除了光的一般理念，苏热尔还用了一些新手法。教堂正面的两座锯齿状塔意在为教堂增添一种军事氛围，是军事化基督教和国王在捍卫信仰中的作用的象征。门廊有三重，反映了三位一体学说。玫瑰窗照亮了三座高高的礼拜堂，分别献祭圣母、圣米迦勒和天使。唱诗班席尽头有呈半圆形排列的礼拜堂（后殿），既能同时满足许多僧侣或教士做弥撒的要求，又增强了唱诗班席的照明，补充了来自玫瑰窗的光线。支撑扶壁设在教堂外侧，中殿四周得以形成回廊，沿回廊而建的是呈辐射状延伸的由自然光线照明的侧礼拜堂。这也可容纳更多的僧侣或教士做弥撒。但最重要的是，整座教堂如今开放了，尤其在苏热尔移去了圣坛屏之后，所有的一切都沐浴在同一处光源中，从而使整座建筑成为单一的神秘整体。[1604]关于光的神学不仅促进了彩色玻璃的问世，也奠定了新式教堂礼拜仪式中珍贵宝石和金属（珠宝、珐琅、水晶）的地位，它们主导着中世纪的艺术。宝石被认为有一种介导力量，甚至有一种道德价值，每种宝石都象征某种基督教美德。所有这些与光有关的物体都被用来帮助信徒（他们聚在一起形成一个庞大的会众）接近上帝。
苏热尔的成就或许超出了他的想象。1155到1180年间，努瓦永、拉昂、苏瓦松和桑利都建起了大教堂。受圣德尼大教堂玫瑰窗的启发，沙特尔、布尔日和昂热也出现了类似的结构。很快，英格兰和德意志的主教们也效仿法兰西的大教堂。它们的辉煌在此后的一千年里都不曾消减。
早期的大教堂并不只用来做礼拜。经验丰富的主教允许行会在此开会，也允许其他世俗会议在此举行。许多当地人都参与了大教堂的修建，因此对它十分了解。在沙特尔，每个行会都希望拥有自己的彩色玻璃窗。[1605]正是通过这种方式，大教堂也变成了学校。大教堂吸引着市民，而修道院却从来没有，因为修道院都建在城市之外很远的乡村。城市中大教堂附近的区域通常称作“封闭回廊区”，尽管这里是开放的。这里是学生开始聚集的地方，同时还有艺术家和工匠。另外，大教堂学校不同于修道院学校。由于地处城市，大教堂学校更开放、更与现世相关，它们提供的教育也反映了这一点。在修道院，教学是两个人之间的事，一位年轻的僧侣受教于一位更年长的人。但大教堂学校却与之截然不同：一群学生围坐在一位老师的脚边。一开始，学生仍然以教士居多，学习也主要是一种宗教行为。然而他们生活在城市里，在世俗民众中，最终的工作是到民众中去成为教士，而不像在修道院那样与世隔离。
在这样的环境中，信息的传播比修道院更迅速，想要成为教士或学者的人很快就会知道哪些老师更有智慧，哪个人的书最多，哪个学校的辩论最活跃。当同时代人说到与众不同的学校时，经常提及某位名师。比如，“默伦学派”以默伦的罗伯特命名，“普瓦捷派”则指普瓦捷的吉尔贝尔的学生。[1606]这样一来，拉昂、沙特尔和巴黎先后提供了最好的教学机会。这个时候，“学者”一词成为在修道院或教堂“唱诗班中做礼拜”的所有人的统称。[1607]12世纪，学生数量激增，远远超出了教会需要的正常人数。
在这种背景下，至少在最初，学校教授的主要技能是拉丁文的读写、歌唱及散文和韵文写作。但不打算成为教士的新学生希望学到更实用的技能：法律、医学、博物学。他们也想学习辩论和分析，阅读当代的主要著作。
13世纪早期，巴黎拥有20多万人口，发展迅速，不再局限于巴黎大区。它在各方面都得天独厚，尤其是丰富的食物和酒，而且城市一百英里之内至少有二十五所著名学校。这培养了众多学生，其数量对刺激需求具有关键作用。市内也有许多教堂，它们的附属建筑经常为学生提供膳宿。曾在沙特尔和巴黎求学的伊普尔的埃弗拉尔说，在沙特尔的学校中，班里只有四个学生；而在巴黎，班上有三百人，都在大礼堂中。[1608]
仅巴黎的规模就能说明一切。到1140年，巴黎明显成为北欧占据主导地位的学校，不过“学校群”比“学校”更贴切。它的声誉来源于，这里有许多而不是一个独立的大师，正是他们之间的互相影响促进了学术思想的发展。“到1140年，在巴黎几乎可以找到一切。当然，想要取得更高的教会法造诣，你需要去博洛尼亚；要了解最前沿顶尖的医学，你需要去蒙彼利埃；但在文法、逻辑、哲学、神学的每个分支，甚至法律或医学，巴黎可以满足最有雄心的学生的一切学习愿望。”[1609]从12世纪的文献中，R.W.S.萨瑟恩找出了十七位巴黎学者，包括阿伯拉尔、艾伯里克、皮埃尔·海利亚斯、沙特尔的伊沃及伦巴底人彼得。
12世纪中期，每年都有成百上千的学生从诺曼底、庇卡底、德意志和英格兰来到巴黎。教学仍然在巴黎圣母院的回廊进行，但范围开始扩大，最先扩展到塞纳河左岸。乔治·迪比告诉我们，新教师在福阿尔街和小桥上租摊位从事教学。1180年，一位曾在巴黎求学的英格兰人为贫穷的学生建立了一所学院，一个全新的街区在塞纳河以南西岱岛的对面发展起来，巴黎大学从这些狭窄的小巷中诞生了。
学校以及后来大学中的知识生活与修道院差别很大。在修道院，知识生活与冥想（独自默想经文）没有什么区别，尽管修道院也的确试图建造高质量的图书馆：例如，德意志的富尔达收藏有两千本书供学者使用，克吕尼也有将近一千本，其中包括《古兰经》的一个拉丁文译本。但在沙特尔和巴黎，人们却进行辩论，教师和学生正面交锋，思想上像决斗的骑士一样平等。辩论结果在当时的时代背景下是那样惊心动魄和不可预测，教师并不总是赢家。学校的课程仍然是中世纪早期确定的自由七艺，但此时“三科”被作为基础课程，或准备部分。“三科”的主要目的是为教士的首要职责做准备：能够阅读《圣经》，并对经文做批判性解读，以此提炼真理。然而，要做到这些，学生必须掌握拉丁文的精妙之处，出于这个原因，一些古典或异端作家，尤其是西塞罗、维吉尔、奥维德，成为学习的对象。学校的教学因此倾向于古典主义，重新激发了人们对古罗马及整个古代的兴趣。[1610]
然而，更为重要的是，逻辑学随着亚里士多德译本的重新发现而重新抬头。“从12世纪50年代开始，重新发现的作品的拉丁文译本涌入欧洲学者的图书馆。”12世纪，逻辑学发展成“三科”中最重要的一科，一位教士甚至认为推理可以“为人类增加荣耀”。（人们当时所知唯一的柏拉图作品是《蒂迈欧篇》，但对其了解并不充分。[1611]）人们感到，逻辑学使人类逐渐参透上帝的奥秘成为可能。“人们相信，由于上帝所有的法则被掩盖和隐藏在模糊、有时甚至矛盾的表达中，因此逻辑推理有责任拨开迷雾，澄清矛盾。学生必须以文字为基础，发掘其深层含义。”[1612]逻辑的根源是怀疑，因为在怀疑中产生辩证推理：论证、辩论、说服（这是科学的另一个基础）。“我们在怀疑中探索，”阿伯拉尔说，“在探索中感知真理。”“旧式逻辑”的一个主要特点是“共性”，也是柏拉图思想的本质，即一切事物，比如“凳子”或“马”，都有一种理念形式。潜在的原则是，如果这些事物能够按系统的（逻辑的）顺序排列，上帝的意图就可以被理解。“新式”逻辑最先由巴黎的皮埃尔·阿伯拉尔（安德斯·皮尔茨在对中世纪学术的研究中将他称为“第一位学者”）提出，他认为《圣经》中许多章节都无法经受推理，因此人们不能仅仅接受它，而应当提出质疑。他强调，真正的思考应当反映出亚里士多德的思想，以三段论为基础，比如：所有的a都是b；c属于a；因此c属于b。阿伯拉尔的著作《是与否》通过找出和比较《圣经》中的矛盾段落，尽力调和这些矛盾，集中体现了这种方法。除了阿伯拉尔，普瓦捷的皮埃尔认为：“尽管信条的确定性是存在的，但怀疑、探索和讨论它们仍然是我们的义务。”曾在包括巴黎等多地求学的英格兰人索尔兹伯里的约翰将逻辑放在理解的中心位置：“正是头脑通过推理，超越感觉经验，并使它明白易懂，之后，又通过理智将事物与它们的神圣原因联系起来，理解创造的秩序，最终获得真知。”[1613]对今天的我们来说，“逻辑”是一个枯燥无味的词，许多趣味已不复存在。但在11、12世纪，它却远比现在生动而富有争议，它是怀疑的舞台，可以质疑权威，提供了用新的方式接近上帝的机会。
但是大教堂本身只是更大的社会变化的一部分，这一变化不仅促进了学校的诞生，更推动它们发展为大学。正如我们所了解的，大教堂存在于城市，城市既需要实用知识，也需要宗教知识。例如，由于对译自希腊和印度著作的阿拉伯书籍的翻译，数学得以广泛传播，并在教堂的修建中发挥了重要作用。12世纪巴黎发明的飞拱，至少要将其构思部分归功于数学。人口越来越密集的新兴城市对律师和医生也有庞大的需求，这些需求也刺激了学校向大学的转变。[1614]
我们再来回顾一下自由七艺的概念。[1615]对希腊人来说，人文学科的概念就是一个适合自由公民的教育体系，不过至少有两种不同的版本：柏拉图式，从哲学和形而上学的角度，认为教育旨在培养高尚的道德和超群的智力；伊索克拉底式，倡导更适合社会和政治生活实践的课程。罗马人最先对人文学科进行完善，特别是公元前1世纪的瓦罗在所编的《艺术九书》中确立了九门学科——文法、逻辑、修辞、几何、算术、天文、音乐、医学和建筑。第11章提到，5世纪早期，马尔提亚努斯·卡佩拉创作了《语文学和墨丘利的婚礼》一书，这本名字怪异的书将瓦罗的九门学科减少了两门，使医学和建筑成为最早自成一体的行业。[1616]卡佩拉的分类法被广泛接受，在后来的几个世纪中，习惯上将自由七艺分为三科（文法、逻辑和修辞）和更高级的四艺（算术、几何、天文和音乐）。艾伦·库班在对中世纪大学历史的研究中发现，公元1000年之前，四艺相比之下不受重视，因为人们认为它们在培养大量神职人员的读写能力时不太重要。“普通教会学生只需要掌握足够的算术技巧来计算变动的教会节日的日期，通常这就是他们学习的全部四艺知识。”[1617]教育主要是一种文学体验，对接受教育的教士的分析能力要求不高。（人们用蜡板教授写作。[1618]）主要学科从文法和修辞到逻辑的转变成为重要的知识转型，标志着教育体系从“以过去的知识积累和思维模式为基础，到从着眼未来的创造性探索精神中汲取力量”的转变。人文学科被当作是更高级别的学习，尤其是为神学的准备，这种观点我们如今看来是怪谈，这些学科至多跟神学擦边而已。[1619]但这却是希腊人文学科传统的一部分，反映了头脑应当通过对一系列学科的学习得到扩展，从而为在一个负责任的民主国家中圆满生活做必要准备的观念。主要的不同是，神学在中世纪教育等级体系中享有至高无上的荣耀，这种地位在希腊曾为哲学占有。
这种传统的另一方面是学校中鼓舞人心的乐观主义精神。所有的学者都认为，即使堕落之后，人类也“能够在知识和精神上得到最充分的扩展”；宇宙是有序的，因此可以对它进行理性的探索；人能够通过智慧、知识积累和经验掌控环境。[1620]人们相信，在天启的真理之外，人的认知和理解能力几乎是无穷的。艾伦·库班认为这是西欧思想的重要转向。这明显体现在坎特伯雷大主教、意大利人安瑟伦（人们常称其为圣安瑟伦）和僧侣高尼罗的思想冲突中。安瑟伦寻求证据（合乎逻辑的证据）证明上帝的存在：因为我们能够想象一个完美的存在，所以这种完美的存在（上帝）就一定存在；否则，如果它不存在，就一定有比我们想象的更加完美的存在。在我们看来，这不过是个文字游戏，在高尼罗看来亦是如此。他不以为然地指出，我们可以想象出一座比任何岛屿都完美的岛屿，但这不意味着这座岛屿确实存在。这次思想交锋中重要的一点是，安瑟伦作为一个地位高于僧侣的高层人物，发表了高尼罗的回应，并附上自己的辩驳。这场辩论表明，人们可以用“理性的”方法谈论上帝，可以将上帝与任何事物一视同仁，地位同权威并无太多关联。[1621]这是从未有过的。
推动早期大学发展的四个探索领域是医学、法律、科学和数学。中世纪鼎盛时代，医学和法律非常受欢迎。[1622]这些实用学科可以提供待遇优厚的职业和稳定的社会地位。“书写艺术”，即书信和正规文件的写作艺术，成为法律和修辞的专业化分支。应用法律、医学和书写艺术很快变成文学人文主义的天敌，因为它们反映了新兴大学实用的一面，与安静脱世的古典研究形成强烈的反差。因此，最早的大学并非规划而成，它们的职业性本质来源于实际需求。然而，就科学而言，大学的产生并不顺利，或许出于教会对异端作家长久的不信任。比如，巴黎圣母院1164年上任的司祭皮埃尔·科麦斯特宣称，古典作家或许能为《圣经》研究提供有用的背景知识，但应该避免他们的许多“思想涌流”。约1200年，维勒迪约的亚历山大诋毁了13世纪中期之前重要的人文主义研究中心——奥尔良大教堂学校，把它视为“邪恶知识的温床……它使邪恶知识在民众中蔓延”。他坚持认为“人们不应当阅读任何违背《圣经》的东西”。[1623]
这种态度蔓延开来，13世纪早期，亚里士多德本人也成为攻击的对象。从逻辑学的早期研究开始，对亚里士多德著作，尤其是关于科学的“自然”书籍的翻译就在不断增多，直到他的著作成为不掺杂任何基督教思想的完整的哲学和综合体系。一位历史学家说，亚里士多德著作的再发现是“西方思想史的转折点……只有牛顿学说和进化论可以与之相提并论”。[1624]在巴黎大学，思想上最激动人心和麻烦不断的学科理所当然是“哲学为王”的人文学科，“人文大师是思想动荡的永恒因素和思想变革的推动力量”。[1625]事实上，人文学科几乎成为大学中的大学，亚里士多德著作的拉丁文译本引入后，教师们为此修改了课程计划。将亚里士多德的逻辑学著作引入课程没有问题，但他关于“自然”的书籍却很快引发了麻烦。1210年，巴黎地方主教会议要求停止巴黎大学所有关于亚里士多德的研究。他的著作既不能私下阅读，也不能公开教授，否则就会“受到绝罚的处罚”。[1626]教皇先后在1231年和1263年支持这道禁令，巴黎主教在1277年也再次给予支持。后来，私人研究被允许，但公共教学仍被禁止。教会设法施加给亚里士多德作品的禁令是前面章节所述的思想控制的又一个方面。
对思想的控制还有更多的手段。1231年，用通俗语言谈论科学问题成为应受处罚的违法行为，教会不愿让普通民众接触此类影响。但是，没有任何禁令是彻底的，毕竟，对某些人而言被禁的著作更具吸引力。亚里士多德在其他地方，比如图卢兹和牛津，就没有被禁。1242年，阿尔贝图斯·图托尼卡斯，即今天所称的大阿尔伯特，成为拥有巴黎大学神学教席的首位德意志人之后，禁令开始全面解除。阿尔伯特虽然强烈反对异端，却对亚里士多德的思想非常感兴趣。他认为亚里士多德的全集应当在全欧洲可以读到。阿尔伯特认为，通往真理的路有三条：解读《圣经》、逻辑推理和实践经验。后两者显然都是亚里士多德式的方法，但他又添加了一条：在肯定造物主上帝在创造宇宙中作用的同时，坚持认为对自然过程的研究（按我们的说法）不应该被神学顾虑阻碍，因为在这些自然过程中，“只有经验具有确定性”。[1627]“自然科学的合理关注对象不是上帝按照意愿能做什么，而是他已经做了什么”，也就是说，“由于自然的内在原因”发生了什么事。[1628]亚里士多德曾说过“认识……就是理解事情的起因”。[1629]
在阿尔伯特身上，我们第一次隐约看到了不同的思考方式开始分离。阿尔伯特有着坚定的信仰，正是这种坚定的信仰使他思考，亚里士多德可以为传统信仰做什么补充，以丰富人们的理解。
然而，其他人却更加激进。例如，两位学者——布拉班特的西格尔（卒于1284年）和戴恩·波（拉丁名为“达契亚的波伊提乌”）对亚里士多德的集中研究产生了一个影响深远的观念，即“双重真理观”。巴黎大学对亚里士多德的禁令并没有波及巴黎的其他地方，这促进了以亚里士多德思想为基础的哲学的发展。这两位学者最重要的创新是思考了一种可能性，即同一件事在哲学上是真理，在神学上却不尽然，这在当时甚至任何时代都是激进的，并成为将要产生的大分裂的前奏。波伊提乌特别指出，哲学家应该享受自己的智慧成果，探索自然世界（现世），但这些能力并不表明他有权探索如世界的起源、时间的开始、创世的秘密及事物是如何从无中创造的问题。因此像世界末日会发生什么、与天启而非理性相关的这些事情不在哲学家的研究范围之内。真理有两个体系，分属于自然哲学家和神学家。就像阿尔伯特理解的一样，它区分了两种思想领域，代表了有关世俗世界思想发展的一个新阶段。
然而，教会中的许多人发现西格尔更加棘手，因为他似乎钟爱亚里士多德学说中更为令人不安的方面：世界和人类是永恒的，事物的行为由它们的本性控制，自由意志受到必然性的制约，所有的人类共有同一种“智力准则”。他在教学时拒绝讲明这些思想的蕴涵，但它们却一目了然：没有创世，没有亚当，没有末日审判，没有神圣天意，没有道成肉身、救赎和复活。[1630]这当然引起正统教会的担忧，也是亚里士多德被禁的原因（因为他的思想导向）。巴黎大学的另一位神学教授乔万尼·迪·菲登扎，又名波纳文图拉，尤其对亚里士多德感到不安。亚里士多德坚持认为，虽然上帝是一切存在事物的第一因，但自然存在自身的因果，其运作并不受上帝的干预。[1631]对以波纳文图拉为代表的许多人来说，这样的推论指向一个没有上帝的世界，因此波纳文图拉试图修改亚里士多德的学说，从而，当树叶变黄时，他可以说这不是因为自然过程，而是由于上帝植入树中的某些特性。
所有的这些表明，13世纪中期是巴黎大学经院神学的顶峰，在很多方面也是经院思想的顶峰，它的顶点是托马斯·阿奎那的综合。托马斯·阿奎那被称为“介于奥古斯丁和牛顿之间最有影响的西方思想家”，是伟大的集大成者。阿奎那的杰出贡献是试图调和亚里士多德和基督教，但在本书的后文中我们可以了解到，他对基督教的亚里士多德化比对亚里士多德的基督教化更有影响。阿奎那出生于罗马和那不勒斯之间，是一位伯爵的儿子，他自负、行事思考沉着从容，至少开始时容易被人低估。但他的老师兼导师大阿尔伯特欣赏他的天资，他也没有令人失望。
阿奎那认为，只有三种真理无法被自然原因证实，人们必须接受。它们是宇宙的创造、三位一体的本质、耶稣在救赎中的作用。[1632]除此之外，更具争议性和影响力的是，阿奎那站在亚里士多德一方反对奥古斯丁。传统上，正如奥古斯丁所称，由于人类的堕落，男人和女人生来就是为了在现世经受苦难，对幸福唯一真正的希望在天堂。但是，亚里士多德主张，现世，今生，给了人们无数快乐和幸福的机会，而“这当中最永恒可靠的是用我们的理性学习和理解所带来的快乐”。[1633]托马斯对此做出修改，认为我们在现世就可以利用理性“预尝”来世的滋味，享受相对的幸福。他说，自然世界“绝非是邪恶的”。[1634]当上帝用基督的道成肉身将人类的身体神圣化后，人的身体怎么会是邪恶的呢？另外，托马斯认为身体和灵魂是紧密相连的。灵魂不是住在机械里的幽灵，而是因身体而塑造形态，就像金属雕塑因模具而塑造形态一样。最后一种观点或许是他的思想中最神秘的一方面。
阿奎那在他的时代并没有像西格尔一样被视为激进分子。然而，对很多人而言，这反而令他更具危险性。他是中世纪亚里士多德主义，尤其是现世更重要的思想的合理面孔。现世更重要（这是因为能够享受的幸福比传统允许的更多），也因为亚里士多德对怎样享受现世论述甚多。通过暗示，阿奎那淡化了来世的重要性，显然，在后来的几十年、几百年中，这对教会不断削弱的权力产生了重大影响。
某种程度上，大学的前身是公元前4世纪雅典的哲学学园，是3至6世纪繁盛一时的贝鲁特法学院，是成立于425年、断断续续持续到1453年的君士坦丁堡帝国大学。中世纪学者注意到了这些学院。艾伦·库班称，加洛林王朝时代出现了学术迁移的观念，这种观念认为学术中心已经先后从雅典、罗马、君士坦丁堡转移到了巴黎。“在这种体系下，新兴大学也是掌控基督教社会的三大权力之一——学校（studium）的体现，另两种权力是精神（神权）和世俗（主权）。”[1635]
现代术语“大学”的使用似乎是偶然的，来自拉丁语“universitas”。但在12、13和14世纪，这个词用来“表示任何有共同利益和独立法律地位的人的集合或团体”，可以是手工业行会或是市政团体，通常有着装要求。[1636]直到14、15世纪晚期，“大学”一词才有了现在的含义。但是，中世纪相应的术语是“大学校”（studium generale）。“学校”指配有学习设施的学校，“大”指学校具有吸引外地学生的能力。这个术语在1237年首次使用，在1244年或1245年首次用于教皇文件，与罗马大学的建立有关。[1637]其他的术语还有“普通学校”（studium universale）、“正规学校”（studium solemne）和“公共学校”（studium commune），但到14世纪，博洛尼亚、巴黎、牛津、帕多瓦、那不勒斯、巴伦西亚和图卢兹均使用“大学校”。卡斯蒂利亚国王阿方索十世的法典《七法全书》（1256—1263）从法律上规定了早期大学校的基础。学校必须为自由七艺配备教师，必须有教会法、民法的教师，学校的权威可由教皇、皇帝或国王授予。[1638]其中没有提及后来作为进一步要求的规定：设立神学、法律及医学系科作为优秀的研究生中心。12、13世纪之交，只有博洛尼亚、巴黎、牛津和萨勒诺在高级学科上提供连贯教学。[1639]
第一所帝国大学，事实上也是第一所有意而建的大学，是1224年由皇帝弗里德里希二世在那不勒斯创立的。第一所教皇大学，是1229年由格列高利九世授权在图卢兹建立的，部分原因是为了对抗异端思想。这形成了只有教权和皇权才能创立大学校的观念，到14世纪这种观念成为信条。[1640]这种信条在当时比在现在重要得多，因为这使刚刚起步的大学获得许多不小的特权，其中两种最为有利。第一种是，享有俸禄的神职人员有权在大学学习的同时继续享受俸禄。由于一些课程持续十六年之久，这是一笔不小的数目。第二种特权是通用授课权，即任何从大学校毕业的人可以在其他任何一所大学任教，而无须接受进一步的考试。[1641]这来源于将学校/学术作为普遍的、超越国界和种族的社会“第三权力”这一观念。但是流转欧洲的教师团体的观念从来没有真正付诸实践。每所新成立的大学都认为自己比其他大学优越，坚持对其他大学的毕业生进行考试。[1642]
最早的大学出现在萨勒诺、博洛尼亚、巴黎和牛津。然而，萨勒诺与其他三地很不一样。萨勒诺的地位虽然不如托莱多重要，但在希腊及阿拉伯科学和哲学原著的翻译上却发挥了作用。但是除了医学之外，它在其他任何学科上都不能提供优秀的师资。[1643]实际上，萨勒诺的实用医学技术比它的其他任何东西都著名（它的周围矿泉环绕，吸引着跛脚的人和盲人）。学校成为医师的集会场所，虽然肯定存在某种教学活动，但没有正式的行业协会。不管怎样，11世纪，最早一批医学文献开始在萨勒诺出现，包括百科全书、草药医术学和妇科医学专著（包括托洛都拉在内的一些女性医生都在此行医）。这里也有无数的阿拉伯科学及医学著作和译成阿拉伯语的希腊医学原著。[1644]这些著作得以使用，主要归功于一位有阿拉伯血统的学者——非洲人君士坦丁，他在大约1077年定居萨勒诺，后来北迁到卡西诺山修道院继续从事翻译，直到1087年去世。在他译成拉丁文的阿拉伯专著中，影响最大的是贾法尔的《旅行》、以撒·尤第乌斯关于饮食、发热和泌尿的著作，以及155年前哈利·阿拔斯在巴格达编纂的综合医学百科全书。君士坦丁的翻译成果为希腊医学的研究注入了新动力，萨勒诺的医生在随后几个世纪里写下了大量医学新作。萨勒诺因此建立了医学课程，在传入巴黎和其他大学之后，受新逻辑和经院哲学的影响得以扩展。[1645]在博洛尼亚和蒙彼利埃，医学得到了长足发展。关于人类解剖的最早论述约于1300年出现在博洛尼亚。这很可能来源于法律程序中需要的调查。（验尸后来为解剖研究提供了便利。）关于外科医学的最早著作是佚名作者的《班贝格外科学》（约1150）。其中描述的症状有骨折和脱臼、眼耳外科病变、皮肤病、痔疾、坐骨神经痛和疝气。[1646]书中还记载了用含碘物质治疗甲状腺肿，以及使用经过莨菪和罂粟浸泡的“催眠海绵”的外科麻醉手段。[1647]
博洛尼亚大学是最古老的大学，却不符合中世纪大学的总体图景，因为它是为想要学习罗马法以满足职业需要的世俗人士而建立的世俗机构。只有到12世纪40年代，专属于神职教师和学生的教会法才被引入博洛尼亚。[1648]
主教叙任权之争引发的争吵和动荡促进了法律的发展。“由于罗马法是对抗教皇僧侣统治教条的可用的最好思想武器，因此自然被世俗人士用来发展驳斥罗马教皇统治思想的早期政治理论。”[1649]但是博洛尼亚大学能够超过其他羽翼未丰的意大利法学院，比如拉文纳或帕维亚，得益于1087年左右在博洛尼亚任教的早期法学家之一伊纳留（可能是德语名字维尔纳的拉丁语译名）的教学。在对查士丁尼《民法大全》的评论中，伊纳留运用了类似阿伯拉尔“是与否”的批判性分析方法，因此空前成功地整合了罗马法。罗马法基础文本以适合专业研究的形式得到广泛使用，成为高等教育的特殊领域，使博洛尼亚大学成为出色的民法研究中心，欧洲边远地区的学生开始涌向这里。[1650]不久之后，在12世纪40、50年代，作为一种应对措施，教会法成为重要的学术科目而进入课程，博洛尼亚大学的名气有了更大的提升。格拉提安，博洛尼亚圣斐理斯修道院学校的教会法名师，是这个时期发展的领军者。他约在1140年完成的《歧义教规之协调》（《圣令集》）对教会法的意义相当于伊纳留对罗马法的意义，它成为一部适用于学术研究的综合著作。在随后的两个世纪，法学家出身的人在教皇中占据了很大比例，其中不少人曾经是博洛尼亚大学的法学教授，由此可见这些变化带来的影响之大。[1651]
博洛尼亚大学的另外一项成就是《惯例》，它是弗里德里希一世皇帝于1158年11月在隆卡格利亚颁布的学术法规，很明显这是应大学学者的要求，并且得到了教皇的批准。其学术意义之重大，远远超出了初衷，形成了一个与历史悠久的教士特权相抗衡的学术特权体系。[1652]事实上，《惯例》从此被奉为学术自由的开端，“就像《大宪章》成为英格兰自由不可或缺的参考点一样”。[1653]起初，它是国王壮大世俗律师力量用以对抗教会律师既得利益的尝试，这加剧了叙任权之争。在《惯例》中，皇帝被看作上帝的使节或仆人，这一信条反映了君权神授而不是以教会为媒介的思想。[1654]随着时间的推移，这套思想得到进一步完善，用以否定教皇对于大学的任何权力。[1655]
教权/皇权之争使多个意大利城市的社会冲突加剧，博洛尼亚就是其中之一。这些几乎处于无政府状态的环境促进了互相保护的团体的成立，即塔式群体或兄弟会。正是在这样的环境下，博洛尼亚建立了学校，这也是博洛尼亚大学的特殊性（由学生控制）的原因。博洛尼亚学生大学的理念极大地得益于意大利当时的公民意识。在一个因为战争而支离破碎的国家，这是宝贵的财富。在为公民提供人身保护的状况下，非公民缺乏这样的保护，容易受到伤害，很自然地，来自外国的法学学生只能联合起来形成保护性组织，或叫“universitas”。后来，这些团体又进一步分化成民族性团体，由主事领导。[1656]
如果教权与皇权的斗争是赋予博洛尼亚大学特殊性的一个因素，那么另一个就是经济因素。博洛尼亚意识到城市中大学带来的经济优势之后，很快出台了禁止学者离开大学去往别处的法律。[1657]学生意识到这赋予他们的权力后，在1193年成立学生公会作为回应，意图建立一个由学生全面控制的体制。在这种体制下，学生和教师之间的契约安排被有组织的（往往很强势的）学生公会取代。这一安排如此成功，以至于学生公会最终得到博洛尼亚公社和教廷的承认。[1658]值得指出的是，当时之所以存在“学生权力”，一定程度上是因为大量博洛尼亚法学学生比现在的学生年龄大。许多人二十五岁，一些人将近三十岁。很多人在来到博洛尼亚大学之前已经获得文科本科学位，不少人享有教会俸禄。最重要的是，他们的法律学习可能要长达十年，由于享有俸禄，许多人很富有，因此他们的存在是城市事务中举足轻重的经济因素。[1659]所有这些都极大地影响着大学生活。学生在学年开始前的几个月对教师进行选举，被选上后，教师必须宣誓服从。讲座即便耽误一分钟，或超出了规定时间，教师就要被罚款。[1660]学期开始，学生和教师要对日后的课程达成一致，学期中每两周为一个单位，这样学生能够了解什么时候该教什么。学生不断评估老师的表现，可以对任何低于他们标准的人进行罚款。[1661]所有老师必须吸引至少五名学生来上课，如若不能，就被视为旷课而罚款。如果一位老师出于某些原因不得不离开城市，就不得不缴纳保证金确保能返回。[1662]随着其他大学纷纷创立，博洛尼亚大学发现，这种严格的体系正在失去吸引力，至少对教师而言。因此，从13世纪晚期，它开始为教师支付薪酬，学生权力从此渐渐丧失。[1663]
讲课的形式也在12世纪确立。课本以《圣经》为开篇，从四个角度进行学习：主题、直接目标、根本目的、从属何种哲学流派。在解释单个词语和词组之前，老师先讨论这些方面，整个过程被称为诵读或阅读。一开始，学生不被允许记笔记，但是随着课题越来越复杂，记录下老师所说的话就有必要了。
博洛尼亚大学校在中世纪被多次关闭。原因很多，从瘟疫到教皇的禁令，不一而足。考虑到教会法和民法（律师）之间固有的冲突，这也许是不可避免的。但是其直接结果是一些分校的创立：维琴察，1204年；阿雷佐，1215年；帕多瓦，1222年；锡耶纳，1246年；比萨，1343年。
巴黎大学校是仅次于博洛尼亚大学校的第二古老的大学校，它的不同之处在于它最主要的专业是神学。“巴黎大学提供了欧洲历史上大学自治与教会控制之间斗争的最早、最引人注目的例证。”[1664]在这种情况下，教会对大学自由构成的最直接的阻碍是巴黎圣母院大教堂的司铎和教士会。巴黎圣母院大教堂学校可追溯至11世纪，坐落于被称为回廊的封闭区域，是该学校最原始的起源。“随着这些学校声誉日隆，许多外面的学生加入进来，学校秩序开始混乱。当主教和教士会限制在回廊的学习机会时，学生就转移到塞纳河左岸，今天的拉丁区。到12世纪，塞纳河桥上和周边分布了许多神学、文法和逻辑学学校。”[1665]
与博洛尼亚大学不同，巴黎大学从一开始就是教师主导的大学。巴黎的学者聚集在巴黎圣母院周围，对他们的教士身份很满意，因为这给他们带来了特权和独立（他们免于缴纳某些税，也不需要去军队服役）。这意味着巴黎大学是一块自治飞地，受到国王和教皇的双重保护。巴黎城区的这种自治解释了其在神学方面的显著地位，后来又将它置于学术自由辩论的最前沿。[1666]就像在博洛尼亚大学，法兰西卡佩王朝的国王们很快认识到这些从事学术的人产生的经济价值，因此，从一开始就对学生和老师采取了宽容和积极的态度。[1667]
在巴黎大学，人文学科规模是最大的。实际上，因为巴黎太大了，来自每个国家的学生都有自己的学校，由校长收取费用。这些学校基本上坐落于塞纳河左岸的福阿尔街。这些不同的学校（法兰西人、诺曼底人、庇卡底人、英格兰人、德意志人）播下了学院思想的萌芽。百年战争对巴黎大学打击沉重，国外学生大量流失。部分由于这一原因，其他地方纷纷创办大学：西班牙、不列颠、德意志、荷兰和斯堪的纳维亚。
英格兰早期的牛津大学和剑桥大学不同于欧洲大陆的大学之处是，它们诞生于没有大教堂的市镇。[1668]从某种程度上说，牛津大学在牛津诞生纯属偶然。在12世纪，英格兰有很多地方本可能诞生大学校，例如，在林肯、埃克塞特和赫里福德都有很好的教堂学校。约克和北安普敦也很有可能。[1669]一种理论认为牛津大学是在1167年左右由一群从巴黎大学出走的学者创办的。[1670]另一种理论认为，一开始，北安普敦的学校非常出色，但是所在的市镇很不友好，所以学者一起离开，并在1192年左右撤到了牛津。牛津交通方便，是连接伦敦、布里斯托尔、南安普敦、北安普敦、贝德福德、伍斯特和沃里克的枢纽。[1671]
也有可能，某些人会说很可能，是北安普敦的学者被牛津已有的杰出老师所吸引。他们包括：1117年的特奥巴尔德斯·斯坦潘西斯，也许他早在1094年就在牛津了；1133年的罗伯特·普伦，他的老师是索尔兹伯里的约翰；蒙茅斯的杰弗里，他于1129至1151年居住在牛津。[1672]“能证明牛津存在一些学科和大批老师与学生的最早证据来自威尔士的杰拉尔德的叙述，约1185年他在与会学者面前朗读了他的《爱尔兰地形》，整个过程长达三天。在约1190年，牛津被一名当时［在镇上］学习的来自弗里斯兰的学生形容为学习公社……到该世纪末，牛津有着包括莫利的丹尼尔和亚历山大·内科姆等知名学者这一事实又强化了这一点。”[1673]基本上，牛津大学是以巴黎大学体系为模型（即教师而非学生主导），但是它从未像巴黎大学那样吸引那么多国际学生。在组织上，北方人和南方人（现在的剑桥郡尼利河以南）之间也有区别。[1674]
博洛尼亚大学的主要专业是法律，巴黎大学是逻辑学和神学，而牛津以数学和自然科学著称。[1675]正如之前简略提到的，这很大部分要归功于12世纪那些英格兰旅行者，他们广泛游学，熟悉了托莱多、萨勒诺和西西里的翻译所呈现的各种科学知识。牛津还受惠于教皇在13世纪初颁布的禁止巴黎大学教授新亚里士多德思想的谕令。
罗伯特·格罗斯泰斯特现在被视为牛津科学运动的关键人物（他将亚里士多德研究定为必修阅读）。他于1235至1253年担任林肯主教，也是牛津大学早期的一位校长。[1676]格罗斯泰斯特的翻译（他懂希腊语、希伯来语和法语）和他对新亚里士多德思想的吸收促成了两个进步，两者都对中世纪的科学发展有着重大影响。它们是：一、将数学作为描述和解释的方法应用于自然科学；二、强调观察和实验是测试既定假设的基本方法。“这些原则将科学数据研究从相当随意的操作转变为对物理现象的整体数学探索，这种探索建立在观察、假设和实验证明这三者的循环上。”[1677]
格罗斯泰斯特之后就是罗杰·培根。他们两人并驾齐驱，都可称为史上第一批现代意义上的科学家。在牛津师从格罗斯泰斯特之后，培根到巴黎大学讲学，在那里，他和阿伯拉尔一样爱好争论。他相信，某一天科学知识能够使人驾驭自然。他还预测了潜水艇、汽车和飞机（和水上行走的装置）。和格罗斯泰斯特一样，他认为数学是自然隐藏的语言；光学，当时称为“透视”，能让我们一窥造物主的思想（他认为光线沿直线传播，速度有限，但是很快）。培根的思想无疑是一个进步，它介于宗教思想和现代科学思维方式之间。
在14世纪早期至1500年间，大学数量从大约十五至二十所增加到约七十所，不过德意志和西班牙落后于其他国家。[1678]15世纪的大多数大学都是市政当局创办的世俗机构，只是由教皇批准而已。它们包括特雷维索（1318）、格勒诺布尔（1339）、帕维亚（1381）、奥朗日（1365）、布拉格（1347—1348）、瓦朗斯（1452）和南特（1461）的大学。这种增长使得越来越多的学生可以进入地方大学，这反过来又增强了新办大学的世俗性。15世纪的许多法兰西学校，其中有艾克斯（1409）、多勒（1422）、普瓦捷（1431）和布尔日（1464），一开始就摆脱了教会的干涉，德意志、波西米亚和低地国家的情况也是如此。维也纳（1365）、海德堡（1385）和莱比锡（1409）大学由当地统治者创办，而科隆（1388）和罗斯托克（1419）大学由市镇当局赞助。大体上，北欧的大学遵循巴黎大学模式，教师居主导，而欧洲南部大学遵循博洛尼亚大学模式，学生居主导。[1679]
中世纪大学没有正式的入学要求。想入学的学生只要证明自己的拉丁语水平足够听懂课程即可。（他还应该在大学内用拉丁语交谈。）学生不需要为获得学位而参加笔试，但是在每个学期阶段都要接受考评。“比起现在，当时的浪费更严重，大学认为自己没有义务培养谁获得合格的学位。”[1680]除了听课（这是必须的，上午进行，不允许有干扰），学生还必须参加每位老师在下午举行的一周一次的公开辩论。这些辩论分为两种：问题式，包括逻辑性问题；诘问式，与数学、自然科学、形而上学和四艺的其他领域有关。作为获得学位的要求，高年级学生必须参与到权威辩论中。虽然许多本科生太年轻，无法在正式辩论中扮演重要角色，但他们出现在这些火药味十足的辩论场所本身就有助于他们摆脱迄今为止所受的“权威主宰型”教育捆缚他们的紧身衣。这些场合中最自由的是讽刺辩论。[1681]在这里，任何提议，不管是不是出自权威，都可以讨论；任何问题，无论有关教会还是政治，无论多么有争议，都可以讨论。它们向所有人开放。[1682]
在大学崛起的同时，在欧洲正发生另一重大变化。这一变化不那么连贯具体，在宗教和政治上也没那么敏感，却同样实用、同样深刻。这就是量化的产生。在大约1275至1325这半个世纪内，大量的创新在欧洲境内产生，完全改变了人们的习惯和思考世界的方式。根据阿尔弗雷德·W.克罗斯比的说法，“一直到20世纪初，当无线电、放射、爱因斯坦、毕加索、勋伯格席卷欧洲时，才再次发生了像这半个世纪一样的革命”。[1683]在这段短暂的时间内，各地的生活都变得越来越定量化，也越来越可以定量化。一些历史学家从中看到了一个重大变化，这一变化促使欧洲超越了中国、印度和伊斯兰世界。
