残余倭寇趁机突围而出，占据大山。明军攻山，倭寇再次战败，逃往上界岭。上界岭地形险要，犹如一根圆柱，四周陡峭，山顶平坦。倭寇在山顶设营，长枪林立，如蓬麻一般。上界岭只有一条山路，丁邦彦率军先登，吴惟忠领兵据后。一部分倭寇持枪从上而下，突击丁邦彦部，被反击的明军刺落崖下，明军随即登上山顶。山顶残倭六七百人一拥而上，打算将明军赶下山去，但是鸳鸯阵不愧是冷兵器时代近乎无解的阵形，最终倭寇被打得大败，四散而逃，跳山而逃坠崖者不计其数。没有摔死的倭寇逃往海边，进入白水洋朱家大宅，明军赶到，四面围困。
困兽犹斗的倭寇眼看突围不出，仍负隅顽抗，不肯投降，与明军死战，明军拆掉西面围墙，列阵进逼。倭寇登上屋顶，用石块和用尽火药的鸟铳乱砸，落如雨下。明军顶着乱石抵达房边，点火烧屋。眼见火起，疯狂的倭寇连刀枪都一起投下，明军竖起长枪狼筅，隔开刀枪，围而不动。最终屋内倭寇全被烧死，残余的几个倭寇用手捧着所抢金银，跪地叩头，请求明军饶命。明军没有接受这些手上沾满中国人鲜血的倭寇的投降，明军士兵用狼筅挑开金银，将这些倭寇一一刺死。战后明军打扫战场，被消灭的倭寇尸体堆积起来高达一丈，可谓大获全胜。
当全歼敌人的戚继光入城犒劳全军之际，又有约两千倭寇乘船停泊千江。戚继光一面命胡震带领水师埋伏外海，一面命楼楠领军冒雨突击，在洋坑大败倭寇。楼楠冲锋在前，亲斩倭寇头目一人。战败的倭寇乘船夺路而逃，在长吊洋遇到等待已久的胡震水军，截杀而出的明军犁沉倭船五艘，烧残五艘。倭寇残余船只突围而去，结果被戚继光所部水军堵截，击沉五艘。倭寇趁天色昏暗，夺路而逃，被追上的明军再次击沉一艘船。当倭寇好不容易借着雨雾脱离了戚继光水军追击，在三板沙又被胡震水军堵住。此时正是半夜三更时分，冒雨而逃的倭寇被胡震直接当头犁沉领航船后，终于抛弃了走一路被打沉一路的船，登岸爬上悬山据守。
明军一路层层截击之下的倭寇，至上山之时就已经粮尽援绝了。第二天凌晨，一百余名倭寇悄悄下山，凫水偷渡至林头。得到通报的戚继光命楼楠从隘顽所（今台州温岭市岙环镇）出发，在倭寇必经之路布防。刘意部由聂王桥（台州温岭市箬横镇）直接前往堵截，绍兴府通判吾成器率绍兴兵跟进，知县徐钺率乡兵在小藤岭一带埋伏。三路夹击之下，垂死挣扎的倭寇直扑吴成器部绍兴兵，妄图打开一条生路。吴成器亲临一线督战，两军相持不下。一名倭寇见吴成器骑马在阵前指挥，于是挺枪直冲吴成器，枪尖已经刺到马腹。吴成器眼疾手快，张弓一箭正中这名倭寇的额头，明军呐喊齐冲，将这股倭寇全部消灭。
在明军主力离开温岭后，五月十七日，另一股倭寇在长沙（温岭市长沙村）登陆。此时戚继光正在新河（温岭市新河镇）。长沙东靠后湾海面，北接大峻岭，南依蛇头山，西面是隘顽所城和太平县城之间，唯一的陆上交通要道是大、小藤岭。而隘顽所的明军主力，在几天前被楼楠带到了新河，所以此时守军不多，隘顽岌岌可危。在危急时刻，戚继光命把总李成立单骑赶往松门所（温岭市松门镇），和松门所守将罗继祖一起，乘夜将松门所新兵海运至隘顽所。同时戚继光命楼楠、丁邦彦、陈大成等各立军令状，齐心并力，赏罚同列。诸将宣誓之后，于十八日赶到铁场（温岭市铁场村）。此时天降暴雨，明军冒雨赶路，于十九日夜到达大藤岭，在大藤岭整队之后，明军兵分三路行至小藤岭。倭寇没有想到明军这么快赶来，再加上前一日又在下暴雨，因此没有在小藤岭留下哨兵。明军越过小藤岭之后，偃旗息鼓，突袭长沙。一直到明军靠近船场码头，倭寇才发现明军已经杀到，猝不及防的倭寇被当场杀死数百人，余者弃械投降。
在这次宁台温大捷中，明军前后斩首一千零二十四级，仅上界岭之战中，戚继光所部明军便阵斩三百四十四人，而损兵不过三人。
说到这里，要特别提一下明军的“首功制”。明帝国为了防止将领夸大战功，逐渐形成了一套严格的军功制度。明军以割取战斗杀死的敌军首级为凭据，向兵部讨取赏银或获得升迁，这就是“首功制”。同时明朝也制定了一系列严苛的首级审核制度，由兵部与巡按御史两个系统严格把关，以避免出现杀害非战斗人员冒取功名的情况发生。所以“首级”数标准很严，需要掌握战场后获取完整的尸体，炸死、烧死的敌人，以及投射武器杀死的敌军都不能计入“首级”。如果是海战中淹死的敌人，只要没有捞到尸体，也不计算在内。因此敌军伤亡数与明军得到的首级数是两个概念，前者往往是后者的几倍甚至十几倍。这点在明军与蒙古人的作战中尤为明显，因为蒙古人有抢夺己方尸体的习俗，并且战场环境复杂，明军很难有机会仔细清理战场。
◎排枪轮番前进射击复原图，从左到右，第一轮由第五排由右侧前进至阵前五步（8米），射击完后立定装枪，第四排前进，以此类推。如原地轮番射击，则射击完后由左侧退回原地（《正气堂集》）
话说回宁台温大捷，戚家军在兵力不占优势的情况下，竟然打出阵斩一千、己亡三人的伤亡比，堪称古代军事史上的奇迹。当然，这并不能证明这股倭寇水平很差，相反他们非常顽强和精锐。一开始，戚继光以一千五百人对倭寇二千人，先是在山区设伏，之后全为攻山、攻坚作战。这股倭寇最开始的时候，即使没有发现明军埋伏，依旧拉出了前后二十余里的行军队列。以二十里来算，计三千六百丈，也就是一丈八尺（合5.76米）一个人。这种行军队列模式，使得即使军队进入伏击圈内，也有足够的反应时间进行应对。现实也是如此，当明军伏兵突击时，倭寇也立刻分出了三四百人的迎击队伍，给自己登山据守留下了反应时间，其指挥系统的高效也可见一斑。
一般军队在遭遇伏击的时候通常很难组织起有效防御，而这股倭寇在遇到伏击之后一边出兵迎击，一边占领制高点。当据守小山的倭寇被明军围攻招降，士气下降，导致小山失守后，他们再次突围寻找了大山作为支撑点；当大山也守不住的时候，又登上了绝崖上界岭。可见这支倭寇在被明军伏击之后，三战三败依旧不乱，突围而出的残兵依旧自发聚集在一起，进入有坚固围墙的大宅死守，期间还曾组织过一次突围，其战术素养和战斗意志，放在任何国家和时代，均可堪称一流水平。
然而这么一支放在正规军中都堪称精锐的倭寇，在和明军对战时，轻易地全军覆没了。这支倭寇在战场上被斩首的有三百四十四人，除被生擒若干，其余或摔死或被烧死，而明军仅仅阵亡三人。其中陈四和陈七十二，死于围攻朱家大宅时放火烧屋，只有王华廾一人死于两阵交锋，而且还是倭寇处于绝对地利的上界岭之战。如此巨大的差异，其原因就在于鸳鸯阵的投入使用，而戚继光也因为此战和他的鸳鸯阵一起名垂青史。他究竟是怎么打的呢？
我们还得先从戚继光那本著名的《纪效新书》开始。然而作为一本纯军用的兵书，其在出版时内容多少都有删减，如大鸳鸯阵戚继光并不曾画图，还比如在鸳鸯阵一开始的编制中，一哨四队，装备大铳三门，戚继光也没有提过究竟是何人在什么情况下去操作这三门大铳。在传统的中国兵书里，犹抱琵琶半遮面已经成为惯例，看着书中明明白白所记录的是一回事，而实际上用却是另一回事，作为此中老手的戚继光也不例外。明代兵部尚书还曾专门告诫将领，不要生搬硬套戚继光兵法，因为“其精妙之处不言，恐泄其巧也”。
《纪效新书》一共有两个版本，一个是十八卷本，一个是十四卷本。十八卷本基于抗倭时的编制情况撰写，当时除冷兵器外，一哨配备一队火绳枪兵，火器比例为20％。除了这一部分火器，冷兵器的鸳鸯队还携带大铳三门。不含非战斗人员的火兵在内，一哨冷热兵器合计五十五名战斗人员，其中有十杆火绳枪、三门轻型火炮，这种火力配置在当时的世界军队中堪称豪华。在中国的军事传统中，士兵要求长短兼习，即能够使用远近两种冷兵器。在鸳鸯队中，刀牌手的刀牌为近战兵器，远战兵器为标枪；狼筅手以狼筅为长兵器，以腰刀为短兵器；长枪手以长枪为短兵器，弓箭为长兵器；镗钯手以镗钯为短兵器，火箭为长兵器。即使不在一线的鸟铳手，也配备了长刀作为近战格斗兵器。作为小队作战指挥者的队长，携带了弓箭、长枪、腰刀三件兵器，同时队中还携带了六副拒马枪、一副布城和四百八十个铁蒺藜。
如前面所说，戚继光的阵形编制中，火绳枪和冷兵器在记录中都非常清晰，唯有每哨大铳三门，没有做出任何交代。书中只有一句“每哨大铳三门，不用木马，止用新制极便合口大铅子，每三门如式送子一根，铁锤一把。”他还在同一本书中，又提了一种火器，叫赛熕铳：“铳长三小尺，内口约容半斤铅子，药在粗腹不可过，铅子送至腹口方好。即如此，平卧地下，随其远近，加垫头高，并不用木马等类，此器之利者，亦以项长而铅子合口故也。”其配图中对送子的说明为“此用铁作送子，下圆，送铅子不偏”。这两者结合来看，不用木马、合口铅弹、特制送弹杆：大铳和赛熕铳两者标准似乎相同。
◎铁蒺藜
“行营之内，鸟铳虽速准而力小，难御大队，难守险阻，难张威武。佛狼机又太重，难于扛随。今以臆创一器，名为赛熕铳，既无下木马延迟之艰，又不坐后其铅子，犹胜佛狼机之大，其声势可比发熕，其速即可比鸟铳。”赛熕铳是在鸟铳火力不足、佛朗机和发熕太过沉重不方便随军机动的情况下制造的。以戚继光的表述来看，一开始的每哨大铳三门，实际上是每哨携带三门赛熕铳，作为轻型步兵支援火炮使用。
十八卷本中没有写是什么人来使用这些火器，翻看稍晚的《练兵实纪》和《纪效新书》十四卷本，赛熕铳的地位已经被虎蹲炮所取代。《练兵实纪》中“马兵每旗总一名，队总三名，共管虎蹲炮一位。”而此马兵一旗为三队，每队十二人，合计三十六人，也便是三十六人之中编制有虎蹲炮一门。此炮由队长操作，列于阵前一丈（3.2米），“虎蹲炮安各旗空前，去人一丈”。在《纪效新书》十四卷本中，也是三名队长合演虎蹲炮一门。因此，在通常状态下，虎蹲炮编制当为三队一门，即三十六人冷兵器队列之中配备虎蹲炮一门，由三名队长来点放火炮。赛熕铳的弹丸重量为半斤，大约为300克，作为步兵支援火器，以及破坏轻型土木工事所用，可以单兵操作。值得注意的是，送子只有一根，也就是说这三门大铳，其实是三人合用，与三名队长合作使用一门虎蹲炮一样。因此，此时的鸳鸯阵中，一哨中的三门大铳，应为前队和左、右两队的队长合作操作。
在《纪效新书》和《练兵实纪》两书中，鸟铳和虎蹲炮的射靶距离均为一百步（160米），赛熕铳也不应例外。在鸳鸯阵以哨为单位的接敌过程中，前队、左队和右队列阵在前，后队居中策应，展开队形的正面宽度为15米左右。以倭刀的横向挥舞安全距离3.5米来说，倭寇最多只能有四五个人同时与明军交战。当两者相距百步来说，以正常步行、疾走的速度，双方将会在1.5—2分钟之内相遇。按照戚家军的战术流程，中军喇叭手吹响喇叭，鸟铳齐射一次；前层长枪兵持弓，镗钯手持火箭至鸟铳手处，长枪手每人射箭九支，镗钯手放火箭一支；之后中军擂鼓，后层刀牌手和狼筅手前出至长枪手和镗钯手之前，列阵前进至与后队间隔二三十步（32—48米）时，与敌军相遇交锋。
按上面的战术流程，倭寇前112—128米，即大约一分钟的时间，其在约15米的横面，要承受十名火绳枪兵的一次齐射，十二名弓箭手每人九次射击共108支箭，镗钯手的一次齐射共6支火箭，合计进行124次射击，即每米的横向距离，在进入肉搏之前承受8次左右的攻击。换算成正面3.5米一个人的倭寇阵列来说，正面的每个人要承受24—31次的投射攻击，才能与明军进行肉搏作战。不过，倭寇当然不会轻易配合明军的设定，使用稀疏队形对敌。为了防止倭寇以长枪列密集阵形来冲击鸳鸯阵，戚继光才会在每个哨中配备有三门赛熕铳。这样倭寇如果使用密集队形，在连续的炮击中就会显得非常危险，甚至还不如使用稀疏队形安全。
◎赛熕铳复原图及类似思路下李朝仿制的此类步兵轻型火炮唐铳筒（万历丁亥六月唐铳筒十六斤一两匠忠立）
◎叠阵（总兵力分为前后两层或三层即以上，大阵即称为叠阵，此叠阵中单独小队列为鸳鸯阵）排枪射击复原图，鸟铳手出阵前五步（8米）。以《纪效新书》《正气堂集》《武备要略》阵图参考复原
◎叠阵长枪手射箭镗钯手射火箭图，以《纪效新书》《正气堂集》《武备要略》阵图参考复原（长枪手射箭时长枪插入泥土，泥土中有大量致病细菌病毒，以用于污染枪头）
总之，当倭寇顶着枪林弹雨抵达鸳鸯阵前时，还要再挨上六支标枪，才能最终与明军兵刃相交。在鸳鸯阵中，明军身体正面均被长牌手的盾牌遮蔽。当敌兵持长枪从上而下，刺入鸳鸯阵中时，牌手举起盾牌，将敌方长枪顶起，身后长枪手出枪直刺；当敌兵从下刺枪时，牌手下坐盾牌，将敌方长枪压住，身后长枪手出枪直刺；当敌方将长枪从左右两侧刺入阵中时，左右两边狼筅手用狼筅将对方长枪绞拿，长枪手出枪直刺，镗钯手跟长枪手齐出，以保护长枪手。当敌方人数较多、一拥而上之时，狼筅手护在牌手左右，左右方长枪手各跟狼筅手出枪，镗钯手护卫身后，藤牌手以藤牌遮蔽身体，用刀砍敌人下盘。
这样鸳鸯阵一共十名战斗人员，正面只有两个身位宽度。每一个试图攻入的敌人，都要在越过一面盾牌之后，被一支狼筅控制格架兵器，然后被两支长枪直刺。直刺的长枪手身边还有一名镗钯手保护，以防止长枪脱出狼筅的保护。这样无论敌方从那个方向怎样进攻，都要面对至少三四件兵器，等于一个人打四个人。这样在阵形、火力上全面落后的倭寇，作战意志越是顽强，伤亡越是惨重。最后导致三人和一千人这样极高的交换比也就不足为奇了。
万里杀倭戚老虎
宁台温大捷后，浙江倭寇被一扫而空，然而倭寇并没有罢休，而是转向福建劫掠。嘉靖四十一年（1562年）七月，胡宗宪命戚继光率本部正兵六千人，另以督府中军都司戴冲霄率部一千六百人协助，往援福建。戚家军进福建后，与倭寇连续作战，四战四捷。
第一战是横屿之战。横屿是倭寇在福建境内经营多年的老巢，位于宁德县城东北二十余里处，是海中的一个小岛，与大陆之间有长达十里的浅滩。这片浅滩，潮来成海，潮退泥洼。加之福建属于潮差较大的地区，涨潮落潮之间，水深误差通常在五米以上。在这样的环境下，用陆兵攻打难于在淤泥里涉渡，时间一长，潮水上涨，进攻的步兵就会被潮水淹没；用水师进攻，时间一久，潮水落下，则船只容易搁浅：无论水陆两军，攻打横屿都非常困难。倭寇凭借这种自然条件，在岛上经营多年，筑城建垒，经常驾小船出外抢掠，在横屿久屯。
八月上旬，明军开抵宁德，当时围攻横屿的是戚继光、俞大猷、刘显三路明军。戚继光所部居中，摆成鸳鸯阵，每人背负一捆草，填泥而进，近敌后发起猛攻。俞大猷和刘显两路明军迂回敌后截击。倭寇溃败而逃，半路被俞大猷和刘显截杀，几近全军覆没。此战斩首三百四十八级，俘敌二十九人，救出被俘的百姓八百余人。戚家军仅阵亡十三人。战斗自始至终，不过三个时辰，赶在涨潮之前，将盘踞多年的倭寇一扫而尽，一举收复横屿。
第二战是福清之战。福清是倭寇在福建盘踞的另一个囤聚基地。在横屿收复后，戚继光于八月二十八日、二十九日抵达福清。当时倭寇设营牛田（今龙田），分别驻扎杞店、上薛、西林、目岭、葛塘、新塘、闻读等处，势若长蛇，长达三十多里。三十日凌晨，倭寇还以为戚军刚到福清需要休整，就出动队伍七百多人，偷袭戚军驻地。戚继光亲临阵地指挥反击，击退倭寇。九月一日夜二更，戚继光率领队伍，悄悄地向倭寇大本营牛田前哨的据点杞店疾驰。倭寇猝不及防，顷刻被歼。戚继光又令部将王加龙为先锋，吴维忠、刘大凌两部为左右翼，再破闻读、上薛等处敌营。
从杞店等地溃败下来的倭寇，都集结到牛田海边。倭寇掘堑断路，引潮水入壕沟，负隅扼守大本营，妄图以此阻止明军进击。戚继光下令，以横屿为例，队伍每人背草一大束，当夜急驰到堑沟边，投草填平壕堑，列成鸳鸯阵进击。消灭外围警戒的倭寇十余人后，戚家军迅速进到倭寨墙下。矿工出身的朱珏、金科攀登上垒墙，打开营门，大军一齐冲入。牛田倭寇企图列阵顽抗，然而大胜之下的明军气势如虹，乘势将倭寇全部歼灭。此战斩杀倭寇六百八十八人，收降胁从数千，生擒倭寇十人，夺获武器三百六十九件，仓皇而逃的倭寇落入海中而死者数以百计，救出被掳男女群众九百五十四人。盘踞西林、目岭的倭寇，见牛田倭寇溃败，闻风丧胆，不敢迎战，会同残寇往上迳桥方向逃窜。屯据在其他据点的倭寇，见牛田大营溃败，逃至莆田县南二十里的林墩扎营据守。之后戚家军攻破林墩，斩首九百六十级，生擒倭寇二十六人，救出被俘百姓达二千一百二十人。
第三战林墩之战结束后，戚继光率军返回浙江。十月三日，戚继光抵达福清。此时戚继光因连日积劳，再加上涉水着凉而患病在福清暂居。五日，倭寇三百多人从东营澳登陆后窜至葛塘。县丞恳请戚继光派兵出击，戚继光不顾身体疾患，立即应允。六日黎明，戚继光派部将陈大成、陈子銮据守上迳桥，并在渔溪设伏。戚继光自己督率吴维忠、童子明等部将士，从正面前往葛塘。这时又有三百名倭寇从牛田港登陆。戚继光遂改变策略，分兵对付：一部在葛塘阻击，自己带一路赶往牛田。从牛田港登陆的倭寇在港内安营扎寨，结队列阵，持枪扬剑，耀兵于两军阵前。戚继光抱病临阵督战，明军列阵前行，杀入敌阵。其他三路人马也四周合击，倭寇大败，全部被歼灭于港中，尸骸堆积数尺，所立营寨也被纵火焚毁。
此次战斗，计擒斩倭寇一百五十多人，夺获兵器二百九十七件。其中著名的寇首双剑潭和杨松泉均在此役中被歼。这次双剑潭和杨松泉是应原来屯据福清之倭的邀请，率精锐作为前锋来攻打福州的，二人勇悍善战，多年横行海上，在倭寇中素负盛名，没想到就这样被戚继光轻易击败了。在葛塘的倭寇，听到牛田炮声，往上迳桥奔逃，被戚家军伏兵斩杀十二人，余众被挤跌桥下，落入水中，残倭乘夜逃窜海上。继双剑潭而来的倭寇听说福清之倭已被戚家军尽歼，又听说双剑潭部也被剿杀无遗，大惊失色，都胆怯地说：“戚虎兵亦至此耶？……我等不敢犯浙矣，何又来万里外杀我也？”从此，戚继光在倭寇中得了个“戚老虎”的绰号。浙江兵盛夏入闽，战至深秋，天气渐寒，寒衣未备，加上水土不服，军中疫病流行，生病者已达一半，十一月，戚家军回到浙江。
明嘉靖四十一年（1562年）十月，倭寇趁戚继光北上返浙，聚集大股兵力，再次进攻福建，攻陷兴化府城，随后占据平海城与明军对峙。次年四月十九日，新任总理军务巡抚都御史谭纶抵达省城，二十日，在浙江义乌招募了新兵的戚继光入闽。戚继光考虑到倭寇虽少，但占据险地，能以一当十，明军必须速战速决，所以此战戚家军奋勇当先，收复平海。此战前后斩首二千二百五十级，救回被俘平民男女二千三百八十人，缴获刀枪剑铳三千九百六十一件，取得了平海卫大捷。
十月上旬，倭寇舰船先后入侵台山、福宁三沙和闾间澳、万安连盘澳、平海卫后潘澳等地。戚继光调拨各路明军围追堵截，十二战十二捷，歼敌三千余人。十一月六日，倭寇一万余人登陆仙游，分屯仙游县城四门外城，将仙游团团包围。当时，仙游城内驻兵只有二百余人，另有民兵二百五十人。戚继光根据敌情，调整部署，以一部往福州，以防倭寇袭击省城；一部防守闽江、兴化，以防倭寇深入福建内地；又命三千名水兵驻守漳州、泉州，控制沿海要地；戚继光本人亲率六千名士兵增援仙游。此时倭寇已经在仙游城外环城立营筑垒，对仙游城发动进攻。戚继光以敌我兵力悬殊，决定以仙游城为支撑，抑留敌人，等明军主力集中后，再设法歼敌。于是戚继光派亲兵二百人乘夜入城，以加强仙游城内防守力量；命守备胡守仁领兵驻扎铁山，据险为垒，牵制倭寇；从各营挑选精锐五百人，组成敢死队，不时袭击敌营；同时将大本营移至离倭寇较近的石马，四面布置疑兵，既遏制倭寇分兵四处剽掠，又让其不能一心一意集中兵力攻城。
十二月下旬，浙江援军约六千人赶到福建，抵达仙游以东的沙园。此时仙游城外围城倭寇高达万余人，明军即使援军赶到，也不过一万一千多人。但倭寇在仙游城外四面合围，并在四个城门外面分别修筑了四个堡垒，四垒之间有一定距离，这就给了戚继光集中优势兵力各个击破的机会。二十五日，戚家军各部开始行动。中左路王如龙部、左翼李超部先后进至新岭扎营，中右路胡守仁部进至天光岭扎营，右翼陈濠部进至水沟扎营。
当晚天降大雨，到了次日上午，大雾弥漫，明军各部乘雾隐秘向敌营逼近。快到城下，明军才被倭寇发觉。当时倭寇正推着八辆吕公车攻城，数百名倭寇藏身车内，正准备登城。恰逢明军赶来，中右路明军直冲倭寇南垒，倭寇攻城部队只好放弃攻城，掉头结阵对付明军。明军中左路协同中右路奋力拼杀，倭寇大败，退入南垒。明军立即包围倭垒，拔除木栅，纵火焚烧。倭寇当即被烧死数百人，残倭逃奔东垒。明军中右路乘胜追击，与明军右翼军夹击东垒倭寇。与此同时，中左路戚军与左翼戚军一齐扑向倭寇西垒。东、西二垒在猛烈攻击下，先后被明军攻破，倭寇被烧杀一千余人。东、西二垒残倭逃奔北垒，戚继光亲督金科等部进攻北垒，倭寇不能支持，弃垒而去，至此仙游之围解除。
◎安海平倭寇图（《三省备边图记》）
◎（福建）练兵平倭寇图（《三省备边图记》）
倭寇余众见明军连拔四垒，进入仙游城内，遂后退数里，脱离与明军接触，此后两军相持数天。眼见明军戒备森严，于是倭寇在三十日向同安方向离去。戚继光领兵追击，在王仓泙再次击败倭寇，斩首数百，倭寇坠崖者不计其数。尚有残倭数千逃至漳浦县蔡丕岭，据崖设寨而守。戚继光命部下分为五哨，各持短兵攀岩而上，当明军登上崖顶之时，倭寇伏兵四起。狭路相逢勇者胜，戚继光下令明军不得后退一步，擂鼓突击，杀入重围。倭寇伏兵大败，被杀数百人。仙游之战，明军前后杀敌近万，福建倭寇就此绝迹。
北门锁钥
自古以来，北方游牧民族一直是中原汉族王朝的心腹大患，在倭寇被平定之后，明朝开始集中精力解决屡屡南侵的蒙古部落。隆庆初年，蒙古屡屡进攻北京门户蓟州镇。为加强京畿的防御力量，给事中吴时来上奏，请求征召在抗倭战争中盛名在外的俞大猷、戚继光专门训练边兵，以提高北方军队的战斗力。经过兵部讨论，俞大猷依旧在南方坐镇，而调用戚继光北上。于是明穆宗隆庆帝下令召戚继光为神机营副将。此时正逢戚继光的老上级谭纶在辽、蓟督兵，他特意征集步兵三万，其中征召浙江兵三千名，上奏请求委托戚继光训练。
于是在隆庆二年（1568年）五月，隆庆皇帝任命戚继光为都督同知一职，总理蓟州、昌平、保定三镇的士兵训练事宜，官职在总兵官以下的，均受其节制。戚继光到蓟州后，视察了当地的军队状况，然后向朝廷上疏：“蓟州镇的士兵，看起来很多而实际上很少。原因有七条：一、驻屯的军人不练习阵战之法，而好个人格斗之技，壮健精锐的士兵云集将帅门下为亲兵家丁，在营正兵却为老弱充数；二、边寨曲折漫长，却极少设立驿站机构，蓟州镇为首都门户，使臣宾客来往不断，每天应接不暇，参将、游击成为驿使，营房关垒变成了驿站；三、敌寇来犯，部门调遣无方，以远水来救近火，不仅无用，而且长途奔赴，人马两伤；四、防守边塞的士卒缺乏严明的约束，阵列行伍不整；五、作战中骑兵不骑马作战，反而下马徒步；六、将领偏好家丁亲兵，导致组成军队的主力正兵军心离散；七、建立边寨防御工事的时候，不根据地理情况分出轻重缓急，导致防御地点众多而使兵力分散。”
戚继光还列举了明军边防上的六个问题，以及虽然训练但无益处的四个弊端。
六个问题：第一、边寨所依赖的是兵卒，兵卒所依赖的是将帅，现今恩威号令都不能让人心服，营规条例也不能使其齐心协力，无论舒缓还是急促都难以驱使将领士兵；第二、拥有火器而不能很好地使用；第三、放弃使用当地民兵；第四、从各镇调来充实边防的兵卒，蓟州镇嫌他们并非本镇兵马，他镇援兵又认为蓟州镇对其无管辖权，两方互不统属，毫无纪律可言；五、偏师民兵超过四万人，且人各一心，空耗军饷而不能用；六、练兵的要务首先在于练将，眼下注意武举考试，多种途径的选择荐举与此类似，但这是选拔将领的方法，而不是训练将领的方法。
四个弊端：一、现今一营兵卒作为炮手的常有十人，然而将领却不训练各种兵器的交互使用，应当以长卫短，以短救长；二、三军士卒各有擅长之技，战鼓军旗等指挥用具都应有所准备，现今都弃置不用；三、拉弓射箭的功力不能比敌人更强，却想以此取胜；四、教练之法，自然有正确的方式，外表美观则不实用，实用则不美观，当今训练全无实战内容。
戚继光的这几本奏折，或者说批判，实际上直指当时嘉靖以来北方边军流行的家丁制度。自明孝宗废除开中法之后，北方边境的军粮储备受到了灾难性的破坏，边军战斗力大为降低。入侵的蒙古人又加剧了屯田的荒废，并在屡屡得手中变得越来越强大。要用比之前更少的物资和人员抵御比之前更加强大的敌人，所以嘉靖年间的北方边军针对蒙古的入侵模式，对军队结构进行了重组。当时蒙古是先集中兵力突破边墙，在破边之后，以高机动性的千人级骑兵队伍四处分散劫掠。鉴于蒙古人的物资和人员相较中原王朝远为匮乏，无法保证每股骑兵队所有人员的装备和战斗力，因此这些四下劫掠的千人骑兵队伍里，有相当多的毫无装甲和优质兵器的人员。也就是说，蒙古人的这些骑兵队，是以少数精锐骑兵带领多数武装牧民的模式来构建的。而部落贫弱的生产力和人口数量，导致蒙古很难承受一次性大量损失精锐骑兵。所以当时蒙古人的作战模式勇猛有余而韧性不足，难以进行大规模决战以及消耗战。有鉴于此，嘉靖年间的北方将领针对蒙古人精锐不足的弱点，组建了一支人不卸甲、马不离鞍、弓马娴熟、高机动性和高战斗力的机动部队，以压制蒙古人各骑兵队的精锐前锋部分，从而在此基础上消灭整个入侵队伍，或迫使对方因无法承受人员损失而撤离。为方便调遣和随时出战，这支部队只能是围绕在将领周围的亲兵近随，即家丁。
有得必有失，将领在将有限的资源大量倾斜给亲随家丁的同时，不可避免地侵害了一般士兵的利益，从而导致部队主力的正兵战斗力进一步恶化。这种亲随模式下的架构，又会使得家丁和将领之间形成一个带有排他性质的利益结合体。这样就使得不同体系下的将领家丁团之间，难以有良好的配合和顺畅的指挥。同时，这类高福利的家丁团队必然是一个人员数量较少的团队，所以即使简单的手势和口号，即可将命令传达到整个作战集团。这样大型阵战下的旗鼓军号等指挥工具，自然就毫无用武之地，从而使得整个军队在整体上的作战能力进一步降低。
诚然，家丁这种有相当针对性的战斗模式挽救了当时明朝千疮百孔的北方边防，但是这样的军队架构毕竟是不正常的。虽说救一时之急，谈不上是饮鸩止渴，然而解渴的也绝非甘甜泉水。当明廷在南倭北虏中缓过来之后，这样不正常的军队架构自然要着手改良。戚继光也正是有鉴于此，才趁此时机提出了上面的几条。为将军队正常化，戚继光提出了自己的主张：“兵形如水，水随地而流动，用兵要根据不同的地形环境来决定取胜的战法。蓟州的地形有三种：广阔的平原田野，是内地百里以南的地形；险阻平易参半，是内地靠近边塞的地形；山谷狭隘，树大林深，是边塞之外的地形。敌人进入平原，就要投入战车；敌人在靠近边关的内地，就要投入骑兵；敌人在边关之外的山谷树林，就要投入步兵。三者交互使用，才可能获得取胜的主动权。现在边兵只练习骑马，不熟悉山战、林战、狭谷之战的阵法。目前只有浙江兵能做得到。请还给我浙东冷兵器手、火器手各三千名，再募西北壮士，一共组建五支骑兵、十支步兵，由我专门训练，军中所需粮草物资随时供应。”戚继光又提出：“我的官职为初设，诸位将官视作多余的职位，我如何从容行事呢？”
◎大同镇孤立的边墙和墩台 ◎宣府镇独石口长城
戚继光的奏章下到兵部，隆庆皇帝说蓟镇既然有总兵，又设总理，事务之权分割，让诸位将官多作观望状，因此应该召还总兵郭琥，专门任用戚继光。于是明廷任命戚继光为总兵官，镇守蓟州、永平、山海等处，而浙江兵则不做北调。同时考录平定吴平的功劳，将戚继光升任右都督。
隆庆二年十二月，土蛮部长昂、董狐狸等率所部屯聚会州，试图进攻铁门关、董家口、榆木岭、青山口、擦子崖等处。戚继光当时正在墙子岭，闻讯赶至青山口，击退攻打边墙的土蛮部前锋，乘胜出关，逐退土蛮此次进犯。
借此一战，戚继光审视了蓟州镇边墙，提出了重整边墙的建议。自嘉靖年重修北边以来，相当多的边墙和墩台是孤立的，墩台是墩台，边墙是边墙，两者互相不能很好地依托。蓟州镇的边墙绵延长达两千里，一处出了毛病，其他各处虽然坚固也均遭祸及。边墙单薄低矮，守御的时候，军士曝立暑雨霜雪之下，无所借庇。军火器具如果临时起用发往前线，往往来不及；如果收放在边墙之上，则没有可以贮藏的地方。如果敌势众大，乘高四射，守御的士兵无法站立。一处被破，两侧无可遮拦，士兵只得相望奔走。敌寇如果大势突入，边墙实际上无法抵御，年年修建却年年被破。于是戚继光上奏加厚边墙，跨墙建筑空心敌台，将可以通行人马的地方全部堵塞。
◎八达岭长城
戚继光修筑空心敌台的本质，是将边墙当作城墙来修筑。敌台因地制宜，高多为10—13米，周长在38—60米。险要处数十步或一百步一台；缓处或一百四五十步，或二百余步不等者为一台，两台相救，左右而立。这些空心敌台一般由上、中、下三部分组成：下部为基座，用大条石砌成，高与城墙相同；中部为空心部分，有的用砖墙和砖砌筒拱承重，构筑成相互连通的券室，有的用木柱和木楼板承重，外侧包以厚重的砖墙，形成一层或二层较大的室内空间，以供士兵驻守，存放粮秣和兵器；上部为台顶，多数敌台台顶中央筑有楼橹，供守城士兵遮风避雨，也有的台顶铺漫成平台，供燃烟举火以报警，而无楼橹。上下台顶有的在楼层间开洞，利用绳梯、木梯上下，有的在砖砌墙体中留出仅供一人通行的砖砌或条石踏步通道。中部空心部位开箭窗和楼门，其数量随敌台大小而异。一般每层前后各开三个炮口，左右各两个炮口，较大的敌台每面开四或五个炮口。在戚继光的主持下，隆庆五年（1571年），蓟州一带长城敌台工程完成。从此以后，在东起山海关、西到镇边（今昌平县西）的两千里长的防线上，矗立着1017座雄伟的敌台，随着地势，高下相间，凹凸参差，蔚为壮观。
在修筑工事的同时，戚继光也加紧对士兵进行训练。鉴于原北军士兵将领自恃曾经的功绩，对其训练有所抵触，戚继光再次请求调其原部士兵以为榜样。明廷批准了他的建议，允许他召集三千旧部北上。当浙江兵抵达蓟镇时，戚继光命其在郊外列阵，同时邀请北军将领前往阅兵。当时天降大雨，浙兵从早上一直站到傍晚，在暴雨中立定不动。原蓟镇的将领士兵极为震惊，从此不敢不听从戚继光的命令。
兵以正合，以奇制胜
在镇服了原蓟镇的将领之后，戚继光开始着手组建其作战思想下的车营、步兵营和骑兵营。与鸳鸯阵一样，戚继光大名鼎鼎的车营也是典型的拿来主义。
当时的情况是，敌人铁骑数万冲突，势锐难当。明军阵伍未定辄为冲破，敌乘势蹂躏，至无孑遗。且敌欲战，明军不得不战；敌不欲战，明军惟目视而已。“势每在彼，敌常变客为主，我军畏弱，心夺气靡，势不能御。”以上就是戚继光创立车营的初衷。蓟镇和其他各镇不同，蓟镇背后是首都京畿，在战术上就不能使用其他各镇的防守反击，一开始就不能让蒙古骑兵越过边墙进入内地。绵延两千余里的防线，也使得明军通常只能以劣势兵力对战全力破关的蒙古主力。俞大猷在随巡抚李文进驻守大同期间，为了对抗蒙古的大规模骑兵，他创造了高机动性的独轮炮车。他还在实战中以独轮车和骑兵相互配合，在安银堡击退有绝对优势的蒙古骑兵。当戚继光开始组建车营时，又找到了俞大猷，在他的帮助下，戚继光建立了自己的车营部队。
一般来说，车营是与马、步等主力战斗营合组成混编大营，以车营作为大营的战斗与防御的核心，骑兵和步兵乃至炮兵，都可以依托战车进行作战。鉴于蓟镇边墙外部环境多为狭谷，而如前面所说，蓟镇的最根本作战目的是把威胁阻挡在边墙之外，使京畿重地不受骚扰，因此戚继光车营的偏厢战车追求高防御，而降低了机动性。这使得偏厢车远较俞大猷的大同兵车重，很难仅依靠人力进行运输，因此戚继光车营中大量使用了畜力。戚继光车营也可以看作是江南抗倭作战时所使用的布城的升级版。在强化了防御力和火力之后，车营本身成了可移动的木城要塞。一个独立的车组除包含有正、奇两队士兵之外，还有两门佛朗机火炮作为火力支援。车营本身的战斗力，足以执行战术上的独立作战任务。然而也可依照任务的不同，在车营的基础上临时添加骑兵或步兵营、队，作为车营的额外攻守力量。
车营的核心自然是战车，战车的核心自然是车载火炮和随车作战人员。战车配备人员数量为两千五百六十人，除去车正和火兵，战斗人员为两千三百零四人，共有战车一百二十八辆。每辆战车随车拥有二十名士兵，操作战车的为正兵队，随车作战的为奇兵队。正兵队有车正一名，配备旗枪一杆、腰刀一把，专管战车方向；镗钯手两名，除自带一柄镗钯外，另外各配有火箭六十支；佛朗机手六名，每人配夹刀棒一杆，每三人负责操作一门狼机铳，九个子铳，火药铅弹一百发。戚继光车营的狼机铳身管相当长，以七尺（2.24米）为标准，全长最短不能低于五尺（1.6米）。其口径可由所备武器弹药来估算，每一门火炮备铅弹一百发、火药三十斤，则一发铅弹所需火药为明制0.3斤，约为178.5克。按照戚继光的要求，狼机铳铅弹不用木马，用凹心半圆形送弹杆，将弹丸打入子铳八分，此时弹丸约有一半在子铳口之外。陷入一半约为八分，即铅弹球体半径约为八分，那么直径当为一寸六分，即其狼机铳口径为一寸六分，合51.2毫米。车营车载狼机铳的长度约为口径的43倍。根据16世纪中后期日本所用火器铅弹密度计算，该直径铅制弹丸重量在740克左右，即弹丸重量为明制1.25斤（1.6磅）左右。鉴于其射程在一里有余（一里为576米），百步（160米）之内可洞穿人马来看，该弹药比重也较为合理。
除战车本身的操作人员正兵外，还有专门伴随战车作战的奇兵。奇兵一共十人，其中队长一名，持旗枪和腰刀各一；鸟铳手四名，火绳枪外配双手长刀一把；藤牌手两人，配藤牌一面、腰刀一把、投石索一个；镗钯手二人；火兵一人，配夹刀棒一根。奇兵队的鸟铳手每人有三百发弹药，镗钯手则与正兵队镗钯手合用火箭。通过描述可知，一辆战车的标准配备有十八名作战人员，冷兵器总类和数量为长枪两杆、镗钯四杆、夹刀棒七杆、腰刀四把、双手长刀四把、藤牌两面。火器为1.5磅长管狼机铳两门、弹药二百发、三钱弹重火绳枪（口径约13毫米）四支、弹药一千二百发、火箭一百二十支。在这样的战车编组中，一辆战车随车远程武器，在不计算投石索的情况下，可射击高达1520次，全营战车一共有128辆，也就是说，一个车营仅算战车，其远程武器可射击高达194560次。如果仅算铅弹，一辆战车的狼机铳铅弹重量约为250斤，鸟铳铅弹重量为22.5斤，合计272.5斤，全营则为明制34880斤，即可发射的弹丸重量约为20.75吨。这在16世纪，绝对是一个相当可怕的数字。
◎佛朗机铳
除此之外，在车营指挥官直接指挥下的，还有四门无敌大将军炮和四辆火箭车。无敌大将军炮为佛朗机型后装火炮，关于其“横击二十余丈（64米以上），可以洞众”的描述，也表明了其主要目的为压制蒙古骑兵大队冲击，因此特意选用了以霰弹射击为主的模式。车营指挥所直属的无敌大将军炮有四门，一次发射使用四斤火药，铁制霰弹三百六十五发，合口石弹一发；也可不用石弹而使用五百发霰弹。该型火炮一门配备三十发弹药，四门合计一百二十发。车营指挥官可根据战场环境需要，向二十丈至八十丈，也就是64—256米的战线上，一次射击366发（单炮单子铳）——6000发（四炮三子铳预装轮放）弹丸。其后装结构，意味着这批火炮可在短时间内射出最高达六万发的弹丸。如运用得当，再配合火箭车，足以瓦解一次万人级别的大规模骑兵冲锋，并且给进入有效射程内的敌人带来极其惨重的损失。
从上面所计算的火器数量我们可以看到，戚继光的车营已经形成了以火器为核心的作战模式。超过二十五万的远程武器可射击量，使这个全部战斗人员为两千五百人的车营拥有了近万名弓箭手才能达到的可射击数量。车营在远程武器的威力和射程上，也远远超出了弓弩所能达到的极限。
◎无敌大将军炮车。该炮车承重横档有活轴十余道，在绘图里和非活轴相间隔。而超出常规的炮车车长，配合活轴，是否意味着该炮有在炮车上直接发射、以炮车横档活轴使火炮后坐、然后再以人力复进炮身的可能
然而这样的火力也意味着偏厢车的重量必然很高。戚继光的偏厢车重量在六百斤以上，以人力运输已经相当困难，只能使用骡马来保证其机动。偏厢车车营与其说适合在平原大漠驰骋，不如说更适合蓟镇的需要，重车再配上无敌大将军炮这样的上千斤重炮，非常适合封堵路口之用。然而过重的车辆在崎岖地形，就显得难于运作，也很难满足快速机动的战术要求。因此，戚继光依据蓟镇地形的不同，有针对性地分设了轻车营、骑兵营和步兵营。
轻车是按偏厢车这样的大战车标准一分为二，每车只用一队士兵。同时，轻车的轻只是相对于偏厢车这种重型战车而言，其重量仍在三百斤以上，远超过其他军镇所使用的二百斤以下的战车，其火力和防护性能同样超过其他边镇的战车，当然机动性就有所不如了。这便是前文所述的“兵形如水”。蓟镇作为京畿门户的特殊性，使得防守上的标准要远超进攻上的要求，这也是戚继光车营在战车的火力和重量上远超其他边镇的根本原因。
偏厢车又或者轻车营，在使用性质上只可大开大合，作为堂堂之阵，在兵法上即为正。突袭埋伏之类的奇兵当然不适合巨大沉重的战车。兵法讲究奇正相合，戚继光的奇兵就是骑兵营和步兵营。戚继光以车营为中军，步骑张两翼，这就是很典型的车步骑联合作战方式。那么作为奇兵，或者说两翼的步骑营又是什么样的呢？
