漠北回鹘汗国的强盛持续了近一个世纪，极盛时，东役奚、契丹，北役九姓，西接黠戛斯（即今新疆柯尔克孜族和中亚吉尔吉斯人的祖先），南邻唐，尽有东突厥汗国故地，至9世纪30年代开始由盛转衰。
建中元年（780年），回鹘顿莫贺发动政变，杀牟羽可汗而代之。他执政后，又与牟羽可汗之子“及相国、梅录各拥兵数千人相攻”。[117]嗣后，汗国内部的纷争就断断续续，愈演愈烈。在内讧中，仆固氏、跌氏和葛萨氏的地位不断上升，汗族药逻葛氏日见削弱。在唐朝的安排下，仆固氏女自牟羽可汗始，历天亲、忠贞三代可汗相继为可敦，同时，可敦之父又任回鹘叶护，而仆固氏女为唐皇室养女，族人仆固怀恩为唐朝副元帅，与唐朝廷之间保持着特殊的关系。这些因素使仆固氏在汗国内权势日盛。到贞元六年（790年），竟发生仆固氏少可敦叶公主毒死可汗而立可汗弟的事件。再后的奉诚可汗，继位时年仅十五岁，不能独立执政，沦为傀儡，以掌握兵权的大相为父，并自谓“仰食于父也”。[118]及至贞元十一年（795年），一位“典兵马用事”的跌氏骨咄禄夺取了汗位，是为怀信可汗。长庆元年（821年），汗位可能又转到葛萨氏之手。统治回鹘达200年之久的药逻葛氏的失势，给更多的旁姓贵族以觊觎汗位的机会。他们纷纷拥兵自重，又各自勾引外援。黠戛斯、沙陀、唐朝边将都成为依托的对象。[119]大和六年（832年）以后，汗位的争夺更趋激烈，统治阶层完全分裂为两派。从这一年到汗国灭亡。8年间更换了3位可汗，而且3个人都是在内讧中被杀或自杀的。
大约自8世纪60年代始，回鹘与唐、吐蕃一样共遇相同的自然危机，即气候变冷，[120]8世纪80年代至10世纪20年代是一个总体上冷于现在的时期，其中9世纪30年代正处于冷谷时期。[121]气候干冷变化对游牧地区及农牧交错地带的影响极为深远，连年的干旱对生产，尤其是对牧业生产的严重打击，使其生产量不能维持暖湿时期已经增长起来的人口的基本需求，国力下降，致使其既无法有效处理内部纷争，更无法抵挡外族的攻击。
此时，漠北地区自然灾害频频发生，《唐会要》卷九八《回纥》云：“连年饥疫，羊马死者被地，又大雪为灾。”李德裕《异域归忠传序》亦云：“岁久不稔，畜产大耗，国邑为虚，流亡遍于沙漠，僵仆被于草莽。”[122]在此情况下，回鹘社会中原来被掩盖的各种矛盾都急剧激化起来，尤其是统治阶级内部的矛盾更是日益尖锐，宰相拥兵自重，互相残杀，造成“种落未安，君长之间，互相疑阻”[123]的混乱局面。这些天灾人祸直接促成了汗国的衰落。
《新唐书·回鹘传》、《旧唐书·回纥传》及《资治通鉴》卷二四六等文献也都对汗国境内发生的天灾人祸进行了如实记录。兹引《新唐书》卷二一七下《回鹘传下》有关记载如下：
大和六年（832年），可汗为其下所杀，从子胡特勒立，使者来告。明年，遣左骁卫将军唐弘实与嗣泽王溶持节册为爱登里罗汨没蜜施合句录毗伽彰信可汗。开成四年（839年）其相掘罗勿作难，引沙陀共攻可汗。可汗自杀，国人立馺特勒为可汗。方岁饥，遂疫，又大雪，羊、马多死，未及命。
漠北回鹘汗国的衰落，除了内部原因之外，与吐蕃及黠戛斯的冲突与征战，力量被严重削弱，也是重要因素之一。
吐蕃是今天藏族的祖先，世代居住青藏高原。8世纪中叶以后，吐蕃乘安史之乱爆发之机，出兵从唐朝手中夺取了陇右与河西走廊，同时在西域与唐朝旧部展开争夺，并占领了天山南麓地区，而与此同时，回鹘出兵占领了天山以北地区。贞元五年（789年），吐蕃攻北庭（新疆吉木萨尔县北破城子），回鹘大相颉于迦思与唐北庭节度使杨袭古联合守城，因北庭附近的沙陀、葛逻禄、白服突厥等部及城内的汉人“苦于回鹘诛求”，“皆密附吐蕃”，[124]北庭遂陷。接着，吐蕃势力逐步向天山以北渗透，从回鹘手中夺取了准噶尔盆地的东部地区。但“北庭去回纥尤近”，它不仅是控制西段商道的要津，实际上也是回鹘的西部门户，因此，回鹘倾全力与吐蕃展开争夺。到贞元七年（791年），夺回了北庭。此后，双方在北庭、焉耆、龟兹一线展开拉锯战，在数十年间，回鹘相继与吐蕃、葛逻禄进行了一系列大战，到9世纪初，回鹘在西域之争中逐步占据上风。回鹘与吐蕃在西域的争夺，事涉高昌回鹘王国史，拟在第三章详述，兹不复赘。这里仅就回鹘与黠戛斯的征战进行论述。
黠戛斯为今天柯尔克孜族、图瓦族、阿尔泰族和哈卡斯族的祖先，唐代居住于叶尼塞河上游地区。黠戛斯与回鹘发生冲突，始于回鹘汗国第二代可汗磨延啜时期（747～759年）。《磨延啜碑》东面第19行记载：
ančïp bars yïlqa čik tapa yorïdïm. ekinti ay tört yigirmikä kämdä.
在虎年我出兵攻打鞠部（Čik）。二月十四日，我作战于剑河。[125]
回鹘磨延啜可汗率兵袭击了黠戛斯所属的鞠部（Čik）。具体的时间，《磨延啜》北面第22～24行碑文记为兔年，应即唐天宝十一载（751年）。文中有如下记载：
qïrqïz tapa är ïdmïs.siz tašqŋï čikig tašïγïrïŋ timis……qïrqïz qanï kögmän ičintä, äb barqïnta ärmis.
并往黠戛斯派人说：“你们出征吧！你们也叫鞠部（Čik）人出征吧！”……黠戛斯汗在曲漫［山］里边，在其牙帐那里。[126]
《磨延啜碑》南面第1行紧接着说：
Is［iŋä］ är kälti. qarluq isiŋä kälmädük tidi……bolču ügüzdä üč qarlyqïγ amta toqïdïm.
已经有人来到其可汗及其同盟者处，［但］葛逻禄还没有来到其同盟者处……在Bolču河把三姓葛逻禄击败了。[127]
分析以上不相连贯的碑文内容，可以推测，当时黠戛斯为了对付强大的回鹘，似乎曾与葛逻禄结成军事联盟，以共同对抗回鹘的侵扰。磨延啜得知这个消息后，立即作出部署，派人去讨伐黠戛斯所属鞠部（Čik），并派人拦截葛逻禄人，而同时受到打击的还有拔悉密人。磨延啜趁机把其势力范围扩大到剑河（叶妮塞河）流域部分地区。此后，黠戛斯在与回鹘的对抗中渐趋劣势。
在《铁尔浑碑》西面第５行，有对《磨延啜碑》上述内容的补充：
birigärü učï altun yïš kedin učï kögmän ilgärü učï költi.
保卫……在金山（阿尔泰）山林的西边疆界［和］在曲漫山的东边疆界。[128]
说明此战之后，为了防御黠戛斯人的报复，磨延啜下令自阿尔泰山的西端直到曲漫山的东端，全都派军队进行守卫。上引文献中反复出现的曲漫，乃突厥文Kögmän的音译，应指今天的西萨彦山岭，明显可以看出是突厥与黠戛斯之间的主要屏障之一。唐人段成式记载，黠戛斯先人“所生之窟，在曲漫山北，自谓上代有神，与牸牛交于此窟。”[129]正与突厥碑铭所载黠戛斯所处位置一致。当时磨延啜还曾于色楞格河畔建立城池，以御黠戛斯。《磨延啜碑》西面第5行记载说：
soγdaq tabγač säläŋädä bay balïq yapïtï bertim.
我让粟特人和中国人在色楞格河处建造了富贵城。[130]
除了碑铭的记载外，近年考古学者在蒙古高原还发现了磨延啜时期的城堡和城墙。回鹘人用长方形砖坯，从萨彦山岭南麓向叶尼塞和赫姆奇科河流域城堡相连。[131]这些工事的主要功能，是为了防御北方黠戛斯的进攻。
天宝十四载（755年）冬十月，安史之乱爆发，长安、洛阳两京陷落，唐朝岌岌可危，不得不借兵回鹘，磨延啜可汗亲自统兵援唐，后方空虚。黠戛斯乘势向回鹘发动进攻。乾元元年（758年），磨延啜可汗回兵，与黠戛斯大战于剑水流域，回鹘击破黠戛斯军五万人。黠戛斯损失惨重，力量大减，“自是不能通中国”。[132]差不多一个世纪的时间，黠戛斯都没有与唐朝发生往来。
黠戛斯还曾与吐蕃联合，共同对抗回鹘。叶尼塞河上游发现的《恰库尔碑》记载，820年左右，碑主人“为了高尚的事业，我去吐蕃汗那里，往返为使臣”。[133]汉文史料也记载，从790年到840年间，黠戛斯又与葛逻禄及吐蕃结成了共同对付回鹘的联盟。在《新唐书》卷二一七下《黠戛斯传》中有如下记载：
然常与大食、吐蕃、葛逻禄相依仗，吐蕃之往来者畏回鹘剽钞，必往葛禄，以待黠戛斯护送。
据此可知，至8世纪末，黠戛斯似乎又逐步恢复了与回鹘抗衡的能力。然而，作为北方劲敌，漠北回鹘是不敢轻视黠戛斯人的。《九姓回鹘可汗碑》汉文部分第13～14行有如下记载：
初，北方坚昆之国，控弦卌余万。［彼可汗］□□□□□自幼英雄智勇，神武威力，一发便中。坚昆可汗，应弦殂落，牛马谷量、［杖］械山积，国业荡尽，地无居人。[134]
考诸碑文所述史实，由于黠戛斯常与其他民族联合以共同反对回鹘，回鹘以此为由，动辄发动对黠戛斯的战争，以弱其势。按照《九姓回鹘可汗碑》的说法，黠戛斯可汗所辖四十万大军，均被回鹘消灭。黠戛斯君长阿热被迫接受回鹘授官，为“毗伽顿颉斤”。[135]
回鹘的保义可汗（808～821年），在西面与吐蕃交战，北方又和黠戛斯为敌，通过武力从吐蕃手中夺回北庭（今新疆吉木萨尔县北），势力及于中亚地区。后来嗣位的回鹘崇德可汗（821～825年），继续向西用兵，以对付吐蕃和葛逻禄。此间，无暇顾及黠戛斯，黠戛斯得到喘息之机，国力很快恢复。漠北回鹘却自9世纪20年代开始，由于天灾人祸，渐显衰势。[136]在与黠戛斯的长期较量中，逐步处于下风。
