在马耳他取得奇迹般的胜利称得上是医院骑士团的历史转折点。此前在很多欧洲权贵的眼中，这一古老的组织更像十字军时代的“活化石”，早已奄奄一息，行将就木。当捷报从比尔古传至全欧洲后，法国、西班牙、葡萄牙、教皇国竞相慷慨解囊，赠予了骑士团大笔重建资金。甚至新教国家也感到倍受鼓舞，英国坎特伯雷大主教马修·帕克还特意为此举行了隆重的纪念仪式。腓力二世一度对援救马耳他举棋不定，新任教皇庇护五世（Pius Ⅴ，1566—1572年在位）也对此颇有怨言，但事后，国王向骑士团表达了他的善意—鉴于守军伤亡惨重，1.5万名西班牙士兵被派往马耳他驻防，以抵御奥斯曼帝国潜在的反扑，此举还为骑士团的重建工作赢取了宝贵时间。
庇护五世与来自豪门的前任庇护四世不同，他出身贫寒，早年甚至当过羊倌。即位时他已年过花甲，须髯皆白，头部谢顶，但个性坚毅果敢，从不轻易妥协，并且洁身自好，过着苦行僧一般的生活，甚至仅有两件粗羊毛衫，能够换洗便感到心满意足。[1]面对新教势力坐大，庇护五世一方面拒绝与之妥协，另一方面雷厉风行地推行教会改革，并鼓动重拾十字军精神，而刚刚浴血奋战击退奥斯曼人的马耳他骑士团，在教皇眼中，无疑正是天赐的楷模。他不仅为骑士团送去大量资金，还破例赠予大团长瓦莱特主教冠（Galero，俗称“红帽子”），当得知瓦莱特因忙于马耳他城市、要塞的重建而无暇前往罗马受此殊荣后，庇护五世又派去了意大利人弗朗切斯科·拉帕雷利（Francesco Laparelli，1521—1570，米开朗琪罗的徒弟和助手，文艺复兴时期的著名建筑家、工程师）以辅佐比尔古、瓦莱塔等地的设计施工。
西班牙驻军、教皇经费与拉帕雷利的到来稳定了马耳他的人心。大围攻之后，比尔古、圣埃尔莫、森格勒阿等地几乎化为废墟，战役的惨烈令幸存的骑士难免心怀不安，而苏莱曼大帝的报复随时可能到来—团友们纷纷鼓噪着放弃马耳他，撤往欧洲大陆，甚至骑士团的珍贵圣物也被一一打包，等待装船运走。依靠各方的援助，大团长终于成功安抚了部下。早在胡安·德·霍迈德斯统治时期，工程师安东尼奥·费拉莫尼奥就曾强烈建议在易守难攻的希贝拉斯半岛另建新都，但苦于物资人力短缺，计划未能实施。到瓦莱特统治时终于有条件去践行这一宏大的工程，新首都（即瓦莱塔）的施工持续了数年，直至瓦莱特去世仍未完成。新任团长皮埃尔·德·蒙特（Pierre de Monte，1568—1572年在位，意大利人）继承瓦莱特的遗愿，继续推进瓦莱塔的建设。
◎ 瓦莱塔海墙
◎ 瓦莱塔全景 ◎ 瓦莱塔市内花园
◎ 圣雅各内堡内部 ◎ 圣雅各内堡
作为米开朗琪罗的弟子，弗朗切斯科·拉帕雷利大胆地为瓦莱塔采用了最新式的城防设计。新首都建于希贝拉斯半岛的高地上，三面环海，仅一面通过地峡与陆地相连。主城门有巨型棱堡（高达47米）进行防护，两侧分别是圣雅各内堡与圣约翰内堡，它们可对来犯之敌构成交叉火力；多层城墙带有一定倾角，足以抵御大炮的轰击，墙外是人工开凿的护城河。圣埃尔莫堡也得到彻底修复及扩建，与瓦莱塔融为一体，互成掎角之势。城墙内的建筑更加令人叹为观止。由于瓦莱塔是一座平地而起的全新城市，弗朗切斯科·拉帕雷利能够按照文艺复兴时的科技与审美大展拳脚。大团长宫、总医院、各语言区会馆、圣约翰教堂等地标建筑一一落成，高级骑士为修建自己的华美宅邸展开了激烈竞争，即使城内的普通民宅也都尽数配备了欧洲罕见的蓄水池（马耳他严重缺水）和下水道。每一座建筑均由专职建筑师设计，绝不雷同，甚至城中偏僻的角落也由精美的壁柱加以装饰。主干道从城门直抵圣埃尔莫堡，宽阔笔直，与中世纪蜿蜒局促的街道有云泥之别。1570年拉帕雷利去世后，他的助手、马耳他建筑师吉罗拉莫·卡萨尔（Girolamo Cassar）继续他未竟的事业。第二年3月，皮埃尔·德·蒙特正式宣布将骑士团总部由比尔古迁至瓦莱塔，团长本人也入住瓦莱塔大团长宫。这座精心打造的城市，虽然规模无法与罗马或巴黎相提并论，但舒适整洁，优雅别致，固若金汤—正如沃尔特·斯科特爵士所说：“它是绅士建造的绅士之城。”[2]
瓦莱特的继任者皮埃尔·德·蒙特是骑士团一员德高望重的老将，1565年的大围攻中，他曾率部死守森格勒阿半岛，抵挡住了奥斯曼人的轮番进攻。图尔古特帕夏死后，北非的穆斯林海盗一度有些群龙无首，蒙特趁机派遣骑士团海军（一共拥有6艘战舰）四处出击，战果颇丰。但昔日图尔古特的爱将乌卢奇·阿里[基督徒习惯称他为奥基亚利（Occhiali）]逐步统一了巴巴里海盗各部，他很快被塞利姆二世任命为阿尔及尔总督，并在1569年为帝国重新夺取了突尼斯，声势大振。第二年7月，乌卢奇在西西里附近与一支由4艘加莱船组成的医院骑士团舰队不期而遇。战斗爆发后，医院骑士团舰队司令弗朗西斯科·德·圣克莱门特（Francisco de Sant Clement）竟下令弃舰逃生，战场风向突变，3艘加莱船很快沦为乌卢奇的战利品（这相当于整个骑士团海军的50%）。多达62名医院骑士阵亡或被俘，而弗朗西斯科却携带他的金银细软，登上西西里海岸，耻辱地保住了性命。当他返回马耳他后，迎来了全团上下的雷霆之怒。马耳他大围攻后，骑士团还从未遭受如此惨败。弗朗西斯科·德·圣克莱门特立即被移送法庭审判，最初骑士团法官参照十七年前加斯帕尔·德·瓦利耶丢失的黎波里的先例，仅仅将他开除出团。但民意汹汹，众怒难平，骑士们纷纷要求为遇难战友讨回公道。大团长皮埃尔·德·蒙特下令将案件发回重审。最终，弗朗西斯科·德·圣克莱门特被判处绞刑，尸体装入麻袋抛入海中，以儆效尤。[3]
弗朗西斯科的临阵脱逃为骑士团海军带来了严重损失，雪上加霜的是，此刻地中海再次进入多事之秋，皮埃尔·德·蒙特急需舰只和水手，以迎接奥斯曼人的挑战。土耳其新君塞利姆二世虽然昏聩，但他拥有一位精明强干的大维齐—苏库鲁帕夏（Sokollu Mehmed Pasha）。作为深受苏莱曼大帝宠信的股肱重臣，苏库鲁曾任帝国海军司令，对地中海的局势了如指掌，也洞悉奥斯曼帝国的长处与缺陷。马耳他一战后，基督教世界空前团结，而奥斯曼海军士气低迷，大维齐更愿意在匈牙利发动陆上攻势，对海上的征战持慎重态度。但他的两大政敌穆斯塔法帕夏与皮雅利帕夏作为医院骑士团的手下败将，竭力鼓动苏丹一雪前耻。尤其是穆斯塔法，作为帝师，对塞利姆具有很大的影响力。但时过境迁，马耳他的防务今非昔比，骑士团还得到了欧洲列强的鼎力扶持，苏库鲁总算说服苏丹放弃劳师远征的念头。作为妥协和交换，他同意在地中海发起一次水陆两栖战役，由穆斯塔法和皮雅利指挥，而目标定在了威尼斯共和国治下的塞浦路斯岛。
与医院骑士团在马耳他如鱼得水相比，威尼斯在塞浦路斯岛的统治并不得人心。共和国的天主教官员几乎将当地希腊东正教徒视作奴婢，其境遇甚至不如十字军时代。1516年塞浦路斯总督计划通过缴纳赎金的方式令岛上2.6万名农奴至少部分获得自由，但居然仅有一人能凑齐50达克特。16世纪60年代，两个塞浦路斯岛民甚至潜逃至伊斯坦布尔，当面向苏莱曼大帝陈情，表示塞浦路斯农夫们愿意箪食壶浆迎接王师前来“解放”。威尼斯人急忙向苏库鲁献上大笔贿赂，令他交出了这两个叛国之徒。虽然成功平息了事件，但这也打击了威尼斯人统治的信心。整个16世纪60年代，塞浦路斯局势动荡不安，1562年的农民暴动以及接踵而至的饥荒、瘟疫、地震，摧残着这个曾经富饶平静的岛屿。在苏库鲁看来，塞浦路斯已是囊中之物。1570年6月，穆斯塔法与皮雅利率领6—8万土耳其军队，在该岛利马索尔附近抢滩上岸（仅仅三年前，帝国还与威尼斯签署了和平协议，此举有背信弃义之嫌）。
◎ 大维齐苏库鲁帕夏
奥斯曼帝国的食言而肥逼迫威尼斯共和国与西班牙、医院骑士团、热那亚等国一道，加入了庇护五世组织的神圣联盟。同威尼斯人的义愤填膺相比，腓力二世显得有些心猿意马。西班牙国王正忙于镇压国内摩里斯科人（昔日伊比利亚半岛上的穆斯林的后裔，但多数已皈依基督教）的叛乱，在教皇特使的反复劝说之下，出于分散土耳其帝国兵力的考量，才勉强同意出征。腓力二世的异母兄弟奥地利的唐胡安被任命为联军主帅。但腓力同时委任乔瓦尼·安德烈亚·多里亚为西班牙舰队指挥官，并暗中叮嘱他多加掣肘，尽力延缓进军速度。为此，杀敌心切的威尼斯人不止一次与西班牙友军发生激烈争执。医院骑士团虽亦加入联军，但弗朗西斯科的败绩令它仅能派出3艘军舰（分别为“卡皮塔纳”号、“圣彼得”号、“圣约翰”号）参战，人轻言微，无法阻止联军的内讧。地中海的另一端，塞浦路斯狼烟四起，已势如危卵。
被土军合围后，塞浦路斯首府尼科西亚只坚守了四十五天，穆斯塔法甚至将总督丹多洛的首级盛在盘中送往法马古斯塔向守军将领安东尼奥·布拉加蒂诺（Antonio Bragadino）“劝降”，但被后者严词拒绝。同年9月，奥斯曼帝国大军将塞浦路斯由威尼斯掌控的最后一座城市法马古斯塔重重包围，而布拉加蒂诺的部队仅有7000余人。威尼斯人在法马古斯塔体现出的血性足以与1565年的马耳他骑士团相媲美，在十倍之敌的围攻下，他们即使孤立无援，仍坚守了近一年之久。如果神圣联盟舰队不是在地中海逡巡徘徊，布拉加蒂诺本有机会创造奇迹。可援军毫无踪影，城中已弹尽粮绝。1571年8月，精疲力竭的穆斯塔法帕夏开出了诱人的条件，法马古斯塔城头最终升起了投降的白旗。
◎ 奥地利的唐胡安
穆斯塔法同意让剩余的威尼斯将士平安返回故土，几天后又撕毁了协议，以布拉加蒂诺拒绝提供人质和早先杀死战俘为由，将他们屠戮殆尽。布拉加蒂诺本人则成为土耳其人泄愤的目标，被一名犹太刽子手活活剥皮，然后经盐和醋处理风干，填满干草，作为特殊的战利品送往伊斯坦布尔。发生在法马古斯塔的骇人暴行终于彻底激怒了古老的威尼斯共和国。[4]
当法马古斯塔陷落之时，神圣联盟舰队正驻扎于西西里墨西拿港。除唐胡安以外，联军可谓名将云集：西班牙老将巴赞（Don Alvaro de Bazan，1526—1588，1569年受封为第一代圣塔克鲁斯侯爵，官至海军上将）、热那亚的乔瓦尼·安德烈亚·多里亚、马耳他骑士团的马蒂兰·罗姆加、教皇国的马可·安东尼奥·科罗纳（Marc Antonio Colonna，1535—1584，帕利亚诺及塔利亚科佐公爵）和独眼英雄阿斯卡尼奥·维托齐（Ascanio Vittozzi，意大利军事工程师，曾在1565年的马耳他大围攻中有着杰出表现）、威尼斯的塞巴斯蒂安·维内罗（Sebastian Venier，1497—1572，任威尼斯舰队司令）与阿戈斯蒂诺·巴尔巴里哥（Agostino Barbarigo，舰队副司令）……但他们各为其主，常常因作战方略争执不休。直到9月10日，经过唐胡安的斡旋，各司令官方达成共识—向塞浦路斯进军（他们对法马古斯塔的沦陷尚一无所知）。
10月4日，行至凯法利尼亚（Kefalonia）岛的联合舰队惊闻法马古斯塔陷落、数百威尼斯战俘被残忍杀害的噩耗。大敌当前，又听闻不少亲朋故交罹难，威尼斯人无不摩拳擦掌，复仇心切；得知奥斯曼人的暴行，西班牙、意大利籍士兵也难掩心头愤恨。联合舰队各国将士终于在最后时刻尽释前嫌。当初舰队成立的目的是援救塞浦路斯，而法马古斯塔的沦陷令他们失去了目标。唐胡安又一次在旗舰“皇家”号紧急召开了会议，会上依然有少数西班牙船长嘟哝着撤退，但威尼斯人用雷霆般的声音叫喊着复仇。血气方刚的唐胡安渴望建功立业，罗姆加也梦想着一雪1570年战败的耻辱。于是舰队起锚继续向奥斯曼帝国舰队的驻地勒班陀[5]进发，不过这一次不是为了援助盟友，而是为了畅饮仇敌的鲜血。
奥斯曼帝国海军司令索富·阿里帕夏（Sofu Ali Pasha）不愿闭门不出，他选择主动迎战。10月7日，他与唐胡安率领各自舰队出现在勒班陀以西约40英里的帕特雷湾，著名的勒班陀大海战由此打响。
神圣联盟舰队拥有206艘桨帆战舰和6艘加莱赛战舰，步兵包括：5000个威尼斯人、1500名教廷步兵、5000个意大利人、5000个德意志人、8000个西班牙人和4000名来自各国的志愿兵，总数达到了28500人，加上舰队中的海员和桨手，兵力接近7万人之众。土耳其舰队拥有216艘桨帆战舰，以及56艘桨帆快船和64艘小型弗斯特船。虽然土耳其舰队看似数量更为庞大，但重型军舰及火炮的数量却不如其对手。整个舰队约有5万名桨手和海员，步兵数量则为2.7万人，其中包括大约1万名精锐的土耳其新军。据说，双方集结的军舰数量达到了整个地中海诸国海军兵力的70%，可谓规模空前。
目睹土耳其舰队遮云蔽日的阵势，即使复仇心切的威尼斯人也不禁面露惧色。唐胡安临时于旗舰举行了一次参谋会议。在神圣联盟各国海军中，医院骑士团与奥斯曼帝国交手多次，经验最为丰富，因此，他特意征求骑士团海军司令罗姆加的意见。后者指了指身后旌旗招展的船队，豪情满怀地说：“如果您的父王查理五世尚在人世，直到饮马伊斯坦布尔之前，他绝不会停止进攻。”唐胡安再次向他确认：“您的意思是我们必须立刻进攻？”“是的，先生。”于是唐胡安转身冷静地对各位将领说道：“我们进攻吧！”
神圣联盟舰队被分为左中右三部分。前锋是威尼斯人的6艘重型加莱赛战舰；中军以唐胡安及其旗舰“皇家”号为核心，教皇国的科罗纳与威尼斯的维内罗作为后盾，共计60艘战舰；右路则是多里亚的舰队（包括3艘医院骑士团战舰），为数53艘；左路由威尼斯副帅巴尔巴里哥带队，共计57艘战舰；在他们后方，是老将巴赞统领的后备舰队，共30艘桨帆船。阿里帕夏的布阵大同小异，中军由他本人亲自坐镇，其旗舰“苏丹娜”号正对着唐胡安的“皇家”号；右翼是亚历山大贝伊穆罕默德·苏鲁克；左翼是阿尔及尔总督乌卢奇·阿里帕夏—恰好对阵多里亚和医院骑士团，可谓冤家路窄。其中，多里亚及骑士团面临的压力最大，因为乌鲁克麾下足有67艘桨帆舰与27艘快船，而热那亚人仅有53艘战舰。
勒班陀海战打响后，双方北部与中部的分舰队率先接火。巴尔巴里哥的旗舰“兰特纳”号（Lanterna）遭到了苏鲁克的围攻，他本人被暗箭射中右眼，受了致命伤，但威尼斯士兵复仇心切，并未动摇。南侧的军需官马可·奎里尼（Marco Quirini）及时率部北上增援，攻击奥斯曼人的侧翼，与此同时，大批在土耳其人阵中服役的基督教桨手也纷纷倒戈。终于，土耳其人丧失了斗志，溃不成军，苏鲁克伤重被俘，旋即遭到处决。中部的战斗最为激烈。唐胡安与阿里像中世纪骑士那样选择了直接对垒，围绕两军旗舰（“皇家”号与“苏丹娜”号），双方展开了反复争夺。经过数轮炮击后，“皇家”号与“苏丹娜”号的将士不得不展开残酷的接舷战，800名士兵在狭窄的甲板上捉对厮杀，一时间战局陷入了胶着。但最终唐胡安的预备队加入了战斗，而阿里的部分战舰却擅自撤离了战场。在战斗最危急的时刻，教皇国舰队司令科罗纳询问医院骑士团名将罗姆加（罗姆加被分配到教皇国旗舰参与作战）：“是攻击下一艘敌舰，还是回援‘皇家’号？”罗姆加不发一语，夺过船舵，亲自操舰向“皇家”号驶去。威尼斯舰队司令塞巴斯蒂安·维内罗也赶来支援唐胡安。基督教士兵士气大振，再次登上了“苏丹娜”号。随着阿里本人的阵亡，唐胡安取得了决定性的胜利。
但是对整个奥斯曼舰队而言，战斗还没有完全结束。在双方整个阵型的南部，多里亚与乌卢奇·阿里还在玩猫鼠游戏。由于他们均处于最外线，直到中路发生激战后近一个小时，还没有正式接触。多里亚素来以谨慎多谋著称，而海盗出身的乌卢奇也算得上一只老狐狸，双方都不愿以身犯险。
◎ 收藏于英国伦敦国家海事博物馆关于勒班陀海战的油画
多里亚观察到土耳其军在左翼的数量优势，担心己方侧翼遭到合围，于是只能减缓航速，向东南展开队形，以保护侧后方。乌卢奇也是老谋深算的将领，他明白若要发挥自己舰队的数量优势，就应该尽量延长战线，伺机插入敌军后方，以期与中军共同夹击对手。由于多里亚应对得当，突袭基督教右路舰队的侧翼看来难以得手，不过，多里亚的机动导致分舰队与中路舰队间出现了一个宽达1000码的缺口。乌卢奇敏锐地发现了这一个机会。
雪上加霜的是，热那亚人多里亚的分舰队中，混编了医院骑士团的3艘战舰以及部分威尼斯、教皇国的军队。他们原本就对主帅疑虑重重，此时更私下断定此人懦弱不忠、畏敌如虎。于是，共有16艘战舰未经多里亚允许，便擅自脱离了队列—他们准备去抵挡乌卢奇帕夏。这样一来，多里亚的阵线就变得支离破碎了，而他手上可直接掌控的兵力仅有不到40艘战船。
乌卢奇当然不会放过这样的天赐良机。他指挥舰队主力脱离与多里亚的对峙，向北加速前进以拦截那支孤军。在那10余艘军舰组成的基督教编队中，冲在最前列的是3艘马耳他骑士团的舰只，他们飘扬的红底白十字旗尤令乌卢奇愤恨。不待主帅动员，土耳其人便如狼似虎地向敌军扑去。双方接近5∶1的力量对比令基督教分舰队损失惨重。每艘马耳他战舰都遭到了至少7艘桨帆快船的围攻，骑士们虽然英勇奋战，但很快便寡不敌众。“卡皮塔纳”号被数艘土耳其战舰团团围住，土耳其士兵蜂拥而至，它的船员拼死抵抗，但无奈数量悬殊，最终几近全军覆没。来自萨拉戈萨的医院骑士拉米雷斯被无数箭矢射中，形同一只恐怖的刺猬，但他仍奋战在最前线，甚至一度令土耳其人望而生畏，不敢近身；一位勃艮第骑士英勇地跳上了土耳其军舰，手刃四名敌兵，直至被人潮吞没；而医院骑士团舰队司令官朱斯提亚尼（罗姆加被唐胡安调至中军后，由他全权指挥）身中五箭，最终力尽被俘。除他以外，“卡皮塔纳”号上仅有两人幸存，他们均身负重伤，失去了知觉，被误以为已经殒命。掌旗官、阿拉贡骑士唐马丁在爆炸中失去了左臂和半个肩膀，竟奇迹般地幸存了下来（日后他带着残疾光荣地成为骑士团安波斯塔城堡的堡主）。不过“卡皮塔纳”号的抵抗也令乌卢奇付出了阵亡300人的代价。与此同时，“圣约翰”号也招致了同样的命运，全船将士几乎无一生还。骑士团友军们的战斗同样可歌可泣：唯一的萨伏伊战舰拼死抵抗，全员阵亡；“北梭鱼”号的士兵费德里科·韦努斯塔左臂重伤，血流不止，他找到舰上一名划桨奴隶要求他替自己截肢，被惊恐万状的后者拒绝，于是他举刀自行做了“手术”，简单包扎后，立刻又投入了战斗；而“基督复活”号船长索兰佐在战舰失守的一刹那，毅然引爆了弹药库，与周遭数艘土耳其战船同归于尽。
尽管抵抗比预期激烈，乌卢奇还是在基督教舰队的阵列上撕开了一道口子，一路披荆斩棘，虏获颇丰。他夺取了医院骑士团的旗舰“卡皮塔纳”号，拖曳在身后，准备作为给苏丹的胜利献礼。然而，此时他对中路舰队阿里帕夏的遭遇一无所知，随着阿里帕夏的阵亡，乌卢奇与胜利在不知不觉中失之交臂。一艘神圣联盟右翼的加莱赛战舰终于进入了有效射程，它立即用密集的弹雨为遇难的战友复仇；多里亚也率领自己的舰队从土耳其人后方赶来，抄袭乌卢奇的后路；唐胡安、维内罗、科罗纳等人已经扫荡了阿里的主力，此时重整旗鼓，由北向南列队朝乌卢奇逼近：战局顿时逆转。如果以医院骑士团为首的16艘基督教战舰未做如此激烈抵抗，如果多里亚真的如传言所说逃离了战场，乌卢奇帕夏或许能及时北上增援阿里的中军，或许后者便不会落个枭首示众的结局。但此刻为时已晚，由于主力正与多里亚纠缠混战，乌卢奇手中仅剩30条船的机动兵力，而这股力量显然无法与北面杀气腾腾的唐胡安抗衡。乌卢奇是一个精明的海盗，他不会做无谓的牺牲，既然大局已定，他的首要任务便是尽可能多地带领部下全身而退。幸运的是，海面上忽然刮起了东风。乌卢奇麾下原本以桨帆快船居多，速度上占优，他聚拢身边的残兵，割断了“卡皮塔纳”号的缆绳，带领14艘船只朝着西北方绝尘而去。这是奥斯曼海军在勒班陀一役中唯一成建制保存下来的力量。[6]
◎ 马耳他骑士团为纪念勒班陀海战200周年发行的邮票
勒班陀海战是一场惊人的大胜，足以名垂青史，但就整个战略态势而言，此战并没有立即改变地中海的实力平衡。1572年5月1日，教皇庇护五世因病逝世，神圣联盟顿时失去了主心骨与号召人。尽管如此，神圣联盟还是在6月于墨西拿集合，准备与科孚岛的威尼斯分舰队一道向塞浦路斯甚至达达尼尔海峡进攻。然而，在半年多的时间里，奥斯曼帝国依靠其惊人的财力与物力，又打造了一支多达150艘军舰的海军。当威尼斯使节前往君士坦丁堡一探虚实时，大维齐苏库鲁豪气干云地说道：“基督徒只是烧焦了我的胡须，但我却砍断了基督徒的臂膀。”平心而论，这只能算是一支外强中干的舰队，因为大部分有经验的水手和海军军官都在勒班陀一战中阵亡或被俘了，乌卢奇帕夏虽然抢救下来一部分水师，可他们不足以娴熟操纵这样大规模的第二支舰队。如果神圣联盟能立即发动大规模进攻，想必还会取得一场大胜，甚至可以封锁君士坦丁堡。可惜事与愿违。联盟虽外表光鲜，实质已沦为一盘散沙，威尼斯人为了商业贸易，首先选择与土耳其单独媾和，并咽下了丢失塞浦路斯的苦果。西班牙仍坚持战斗，1573年，唐胡安的舰队攻下了突尼斯，但第二年便被乌卢奇再次夺回。勒班陀战役后获得的全部成果，看上去已经丧失殆尽。
可是，奥斯曼帝国已悄然发生变化。塞利姆二世缺乏父亲的雄才大略，苏莱曼一世辉煌背后的各种积弊此时也慢慢凸显。通过勒班陀的惨败，务实的大维齐苏库鲁明白自己的国家无力在海上与欧洲强国正面竞争，于是将目光转向陆地。从16世纪末期至1683年维也纳之战，奥斯曼帝国继续在陆上开疆拓土，但已经是画地为牢—西面被基督教国家阻挡在意大利半岛之外，东面则有虎视眈眈的伊朗帝国。土耳其是一只被困在囚笼中的巨兽，而西班牙、英格兰、法兰西等国，则可以尽情扬帆出海去探索新世界，自此双方走上了不同的道路。勒班陀战役中，医院骑士团固然损失惨重（它失去了仅存的3艘桨帆战舰中2艘的船员），但也获益良多。连续两场对土耳其的胜利，令马耳他在此后两百年间未受到后者的严重威胁，骑士团真正在地中海中心站稳了脚跟。他们的威名四海远播，他们的战舰令穆斯林谈虎色变。八角十字再度赢得了世人的尊重，骑士团也迎来了发展的契机。
因为在马耳他大围攻及勒班陀海战中人员损失甚大，医院骑士团引入了大批新鲜血液。这些年轻的骑士成长于文艺复兴时代，与保守古板的老一辈间横亘着一道鸿沟。勒班陀海战后，马耳他附近的局势相对稳定，骑士团对西班牙的依赖有所降低，法国骑士的传统影响力得到了恢复。1572年，来自法国的让·德·拉卡西埃（Jean de la Cassière，1502—1581）当选为第51任大团长（此前任奥弗涅语言区皮利耶）。拉卡西埃是一位称职的军事指挥官，亦是一名老派的骑士，他近乎顽固地希望坚守骑士团的传统，并给年轻的下属们留下了傲慢、自负、不通人情的印象。拉卡西埃名垂青史的功绩是在瓦莱塔兴建了骑士团马耳他修会总教堂—圣约翰大教堂（今为瓦莱塔圣约翰副主教座堂，而主教座堂传统上设置于姆迪纳）。圣约翰教堂由吉罗拉莫·卡萨尔设计，建成后骑士团著名画家马蒂亚·普雷蒂（Mattia Preti，1613—1699）[7]在17世纪对它的内部进行了极其精美地装潢，使之被誉为巴洛克建筑的杰出代表，在欧洲享有盛誉。它长40米，宽20米，内部设有8间礼拜堂，分别代表八大语言区，是骑士团宗教活动的中心，多位大团长（包括利勒亚当、森格勒、瓦莱特、阿洛等）也长眠于此。
但接踵而至的一系列事件严重打击了拉卡西埃的威望。在统治之初，大团长便与马耳他主教在主教任免权上发生了尖锐矛盾。按照十字军时代以来的传统，骑士团本应拥有自主任免主教的权力，但这遭到了马耳他主教的反对。拉卡西埃无法令主教妥协，无奈之下不得不乞求教皇格列高利十三世（Gregory ⅩⅢ，1572—1585年在位）介入调停，而教皇特意委派了一名宗教大法官前往马耳他，公开的说辞是为了防备新教徒的渗透，但此举实质上损害了骑士团的自主权，引发了许多骑士的不满。拉卡西埃大力支持部下劫掠穆斯林商船，甚至包括与穆斯林贸易的基督教国家舰只，这又引发了新的外交危机。1575年，骑士团海军捕获了一艘替犹太雇主运货的威尼斯商船，威尼斯政府对此怒不可遏，甚至威胁要没收国内的所有医院骑士团财产。拉卡西埃再度请求教皇调解。最终，骑士团不得不付出大笔赔偿。历史上，马耳他骑士不止一次“误伤”威尼斯船只，但如此屈尊尚属首次，很多拉卡西埃的部下认为大团长公开令骑士团蒙羞，对他的非议进一步蔓延。1578年拉卡西埃发布条令要求医院骑士及属下的海盗不得侵犯威尼斯船只，只能劫掠非基督徒。很多骑士对此阳奉阴违，当面对威尼斯商船时，他们往往临时挂上别国旗帜以规避罪责。此后当腓力二世准备推荐自己年仅17岁的堂侄文策尔为卡斯蒂利亚与莱昂大修道长时，拉卡西埃似乎又一次准备退让。忍无可忍的卡斯蒂利亚骑士以公开叛乱作为回应，叛乱遭到了镇压，在教皇的命令下，这批犯上的骑士不得不公开对大团长表示悔改之意。但拉卡西埃已经尽失人心。
◎ 瓦莱塔圣约翰教堂德语区礼拜堂，谢文拍摄 ◎ 瓦莱塔圣约翰副主教座堂
◎ 瓦莱塔圣约翰教堂中堂，谢文拍摄
在私人生活方面，拉卡西埃也体现出矛盾的一面。他相当讲究大团长的排场与威仪，为了扩建大团长宫，不惜拆除了临近的意大利语区会馆（意大利骑士的愤怒可想而知）；另一方面，他又真诚地幻想恢复骑士团清心寡欲、安贫乐道的传统，要求属下远离奢靡生活，甚至不允许他们与自己的情妇往来—这便犯了众怒。1577年海军英雄罗姆加当选为副团长，名正言顺地成为骑士团内“少壮派”的希望与领袖。四年后，罗姆加通过一场不流血的政变软禁了拉卡西埃并取而代之，这是1317年大团长富尔克遭部下刺杀、围攻以来，骑士团内部最严重的危机。虽然在教皇的强力干预下，罗姆加最终未能如愿，但拉卡西埃也无法重新执政，后客死罗马。教皇扶持上台的于格·卢本斯·德·维达勒（Hugues Loubenx de Verdalle，1582—1595年在位）并不能令骑士们心悦诚服，尽管教皇赐予他尊贵的枢机主教头衔，他依旧明白自己的统治很脆弱—维达勒执政的大部分时间都驻跸在罗马而非瓦莱塔。他唯一留名青史的政绩，恐怕仅仅是主持修建了维达拉宫（Verdala Palace，由吉罗拉莫·卡萨尔设计，今为马耳他总统夏宫）。[8]
第二任大团长雷蒙·杜·皮伊制订第一部团规时，医院骑士团还仅仅是个虔诚的天主教修道组织。团规中明确规定，当一名医院骑士与女性独处时，要保护她的贞洁，团长甚至禁止妇女为骑士洗手洗脚、整理床铺。时过境迁，16世纪后期的马耳他骑士团中十字军精神已渐行渐远，骑士团成员多来自欧洲的贵族家庭，早已习惯了声色犬马的日子。在同异教徒作战时，骑士团仍然英勇无畏，令人尊敬，但当他们返回马耳他后，饮酒、赌博、狎妓、决斗变得司空见惯。拉卡西埃天真地试图扭转这一趋势，却落得个身败名裂的下场。此后的两任团长—维达勒与马丁·加兹（Martin Garzez，1595—1601年在位）不得不采取无为而治的策略。进入17世纪，阿洛·德·威格纳库尔（Alof de Wignacourt，1601—1622年在位）当选大团长后，终于认清了骑士团日益世俗化的事实，他成功地解决了前任留下的一系列难题，并在军事、民生和文化方面颇有建树。医院骑士团的历史也因此揭开了新的篇章。
◎ 维达拉宫
阿洛·德·威格纳库尔于1564年加入医院骑士团时年仅17岁，第二年便参加了艰苦卓绝的马耳他保卫战，从此崭露头角。经过近四十年的历练，1601年当选为大团长的威格纳库尔已是一名经验丰富、头脑灵活的老兵，他的睿智和手腕从即位之初颁布的一条政令便可略见端倪：阿洛·德·威格纳库尔宣布使徒圣保罗登上马耳他岛的日子恰恰为1月10日，与自己上任的日期正好是同一天—直到现在马耳他人还在纪念这个节日。勒班陀海战胜利后，马耳他岛长期太平无事，骑士们难免有所懈怠。威格纳库尔一方面积极鼓励部下出海劫掠穆斯林商船，袭扰北非海岸；一方面持续投入重金巩固强化马耳他本岛的防御工事（包括重建戈佐岛的奇塔代拉城堡），其中尤以一系列临海的瞭望塔及棱堡最为著名，至今还被马耳他人称作“威格纳库尔塔群”。
◎ 阿洛·德·威格纳库尔及侍童，卡拉瓦乔绘制，现收藏于巴黎卢浮宫
大团长的未雨绸缪最终收到了成效。1603年和1610年，骑士团两度收到奥斯曼人即将入侵的预警，所幸最终都是虚惊一场。1609年，在一场海上遭遇战中，医院骑士团舰队指挥官希瓦利埃·德·弗雷西内不敌达马特·哈里尔帕夏（Damat Halil Pasha，奥斯曼帝国著名海军将领，后曾两度担任帝国大维齐），骑士团海军损失了3艘盖伦帆船，弗雷西内本人也壮烈殉国。1614年7月，由60艘桨帆船组成的土耳其舰队在达马特·哈里尔的率领下于马耳他南部马尔萨什洛克湾突然登陆，但阿洛·德·威格纳库尔已有所防备，新建的卢奇安塔用密集的炮火对土耳其人予以迎头痛击。哈里尔不得不转而在马尔萨斯卡拉（Marsaskala）湾附近上岸，约6000名土耳其士兵扑向这里的村镇榟橔（Żejtun），所幸居民已提前接到警报，尽数撤离。哈里尔的部下只能对着空无一人的榟橔泄愤，他们焚烧民宅，毁坏农田，当地的圣乔治教堂和圣凯瑟琳教堂也受损严重。接到情报后的阿洛·德·威格纳库尔迅速派出一队骑兵予以反击，训练有素的马耳他人也很快集结了多达6000—8000人的民兵向榟橔进发。经过几天试探性的交火，土耳其人发现毫无机会，只能悻悻地撤回的黎波里。战斗中医院骑士团无一人阵亡（约20人负伤），可谓完胜。战后针对马耳他防御的薄弱之处，大团长下令在榟橔附近修建了圣托马斯塔。经过1565年、1571年、1614年三场失败，土耳其人对医院骑士团心存敬畏，此后马耳他再未遭到奥斯曼帝国的直接进犯。
除了军事上的胜利，阿洛·德·威格纳库尔在发展马耳他的经济民生方面也有所建树。在16世纪末期，马耳他6万人口中有近四分之一从事着与骑士团海军或海上贸易相关的工作。威格纳库尔即位后，更加鼓励发展航海贸易与工商业。与古板迂腐的前任相较，他显得“通情达理”，对骑士的经商致富甚至风花雪月采取宽容态度。马耳他位于地中海中心航道，很快便成为各地商人、水手与游客的向往之地。大港区千帆云集，瓦莱塔人头攒动，一片繁华景象。针对马耳他缺水的现状，威格纳库尔主持修建了“威格纳库尔水渠”（Wignacourt Aqueduct），这项浩大工程竣工后，极大地改善了当地的农业与民生，令他获得了岛民发自肺腑的爱戴。作为代价，骑士团的风纪则无可避免地有所松弛。小小的马耳他竟成了梅毒的重灾区，当地人隐晦地称之为“法国病”，各种症状的梅毒患者在瓦莱塔的大街小巷徘徊，令人汗颜。17世纪初到访过马耳他的英国旅行家乔治·桑兹回忆说：“马耳他岛上共有三座女修道院，一所献给了圣母玛利亚，一所居住着改邪归正的前娼妓，另一所则用于收留娼妓的私生女。”[9]
◎ 卢奇安塔
◎ 保存至今的威格纳库尔水渠
阿洛·德·威格纳库尔在文化方面最大的功绩，恐怕便是曾力排众议邀请画坛巨匠卡拉瓦乔加入骑士团。卡拉瓦乔全名为米凯兰杰洛·梅里西·达·卡拉瓦乔（Michelangelo Merisi da Caravaggio，1571—1610）1571年9月出生于意大利米兰，少年时代父母便先后去世，从13岁起他师从西莫内·彼得查诺（Simone Peterzano，据说是大画家提香的学生）学习绘画，1592年他来到罗马，逐渐显现出艺术上的惊人天赋。1600年他创作的《圣马太殉难》与《圣马太蒙召》在罗马引起了轰动，从此声名鹊起。但在画坛的光环之外，卡拉瓦乔恃才傲物，狂放不羁，私生活相当混乱，尤其喜欢与人斗殴，据说他的治安记录和审讯记录足有数页之多。1606年5月29日，在一次因赌债引发的口角中，他不慎杀害了一位名叫拉努乔·托马索尼的青年。[10]过去来自名流阶层的卡拉瓦乔拥趸们曾摆平了他的一系列出格甚至犯罪记录，但此次人命关天，证据确凿，他们也无能为力。画家只好狼狈地逃往那不勒斯，因为它处于教皇国的司法管辖权之外。当地的科隆纳家族欣赏卡拉瓦乔的才华，给予他庇护，他很快成为那不勒斯最享有盛誉的画家，并为教会完成了多幅重要作品。然而卡拉瓦乔感觉在意大利并不能高枕无忧，与此同时，长期从事宗教绘画也令他萌生了自我救赎的念头，而医院骑士团所在的马耳他似乎就是他洗涤灵魂的净土。
1607年7月，卡拉瓦乔慕名登上了马耳他岛。这一年阿洛·德·威格纳库尔刚刚由神圣罗马帝国赠予亲王头衔，人们开始改称他“尊贵的殿下”。天才画家的突然来投被大团长视作莫大的荣光，威格纳库尔欣赏卡拉瓦乔的技艺，并不在乎围绕他的风言风语，为了保护他，甚至不惜触犯罗马的豪门（拉努乔·托马索尼出身名门）。大团长授予卡拉瓦乔马耳他骑士团官方画家的身份，甚至破格接纳他加入了骑士团（以卡拉瓦乔的血统和资历，他本无资格立即成为医院骑士）。按照惯例，骑士团新人需要分配到海军服役，考虑到画家的特殊情况，威格纳库尔特意免除了他的这项义务。卡拉瓦乔一度在马耳他如鱼得水，乐不思蜀，他生活富足，无忧无虑，备受尊重；作为回报，他绘制了大量作品献给大团长和骑士团，其中最具代表性的当属巨幅的《被斩首的圣施洗者约翰》（这是他唯一签名的作品，由瓦莱塔圣约翰教堂珍藏）和《阿洛·德·威格纳库尔及侍童的画像》（被誉为卡拉瓦乔人像画的巅峰之作），此外还包括为团内其他领导人所作的肖像画以及教堂壁画等。1608年7月，洛林王子弗朗索瓦到访瓦莱塔，并停留了整整六天。在此期间，他参观了圣约翰教堂，对卡拉瓦乔的新作《被斩首的圣施洗者约翰》赞不绝口，进而邀请他为父亲亨利二世创作一幅《圣母领报》（Annunciation，现收藏于法国南锡美术博物馆）。卡拉瓦乔欣然允诺，这张画作为他赢得了洛林公爵夫妇的欢心，日后正是仰仗他们的帮助，卡拉瓦乔最终获得了教皇的赦免。
◎ 卡拉瓦乔画像，奥塔维奥·莱昂尼（Ottavio Leoni）绘制
◎ 瓦莱塔圣约翰教堂珍藏的卡拉瓦乔代表作《被斩首的圣施洗者约翰》
◎ 阿洛·德·威格纳库尔的盔甲，现藏于瓦莱塔大团长宫武器盔甲厅
可惜好景不长，卡拉瓦乔暴躁的脾气依然如故。不久之后，他与一位高阶的医院骑士发生了严重的纠纷并令对手身负重伤（卡拉瓦乔属于“恩典骑士”，而对方属于“公义骑士”，地位更高），因触犯团规（按规定，殴打团友者将入狱直至开除出团）被关入了圣安杰洛堡的地牢。卡拉瓦乔显示出自己的聪明才智，他竟能成功越狱并于年底乘船逃亡西西里锡拉库萨港。虽然不久后他深感懊悔，并创作了《莎乐美与圣约翰的头颅》作为礼物献给阿洛·德·威格纳库尔以乞求宽恕，但大团长已经失去了耐心，不为所动。1610年7月，一代艺术巨匠、前医院骑士米凯兰杰洛·梅里西·达·卡拉瓦乔因热病在埃尔科莱港病逝。
◎ 医院骑士团墨西拿分团长安东尼奥·马尔泰利（Antonio Martelli）肖像画，卡拉瓦乔绘制
◎ 身着医院骑士团制服的西班牙文豪洛佩·德·维加
卡拉瓦乔是一位才华横溢的艺术家，而非尽忠职守的医院骑士。他的离去固然令人扼腕，但也是情理之中。短短数年的骑士生涯中，他留下了宝贵的作品，也为大团长威格纳库尔的执政增添了几分瑰丽的色彩。由于卡拉瓦乔的知名度，医院骑士团在欧洲名流及文化界中的声望也大大提高了。[11]
阿洛·德·威格纳库尔之后，第二位长期执政的法籍大团长安托万·德·波勒（Antoine de Paule，1623—1636年在位）将自己的精力集中于骑士团的内政上。在大团长宫、维达拉宫之后，他主持修建了第三座大团长官邸—位于阿塔尔德（Attard）附近的圣安东尼奥宫（San Antonio Palace，现为马耳他共和国总统府），这座精致舒适的建筑尤其以它风景如画的花园而驰名。1631年安托万·德·波勒召集了17世纪医院骑士团最后一届修士大会（下一届在145年后才举行），利用这次机会，他下令进行一次彻底的“人口普查”，因此我们得到了准确的各语言区骑士数字：意大利语区584人，法语区361人，普罗旺斯语区272人，卡斯蒂利亚语区239人，奥弗涅语区143人，阿拉贡语区110人，德语区46人。与16世纪相较，法国骑士再次占据了数量优势（来自法国的3个语言区的骑士占总人数的44%），而西班牙骑士的规模则有所下降。另一引人注目的变化是，骑士团中教士、军士的比例大幅降低，与总数达1755人的骑士相比，教士仅有148人，军士则为155人（其中缺少意大利语区的统计数字）。此时医院骑士团已真正演变为“骑士之团”了。
1627年，因教皇乌尔班八世（Urban Ⅷ，1623—1644年在位）鼎力举荐，大团长安托万·德·波勒破格将洛佩·德·维加（Lope de Vega，1562—1635）召入骑士团。作为诗人、剧作家和小说家，洛佩·德·维加才高八斗，一生创作了3部小说、3000多首诗歌和超过500部戏剧，他奠定了西班牙古典戏剧的准则，被塞万提斯（《堂吉诃德》的作者、西班牙大文豪）誉为“西班牙的凤凰”。他和卡拉瓦乔一样，大大提升了医院骑士团在欧洲文艺界的声誉。[12]
