尽管事实证明，医院骑士团在安条克公国的内斗中站在了失败者一边，但他们也因此与奇里乞亚亚美尼亚达成了良好的外交关系，雷蒙德·鲁彭也给他们开出了诱人的条件以换取支持。医院骑士团在亚美尼亚、安条克公国、的黎波里伯国的领地得以大幅增加。例如，利奥一世便将自己国土的西南部交予医院骑士团驻守，并赋予他们自治和与穆斯林交战的权利，还允许他们保留获得的全部战利品。医院骑士团自然也投桃报李，甚至连利奥一世女儿的嫁妆，相当一部分就是来自骑士团的借款。但有得必有失，由于圣殿骑士团是博西蒙德四世的坚定拥趸，并且与亚美尼亚王国关系恶劣，两大骑士团原本紧张的关系进一步趋于恶化。博西蒙德四世自然也对医院骑士团恨之入骨，当他与后裔最终获得安条克的统治权后，几代安条克亲王都对医院骑士团采取一种敌视政策。例如，博西蒙德四世之子博西蒙德五世在位期间，曾于1236年向教皇控诉医院骑士团私通外敌，因为据说骑士团正谋划与阿萨辛刺客团结盟。很快，医院骑士团便收到了来自教皇格列高利九世的措辞空前严厉的信函，宗座呼吁骑士团悬崖勒马，迷途知返。除了通敌的嫌疑，格列高利还强调医院骑士违背了“安贫”“禁欲”“听命”（即“三绝”）的誓言。因为有人控告他们收留妓女，拥有私财，篡改死者遗嘱获利，挪用善款，甚至将异教徒、小偷、杀人犯吸纳入团……最后，教皇表示，如果医院骑士团不痛改前非，就将对他们施以绝罚。平心而论，以上很多指控，要么空穴来风，要么夸大其词，但也不难看出，昔日杰拉尔德建立的那支近乎白璧无瑕的骑士团，此时在圣地已经招致太多的非议。唯一令他们感到“欣慰”的，恐怕是圣殿骑士团也收到了类似的教皇谴责信，因为圣殿骑士团从事金融行业，曾收下阿萨辛刺客团的大量存款。[17]
教皇的绝罚最终并没有实现，因为两大骑士团都及时表达了退让和歉意，而教皇也需要借助他们的力量。不过，在政治斗争以外，两大骑士团之间此时还出现了尖锐的经济矛盾。1235年，围绕贝卢什河（Belus，位于今以色列西北部）上的两座磨坊，医院骑士团同圣殿骑士团再次爆发了冲突。前者的磨坊位于上游，每当下游圣殿骑士团的磨坊蓄水时，上游便河水泛滥，淹没了医院骑士团的农田。为了报复，医院骑士团修建水坝截住了河水，令贝卢什河下游几乎仅剩涓涓细流，让圣殿骑士团的磨坊完全失去了功用。双方的报复与反报复持续了很长时间，最终，两座磨坊的纠纷竟也不得不交予教皇裁决。在格列高利九世出面调停后，两大骑士团才实现了和解。[18]
拉佛比的灾难过去十余年后，医院骑士团尚未恢复元气，便又卷入了圣撒巴斯战争（War of Saint Sabas，1256—1258）的漩涡。13世纪中期，意大利各商业共和国在圣地已经拥有了巨大的影响力，可惜他们彼此关系并不和睦。战争的起因是1256年阿卡的威尼斯与热那亚市民争夺位于两个社区交界处的圣撒巴斯修道院，由于两国在地中海长期进行商业竞争累积的恩怨，原本简单的财产争端演变为两国居民的武装械斗。圣撒巴斯战争最初仅仅是阿卡的热那亚人与威尼斯人之间的武装冲突，但后来局势失控，发展为席卷整个耶路撒冷王国的内战—王国为此也陷入了分裂：医院骑士团支持热那亚人，它的盟友还包括阿尔苏夫的领主约翰、提尔领主腓力、阿卡的加泰罗尼亚社区；圣殿骑士团、条顿骑士团则和威尼斯人站在一起，他们还得到了雅法领主约翰、阿卡兄弟会、比萨人社区（最初一度支持热那亚）、法国人社区的支援。双方在海上陆上都爆发了激烈战斗，威尼斯共和国甚至派出了远征舰队驰援自己的同胞。1257年热那亚人进攻阿卡的比萨人社区但被击退，为了报复，威尼斯人转而围攻热那亚人社区及医院骑士团总部，并给医院骑士团的建筑造成了一定损坏。1258年提尔领主腓力、医院骑士团与热那亚海军谋划对阿卡的威尼斯同盟发动水陆两栖进攻，但在海战中热那亚舰队损失惨重，陆军也不得不撤退。最终，热那亚人势力被完全逐出了阿卡，他们不得不迁徙至提尔安身（热那亚人直到1288年才收回他们在阿卡的社区）。圣撒巴斯战争对耶路撒冷王国首都阿卡的城区及商业破坏严重，并激化了东方十字军诸国的内部矛盾，为日后王国的覆灭埋下了伏笔。医院骑士团在这场内战中，不幸又一次与失败者站在了一起。好在凭借在圣地上百年的影响力，他们很快与胜利者达成了谅解与妥协，其在阿卡的总部和地位也得到了恢复，但他们与威尼斯人之间已然产生了罅隙。[19]
13世纪中期，西征的蒙古人如狂风骤雨横扫欧亚，令伊斯兰世界肝胆俱裂的同时，却为圣地的基督徒带来了一丝转机。成吉思汗之孙旭烈兀指挥10万大军，自1252年起开始攻略中东，并被封为伊尔汗国可汗。1258年，他成功地攻占阿拔斯王朝首都巴格达，处死了哈里发，并血腥屠城，1260年又顺利攻占历史名城大马士革，摧毁了该地的阿尤布王朝。旭烈兀本人信奉佛教，但他的爱妻脱古思可敦却是一位虔诚的景教徒（属于基督教聂斯托利派，Nestorians）[20]，在王后的影响下，旭烈兀对基督徒较为友善，为了对抗伊斯兰世界，伊尔可汗希望与十字军结盟。对阿卡王国与医院骑士团而言，这不啻为天赐良机。然而，因蒙古大汗蒙哥卒于钓鱼城下，旭烈兀决定率领主力返回蒙古，只留下部将怯的不花率一支偏师驻守中东。1260年9月，准备入侵埃及的怯的不花与埃及马穆鲁克[21]王朝（Mamluk Sultanate）主力在加利利附近决战，史称阿音札鲁特战役（Battle of Ain Jalut）。在这场决定伊斯兰世界命运的决斗中，马穆鲁克骑兵击败了蒙古铁骑，笑到了最后。此战也结束了蒙古在中东所向披靡的历史。此次胜利的最大功臣是马穆鲁克大将拜巴尔（Baibars，1223—1277），由于对苏丹库图兹（Qutuz）拒绝封赏感到不满，拜巴尔刺杀了自己的君主，自立为苏丹，成为埃及马穆鲁克王朝的第四任统治者。蒙古人的威胁打乱了埃及穆斯林的发展进程，原本开罗有望像昔日的巴格达那样，成为文化与艺术之都，但在马穆鲁克的统治下，它却越来越像一座庞大的军营。为了自保，拜巴尔采取了一种咄咄逼人的军事扩张政策，很快，他便成了十字军与医院骑士团的心腹之患。
拜巴尔一世具有钦察土耳其人（Kipchak Turk）的血统，14岁时便被奴隶贩子带到阿尤布王朝，成为一名马穆鲁克。据说，他体型魁梧，声如洪钟，尤其是一只碧眼中有一小块独特的白斑，被人视作天生异相。他在位整整十七年（1260—1277），绰号“豹子王”“征服之父”，是继萨拉丁之后伊斯兰世界最为干练、英武的君主之一。他精明地奉行远交近攻的政策，一方面与信奉伊斯兰教的金帐汗国修好，以此牵制伊尔汗国，并获得大量奴隶用于补充兵员；一方面则对十字军国家步步紧逼。然而在那个年代，欧洲十字军干涉的可能性令历任埃及苏丹如鲠在喉，拜巴尔精明地采取了一种类似“切香肠”的战术，对十字军贵族竭力分化离间，同时每当取得一定战果，便与基督教国家签署和约，期满后再度开战，如此循环往复，缓慢但坚定地蚕食着他们的领土和要塞。虽然1263年他尝试围攻阿卡最后功亏一篑，但1268年他成功地攻占了安条克，城破后将市民尽数变卖为奴。此举几乎宣告了安条克公国的灭亡。1271年，法王路易九世率领的第九次十字军被击溃，拜巴尔巩固了自己的统治，重新整合了埃及、叙利亚的穆斯林势力，令马穆鲁克王朝成为中东地区首屈一指的强权。这年3月，拜巴尔率部围困医院骑士团在圣地最大的要塞骑士堡，虽然骑士堡以雄伟坚固著称，但苏丹这次是有备而来，他携带了大量重型攻城器械。至3月29日，拜巴尔的部队已经拿下城堡的外层，守军（原本应有2000人之众，但医院骑士团饱受人力短缺之苦，此时仅有200余人）退至内层死守。骑士堡的内层远比外层坚固，易守难攻，相持整整十天以后，拜巴尔显示了他的狡诈，他派人送去一封伪造的信件，佯装远在的黎波里的医院骑士团大团长的口吻，准许守军投降。医院骑士于是放下了武器。虽然有些胜之不武，但拜巴尔信守了诺言，让守军平安撤离。一度被认为固若金汤的骑士堡就这样被拜巴尔智取，同年，条顿骑士团的蒙特福特（Montfort）堡、圣殿骑士团的萨菲泰（Safita）城堡也成为拜巴尔的囊中之物。英国太子爱德华仓促组织了另一支十字军来到阿卡，但他的兵力不过数百人，实在是杯水车薪。最终，爱德华也只能无功而返，唯一值得庆幸的是，他在回国前躲过了拜巴尔刺客的暗杀。[22]
在“豹子王”的雷霆攻势之下，十字军诸国已经风雨飘摇，医院骑士团也无法幸免。由于以骑士堡为代表的诸多要塞一一沦陷，医院骑士团丧失了在圣地内陆的大部分采邑，不得不退至巴勒斯坦沿海的狭长地带，财力、人力都蒙受了重大损失。时任大团长的休斯（Hugues de Revel，1258—1277年在位）在骑士堡陷落之前，便罕见地向骑士团欧洲分部的各团长去信求援。他在信中写道：
“圣地的基督徒面对萨拉森人的入侵已是寡不敌众，甚至阿卡也难于自保。我们被敌人日复一日的攻击所压倒，几乎只能束手无策。雅法城在一小时内便沦陷了，凯撒里亚虽然城防坚固，但也只抵挡了两天。圣殿骑士团引以为荣的采法特（Safed），亦不过坚持了十六天而已。博福尔城堡，我方原本预期可以坚守一年，实际却只有四天……”[23]
1277年7月1日，拜巴尔在大马士革走完了他辉煌的一生，其死因有些扑朔迷离。有历史记载认为他误饮了给别人准备的毒马奶酒，还有人说他是死于旧伤复发。无论如何，拜巴尔已经奠定了马穆鲁克王朝强盛的基础，他具有远见卓识，在其精心布局之下，圣地的十字军国家的统治已经是摇摇欲坠了。
拜巴尔去世后，其子巴拉卡（Barakah，1260—1280）即位，他软弱无能，难以服众。1279年，拜巴尔生前爱将嘉拉温（Qalawun，1222—1290）举兵叛乱，随后挺近开罗，废黜了巴拉卡，另立其幼弟为傀儡，数月后更是撕下假面自行登基，成为马穆鲁克王朝第七任苏丹。虽然大马士革统治者松戈尔（Sonqor）一度拒不承认嘉拉温的权威，但还是在1280年被后者用武力降服。
尽管马穆鲁克王朝出现短暂内乱，但十字军国家并未利用到这一机会。1268年10月，名义上的耶路撒冷国王康拉德三世（Conrad，亦称Conradin，1252—1268，康拉德二世的独子，同时兼有西西里国王、施瓦本公爵头衔）在败于安茹家族的查理（Charles of Anjou，1227—1285，法王路易九世之弟）后遭到斩首，导致耶路撒冷王位空缺（查理由此获得了西西里国王的王位）。竞争在塞浦路斯国王休三世（Hugh Ⅲ，1235—1284）与安条克的玛利亚（Maria of Antioch）之间展开。从血统上来看，后者似乎更有资格（她是耶路撒冷女王伊莎贝拉一世唯一健在的外孙女），但塞浦路斯国王显然更具实力。最终王国高等法院倾向于支持休三世即位，不甘心失败的玛利亚远遁罗马，1277年她将自己的“王位”转让给了安茹的查理一世（此时为那不勒斯和西西里国王）。查理早就对耶路撒冷国王的头衔心向往之，此刻终于有了名正言顺的理由。他派遣自己的心腹圣塞韦里诺的罗歇（Roger of San Severino）率领一支法国军队进入阿卡，驱逐了休三世。塞浦路斯的力量显然无法与法兰西、那不勒斯和西西里相提并论，休不得不忍气吞声地退回自己的海岛。查理靠武力获得了王位，罗歇成为他在阿卡的代理人，圣殿骑士团和威尼斯人与他站在一起；医院骑士团依然执拗地支持休三世，热那亚作为威尼斯的死敌，便也选择了与塞浦路斯国王合作。耶路撒冷王国再次陷入了政治上的分裂，但严峻的局势已不容它有喘息之机了。
◎ 那不勒斯与西西里国王查理一世的雕像
可喜的是，时任伊尔汗国可汗阿八哈（Abaqa，1234—1282）因为其母脱古思可敦信奉基督教，对基督徒也较为友善，他一直谋划着与自己的藩属亚美尼亚国王利奥三世及黎凡特十字军共同讨伐马穆鲁克王朝，但响应者仅有医院骑士团而已。英王爱德华一世在登基之前曾是第九次十字军的领袖之一，并曾与拜巴尔多次交锋，他对蒙古人的计划抱有兴趣，但因国内政务缠身实在是无暇他顾。安茹的查理虽已贵为耶路撒冷国王，但他历来对拜占庭及其盟友热那亚带有成见，暗中指示其阿卡总督圣塞韦里诺的罗歇与圣殿骑士团、威尼斯结盟，并和马穆鲁克王朝修好，以便牵制拜占庭人。教皇（此时拜占庭皇帝米哈伊尔已主动与罗马教廷和解）竭力鼓动查理将注意力投向叙利亚，这才勉强打消了他再次进攻君士坦丁堡的念头。
安条克亲王（名义上的，因其领地只剩港口拉塔基亚）、的黎波里伯爵博希蒙德七世原本也想与亚美尼亚人共同进退，但因统治阶层的内讧也分身乏术。博希蒙德七世手下重要的封臣居伊二世（Guy Ⅱ，Embriaco of Jebail）拐骗了当地阿莱曼家族的一位女继承人并将她嫁给了自己的兄弟约翰，此举触怒了博希蒙德伯爵。为了逃避可能的报复，居伊投奔了圣殿骑士团，暴怒的博希蒙德拆毁了的黎波里的骑士团分部并砍伐了一片属于他们的树林。圣殿骑士团团长博热的威廉（William of Beaujeu，与安茹的查理有亲戚关系）不愿忍气吞声，随后骑士团、居伊同的黎波里伯国陷入了长期的武装冲突，双方互有胜负。圣殿骑士团两次在陆战中获胜，但的黎波里舰队也曾成功地破坏了圣殿骑士团的西顿城堡。虽然在医院骑士团团长尼古拉·洛格勒的调解下，博希蒙德和圣殿骑士团实现了停战，但居伊还是不想善罢甘休。1282年1月，他与少数同伴潜入的黎波里城内，希望通过一场政变推翻博希蒙德。但他并没有得到预期中圣殿骑士团的支援，事情败露后不得不进入医院骑士团总部寻求庇护，而博希蒙德则以重兵包围了居伊藏身的塔楼。最终居伊不得不做了有条件的投降（保障其生命安全）。但博希蒙德食言了，几天后，居伊与几名显贵同党被残忍地活埋处死。[24]
的黎波里伯国的这场内乱虽然仅仅是一段历史插曲，但在十字军国家中进一步制造了裂痕。居伊的同党中有很多热那亚人，这导致了的黎波里伯国与热那亚族群间的关系长期紧张，而后者亦是亚美尼亚、伊尔汗国的盟友，如此一来，一个广泛的反马穆鲁克联盟已经注定难以实现。作为堂堂伯爵，博希蒙德公然的背信弃义颇不光彩，甚至在圣地贵族中也触犯了众怒。例如，蒙福尔的约翰（John of Montfort）就准备以武力为死去的朋友向博希蒙德寻仇，但的黎波里伯爵幸运地挫败了他。耶路撒冷王国中唯一的赢家可能仅仅是历来与热那亚不和的比萨人，当然，羽翼未丰的嘉拉温对此无疑也暗自窃喜。
◎ 西顿城堡遗址
在南边的耶路撒冷王国，形势也不容乐观。作为外来政权的代言人，罗歇在阿卡的执政其实并没有得到本地贵族发自肺腑的拥戴。圣殿骑士团竭力为查理拉拢盟友，一度令蒙福尔的约翰倾向于加入安茹家族的阵营，但约翰似乎最终更倾向于两面下注。1279年塞浦路斯国王休三世突然登陆提尔，并再次对耶路撒冷王位提出了要求。约翰这一次表示了自己的支持（他亦是当年在哈丁惨败的居伊国王的后裔），但总体而言，应者寥寥。长达四个月的时间里，休几乎毫无作为，他忌惮查理一世的军事实力，最终不得不撤回塞浦路斯。休将自己的失败迁怒于圣殿骑士团，作为报复，他没收了骑士团在岛上的大批财产。圣殿骑士团向教皇提出申诉，虽然教皇要求休收回成命，但休置若罔闻。这意味着教皇在圣地的影响力也下降了，而由于王权衰落，他原本几乎是将各十字军势力统一起来的唯一希望。此后休参与了伊尔汗国提出的联盟，但仅仅是为了反对他在阿卡的政敌（罗歇拒绝对抗马穆鲁克），并没有真正将对埃及的远征付诸实施。
与查理相比，伊尔汗国更急于在嘉拉温站稳脚跟前予以打击。1280年秋，蒙古骑兵越过幼发拉底河，开始进犯马穆鲁克王朝的领土，10月他们成功攻下了重镇阿勒颇，令附近的穆斯林居民惶恐不已。医院骑士团也从迈尔盖卜城堡出兵响应，兵锋直入贝卡谷地，一度威胁到早先被拜巴尔夺取的骑士堡。但蒙古人和医院骑士团的兵力不足以支撑长期的军事行动。很快，伊尔汗国的部队便被迫放弃阿勒颇，撤回幼发拉底河对岸，医院骑士团也不得不返回迈尔盖卜城堡。嘉拉温决定对医院骑士团发起一场惩戒行动，但他的部队最终兵败于迈尔盖卜的坚城之下。双方在战场上大体平分秋色。
这一年，拜巴尔与十字军国家签署的十年停战协议即将到期。伊尔汗国的使节来到阿卡，向耶路撒冷王国政府表示来年蒙古人将出动上万精兵攻略叙利亚，希望基督徒能够鼎力相助。医院骑士团也向远方的英王爱德华一世派出了特使。然而由于内部的分裂，阿卡的耶路撒冷王国政府对此冷若冰霜。嘉拉温动用了各种手段去分化瓦解十字军与蒙古人潜在的联盟。通过将安条克与阿帕梅亚（Apamea）赠予松戈尔，他成功地安抚了这位心怀不满的诸侯。稍后嘉拉温的使节也来到阿卡，提出续订一份长达十年的停战协议。5月，罗歇与圣殿骑士团同意了这一协议，罗歇本人甚至在获悉马穆鲁克王朝内部有人阴谋推翻嘉拉温的统治后，向他通风报信，从而使苏丹逃过了一劫。一个月后，的黎波里伯爵博希蒙德七世也签署了协议。只有医院骑士团执拗地拒绝媾和。如此一来，在嘉拉温高超的外交手腕之下，十字军与蒙古人潜在的联合就此分崩离析。而医院骑士团悲凉地发现，在十字军近两百年的历史中，自己第一次如此势单力孤。
1281年9月，两支伊尔汗国的大军还是如约进入马穆鲁克王朝的领地，分别由可汗阿八哈与他的兄弟曼古·帖木儿（Mangu Timur）率领，这次军事行动得到了亚美尼亚国王利奥三世、格鲁吉亚国王德米特里二世（Demetrius Ⅱ）与医院骑士团的响应。然而嘉拉温的情报机构对蒙古人的入侵早有耳闻，并且一名被俘的蒙古军官几乎将伊尔汗国的作战计划全盘托出。10月30日，曼古统率的蒙古联军与马穆鲁克主力在霍姆斯附近遭遇。曼古亲自指挥中军，左翼交给了各蒙古王公，右翼则交给了基督教盟友（亚美尼亚、格鲁吉亚、医院骑士团），其中包括医院骑士团的200余名骑士。通过蒙古逃兵的口供，嘉拉温得知蒙古人的精锐集中于中路，而右翼的基督教军队同样不容小觑，于是苏丹当机立断，他本人坐镇中军，哈马的曼苏尔（Mansur of Hama）率领的精锐位于右路，刚刚归顺的松戈尔则指挥左路。战役爆发初始，基督教联军一度重创松戈尔的部队，并将他逐出战场，但之后他们犯下大错，不仅未能乘胜突入马穆鲁克中军，反而原地休整准备等待兄弟部队的支援。与此同时，蒙古军的左翼在曼苏尔的打击下已经崩溃，曼古的中军则受挫于嘉拉温的亲兵。虽然整个战役此时胜负依旧难料，但曼古因为负伤而失去了勇气，他自私地下令撤退，抛弃了他的基督教战友。基督徒联军顿时发现自己处于孤立无援的险境，幸而他们并未慌乱，在亚美尼亚国王的率领下，杀出一条血路，向北突围而出。马穆鲁克军损失同样惨重，于是嘉拉温也放弃了追击。
◎ 1281年霍姆斯战役中的蒙古骑兵和马穆鲁克，来自于亚美尼亚历史学家、贵族科律克索的海顿（Hayton of Corycus）完成于14世纪初的《鞑靼史》
医院骑士团英国分团长昌西的约瑟夫（Joseph of Chauncy）当时正在军中，他在写给英王爱德华的信件中，将此次失败归咎于塞浦路斯国王休与博希蒙德伯爵未能及时赶到。不过这很可能是约瑟夫在为两位贵族辩护，因为二人根本没有计划要来战场助阵—爱德华对霍姆斯的失败相当震怒，他算得上当时唯一有意加入新一轮圣战的欧洲大国君主，并且对与蒙古人结盟深感兴趣。他对十字军国家的内乱并无充分的认识，东方基督教势力的离心离德已经让人触目惊心—塞浦路斯的休虽然名义上是伊尔汗国的盟友，但他完全在隔岸观火，而博希蒙德七世刚刚与穆斯林签署了停战协议。查理在阿卡的总督罗歇甚至亲自面见嘉拉温，对他取得的胜利表示祝贺。除了医院骑士团，十字军国家的几大势力在13世纪末的危机中显得或鼠目寸光，或麻木不仁。很快，他们将为此付出血的代价。[25]
1282年，一件历史插曲意外演变为地中海的重大震荡，并深刻改变了圣地的政治局势，让十字军国家如履薄冰。是年3月30日，复活节晚祷时分，西西里岛巴勒莫圣灵教堂门外，当地居民正在举行庆祝活动，一批法国军人和官员也加入了人群。期间一位名叫德鲁埃（Drouet）的法国军官将一名已婚年轻妇人从人群中拉出，并当众侵犯了她。她的丈夫随后杀死了这名军官。法国士兵企图为战友复仇，但西西里民众对法国统治阶层积怨已久，他们自发武装起来将这批军人屠戮殆尽。此时巴勒莫全市的教堂响起了晚祷的钟声，钟声像信号一样传遍了整个城市乃至岛屿，西西里人由此发起了反对安茹的查理统治的大起义，史称“西西里晚祷”事件。在随后的数月中，岛上的法国人几乎被一扫而空，各地成立了自治机构，阿拉贡国王佩德罗三世（Pedro Ⅲ de Aragón）也趁机入侵西西里，最终在这一年9月建立了自己的统治，并自封为西西里国王。查理的领土仅剩意大利半岛南部，不过他不愿承认自己的失败，与其子孙一直试图夺回西西里岛，为此长期同阿拉贡王国兵戎相见，但屡屡受挫。[26]查理是在教皇的支持下打败并杀死原有的那不勒斯国王而登基的，作为法国皇族，原本他在意大利的统治基础就不牢固。他虽是一员猛将，但在内政方面却长期忽视收买当地民心，激成民变也算咎由自取。此后的二十年里，那不勒斯王国再也无暇东顾，查理的十字军东征计划及地中海大帝国的梦想从此搁浅。也是在这一年，伊尔汗国可汗阿八哈走完了他的一生，继任者是旭烈兀的第七子、阿八哈之弟贴古迭儿。贴古迭儿早年本信奉基督教，但不久后他便改信了伊斯兰教，并改名为穆罕穆德，甚至不称可汗而称苏丹。他完全放弃了兄长与十字军国家结盟的政策，转而主动遣使同马穆鲁克王朝修好。耶路撒冷王国顿时失去了一大强援。
◎ 意大利画家范切斯科·哈耶兹（Francesco Hayez）笔下西西里晚祷事件的爆发（作于1846年）
在阿卡，总督罗歇突然发现自己已经失去了后盾。1282年末，他被自己的主公召回意大利，接替其职务的是他昔日的大管家奥多—法国人在阿卡的势力已经今不如昔了。马穆鲁克王朝对查理的厄运同样感到十分意外，旋即为此庆幸。拜巴尔与嘉拉温都十分敬重查理一世，将他视作自己的劲敌。但雄心万丈的查理已被西西里的事变捆住了手脚，加之早前马穆鲁克苏丹成功击败了伊尔汗国，拜占庭帝国与十字军的关系又长期不睦，短时间内，再也没有能遏制嘉拉温扩张的势力了。1283年，嘉拉温与奥多续签了又一份为期十年的和约。值得注意的是，和约中虽然给予大部分十字军的城镇以安全保障，却不包括提尔和贝鲁特，以及若干十字军城堡。
塞浦路斯国王休并没有放弃谋求耶路撒冷王位，目睹查理的失势，他决定再度尝试夺取阿卡。1283年7月，他和两位王子乘船出发，原本计划直接登陆阿卡，但因为风向的原因，他们进入贝鲁特港。休受到了礼遇，随后他和自己的部队启程前往提尔，因为该地领主约翰是他的支持者。但途中休的部属遭到了穆斯林的袭击，损失颇大，国王相信这一定是圣殿骑士团指使的。休终于跌跌撞撞地进入提尔，但预期中阿卡人箪食壶浆迎接王师的情景一直没有出现。尽管安茹的查理已经没有了当年的威势，阿卡的市民自治公社与圣殿骑士团还是更倾向于接受奥多的统治。休一直在提尔苦苦等候至1184年，是年3月4日他因病辞世。此前他的亲密战友蒙福尔的约翰、蒙福尔的汉弗莱也先后撒手人寰，这位塞浦路斯国王夺回耶路撒冷王位的努力就此无果而终。虽然休自身才智上也存在局限，并且他脾气暴躁、急于求成，但更多的责任还是应该由阿卡的意大利商人和圣殿骑士团来负。他们自私地选择遥远的查理做自己名义上的领袖（何况他们已经知晓了西西里的事变），从而获得更大的自治权利，如果在和平年代，这么做还情有可原，但面对虎视眈眈的马穆鲁克人，此举则更像是饮鸩止渴。
休的长子约翰先后在尼科西亚、提尔加冕为塞浦路斯国王及耶路撒冷国王，但后一头衔仅仅得到提尔与贝鲁特的承认。约翰统治一年后便去世了，他的弟弟亨利二世继承了王位。亨利还只是个14岁的少年，不可能像父王那样立即发动又一次圣地冒险。据历史记载，亨利可能患有癫痫，他性格内敛阴沉，有些多愁善感、睚眦必报，从这些特质来看，的确算不上能够力挽狂澜的救世主，但他的统治却出奇地长久，直到1324年他都是塞浦路斯和耶路撒冷（有名无实的）统治者。
与此同时，嘉拉温正谋划夺取一些停战协定未涉及的重要据点。贝鲁特和提尔的城主刚刚去世，他们的寡妇向苏丹恳求和平，嘉拉温颇有风度地应允了她们的要求。他真正的目标是医院骑士团此时最重要的城堡—迈尔盖卜。4月17日，马穆鲁克苏丹统领一支规模空前的大军出现在迈尔盖卜城堡前，其中还包括大量蒙古雇佣兵。他们层层围住要塞，并立即发动了强攻。迈尔盖卜堡极为坚固，且武器粮草充足，除了少数医院骑士，城内也有一批土科波、蒙古雇佣军，他们虽然在人数上处于绝对劣势，但占据地利、士气高涨。整整四周时间里，嘉拉温损失了大量攻城器械，却仍然不能越雷池一步。阿卡、安条克、提尔纷纷与苏丹签署了和约，他们冷漠地选择作壁上观而不愿意援助基督教骑士团。最终，在5月23日，嘉拉温的工兵开凿了一条地道并点燃了要塞的一座城楼，城堡被打开了豁口。医院骑士们自知大势已去，经过商议，他们选择了有条件的投降。嘉拉温也不希望完全摧毁城堡，因为一旦如此，他将无险可守，最终，苏丹许诺保障守军的生命安全，骑士团则和平交出迈尔盖卜城堡。医院骑士与守军后来退往的黎波里。5月25日，这座十字军在圣地最坚固、最雄伟的城堡之一，正式陷入敌手。[27]
迈尔盖卜堡的沦陷不但令医院骑士团痛彻心扉，也让阿卡市民如梦方醒。原本这年埃及遭遇了严重饥荒，嘉拉温的扩张其实缺乏底气—如果耶路撒冷王国与医院骑士团同舟共济，马穆鲁克王朝未必能攻城拔寨。大约与此同时，他们也得知了安茹的查理的死讯。内忧外患之下，阿卡人感到的确不能再仰仗遥远的那不勒斯王国了，在医院骑士团的建议下，塞浦路斯国王亨利二世派出使臣前往阿卡商讨他的继位事宜，除医院骑士团以外，条顿骑士团也爽快地表示了同意，经过一番挣扎，阿卡公社和圣殿骑士团最终也接受了亨利的要求。但是奥多拒绝放弃权力，驻扎在阿卡的法国军团也依旧表达了对安茹王朝的支持。
◎ 医院骑士团迈尔盖卜城堡遗址
1286年6月4日，亨利二世正式登陆阿卡，并得到了当地公社的热烈欢迎。三大骑士团团长并未出席欢迎仪式，他们解释说，由于自己敏感的宗教身份，应当保持某种中立。亨利希望能够驻跸阿卡国王的城堡，但居住其中的奥多拒绝交出它，并召集了法国卫队，双方一度剑拔弩张。最后在三大骑士团长的调解下，奥多总算让步。6月29日，亨利二世入住阿卡城堡，正式享有了耶路撒冷国王的权利，六周后，他在提尔被戴上了耶路撒冷国王的王冠。
亨利二世随后在阿卡为自己的登基举行了盛大的宴会、比武和庆典，贵族们甚至在医院骑士团总部大厅里，举行了以“亚瑟王与圆桌骑士”、伯努瓦《特洛伊传奇》（Roman de Troie）为题材的戏剧演出—但这已经是耶路撒冷王国最后的狂欢了。亨利二世虽然还有些稚气未脱，但相貌英俊、风度翩翩，很快就博得了众人的好感（人们对他身染癫痫病一事尚一无所知），而颇有人望的伊贝林家的鲍德温与腓力则是他的军师和顾问。庆典结束后不久，亨利便返回了塞浦路斯，留下鲍德温管理阿卡。这也是后者的建议，因为在他看来，国王不在城中反而更能得到阿卡各派势力的拥戴。[28]
对耶路撒冷王国而言幸运的是，伊尔汗国贴古迭儿的改弦更张犯了众怒。信仰基督教和佛教的蒙古权贵联合起来，向宗主忽必烈皇帝申诉贴古迭儿的倒行逆施。忽必烈听闻后勃然大怒，同意了贵族们推选一位新可汗的请求。于是阿八哈之子阿鲁浑（时任呼罗珊总督）乘势举起了反对贴古迭儿的大旗。虽然贴古迭儿一度击败了阿鲁浑的军队，但他在1284年8月10日被自己的部将所弑，阿鲁浑众望所归，成为伊尔汗国第四任君主。阿鲁浑延续了父亲的宗教宽容政策，虽然他本人是佛教徒，但他最好的朋友马尔（Mar）是一位出生在中国陕西带有突厥血统的基督教聂斯托利派信徒，他的首相萨阿德·达乌拉（Sa'ad ad-Daulah）甚至是犹太人出身。阿鲁浑对法兰克—蒙古联盟依然寄予厚望，甚至憧憬着能亲自为基督徒收复耶路撒冷，但他吸取了父亲的教训，在确保西方的援助之前，绝不轻启战端。1187年初，阿鲁浑派遣手下的基督徒拉班·萨乌马（Rabban Sauma）带着写给教皇与西方主要君主的国书出使欧洲。萨乌马先后去了拜占庭、那不勒斯、教皇国、热那亚、法国和英国。在教皇国，他遭到了冷遇，而在那不勒斯他更亲眼看到了阿拉贡王国与那不勒斯王国的同室操戈（即西西里晚祷战争）。但拜占庭和热那亚对萨乌马的提议态度积极。在巴黎，萨乌马更得到了超出预期的礼遇。年轻的法王腓力四世亲自接见了他，并表示愿意出兵解放圣城。拉班·萨乌马最后来到了英国，当时的英王爱德华一世正在自己的大陆领地波尔多。他同样盛情款待了萨乌马，甚至邀请他一道参加王室弥撒。萨乌马也对爱德华一世的聪明干练刮目相看。不过英王与法王的做法如出一辙，虽然信誓旦旦地表示要与伊尔汗国共进退，但只要涉及具体出兵的日期就开始模棱两可起来。新一轮十字军东征对这两位君主而言只是个朦胧的梦想，眼前还有很多更急迫的事务。略感失望的萨乌马在返程中再次途经罗马，此时罗马已经选出了新一任教皇尼古拉四世（Nicolaus Ⅳ）。虽然天主教同聂斯托利派在教义上存在诸多差异，但尼古拉四世显示了自己的胸襟和视野，他邀请萨乌马前来做客，两人言笑甚欢，在圣周举行的弥撒仪式上，教皇还亲自为萨乌马祝福。最终，在1288年春，萨乌马满载礼物，并携带教皇与西方君主的回信以及一位法国使节戈贝尔（Gobert）返回祖国，美中不足的是，教皇的回信中对十字军出征的具体日期和规模也是含糊其辞的。
倘若1287年伊尔汗国的外交努力达到了预期目的，有了东西方的强援，耶路撒冷王国或许能挺过危机，因为一支强大的法兰克—蒙古联军足以动摇马穆鲁克的统治基础。然而，当时教廷与欧洲的王公对东方十字军国家的危在旦夕一片茫然，甚至一厢情愿地以为耶路撒冷王国足以自保。此外，西西里晚祷战争也是让整个欧洲血流不止的伤口。这座岛屿是教皇钦定赐予安茹王朝的财产，却被阿拉贡王国夺取，教廷、那不勒斯王国和法国均不愿善罢甘休。几大欧洲强权或多或少都卷入了这一场旷日持久的内斗，它们自然没有余力去遥远的东方开辟另一条战线。爱德华一世算得上对东方事务最具热忱的君主，他也的确看出了鹬蚌相争的危险，竭力在阿拉贡与法兰西之间调停，并在1286年让双方达成了一份停战协议。可是他斡旋达成的协定十分脆弱。英王本人虽然渴望参与十字军东征，但他眼下更多的精力不得不放在威尔士与苏格兰。因为苏格兰国王驾崩后没有留下男嗣，此时他计划先吞并苏格兰，然后再出兵黎凡特。可惜耶路撒冷王国已经命悬一线，再也经不起任何的延宕了。
虽然萨乌马此行并未空手而归，但阿鲁浑无法感到乐观。他敏锐地看出了西方君主的虚与委蛇。1289年复活节后，他派出了第二位特使—热那亚人巴斯卡勒尔（Buscarel）前往欧洲。此人携带三封信件，分别交给教皇、法王和英王。（送给法王的信件及英王爱德华的回信保存至今。）阿鲁浑表示他计划在1291年春出兵叙利亚，希望欧洲国家提供一支劲旅两路夹击，一旦击败马穆鲁克，他准备将耶路撒冷交还给基督徒。然而，爱德华一世的回信充满了客套和赞美之词，并无实质的允诺，法王的回信想必也大同小异。
◎ 阿鲁浑给腓力四世的国书
1290年阿鲁浑做了最后一次外交努力，两位信仰基督教的蒙古人第三次被派往欧洲。虽然得到了教皇的全力支持，也正确地选择了爱德华一世作为游说的主要对象，但不幸的是，1291年爱德华正因为苏格兰的事务而焦头烂额。国王告诉他们必须等待。但就在这一年，亲基督徒的阿鲁浑与世长辞，耶路撒冷王国的末日即将来临。[29]
外援迟迟不至，耶路撒冷王国内部竟又出现了内讧。亨利二世加冕后不久，圣地的热那亚人与比萨人的矛盾就公开激化为战争。1287年春，热那亚共和国派出了一支强大的舰队驶向黎凡特，他们不是为援助十字军国家而来，而是企图摧毁比萨人的势力。热那亚海军首先造访了亚历山大港，与埃及苏丹达成了某种“谅解”，随后他们开往叙利亚海岸，摧毁或拿捕遭遇的一切比萨船只（其中也包括部分法兰克人的舰船）—全凭圣殿骑士团极力斡旋，这些基督教俘虏才没有被贩卖为奴。热那亚人的另一竞争对手威尼斯于是加入了比萨人的阵营，他们共同组建起阿卡的海上防御，却在当年5月被热那亚舰队击败。在热那亚人看来，这恐怕是在为自己讨回圣撒巴斯战争中失去的公道，然而他们此时索要“正义”未免不合时宜。幸运的是，热那亚人的兵力还不足以完全占据阿卡，只能采取围困的方式。最后，医院骑士团、圣殿骑士团和当地的部分贵族共同向热那亚施加了强大压力，他们不得不撤围退回了提尔。内乱期间，堂堂耶路撒冷国王亨利二世居然无所作为，可见君主的权威已经衰落到了何等地步。
与此同时，嘉拉温对十字军国家的军事压力也骤然升高了。安条克公国最后的残余据点拉塔基亚一直作为连接阿勒颇与基督教国家的重要港口而存在，但在1287年3月22日，一场严重的地震摧毁了它的城墙。嘉拉温趁机宣布该城作为安条克公国的领土，不享受与的黎波里伯国签署的停战协定的保护。埃及苏丹派出将领前去夺取该地，几乎没有遇到强烈抵抗便于4月20日迫使守军献出城池，彻底终结了安条克公国。当年10月19日，安条克名义上的君主博希蒙德七世在屈辱中结束了自己的一生，他没有子嗣，有意将的黎波里传给妹妹露西亚，她的夫君图西的纳尔若（Narjot of Toucy）曾经是安茹的查理旗下的海军司令。但的黎波里市民历来对查理缺乏好感，他们无法接受露西亚的丈夫曾经为查理效命的事实，便自行推举一位亚美尼亚的公主西比拉来担任女伯爵。但很快，贵族与富商们同西比拉在用人问题上出现了不可调和的矛盾，他们便废黜了她，转而宣布将城市交给自治公社统治，第一任市长为拥有热那亚血统的巴塞洛缪·恩布里克（Bartholomew Embriaco）。露西亚并不愿意善罢甘休，她和丈夫在1288年初来到阿卡，并宣称对的黎波里拥有主权。医院骑士团热情地接待了他们，并护送这对夫妇进入的黎波里领土。的黎波里的公社并不愿意恢复伯爵的统治，在发布一篇冗长的公告控诉昔日的黎波里伯爵的恶行后，他们转而求助于热那亚共和国。热那亚执政官派出了一支5艘船组成的小型舰队前往的黎波里以示声援。舰队司令扎卡里亚（Zaccaria）在的黎波里登陆后，便急切地为自己的热那亚同胞谋求各种特权—这难免触犯了当地权贵的利益。与此同时，三大骑士团与阿卡城中威尼斯社区长官一起出面施压，希望的黎波里承认露西亚的继承权。双方互不相让，甚至有再次爆发内战的危险。祸不单行，巴塞洛缪野心勃勃，竟开始盘算为自己争取世袭伯爵之位，甚至不惜遣使与嘉拉温暗通款曲。但公社成员审时度势，重新与露西亚接洽，她明智地表示只要公社承认她的爵位，她也愿意维护后者的地位。在重获公社的青睐后，露西亚也以承认热那亚特权为代价，获得了扎卡里亚的认可。于是，的黎波里的内战就在最后一刻戏剧性地化解了。巴塞洛缪和威尼斯人成了最大的输家。前的黎波里市长派遣两位密使抵达开罗，力陈热那亚在的黎波里“一枝独秀”的威胁，希望苏丹能够用武力支持自己登上高位。
◎ 的黎波里老城城寨遗址
巴塞洛缪的邀请有叛变通敌的嫌疑，嘉拉温也获得了干涉的黎波里事务的天赐良机，并且拥有了撕毁停战协议的借口。1288年8月，一支马穆鲁克大军在开罗城外集结完毕。然而迫在眉睫的军事行动却因为嘉拉温长子阿里的突然去世而被取消了，的黎波里获得了喘息之机。但嘉拉温不准备轻易放弃到手的果实。第二年1月，苏丹的主力部队再次集结。十字军埋藏在嘉拉温身边最重要的间谍是一位名叫巴德尔（Badr al-Din Bektash al-Fakhri）的埃米尔，他将主公剑指的黎波里的计划悉数告知了圣殿骑士团大团长威廉。威廉闻后大惊失色，派骑士团的司令官紧急将这个消息告知了的黎波里当局，竟无人相信。的黎波里人一厢情愿地认为，马穆鲁克的目标是夺取内芬（Nephin）以便截断阿卡和的黎波里的联系。他们误以为这是大团长出于一己之私的杜撰，依然忙于内斗。直到这年3月，嘉拉温的大军已经兵临城下，他们才从梦中惊醒。
大敌当前，的黎波里城中各派终于团结在了露西亚周围，医院骑士团、圣殿骑士团也派来了援军，分别由元帅马修·德·克莱蒙（Matthew de Clermont）和瑟夫雷率领，让·德·格拉伊（Jean de Grailly，出生于萨伏伊，曾任耶路撒冷王国大总管）指挥的法国军团也从阿卡启程前来增援。耶路撒冷国王亨利二世派遣他的弟弟阿马尔里克带领一批骑士和4艘战船进入的黎波里，当时港口里还有4艘热那亚及2艘威尼斯的加莱船。尽管援军已及时赶到，市民们依旧惶惶不安，大量难民因此涌入了塞浦路斯岛。
基督徒的抵抗十分英勇，他们的舰队也紧紧拱卫着港口。但马穆鲁克军队占有数量上的绝对优势，他们还携带了大量重型攻城器械。陈旧的主教塔被认为是的黎波里城防的薄弱地段，受到了重点“照顾”；医院骑士塔虽然崭新坚固，但在投石机的连续猛击下，几乎成为一堆瓦砾，据说在它的废墟上，马匹都可以走过。
当主教塔和医院塔先后陷落后，城中的威尼斯人自觉大势已去，便将自己的财产装船，逃离了这座港口。有了他们做示范，扎卡里亚和他麾下的热那亚人也撤出了的黎波里。威尼斯人和热那亚人的背弃之举严重打击了守军的士气。4月26日，嘉拉温下令发起总攻。马穆鲁克士兵前赴后继，从城市东南部的城墙缺口处突入了市区。守军的抵抗全线崩溃，不过由于的黎波里是一座港口，大量的贵族与市民尚有时间乘船撤离，其中就包括露西亚女伯爵、阿马尔里克和两位骑士团的元帅，但巴塞洛缪与圣殿骑士团司令官蒙卡达的彼得（Peter of Moncada）均在此役中阵亡。巴塞洛缪恐怕万万没有想到自己向嘉拉温抛出的“橄榄枝”竟会带来国破家亡的厄运。
