（公元一五〇五年），为平稳期，共历五帝，也有六七十年的光景。
第三阶段，自正德元年（公元一五〇六年）。至万历四十七年（公元一六一九年），为衰落期，共历四帝，约有一百一十年光景。
第四阶段，自泰昌元年（公元一六二〇年）。至崇祯十七年（公元一六四四年），为局势糜烂期，共历三帝，二十余年光景。
弘治四年时，恰是正德皇帝的父亲孝宗朱祐樘坐江山，明朝已经发展繁荣了一百二十多年，与开国初期比，人口不增反减，确实有悖常理。因此，现代的明史研究者一般认为，明朝的人口数字，除了洪武二十六年的那项统计比较准确外，其他皆不靠谱。
为什么会出现这种情况呢？具体详情后面自有分析，这里权且引用几个历史人物的话，加以说明。
明人周忱认为，出现这种情况是因为人口逃匿，无法准确统计：“投倚于豪门，或冒匠窜两京，或冒引贾四方，举家舟居，莫可踪迹也。”
清初的明朝遗民谈迁则说：“户口繁于国初减于今日，何也？国初给户帖：子女若干，岁减获若干，指田若干亩，屋若干楹，牛若干头。丝毫毋隐，否者立死戍，故版籍为盛。彻是以降，法令寝弛，势得以容其奸，凡登于版籍，俱男不妇，主而不仆，虽详明之吏，不能家阅而户悉也。”
现代的学者何炳棣说，明朝自永乐之后，人口统计数字基本都是瞎编乱造：“如果还需要更多明代后期黄册人口资料绝不可靠的证据，那就是清初一位官员上奏建议停止编造这种无用的黄册，他在明代的旧档中发现，在崇祯十五年（公元一六四二年）的某些黄册中，户口竟己经预造至崇祯二十四年（公元一六五一年）——明亡后的七年了！”
鉴于此，研究明代人口的学者惯常采取的方法，是以洪武年间的人口统计数字为基数，乘以一定的人口增长率，推算明朝某一时期的人口数。这种方法虽然非常不客观，但相对而言，要比瞎编乱造稍微靠点谱。
对于人口的增长率，一般认为，明朝前期大概在6‰至9‰左右，假如我们取一个低值，确定为6‰，那么从洪武二十六年到正德九年，即公元一五一四年，明朝的人口数字应该至少增长到了一亿以上。
根据意大利人口学家马西姆·利维巴茨提供的数据，公元1500年前后，全世界的人口总数约为4.61亿，其中亚洲的人口约为2.45亿，欧洲的人口约为0.67亿。那么，以此推算，五百年前明朝的直辖人口约占全球人口的比例为22%，与公元二〇一四年中华人民共和国所辖人口占全球总人口的比例基本相当。
明朝的田亩数字与人口数字相类，也有些令人困惑。
据《明史·食货志》记载，公元一三九三年（洪武二十六年），朝廷核全国田亩，总计约850.8万顷。
公元一五〇二年（弘治十五年），朝廷核全国田亩，只有422.8万顷，比洪武年间减少了近一半。
公元一五〇六年，正德天子登基时，户部记录的全国田亩数为469.7万顷。
公元一五七八年（万历六年），朝廷听从大学士张居正的意见，对天下田亩通行丈量，限三载竣事，总得田亩数为701.4万顷，又比正德时期多出了二百多万顷。
何以会出现这种情况呢？田地不同于人口，极难藏匿，且田亩数据关系到朝廷的赋税收入，深为各方重视，按照一般的常理，它不应该出现如此大的差异。
要解开这个谜团，还需从朱元璋当初制定的土地及赋税政策说起。
公元一三八七年，天下初定，朱元璋为了迅速建立经济秩序，命人普查全国官民已占有的实际土地数。
在此基础上，政府将田主与其所占有土地一一对应，经过正式确权后，编类成册，作为管理与收取税赋的依据。因政府编制的档案图册田丘层层，状如鱼鳞，故号称“鱼鳞图”。
依朱元璋的意思，他计划按照田地收赋税，按照人户定徭役。
“鱼鳞图”以每一县的四境为界，将该县的有主田地全部绘出，标注出良或瘠、高或洼、丘或荡，并将业主的姓名与每一块田地相对应。假如田地发生了买卖，则一年一核查，人户可以流动，田亩永远不变。老朱出身贫苦，深知无产者的愁处，他这项设计的初衷是：有田者纳粮交税，无田者不必负这项义务。
对于定徭役，朱元璋采取的是黄册制度。黄册以户为主，相当于现在的户口档案。
朝廷实施地方自治，规定国家最低一级的行政单位为县，县以下没有国家公务人员，而且朱元璋还特别规定，县上的官员不能随便下乡扰民。朱元璋之目的，一方面是想尽量减少行政开支；另一方面是想尽量实行农耕市场经济，不让政府的那只“有形之手”，随便干涉民间的细务。
那么地方如何自治呢？朱元璋的办法是推行里甲制度，规定110户为一里（城为坊、郊为厢），11户为一甲。其中，选出十户壮丁或田地多的人家，分别担任甲长。此十个甲长又轮流担任里长，每十年轮换一次。里与甲没有政府财政拨款，其替官府催征粮役、维护本辖区的治安、道路、邮政等人工与费用，皆由里甲自筹。
黄册以里为单位，分户编制，详细登载各户的乡贯、姓名、年龄、丁口、田宅、资产，并按所从事的职业，划分为民户、军户、匠户三大类。格式为四柱式，即设四个栏目，一个栏目登记各户旧有的人丁与土地数目（称旧管），第二个栏目登记各户新增的人丁与土地数目及原因（称新收），第三个栏目登记各户减少的人丁与田地数目及原因（称开除），第四个栏目登记各户现有的人丁与土地数目（称实在）。
每本黄册的后面，都附着数目不等的畸零之户，即孤零残弱不能出壮丁的家庭。这类特殊家庭不用交粮与服役，里甲对他们有管理与照料的义务。
县政府每年都要给每户人家发放调查表帖，规定只能由当事户主据实填写，如隐瞒作弊、敷衍搪塞，情节严重者户主处死，家属流放边塞。地方官吏对数据调查核实后，每十年更定黄册一次。每本黄册誊抄四份，一份报户部，一份报布政使司，一份报府衙，一份留县衙。
经过三年多的调查与建设，到公元一三九一年时，黄册编修完成，登记全国人口总计为5677万，经过政府确权的田亩总计为387.5万顷。
那时，天下初定，到处都是抛荒的土地。为了摸清朝廷直辖的全部土地之数，朱元璋又下令进行全面的田亩普查。公元一三九三年，数据报到了他的御案之上，全国的已耕及待垦土地，总计850.8万顷，其中无籍荒地数为463.3万顷。
现在有些学者怀疑朱元璋统计数字的准确性，他们大概忽略了两个问题：第一，朱元璋极为认真仔细，而且非常严厉，替他测量全国的土地，应该没有人敢敷衍或者弄虚作假；第二，与汉朝的数据比，这个数据基本没有什么水分。西汉时期，全国的田亩数为827万顷，考虑到汉朝的一顷土地只相当于明朝的0.75顷，假如折合成明顷，汉朝的那些田地只相当于明朝的约620万顷。但汉朝时，江南地区的开发规模远小于明朝，如果算上这一块，明朝比汉朝多200万顷田地，并不算离奇。
基本上摸清家底后，朱元璋主要做了三件事：
一是给无地之民授田。北方有些地方的授田标准为每丁给口粮田15亩，菜地2亩，免租三年。
二是鼓励人民垦荒。规定政府资助农具与牛者，所垦之田缴纳赋税；没有政府资助者，永远免税。
三是推广屯田之法，以供军用。朱元璋的目标是让全国军队自给自足，不拖累财政。经过一阶段的发展，朝廷的屯田之规模急剧膨胀。到朱元璋去世之时，屯田不仅解决了军队的自给问题，而且还有大量结余。据记载，公元一四〇三年（永乐元年），户部掌管的田亩赋税收入为3130万石，而屯田上缴的子粒数高达2345万石。依此推算，当时掌握在军队手中的宜农田地，大概有200万顷之多。
这也就可以解释，为什么正德年间户部统计的全国田亩数只有469.7万顷。正德年间的土地数据，可能只包含正式缴纳赋税的田亩，而不包括下列四种田地：
1. 军队屯田。正德年间的屯田应该比永乐年间的屯田少很多，因为此时朝廷的北疆实际控制区，已从阴山至大兴安岭一线，后退到了辽东至燕山、长城一线，河套地区及塞北地区的大量屯田，都变成了北方游牧者的草场。
2. 各皇亲国戚及王府的占田。随着皇室子孙的繁衍，到正德年间时，这类庄田估计不低于10万顷。
3. 免征赋税的垦荒之田。
4. 应该缴纳赋税，而被刻意隐匿起来的新垦田地。
到万历年间张居正普查田亩时，他大概把屯田、免赋税之田及隐匿之田全部统计在了一起。
明初的“鱼鳞图”与黄册制度，表面看上去很完美，朱元璋也比较得意，但有两个变数他可能没有仔细考量：其一是自由市场经济的天然缺陷，其二是人口的繁衍。
无论是工业化市场经济，还是农耕化市场经济，自由放任、自由竞争的结果，都是损不足而利有余，使富者更强、贫者愈弱，从而形成垄断或者兼并。明朝也不例外，初始的时候，朱元璋怀着仇富情绪，严厉打击富商大户，社会的贫富分化非常轻微；但随着一百多年的自由竞争，到正德天子当政时，社会的贫富分化已经拉大，土地兼并非常严重。
大户地主们为了逃避政府对土地兼并的监管，想出了许多花招：在册的土地，政府监管较严，他们往往采用请人挂名的办法占有；不在册的旧有荒地，政府监管比较松懈，他们只要搞定了地方官吏，基本上就能百事大吉。
如此一来，新的问题出现了。由于人口不断增多，荒地又基本上被占有瓜分完毕，政府没有新的田地分授给新增的劳动力，许多底层民众拥有的土地越来越少，收入越来越低，有许多人不可避免地沦为了雇农。而且，按照政府的黄册制度，那些收入大幅减少的农户，依旧要负担正常的徭役。在此情形下，许多人为了更好地生存，选择了逃避劳役，他们要么谎报人丁，要么匿寄于大户门下，要么外出经商，要么成为流民，致使朝廷的黄册制度名存实亡。
至此，“鱼鳞图”的制度也弊端尽露。这种制度虽然保证了政府的基本收入，却不能保证政府的财税收入能随国民财富总量的提高而增加。
一三九三年（洪武二十六年），政府全年的赋税收入合计为：粮食约2945万石，绢28.8万余匹，钱钞4.4万余锭。
约一百年后，弘治时的某年，政府全年的赋税收入合计为：粮食2679.1万石，绢20.2万匹，钞7.7万锭。
约二百年后，万历时的某年，政府全年的赋税收入合计为：粮食2663.8万石，绢20.6万匹，钞8.1万锭。
当然，上述收入不是明朝政府唯一的收入来源，除此之外，理论上它还有屯田收入以及山林渔业收入、工商收入和盐茶收入、市舶司海关收入等。
据说开基之初，朱元璋曾有这样的意图：将政府的财政收入总数基本固定下来，不管日后经济如何发展，都不予增加。这也就可以解释为什么明朝的官员敢二百多年如一日地进行数据造假，让每年的人口、田亩、税赋数量基本保持不变。
赋税收入的稳定，虽然符合朱元璋建立节俭型政府的初衷，却也有极大的弊端——它使政府过于弱势，不能有效利用财政的杠杆作用，平衡社会各阶层的利益，且增加了政府应对各种社会危机的困难。
一五一四年，朝廷的具体财税收入大致为：粮食约2790.3万石，丝约3.1万斤，棉约28.1万斤，绢约12.6万斤，布约171.2万匹，草约2594.4万束，户口钞及杂钞16190.3万贯，盐课218万引，茶课11.3万斤，金银3.2万两。
这一年朝廷的财税收入总数，表面看比洪武年间稍有增加，但实际情况却并非如此——当时，军队的屯田制度久已弛懈，军方只余有16万顷的土地可以支配，已远不能自给。为弥补军费的不足，户部每年都要转移支付巨额的军费；而这些军费，挤压了本来就不宽裕的朝廷财政，致使朝廷的财政非常拮据，以至于许多需要公共财政应付之事都无力应付。
为了弥补赤字，平衡朝廷的预算，刘瑾弄权时，曾一度要求各省将历年地方仓库的财政结余交到中央。另外，为开辟税源，朝廷的财政官员费尽心机，他们甚至盯上了泰山祈福庙中的香火钱，每年要从中抽税两万余两。
那时，朝廷的财政收支分为两条线运作，一条线属官府衙门系统，另一条线属天下封建系统。上述财税数据，主要为政府系统的入库数。
政府这条线上的收入，以田地、盐茶及工商等赋税为主，在地方归入各衙门府库；在中央，主要归入十一个财库，其中：
兵部辖一库：乙字库（贮胖袄[1]、战鞋、军士裘帽）。
工部辖三库：广积库（贮硫黄、硝石）、广盈库（贮纻丝、纱罗、绫锦、绢）、戊字库（贮甲仗）
户部辖七库：内承运库（贮缎匹、金银、宝玉、齿角、羽毛）、甲字库（贮布匹、颜料）、丙字库（贮棉花、丝纩）、丁字库（贮铜铁、兽皮、苏木）、赃罚库（贮罚没的官物）、广惠库（贮钱钞）、太仓库（银库）。
天下封建系统这条线上的收入，主要来源为各藩国及各地的进贡，皇庄、皇店的盈利、皇家山林草场的收入，及其他各税种的抽分等。它主要入宫廷的里库，例如内东裕库、宝藏库、光禄寺库、太常寺库、太仆寺库等。
正常情况下，这两个财政系统各自独立运作，天下系统不能随便用政府系统的钱财，政府系统也不能随便用天下系统的钱财。有时候宫内开支紧张，皇帝急需从政府系统支取钱物，他需要拉下脸皮找户部去要。假如理由不充分，户部未必给皇帝面子；即便拗不过皇帝，勉强支给他，那么言官也会跟着进谏，请求皇帝发扬节俭的美德。
需要说明的是，内承运库比较特殊，它介于官库与里库之间，本是备用府库，由户部与内府双重管理，主要作用是备不时之需，相当于朝廷设立的公共基金，官府与宫廷只要有急用，经过一定的程序，都可申请支取。但在实际操作中，皇上常常借此库营私舞弊。
我们要准确地把正德九年时的朝廷财政收入，换算成统一的货币单位，基本上不大可能。勉强大致推算，当年政府系统的收入约可折为1658万两白银[2]；宫廷系统的收入没有准确记载，估计也可折为数百万两白银，两项合计大体当有2000万两白银左右。
据此，我们可以粗略推算出当年朝廷的国民生产总值（税赋的收取比例统一按十抽一计算），约为2亿两。考虑到当时收取田赋的土地基数只有四百余万顷，及税收手段的原始粗疏，其当年的真实国民生产总值，大约需要在这个数字上翻番，约为4亿两白银左右，甚至更多。
正德时的一两白银大约能购得2.1石米，一石稻米大约相当于现在的140市斤；假若按每斤大米1.5元计算，那时一两白银的购买力，大约等于现在的441元人民币。依次推断，一五一四年中国的国民生产总值（GDP），约等于现在的1764亿元，人均占有约8石粮食。
由于我们找不到那时其他国家的国民生产总值数据，因此没法直接比较当时明朝GDP在世界经济中所占的比重。不过考虑到中国那时的人口占世界总人口的20%以上，且生产效率远高于世界的平均水平，所以估计当时的中国GDP占全球GDP的比重，当在30%以上，占世界第一应没有什么疑问。
尽管一五一四年时的明朝已走下坡路，但它与世界其他绝大部分地区相比，仍算是个非常繁荣庞大的经济体。
5. 大明的军事力量
明朝的军队实行卫所制度管理。卫所制度是隋唐府兵制度的变种，其要旨用朱元璋的话说，就是：“吾养兵百万，要不费百姓一粒米”。
卫所制度与府兵制度的区别在于，府兵制度寓兵于农，士卒平日为农夫，轮值或战时操戈为兵；卫所制度则反之，寓农于兵，士卒为正式的职业军人，兼职做农夫，在边疆地区三分守城七分屯种，在内地二分守城八分屯种。
洪武年间，全国共设内外卫547个、所2563个；永乐时期，兵员最盛时，曾拥有270余万人。
全国武装力量的最高机关设在京师，由两个系统组成，一个是文官系统的兵部，另一个是武官系统的五军都督府。兵部是军队的管理与调度机关，都督府是军队的带兵机关，两个机构互为牵制。
五军都督府在武官系统中地位最高，其下辖17个都指挥使司、三个行都指挥使司、一个都指挥使留守司。每一都司之下，辖数量不等的若干卫、所。
按照编制标准，一卫辖左、右、中、前、后五个千户所，每个千户所辖十个百户所，一个百户所为112人，每卫的总兵力为5600人。卫指挥使的职权相当于现代的一个旅长。
卫所之军队理论上属朝廷的正规军，但并不一律平等，它们总体上分为四个层级。
第一个层级为京军。京军在开国初期曾是全军的精锐，朝廷征战的主力。永乐年间，京军的数量多达72个卫。其中：野战部队为60个卫，主要职责为守城、护郊及征战；皇帝的侍卫亲军有12个卫，主要职责是保卫大内皇宫，护卫圣驾。（内廷系统御马监下辖的四个卫，不在此数中。）
守卫京城的野战诸卫，初时设五军、三千、神机三大营管理，兵力号称50万（实际仅30万左右）。土木之变后，京军野战部队遭受重创，几乎全部覆灭，自此一蹶不振。朝廷对三大营进行改组，几经变更，到我们的正德天子登基时，演变成了12个营，兵员却只剩下9万余人，其中精壮者6.5万人，老弱病残者2.5万人。
皇帝的侍卫亲军12个卫，分别是：锦衣卫、旗手卫、金吾前卫、金吾后卫、羽林左卫、羽林右卫、府军卫、府军左卫、府军右卫、府军前卫、府军后卫、虎贲左卫。
这支部队大约有数万之众，归皇帝直辖，到宣德年间，曾一度扩充至26个卫。“土木之变”后，京军破败，朝廷对侍卫亲军进行改组，将其中的21个卫划归兵部，将另外的腾骧等四卫划给了内廷的御马监，只余下一个锦衣卫仍归皇帝亲自掌握。
锦衣卫是个非常特殊的军事单位，其长官为正三品，其兵员分为三部分：一部分称大汉将军，约有1500人，主要职责是带刀护卫御前，维持皇帝办公场所的秩序；第二部分称力士，主要职责是驾前执旗、击鼓，维持四门警卫等；第三部分称校尉，人数最多，也最为复杂，他们一部分担任殿前的仪仗工作如执斧钺、戈戟等，另一部分归属南、北两个镇抚司，是锦衣卫的灵魂所在。
锦衣卫的南镇抚司，相当于宪兵机关，其主要纠察的对象为：锦衣卫本身、各卫所的军人及隶属军队的役匠。其主要职责是：军事情报调查、军队纪律监督、军法审判等。因为它负责的案件一般属于军队系统，所以它在侦查、逮捕、审讯人犯时，不需要预先告知刑部、都察院等地方系统上的司法部门。
北镇抚司相当于诏狱，肩负着朝廷的政治保卫工作。本司的校尉有权对朝廷的所有官员实施秘密调查监视，以确保他们不怀反叛之心。其逮捕收押的对象，除了官员，便是政治犯。
然而，锦衣卫毕竟属于外朝的机构，皇帝要召见其首领或相关重要人员，都需要守时间、走程序，不好过于随便。永乐年间，皇帝朱棣为随时掌握政治反对派的动向，专门从锦衣卫中抽调一部分人员，组建东缉事厂，简称东厂。东厂的督主由皇帝的亲信宦官担任，它实际上相当于北镇抚司的内廷分支机构，其主要职责为侦缉与抓捕；而审讯、关押人犯的业务，依旧归北镇抚司。
公元一四七六年，发生了妖人李子龙谋逆事件，明宪宗朱见深大为紧张，疑神疑鬼，命宦官汪直带领锦衣卫的人员，秘密上街司察民间动向。次年，汪直抽调锦衣卫的人员，又组建了一个西缉事厂。
这个西厂本来是针对民间的情报机构，但汪直依仗皇帝的信任，硬使它的势力范围超过了东厂，权势几乎与锦衣卫相当。
锦衣卫与东厂都是按一定规则设置的正式政治保卫机构，运作相对比较规范有序；西厂不同，它完全没有规矩，基本上由着汪直的性子运作，所以它的出现很快就惹得朝野皆怒。
公元一四八二年，在一片讨伐声中，宪宗朱见深不得不下旨废掉西厂。可是，这并非西厂的终结，二十多年后，它又在我们的正德皇帝手中死灰复燃，从而再次掀起波澜。
不过，需要说明的是，在大多数情况下，厂卫虽有秘密逮捕与审问的权力，却并没有判决权，例如正德天子的父亲朱祐樘就曾明确要求：“凡厂卫所送囚犯，从公审究，有枉即与辨理，勿拘成案。”
朝廷第二个层级的军队为边军。
边军之称并不是指全部边境地区的军队，而是特指北疆地区的国防军，其防线东起鸭绿江，西到嘉峪关，绵延5000多公里，共设有九个防区，号称九镇：
1. 辽东镇：治所驻广宁（今辽宁北镇市），辖区东起鸭绿江畔，西至山海关北锥子山，全长970余公里。
2. 蓟州镇：治所驻三屯营（今河北迁西县境内），辖区东起山海关，西至镇边城（今北京昌平与河北怀来县交界处）。
3. 宣府镇：治所驻宣府卫（今河北宣化县），辖区东起镇边城，西至西阳河（今河北怀安县境），全长510余公里。
4. 大同镇：治所驻大同府（今山西大同市），辖区东起镇口台（今山西天镇县东北），西至鸦角山（今内蒙古清水河县），全长330多公里。
5. 太原镇：治所驻偏头关（今山西偏关县），主防内长城一线，辖区西起河曲（今山西河曲县旧县城）之黄河岸边，经偏关、宁武关、雁门关，至平型关东，全长约800公里。
6. 延绥镇：治所驻榆林卫（今陕西榆林市），辖区东起黄甫川堡（今陕西府谷县黄甫乡），西至花马池（今宁夏盐池县），全长约880多公里。
7. 宁夏镇：治所驻宁夏卫（今宁夏银川市），辖区东起花马池，西至宁夏中卫喜鹊沟黄河北岸（今宁夏中卫市西南），全长约1000公里。
8. 固原镇：治所驻固原州（今宁夏固原市），辖区东起延绥镇饶阳水堡西界，西达兰州、临洮，全长约500公里。
9. 甘肃镇：治所驻甘州卫（今甘肃张掖市），辖区东南起自今兰州黄河北岸，西北至嘉峪关讨赖河一带，全长约800公里。
按照朝廷有意分割兵权的设计，卫所只管兵，都督府只管将。遇有战事，朝廷抽调部队，临时任命将领出征；战事结束，兵回卫所，将回都督府，一拍两散，兵将分离，互不相熟。
但这一制度在北部边疆却遇到了挑战，原因是宣德之后，游牧人频繁犯边，九边地区烽火不宁，持续处于战备状态。在这种情势下，兵将分离已不可能。
而且，自从朝廷的精锐主力部队——京军，被瓦剌的首领也先重创之后，一蹶不振，几乎失去了野战能力，保卫京师及北疆的重任，自责无旁贷地落到了边军的头，也迫使朝廷对边军不得不青眼相待。
初时，本朝的边兵由两部分人构成，一是本地土著卫所的兵卒，二是有罪戍边者。假如遇到重大战事，戍边的兵力不足以应付，朝廷则需临时征调内地各卫所之兵赴援，称之客兵。客兵不长期留边，一般战事结束即要撤回原籍卫所。可是后来随着九边战事的烦多，朝廷为了保持北疆约40万规模的常备兵员，索性抽调内地的精壮兵卒轮番戍边，称之为边班。
如此一来，边军迅速壮大崛起，为朝廷所倚重。
朝廷在北边各镇设立总兵官，由其全权负责所辖兵马的训练管理与作战指挥。总兵官有实际兵权，却没有固定的品级，没有名分，通常情况下它由都督级别的将领兼任，也算是个临时职务。
总兵官下设副总兵、游击、参将等助手。按照军制，总兵官率领本镇主力，负责正面城隘的防守工作；副总兵分领3000奇兵，负责突袭、救援等；游击分领3000兵马，为防区内的机动部队，哪段防线吃紧，就赴援哪里；参将率领左右两翼的总预备队。
通常情况下，提高部队战斗力的最佳方法是实战，而非花拳绣腿的训练，边兵之所以崛起，京军之所以衰落，关键奥秘就在于兹。到正德天子御宇时，边军已成为朝廷的主力劲旅，在全国百万大军中一枝独秀。正德年间的许多重大事件，都与这一事实相牵连。
朝廷第三个层级的军队为内地卫所军。
朝廷的内地卫所，一般设在关要与战略险冲之地，像一张巨大的网，覆盖着全国及诸羁縻地区。
卫所的士卒出于军户，军户世袭，父死子继，不能改籍。军户从军的壮丁，称为正军；其他子弟称为余丁，也就是预备役的意思。军卒服役的卫所，一般离家乡较远，目的是为了防止军人贪恋家乡。军籍确立后，军户要全家前往指定的卫所报到，或者带着妻儿与至少一名余丁前往。假如正军病残或老死，由余丁替补，余丁还负有照料正军的责任。
到达卫所后，官府分给房屋、生活用品、15亩至50亩不等的土地、耕牛与种子。假如指定他屯田，他就需专事耕种，农闲时训练，耕种所得按一定比例上交部队；假如分配他营值守备，他不能全力种田，收入不足部分，由部队拨付。
这一制度随着和平建设时期的到来而受到了挑战。
第一，整个社会的风气都转向了物质财富的追求，许多人随着经济的发展而富裕了起来，而军户由于被束缚在卫所中，难以分享经济发展的成果，他们成了失落的一群。
第二，由于随军家属的繁衍，人均屯田相对减少，军户的收入开始相对下降。
第三，卫所军官越来越腐败，他们侵占公田，役使军卒干私活，使军卒苦不堪言。
第四，朝廷把大量罪犯编入边军，使军人的声誉日趋低落，社会地位下降。
第五，宣德之后北疆边患加重，卫所军轮番赴戍，时有死伤，风险增大。
在这种情势下，卫所兵逃亡严重，公元一四三七年秋（正统二年）兵部统计，天下都司卫所逃亡军士达120万人，几乎接近全国额定兵员的一半。到正德天子时，兵部尚书王琼估计，卫所逃亡军卒已达十之八九，而且逃亡者多为精壮，剩余者尽是羸弱，卫所制度基本上名存实亡。不要说保家卫国，就是对付大股的盗贼，都已难以胜任。
朝廷第四个层级的军队，是羁縻区的卫所军。
这些卫所一般设置在少数民族地区，指挥使是部落首领，兵卒是当地的土著。这类卫所在洪武、永乐时期设置非常多，只一个努尔干都司就下辖384个卫、24个独立的千户所、7个兵站、1个军寨。
朝廷对这类卫所的控制相对比较松散，永乐之后，随着朝廷威望的衰落，它们大多开始自行其是。在“土木之变”时，辽东的有些羁縻卫所，甚至暗中帮助瓦剌军，朝廷除了对他们加强防御外，基本上无可奈何。
除卫所正规军外，朝廷还有一些不属军籍的地方民兵部队。例如，山东有长杆兵，徐州有箭手兵，井陉有善运石块的蚂螂手兵，闽漳地区有熟习镖牌的水军。正德年间时，广西的狼兵与湖广的苗兵最为著名，他们出身壮、瑶、苗土司，骁勇善战，但军纪败坏。刘六、刘七的叛军甚至对老百姓戏言：“我们这些盗匪来，对你们的搜刮不过像梳子；假如那些土司兵（指狼兵、苗兵）来，对你们的搜刮可就是篦子了。”
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[1]指军队将士或锦衣卫的冬服，棉上衣。
[2]以下物价数据主要采集于正德、弘治、嘉靖年间，差别较大，只能做粗略数看待：（1）粮食2790.3万石×0.475l两/石=1326万两；（2）户口钞及杂钞16190.3万贯×0.003两/贯=48.6万两；（3）丝3.1万斤×0.2两/斤=0.62万两；（4）棉28.1万斤×0.1两/斤=2.8万两；（5）绢12.6万匹×0.5两/每匹=6.3万两；（6）布171.2万匹×0.25两/匹=42.8万两；（7）草2594.4万束×0.02两/束=51.8万两；（8）盐课218万引×0.8两/引=174.4万两；（9）茶课11.3万斤×0.1两/斤=1.1万两；（10）金银3.2万两。合计约：1658万两。
