董仲舒博通五经，但其基本思想出于《春秋》，“少治《春秋》，孝景时为博士。”(7)《春秋》原来是一本简要的编年体史书，记载了自鲁隐公元年至哀公十二年，共十二公二百四十二年的历史。后经过孔子的删改，其中蕴含了儒家的社会历史观。子思和子夏两派，对于《春秋》都给予高度重视。《春秋繁露·俞序》中记载，“故卫子夏言：‘有国家者不可不学《春秋》。不学《春秋》，则无以见前后傍侧之危，则不知国之大柄、君之重任也。故或胁窃失国，掩杀于位，一朝至尔。苟能述《春秋》之法，致行其道，岂徒除祸哉！乃尧舜之德也。’”《孟子》书中也屡次提及《春秋》的重要性：“世衰道微，邪说暴行有作，臣弑其君者有之，子弑其父者有之。孔子惧，作《春秋》。《春秋》，天子之事也。是故孔子曰：‘知我者其惟《春秋》乎！罪我者其惟《春秋》乎！’”(8)
对于《春秋》的解说主要有三派：左氏《春秋》、穀梁《春秋》和公羊《春秋》，董仲舒继承的是公羊派《春秋》解释。《公羊春秋》的早期传播，徐彦《公羊传疏》引戴宏《公羊传序》道：“子夏传与公羊高，高传与其子平，平传与其子地，地传与其子敢，敢传与其子寿。至汉景帝时，寿乃共弟子齐人胡毋子都著于竹帛。”
此说长期以来被当作定论，其实不无可疑之处。
清末崔适《春秋复始》对戴宏之说提出质疑：“子夏少孔子四十四岁。孔子生于襄公二十一年，则子夏生于定公七年。下适景帝之初，三百四十余年。自子夏至公羊寿，甫及五传，则公羊氏世世相去六十余年，又必父享耄年，子皆夙慧，乃能及之。其可信乎？”的确，三百多年的《公羊春秋》历史仅在一家之内由几代人传承，并不可信。
另一可疑之处在于景帝时方著于竹帛之说。对此徐复观论述详细，本书无须重复。(9)需要进一步说明的是，口耳相传的文献，往往以韵文形式写成以保证传承过程的完整性，譬如民族史诗与印度教典。很难想象在中国这样注重文字传承的氛围中会刻意口授这么重要的经典，而且是以散文的形式传递。
既然《公羊春秋》未必出自公羊家学至胡毋生的单传，那么传说中董仲舒受业于胡毋生也成为疑问。清凌曙《春秋繁露注》序中讲道：“自高至寿，五叶相承，师法不坠。寿乃一传而为胡毋生，再传而为董仲舒。”且不论三百多年可否只有五代传递的疑问，单就胡毋生传董仲舒一点，凌曙所说也未必成立。《儒林列传》明确指出：“故汉兴至于五世之间，唯董仲舒名为明于《春秋》。”又记载胡毋生道：“胡毋生，齐人也，孝景时为博士，以老归教授。齐之言《春秋》者，多受胡毋生，公孙弘亦颇受焉。”司马迁曾亲身受教于董仲舒，如果董仲舒曾就学于胡毋生，不可能不记载于书。《汉书·儒林传》所谓“胡毋生……与董仲舒同业”，也没说明胡毋生是董仲舒的老师，不过说他们两人同治《公羊春秋》而已。
董仲舒对于《春秋》的发明，一在于实际应用，其次在于构建思想体系。《史记·儒林列传》记载道：
董仲舒，广川人也。以治《春秋》，孝景时为博士。下帷讲诵，弟子传以久次相受业，或莫见其面，盖三年董仲舒不观于舍园，其精如此。进退容止，非礼不行，学士皆师尊之。今上即位，为江都相。以《春秋》灾异之变推阴阳所以错行，故求雨闭诸阳，纵诸阴，其止雨反是。行之一国，未尝不得所欲。中废为中大夫，居舍，著灾异之记。是时辽东高庙灾，主父偃疾之，取其书奏之天子。天子召诸生示其书，有刺讥。董仲舒弟子吕步舒不知其师书，以为下愚。于是下董仲舒吏，当死，诏赦之。于是董仲舒竟不敢复言灾异。
这段记载里面昭示了若干主题：首先，董仲舒“进退容止，非礼不行”，他学修并重的风格还保有先秦儒家的传统。其次，“以《春秋》灾异之变推阴阳所以错行，故求雨闭诸阳，纵诸阴，其止雨反是。行之一国，未尝不得所欲。”将《春秋》所蕴含的灾异思想同阴阳五行相结合，实际运用于社会治理，是董仲舒的创见。后世有董子以《春秋》决狱一说，必然事出有因。再者，董仲舒晚年“不敢复言灾异”，并不等于他放弃了这一观点，不过是不诉诸纸笔而已。
我们现今见到董仲舒最为重要的著作无疑是《春秋繁露》。董书之所以题名《春秋繁露》，大致是以《春秋》为依据，为君王提供治世的理论依据与方法参考。(10)现今见到的《春秋繁露》稍有残缺，但可以看出大致的结构。它包括几个主题不同的部分：一、通过《春秋》的观点来审查前代的政治得失；二、君王应当如何效法天道而采纳具体的社会对策；三、天人之际感应的基础与方式；四、具体天人交通的典礼仪式。
