摩尼教自8世纪中叶始，一直被奉为回鹘的国教，直到9世纪中叶，汗国崩溃，其民众大部被迫西迁后，这种宗教在回鹘中仍然拥有相当高的地位。在回鹘汗国灭亡，部众四散时，南逃的乌介可汗在朝不保夕的情况下，仍致书唐朝，除了请求接济粮食外，还要求保护摩尼师。由此可见回鹘统治者对摩尼教信仰之深，同时也说明摩尼师在回鹘人中拥有极为崇高的地位，而唐朝也答应了乌介可汗的请求：
所求种粮及安存摩尼，寻勘退浑、党项劫掠等事，并当应接处置，必遣得宜。[15]
但后来乌介可汗南下，逼近边塞，引起了唐朝的警觉，深恐处于江淮之地的摩尼僧难以驾驭，唐武宗遂下令关闭江淮各地的摩尼寺，只准教徒在长安、洛阳、太原等地继续传播，并于会昌二年（842年）八月十五日命李德裕代草书信，向乌介可汗说明此意：
近各得本道申奏，缘自闻回鹘破亡，奉法者因兹懈怠，蕃僧在彼，稍似无依。吴楚水乡，人性嚣薄，信心既去，翕习至难。且佛是大师，尚随缘行教，与苍生缘尽，终不力为。朕深念异国远僧，欲其安堵，且令于两都及太原信向处行教。其江淮诸寺权停，待回鹘本土安宁，即却令如旧。[16]
翌年，“会昌法难”兴，除道教以外的其他宗教都遭到禁断，摩尼教、祆教僧徒皆令还俗，寺院被拆毁，经像被焚烧，财产也被收缴。唐武宗于二月下诏曰：
应在京外宅及东都修功德回纥，并勒冠带，各配诸道收管。其回纥及摩尼寺庄宅、钱物等，并委功德使与御史台及京兆府各差官点检收抽，不得容诸色人影占。如犯者并处极法，钱物纳官。摩尼寺僧委中书门下条疏闻奏。[17]
当时，旅唐日本高僧圆仁亲眼目睹并记下了摩尼师惨遭屠戮的悲剧：
［会昌三年］四月中旬，敕下，令煞天下摩尼师。剃发，令着袈裟，作沙门形而煞之。[18]
回鹘摩尼师或殉教而死，或配流诸道，一时作鸟兽散，唐朝借机下令焚烧摩尼教书画，收缴其财产：
诏回鹘营功德使在二京者，悉冠带之。有司收摩尼书若像，烧于道，产赀入之官。[19]
此后，摩尼教便在唐代文献中销声匿迹了。摩尼教的传教活动由合法变为非法，其教徒遂投奔唐朝统治势力较弱的东南滨海地域，以寻求自己的归宿。[20]“有呼禄法师者，来入福唐（今福建福清市），授侣三山（福州市），游方泉郡（泉州市），卒葬郡北山（泉州北郊清源山）下”。[21]呼禄法师的南行，使摩尼教得以传入福建，在宋元时代开一新局面。这里的呼禄法师，据笔者考证，应为回鹘摩尼僧。呼禄，即回鹘语Qutluγ之音译，“吉祥”之谓也。[22]
摩尼教徒遍布中原的局面由此而结束。但在西北地区，摩尼教并未因此而消失，在西迁回鹘之诸政权中，摩尼教继续流行。在河西地区，摩尼教在甘州、沙州等地继续受到崇奉，直至11世纪。
在甘州回鹘中，摩尼教是颇受尊崇的，其法师被奉为“回鹘之佛师”：
［后唐明宗天成四年（929年）］八月……癸亥，北京奏，葬摩尼和尚。摩尼，回鹘之佛师也。先自本国来太原。少尹李彦图者，武宗时怀化郡王李思忠之孙也。思忠本回鹘王子嗢没斯也，归国赐姓名。关中大乱之后，彦图挈其族归太祖（李国昌）。赐宅一区，宅边置摩尼院以居之，至是卒。[23]
这里的北京，即今山西省太原市。后唐以洛阳为都，以太原为北京。唐代，太原已有摩尼寺之设，据载：“元和二年（807年）正月，庚子，回纥请于河南府、太原府置摩尼寺，许之。”[24]后唐时，太原府又有“摩尼院”设立，位处回鹘王子嗢没斯后裔李彦图之邸第。
甘州回鹘统治者也常遣摩尼教高僧出使中原王朝。如：
［闵帝应顺元年（废帝清泰元年，934年）］正月，赐回鹘入朝摩尼八人物有差。[25]
［后周太祖］广顺元年（951年）二月，［回鹘］遣使并摩尼贡玉团七十有七，白氎、貂皮、牦牛尾、药物等。[26]
对于第一条所载回鹘使的来源，学界存在着不同意见。沙畹和伯希和认为来自甘州回鹘，[27]中国学者多接受此说。哈密顿则认为应是西州回鹘的使者，[28]宾克斯及森安孝夫亦接受此说。[29]惜均未提出强有力的证据。那么，这些使者究由何来，我们不妨看《册府元龟》卷九七六的另一条记载：
闵帝应顺元年（934年）正月……回鹘可汗仁美遣使献故可汗仁裕遗留贡物、鞍马、器械。仁美献马二、玉团、秋辔、硇砂、羚羊角、波斯宝绁、玉带。[30]
这里出现有回鹘可汗仁美及故可汗仁裕，二者均为甘州回鹘的可汗。闵帝“赐回鹘入朝摩尼八人物有差”，显然是对这次回鹘朝贡活动的回报，只是未将此事前因后果一气写完，而是按照自己的归类原则将其分别置于《朝贡》条和《褒异》条来写。故这里的回鹘摩尼使者只能是来自甘州，而绝非西州。
由上述记载知，不管在甘州回鹘国还是在五代的后唐，摩尼教在回鹘王室及达官贵族中都具有相当高的地位。故而摩尼和尚的去世与殡葬，都曾引起后唐最高统治者的关注。正是在这样的背景下，摩尼教的高僧常被甘州回鹘统治者作为国使出使中原王朝，故而史书中有“专使僧”之谓。如天福三年（938年）向后晋朝贡的使者中，就有来自甘州的回鹘专使僧，《册府元龟》卷九七六载：
天福三年五月，回鹘朝贡使都督翟全福并肃州、甘州专使僧等归国，赐鞍马、银器、缯帛有差。
这次朝贡活动又见于《新五代史·晋高祖纪》：“［天福三年］三月，壬戊，回鹘可汗王仁美使翟全福来。”其中的“专使僧”，据陈垣先生考证，指的实为明教僧，即摩尼僧，而非佛僧。正如他在《摩尼教入中国考》中所说：“五代时期回鹘退保甘州，与于阗、高昌等，皆为今甘肃新疆地，固当日摩尼教流行之地也。”[31]
综合二文献的记载，可以看出，甘州回鹘使者抵达晋京汴（今河南开封市）的时间是天福三年三月，逗留至五月而归。同行者有可汗的贡使“都督翟全福并肃州、甘州专使僧”。说明甘州回鹘可汗倚重摩尼教徒，常派遣摩尼僧出使中原，故出使僧获得了“专使僧”的称号。然而，自乾德三年（965年）以后，情况发生了巨大变化，不复再见摩尼教徒向中原王朝入贡的事例，而多有以佛教高僧充任使节的记录。
