近代的历史学和考古学证明，甘州回鹘如同高昌回鹘、沙州回鹘诸政权一样，都奉行着比较宽容的宗教政策，其统治者对任何宗教都不抱什么偏见，听任流行。他们“对于基督教，显然加以优容，对佛教也加以奖掖”，而汗室贵族则继承蒙古高原时代的传统，仍然“信仰摩尼教。佛教是多数人民信奉的宗教，景教则为少数人信奉”。[1]11世纪50年代印度旅行家加尔迪齐（Abű Sa’id ‘Abd-al-Haiy ibn Dahhk ibn Mahműd Gardz）所著《纪闻花絮（Zayn-al-akhbr）》（又译《记述的装饰》）即谈到了回鹘人信奉多种宗教的情况。他说：“九姓乌古斯（即回鹘）可汗属于迪纳瓦里（Dnvar）教派”，每天有三四百个迪纳瓦里徒众聚集在他的宫廷周围，高声诵读摩尼的著作。但他并不排斥其他宗教，“在他的城市和统治区内，基督教徒（tars）、祆教徒（θanaw）和佛教徒（đoman）都并行存在”。[2]这一宽容的宗教政策，势必会促进包括高昌、甘州在内诸回鹘王国境内多种宗教的流行与发展。
