医院骑士团初次涉及海战是在阿卡陷落后，经教皇亲自下令，数艘骑士团战舰前往东方巡弋。1300年左右他们在塞浦路斯拥有了一支10艘战船组成的舰队，并得到了塞浦路斯王国和圣殿骑士团的支援，以抵御穆斯林可能的进攻。他们还尝试着为意大利至埃及的海上商路护航，虽然在教皇看来，与异教徒做生意是非法的，但由于利润巨大，威尼斯、热那亚等国家长期阳奉阴违，海上的航线一直相当繁忙。
医院骑士团总部长期孤悬海外，强敌环伺，这对它的后勤补给能力提出了很高要求。虽然受到技术条件的限制，但总体而言，其后勤保障还是卓有成效的。和平时期，罗德岛也是爱琴海上的重要贸易点，并可为其他远道而来的船只提供避风港。有罗德港这样的安全良港存在，发生海难的概率也能降低。爱琴海上经常发生船难，但很多船员与乘客都能及时登上另一条船只继续旅行。大型船只在恶劣天气下具有更佳的适航性。医院骑士团的“蒙特茹瓦”号（Mont Joye）曾从1300年至1314年间往返于法国马赛与塞浦路斯法马古斯塔，从未发生意外。和平年代，罗德岛可从土耳其进口急需的马匹与驮兽。此外，与希腊诸岛的动物贸易也很繁荣。不过，随着中东的十字军领土的丢失，以海岛为总部的骑士团对马匹的需求不复以往那样迫切，或许伊比利亚半岛的医院骑士团是个例外，他们经常要与穆斯林陆战，所幸他们在米拉韦特（Miravet）等地拥有自己的养马场。
不论财政是否宽裕，14世纪以后的骑士团依旧保持了回收利用旧装备的节俭传统。骑士团的法令中规定，多余的马匹、牲畜、马具、武器、防具、弹药等都要上缴大团长以便重新分配。服装及被褥则交给制衣官，有时也交给大医师长或大司令官。但从另一方面看，这份上交清单也暗示出当时骑士的私生活已经开始走向奢靡。因为赫然在列的竟包括丝绸床单、金丝金线的衣服、森德尔绸（sendal）、金银餐具等等。部分骑士还拥有自己的珠宝首饰甚至保险柜。种种迹象都表明，此时的医院骑士早已不再过着苦修生活了。
随着财富的增加，医院骑士团同其他骑士团一样，也需要专人为他们的财产提供法律上的意见和保护。他们可以聘请律师，不过当时律师的价格非常昂贵，所以他们有时候也聘请一些“兼职律师”。另一方面，他们也尝试着招募一些精通法律的人士加入组织。不过在这一点上他们并不是很成功（毕竟并非所有律师都向往天主教的苦修生活）。最后骑士团开始培训自家骑士成为律师。原本骑士团在巴黎的分部就临近教会法（Canon law）学校，自1380年起他们也效仿着开设了自己的教会法学校。14世纪末期开始，医院骑士团高层中通常至少有一人接受过完整的律师培训。麻雀虽小五脏俱全，在登陆罗德岛后，医院骑士团越来越朝着军事化国家的方向演变，而不再是过去那个单纯的安贫乐道的修士会了。[20]
骑士团的精神世界与日常生活
最初人们加入医院骑士团无疑主要是出于宗教目的。十字军东征时期，“圣战”的思想在欧洲深入人心。不过，在东征中阵亡便能成为殉道者，这一观念似乎还是崭新的。一般来说，骑士应该对他的领主忠心不二，唯命是从，这就带来了道德上的难题。东征的骑士是应该承蒙上帝的召唤，还是听从领主的号令？而当时的神学家给出的答案几乎都是建议骑士们做“基督的骑士”，将宗教义务放在第一位，而加入骑士团就是实现这一目的的捷径。12世纪的知名律师罗朗杜（Rolandus）就曾表示：杀死邪恶之人乃替天行道。13世纪历史学家、阿卡主教雅克·德·维特里也说：骑士团成员的天职便是捍卫基督教会，铲除叙利亚的萨拉森人，西班牙的摩尔人，波斯、利沃尼亚、库曼汗国（Cumania）等地的异教徒、东正教徒，以及宇宙中的一切异教徒。
医院骑士团的宗教狂热也得到了某些圣物的激励，如著名的“真十字架”。实际上，医院骑士团在耶路撒冷的总部昔日也曾埋葬过若干圣徒，1893年还在其遗址上出土过一顶制作精良、据说镶嵌有部分“真十字架”碎片的主教冠。当然，骑士团中居于高位的骑士们还是或多或少地遵从当时流行的骑士规范，而不能完全免俗。
虽然有浓厚的宗教情怀，医院骑士团与教宗的关系倒也不总是琴瑟相和的，尤其在13世纪教皇国屡屡希望插手十字军国家内部事务的背景下。与此同时，一些具有道德洁癖的教皇也从精神层面对骑士团做出过抨击。例如1238年3月，教皇格里高利九世在写给医院骑士团的书信中公开指责他们在其村庄里开设妓院、坐拥私财，甚至认为他们有异端嫌疑。总体而言，医院骑士团同圣殿骑士团一样，将主要精力置于圣地，而不愿过多卷入欧洲事务，他们甚至对援助希腊的十字军国家（1204年十字军攻占君士坦丁堡后建立）都感到意兴阑珊。
虽然医院骑士团被认为精通中东事务，但他们并未努力弥合东正教与天主教之间的分歧，也就失去了东正教国家的信任；同时，他们也未能充分认识到，十字军诸国的延续必须仰仗同伊斯兰国家的共存。不过，由于多年来与穆斯林朝夕共处，骑士团的确发展出了一些宽容变通之道。他们曾与伊斯兰国家结盟，以对抗共同的敌人；他们的耶路撒冷医院也总是对穆斯林、犹太人敞开大门。但医院骑士也曾犯下杀害穆斯林俘虏的恶行。
穆斯林方面留下了大量关于医院骑士团的史料。其中的某些记载耐人寻味。例如，1170年骑士堡堡主之死便让穆斯林军民弹冠相庆。萨拉丁于哈丁会战大获全胜后，处死了所有俘虏的医院骑士团及圣殿骑士团团员，此举有悖他一贯的仁义风格，这恐怕是出于对后者长期顽抗的痛恨及对他们英勇的忌惮。哈拉维也曾对萨拉丁的继承者阿齐兹进言道：这些披着僧侣外衣的骑士宗教上极为虔诚，心无旁骛，为上帝而战—实乃帝国的心腹之患。大约一个世纪后，阿布·菲达如此庆祝攻占医院骑士团的迈尔盖卜城堡：“在这富于纪念意义的日子里，我们终于向医院骑士的老巢成功复仇，拨云见日，阴霾一扫而空。”[21]
医院骑士团一直以纪律严明著称于世。1283年骑士团颁布的一项法令要求任何守卫城堡的成员未经大团长允许，均不得向敌人投降。历史上，也有屈指可数的几位害群之马擅离职守或签下城下之盟，不过他们日后都遭到了严厉制裁。虽然在十字军战争中，基督教俘虏们变节改宗甚至倒戈相向的情况屡见不鲜，但极少有三大骑士团成员做出如此忤逆之举，而医院骑士团的相关记录更是白璧无瑕。
被俘的骑士们一般不会有性命之忧，因为他们身价不菲，可以换取高额赎金。到了13世纪，这一俘虏交换系统已经高度成熟了。13世纪后期十字军国家的末日来临时，由于陷入敌手的骑士数量过于庞大，一时难以筹集足够的赎金，很多人才真正沦为“战俘”—被迫多年从事各种苦役。例如医院骑士团的一名英国籍骑士斯坦格雷夫的罗杰（Roger of Stanegrave）被马穆鲁克俘虏后一直关押至1318年都未能凑齐对方索要的1.2万金弗罗林。
传统的宗教人士一般对骑士团抱有成见，因为他们常常经历刀光剑影，对清规戒律的遵守也不太严谨。作为回应，医院骑士团非常注意自我宣传，以便维护良好声誉（这一点他们远远强于圣殿骑士团）。旅行在外的骑士被严格要求谨言慎行，而发生的一切丑闻都得到了良好掩饰。很快，医院骑士团在教皇的会议中也有了一席之地。骑士团还定期向欧洲投递报告与书信，这些精心打造的信函被公开后也成为绝佳的公关材料。甚至他们在信函的封印上也下足了功夫：医院骑士团惯用的封印描绘的是一位患病的朝圣者在病榻上得到照料的场景，以展示骑士团的公益性质与虔诚。
在普通百姓眼中，医院骑士团令人肃然起敬，13世纪后，他们还得到了越来越多的欧洲世俗君主的支持。例如，1274年，哈布斯堡王朝的鲁道夫（Rudolf）皇帝特意给予了骑士团在德意志境内的各种特权，他对他们赞誉有加，称其为“捍卫基督信仰、剪除异教徒势力的勇士”。
医院骑士团与圣殿骑士团一样，力求将自己的合法性与古时的基督教先贤联系在一起，甚至不惜牵强附会。医院骑士团声称自己的历史可以上溯到十二门徒的时代，认为本组织早在奥古斯都时期便已在耶路撒冷建立了雏形。更加夸张的传言甚至说犹大·马加比（公元前2世纪犹太先知）是医院骑士团最初的赞助人。还有人说基督教历史上第一位殉道者圣司提反是骑士团第一任团长……在现代历史学家看来，这些谎言不值一驳，但在中世纪，它们却颇有市场，为骑士团造就了不少拥趸。
医院骑士团与圣殿骑士团的长期竞争在十字军国家覆灭时期到了白热化阶段。阿卡战役中圣殿骑士拒不投降，他们的总部坚持到了最后；而医院骑士团涌现了一位知名的战斗英雄—大元帅马修，据说他在城破之际孤身冲入敌群，以一当百，最后力战不退而死。两大骑士团的表现可谓评分秋色。圣殿骑士团的猝然覆灭扩大了医院骑士团的势力，也给后者敲响了警钟。从此，他们更加珍视自己的名誉，甚至为了避嫌不惜修改自己多年形成的入会仪式。
进驻罗德岛之后，医院骑士终于获得了安身立命之所，他们依然视自己为“信仰的捍卫者”（propugnacula fidee），与传说中亚瑟王麾下的圆桌骑士似乎颇为神似。这一时期最富有传奇色彩的大团长非迪厄多内·德·冈佐莫属，这位“屠龙英雄”的事迹经过游吟诗人的传唱，成为地中海东部千古流传的传奇。但在相对平静的14世纪，除去引人瞩目的迪厄多内·德·冈佐，医院骑士团的确乏善可陈。他们承平既久，罗德岛又如此富饶安逸，难免有些懈怠，享乐之风也开始抬头。难怪教皇克雷芒六世会对骑士团发出猛烈抨击。不过平心而论，与欧洲的骑士相比，医院骑士团依旧保留了些许圣战风采，罗德岛教区的宗教氛围依然浓厚，他们只是暂时缺少一个展现的机会。
圣物在医院骑士的精神世界中扮演了十分重要的角色。罗德岛最珍贵的圣物是一件据说由使徒路加亲自画的圣母玛利亚画像。1488年，在与奥斯曼帝国缔结和约后，巴耶济德二世苏丹赠给了医院骑士团两件圣物：施洗者约翰的右臂以及耶稣的荆棘冠，它们无疑是前拜占庭帝国的珍宝。1523年失去罗德岛后，以上圣物随骑士团一道颠沛流离，最终在马耳他安家落户。其中的圣约翰右臂，一直保存至今。
◎ 施洗者约翰的右臂
由于宗教上的偏执，医院骑士团有一段时间常常杀死男性穆斯林战俘，只有儿童除外，这样的政策可能导致了骑士团海军的人力严重短缺。因为在其他国家，桨手一般是由战俘或奴隶担任的。随着征收希腊臣民到军舰上服徭役这一政策被废除，骑士团也不得不用穆斯林战俘来替代他们，此外还有一些负债者自愿到海军服役以抵销债务。此外，罗德岛时期医院骑士团海军中便有很多水手是马耳他人。因此当16世纪骑士团接收马耳他时，恐怕对岛上的风俗人情并不陌生。
教皇国在14—15世纪对医院骑士团有很大影响力，骑士团也深受教廷的宠爱。天主教大分裂时期，由于罗马和阿维尼翁同时存在两位对立教皇，医院骑士团的处境十分尴尬，甚至一度也出现了两位“对立大团长”。不过由于这期间骑士团上下的远见卓识和政治技巧，他们不仅没有因此分裂，反而为结束教会分裂贡献了一份绵薄之力。
抛开医院骑士团的浪漫英雄主义情怀不谈，整个14世纪，罗德骑士们的军事行动相当有限，而且其中大部分都是麾下的雇佣兵进行的。在战场上乏善可陈必然招致各方批评，这期间骑士团受到的舆论压力也增加了。有人抨击他们作战不合章法，并在迫使穆斯林改宗方面态度消极；还有人指责骑士团的选拔制度令部分出身贫寒的人身居高位，这“玷污”了骑士的高贵血统。总之，在14世纪，关于骑士团的种种流言蜚语四处传播，遗毒颇深。
甚至教宗本人也注意到了医院骑士团的“怠政”，尤其对比同期积极进取的条顿骑士团，差距便更加明显。很多西方的文人墨客也颇有微词。例如意大利大诗人彼特拉克就曾写道：“罗德岛，信仰之盾，却毫发无伤，苟且偷生。”菲利普·德·梅齐埃（Philippe de Mézières，1327—1405，法国骑士、作家）则宣称骑士们之所以愿意到罗德岛服役4—5年，是为了以此为跳板，之后在欧洲的分团觅得一个锦绣前程。在意大利商人中间，则流传着医院骑士团收容甚至资助海盗的说法—尤其是威尼斯人马里诺·萨努多（Marino Sanudo，1260—1338，威尼斯政治家、地理学家，曾经到访过罗德岛）的指控，一度将骑士团置于百口莫辩的境地。进入15—16世纪，意大利人对骑士团的海盗活动的不满越发强烈。
医院骑士团同样存在内部纷争，富尔克大团长曾遭到部下逼宫，但最严重的一次发生于1381年。一名加斯科涅骑士贝特兰（Bertrin）被指控溺死了罗德岛上最高贵的西班牙骑士—制衣官。稍后的审判上，几个妇人经严刑拷打后被迫承认关于谋杀的指控仅仅是她们散布的谣言。最终，医院骑士团判定贝特兰仅犯有挪用公款罪，将他开除出团。当大团长胡安·费尔南德斯·埃雷迪亚准备亲自剥下他的斗篷时，此人居然掏出匕首刺向自己的上司，不过他很快被侍卫们砍倒了。如此忤逆之举震惊了全团上下，此后一年中，经过内部整顿，有56位骑士或准骑士被遣送回欧洲。这也在某种程度上体现出骑士团内部法语骑士与西班牙语骑士之间的矛盾。
15世纪的多数时间里，医院骑士团的士气都相当低迷。1444年和1480年，他们两度击退了穆斯林对罗德岛的围攻，算得上百年间的亮点。1522年罗德岛的失陷是对骑士团名望的又一次打击。适逢欧洲新教运动方兴未艾，医院骑士团对宗教改革十分抵触，这种态度不可避免地导致他们失去了大量土地和拥趸，新教徒则提高了攻击骑士团的调门。战争是展现人性的最佳舞台，三十三年后，医院骑士团通过可歌可泣的马耳他保卫战替自己彻底正名。
虽然冠以“骑士”之名，但医院骑士团本质上为天主教修道会，其成员的日常生活很大程度上受到教士团体清规戒律的制约。尽管如此，和本笃会等隐修会相较，他们的生活与传统僧侣相比还是有很多差异。医院骑士在诵经修道之外，还要与十字军的敌人作战，以及打理农场和其他经济业务。他们不得不与金融、商业、运输等行业的各色人等甚至官僚机构打交道，因此，医院骑士团也体现出相当多的军事化、世俗化特点。
那种认为医院骑士团在十字军时期整天驻守在城堡里的观念也不正确。诚然，在日渐萎缩的十字军国家里很少有骑士定居于乡村，不过他们更多生活在沿海的繁荣城镇里（如提尔、阿卡），这些城镇还保留着浓厚的伊斯兰色彩。法语是十字军国家中最通行的语言；其次是意大利语，它流行在商人群体中；本地的基督徒多使用希腊语、亚美尼亚与和阿拉伯语；而医院骑士团理论上的官方语言是拉丁语。
医院骑士团耶路撒冷总部位于圣墓教堂南面，其主教堂过去是东正教堂，周围簇拥着一些团部建筑，而他们标志性的医院（或救护站）位于更南面。在阿卡也有一座大型的团部（1172年在这里设立了医院）。1187年耶路撒冷陷落后，总部随即迁往阿卡并大幅扩建。部分阿卡的骑士团建筑一直留存至今，包括一座拥有三个烟囱的厨房与餐厅。
我们今天所熟悉的医院骑士团格言为：“守卫信仰，拯救苦难。”（拉丁语：Tuitio Fidei et Obsequium Pauperum.）它的雏形产生于第二任大团长雷蒙·杜·皮伊统治时期，原文为：“会友以拯救苦难为己任。”（拉丁语：fratres ad servitium pauperum venientes.）稍后它进化为“会友以拯救苦难，捍卫天主教信仰为己任。”（拉丁语：fratres accedentes ad obsequium pauperum et tuitione fidei catholicae.）最终简化为今天的版本：“守卫信仰，拯救苦难。”从骑士团的格言即可看出，自成立早期开始，它便具有浓厚的慈善性质，曾运营着耶路撒冷著名的医院，这也是它名称的由来。
医院骑士团位于耶路撒冷的医院长达75米，宽40米，拥有高高的穹顶，可同时接纳1000名患者。12世纪的文献记载了他们位于耶路撒冷的医院的运作情况。教皇卢修斯三世（1181—1185年在位）发布的诏书明确规定耶路撒冷医院需要配备至少5名医生，这一标准大大低于同时期拜占庭和阿拉伯人的医院，但较之于欧洲的医院，已称得上优越。医院中据说每天接待的病人达千余人，5位医生显然不可能有充足的时间精力予以诊治，因此，骑士团的“医院”更像是今天的收容所或康复中心。由于他们的医院享有盛誉，在耶路撒冷被攻破之后，萨拉丁也给予了骑士团及其医院以优待，包括允许他们转移伤患。直到今天，耶路撒冷老城还保留着“医院区”的地名。
耶路撒冷时期，骑士团医院对所有病人无论宗教信仰均一视同仁。病患中以朝圣者居多，但战争期间医院也接收伤员。如果床位不足，上级则会要求骑士们让出自己的卧榻，睡在地板上。男女病人在院中被分开照顾，骑士团尤其给予孕妇特殊待遇。如果孕妇生产后无法照料婴儿，骑士团将代为照料，甚至为此专门雇用了奶妈。骑士团也收养弃婴与孤儿，当他们长大成人后，可自愿选择加入骑士团或回归世俗世界。耶路撒冷沦陷后，医院骑士团总部迁至阿卡，在阿卡，总医院继续运作，其遗址至今尚存。它是利用一座大型的、始建于10—11世纪的伊斯兰商队客栈（Khan）改建而来的，围绕着一座天井共建有6个四边形大堂。因为他们的种种善举，13世纪时在欧洲几乎家喻户晓，广受赞誉。13世纪一则传说提到，萨拉丁曾为了验证医院骑士团的医院是否名实相符而“微服私访”，结果他震惊地发现，大团长为了救治一位病人竟不惜牺牲自己珍贵的战马，因此深受感动。1291年后骑士团迁居至塞浦路斯，本计划在当地也修建一座医院，但时间仓促来不及实施。夺取罗德岛后，他们在1314年修建了新的医院。1437年大团长下令在骑士大街南端修建了第二座更加大型的医院。它的设施更加完备，成为骑士团对外展示的橱窗。
在欧洲各分部，骑士团也拥有自己的医院或救济所，但相对默默无闻。英国的骑士分团享有替死刑犯收尸并举行葬礼的特权。意大利的医院骑士在热那亚和圣地亚哥也建有自己的医院。
骑士团的老团规里开宗明义地指出要关注医患的膳食及耶路撒冷医院的组织运作。团规里详细规定了医院营收的支配方式，如何为病人指派医生，如何保管新病人的财产，如何管理职员与病人等等。在他们的医院里，外科医生（practici）的地位略逊于内科医生，后者不仅负责病人的膳食、药剂，甚至还要检查其尿液。外科医生自然也要负责战场急救。战事爆发后，伤员往往第一时间送回耶路撒冷的医院救治。在这里外科医生、内科医生、放血师（blood-letters）通力合作。例如1177年的蒙吉萨战役后，便有超过750名伤员被送到医院骑士团的医院，而当时院中已有900多名患者。
◎ 中世纪流行的放血疗法
这些医生往往并非骑士团成员。1182年耶路撒冷的医院就曾公开招聘4名能够独力开处方、诊断疾病、检查尿液的医生。后来耶路撒冷因为医院骑士团的存在，成为中东地区著名的医疗中心，吸引了大批名医，不论他们来自东方或西方。医院骑士团麾下有不少穆斯林医生，他们带来了伊斯兰世界的先进技术（虽然和基督教医生之间也不时发生摩擦）。所有的医生在录用前都会经过严格面试。
医院骑士团的护士群体我们知之不多。老团规里规定每个病房要配备12名军士，承担看护工作。晚上则有2名骑士值夜。在骑士团历史初期，也有部分修女参加到看护工作中，但随着时间的推移，她们渐渐不再抛头露面，开始离群索居。当然医院里也有女性看护，不过大部分是骑士团的帮佣。骑士团医院对女性患者一视同仁，甚至还专门开设了产房（初生婴儿与母亲被分开单独照料）。
如果有骑士患病，他们能得到病假，被要求斋戒，同时免于刑罚。大团长可以要求老年或身体虚弱的骑士交出他们的装备，而患麻风病的团员则会被隔离，但骑士团依旧会供养他们。如果骑士需要放血治疗，必须事前得到批准。重病号则移到总部教堂旁边的特护病房照料。病人在入院时一般要将贵重财物（包括军备）交给院方保管，如果他是骑士团的官员，还要交出办公室钥匙。住院期间，禁止诸如下棋、阅读小说这样的娱乐，饮食也受到严格限制。不过在住院部旁边有一家单独的小餐厅，可以提供更多样的饮食与酒水。
◎ 位于马耳他瓦莱塔的医院骑士团总医院内部大厅
虽然医院骑士团的医院已经蜚声海外，但按照现代标准看，其医术颇为可疑，很多治疗手段缺乏科学原理，甚至不乏巫术的成分。直到文艺复兴时期，随着欧洲科技的进步，骑士团的医疗水平方才有所提高，医院也渐渐走上了正轨。
接待远道而来的朝圣者与旅行者过去一度是医院骑士团的主要使命之一，现在这项功能很大程度上被各地兴起的普通客栈所取代。与此同时，在15世纪前往圣地的朝圣者数量也有所减少，而大型帆船的出现使其中的很多人不必在罗德岛停靠歇脚。因此，骑士团接待朝圣者的传统职能也受到削弱。
迁居罗德岛后，骑士团在医疗和慈善方面的业务开始逐步下滑，因为很多欧洲城市自己已经开设了救济院（法语：Maison-Dieu）。但罗德岛总部的骑士团医院由于其重大象征意义得到了保留和加强。早在1311年，骑士团便在岛上修建了医院，后来大团长罗歇将它整修一新，该院一直沿用到1483年新医院落成。一战期间，意大利人对罗德岛的骑士团医院进行了极佳的修复和保护（1911年爆发的意土战争中，意大利最终获胜，于1912年占领罗德岛及整个十二群岛，1947年意大利将十二群岛交还给希腊政府），它也是现今保存最完好的骑士团医院（目前被希腊政府改为考古博物馆）。这所总医院由骑士团中法语区的皮利耶负责管理，不过医院的日常管理实际上被交给一位法国军士。他要探访病患，监督诊治，记录病历甚至代写遗嘱。他还配有两名“助理”，二人分别侧重于医院的补给和宗教活动。医院建有自己的药房，以保证药品的质量。医院全天常驻两位内科医生、两位外科医生治疗患者。罗德岛骑士麾下的医师们大多是雇佣而来，不少具有意大利和犹太血统。虽有专业人士负责，但骑士们也要承担相应的医疗任务，甚至大团长还会亲自为重病患者洗身。
新建的罗德医院高两层，共有两座天井。建筑东侧底层拥有大堂可作为主要的病房。医院内也有为官员和贵族准备的单人病房。厨房附近的大厅是主要的餐厅。医院骑士团还为病人在室内设置了充足的厕所，而过去的医院厕所一般都直接设在户外。虽然底楼的房间大部分是用作医疗用途，但东面临街有7个房间似乎是作为商铺出租，也算是为医院增加了一点收入。一楼中甚至还有一间手术室，它被特意与普通病房隔离开，周围主要是一些储藏室，这一方面是出于卫生考虑，另一方面可能也是要避免“噪音扰民”。此外，医院还设有一座药草和蔬菜的种植园。
一直有史学家认为罗德岛骑士团的新医院布局受到了土耳其式旅馆的建筑风格影响，不过，它可能更多的是继承了当年骑士团在叙利亚的医院总部的风格。1403年以后，随着骑士团同马穆鲁克王朝的关系得到改善，他们获准于耶路撒冷重开医院，并在拉姆拉设立领事馆以便为基督徒朝圣者提供便利。被派往此处的骑士借机修缮了医院的建筑，整修了圣诞教堂及另外一些著名基督教古迹。骑士们甚至被特许在马穆鲁克王国境内骑马（通常基督徒是被禁止骑马的，而代之以驴子或骡子，不过让堂堂骑士骑驴显然有碍观瞻），这彰显了两国关系的亲密。
罗德岛失陷以后，医院骑士团短期迁至意大利，总部设立于维泰博，而医院设立于西西里的墨西拿。骑士团踏上马耳他的土地后，发现其旧都诺塔比莱已经有了一所医院，但他们依然在比尔古另建了一所。1538年这所医院得到了扩建，不过，1565年马耳他大围攻期间它被证明远远不能满足战争时期的需求。1565年建设新都瓦莱塔时，大团长瓦莱特下令再建了一所规模更大的医院。它的设计颇具前瞻性，竟一直使用到了一战后。二战时期医院被德国人的轰炸严重破坏，不过战后得到了重建。马耳他时期骑士团的医院同样承担了部分慈善功能—照顾老人、穷苦妇女，同时抚养孤儿和弃婴。因为马耳他并不处于朝圣者的必经之路上，因此它的医院主要为当地人服务，这改善了骑士团与马耳他居民之间的关系。17世纪后随着自然科学的进步，马耳他骑士团医院的医疗水平有了大幅提高，甚至有不少周边国家地区的患者慕名而来。骑士团医院也参与对外援助。1783年西西里地震后，骑士团派出医疗队在墨西拿建立了简易医院，为灾民提供医疗、食物、帐篷等。这一优良传统保存至今。但在18世纪末，医院的管理和卫生状况似乎有所下降。1789年有到访者声称，骑士团医院的卫生水平甚至不如大团长的马厩。部分原因是法国大革命重创了骑士团财政，他们不得不紧缩开支，减少了医疗方面的支出。但即使在1798年被迫离开马耳他后，骑士团在动荡中也没有放弃救死扶伤、援助苦难方面的天职。[22]
医院骑士团日常修道生活的基本准则是由第二任大团长雷蒙制定的，核心精神是安贫乐道、同吃同住、贞洁与服从。团内制定有详细的修行时刻表，每位团员都要遵守。骑士们也必须参加各种宗教活动，不过由于很多战士目不识丁，他们只能被动地听一听布道，简单地说出几个拉丁语祷告词。一年当中，骑士被要求至少参加三次圣餐礼（分别在圣诞节、复活节和五旬节）。每天晚上修士们还会为病人做祷告。
参加晚祷（Compline）后，团员们就上床就寝了（原则上禁止外出），第二天一早便起床参加晨祷（Matins）。在宿舍里他们被禁止大声喧哗，也不得裸睡（除了中东地区最炎热的时节）或与战友同床（即使在最寒冷的冬日），夜间有火烛长明不熄。但是1170年以后，随着一些高级骑士对私人房间的渴求，以上规定有所松动。
原则上，骑士们应该集体进餐（不过某些高级成员可以独自进餐），并且和修士一样，只能食素（可以吃鱼）。但是这一规定慢慢地也有所变通，尤其在战时，毕竟骑士们需要肉类来补充营养，保证战斗力。在特殊情况下，他们也能获得额外食物及酒水的配给。骑士团的斋戒期也比普通修士短很多，并且集中在冬天（一般来说，春夏时节是战争高发期，而冬季一般休战）。此举同样是为了避免骑士的体质过于虚弱。甚至在战争期间，对骑士们“食不言”的要求也放松了。尽管如此，还是有脾气暴躁的骑士对各种清规戒律不满，在就餐时谩骂甚至殴打侍者。
◎ 1906年时的马耳他瓦莱塔医院骑士团医院
按照同时代的标准，医院骑士团的伙食是相当不错的。他们一日两餐，第一餐在第五次祈祷（nones）后，第二餐在晚祷后（晚餐禁止饮酒），每餐一般会上菜两次（供值班人员轮换）。他们的食物主要是肉、鱼、鸡蛋、面包和酒，可谓营养丰富。当然斋戒期禁止吃肉，大斋期（Lent）甚至禁止享用牛奶，周五则不能吃鸡蛋与奶酪。不过如果在海上执勤，这些禁令就放宽了。医院骑士最常用的餐具是陶制的，质地做工都比较简朴，包括常见的陶碗、盘、钵等。其次为玻璃制，常见的为玻璃酒杯和玻璃水瓶。圣殿骑士团在阿卡附近甚至拥有自己的玻璃厂，可以生产高档的彩色玻璃。13世纪以后，饮酒也变得普遍起来。饭后骑士们一般还会去教堂做一番感恩祷告。1203年颁布的医院骑士团的团规中要求食物不能奢侈，无论地位高低，所有骑士的饮食需一视同仁。进餐时禁止言语喧哗。骑士团相信食肉会令人腐化，但在节庆日的宴会上可以例外。此后禁令慢慢松弛。家畜主要包括马、牛、猪、羊。医院骑士团贝尔蒙特（Belmont）城堡的考古挖掘显示，在他们的肉食中，羊的比例最高，其次是猪和牛。家禽中，则以鸡居多。鱼通常不被视作荤菜，故不受限制。骑士团建有谷仓贮存谷物。中世纪时期，磨坊和面包房是具有垄断性质的特殊资产。骑士团拥有自己的水磨、风磨及面包烤坊，不但能自给自足，还能对外出租盈利。传统上骑士团会为穷人免费分发面包，那些应该就是自家磨坊、面包房的产品。通常每一座城堡都会设有自己的面包房。
在欧洲的医院骑士以农业、慈善与行医为主业，而在中东军事训练压倒了一切，不过他们的训练时间主要集中在下午（可能是为了避开炎炎烈日）。有证据显示一周中大约三天用于军事训练，项目有体操、摔跤、兵器练习、十字弓射击等等。对骑士的军纪要求也是很严格的，例如他们被禁止参与一切狩猎（包括鹰猎）和比武，甚至纵马疾驰也需事先得到上峰批准。对纪律的遵守是医院骑士团得以安身立命的根本所在，不过，要指控一名骑士触犯了条例也并非易事，这需要修士会议共同研究决定。如果骑士在修士会议以外私自控诉队友的过失，则可能会因诽谤罪遭到惩罚。因此，类似的指控和调查往往非常繁复且旷日持久。一次完整的指控需要三方面的要素：正式的起诉书、罪证，以及修士会议的最终决议。对违规者的惩罚措施各个骑士团大同小异，对于轻罪（如就餐时举止不当、懒惰等），一般的处罚是禁食禁酒一段时间；严重一些的则判处苦修，时间从七天到四十天不等；最严重的处罚是开除。
骑士的葬礼也有一整套礼仪。12世纪时，骑士团会用团旗覆盖棺椁，周围放满蜡烛，并由修士吟诵圣歌。1278年后改用该骑士的斗篷一同下葬。每年他的忌日都会标注在所属修士会的日历上。团规还要求为去世骑士所作的弥撒要达到30场。在耶路撒冷的总会每晚都有5个修士为骑士团的恩人们吟诵圣诗（Psalter），而在四旬斋的第一个周日会举行一场神圣的安魂弥撒来纪念去世的骑士团先贤。[23]
骑士团夺取拜占庭的罗德岛后，扩建了原来的总督府，把它改为大团长宫，并将城墙环绕的罗德城变成了自己的领地（所谓的“科拉乔区”，最终成为罗德港“内城”），同时让大量希腊居民迁至郊区（最终形成罗德港“外城”）。科拉乔区主干道的起点是市区中心广场，附近是大团长宫和骑士团大教堂；终点处则是兵工厂及主城门。街道两旁都是骑士团的建筑，其中包括各语言区的会馆。骑士们也不再混居于一个大型的宿舍中（圣地传统），而是按照不同语言居住在更小型化的宿舍里（塞浦路斯时期形成的习惯）。不过罗德岛时期，大部分骑士已经不愿意居住于集体宿舍，他们在城区内有了自己的宅邸。集体宿舍一般提供给新人和访客。当然，重大集体活动依然会在集体宿舍中举行。
骑士团治下的科拉乔区及附近有城墙保护的“郊区”令人印象深刻。例如，1345年一位英国访客曾这样描述道：
“城墙内有一位大主教及其主教座堂，市民的住宅也都特色鲜明，与其身份职业吻合。这里有铸币师、盔甲匠和所能想到的各种能工巧匠。要塞之下则是骑士团的总医院，那里有医生、护士和侍女来照顾伤患。”
罗德岛市内通行多种语言，骑士、普通市民与商人来自五湖四海。1521年的一位来访者说当地人所用的语言过多以致相互干扰，最终每个人的语言都带点其他语言的特色。大部分骑士都能说一点希腊口语，但对古典希腊语及其典籍则一窍不通。不过希腊语却是骑士团与土耳其人间通用的外交语言（骑士们一般不会土耳其语）。有时候阿拉伯语也用作外交及商业语言。
14世纪末至16世纪初，除去个别时期，多数情况下医院骑士团同埃及马穆鲁克王朝都保持了良好关系。1403年，二者签署了正式合约，医院骑士团作为圣地基督徒保护者的特殊身份得到了确认。双方同意若要采取军事行动，应提前三个月告知对方（但这一充满友好精神的条款经常被骑士团麾下的基督教海盗所打破）。医院骑士团还被特许在埃及达米埃塔开设领事馆，以处理战俘赎金问题（骑士团已经改变了过去屠杀男性穆斯林俘虏的恶习）及粮食买卖。这些俘虏大部分成了划桨奴隶，不过也有部分出身高贵的囚徒被软禁起来以换取高额赎金。
在欧洲的医院骑士生活就要平淡很多了，因为他们处于和平环境，更多地将精力放在农庄或修道院上。修道院长或骑士指挥官与他手下的农夫间的关系总体是良好的。甚至有新到任的骑士率先向农夫们宣誓保障其安全，而后农夫才向主公宣誓尽忠的案例。有时候为了表明主人与隶农间的和谐关系，他们还会一道进餐（虽然是象征性的）。在有些地方，骑士通过限制当地面包烤房的数量来控制农夫。农夫为了获得口粮，不得不上缴面包的二十分之一作为获准使用烤炉的代价。
14世纪，招募的新兵中文盲过多一度给骑士团带来困扰。此后，医院骑士团的整体文化水平渐渐提高了，但并不平均。骑士团高层中不乏饱学之士。例如，大团长胡安·费尔南德斯·埃雷迪亚曾经鼎力支持阿维尼翁教廷的文化事业，他修建了一座大型图书馆，鼓励法国学者与希腊学者及佛罗伦萨学者相互交流切磋。埃雷迪亚不是以武功，而是以文化赞助人的身份在医院骑士团名垂青史。罗德岛自身一度也成为早期希腊学的中心之一，并吸引了各地学者，其中就包括英国人威廉·利利（William Lily，1468—1522，英国语法家、学者，伦敦圣保罗学校第一任校长）。然而，学术上的繁盛也引来了一些非议，有骑士控告自己的战友借研究之名，行异端之实；还有骑士抱怨频繁的战争干扰了自己的学术生涯。骑士中一位有趣的古典主义者卡斯蒂廖内（Sabba da Castiglione），作为意大利曼图亚公爵夫人伊莎贝拉·冈扎加（Isabella Gonzaga）的“特使”专门负责在东方寻觅古董与艺术品，常常出没于各地古迹，进行考古发掘，并将满载的古典雕塑和文物用船只运回意大利。
第一部关于医院骑士团的通史直到1440年左右才由编年史家班迪尼（Melchiore Bandini）完成。15世纪后期，骑士让·德·弗朗西瑞（Jean de Fransieres）完成了一部关于猎鹰的专著，他由此在传播伊斯兰文化方面做出了自己的贡献。骑士扎基亚（Laudivio Zacchia）得到了大团长的许可前往博洛尼亚大学留学四年，条件是学成后必须回到罗德岛。他日后成了著名的诗人和哲学家。纪尧姆·科尔辛也是一个例子，作为大团长的秘书及副书记长，他其实并没有骑士身份。他撰写的关于1480年罗德岛大围攻的著作备受好评，据说围攻结束后仅仅四个月便已付梓出版，对提高骑士团在欧洲的人望可谓居功至伟。
进入16世纪，医院骑士团中这样的人才就更多了。让·昆顿（Jean Quiton）神父于1500年在法国欧坦（Autun）出生，早年曾游历整个东地中海地区，并加入骑士团成为大团长的幕僚。他后来被赫赫有名的巴黎大学聘为教会法教授。骑士团神父安东尼奥·皮加费塔曾加入麦哲伦的船队进行了第一次环球航行，1524年他最终成功地返回骑士团总部并向大团长汇报了他此次激动人心的远征。
随着医院骑士团国的建立，骑士团越发世俗化。昔日“三愿”誓言的约束力也开始松动，尤其是在私人财产上。15世纪阿拉贡的骑士团修女就公开拥有自己的财产。1638年教皇乌尔班八世允许医院骑士在去世前可自由支配遗产，而按照惯例，其遗产应该尽数充公的。在爱情方面，骑士团早已不再严格遵循团规了。1236年骑士团英国分部的修女就曾传出与骑士有染，1238年教皇曾公开指责骑士团成员狎妓。1314年加泰罗尼亚分团长拉蒙·德·安普里亚斯被控与麾下两位骑士有不正当关系，此外他还涉嫌强奸多名妇女，并留下了私生子。最终这匹害群之马被逐出教会，剥夺了一切职务。1427年，阿拉贡锡赫纳女修道院传出惊天丑闻，一名修女竟有了身孕，在审问之下，她一连供认了三名情夫，其中一人竟是骑士团地区领导人，另两人为骑士团教士。一些知名人物，如大团长胡安·费尔南德斯·埃雷迪亚和让·德·瓦莱特拥有情妇和私生子也几乎是公开的秘密。但在世人眼光中，医院骑士拥有七情六欲也并不总意味着丑闻。出人意料的是，骑士团甚至成为一些爱情文学作品的素材，例如若阿诺特·马托雷尔的著名骑士小说《白骑士》中，有这样一段情节：出身纳瓦拉的医院骑士西蒙·德·法尔（Simon de Far）疯狂地爱上了一位罗德岛贵妇，但佳人对他的表白长期不置可否。偶然地，她获悉了岛上热那亚骑士准备与热那亚人及穆斯林苏丹内外勾结，夺取罗德岛。贵妇以接受西蒙·德·法尔的求爱为条件，希望他连夜禀告大团长。倍受鼓舞的骑士克服了重重阻碍，终于在千钧一发之际为团长送去了警报，从而挽救了医院骑士团的命运……[24]
与穆斯林邻居不同，三大骑士团总体而言厌恶沐浴，他们倾向于认为这并非必要的卫生措施，而是一种令人腐化的娱乐（团规中常常将沐浴同其他娱乐并列），因此予以种种限制。例如条顿骑士团团规中规定，只有患病的骑士可以自由沐浴，否则就必须提前获得上级批准。医院骑士团在阿卡陷落后不久颁布的法令中，明确指出团员除非万不得已，否则禁止沐浴。在炎热的东方，限制洗浴有些令人费解。不过中世纪的十字军受穆斯林影响，很多贵族甚至平民都喜欢去公共浴池寻欢作乐，骑士团的规定可能是为了防止成员经不住引诱。医院骑士团明确禁止骑士单独前往浴池，或在那里进餐、过夜。不过骑士团并非真正抵制沐浴，前提是能得到有效监管。医院骑士团在贝尔沃城堡内就建有自己的浴室。骑士团的浴室从结构上看是典型的东方式，主要的房间为更衣室，墙壁一侧安置着长凳，旁边的房间则为浴池。必要时医院骑士也剃须，在贝尔沃城堡就曾发掘出两把铁制剃须刀。
医院骑士的闲暇时光并非我们想象的那般沉闷。直棋（Nine Men's Morris）为代表的棋类游戏及掷骰子在医院骑士团的日常生活中十分流行。不过团规要求不得在晚祷结束后的休息时间私自进行这类游戏，此外包括阅读小说、吃违禁食物等也被禁止，同时骑士团也严禁赌博。上有政策下有对策。各骑士团团员为了娱乐也想出了各种妙招以躲避上级的检查。例如，在圣殿骑士团的朝圣者城堡（Château Pèlerin）中，考古学家发现骑士们竟将棋盘藏在马厩的天花板下。医院骑士也不遑多让，在他们的贝尔沃城堡厨房中挖掘出一块石质棋盘，背面被故意凿成了石臼的形状，当上级突击检查时只要翻过棋盘，就足以瞒天过海，化险为夷。遥想当年医院骑士们在厨房热火朝天下棋的场景，让人深切地体会到他们作为普通人有血有肉的一面。[25]
