对于来不及登船的的黎波里人，接下来发生的事情犹如噩梦。男人被纷纷屠杀，而妇女儿童则被转卖为奴。屠城过后，为了防备日后十字军海军夺回这座港口，嘉拉温又下令将的黎波里彻底夷为平地。
5月2日，在巴塞洛缪·恩布里克守城战死之后，其同族的朱拜勒（Jubayl）领主彼得·恩布里克行至嘉拉温的帐营投降，他正式归顺了马穆鲁克王朝，成为嘉拉温的藩属。安条克公国和的黎波里伯国均已覆灭，现在十字军国家所拥有的就只剩耶路撒冷王国那条狭窄的海岸了。[30]
即使最乐观的圣地基督徒也终于意识到，生死之战迫在眉睫。13世纪末，驻守阿卡的基督教军队与一百年前建立耶路撒冷王国的首批十字军已经大相径庭。随着塞浦路斯国王继承了耶路撒冷王位，所谓的“耶路撒冷王国”（阿卡王国）的军事地位已经显著下降，它更像是塞浦路斯在大陆的一个据点或前哨。其军事力量主要倚仗三大骑士团、意大利的商业共和国（热那亚、威尼斯和比萨）、从欧洲不定期来访的十字军及欧洲、中东的雇佣兵。塞浦路斯王国自身也是十字军的产物（虽然居民多数为信奉东正教的希腊人），它的战略形势略好于圣地的十字军国家，因为它是个岛国，而通常情况下，基督徒掌握着制海权，但塞浦路斯面积、人口有限，能用于支援阿卡的兵力可谓捉襟见肘—它一次能动员的骑士，不过200—250名。
◎ 1289年的黎波里的沦陷
由于已经在圣地生活了上百年，当地的十字军贵族在与穆斯林长期的杂居中，吸收了很多中东的风俗习惯。一个典型的例子是，虽然欧洲的骑士历来以全身重甲著称，但在圣地的骑士由于天气炎热，很多人只穿穆斯林喜爱的棉甲，甚至在行军途中不披甲。此外，不少骑士十分喜欢穆斯林式的套鞋（galoches），因此，如果一位本地的基督教骑士穿着伊斯兰风格的服装，并不会让人错愕。基督教士兵同穆斯林妇女通婚的情况也屡见不鲜。不过，虽然耶路撒冷王国本土的军队受穆斯林的影响越来越多，但他们的武器装备（尤其是马匹）依然大部分从欧洲进口，同时他们也需要从欧洲输入粮食。
由于耶路撒冷王国是按照封建制度建立的，即使国王也只不过是“贵族中的首席”，他并没有能够独裁的绝对权威。13世纪后期王权衰落后，更是如此。十字军国家的军事贵族传统上在15岁以后便开始踏入战场，并且至少会服役到40岁。但在这一时期，他们很多已经习惯了奢侈清闲的生活，开始从政或经商，战斗力不断下降。事实上，耶路撒冷王国中，所谓的“法兰克人”或“欧洲移民”，历来都是少数群体，他们主要集中在城市，而在城郊和广大乡村，几乎都是阿拉伯人的后裔（其中有部分改信了基督教）。
除了军事贵族，圣地十字军国家的另外一支重要军事力量是雇佣军。阿卡因为地理条件便利，是雇佣军的重要“集散地”。十字军海军的大部分船员都是雇佣而来。此外还有一些没有封地的流浪骑士，从欧洲到中东来寻找自己的“伯乐”。在十字军国家的内部也存在重要的雇佣兵源，例如，黎巴嫩基督教马龙派便盛产优秀的轻骑兵和弓箭手。另一个特殊的雇佣军群体是“土科波”。十字军时期，他们的踪迹遍布巴尔干和中东的十字军国家，是当时一支重要的军事力量。很多土科波士兵为突厥男子与基督徒女子的混血儿，在作战方面，他们则是优秀的弓箭手与轻骑兵。
与上述军事力量相比，骑士团算得上是支撑十字军王国的中流砥柱。医院骑士团、圣殿骑士团、条顿骑士团与其他一些规模较小的骑士修会组成了中东十字军中的最强联盟。他们把自己视作圣地的真正守护者，组织严密，纪律严明。但三大骑士团也饱受失地之苦，他们的财力与人力在13世纪末备受摧残。即使在强盛时期，医院骑士团在中东的骑士人数也很少超过500人，一般仅在300人上下，即使加上辅助部队（军士、土科波、雇佣兵），也至多数千人的规模，完全无法单独与马穆鲁克王朝交锋。因此，他们的作战急需兄弟部队的配合，然而在阿卡王国统治的后期，这种通力合作、一致对外的氛围往往是稀缺的。
除了专业的军事人员，13世纪的十字军国家军队中还有另一类重要兵源—民兵组织。自哈丁会战开始，十字军国家就不断丢失领土，沿海的城市的人口由于内地难民的涌入而大幅增加。市民数量的暴增产生了大大小小的城市公社，它们最终也得到了政府的承认（例如阿卡的市民公社在1232年被耶路撒冷王国官方认可，而的黎波里则要等到1287年）。此外，城市工会或兄弟会多年来也是重要的政治军事力量。城市的安危与市民的生活息息相关，商人、工匠和各行各业的从业者在城市中划分自己的防区，派出民兵守卫自己的城墙，并给统治者的出征提供兵员（例如，阿卡各城区都分配给特定的社区或军事组织防卫，1281年阿卡总督圣塞韦里诺的罗歇便将城区北部从圣安东尼门至诅咒塔的大段城墙交给医院骑士团驻守）。不过，各地民兵总体而言倾向于保家卫国而非劳师远征，他们缺乏军事上的进取心，这可能是一个弱点。在这些市民自治群体中需要特别提及的是热那亚、威尼斯和比萨在圣地的社区，由于意大利各商业共和国财大气粗并拥有强大的海军，他们往往能在耶路撒冷王国的政治中扮演重要角色；但由于彼此间长期存在激烈的竞争关系，他们往往也是王国的不稳定政治因素。
至于耶路撒冷王国的对手马穆鲁克王朝，欧洲的史官一直坚持其军队规模十分庞大（曾经有记载宣称最后入侵阿卡的穆斯林军队居然有20万之众），甚至说他们通常依赖人海战术取胜。实际上，马穆鲁克苏丹的军队虽然在数量上占有一定优势，但与十字军联军相比，差距并不悬殊。严格来说，真正的马穆鲁克是苏丹的私人禁卫军，属于精英中的精英，并且集中在开罗，他们的数量其实有限。虽然曾经在1260年击败过蒙古铁骑并挽救了伊斯兰文明，但13世纪晚期的马穆鲁克军队以蒙古人的军事组织、战术甚至武器作为自己学习的榜样，他们的军队同欧洲人大不相同。马穆鲁克军队体现出传统伊斯兰军队与突厥—蒙古军队的混血特征，他们高度强调机动性，并且重视骑射的作用，这恰恰是十字军部队较为欠缺的。此外，他们也比早期阿尤布王朝的部队在组织上更为清晰，在训练上更为刻苦。甚至还有约3000人的蒙古难民被直接编入马穆鲁克军队，成为其中具有特色的一支劲旅。
马穆鲁克王朝高度重视军事教育，市面上甚至流通着不少实用的军事教科书，这些书籍为我们保留了大量关于马穆鲁克作战战术与细节的资料。马穆鲁克军队中并没有中世纪欧洲骑士向领主效忠那样的繁文缛节，他们彼此之间更多的是平等的兄弟情谊，而且训练极为系统和艰苦。训练的科目包括枪术、马球、弓术、标枪、剑术、钉头锤、摔跤、赛马和列阵等。虽然马穆鲁克通常被认为是骑兵，但他们往往身兼数职，离开马背后可作为重步兵或弓箭手使用，他们甚至还要学习修建各种工事，特殊情况下可兼做工兵。
即使贵为马穆鲁克苏丹，追根溯源，他也是“奴隶”的后代。因此，苏丹在军队中较为注重确立士兵的平等关系，例如，每位普通马穆鲁克的背包里，据说都有一根“元帅节杖”，苏丹就是用这样特殊的方式，来激励士兵的士气并制衡他麾下的将领们。此外，他们高度重视情报战的作用，极力在十字军国家中发展自己的谍报网。十字军国家中遍布穆斯林农民、商人及改宗者，为马穆鲁克的渗透提供了得天独厚的便利。虽然十字军国家中的有识之士也曾试图如法炮制，但相形之下，他们的情报网只能是小巫见大巫。
在同拜占庭帝国的长期征战中，穆斯林认识了“希腊火”这种燃烧武器，并且逐渐模仿、开发出自己的希腊火，伊斯兰世界的类似武器被称作“纳法”。它的具体成分依旧是未解之谜，除了石脑油，可能还掺杂了硫黄和硝石（一般认为与拜占庭的希腊火在配方上可能存在若干差异）。1280年，一位大马士革的军人哈桑·拉玛赫在他的军事著作中详细记录了硝酸钾的提炼配方，而它正是制作火药的关键原料。后世的一些学者猜测马穆鲁克王朝在13世纪末之所以能够风卷残云般地攻占十字军的坚固堡垒，除了因为传统攻城技术的精进，可能还因为他们掌握了某种早期的火药武器。
即使抛开未经证实的火药不谈，13世纪穆斯林在攻城术方面也有很高的水准，甚至连元朝皇帝都雇用他们为自己作战。13世纪晚期马穆鲁克王朝的攻城器发展出了多种版本，其中既包括传统的投石机，也包括相对灵活的弩炮，还有能旋转炮架射击的“德维利希”。重型投石机的射程可达约300米，发射的石弹重量可达500磅。此外，马穆鲁克军队还配置有大量工兵，尤其是其中的坑道兵，通过在敌方城墙下方挖地道并施以火攻，常常能收到事半功倍之效。以往十字军在处于劣势时，常常依托坚城固守待援并多次转危为安，但面对马穆鲁克王朝高度专业化的大军，昔日固若金汤的城池也变得岌岌可危了。[31]
的黎波里的灭亡已然为阿卡人敲响了警钟。此前阿卡当局一度希望与嘉拉温长期修好，现在看来，无疑是与虎谋皮。诚然，马穆鲁克王朝陆续并吞了若干十字军的重要城堡，并且对三大骑士团显示出了根深蒂固的敌意，但很多十字军贵族与平民一厢情愿地认为是骑士团的圣战情怀招来了穆斯林的痛恨，而阿卡通过东西方贸易则能与穆斯林长期和平共存。在十字军国家中拥有重大影响力的意大利商人群体，看重的是维持与穆斯林的经济往来；当然，另一方面，穆斯林也的确常常显现出实用主义倾向，例如，他们常常作为客户光顾圣殿骑士团的银行。一些十字军的权贵定居圣地已有数代之久，早已习惯了奢靡的生活，失去了开疆拓土的雄心，脑海里只想着偏安一隅。为了取悦嘉拉温，他们甚至故意破坏蒙古—法兰克联盟，使十字军国家失去了反戈一击的绝佳机会。现在，的黎波里的惨剧将让他们自尝苦果。
1289年4月29日，耶路撒冷国王亨利二世乘船来到阿卡会晤了嘉拉温苏丹的使节，双方都指责对方违背了停战协议。为了给风雨飘摇的王国赢得喘息的机会，亨利派出特使拜见正在大马士革的嘉拉温，要求再续签一份十年的停战协议，而苏丹爽快地同意了。不过在屡屡被马穆鲁克蚕食疆土之后，这时的十字军权贵终于有所醒悟，明白穆斯林的最终目标是彻底摧毁十字军王国，让·德·格拉伊被派去欧洲寻求紧急援助。虽然马穆鲁克的威胁显而易见，但基督徒阵营并没有万众一心：提尔女亲王玛格丽特已经与苏丹磋商好另一份停战协议；而在9月乞里西亚亚美尼亚则同意以割让土地为代价换取和平；阿拉贡国王阿方索与苏丹签署了一份条约，其中特地强调一旦阿卡破坏了停战，阿拉贡将会置身事外；意大利南部那不勒斯王国还在与阿拉贡对峙，因此分身乏术。西西里晚祷战争也牵连了法国与教廷，当让·德·格拉伊抵达罗马的时候，教皇尼古拉四世除了表示热烈欢迎以外并无任何实际行动。虽然英王爱德华努力在法国与阿拉贡之间斡旋，但直到1291年2月才令双方真正停战—然而那时再试图挽救阿卡已经太迟了。
拜占庭曾经是耶路撒冷王国长期的盟友，但在13世纪后期，帝国刚刚从1204年十字军的破坏中恢复过来，在巴尔干一带还散布着诸多虎视眈眈的拉丁国家，因此，也不能指望拜占庭人会替十字军国家火中取栗，何况十字军还是1204年君士坦丁堡浩劫的始作俑者。热那亚、威尼斯和比萨在地中海进行着激烈的商业竞争，耶路撒冷王国的那一点残余未必能满足它们的胃口，相形之下，与实力强劲的马穆鲁克王朝保持贸易关系更加有利可图。诚然，的黎波里的沦陷给热那亚造成了不小的损失。热那亚舰队司令扎卡里亚从该城逃出生天后，为了报复，大肆攻击马穆鲁克船只，甚至一度扬帆偷袭了埃及的不设防港口。作为惩罚，嘉拉温对热那亚商人关闭了亚历山大港，令共和国同埃及的贸易几近中断。务实的热那亚政府迅速命令他们任性的海军司令结束战争并归还埃及俘虏和战利品，随后他们又与马穆鲁克政府续订了商业协议。
不过阿卡的外交努力也不能说全无进展。1289年秋，热那亚的死对头威尼斯共和国决定向阿卡增派援兵。教皇尼古拉四世目睹此景，也同意发动一支十字军去帮助东方的基督教兄弟。爱德华一世可算作此时西方大国君主中最具圣战情怀的一位，他派遣亲信奥托·德·格朗松（Otto de Grandson，出生于瑞士）率领40—60名骑士在当年5月奔赴罗马，去与基督教盟友商讨英王东征事宜，为了推进基督教国家的和解，奥托甚至建议本次十字军东征以年轻的西西里国王詹姆斯二世（阿拉贡国王阿方索三世的弟弟）为领袖。英国对阿拉贡和西西里的游说收到了成效，在奥托的斡旋下，詹姆斯二世同意派出30艘战舰及约1万名士兵驰援阿卡。这支劲旅原本足以雪中送炭，但教皇与那不勒斯国王查理二世对西西里晚祷事件依旧耿耿于怀，竟然否决了这一计划。最终，受到冒犯的阿拉贡国王只派出了一支象征性的小舰队驶向黎凡特。在短暂地返回英格兰向爱德华复命之后，奥托·德·格朗松于1290年夏起航去往巴勒斯坦，随行的只有小股英格兰先头部队（但预期中的“大部队”从未成行）。进入阿卡后因为与英王的特殊关系，奥托担任了一段时间的阿卡圣托马斯骑士团指挥官。不过以上援军和马穆鲁克的军队相较，实在是杯水车薪。
在欧洲，真正积极响应教皇圣战号召的势力来自意大利中北部。这批意大利十字军大部分由城市民兵和雇佣步兵构成，其领袖是威尼斯人雅各布·蒂耶波洛（Jacopo Tiepolo）。他麾下有一支由多达20艘威尼斯大型桨帆船（galley，亦称“加莱船”）组成的舰队，总兵力约5000人。1290年，它们在远航途中与西西里国王詹姆斯二世派出的5艘桨帆船邂逅。虽然理论上威尼斯同阿拉贡、西西里还处于战争状态，不过由于是去对抗同样的敌人，两军倒也相安无事。此外，阿拉贡国王阿方索三世还特许圣殿骑士团加泰罗尼亚分团长贝伦格尔（Berenguer de Santjust），带着40匹战马、若干驮兽、武器、食物、橄榄油等补给通过阿拉贡舰队前往阿卡。最终抵达阿卡的意大利十字军由流亡的的黎波里主教担任名义上的统帅，让·德·格拉伊和来自意大利南部的鲁·德·苏利（Roux de Sully）担任他的左膀右臂。他们的到来总算给阿卡的守军注入了一针强心剂。
备战期间，马穆鲁克王朝和耶路撒冷王国都在进行着情报战。双方各自派出了间谍，十字军方面最著名的间谍当属前文提及的巴德尔，而苏丹也有盘踞在十字军心脏地带的卧底，其中之一叫作乍瓦·汉代格（Jawan Khandaq），他曾经是阿卡城的市场监督官（Muhtasib），利用职务之便，他可以从容地监视港口船只的进出情况，从而让马穆鲁克人对阿卡的援军了如指掌。
◎ 马穆鲁克王朝国旗
1290年初夏，欧洲的援军终于抵达阿卡，但不久之后，雅各布·蒂耶波洛与鲁·德·苏利就返回了威尼斯。这年适逢巴勒斯坦大丰收，大马士革的商人纷纷来到阿卡进行贸易，加利利的农民也来这儿出售粮食，耶路撒冷王国一片祥和。但8月下旬，形势急转直下。一些新来的欧洲十字军突然攻击了一批一起参加宴席的叙利亚商人、巴勒斯坦农民和一些长得像穆斯林（蓄胡须）的基督徒。事件的起因众说纷纭，虽然当地的骑士团竭力保护这些受害者，但还是有很多人被屠杀了，这就给了穆斯林开战的口实。
一些幸存者和死者的亲属带着遇难者的血衣去了开罗，要求苏丹主持公道。嘉拉温立即要求阿卡交出这场骚乱的主事者并予以审判，但阿卡人不仅鲁莽地一口回绝，甚至还将过错推到死难者身上。虽然马穆鲁克王朝与耶路撒冷王国签署有正式的停战协定，但这样一来，嘉拉温就可以借机从开罗的宗教首领那儿找到打破协议的理由了（即视作基督徒违约在先）。师出有名之后，嘉拉温立即开始集结全国兵力。马穆鲁克人在行军路线的沿途预先设立了若干补给站，考虑到阿卡城防坚固，嘉拉温的大将曼苏里带领他的人马去凯撒里亚附近地区伐木以制造攻城器械。此外，位于前线的马穆鲁克驻军也将耶路撒冷王国的小股部队赶回了主要城市，以免他们袭扰友军的补给线。
虽然有谣言说嘉拉温是在准备远征埃塞俄比亚，但巴德尔又一次明确告知圣殿骑士团大团长威廉苏丹的真正意图。阿卡已经危在旦夕，然而威廉的警示竟再一次被阿卡市民所忽略。心急如焚的大团长尝试着独立化解这次危机，他派遣一支非正式的代表团去开罗商讨和平，然而嘉拉温要求阿卡给予死伤者天价赔偿。阿卡的议会回绝了这一条件，甚至有些人还指控威廉是基督教的叛徒。不过，外交努力的失败总算让耶路撒冷王国上下清醒起来。亨利二世任命自己的兄弟阿马尔里克全权负责阿卡的城防，所有健全的男性市民都被召集起来守卫城市。三大骑士团也纷纷派出了自己的援军。[32]
1290年10月，嘉拉温感到有些身体不适，但仍然执拗地准备继续推进战争。11月4日，马穆鲁克大军整备完毕，苏丹正式亲征，但仅仅六天后他便在军中驾崩了。当这条消息传到阿卡的时候，人们欢欣鼓舞，以为危机就此解除。但与萨拉丁或拜巴尔不同，嘉拉温有个铁腕儿子。11月12日阿什拉夫·哈利勒（al-Ashraf Khalil，1262—1293）宣布继任苏丹，为了巩固自己的统治，哈利勒急需一场鼓舞人心的大胜。他下令继续对阿卡的战役，要求马穆鲁克各部和叙利亚的属国在来年3月之前完成整军备战。与此同时，他还派人送给圣殿骑士团团长一封最后通牒，坚定地表示马穆鲁克大军即将踏入耶路撒冷王国境内以矫正其错误，并且声称从此不与阿卡进行任何和谈。
◎ 存放于法国卡斯泰尔诺拉沙佩尔城堡的重型投石机，13世纪末马穆鲁克人所用投石机与之构造类似
此时的医院骑士团大团长是1285年临危受命的让·德·维利耶（Jean de Villiers），1277年他曾是医院骑士团的黎波里分团长，五年后升任法国分团长，对骑士团在欧洲及圣地的事务都相当熟悉。他全力支持塞浦路斯的吕西尼昂家族，在当选后很快便亲自来到阿卡。由于战云密布，让·德·维利耶在医院骑士团将士们的军事训练和装备上倾注了大量心血，令骑士团上下的战斗力有所提升。与此同时，他也积极推进与圣殿骑士团的和解。危急关头，两大骑士团集中了他们的全部兵力用于保卫耶路撒冷王国。但条顿骑士团大团长施万登的布尔夏德（Burchard of Schwanden）竟在此时选择了挂印而去，人们不禁开始怀疑条顿骑士团的斗志与忠诚。好在紧急接任的新团长福伊希特旺根的康拉德（Conrad of Feuchtwangen）带领一批欧洲的条顿骑士驰援阿卡，总算是稳定了军心。忧心忡忡的阿卡当局派出了一支使团希望做最后的努力，其中便包括圣殿骑士团与医院骑士团的代表。但诚如哈利勒在信件中所说的，苏丹拒绝接见他们，反而将他们打入死牢。和谈无果而终，因为马穆鲁克苏丹想要的不是一些城堡或土地，而是十字军国家的彻底倾覆。
1290年的冬天，满载着难民的船只开始纷纷从阿卡驶往塞浦路斯。虽然其中多数是老弱妇孺，但也有一些富裕家庭的青壮年。很多西方的编年史家据此大肆抨击圣地基督徒（尤其是意大利人）是一些贪生怕死之辈。不过平心而论，多数意大利人表现出了高贵的勇气，他们本可以逃之夭夭，却毅然选择与阿卡共存亡，尤其是比萨人斥巨资在城里建造了一批巨型投石机，以对抗即将到来的围攻。
马穆鲁克政府现在的精力全都在即将来临的战役上。当时的伊斯兰社会与发起第一次十字军东征时的欧洲惊人地相似—宗教狂热弥漫在社会的各个阶层中。正如马穆鲁克骑士堡指挥官巴伊巴尔斯·曼苏里（Baybars al-Mansuri）所说：“我的灵魂极度渴求圣战，这种愿望如同大地渴求汲取雨水一般。”在军队主力出发的前一周，一些教徒自发聚集在开罗嘉拉温的陵墓旁，他们吟诵着《古兰经》，为远征的凯旋而祈愿。而哈利勒苏丹则给开罗的穷人和清真寺分发钱财，以收买人心。各大清真寺都发出了参军的号召，最终马穆鲁克部队中志愿者的数量甚至超过了正规军。大马士革的居民也被发动起来，夜以继日地赶制各式攻城用大型投石机。
攻城器械的制造持续了一整个冬天，在开罗和大马士革两地共生产了超过100台。原本人们以为苏丹只是要装备普通的投石机，但苏丹深知拥有双重城墙和12座塔楼的阿卡是一块难啃的硬骨头，其麾下的埃米尔们几乎砍光了黎巴嫩的大树，最终在大马士革组装的攻城器械尺寸大大超过了以往。当然，巨型投石机的运输在当年的交通条件下充满了挑战。历史学家阿布·菲达曾经作为一名下级军官参与过阿卡战役投石机的输送，他负责的投石机叫作“曼苏里”，据他回忆，雨雪天士兵们堵在了路途中，运输车十分沉重而拉车的牛已精疲力竭，他们差点因此冻死。通常从大马士革至阿卡只需要八天，但阿布·菲达与他的同僚却花了整整一个月，途中的艰辛由此可见一斑。功夫不负有心人，马穆鲁克人最终在阿卡城外布置了规模空前的投石机阵列，其中既包括较小型的弩炮，也包括超大型的重力抛石机，而总共的数量达到了72架。
当1291年的危机来临时，阿卡全城人口也不过4万人左右。为了保卫首都，耶路撒冷王国不得不从各个军事据点征调一切战斗人员，最后拼凑了大约1.5万人的部队，其中包括1000人左右的骑士和武装军士（大部分来自三大骑士团）。安茹的查理留下的阿卡法国军团依然存在，配有精锐的职业士兵和经验丰富的指挥官，但他们数量有限，而且从所受训练看更适合野战而非守城战。城内的意大利社区也提供了大量的民兵，操作投石机的也多为意大利人。无论是比萨人、威尼斯人，还是热那亚人，都不乏久经战阵的老手。此外，亨利二世也提供了约700人的武装力量从塞浦路斯登陆阿卡。阿卡武装人员的素质良莠不齐，有职业军人，也有不少刚从意大利抵达的朝圣者。略微让人宽心的是，阿卡的城防相当坚固，并且刚刚在亨利二世的叮嘱下得到了修缮和加强。[33]
有史料声称兵临城下的马穆鲁克部队有20万人之多，这无疑是夸大其词。所谓的“马穆鲁克王朝部队”中，真正的马穆鲁克仅仅是少数，有很多是凭着一腔热血参加圣战的志愿者，还有一些来自蒙古、突厥的雇佣兵。马穆鲁克王朝的疆域被分割为埃及和叙利亚两个中心，人口也十分分散，这是它战略上的不利之处。但马穆鲁克王朝继承了早期伊斯兰文明精密的行政管理结构，其军队的供给、组织、训练甚至薪酬都比当时的西欧国家更加高效合理。参与1291年阿卡大围攻的马穆鲁克军队的确切人数已无从考证，但无疑他们拥有数量上的压倒性优势，一般认为超过了整个阿卡的市民人数。
马穆鲁克王朝的军队从两个方向朝着阿卡进军。在叙利亚方面，曾参加过远征努比亚的伊兹·阿夫拉姆自3月初起开始监督大马士革部队的准备工作。他花费了将近一个月的时间才将叙利亚各地的部队集结完毕。需要注意的是，其中并不包括叙利亚北部的驻军，很可能因为他们要防备伊尔汗国而分身乏术。3月6日，苏丹哈利勒和埃及的军队主力从开罗出发，穿过西奈半岛抵达加沙，在那儿他们与恭候多时的巴伊巴尔斯·曼苏里的骑士堡守军会师，然后共同向阿卡进发。
马穆鲁克军队优良的组织能力使得来自不同地区、跨越了复杂地形的各支军队能够有条不紊、井然有序地几乎同时到达目的地。当穆斯林处于行军过程中时，3月，阿卡守军强制性地要求欧洲移民放弃了城外的村庄，而许多妇女儿童和老人被送往安全的塞浦路斯，这也算某种坚壁清野的战术，以使穆斯林在城外难以获得补给。4月5日，哈利勒到达阿卡并将指挥部设于城东的富克哈。随后，整支马穆鲁克军队向前移动并各自进入了围城位置。接下来的一周，两军进行了试探性的小规模战斗，这几乎是那个年代围城战的例行公事。在此期间，阿卡的十字军甚至未将主城门关闭。不过随着马穆鲁克军队借助数量上的优势步步紧逼，他们最终也不得不放弃外围地区退回城内。4月11日，马穆鲁克的攻城器械全部架设完毕，之后便开始了恐怖的轰击。阿卡现在每天都受到石弹、燃烧弹甚至原始炸药的攻击，守军们甚至获悉了各自阵前的投石机绰号—圣殿骑士团防区外的巨型投石机被穆斯林称作“狂怒”，攻击比萨人的叫作“胜利”……当然城内的基督徒也不是只会被动挨打，他们拥有近20具大型投石机，也不断发起反攻。据穆斯林史家的描述，一些十字军回击的石弹竟重达45千克。
◎ 阿卡老城城楼
虽然有编年史家认为马穆鲁克作战是依赖数量优势，但实际上，他们的攻城十分小心谨慎。穆斯林的第一线攻城部队用木栅栏和柳条网构筑了一道移动的“城墙”，他们首先依靠这道屏障稳定自己的阵地，入夜后再悄然向前推进少许，如此周而复始，最终来到了护城河畔。栅栏后的士兵并非马穆鲁克骑兵，而是弓箭手，至于连人带马披甲的马穆鲁克重骑兵则每天分为四班，轮流为他们提供掩护。每个骑兵都在马上携带5捆干柴，当夜晚降临时，他们就迅速地进入此前步兵设立的工事，用绳索将木柴系在栅栏上，经过大量柴捆加固的栅栏成为守军难以撼动的壁垒，即使十字军用中型投石机对它射击也毫无效果，石弹通常直接就弹进了护城河。随后马穆鲁克士兵就在工事后架起了弩炮，虽然它的威力不如重型投石机，但精度更高，而且由于布置在离阿卡城墙极近的位置，能够对城防的薄弱处施以“定点打击”。很快，好几处塔楼遭到了严重破坏。
尽管陆上的形势不容乐观，但阿卡毕竟是个港口城市，因为基督徒几乎完全控制了制海权，只要天气许可，阿卡便能得到源源不断的补给和士兵。基督徒海军甚至还大胆地尝试发动反击。4月13日至14日夜，一支十字军舰队接近了阿卡北部海岸，他们派出小股部队登陆去袭扰马穆鲁克王朝部署在附近的来自哈马的军队。第二天，战舰上的投石机开始轰炸马穆鲁克的营帐。由于穆斯林的重型投石机都被布置在面朝阿卡的方向，他们只能用弓箭还击，如同隔靴搔痒，对基督徒舰队构不成威胁。不幸的是，一场风暴很快来临，在颠簸中，十字军舰队的投石机损坏严重，无法修复，对穆斯林的海上轰炸不得不就此偃旗息鼓。[34]
作为阿卡防守力量的中坚，骑士团逐渐意识到消极死守并非良策，需要主动反击。经过协商，各骑士团决定派出精选的“特种部队”夜袭敌军大营，力争趁乱尽可能摧毁敌人的攻城器械。4月15日深夜，他们由圣殿骑士团大团长威廉领军，秘密潜出圣拉撒路门，来自英国的奥托·德·格朗松统率圣托马斯骑士团、圣拉撒路骑士团紧随其后。他们的突击目标同样是来自哈马的穆斯林军队。进入敌阵后，威廉命令一名普罗旺斯血统的子爵负责去放火烧了苏丹的重型攻城武器，但此人由于过度紧张，扔出的火把没有碰到投石机，跌落地面熄灭了。但骑士们（也有部分军士）无法停下来做第二次尝试，他们硬着头皮在帐营里左突右冲，但因马腿常常被帐篷的绳索缠住而举步维艰。穆斯林士兵逐渐从最初的错愕中反应过来，开始组织起越来越激烈的抵抗。第二天清晨，“阿卡敢死队”的残部总算退回了城中。他们共计损失了18名骑士（有一位骑士甚至意外跌入了某个埃米尔的厕所而引颈就戮），破坏攻城器的计划也告吹了，唯一的收获是趁乱带回了一些穆斯林的盾牌、武器和战鼓作为战利品。
双方都宣称取得了这场夜袭的胜利。哈马的穆斯林牵着几匹俘获的马匹，马鞍上赫然挂着几颗骑士的首级，将它进献给苏丹请功。与此同时，阿卡的卫兵则将缴获的盾牌和武器挂在了墙头，向敌人示威。有编年史吹嘘说，阿卡城中关押着5000名穆斯林战俘，不过实际上，绝大部分应该都是早先生活在这里的穆斯林奴隶。总的来看，15日的反击还是失败了。
18日夜，骑士团谋划了对马穆鲁克的第二次突袭，他们从圣安东尼门出发，目标为敌人防区的中心地段，在那里他们将面对哈利勒苏丹精锐的埃及军队。由于早先圣殿骑士团主导的反攻差强人意，本次行动由医院骑士团大团长让·德·维利耶亲自领导，以医院骑士团为前锋，圣殿骑士团为呼应。
为了防止走漏风声，直到指挥官下令“上马”前，骑士们都对此行的目标一无所知。当他们通过安东尼门开始攻击时，正值月黑风高，骑士们以为马穆鲁克必会猝不及防。然而，几天前的袭击已让穆斯林提高了警戒，当十字军接近他们阵地时，无数火炬几乎让黑夜变成了白昼。马穆鲁克骑兵发动了迅猛的反扑，骑士团见状不敢与敌纠缠，立即鸣金收兵，虽然人员的损失不大，但很多战马都受了伤。
尽管屡战屡败，奥托·德·格朗松却并不气馁，他想出了一个狡诈的方法—用穆斯林战俘和奴隶作为“肉盾”掩护骑士团冲锋。虽然此举可能确会收到奇效，但未免太胜之不武，而且不符合传统的骑士风范。奥托和圣殿骑士团原本计划在20日尝试这一“高招”，但在最后关头被阿卡大主教紧急叫停。至于为何十字军的夜袭会屡屡遭到挫败，穆斯林方面的史料表示，这缘于苏丹安插在阿卡城中的间谍。十字军的小分队出发前，苏丹的间谍便把讯息通过信箭射到城外，替马穆鲁克预警。让人不解的是，在反击骑士团夜袭的行动中，圣殿骑士团安插在哈利勒身边的间谍巴德尔居然立下了不少战功。有人因此怀疑他可能是个“双面间谍”。但也可能他只是为了避免苏丹的怀疑，不得已而为之。哈利勒历来对自己的高级将领无法完全信任，由于战事不利，他多次严厉斥责麾下的埃米尔们。5月9日，苏丹终于忍无可忍，下令逮捕了一批“渎职”的军官，其中就包括巴德尔。阿卡因此痛失他们最重要的情报来源。
多次反击未果，阿卡市民和守军的士气一落千丈。他们只能将最后的希望寄托在自己的国王亨利二世身上。亨利于5月4日从塞浦路斯港口法马古斯塔带来了40艘战船，其中包括约100名骑士和2000名步兵，这大大增强了守军的实力。尽管亨利此时身体有恙，但还是决意亲自领兵拯救他的王国。年轻的国王是个现实主义者，很快他便意识到通过谈判结束战争是唯一可行的方案。三天后亨利派两位圣殿骑士作为特使觐见哈利勒，苏丹同意和谈，双方约定谈判期间暂时停火。但与十字军的设想大相径庭，哈利勒的开场白竟是：“你们可有为我带来阿卡的城门钥匙？”马穆鲁克人敬重亨利二世国王，虽然他当时重病缠身，他们表态说只要阿卡愿意投降，就保障市民的人身及财产安全。使者回应说他们如果未经亨利许可就擅自应允会被控告叛国，于是苏丹准备让他们回城与耶路撒冷王国政要协商此事。不巧的是，就在这一刻，阿卡特使门（gate of the Legate）的守军突然操作投石机向马穆鲁克一方开火了，一发石弹正好在苏丹的帐篷外炸开，这让哈利勒怒不可遏，他身边的一些主战派纷纷叫嚣要杀死使者。但哈利勒被手下一位名叫舒亚的将领劝阻下来，最终使团得以安全返回城里。和谈失败，并且还是因为守军自己的过失，让民心士气深受打击。至少有3000名贵族在城破之前逃之夭夭。[35]
5月8日，由于马穆鲁克的坑道兵的威胁，守军在纵火以后，主动放弃了国王塔前方的外堡，撤回塔内死守。舒亚的部队开始缓缓地对这一地区进行包抄合围。在接下来的一周，英国塔、布洛伊斯伯爵夫人塔、圣尼古拉斯塔和圣安东尼城墙先后失守。为了对抗马穆鲁克的坑道兵，十字军尝试着开凿了一条反地道，可惜事与愿违，这项工程居然令部分外墙崩塌受损。
虽然阿卡的很多工事已经化作了瓦砾，但这种混乱复杂的地形反而不利于马穆鲁克的优势兵力的展开，相反，守军却能集中火力向穆斯林倾泻。5月9日晚，巴伊巴尔斯·曼苏里突发奇想，命令部下制作了一张超大尺寸的厚毛毡，并用滑轮和绳索将它升起，看上去就像一座水坝。马穆鲁克士兵便躲在这道屏障之后，缓缓向城墙推进，十字军的弓箭对它几乎完全不起作用。就这样，巴伊巴尔斯的发明为马穆鲁克攻城拔寨开辟了一条相对安全的通道，此后，穆斯林对阿卡城防的压力与日俱增。
5月18日黎明前，苏丹要求他的部队准备最后的总攻。士兵集结至城墙底部，然后蜂拥上前，对从主教塔到圣安东尼门之间的防区发起了潮水般的攻击。他们的重点目标是亨利二世的亲兵所守卫的诅咒塔，经过激烈的白刃战，守军渐渐不支，被一步步逼回了圣安东尼门。据说在前线，马穆鲁克部署了整整300名骆驼鼓手，他们制造的喧嚣对守军而言是一件可怕的心理武器。
◎ 阿卡大围攻，法国画家多米尼克创作于1845年
第二天清晨，伴随着响彻云霄的鼓声，穆斯林开始从四面八方冲击阿卡的防线。第一个突破口就是昨日曾发生激战的诅咒塔。马穆鲁克军队让盾牌兵位于战线的最前列，其后是投掷“纳法”的火焰兵，最后是弓箭手与标枪兵……他们有条不紊地推进着，驻守此处的塞浦路斯和叙利亚守军终于彻底崩溃，他们放弃了阵地，抱头鼠窜。此时穆斯林军队兵分两路，一路通过诅咒塔，向圣罗马诺（那里是比萨人的投石机阵地）挺进；另一路则顺着主道路，前往圣安东尼门。
生死存亡之际，骑士团还试图重新夺回诅咒塔，将入城的马穆鲁克士兵驱逐出去。医院骑士团元帅马修·德·克莱蒙在之前的战斗中即以英勇无畏而闻名，此时他一马当先，领军突击，他的身后是医院骑士团大团长让·德·维利耶、圣殿骑士团大团长威廉及两大骑士团的战友们。两大骑士团已有近两百年的瑜亮情结，早先曾龃龉不断，此时却能并肩喋血，生死与共。一路上，不断有溃兵与他们擦身而过，其中大部分都毫发无伤。骑士们大声斥责他们，希望他们能够为了基督的荣耀重新拾起武器，可惜无济于事。在阿卡的1万多守军中，具有医院骑士团、圣殿骑士团这种斗志和觉悟的战士寥寥无几，骑士团的反击就像《罗兰之歌》那样，充满了传奇色彩，但注定无力回天了。
亲历了这场徒劳反击的圣殿骑士团幸存者后来回忆道：“敌人投掷的‘希腊火’如狂风暴雨般落下，烟雾弥漫令我几乎无法看清旁人。此时，一阵马穆鲁克的弓箭又铺天盖地而来，我们的人马皆伤亡惨重。我身边就有个可怜的英格兰军士被‘希腊火’击中……他的外衣烧了起来。没人去帮他，他的脸也起了火，随后波及全身，看上去就像被点燃的一大锅沥青，死状极惨……萨拉森人略微犹豫了一阵，然后又举起了盾牌继续推进。当我们的人向他们冲锋时，他们便立刻将盾牌固定并合拢聚在一起……”
大团长让·德·维利耶后来在一封从塞浦路斯寄给医院骑士团圣吉勒分团长纪尧姆的信中描述了阿卡沦陷时的场景：
“一大波萨拉森人从各个方向涌入城里，既包括陆路也包括海路。他们沿着残破的城墙移动，直至我们最后的阵地……我和兄弟们虽然大部分已经挂彩，但仍然在尽所有的努力抵御他们……激战过后，我们都受了重伤，一些人昏厥了过去，这时候骑士团的其他弟兄和军士们冒死赶来，将我们从屠场里救走了。”
在最后的战斗里，让·德·维利耶两肩之间被一支长矛刺中，用他自己的话说，“伤势令写这封信变得十分困难”。但和圣殿骑士团大团长威廉相比，他还算幸运。在发起反攻时，威廉也战斗在最前线，一支标枪刺中了他的腋下。通常这样的攻击不足以致命，然而由于事发仓促，威廉披挂的并非自己量身定做的盔甲，而是随手捡起的一件战友的甲胄，在腋下恰好有一道缝隙—标枪刺入大团长体内达一只手掌的深度。威廉被迫后撤，他的旗手也紧随着他，于是整支队伍都误以为是团长下了撤退的命令。其余的十字军焦急地恳求大团长不要放弃他们，但威廉的确已经无法作战了。卫士将他送到圣安东尼门，却发现城门紧闭，好在他们又找到了一扇偏门。骑士团原计划用船只将团长送往塞浦路斯，但摘除盔甲后，发现他伤势严重，无法经受海上的颠簸，只好将他带到阿卡的圣殿骑士团总部。很快，圣殿骑士团团长便伤重不治。马修·德·克莱蒙参与了护送大团长的任务，他本有机会名正言顺地撤离战场，却大义凛然地重返前线。最后在热那亚人聚居的广场附近，他与几名医院骑士一道，死战不退，杀身成仁。
在东面城墙上的意大利民兵，加上奥托·德·格朗松和让·德·格拉伊率领的英格兰、法兰西部队，在诅咒塔丢失之后仍然继续抵抗。但是很快，马穆鲁克人突破了阿卡的海岸线地带，他们的情况变得岌岌可危。由于先头部队顺利地清除了用于阻止骑兵的拒马和栅栏，阿卡的街道上，马穆鲁克骑兵已经可以纵情驰骋。奥托·德·格朗松和让·德·格拉伊的部队遭遇了猛烈的进攻，伤亡惨重。格拉伊受了伤，格朗松接替了他。他的部下夺取了一部分威尼斯船只，让·德·格拉伊和其他伤员被运上船撤离，他自己和残部随后退回了圣殿骑士团总部的城堡。
根据伊斯兰律法，对负隅顽抗的城市，城破后穆斯林有权公开劫掠，入城后的马穆鲁克士兵表现得嗜血残暴就不足为奇了。大批来不及逃走的法兰克人纷纷跳海，剩余的很多人遭到杀戮或沦为奴隶。他们四处纵火，尤其留意烧毁比萨人的大型投石机。在街道和民宅中死者无数，包括一些孩童。甚至部分穆斯林士兵也对自己战友的恶行惊诧不已，并留下了同情的泪水。
阿卡港口区同样哀鸿遍地，城破之时即便富可敌国也未必能买到一张逃难的船票。这里一片混乱，大部分的市民被拒绝登船。耶路撒冷大主教也在撤离过程中不幸溺水身亡。于是大量的百姓不得不前往市内几处设防要塞避难，包括三大骑士团的总部和国王的城堡。日暮时分，除了上述几个孤立的据点，阿卡已经完全被马穆鲁克人掌控了。马穆鲁克大军中的叙利亚部队在医院骑士团、圣殿骑士团发起反攻的同时，已经拿下了蒙特穆萨，守卫该地的圣拉撒路骑士团几乎全军覆没。
亨利国王和负伤的让·德·维利耶终于意识到城破已是无法避免，他们力所能及地搭救幸存的将士，将他们聚集起来送往塞浦路斯。此时阿卡港口区的场面想必与二战中的敦刻尔克有些类似。虽然在大撤退中涌现了很多可歌可泣的事迹，但也有些船长的行为被千夫所指。罗歇·德·弗洛尔指挥着一艘圣殿骑士团的大型战舰，可他非但没有尽心尽力拯救士兵和难民，反而向他们出售天价“船票”并中饱私囊。因为这一件丑闻，日后他长期遭到圣殿骑士团的通缉，但他幸运地逃脱了，后来还当上了臭名昭著的加泰罗尼亚雇佣军团的首领。
◎ 耶路撒冷及塞浦路斯国王亨利二世
许多平时里爱财如命的意大利商人反而表现得很英勇，尤其是之前在阿卡名声不佳的热那亚人。他们免费接收了大批市民和溃兵，有些穷人自觉登船无望，便纷纷跳海，他们中的很多人都被热那亚人搭救，并被安全地送到了塞浦路斯。当热那亚超载的帆船终于不得不离开阿卡时，港口区响起了震天的哭声。[36]
